Analyse temporelle du mésozooplancton dans la rade de

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Remerciements ...
L’écriture de ces quelques lignes signifie la fin d’une merveilleuse aventure. Durant ces 4
années, plein de superbes choses se sont passées et d’autres un peu moins bonnes … mais celles-là
s’effaceront très vite pour ne retenir que l’essentiel : toutes les personnes formidables que j’ai pu
rencontré et avec qui j’ai passé de très bons moments. A très bientôt !
Cette thèse s’est déroulée à l’Observatoire Océanographique de Villefranche-sur-Mer et je
remercie Michel Glass et Louis Legendre, respectivement directeur de l’Observatoire et du
Laboratoire Océanographique de Villefranche-sur-Mer pour leur accueil.
J’adresse tout d’abord mes remerciements au Professeur Paul Nival qui m’a fait confiance en
me permettant de suivre ce troisième cycle. Je le remercie également pour les discussions, ses conseils
et son aide tant sur le Point B que sur mes orientations futures. Enfin, je le remercie d’avoir accepté
de faire partie de ce jury.
Je tiens ensuite à remercier les autres membres du jury pour avoir accepté de faire partie de ce
jury et pour avoir pris de leur temps pour juger ce travail de recherche : JeanFromentin, Jean
Jean-Jean-Marc Fromentin
Pierre Durbec et Pierre Chardy.
Toute ma reconnaissance est destinée à Frédéric Ibanez, mon directeur de thèse … mais bien
plus encore …,, pour son soutien, sa confiance et son aide si précieuse pendant toutes ces années.
Merci pour m’avoir donné le goût de l’analyse numérique, de m’avoir guidé dans tous ces tests
statistiques. Qu’il sache que sans ses encouragements je n’aurai pas eu le courage d’aller jusqu’au
bout …
Ensuite, j’adresse mes remerciements à Gaby Gorsky pour m’avoir permis de collaborer à la
conception du ZOOSCAN et de travailler sur ce nouvel outil, « cette photocopieuse à bébêtes ».
Merci pour son aide, les idées, les discussions, les conseils … et tout le reste ! Merci …
Avec Gaby, il y a aussi une équipe : Merci à Marc Picheral pour les moments passés à régler le
ZOOSCAN, son aide et les dépannages express quand la machine faisait des siennes … et merci les
petits cafés et les moments passés ensemble hors du labo …
Merci à Philippe Grosjean pour sa grande expérience et son boulot énorme pour « dresser » la
machine à reconnaître toutes les bébêtes !
Merci à Isabelle Palazzoli pour le temps qu’elle a passé devant le coulter à compter la matière
particulaire et un GRAND merci pour son soutien …
Merci à Lars Stemmann pour son aide dans l’analyse des données, les idées et conseils pendant la
rédaction et d’avoir passé toutes ces heures à relire mon manuscrit.
Merci à Marie Eichinger et Chris Sainsbury, étudiants pendant mon doctorat pour leur aide
pendant la numérisation des quelques 800 échantillons …
Sans les taxonomistes du laboratoire de Villefranche-sur-Mer, nous n’aurions pas avancé si
vite. Merci à Suzanne Nival,
Nival JeanJean-Claude Braconnot,
Braconnot Claude Carré,
Carré Juan Carlos Molinero et
Stéphane Gasparini pour les heures passées devant l’écran à reconnaître les animaux.
Encore un autre merci à Stéphane Gasparini et à Elvire Antajan pour les déterminations des
copépodes des échantillons de 2002 et 1997 et un GRAND merci pour les discussions sur le monde
merveilleux des copépodes et du Point B.
Merci à Rodolphe Lemée pour les données phytoplanctoniques ainsi que pour son aide.
Merci à Louis Prieur pour son aide et ses conseils notamment au moment du traitement des
données météorologiques.
Je remercie également toutes les personnes, marins et techniciens, qui ont participé aux
prélèvements et aux analyses chimiques de tous ces échantillons du Point B depuis toutes ces
années, ainsi que l’IFREMER
IFREMER pour l’ensemble des données des comptages phytoplanctoniques.
Un ENORME merci à Isabelle Courtois et Martine Fioroni pour leur aide, leur disponibilité
et leur bonne humeur !!!
