Infrastructures

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Sommaire
2 CENTRES NATIONAUX
Centre National de Séquençage
Genoscope ............................ (CF p.78)
Centre National de Genotypage (CF p.79)
2 PLATEFORMES NATIONALES
Plateforme nationale de production
de puces à ADN ............................ 102
Plateforme puces ADN végétal ........ 103
Plateforme Evr@ : Environnement
Virtuel et Réalité @ugmentée .......... 109
Plateforme Optique ........................ 110
6 PLATEAUX TECHNIQUES
Irradiateur de cellules .................... 111
Microscope électronique
à transmission ............................... 112
Station RMN ................................. 113
Microscope à force atomique .......... 114
7 PLATEFORMES TECHNOLOGIQUES
Station de tri cellulaire ................... 110
Centre d’exploitation et de recherche
fonctionnelle expérimentale
(CERFE) ........................................ 104
Plateau technique
de la Pépinière d’entreprises .. (CF p.16)
Plateforme Evaluation préclinique
et imagerie .................................... 105
The Open Biochip Center ................ 106
Plateforme MicroScope :
Bases de données pour l’annotation
de génomes bactériens ................... 107
Plateforme spectrométrie
de masse ...................................... 108
BIENTÔT OUVERTS
• Centre de bioproduction
Genopole® MAbgène ........... (CF p.36)
• Centre de Ressources Biologiques
• Plateforme de silanisation
EN PROJET
• Service d’imagerie du petit animal
• UN CENTRE DE CONFÉRENCE INTERNATIONAL : LE GÉNOCENTRE (CF p.14)
• UNE BIBLIOTHÈQUE ÉLECTRONIQUE DE SITE
• UN RÉSEAU MÉTROPOLITAIN À HAUT DÉBIT (RÉSEAU ÉVRY-VAL D’ESSONNE)
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Infrastructure
PLATEFORME NATIONALE
DE PRODUCTION DE PUCES A ADN
Labellisée RIO
DOMAINES D’ACTIVITÉ
Puces à ADN.
Plateforme technologique
LABORATOIRE
D’ACCUEIL
Service de
Génomique Fonctionnelle
TUTELLES DU
LABORATOIRE D’ACCUEIL
CEA-DSV / Université
d’Evry - Val d’Essonne
DIRECTEUR
Xavier GIDROL
RESPONSABLE
DE LA PLATEFORME
Franck AMIOT
ÉQUIPEMENTS
2 Robots spotteurs :
- 2 Robots Microgrid II de Biorobotics avec des aiguilles pleines.
- 1 Robot manipulateur de liquides CyberlabC250 (Gilson)
3 Scanners :
- 1 Lecteur 4000b Axon
- 1 Lecteur Agilent
- 1 Lecteur ScanArray5000 de Packard
1 BioAnalyser Agilent (pour le contrôle qualité des ARNm)
1 Appareil de RT-PCR quantitative ABI Prism (Perkin Elmer)
2 Serveurs Sun Microsystem 450
Plusieurs logiciels d’analyse d’images (Genepix Pro 3.0 ; Genespring
et un logiciel “maison”).
MODALITÉS D’ACCÈS
La plateforme est accessible à la communauté scientifique publique et
privée du site de Genopole selon des modalités spécifiques à définir
avec le CEA. Prendre contact avec :
COORDONNÉES :
CEA
Service de Génomique
Fonctionnelle
2, rue Gaston Crémieux
CP 5722
91057 EVRY Cedex
Franck Amiot
Tél : 01 60 87 34 95
Mail : [email protected]
SITE
www.genopole.com/html/fr/connai
tre/cite/outils/plateforme_sgf.html
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Infrastructure
PLATEFORME
PUCES ADN VÉGÉTAL
LABORATOIRE
D’ACCUEIL
Unité de Recherche en
Génomique Végétale (URGV)
TUTELLES DU
INRA / CNRS / Université
Evry-Val d’Essonne
Production de puces génome complet Arabidopsis : CATMA.
Hybridation, lecture de puces CATMA et Affymetrix pour l’analyse qualitative et quantitative de l’expression génétique dans le
domaine végétal.
