SARM-H - Spiral

Magali Dodémont
Centre National de Référence MRSA-Staphylocoques,
Service de Microbiologie,
ULB, Hôpital Erasme
Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM)
o Années 60, première description de SARM en milieu hospitalier
• SARM-H (SARM hospitalier)
o Années 90, description de SARM dans la population générale
• SARM-C (SARM communautaire)
o Vers 2000, description de transmission de SARM d’origine
animale à l’homme
• SARM-AE (SARM associé à l’élevage)
Définition des SARM communautaires (SARM-C)
o Définition du CDC:
• SARM-C: souches de SARM isolées à partir de patients
ambulatoires ou de patients hospitalisés depuis moins de 48h
‐ Chez ces patients:
– pas d’historique d’infection ou de colonisation à SARM
Au cour de l’année qui précède:
– pas d’hospitalisation ou d’admission dans une maison de repos
– pas de dialyse, ni d’opération
– pas d’implantation d’appareils médicaux (cathéters ...)
http://www.cdc.gov/ncidod/dhqp/ar_mrsa_ca_clinicians.html#4
Définition des SARM communautaires (SARM-C)
o Définition basée sur des marqueurs génétiques:
• Présence de LPV (Leucocidine de Panton-Valentine)
• Présence d’une cassette SCCmec type IV, V, ou VII (11 types de
cassette SCCmec à ce jour)
SARM communautaires (SARM-C)
o Différences avec le SARM-H
• Démographique: sujets + jeunes
• Clinique
‐ Infections cutanées primitives suppuratives (95% des cas)
‐ Pneumonies nécrosantes
‐ Arthrites, ostéomyélites, pyomyosites, thrombophlébites septiques
• Génétique: clones différents de ceux circulant dans les hôpitaux
• Sensibilité aux AB: moins multi-résistants
SARM communautaires (SARM-C)
o Facteurs de risque:
- Promiscuité (collectivité fermée), manque d’hygiène, milieu
socio-économique défavorable
- Utilisation de drogues IV
- Activités sportives de groupe
- Prisonniers, militaires
- Homosexualité
- Origine étrangère ou voyage < zones SARM-C à prévalence
élevée
Otter and French, Lancet Infect Dis. 2010 Apr;10(4):227-39
Longtin et al. clin Microbiol Infect 2009;15:552-59
Emergence des SARM-C
o Prévalence de SARM-C très variable d’un pays à l’autre
o Dispersion à travers le monde de plusieurs clones de SARM-C
o Emergence et dissémination de SARM-C dans les hôpitaux
• Remplacement de SARM-H par SARM-C dans les milieux
hospitaliers (spécialement aux Etats-Unis et à Taiwan)
SARM-C responsables d’infection acquise à l’hôpital
o Introduction croissante de SARM-C dans les hôpitaux
o Europe
• Grèce, ST80 cause 25% des infections acquises à l’hôpital en 2004
Chini V et al. Scand J Infect Dis 2008;368
• Mais prévalence toujours faible (<2%) en Allemagne et Belgique
Vandendriessche S. et al. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2012;2283
Schaumburg F et al. J Clin Microbiol 2012;3186
o Etats-Unis: l'épidémiologie à la fois dans la communauté mais aussi de plus
en plus dans les hôpitaux est dominée par le clone ST8-IV, spa T008 (USA300)
Seybold, CID, 2006; 42:647–56 Klevens, CID, 2006; 389;
Miller, Emerg Inf Dis 2007;236;
o Taiwan: ST59 VT est responsable de 13% des infections SARM-H
Huang, CMI,2008;14:1167-72
Epidémiologie des SARM-C
o Amérique du nord: clone USA300 (ST8-IV) endémique
o Europe:
• Prévalence basse, mais en augmentation
• clone européen (ST80-IV) majoritaire
• Tendance à la diversification des clones avec une proportion
croissante du clone USA300
o Asie Océanie: clone du Sud-Ouest Pacifique/Océanie (ST30-IV),
Queensland clone (ST93-IV)
o Asie: clone Taiwanais (ST59-IV, ST59-V), USA700 (ST72-IV)