Merci à toutes les personnes de la physique, Delphine,
Delphine Juju,
Juju Simon, Malik,
Malik Caro Po pour leur
amitié, leurs discussions à table, et tous les moments que nous avons partagé. Mention spéciale pour
Françis : je ne vais pas trouver de mots assez fort pour te témoigner toute ma reconnaissance
pendant tout ce temps … les ballades, les baignades, les cafés etc … A très bientôt !
Merci à Rado pour son amitié et sa grande disponibilité, merci pour les conseils, les corrections
entre 2 avions, ou via la Tunisie ou le Portugal …
Un grand merci aussi à Lionel Pawlowski pour son assistance Matlab pendant toutes ces années et
pour son amitié.
Merci à Fabien et Lionel,
Lionel mon nouveau coloc’ … ce fut court mais j’ai apprécié la cohabitation
dans le bureau : garde moi une petite place, je reviens vite !
Merci à tous les joueurs du Hockey, à tous ces buts que vous m’avez laissé marquer tous les mardi
soir… et tachez d’être à l’heure dans le futur !!!
Un grand grand merci à toutes les personnes que j’ai rencontré à Villefranche en dehors du labo :
Gael, Véro, Coralyne, Titine, Paulo, Stéph’, Wilou : merci de votre soutien, de vos encouragements
ces derniers mois et pour tous ces moments : vous allez me manquer !!!
Mille Mercis à mon voisin préféré, BOBO qui s’est enfuit pour la dernière ligne droite.
Merci pour le petit café du matin sous l’olivier, pour les petits repas et pour tout ! Idem pour Alec
qui est parti trop tôt pour la Norvège, merci pour ton soutien, ton amitié et pour m’avoir écouté
quand ça n’allait pas.
Merci à Sophye (Grosfarc’) pour tout ce que tu m’as apporté … et plein de courage pour la
rédaction ! Tu verras, Grosch’ a réussi, pourquoi pas toi ??? Merci à Fredouille et Sophie, même
très loin, vous m’avez beaucoup aidé …
Un grand Bravo à tous pour m’avoir supporté ces derniers mois : je ne sais pas comment vous avez
fait car, même moi, des fois, j’avais du mal !!!!
Enfin, pour finir ces quelques lignes, un grand merci à ma famille pour son soutien et leurs
encouragements. Pardon d’avoir été si absente durant ces années … Mention spéciale pour mon
Papa à qui je dédie cette thèse pour lui prouver que j’ai enfin fini mes études cette fois ci. Merci
pour ce petit mot « courage » que tu me disais à chaque fois au téléphone … ça a marché !!! Merci
…
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Annexes
Annexe 1 : Estimation de la vitesse et de la direction du vent instantané au sémaphore du
Cap Ferrat à partir des mesures effectuées à l’aéroport de Nice (données Météo France).
Les bulletins météorologiques provenant du sémaphore du Cap Ferrat sont parfois
incomplets, notamment pour le vent et une correction des données de vitesse et de direction
est indispensable. En effet, compte tenu du relief et de l’orientation de la baie de Villefranchesur-Mer, les vitesses et les directions des vents diffèrent d’un lieu de mesure à l’autre pour le
même événement de vent.
Pour cette correction, nous disposons des deux séries de mesures quotidiennes pour 4
années. Nous avons étudié la relation existant entre les données de vitesse et de direction du
vent instantané enregistrés aux deux sites afin d’estimer les données au Cap Ferrat pour les
années où nous ne disposons que des données enregistrées à l’aéroport de Nice
-
Estimation de la vitesse du vent instantané au sémaphore du Cap Ferrat à partir des
mesures effectuées à l’aéroport de Nice
La comparaison des mesures de la vitesse du vent instantané (en m.s-1) effectuées au
sémaphore et à l’aéroport de Nice (figure 1) fournit une relation de type linéaire significative
(r2 = 0,806, significatif à un seuil de 1 %) entre les mesures de la vitesse du vent. Nous avons
ainsi estimé les valeurs de la vitesse au sémaphore à partir de celles provenant des mesures
faites à l’aéroport de Nice selon l’équation :
X=
Y − 2,332
0, 711
où X est la vitesse mesurée au sémaphore et Y celle mesurée à l’aéroport.
-1
vitesse enregistrée à l'aéroport (m.s )
35
y = 0,711x + 2,322
2
r = 0,806
30
25
20
15
10
5
0
0
5
10
15
20
25
30
35
40
-1
vitesse enregistrée au sémaphore (m.s )
Figure 1. Comparaison de la vitesse du vent instantané (en m.s-1) mesurée au sémaphore et à
l’aéroport de Nice-Côte d’Azur. La droite de régression linéaire est représentée et l’équation
de cette droite ainsi que le coefficient de détermination (significatif à 1 %) sont indiqués.
