Question 1
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Question 1
Chapitre 1 : Introduction à la biologie cellulaire Correction des exercices Jeudi 29 août QCM 1 Question 1 : Parmi ces propositions sur la spécificité du vivant, laquelle (lesquelles) est (sont) exactes ? A. Les cellules eucaryotes sont la version primitive des cellules. B. Le vivant possède un haut degré de complexité de d’organisation. C. Les virus sont des cellules néfastes aux autres êtres vivants. D. La cellule vit rarement seule. E. Chez un être humain on trouve plus de cellules eucaryotes que de bactéries. QCM 1 Question 1 : BD A. Faux, procaryote B. Vrai C. Faux, les virus ne sont pas des cellules D. Vrai E. Faux, >1015 bactéries QCM2 Question 2 : Parmi ces propositions sur la cellule et l’origine du vivant, laquelle (lesquelles) est (sont) exactes ? A. Une cellule animale mesure en moyenne en 0,01 et 0,03 mm. B. Un virus n’est pas une cellule car il ne possède pas de noyau. C. L’ATP est la molécule principale de stockage de l’énergie et peut stocker environ 10 kcal/mol. D. La grande diversité structurale et fonctionnelle des cellules est à l’origine de fonctions très variées chez les êtres vivants. E. La cellule élémentaire est un petit compartiment limité par une membrane, une monocouche de phospholipides. QCM2 Question 2 : ACD Vrai, = 10 à 30 μm B. Faux!! Il faut tout lire! Un cellule procaryote ne possède pas de noyau! (item tombé au concours) C. Vrai, l’ATP peut stocker 13 kcal/mol précisément ! D. Vrai E. Faux, bicouche de phospholipides A. QCM3 Question 3 : Parmi ces propositions sur les outils d’étude cellulaire, laquelle (lesquelles) est (sont) exactes ? A. La résolution de la microscopie photonique est de 0,2μm. B. En microscopie photonique à fluorescence, l’utilisation de la fluorescéïne rend visible les constituants cellulaires ciblés en bleu. C. L’introduction de molécules fluorescentes ou marquées dans les cellules peut se faire par micro-injection, électroporation ou migration. D. La microscopie électronique à transmission (MET) permet de reconstituer une image en 3D. E. Lors d’une cytométrie en flux et trieur de cellules, les cellules fluorescentes sont affectées d’une charge négative. QCM3 Question 3 : AE A. Vrai, = 200 nm B. Faux, la fluorescéïne émet dans le vert C. Faux, pas migration, transfection D. Faux, microscopie électronique à balayage E. Vrai Exercice Les infections à rotavirus sont la première cause de diarrhée aiguë sévère du jeune enfant dans le monde. Ces virus infectent les entérocytes matures de l’intestin grêle et causent des dommages structuraux et fonctionnels. Un modèle proposait l’hypothèse suivante : la diminution de l’activité des disaccharidases résulte de la destruction des entérocytes infectés au niveau de l’extrémité des villosités. Cependant ce modèle physiopathologique ne peut pas expliquer les situations dans lesquelles une diminution de l’activité des disaccharidases est observée lorsque l’intestin infecté par le rotavirus présente seulement des modifications histo-pathologiques. En effet, en fonction de la sévérité des modifications histo-pathologiques, il a été démontré que l’activité des disaccharidases (sucrase-isomaltase, lactase et maltase-glucoamylase) est plus ou moins réduite. Exercice Nous allons nous intéresser aux cellules Caco-2enterocyte-like, où la souche de rotavirus RRV se multiplie et est relâchée sans destruction cellulaire. Dans cet exercice nous allons essayer de trouver la cause de la diminution de l’activité de la sucraseisomaltase à la surface des cellules Caco-2enterocyte-like. On peut considérer que l’activité de la sucrase-isomaltase est proportionnelle à sa quantité à la membrane des cellules Caco-2. Exercice Les infections à rotavirus sont la première cause de diarrhée aiguë sévère du jeune enfant dans le monde. Ces virus infectent les entérocytes matures de l’intestin grêle et causent des dommages structuraux et fonctionnels. Un modèle proposait l’hypothèse suivante : la diminution de l’activité des disaccharidases résulte de la destruction des entérocytes infectés au niveau de l’extrémité des villosités. Cependant ce modèle physiopathologique ne peut pas expliquer les situations dans lesquelles une diminution de l’activité des disaccharidases est observée lorsque l’intestin infecté par le rotavirus présente seulement des modifications histo-pathologiques. En effet, en fonction de la sévérité des modifications histo-pathologiques, il a été démontré que l’activité des disaccharidases (sucrase-isomaltase, lactase et maltase-glucoamylase) est plus ou moins réduite. Exercice Nous allons nous intéresser aux cellules Caco-2enterocyte-like, où la souche de rotavirus RRV se multiplie et est relâchée sans destruction cellulaire. Dans cet exercice nous allons essayer de trouver la cause de la diminution de l’activité de la sucraseisomaltase à la surface