o Afrique: clone ST88-IV
Otter et al. Lancet Infect Dis 2010;10:227-39
Blanco et al. J. Clin. Microbiol. 2011
Répartition mondiale des clones SARM-C positive pour la LPV
Cinq lignées dominent
ST80-IV (clone européen), ST8-IV (USA300), ST30-IV (clone Sud-ouest
Pacifique/Océanie), ST59-IV/V (Taiwan),ST1-IV (USA400) DeLeo FR et al. Lancet 2010: 1557
Système de surveillance en Belgique
o Depuis 2002, les laboratoires de microbiologie sont invités à
envoyer au CNR les souches de SARM-C pour recherche
d’exotoxines
o Chaque souche est envoyée avec un formulaire de demande
avec les informations démographiques et cliniques suivantes :
•
•
•
•
•
•
Âge et sexe du patient
Site clinique
Date de l’échantillon
Antécédent d’hospitalisation
Contexte de voyage
Cas sporadique ou cluster
Epidémiologie du SARM-C en Belgique, 2003-2009
o Premières descriptions: 2003-2004
o Souches principalement isolées chez enfants et jeunes
adultes à partir d’infections cutanées et des tissus mous
o Majorité des SARM-C appartenant au clone ST80-SCCmec
IV (clone prédominant en Europe)
o Apparition de SARM-C appartenant au clone ST8-SCCmec IV
(USA300) de 0% en 2005 à 33% en 2009
o Diversification clonale de 3 STs en 2005 à 9 STs en 2009
Denis et al. J Antimicrob Chemother. 2005 Dec;56(6):1103-6
Brauner et al. J Clin Microbiol Infect Dis (2013) 32:613-620
Distribution des SARM-C en Belgique entre
2003 et 2010
60
50
Autre
ST8-IV
ST80-IV
ST8-IV (USA 300)
ST30-IV
40
30
20
10
0
2003-04
2005
2006
2007
2008
2009
Objectifs de l’étude
o Objectifs primaires:
• Déterminer l’épidémiologie moléculaire des souches SARM-C positifs
pour la leucocidine de Panton-valentine (LPV +) en Belgique entre 20102014 (juillet)
o Objectifs secondaires
• Décrire les caractéristiques cliniques et démographiques des patients
présentant des infections à SARM-C
Méthodologie
o Caractérisation des souches de S. aureus
• Confirmation de l’identification et de la résistance à la
méticilline des S. aureus par PCR
16S rRNA: Genus Staphylococcus
mecA: résistance à méthicilline
Nuc: géne spécifique de S. aureus
• Détection de toxines par PCR
‐ LPV (leucocidine de Panton-Valentine): gènes lukS-lukF
‐ TSST (toxic shock syndrome toxin): gène tst
‐ exfoliatines A, B et D: gènes eta, etb et etd
– exfoliatine D, marqueur du clone européen
Maes N et al. J Clin Microbiol 2002
Lina G et al. Clin. Infect. Dis. 1999:29
Non
SARM
SARM
Méthodologie
o Typage moléculaire
Pour l’ensemble des souches:
• Typage du gène spa
‐ Séquençage d’une région répétée du gène spa codant pour la
protéine de surface A de S. aureus
Pour une souche appartenant aux principaux spa CC
• MLST (Multi Locus Sequence Typing)
‐ Séquençage de 7 gènes de ménage
Harmsen D. et al. JCM 2003:41
Enright M. et al JCM 2002:38
Méthodologie
o Typage moléculaire
Pour une souche représentant les principaux spa types
• Typage de la cassette SCCmec
‐ Détermination des complexes ccr et mec par PCR
INTEGRATION
SCCmec
SCCmec
orfX
orfX
Oliveira D.C. et al. AAC 2002:46
mec
ccr
Type
ccr
mec
I
1
B
II
2
A
III
3
A
IV
2
B
V
5
C2
VI
4
B
VII
5
C1
VIII
4
A
IX
1
C2
X
7
C1
XI
8
E
Méthodologie
o Caractérisation des souches de S. aureus LPV
• Détection du gène arcA par PCR
‐ Partie de l’élément mobile ACME (arginine catabolite mobile element)
‐ Marqueur du clone USA300
SARM ST8-IVa/USA300 :
Résultats
o Souches (n = 1311) reçues au CNR pour recherche de toxines, 2010-2014 (juillet)
400
Nombre de souches
350
354
300
250
200
226
248
261
2011
2012
222