-
Estimation de la direction du vent instantané au sémaphore du Cap Ferrat à partir des
mesures effectuées à l’aéroport de Nice
Le relief géographique dans la plaine du Var où est situé l’aéroport de Nice conduit à de
fréquents coups vent fort (> 10 m.s-1) de secteur nord. Ces événements, appelés « brise de
terre » surviennent souvent à l’aube et essentiellement en automne dans cette zone et ne sont
pas enregistrés au Cap Ferrat (Prieur, comm. pers.). Ces événements particuliers à l’aéroport
n’ont pas été pris en compte dans cette comparaison des deux séries de mesures
direction enregistrée à l'aéroport (°)
La figure 2 illustre la comparaison entre les mesures de la direction du vent instantané
(en degrés) effectuées simultanément au sémaphore et à l’aéroport de Nice.
360
y = 0,575x + 5,388
2
r = 0,548
270
180
90
0
0
90
180
270
360
direction enregistrée au semaphore (°)
Figure 2. Comparaison de la direction du vent instantané (en degrés) mesurée au sémaphore
et à l’aéroport de Nice-Côte d’Azur. La droite de régression linéaire est représentée et
l’équation de cette droite ainsi que le coefficient de détermination (significatif à 1 %) sont
indiqués.
Le coefficient de corrélation (r = 0,74, significatif à un seuil de 1 %) montre donc que
les directions du vent mesurées aux deux sites sont corrélées et qu’il est possible d’estimer les
valeurs de la direction du vent instantané au sémaphore à partir des mesures faites
quotidiennement à l’aéroport de Nice selon l’équation :
X=
Y − 5,388
0,575
où X est la direction mesurée au sémaphore et Y celle mesurée à l’aéroport.
Annexe 2 :
Evolution temporelle de la concentration en matière particulaire (µm3.ml-1) des 7
classes de taille, pour les 6 profondeurs échantillonnées. Les graphiques représentent l’ensemble des
concentrations brutes des échantillons hebdomadaires (valeurs mesurées et valeurs estimées par la
méthode des EVF), pour la période d’étude 1995-2003.
Tableau 1 : Récapitulatif du nombre de semaines où la matière particulaire a été prélevée au
Point B, pour chacune des années de la période d’étude (de 1995 à 2003) et pour chacune des
profondeurs échantillonnées. Les données sont exprimées en nombre de semaines.
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
0m
32
40
42
44
51
45
43
50
51
10 m
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40
42
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44
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42
50
51
Σ
398
397
393
393
394
393
Année/Profondeur échantillonnée
Tableau 2 : Récapitulatif, pour l’ensemble de la période d’étude (1995-2003), du nombre de
semaines où la matière particulaire a été prélevée au Point B, du nombre de semaines étudiées
et du nombre de semaines où la concentration en matière particulaire a été estimée par la
méthode des EVF (Encadrés VII et VIII). Le nombre de semaines « estimées » est égal à la
différence entre le nombre de semaines étudiées et le nombre de semaines « échantillonnées ».