ÉQUIPEMENTS
- 1 Station Affymetrix : 1 scanner semi confocal muni d’un logiciel de
pilotage / analyse MAS 5.0, Automatic Sample Treatment FS 400,
Hybridation Oven 640
- 1 appareil PCR system 9700, GeneAmp d'Applied Biosystems
(plaque 96)
- 2 Automatic Environmental SpeedVac Systems de Savant (rotor 12
plaques)
- 1 robot Genesis workstation 200 (TECAN)
- 1 Arrayer Microgrid II (Genomic Solutions)
- 1 Scanner Genepix 4000A (Axon).
DIRECTEUR
Michel CABOCHE
RESPONSABLE DE
LA PLATEFORME
Les personnes intéressées par l’utilisation de la plateforme de puces
à ADN végétal ainsi que par l’expertise du laboratoire de l’Unité de
Recherche en Génomique Végétale doivent prendre contact avec :
Jean-Pierre RENOU
COORDONNÉES
Unité de Recherche en
Génomique Végétale
CP 5708
91057 EVRY
Jean-Pierre Renou
Tél : 01 60 87 45 17
Fredérique Bitton (CATMA)
Tél : 01 60 87 45 20
Sandrine Balzergue (Affymetrix)
Tél : 01 60 87 45 28
SITE
www.evry.inra.fr/public/
index_fr.html
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Infrastructure
CENTRE D’EXPLORATION
ET DE RECHERCHE FONCTIONNELLE
EXPÉRIMENTALE (CERFE)
STRUCTURE
D’ACCUEIL
Genopole
TUTELLE DE LA
STRUCTURE D’ACCUEIL
GIP Genopole®
DIRECTEUR GÉNÉRAL
Pierre TAMBOURIN
RESPONSABLE
DE LA PLATEFORME
Naceur TOUNEKTI
SITE
DOMAINES D’ACTIVITÉ DE LA PLATEFORME
Elevage et exploration fonctionnelle du petit animal
(Rongeurs et Lagomorphes) :
- Production et distribution de modèles génétiques murins
- Explorations fonctionnelles et phénotypages
- Création de modèles expérimentaux
- Evaluations pré-cliniques in vivo.
ÉQUIPEMENTS
- Unités d’hébergement : portoirs ventilés, isolateurs
- Unités de manipulation : hottes
- Equipements de lavage automatisé, autoclavage et stérilisation
- Equipements communs de laboratoires (réfrigérateurs, congélateurs, incubateurs, PSM,...).
Le CERFE est accessible après soumission préalable des projets
à un comité d’évaluation. Pour les demandes d’utilisation des
installations, services, devis et contrats, prendre contact avec :
Naceur Tounekti
Tél : 01 60 91 32 80
www.genopole.fr
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Infrastructure
PLATEFORME ÉVALUATION
PRÉCLINIQUE ET IMAGERIE
Membre actif du GdR 2588 "Imagerie fonctionnelle du vivant"
LABORATOIRE
D’ACCUEIL
Généthon – Association loi 1901
TUTELLES DU
Outils et expertise pour l’exploration moléculaire, de la cellule
isolée à l’organisme vivant :
- Transfert de gènes (pharmacologie)
- Analyses histologiques, marquages (immuno-histochimie,
fluorescence)
- Imagerie (analyses morphométriques, microscopie confocale, microscopie spectrale, microscopie multiphoton)
- Analyses cellulaires et moléculaires (tri et clonage cellulaire, PCR
quantitative, développement de sondes)
- Evaluation fonctionnelle : physiologie musculaire et évaluation
dynamique
- Irradiation de matériel biologique.
AFM / Généthon
DIRECTEUR
Anne-Marie MASQUELIER
RESPONSABLE
DE LA PLATEFORME
Corinne LAPLACE
ÉQUIPEMENTS
Imagerie :
- Microscope inversé multi-photon Radiance 2000MP BioRad
- Microscope confocal spectral droit /Inversé Leica TCS SP2
- Microscope confocal spectral inversé Zeiss LSM 510 Meta
- Station de morphométrie Microvision : Microscope Nikon E600,
Logiciels de morphométrie et de cartographie (Histolab, Helix,
Cartograph et Archimed Pro).
