evolutionary genomics genomique evolutive
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evolutionary genomics genomique evolutive
EVOLUTIONARY GENOMICS GENOMIQUE EVOLUTIVE President : Michel VEUILLE Muséum National d'Histoire Naturelle, Département Systématique et Evolution Paris, France Vice-President : Laurent EXCOFFIER Institute of Zoology, Computational and Molecular Population Genetics Laboratory, Bern, Switzerland Roscoff (Brittany), France 2-6 mai 2007 - May 2-6, 2007 Wednesday, May 2nd CNRS – Hotel Gulf Stream 15:30-20:00 Arrival and Registration 19:00-19:30 Welcome drinks 19:30-20:45 Dinner =============== CNRS – Yves Delage Building (15 mn walk from Hotel Gulf Stream) Opening general session 21:00-21:15 Michel VEUILLE (Paris, France) Welcome and opening Accueil et ouverture 21:15-21:45 Patrick WINCKER (Evry, France) Insights into chordate genome evolution from the genome sequence of the tunicate Oikopleura dioica Apports du séquençage du génome du tunicier Oikopleura dioica à la génomique évolutive des cordés 21:45-22:15 Axel MEYER (Konstanz, Germany) Evidence of selection in the evolution of color genes and reproductive isolation in cichlid fish Preuves de la sélection sur l'évolution des gènes de coloration et isolement reproductif chez les cichlidés -4- Thursday, May 3rd Session I Diversity resulting from mutation, recombination, and their interaction Diversité résultant de la mutation, recombinaison et leurs interactions Chair: Erick Denamur and Olivier Tenaillon 09:00-09:30 Gil McVEAN (Oxford, United Kingdom) The evolution of recombination hotspots in humans L'évolution des points-chauds de recombinaison chez l'humain 09:30-10:00 Vincent DAUBIN (Villeurbanne, France) Thousands of gene trees to reconstruct the history of life Des milliers d'arbres génétiques pour reconstruire l'histoire de la vie 10:00-10:30 Laurent DURET (Villeurbanne, France) The evolutionary impact of whole-genome duplications: insights from Paramecium tetraurelia L'impact évolutif des duplications de l'ensemble du génome : l'apport de Paramecium tetraurelia 10:30-10:45 Sébastien LECLERCQ (Montpellier, France) Distributions of very short microsatellites are not consistent with a neutral model of appearance by substitution La distribution des microsatellites très courts n'est pas compatible avec un modèle neutre d'apparition par substitution 10:45-11:15 Coffee break – Pause café 11:15-11:45 Montgomery SLATKIN (Berkeley, USA) Concordance and discordance of gene trees of linked sites in closely related Species Concordance et discordance des arbres génétiques des sites liés dans les espèces étroitement apparentées 11:45-12:15 Peter D. KEIGHTLEY (Edinburgh, United Kingdom) Inferring rates and properties of new mutations in Drosophila Inférence des propriétés et taux des nouvelles mutations chez Drosophila 12:15-12:30 Gabriel MARAIS (Villeurbanne, France) Consequences of absences of recombination in Y genes from dioecious plants Conséquences de l'absence de recombinaison des gènes de l'Y chez les plantes dioïques 13:00-14:30 Lunch - Déjeuner -5- Session II Constraints and adaptation of gene expression Contraintes et adaptation au niveau de l'expression des gènes Chair: Gabriel Marais 15:00-15:30 Erick DENAMUR (Paris, France) Transcriptome polymorphism in the Escherichia coli/Shigella species Polymorphisme du transcriptome dans l'espèce Escherichia/Shigella 15:30-16:00 Marc ROBINSON-RECHAVI (Lausanne, Switzerland) Organising transcriptome data to study vertebrate evolution of development Organisation des données du transcriptome pour l'étude de l'évolution du développement des vertébrés 16:00-16:15 Lino OMETTO (Lausanne, Switzerland) Evolution of gene expression across castes in fire ants Evolution de l'expression des gènes entre les diffèrentes castes de fire ants 16:15-16:30 Hélène QUACH (Paris, France) A microRNA view on the evolution of human gene regulation in nature L'évolution de la régulation des gènes humains vue à travers les microARNs 16:30-17:00 Coffee break – Pause café 17:00-17:15 Deena SCHMIDT (Ithaca, USA) Rapid turnover of transcription factor binding sites in organisms with large effective population size Turnover