0 m 10 m 20 m 30 m 50 m 75 m
Nombre de semaines « échantillonnées »
de 1995 à 2003
Nombre de semaines étudiées
de 1995 à 2003
Nombre de semaines « estimées »
de 1995 à 2003
398
397
393
393
394
393
470
470
470
470
470
470
72
73
77
77
76
77
Classe 1 (2,9-3,8 µm) - 0 m
200000
180000
particules (µm 3.ml -1)
160000
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
1999 2000
2001 2002
2003
1999 2000
2001 2002
2003
1999 2000
2001 2002
2003
Classe 1 (2,9-3,8 µm) - 10 m
200000
180000
160000
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
Classe 1 (2,9-3,8 µm) - 20 m
200000
180000
160000
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
Classe 1 (2,9-3,8 µm) - 30 m
200000
180000
160000
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
1999 2000
2001 2002
2003
1999 2000
2001 2002
2003
1999 2000
2001 2002
2003
Classe 1 (2,9-3,8 µm) - 50 m
200000
180000
160000
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
Classe 1 (2,9-3,8 µm) - 75 m
200000
180000
160000
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
Classe 2 (3,8 - 4,9 µm ) - 0 m
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
1999 2000
2001
2002
2003
1999
2000
2001
2002
2003
1999
2000
2001
2002
2003
Classe 2 (3,8 - 4,9 µm ) - 10 m
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
Classe 2 (3,8 - 4,9 µm ) - 20 m
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
Classe 2 (3,8 - 4,9 µm ) - 30 m
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
1999
2000
2001 2002
2003
1999
2000
2001
2002
2003
1999
2000
2001
2002
2003
Classe 2 (3,8 - 4,9 µm ) - 50 m
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
Classe 2 (3,8 - 4,9 µm ) - 75 m
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
Classe 3 (4,9 - 6,4 µm ) - 0 m
200000
150000
100000
50000
0
1995
1996 1997
1998
1999
2000
2001 2002
2003
1999
2000
2001
2002
2003
1999
2000
2001
2002
2003
Classe 3 (4,9 - 6,4 µm ) - 10 m
200000
150000
100000
50000
0
1995
1996 1997
1998
Classe 3 (4,9 - 6,4 µm ) - 20 m
200000
150000
100000
50000
0
1995
1996 1997
1998
Classe 3 (4,9 - 6,4 µm ) - 30 m
200000
150000
100000
50000
0
1995
1996 1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
1999
2000
2001
2002
2003
1999
2000
2001
2002
2003
Classe 3 (4,9 - 6,4 µm ) - 50 m
200000
150000
100000
50000
0
1995
1996 1997
1998
Classe 3 (4,9 - 6,4 µm ) - 75 m
200000
150000
100000
50000
0
1995
1996 1997
1998
Classe 4 (6,4 - 8,4 µm) - 0 m
160000
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
1999
2000
2001
2002
2003
1999
2000
2001
2002
2003
Classe 4 (6,4 - 8,4 µm) - 10 m
160000
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
Classe 4 (6,4 - 8,4 µm) - 20 m
160000
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
Classe 4 (6,4 - 8,4 µm) - 30 m
160000
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
1999
2000
2001
2002
2003
1999
2000
2001
2002
2003
Classe 4 (6,4 - 8,4 µm) - 50 m
160000
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996
1997
1998
Classe 4 (6,4 - 8,4 µm) - 75 m
160000
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
Classe 5 (8,4 - 10,9 µm) - 0 m
160000
particules (µm3.ml-1)
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
1999 2000
2001
2002
2003
1999
2000
2001
2002
2003
1999
2000
2001
2002
2003
Classe 5 (8,4 - 10,9 µm) - 10 m
160000
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
Classe 5 (8,4 - 10,9 µm) - 20 m
160000
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
Classe 5 (8,4 - 10,9 µm) - 30 m
160000
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
1999 2000
2001
2002
2003
1999
2001
2002
2003
Classe 5 (8,4 - 10,9 µm) - 50 m
160000
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
Classe 5 (8,4 - 10,9 µm) - 75 m
160000
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
2000
Classe 6 (10,9 - 14,2 µm) - 0 m
180000
160000
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
1999
2000
2001
2002
2003
1999
2000
2001
2002
2003
Classe 6 (10,9 - 14,2 µm) - 10 m
180000
160000
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
Classe 6 (10,9 - 14,2 µm) - 20 m
180000
160000
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
Classe 6 (10,9 - 14,2 µm) - 30 m
180000
160000
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
1999
2000
2001
2002
2003
1999
2000
2001
2002
2003
Classe 6 (10,9 - 14,2 µm) - 50 m
180000
160000
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
Classe 6 (10,9 - 14,2 µm) - 75 m
180000
160000
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
1995
1996 1997
1998
Classe 7 (14,2 - 18,5 µm) - 0 m
200000
150000
100000
50000
0
1995
1996 1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2000
2001
2002
2003
2000
2001
2002
2003
Classe 7 (14,2 - 18,5 µm) - 10 m
200000
150000
100000
50000
0
1995
1996 1997
1998
1999
Classe 7 (14,2 - 18,5 µm) - 20 m
200000
150000
100000
50000
0
1995
1996 1997
1998
1999
Classe 7 (14,2 - 18,5 µm) - 30 m
200000
150000
100000
50000
0
1995
1996 1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2000
2001
2002
2003
2000
2001
2002
2003
Classe 7 (14,2 - 18,5 µm) - 50 m
200000
150000
100000
50000
0
1995
1996 1997
1998
1999
Classe 7 (14,2 - 18,5 µm) - 75 m
200000
150000
100000
50000
0
1995
1996 1997
1998
1999
Annexe 2 (suite) : Evolution temporelle de la concentration en chlorophylle a (en mg.m-3) pour
les 6 profondeurs échantillonnées. Les graphiques représentent les concentrations brutes des
échantillons hebdomadaires, pour la période d’étude 1995-2003.