COORDONNÉES
Généthon
1 bis, rue de l’Internationale
BP 60
91002 EVRY Cedex
Cytometrie - Tri Cellulaire :
- Analyseur - Trieur de cellules MoFlo (Dako Cytomation)
- Analyseur - Trieur de cellules Facscalibur (BectonDickinson).
MAIL
PCR Quantitative en temps réel :
- ABI prism 7900 (Applied Biosystems).
[email protected]
SITE
Caractérisation moléculaire :
- Station Liquichip (Qiagen).
www.genethon.fr
Irradiation de matériel biologique :
- Irradiateur Faxitron (Edimex).
Services, formations, conseils, devis et contrats.
Adresser les demandes par mail : [email protected]
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Infrastructure
THE OPEN BIOCHIP CENTER
STRUCTURE
D’ACCUEIL
Serial Genetics
DIRECTEUR ET
RESPONSABLE DE
LA PLATEFORME
Christophe VALAT
COORDONNÉES
Serial Genetics
91000 EVRY
SITE
DOMAINES D’ACTIVITÉ DE LA PLATEFORME
Production de prototypes de biopuces basse densité à vocation
industrielle
- Biologie Moléculaire (PCR,…)
- Spotting & Hybridation
- Analyse d’images et de données.
ÉQUIPEMENTS
Biologie Moléculaire :
- Bioanalyser Agilent 2100
- Robot pipeteur Eppendorf
- Machines PCR 96, 384
- Séquenceur ABI377.
Spotting & Hybridation :
- Spotter Affymetrix 417
- Station Lucidea SlidePro
- Four d’hybridation.
Analyse d’images et de données :
- Scanner Axon 4000B, Logiciel d’analyse Genepix 5.0, Serveur
- Stations de travail PC.
www.serialgenetics.com
Services, formations, conseils, devis et contrats,
adresser les demandes à :
Christophe Valat
Tél : 01 60 87 35 10
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Infrastructure
PLATEFORME MicroScope :
Bases de données pour l’annotation
de génomes bactériens
LABORATOIRE
D’ACCUEIL
Genoscope CNRS-UMR8030
TUTELLES DU
Développement d’outils destinés à l’annotation et à l’analyse de
génomes bactériens. Organisation et gestion des données génomiques dans des structures de bases de données.
Développement d’interfaces Web pour les outils et la plateforme
d’annotation MaGe (Magnifying Genomes).
Formation à l’annotation de génomes bactériens et à MaGe.
Annotation de génomes nouvellement séquencés et réannotation de génomes bactériens publiés.
Claudine MÉDIGUE
ÉQUIPEMENTS
MicroScope bénéficie de l’infrastructure informatique du Genoscope
pour le développement et la gestion des bases de données thématiques pour la (ré)annotation de génomes bactériens.
- Pipeline d’annotation automatique syntaxique et fonctionnelle.
- Calcul des groupes de gènes conservés (synténies) avec l’ensemble
des protéomes bactériens disponible dans les banques.
- Base de données relationnelles génomiques contenant les séquences et les résultats des méthodes et bases de données métaboliques (mise en œuvre des outils BioCyc de P. Karp).
COORDONNÉES
Genoscope CNRS/UMR8030
Atelier de Génomique
Comparative
91000 EVRY
1 - Accès aux bases de données et projets en cours via le site internet :
www.genoscope.cns.fr/agc/mage/wwwpkgdb/index.php
CNRS/GIP CNRG
DIRECTEUR
Jean WEISSENBACH
RESPONSABLE
DE LA PLATEFORME
SITE
2 - Accès aux prestations de services :
prendre contact avec Claudine Médigue
Tél. : 01 60 87 84 59
www.genoscope.cns.
fr/agc/MicroScope
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Infrastructure
PLATEFORME
SPECTROMETRIE DE MASSE
LABORATOIRE
D’ACCUEIL
Laboratoire Analyse
et Modélisation pour la
Biologie et l’Environnement
(LAMBE)
TUTELLES DU
Université d’Evry Val d’Essonne / CNRS / CEA
DIRECTRICE ET
RESPONSABLE DE LA
PLATORME
Jeanine TORTAJADA
COORDONNÉES
LAMBE
Université d’Evry-Val d’Essonne
Bâtiment Maupertuis
Bd. François Mitterrand
91025 EVRY Cedex
SITE
www.univ-evry.fr/PagesHtml/
laboratoires/LAE/index.htm
Etude des processus de cationisation et d’activation de molécules organiques et bio-organiques par des cations métalliques.