rapide des sites de fixation aux facteurs de transcription dans les organismes à grande taille de population 17:15-17:30 Juliette de MEAUX (Köln, Germany) Evolution of seed dormancy in Arabidopsis thaliana Evolution de la dormance de la graine chez Arabidopsis thaliana 17:30-17:45 Darren OBBARD (Edinburgh, United Kingdom) Arms-race selection on an antiviral gene : effects on genomic diversity Sélection type "course à l'armement" sur un gène antiviral: effets sur la diversité génomique 17:45-18:00 Jean-François GOUT (Villeurbanne, France) Translational control of splicing in eukaryotes : Lessons from the Paramecium genome Contrôle traductionnel de l'épissage chez les eucaryotes: leçons issues du génome de la paramécie 18:45-20:15 Dinner – Dîner 20:30-22:30 Poster session I Session de communications affichées I -6- Friday, May 4th Session III Inferring demography from DNA diversity Inférences sur la démographie à partir de la diversité de l'ADN Chair: Evelyne Heyer and Frédéric Austerlitz 08:30-09:00 Laurent EXCOFFIER (Berne, Switzerland) Building better human demographic models to detect selection at the molecular level Construire de meilleurs modèles démographiques humains pour détecter la sélection à l'échelle moléculaire 09:00-09:30 Rasmus NIELSEN (Copenhagen, Denmark) Demography and selection affecting human genomic variation Démographie et sélection affectant la variation génomique humaine 09:30-10:00 Evelyne HEYER (Paris, France) Social behaviour and genetic diversity in human populations Comportement social et diversité génétique des populations humaines 10:00-10:15 Thierry WIRTH (Paris, France) Out of Mesopotamia : origin and spread of the Mycobacterium tuberculosis complex Out of Mesopotamia : origine et dispersion du complexe Mycobacterium tuberculosis 10:15-10:30 Myriam HEUERTZ (Brussels, Belgium) Nucleotide diversity and demographic history of African lowland rain forest tree species Diversité nucléotidique et histoire démographique des arbres de la forêt pluviale africaine 10:30-11:00 Coffee break – Pause café 11:00-11:30 Noah A. ROSENBERG (Ann Arbor, USA) A genome-wide analysis of population genetic variation in Latin America Analyse de la variation génétique des populations d'Amérique latine à l'échelle du génome entier 11:30-12:00 John WAKELEY (Cambridge, USA) Inferences about the structure and history of populations Inférences sur la structure et l'histoire des populations 12:00-12:30 Montserrat AGUADE (Barcelona, Spain) Effects of selection, demography and recombination on nucleotide variation Effets de la sélection, de la démographie et de la recombination sur la variation nucléotidique 12:30-12:45 John E. POOL (Copenhagen, Denmark) Population size changes reshape genomic patterns of diversity Les changements de taille de population restructurent les profils de diversité -7- 13:00-14:15 Lunch - Déjeuner Free afternoon : boat trip to Batz Island Après-midi libre: voyage en bateau à l’île de Batz Dinner in local restaurants Dîner libre dans les restaurants locaux 21:00-22:30 Poster session II Session de communications affichées II -8- Saturday, May 5th Session IV Evidencing the consequences of gene interactions Mise en évidence et conséquences des interactions géniques Chair: Catherine Montchamp-Moreau 09:00-09:30 Andrew G. CLARK (Ithaca, USA) Exploring the evolution of gene regulatory networks Exploration de l'évolution des réseaux de régulation génétique 09:30-10:00 Csaba PÁL (Oxford, United Kingdom) Evolution of metabolic networks Evolution des réseaux métaboliques 10:00-10:30 Dominique SCHNEIDER (Grenoble, France) Phenotyptic and genetic evolution during a long-term experiment with Escherichia coli : involvement of different gene regulation levels Evolution phénotypique et génétique au cours d'une expérience d'évolution à long terme chez /Escherichia coli/: implication de différents niveaux de régulation génétique 10:30-10:45 Maria ANISIMOVA (London, United Kingdom) Phylogenomic analysis of natural selection pressure in Streptococcus Analyse phylogénomique de la pression de sélection naturelle chez Streptococcus 10:45-11:15 Coffee break – Pause café 11:15-11:45 Daniel M. WEINREICH (Providence, USA) Intragenic