-3
Chlorophylle a (mg.m ) à 0m
1
0,8
0,6
0,4
0,2
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2002
2003
-3
1
0,8
0,6
0,4
0,2
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
-3
1
0,8
0,6
0,4
0,2
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2002
2003
-3
1
0,8
0,6
0,4
0,2
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
-3
1
0,8
0,6
0,4
0,2
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2002
2003
-3
1
0,8
0,6
0,4
0,2
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
5000
0
juil
avr
janv-99
oct
juil
avr
janv-98
oct
juil
avr
janv-97
oct
juil
avr
janv-96
oct
juil
avr
janv-95
oct
juil
avr
janv-03
oct
juil
avr
janv-02
oct
juil
avr
janv-01
oct
oct
juil
avr
janv-03
oct
juil
avr
janv-02
oct
juil
avr
janv-01
oct
juil
10000
juil
15000
avr
20000
janv-00
25000
avr
30000
janv-00
35000
oct
Diatomées
oct
juil
avr
janv-99
oct
40000
juil
avr
janv-98
oct
juil
avr
janv-97
oct
juil
avr
janv-96
oct
juil
avr
janv-95
Cell.L-1
Cell.L-1
oct
juil
avr
janv-03
oct
juil
avr
janv-02
oct
juil
avr
janv-01
oct
juil
avr
janv-00
oct
juil
avr
janv-99
oct
juil
avr
janv-98
oct
juil
avr
janv-97
oct
juil
avr
janv-96
oct
juil
avr
janv-95
Cell.L-1
Annexe 2 (suite) :
Evolution temporelle de l’abondance des principaux groupes
phytoplanctoniques (en cell.L-1) (données du réseau REPHY). Les graphiques représentent les
abondances brutes des prélèvements bimensuels, pour la période d’étude 1995-2003.
Dinoflagellés
16000
14000
12000
10000
8000
6000
4000
2000
0
180000
flagellés autres
160000
140000
120000
100000
80000
60000
40000
20000
0
oct
juil
avr
janv-03
oct
juil
avr
janv-02
oct
juil
avr
janv-01
oct
juil
avr
janv-00
oct
juil
avr
janv-99
oct
juil
avr
janv-98
oct
juil
avr
janv-97
oct
juil
avr
janv-96
oct
juil
avr
janv-95
700
Coccolithophoridés
600
500
400
300
200
100
0
Annexe 2 (suite) :
Evolution temporelle de l’abondance (ind.m-3) des 17 groupes d’objets
discriminés par le ZOOSCAN. Les graphiques représentent l’ensemble des abondances brutes des
échantillons hebdomadaires (valeurs mesurées et valeurs estimées par la méthode des EVF), pour la
période d’étude 1995-2003.
Hydroides (abondance hebdomadaire en ind.m-3)
Abondance (ind.m-3)
180
160
140
120
100
80
60
40
20
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
-3
Scyphozoaires (abondance hebdomadaire en ind.m )
6
Abondance (ind.m-3)
5
4
3
2
1
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
-3
Siphonophores (abondance hebdomadaire en ind.m )
200
Abondance (ind.m-3)
180
160
140
120
100
80
60
40
20
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
Cténophores (abondance hebdomadaire en ind.m-3)
Abondance (ind.m-3)
30
25
20
15
10
5
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
-3
Thaliacés (abondance hebdomadaire en ind.m )
200
Abondance (ind.m-3)
180
160
140
120
100
80
60
40
20
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
Appendiculaires (abondance hebdomadaire en ind.m-3)
1000
Abondance (ind.m-3)
900
800
700
600
500
400
300
200
100
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
Chaetognathes (abondance hebdomadaire en ind.m-3)
70
Abondance (ind.m-3)
60
50
40
30
20
10
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2002
2003
Cladocères (abondance hebdomadaire en ind.m-3)
Abondance (ind.m-3)
3000
2500
2000
1500
1000
500
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
Ostracodes (abondance hebdomadaire en ind.m-3)
Abondance (ind.m-3)
100
80
60
40
20
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
Copépodes (abondance hebdomadaire en ind.m-3)
18000
Abondance (ind.m-3)
16000
14000
12000
10000
8000
6000
4000
2000
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2001
2002
2003
2001
2002
2003
Décapodes (abondance hebdomadaire en ind.m-3)
Abondance (ind.m-3)
150
100
50
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
larves d’échinodermes (abondance hebdomadaire en ind.m-3)
-3
Abondance (ind.m )