Analyse de polymères ou de macromolécules synthétiques.
Etudes structurales de protéines.
Etude d’interactions non-covalentes (polysaccharides-protéines,
ADN-polymères synthétiques, protéines-peptides, peptidescations métalliques).
ÉQUIPEMENTS
Spectrométrie de masse :
- TANDEM BEqQ ZAB-HSQ (VG Analytical)
- Trappe Ionique SATURNE 3 (Varian)
- Spectromètre API 2000 système HPLC/MS/MS (Applied Biosystems)
- Spectromètre de masse MALDI-TOF VOYAGER-DE™ STR (Applied
Biosystems)
- Spectromètre de masse Q-STAR PULSAR i (Applied Biosystems)
- Trappe Ionique ESQUIRE 3000 Plus (Bruker) .
Chromatographie :
- Electrophorèse Capillaire HP3D (Agilent)
- Chromatographie CPG Varian 3900
- HPLC (Watters, Merk)
- Chaîne HPLC (Perkin Elmer)
- Nano-LC (Systeme LC Packings).
Spectroscopie :
- MEB XL30 (Philips)
- IR-FT IFS 28 (Bruker)
- Spectrophotomètre UV-Visible (Varian) .
Modélisation :
- Parc de Stations de Travail (IBM).
Prendre contact avec Jeanine TORTAJADA
Tél : 01 69 47 76 58
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Infrastructure
PLATEFORME EVR@ :
Environnement Virtuel et Réalité @ugmentée
LABORATOIRE
D’ACCUEIL
Informatique Biologie
Intégrative et Systèmes
Complexes (IBISC)
TUTELLES DU
Université d’EvryVal d’Essonne / CNRS
Réalité Augmentée / Réalité Virtuelle
- Réalité Augmentée et télétravail collaboratif
- Réalité Virtuelle et interface Haptique.
ÉQUIPEMENTS
- Plateforme de Réalité Virtuelle Augmentée
- Serveur graphique et vidéo haute performance
- Projecteur par stéréoscopie active
- Plan de visualisation 3D
- Capteur de localisation de position
- Flystick et marqueurs.
Partenariats dans le cadre de projets de recherche nationaux ou
européens. Prendre contact avec Etienne Colle ou Malik Mallem.
Etienne Colle
DIRECTEUR
Etienne COLLE
RESPONSABLE
DE LA PLATEFORME
Malik MALLEM
Tél : 01 69 47 75 29
Malik Mallem
Tél : 01 69 47 75 15
COORDONNÉES
IBISC
Université d’EvryVal d’Essonne
CE 1455 Courcouronnes
40, rue du Pelvoux
91020 EVRY Cedex
SITE
lsc.univ-evry.fr
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Infrastructure
PLATEFORME
OPTIQUE
1. Acides nucléiques : Structure, Dynamique et Interactions.
- oligonucléotides modifiés de synthèse pour applications
en stratégie antigène.
- peptides cationiques amphipatiques et protéines de régulation
de la transcription.
2. Vectorisation et transport membranaire.
- vectorisation non-virale d’oligonucléotides antisens ou de siRNA
LABORATOIRE
- vectorisation par des vésicules spécifiques sécrétées par DicD’ACCUEIL
Laboratoire de Biophysique Molétyostelium discoideum.
culaire, Cellulaire et Tissulaire
3. Photoactivation moléculaire et applications biomédicales.
- Biophotonique moléculaire. Mécanisme d’action de molécules
TUTELLES
photoactivables. Corrélation avec la localisation cellulaire de ces
Université Paris VI
molécules.