150
100
50
0
2010
2013
2014
Résultats
o Distribution SASM (n= 520)/SARM (n= 791)
400
Nombre de souches
350
300
SARM LPV+ (n = 356)
SARM LPV- (n = 435)
SASM (n = 520)
250
200
150
100
50
0
2010
2011
2012
2013
2014
Résultats
o Caractéristiques démographiques des patients avec une
souche SARM-C LPV+
% de patients
50,%
Homme (n = 197)
40,%
Femme (n = 159)
30,%
20,%
10,%
0,%
0-17
Age médian: 27 ans
18-34
35-49
Age
50-64
≥65
Résultats
o Origine clinique des souches SARM-C LPV+
Nombre de cas
300
250
200
150
100
50
0
Divers
Cellulite
Abcès
Impétigo
Furoncle
Résultats
o Distributions des génotypes de SARM-C LPV+, 2010-(mi-)2014
Autres
ST30-IV
ST8-IV
ST5-IV
ST80-IV
Nombre de souches
100
90
80
70
60
50
40
30
20
10
0
ST97-IV
ST59-V
ST8-IV USA 300
2010
2011
2012
2013
2014
Résultats
o Typage des souches SARM-C LPV+, 2010-2014 (juillet)
Nombre de souches
180
150
Clone USA 300
120
90
60
30
0
ST8-IV ST80-IV ST30-IV ST59-V ST5-IV ST97-IV Autres
Résultats
o Typage de la cassette SCCmec (n = 28)
• SCCmec IV: 92.9 %  clones ST1, ST5, ST8, ST9, ST22, ST30, ST80,
ST97, ST121, ST152
ccrA/B 2 or 4
Dmec
dcs
• SCCmec V: 7.1 %  clone ST-59
SCCmec Type IV
(20-24 kb)
Résultats
o Cluster SARM-C LPV+
• 2013: 4 cas
• Juillet 2014: 3 cas
 Majoritairement des cas sporadiques
 Rares petits clusters familiaux : 2 à 4 cas
Résultats
o Pourcentage de SARM PVL dans hôpitaux belges, surveillances
nationales, 2005-2013
Résultats
o Prévalence des infections cutanées et sous-cutanées aux SARM-C
dans la région Bruxelles-Capitale
• Etude prospective multicentrique (7 mois)
• Patients ambulatoires ou hospitalisés < 48h présentant
une infection cutanée < 1 semaine (n = 159)
• Prélèvement des échantillons au niveau de l’infection cutanée
• Identification des isolats dans chaque laboratoire de bactériologie
des hôpitaux participants
• Envoi des souches de S. aureus au CNR
Résultats
o Prévalence des infections cutanées et sous-cutanées aux SARM-C
dans la région Bruxelles-Capitale
- 6.3 % de SARM (n = 10) et 47.2 % de SASM (n = 75)
- Détection des toxines par PCR (36%):
- 60% SARM LPV + dont majorité de ST80-IV et ST8-IV (USA300)
- 33% des SASM LPV+
Résultats
o Portage naso-pharyngé des SARM chez des enfants d’âge préscolaire
en bonne santé
•
•
•
•
•
830 échantillons (< 333 enfants de 3 à 6 ans)
286 échantillons (34%) positifs pour du S. aureus (< 185 enfants)
14 échantillons (3%) positif pour du SARM (< 11 enfants)
50% des SARM appartiennent au clone ST8-IV (SARM-H)
Absence de LPV parmi les SARM
Blumental et al. J Antimicrob Chemother. 2013 Jul;68(7):1517-23
Conclusions
o L’USA 300 est devenu le clone majoritaire en Belgique
o  de la fréquence des clones ST30 et ST59
Au détriment du clone européen ST80
o Prévalence des SARM-C en milieu hospitalier en Belgique
reste faible mais en légère augmentation
o Portage des SARM-C dans la population saine pédiatrique
est bas
Conclusions
o La prédominance du clone USA 300 est préoccupante en
raison de la virulence et la transmissibilité accrue de ce clone
o Une surveillance active et rapide de l'incidence temporelle et
géographique de ces souches est nécessaire
o Ces données renforcent l'importance des outils
d'identification rapide pour détecter et / ou identifier ces
souches virulentes
Remerciements
o L’équipe du Centre National de Référence S. aureus
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
O. Denis
A. Deplano
S. Vandendriesssche
M. Argudin
R. De Mendonça
C. Nonhoff
S. Rosin
R. De Ryck
S. Rottiers
D. Sibret