20
15
10
5
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
Thécosomes (abondance hebdomadaire en ind.m-3)
70
Abondance (ind.m-3)
60
50
40
30
20
10
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2001
2002
2003
Objets arrondis (abondance hebdomadaire en ind.m-3)
350
Abondance (ind.m-3)
300
250
200
150
100
50
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
Objets allongés (Polychètes et larves de poissons) (abondance hebdomadaire en ind.m-3)
350
Abondance (ind.m-3)
300
250
200
150
100
50
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
Artefacts (abondance hebdomadaire en ind.m-3)
300
Abondance (ind.m-3)
250
200
150
100
50
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2000
2001
2002
2003
Others (abondance hebdomadaire en ind.m-3)
Abondance (ind.m-3)
1000
800
600
400
200
0
1995
1996
1997
1998
1999
Annexe 2 (suite) : Evolution temporelle des paramètres hydrologiques mesurés au Point B. Les
graphiques représentent les données brutes des échantillons hebdomadaires pour les 6 profondeurs,
pour la période d’étude 1995-2003.
Température de l’eau
Temperature (°C) à 10m
26
26
24
24
22
22
20
20
18
18
16
16
14
14
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
1995
2003
1996
1997
26
26
24
24
22
22
20
20
18
18
16
16
14
14
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
1995
2003
1996
1997
26
26
24
24
22
22
20
20
18
18
16
16
14
14
1996
1997
1998
1999
2000
2000
2001
2002
2003
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2001
2002
2003
1995
1999
1995
1998
2001
2002
2003
1995
1996
1997
1998
1999
2000
Salinité
Salinite à 0m
38,6
38,4
38,4
38,2
38,2
38
38
37,8
37,8
37,6
37,6
37,4
37,4
37,2
37,2
37
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
Salinite à 20m
38,6
37
1995
38,4
38,2
38,2
38
38
37,8
37,8
37,6
37,6
37,4
37,4
37,2
37,2
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
Salinite à 50m
38,6
37
38,4
38,2
38,2
38
38
37,8
37,8
37,6
37,6
37,4
37,4
37,2
37,2
37
1996
1997
1998
1999
2000
1997
2001
2002
2003
37
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2001
2002
2003
2001
2002
2003
Salinite à 30m
1995
1996
1997
1998
1999
2000
Salinite à 75m
38,6
38,4
1995
1996
38,6
38,4
37
Salinite à 10m
38,6
1995
1996
1997
1998
1999
2000
Gamma
-3
-3
Exces de densité (kg.m ) à 0m
29
28
28
27
27
26
26
25
25
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
29
2002
1995
2003
1996
-3
28
27
27
26
26
25
25
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
1995
2003
1996
-3
28
27
27
26
26
25
25
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2001
2002
2003
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2002
2003
29
28
1995
2000
-3
29
1999
29
28
1995
1998
-3
29
1997
2002
2003
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
Concentration en nitrates (en µmol.L-1)
-1
-1
Nitrates (µmol.l ) à 0m
4
3
3
2
2
1
1
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
4
2001
2002
2003
0
1995
1996
1997
-1
3
2
2
1
1
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
0
1995
1996
1997
-1
4
3
3
2
2
1
1
0
0
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2001
2002
2003
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2001
2002
2003
Nitrates (µmol.l-1 ) à 75m
4
1995
2000
4
3
0
1999
-1
4
1998
1995
1996
1997
1998
1999
2000
Concentration en nitrites (en µmol.L-1)
Nitrites (µmol.l-1 ) à 0m
-1
Nitrites (µmol.l ) à 10m
0,6
0,6
0,5
0,5
0,4
0,4
0,3
0,3
0,2
0,2
0,1
0,1
0
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
1995
1996
1997
0,6
0,5
0,5
0,4
0,4
0,3
0,3
0,2
0,2
0,1
0,1
0
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
1995
1996
1997
1998
1999
-1
2001
2002
2003
2000
2001
2002
2003
2001
2002
2003
-1
0,6
0,6
0,5
0,5
0,4
0,4
0,3
0,3
0,2
0,2
0,1
0,1
0
2000
0,6
1995
1999
-1
-1
0
1998
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
Concentration en phosphates (en µmol.L-1)
-1
Phosphates (µmol.l-1 ) à 10m
Phosphates (µmol.l ) à 0m