Université Paris XIII / CNRS
- Biophotonique instrumentale. Outils de diagnostic basés sur
les spectroscopies de fluorescence et de diffusions élastique et
DIRECTEUR
inélastique de la lumière.
Mahmoud GHOMI
RESPONSABLE DU
PLATEAU TECHNIQUE
Daniel BRAULT
COORDONNÉES
BioMoCeTi, Genopole Campus1
5, rue Henri Desbruères
91030 EVRY Cedex
SITE
www-smbh.univ-paris13.fr/
smbh/recher/recherbiomoceti2.
html
ÉQUIPEMENTS
- Photolyse laser impulsionnelle
- Raman et Raman résonnant en continu et pulsé à la nanoseconde
(domaine spectral : de l’UV lointain à l’IR)
- Microspectrofluorimétrie confocale stationnaire et résolue en temps
par synchronisation de phase à la picoseconde
- Stopped-flow (en absorption et fluorescence)
- Fluorescence et polarisation de fluorescence, UV-visible
- Dichroïsme circulaire (CD).
Plateforme accessible après soumission des projets à un comité
scientifique. Pour les demandes d’utilisation des installations et services, prendre contact avec :
Daniel Brault
Tél : 01 69 87 43 62
110
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Infrastructure
IRRADIATEUR DE
CELLULES
Plateau technique
LABORATOIRE
D’ACCUEIL
Fonctionnelle
TUTELLES DU
d’Evry - Val d’Essonne
DIRECTEUR
Irradiation de matériel biologique
- Etudes de régénération par greffe de tissus lésés
- Evaluation de l’utilisation des cellules souches en thérapie cellulaire
- Mise en place et développement de protocoles de thérapie génique
(utilisation des cellules souches de l’adulte)
- Identification des mécanismes de développement des cancers et
développement de radiothérapies adaptées.
ÉQUIPEMENTS
Irradiateur IBL 637 de type médical à rayon gamma (produit par du
Césium 137).
L’irradiateur est accessible à la communauté scientifique publique et
privée du site de Genopole, à partir du premier trimestre 2006, selon
des modalités spécifiques à définir avec le CEA. Prendre contact
avec :
Xavier GIDROL
RESPONSABLE
DU PLATEAU TECHNIQUE
Franck Amiot
Tél : 01 60 87 34 95
Franck AMIOT
COORDONNÉES
CEA
fonctionnelle
CP 5722
91057 EVRY Cedex
SITE
www-dsv.cea.fr
111
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8/03/06 13:35:32
Infrastructure
MICROSCOPIE ÉLECTRONIQUE
A TRANSMISSION
Plateau technique
LABORATOIRE
D’ACCUEIL
Centre des Matériaux
Pierre Marie Fourt de
l’ECOLE DES MINES de Paris
TUTELLE DU
ENSMP
DIRECTEUR
Esteban BUSSO
RESPONSABLE DU
PLATEAU TECHNIQUE
Alain THOREL
COORDONNÉES
Ecole des Mines de Paris
Centre des matériaux
BP 87
91003 EVRY cedex
SITE
www.ensmp.fr
Biologie :
- Morphologie ultrastructurale
- Immunocytochimie ultrastructurale.
Physique des matériaux :
- Nanomatériaux et nouveaux alliages
- Endommagement structure et propriétés des interfaces
- Protection des matériaux, multimatériaux.
ÉQUIPEMENTS
Microscope Électronique à Transmission Tecnai F20 S-TWIN
Système de grandissement et d’imagerie
- Ensemble de lentilles intermédiaires et de lentilles de projection programmées pour des grandissements échelonnés de 50 à 1 000 000
- Gamme de grandissements en "aire sélectionnée" de 10 000 à 500 000
- Longueurs de caméra en "aire sélectionnée" de 20mm à 2000mm
- Diaphragme de sélection d'aire de 5 à 100µm, focalisé dans toute la
gamme de grandissement.
Spectromètre par sélection d’énergie des électrons et filtre en énergie
- Système d’imagerie filtrée en énergie (GIF) couplé à un spectromètre de perte d’énergie des électrons (PEELS) pour MET 200 FEG.