epistasis and natural selection in theory and practice Epistasie intragénique et sélection naturelle en théorie et en pratique 11:45-12:15 Thomas BATAILLON (Aarhus, Denmark) Molecular evolution of plant genes involved in the recognition of symbiotic bacterial and fungal partners Evolution moléculaire des gènes de plantes impliqués dans la reconnaissance de leurs partenaires symbiotiques, bactéries et champignons 12:15-12:30 Dominique DE VIENNE (Gif-sur-Yvette, France) The role of selection in evolution of enzyme concentrations in metabolic systems Rôle de la sélection dans l'évolution des concentrations d'enzymes dans les systèmes métaboliques 13:00-14:30 Lunch - Déjeuner -9- Session V Genomic signature of selection Signatures génomiques de la sélection Chair: Xavier Vekemans 15:00-15:30 Wolfgang STEPHAN (Planegg-Martinsried) Population genetics of adaptation Génétique des populations et adaptation 15:30-16:00 Catherine MONTCHAMP-MOREAU (Gif-sur-Yvette, France) Dynamics of the sex-ratio trait in Drosophila simulans: a case of non adaptative and two-locus selection Dynamique du trait sex-ratio chez Drosophila simulans : exemple de sélection nonadaptative et de sélection à deux locus. 16:00-16:30 Michel VEUILLE (Paris, France) Comparative population genomics of Drosophila sibling species Génomique comparative des populations d'espèces sœurs de Drosophile 16:30-16:45 Jeffrey JENSEN (La Jolla, USA) Identifying adaptively important loci in non-equilibrium populations Identification de locus responsables de l'adaptation dans des population hors équilibre 16:45-17:00 Elodie GAZAVE (Barcelona, Spain) Patterns and rates of intron divergence between humans and chimpanzees : the hallmark of selection Patrons et dynamique de divergence d'introns entre l'homme et le chimpanzée: signature de la sélection 17:00-17:30 Coffee break – Pause café 17:30-18:00 Lluis QUINTANA-MURCI (Paris, France) The impact of natural selection in human population differentiation L'impact de la sélection naturelle sur la différenciation entre populations humaines 18:00-18:30 Maud TENAILLON (Gif-sur-Yvette, France) Patterns of selection associated with maize domestication Profils de sélection associés à la domestication du maïs 18:30-18:45 Meike THOMAS (Köln, Germany) An estimate of the frequency of positive selection in natural populations of the house mouse Estimation de la fréquence de sélection positive en populations naturelles de souris domestique 19:30 Drinks - Apéritif 20:00 Conference dinner – Dîner de clotûre - 10 - Sunday, May 6th Session VI Divergence between populations and speciation Divergence des populations et spéciation Chair: Maud Tenaillon 08:45-09:15 Jody HEY (Piscataway, USA) Improving population genetic models of divergence Amélioration des modèles de génétique des populations de divergence 09:15-09:45 Pierre BOURSOT (Montpellier, France) Towards a genomic view of subspecies differentiation, reticulation and hybridization in the house mouse Vers une approche génomique de la différentiation entre sous-espèces,de la reticulation et de l'hybridation chez la souris domestique 09:45-10:15 Xavier VEKEMANS (Villeneuve d’Ascq, France) Population structure and interspecific differentiation in a genomic region subject to strong balancing selection in the genus Arabidopsis Structure de population et différenciation interspécifique dans une région génomique soumise à une forte sélection balancée dans le genre Arabidopsis 10:15-10:30 Caroline SCOTTI-SAINTAGNE (Kourou, Guyane) Effect of natural selection and chromosomal rearrangements in the maintenance of closely related species Effet de la sélection naturelle et de réarrangements chromosomiques dans le maintien d'espèces soeurs 10:30-10:45 Nicolas BIERNE (Sète, France) Genomic contrasts in hybrid zones Contrastes génomiques dans les zones hybrides 10:45-11:00 Conclusions 11:00 Coffee break – Pause café Bus to Morlaix railway station 11:10 Departure from CNRS-Hotel Gulf Stream 11:20 Departure from CNRS-Hotel de France No stop at the other hotels Bus to Brest airport 11:20 Departure from CNRS-Hotel Gulf Stream 11:30 Departure from CNRS-Hotel de France No stop at the other hotels - 11 -