0,5
0,5
0,4
0,4
0,3
0,3
0,2
0,2
0,1
0,1
0
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
1995
2003
1996
1997
1998
1999
-1
2001
2002
2003
2002
2003
2002
2003
-1
0,5
0,5
0,4
0,4
0,3
0,3
0,2
0,2
0,1
0,1
0
2000
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
0
1995
1996
-1
1997
1998
1999
2000
2001
-1
0,5
0,5
0,4
0,4
0,3
0,3
0,2
0,2
0,1
0,1
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
Concentration en silicates (en µmol.L-1)
-1
-1
Silicates (µmol.l ) à 0m
8
7
7
6
6
5
5
4
4
3
3
2
2
1
1
0
0
1995
1996
1997
1998
1999
8
2000
2001
2002
2003
1995
1996
1997
-1
8
7
7
6
6
5
5
4
4
3
3
2
2
1
1
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
0
1995
1996
1997
7
6
6
5
5
4
4
3
3
2
2
1
1
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2001
2002
2003
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2001
2002
2003
8
7
0
2000
-1
-1
8
1999
Silicates (µmol.l-1 ) à 30m
8
1998
2002
2003
1995
1996
1997
1998
1999
2000
Stabilité (0-75 m)
50
40
30
20
10
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
1999
2000
2001
2002
2003
2000
2001
2002
2003
Salinité en surface (moyenne de 0 à 30 m)
38,4
38,2
38
37,8
37,6
1995
1996
1997
1998
Salinité en profondeur (moyenne de 50 à 75 m)
38,2
38,1
38
37,9
37,8
37,7
1995
1996
1997
1998
1999
Profondeur de la couche de mélange (m)
80
70
60
50
40
30
20
10
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
Annexe 2 (suite) : Evolution temporelle des paramètres météorologiques mesurés au sémaphore
du Cap Ferrat et à l’aéroport de Nice. Les graphiques représentent les moyennes hebdomadaires des
échantillons quotidiens, pour la période d’étude 1995-2003.
Température air = moyenne hebdomadaire (°C)
26
22
18
14
10
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
Pression atmosphérique = moyenne hebdomadaire (PSU)
1030
1020
1010
1000
990
980
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
Précipitations = somme hebdomadaire (mm)
00
80
60
40
20
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2002
2003
Rayonnement = moyenne hebdomadaire (J.cm-2)
2500
2000
1500
1000
500
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
Vitesse moyenne du vent = moyenne hebdomadaire (m.s-1)
6
5
4
3
2
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
Nombre de jours de vent fort d’est (par semaine) (j)
6
5
4
3
2
1
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
Nombre de jours de vent fort d’ouest (par semaine) (j)
7
6
5
4
3
2
1
0
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2002
2003
Transport d’Ekman = moyenne hebdomadaire (kg.m-1.s-1)
10000
9000
8000
7000
6000
5000
4000
3000
2000
1000
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
Profondeur de la couche d’Ekman = moyenne hebdomadaire (m)
35
30
25
20
15
10
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
Stress (tension de cisaillement due au vent) = moyenne hebdomadaire (kg.m-1.s-2)
1
0,8
0,6
0,4
0,2
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
Annexe 2 (suite) : Evolution temporelle du débit des fleuves proches du Point B (en m3.s-1) (Le
Var et la Roya). Les graphiques représentent les débits hebdomadaires moyens pour la période d’étude
1995-2003. Ces débits ont été estimés à partir des mesures quotidiennes disponibles sur le site de la
banque de données HYDRO http://hydro.rnde.tm.fr/accueil.html.
Débit du Var (m3.s-1) (débit hebdomadaire moyen)
200
180
Débit (m3.s-1)
160
140
120
100
80
60
40
20
1995
1996
1997
1998
1999
annee
2000
2001
2002
Débit de la Roya (m3.s-1) (débit hebdomadaire moyen)
55
50
Débit (m3.s-1)
45
40
35
30
25
20
15
10
5
1995
1996
1997
1998
1999
annee
2000
2001
2002
2003
Annexe 3 : Regroupement des classes de taille
La méthode utilisée ici construit une suite d’histogrammes de plus en plus grossiers, à partir
d’un histogramme brut à pas fixe initial très fin (5000 µm2 pour notre étude), obtenu à partir
des mesures du ZOOSCAN.