des cellules Caco-2enterocyte-like. On peut considérer que l’activité de la sucrase-isomaltase est proportionnelle à sa quantité à la membrane des cellules Caco-2. Exercice Les cellules Caco-2 ont été prélevées à partir d’un adénocarcinome de côlon humain, puis mises en culture en présence de DMEM (Dulbecco/Vogt modified Eagle’s minimal essential medium, un milieu de culture propice aux cellules Caco-2), d’acides aminés, de glucose et de péniciline. Après 24 heures de culture, on analyse l’activité de la sucrase-isomaltase, du γ-Glu, du DPP IV, de l’APN et de l’AP. Les résultats sont présentés sur les graphes ci-dessous. La barre hachurée représente l’activité des enzymes étudiés dans les cellules Caco-2 contrôles, la barre blanche dans les cellules infectées par RRV. On a également fait une immunofluorescence d’un antigène spécifique présent à la surface des virus RRV, les résultats sont présentés sur l’image de gauche. Exercice Les cellules Caco-2 ont été prélevées à partir d’un adénocarcinome de côlon humain, puis mises en culture en présence de DMEM (Dulbecco/Vogt modified Eagle’s minimal essential medium, un milieu de culture propice aux cellules Caco-2), d’acides aminés, de glucose et de péniciline. Après 24 heures de culture, on analyse l’activité de la sucrase-isomaltase, du γ-Glu, du DPP IV, de l’APN et de l’AP. Les résultats sont présentés sur les graphes ci-dessous. La barre hachurée représente l’activité des enzymes étudiés dans les cellules Caco-2 contrôles, la barre blanche dans les cellules infectées par RRV. On a également fait une immunofluorescence d’un antigène spécifique présent à la surface des virus RRV, les résultats sont présentés sur l’image de gauche. Exercice Exercice Question 4 : En vous basant sur les documents ci-dessus et vos connaissances, indiquer la (les) proposition(s) exacte(s) : A. L’image de gauche a été obtenue grâce à un microscope électronique à transmission. B. Les cellules de l’image de gauche seront détruites par le rotavirus RRV. C. Seule l’activité de la sucrase-isomérase diminue sensiblement parmi celles des protéines analysées. D. L’activité de l’enzyme APN est la même dans les cellules contrôles et dans les cellules infectées par RRV. E. La culture de cellules Caco-2 est une culture de cellules souches. Exercice Question 4 : CD A. Faux : les images prises avec un MET (microscope électronique à transmission ont l’habitude de prendre un aspect qu’on pourrait qualifier de "granuleux". En plus, de par l’échelle et la fluorescence on peut affirmer qu’il s’agit de microscopie photonique (la microscopie électronique ne permet pas d’observer de fluorescence, retenez le bien !) B. Faux : il est bien précisé dans l’énoncé que le rotavirus RRV ne détruit pas les cellules Caco-2. C. Vrai : en effet, l’activité de la sucraseisomaltase est la seule à diminuer de façon significative, et cela est bien montré par l’étoile (*) au-dessus de la barre blanche de la SI. Dans les exercices cette étoile signifie « il existe une différence significative ». D. Vrai : on voit bien que l’activité de APN est presque la même dans les cellules contrôles et les cellules infectées. La chose à savoir, c’est qu’il ne faut pas prendre en compte le "bruit de fond" résultant d’aléas expérimentaux ! E. Faux : une culture de cellules souches provient d’un blastocyste (cf. dernière diapo du cours d’intro). Exercice On essaye également de voir la localisation de l’activité de la sucrase-isomaltase (partie A) et de la dipeptidylpeptidase-4 (DPP IV) (partie B). On réalise une immunofluorescence par micro-injection pour détecter la SI dans la partie A et la DPP IV dans la partie B du document. La dipeptidylpeptidase-4 est tout comme la sucrase-isomaltase un enzyme. Les résultats sont présentés ci-dessous : Exercice On essaye également de voir la localisation de l’activité de la sucrase-isomaltase (partie A) et de la dipeptidylpeptidase-4 (DPP IV) (partie B). On réalise une immunofluorescence par micro-injection pour détecter la SI dans la partie A et la DPP IV dans la partie B du document. La dipeptidylpeptidase-4 est tout comme la sucrase-isomaltase un enzyme. Les résultats sont présentés ci-dessous : Exercice Exercice Question 5 : En vous basant sur les documents ci-dessus et vos connaissances, indiquer la (les) proposition(s) exacte(s) : A. Les images ci-dessus confirment la diminution de l’activité de la sucrase-isomaltase dans les cellules infectées par RRV. B. La dipeptidylpeptidase-4 dans les cellules contrôles et dans les cellules infectées par RRV colocalise. C. Pour obtenir ces images, on a probablement utilisé des liposomes. D. On a utilisé un anticorps dirigé contre la sucraseisomaltase et couplé à un fluorochrome. E. La partie de l’anticorps qui reconnaît un antigène est Fab. Exercice Question 5 : AE A. Vrai : en regardant la figure 2-A, on note effectivement une diminution de la