Caméras
- Caméra CCD à haute résolution Multiscan
- Caméra TV couplée au GIF
- Module de gestion de l’imagerie filtrée.
Détecteurs
- Détecteurs d’imagerie en STEM
- Détecteur de spectrométrie en dispersion d’énergie de photons X (EDX)
- Détecteur annulaire en champ sombre à grand angle (HAADF).
MODALITÉS D’ACCÈS ET CONTACTS
Pour toute demande d’utilisation, prendre contact avec :
Alain Thorel (Ecole des Mines)
Tél : 01 60 76 30 00
Anne Tarrade (INSERM U798)
Tél : 01 60 87 45 54
112
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Infrastructure
STATION RMN
Plateau technique
Structure, repliement, stabilité et dynamique de protéines en
solution
Interactions ligand/protéine, protéine/protéine, protéine/acide
nucléiques
Physiopathologie du cytosquelette et cycle cellulaire.
Laboratoire Structure et Reconnaissance des Biomolécules,
EA 3637
ÉQUIPEMENTS
- RMN 600 MHz et cryosonde
- Moyens de calcul pour la modélisation et la dynamique moléculaire
- Spectrofluorimètre (avec polarisation de fluorescence, contrôle de
température).
TUTELLE DU
Prendre contact avec : Patrick Curmi
LABORATOIRE
D’ACCUEIL
Tél : 01 69 47 01 87
DIRECTEUR ET
RESPONSABLE DE
LA STATION
Patrick CURMI
COORDONNÉES
LSRB
Rue du Père Jarlan
91025 EVRY
SITE
www.univ-evry.fr/pdf/ufr_sfa/recherche/struct_recon_biomol.pdf
113
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8/03/06 13:35:45
Infrastructure
MICROSCOPE
A FORCE ATOMIQUE
Plateau technique
LABORATOIRE
D’ACCUEIL
Caractérisation d’objets biologiques à l’échelle nanométrique
- Observation à l’air ou en milieu liquide de molécules biologiques
uniques (ADN, protéines)
- Etude de la formation de complexes ADN-ligands
- Etude des interactions de surfaces avec des molécules biologiques
- Mesures des forces d’interactions entre molécules biologiques à
partir de courbes d’approche-retrait.
Laboratoire d’Etude des
Milieux Nanométriques
ÉQUIPEMENTS
- 2 Microscopes AFM Nanoscope III (Digital Instruments)
TUTELLE DU
Prendre contact avec :
DIRECTEUR ET
RESPONSABLE DU
PLATEAU TECHNIQUE
Alain Zozime
Tél. : 01 69 47 76 72
Alain ZOZIME
COORDONNÉES
Laboratoire d’Etude des Milieux
Nanométriques
Rue du Père Jarlan
91000 EVRY
SITE
www.univ-evry.fr/labos/lmn/
index.html
114
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8/03/06 13:35:51
Infrastructure
STATION DE
TRI CELLULAIRE
Cytometrie en flux - Tri cellulaire.
Plateau technique
LABORATOIRE
D’ACCUEIL
Fonctionnelle
TUTELLES DU
d’Evry-Val d’Essonne
ÉQUIPEMENTS
- Cell sorter Mo Flow (DAKO/Cytomation) - 3 couleurs en excitation
(UV, rouge, bleu) et 8 couleurs en émission
- Analyseur (Cyan) (DAKO/Cytomation) - 3 couleurs en excitation (UV,
rouge, bleu) et 8 couleurs en émission.
MODALITÉS D’ACCÈS ET CONTACT
La plateforme est accessible à la communauté scientifique publique et
privée du site de Genopole selon des modalités spécifiques à définir
avec le CEA. Prendre contact avec :
Franck Amiot,
Tél : 01 60 87 34 95
DIRECTEUR
Xavier GIDROL
RESPONSABLE DE
LA STATION
Pierre Vaigot
Tél : 01 60 87 34 96
Franck AMIOT
COORDONNÉES
CEA
Fonctionnelle
CP 5722
91057 EVRY Cedex
SITE
www.genopole.com/html/
fr/connaitre/cite/outils/
plateforme_sgf.htm
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