La première suite est formée de 186 blocs de 1 classe de taille.
La deuxième suite est ensuite formée en agglomérant itérativement deux classes voisines : la
moyenne des deux classes ainsi réunies est calculée.
Nous avons ainsi effectué un découpage en blocs, chaque bloc contenant de 1 à 20 classes de
taille. Au cours des simulations, l’origine (le point de départ du spectre) varie également :
chaque bloc possède ainsi de 1 à 20 origines possibles.
Pour chaque cas, le nombre de possibilités pour le découpage dépend de l’origine du premier
groupe.
Bloc de 2 classes de taille : 2 origines possibles
ou
Bloc 1
Bloc 2
Bloc 3
Bloc 1
Bloc 2
Bloc 3
ou
Bloc 1
Bloc 2
ou
Bloc 1
Bloc 2
Bloc 1
Bloc 2
ou
Bloc 1
Bloc 2
ou
Bloc 1
Bloc 2
ou
Bloc 1
Bloc 2
Bloc 1
Bloc 2
Valorisation du travail
ARTICLES
Grosjean P., Picheral M., Warembourg C. & Gorsky G. (2004). Enumeration, measurement and
identification of net zooplankton samples using the ZOOSCAN digital imaging system. ICES Journal
of Marine Science, 61, p. 518-525.
Warembourg C., Ibanez F., Ben Hamadou R., Palazzoli I & Gorsky G. Changes on depths of particle
spectra at interannual and seasonal scales in the Villefranche-sur-Mer bay (1995-2001). Influence of
hydroclimatic factors. Estuarine, Coastal and Shelf Science (en correction).
Warembourg C., Grosjean P., Picheral M., Ibanez F. & Gorsky G. Le ZOOSCAN : un système
d’imagerie numérique rapide pour la mesure et la classification automatiques du zooplancton. Journal
de Recherche Océanographique (soumise).
Warembourg C., Ibanez F., Stemmann L., Gasparini S., Raybaud V. & Gorsky G. Using of
automated imaging system to establish new proxies in analysis of size spectra of zooplankton
community (en préparation).
Gorsky G., Warembourg C. & Palazzoli I. (2000). Impact des filtreurs du macroplancton gélatineux
sur les flux de matière organique dans les océans. Océanis, 26 (4), p. 747-763.
COLLOQUES – WORKSHOPS – REUNIONS
(Présentation orale)
Grosjean P., Warembourg C., Picheral M. & Gorsky G. (2003). Enumeration, measurement and
identification of net zooplankton samples using the ZOOSCAN digital imaging system. 3e
International Zooplankton Production Symposium, Gijon (Espagne).
Warembourg C. (2004). Zooplankton distribution in the bay of Villefranche-sur-Mer (1995-2003)
using the ZOOSCAN digital imaging system. Forum des jeunes océanographes, Villefranche-sur-Mer
(France).
Warembourg C., Stemmann L., Gasparini S., Mousseau L., Ibanez F. & Gorsky G. (2004).
Zooplankton community structure and distribution in the bay of Villefranche-sur-Mer using the
ZOOSCAN digital imaging system. 37e congrès de la CIESM, Barcelone (Espagne).
COLLOQUES – WORKSHOPS – REUNIONS
(Poster)
Warembourg C. (2002). Suivi du zooplancton par le système ZOOSCAN. Méthodologie et résultats
préliminaires. Séminaire annuel du LOV, Villefranche-sur-Mer (France).
Grosjean P., Picheral M., Warembourg C. & Gorsky G (2002). New methods for treatment of net
samples and for underwater imaging of zooplancton. PICES Eleventh Annual Meeting, Qingdao
(Chine).
Gorsky G., Ibanez F., Stemmann L., Mazzocchi M.G, Hecq J.H., Warembourg C. , Raybaud V.
(2005). Harmonization of long term zooplankton time series in the mediterranean, ASLO Summer
meeting, Santiago de Compostela (Espagne).
Stemmann L., Ibanez F., Gasparini S., Warembourg C., Raybaud, V., Mazzochi, M.G. & Gorsky G.
(2005). New proxies to detect change in copepods community structure and distribution in the
Ligurian Sea. 9e International Conference on Copepoda, Hammamet (Tunisie).

Analyse temporelle du mésozooplancton dans la rade de

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