fluorescence dans les Caco-2 infectées par RRV, que ce soit sur les plans horizontaux (XY) ou les plans verticaux (XZ). Vous allez me dire « c’est pas parce qu’il y en a moins que c’est moins efficace ». Mais si, en plus c’est marqué dans le premier énoncé :) ! B. Faux : colocalise = se trouve au même endroit. Or on voit bien que la DPP IV se trouve également au niveau du pôle basolatéral de la cellule dans les cellules infectées par RRV, donc ça ne colocalise pas ! C. Faux : il est bien dit dans l’énoncé que l’on réalise une microinjection, donc avec une micro- pipette (liposomes = transfection). D. Faux : petite subtilité, ce n’est pas l’anticorps dirigé contre la SI qui est couplé au fluorochrome, mais bien un second anticorps dirigé contre le premier anticorps anti-SI. E. Vrai : Fab reconnaît l’antigène :) Exercice On décide alors de réaliser une expérience pour déterminer le moment de la synthèse de la sucrase- isomaltase qui est atteint par l’infection par le rotavirus RRV. On réalise une expérience de pulse- chase, qui consiste à introduire dans la cellule un acide aminé radioactif au moment du pulse, ici la méthionine-35S, ce dernier constituant ensuite les protéines en cours de synthèse, et de suivre l’évolution de ces protéines au cours du temps (chase). De cette façon, on peut voir quelle étape de la synthèse de la sucrase-isomaltase est altérée. Des cellules Caco-2 contrôles et des cellules Caco-2 infectées par le rotavirus RRV subissent un pulse d’1 heure avec de la méthionine-35S, puis la localisation de la sucrase-isomaltase dans la cellule est suivie au cours du temps. Après chaque temps de chase, on fait immunoprécipiter la sucrase- isomaltase des cellules contrôles (C) et infectées par RRV (I) ; ces protéines recueillies sont analysées par SDS-PAGE. Le graphique B représente la quantité de sucrase-isomaltase en cours de synthèse dans les cellules Caco-2 contrôles et infectées par RRV, à différents temps de chase. Exercice On décide alors de réaliser une expérience pour déterminer le moment de la synthèse de la sucrase- isomaltase qui est atteint par l’infection par le rotavirus RRV. On réalise une expérience de pulse- chase, qui consiste à introduire dans la cellule un acide aminé radioactif au moment du pulse, ici la méthionine-35S, ce dernier constituant ensuite les protéines en cours de synthèse, et de suivre l’évolution de ces protéines au cours du temps (chase). De cette façon, on peut voir quelle étape de la synthèse de la sucrase-isomaltase est altérée. Des cellules Caco-2 contrôles et des cellules Caco-2 infectées par le rotavirus RRV subissent un pulse d’1 heure avec de la méthionine-35S, puis la localisation de la sucrase-isomaltase dans la cellule est suivie au cours du temps. Après chaque temps de chase, on fait immunoprécipiter la sucrase- isomaltase des cellules contrôles (C) et infectées par RRV (I) ; ces protéines recueillies sont analysées par SDS-PAGE. Le graphique B représente la quantité de sucrase-isomaltase en cours de synthèse dans les cellules Caco-2 contrôles et infectées par RRV, à différents temps de chase. Exercice Exercice Question 6 : En vous basant sur les documents ci-dessus et vos connaissances, indiquer la (les) proposition(s) exacte(s) : A. La quantité de sucrase-isomaltase synthétisée dans les cellules Caco-2 contrôles est inférieure à la quantité de sucrase-isomaltase synthétisée dans les cellules Caco-2 infectées par RRV. B. L’image A est obtenue par microscopie photonique. C. Une chase réalisée tout de suite après le pulse ne met en évidence que des sucrase-isomaltases à 200 kDa. D. Après 3 heures de chase, on trouve la même proportion de sucraseisomaltase 200 kDa et 210 kDa dans les cellules contrôles et dans les cellules infectées par RRV. E. On en déduit que la synthèse de la sucrase-isomaltase n’est pas altérée par le rotavirus RRV. Exercice Question 6 : CDE A. Faux : on voit bien sur le graphe du bas que la quantité de SI est égale que les cellules soient contrôles ou infectées (et puis elle est même minimalement supérieure !). On peut avoir une confirmation de par l’épaisseur des bandes du SDS-PAGE (c’est bien l’épaisseur qui indique la quantité et non la largueur de la bande !). B. Faux, même archi-faux. Je vous renvoie à la technique de SDS-PAGE dans votre cours de biochimie (le SDS-PAGE est utilisé dans les cours de biocell et de bioch, et il faut connaître son fonctionnement). C. Vrai : une chase réalisée 0 heure après le pulse ne révèle que des SI à 200 kDa, cf. le SDS- PAGE. D. Vrai : il fallait regarder le SDS-PAGE pour avoir la proportion. On voit bien que l’épaisseur des bandes est sensiblement la même dans les cellules contrôles et infectées. E. Vrai : en effet, vu qu’on n’a pas d’altération dans les proportions 200/210 kDa et que la quantité ne varie presque pas (et même augmente légèrement), la synthèse de la SI n’est pas altérée :)