Atelier informatique sur l`alignement de séquences et autres

Atelier informatique sur l’alignement de séquences et autres outils bioinformatiques
BCM3531 Hiver 2010
Par Philipe Lampron
Mise en contexte
Le but de cet atelier est de vous familiariser avec 3 logiciels (interfaces)
en ligne permettant l’assemblage de séquences d’ADN et la
détermination de plusieurs caractéristiques utiles en biologie
moléculaire. Chaque équipe se verra assigner un logiciel à étudier à
l’aide des séquences obtenues de la plateforme génomique de l’IRIC lors
de l’expérience de mutagénèse dirigée par PCR sur le vecteur pUC18
révertant.
Consignes
Former trois équipes de 4 étudiants;
Un logiciel en ligne vous sera assigné parmi les suivants :
 Mobyle – Pasteur
http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py
 EMBI - EMBOSS
http://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/align/
 Pôle bioinformatique Lyonnais (PBIL)
http://pbil.univ-lyon1.fr/lfasta.php
Allez récupérer vos séquences (FWD et REV) sur le site de l’IRIC;
Répondre aux questions ci-dessous en utilisant le logiciel en ligne pour obtenir les
réponses;
Notez vos réponses dans un fichier word;
Vous avez 30 minutes pour compléter l’exercice.
Questions
1. Alignez les séquences obtenues en FWD et REV avec la séquence théorique de pUC18.
(Attention d’utiliser les séquences dans la bonne direction).
a. Copier/coller vos résultats dans un fichier word
b. Voir page suivante pour récupérer les séquences à étudier.
2. Déterminer le site de mutagénèse. Encercler (ou souligner) le nucléotide muté.
3. Pouvons-nous visualiser les sites d’hybridation des amorces?
4. Quel changement cette mutation a-t-elle entraînée?
5. Est-ce que la mutation a engendré l’effet désiré? Si oui, comment?
Informations pertinentes – Un petit coup de main…!
Les fichiers à utiliser :
1) Vos séquences expérimentales :
Sur le serveur de l’IRIC
https://www.genomique.iric.ca/secure/seq/ReviewSeqResults
courriel : [email protected]
mot de passe : sequences
Aller chercher tous les fichiers qui sont dans la requête avec la bonne date.
2) Les séquences théoriques
Sur le site du cours :
http://www-bac.esi.umontreal.ca/~dbcm3531/
Onglet séquençage ; séquences théoriques pUC18
3) Infos en vrac…
Ressources bioinformatiques en ligne ou logiciels utilisées par les
chercheurs du département de biochimie
1) Alignement de séquences d’ADN
a. Logiciels gratuits en ligne (les principaux utilisés)
i. Mobyle – Pasteur
http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py
ii. EMBI - EMBOSS
http://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/align/
iii. Pôle bioinformatique Lyonnais (PBIL)
http://pbil.univ-lyon1.fr/lfasta.php
iv. LAlign
http://www.ch.embnet.org/software/LALIGN_form.html
b. Logiciels à installer sur l’ordinateur
(certains gratuits, d’autres payant pour plus d’options)
i. Gentle (GRATUIT)
http://gentle.magnusmanske.de/
Logiciel hyper conviviale pour plusieurs applications allant de
l’alignement au carte de restriction. MAC et PC
ii. Serial Cloner (GRATUIT)
http://serialbasics.free.fr/Serial_Cloner.html
Un autre excellent logiciel, très intuitif, pour MAC et PC. À
découvrir.
iii. Bioedit (GRATUIT)
http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html
Logiciel simple et intéressant pour alignement et cartes de
restriction, un peu moins intuitif.
iv. Geneious (version d’essai/ payant pour version permanente)
http://www.geneious.com/
v. Clone manager (version d’essai/ payant pour version permanente)
http://www.scied.com/pr_cmpro.htm
vi. Vector NTI (version d’essai/ payant pour version permanente)
http://www.invitrogen.com/site/us/en/home/Products-andServices/Applications/Cloning/Vector-Design-Software/Vector-NTISoftware.html
vii. Lasergene (version d’essai/ payant pour version permanente)
http://www.dnastar.com/
2) Cartes de restriction
a. Logiciel en ligne
i. Webcutter 2.0
http://rna.lundberg.gu.se/cutter2/
ii. NEBcutter 2.0
http://tools.neb.com/NEBcutter2/
b. Logiciel à installer sur l’ordinateur
i. Voir section 1) b)
3) Design d’amorces
a. Logiciel en ligne
i. Primer3
http://frodo.wi.mit.edu/primer3/
Excellent site pour le design d’amorces de PCR, très flexible et
facile d’utilisation. Un site à mettre dans ses signets!
ii. Site de la compagnie IDT, primer quest
Pour déterminer les caractéristiques des amorces (mFold,
structure secondaire, Tm)
iii. Oligonucleotide properties calculator
http://www.basic.northwestern.edu/biotools/oligocalc.html
Pour déterminer les caractéristiques des amorces (Tm,
séquence complémentaire inverse, etc…
4) Autres outils pertinents
a. Logiciel en ligne
i. BLAST
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Pour rechercher une séquence parmi la grande banque de
séquence d’ADN déjà répertoriée.
ii. Sequence editor (FR33.net)
http://www.fr33.net/seqedit.php
Convertir ADN en ARN. Generer brin antiparallèle,
complémentaire et inverser des séquences
iii. Expasy tools – Swiss prot –Protéomique
http://ca.expasy.org/tools/#proteome
Une foule d’outils bioinformatiques pour l’étude des
macromolécules allant des protéines à l’ADN. À visiter!