Le rôle du complexe d`espèces Ammonia tepida (foraminifère)

SUJET PROPOSE
POUR UNE PREMIÈRE INSCRIPTION EN DOCTORAT
RENTREE UNIVERSITAIRE 2016 / 2017 – AR DU MINISTERE
Cet imprimé doit être transmis par le Directeur de thèse, sous couvert du Directeur du
Laboratoire aux Directeurs Adjoints de l’Ecole Doctorale.
Réception AVANT LE 25 MARS 2016 à : [email protected]
Intitulé du laboratoire d’accueil
Nom et Prénom du responsable du laboratoire
UMR CNRS 6112 LPG-BIAF
GRASSET, Olivier (directeur LPG)
JORISSEN, Frans (responsable LPG-BIAF)
Nom et Prénom du responsable de l’équipe
Intitulé français du sujet de thèse proposé :
Intitulé anglais du sujet de thèse proposé
Nom et prénom du directeur de thèse (obligatoirement
HDR) et coordonnées
xx
Le rôle du complexe d’espèces Ammonia tepida
(foraminifère) dans les écosystèmes côtiers de la
façade atlantique
The role of the Ammonia tepida species complex
in coastal ecosystems of the eastern Atlantic
margin
JORISSEN, Frans
80%
% d’encadrement :
Nom et prénom du co-directeur (éventuel) (obligatoirement
HDR) :
% d’encadrement :
Nom et prénom du co-encadrant N°1 (éventuel) :
% d’encadrement
Nom et prénom du co-encadrant N°2 (éventuel) :
% d’encadrement
(Rappel : l’équipe d’encadrement est limitée à 3
personnes, avec 40% d’encadrement minimum pour
le directeur)
MOURET, Aurélia
20%
Ce projet de thèse est proposé dans le contexte du projet de Stratégie Internationale
FRESCO, financé par la Région de la Loire. A ce titre, de nombreuses collaborations
sont prévues avec des partenaires étrangers (J. Pawlowski, Univ. Génève ; P.
Meysman, NIOZ Pays-Bas, C. Slomp, U. Utrecht) et ligériens (G. Mabilleau, SFR4208
SCIAM Angers ; S. Champmartin, LAMPA/ECPS Angers).
Résumé du sujet de thèse proposé :
Les vasières des écosystèmes côtiers sont des écosystèmes très complexes, fortement
impactés par des activités anthropiques. A ce jour, ces écosystèmes sont encore mal
connus, ce qui explique l’absence de méthodes de bio-indication fiables. Parmi les
foraminifères, qui sont des acteurs majeurs dans ces écosystèmes, des représentants du
genre Ammonia dominent les communautés.
Environs 15 génotypes différents existent au sein du genre Ammonia. Sur la façade
atlantique, nous avons pu démontrer (projet INSU AMTEP, 2015-16) la présence de 3
génotypes morphologiquement très proches, qui sont traditionnellement déterminés
comme Ammonia tepida. En utilisant une méthode morphométrique, nous avons pu
mettre en évidence des différences subtiles entre ces génotypes, au niveau du nombre et
la taille des pores. Grâce à cette différence, nous avons pu démontrer, par l’étude de
carottes sédimentaires, qu’un génotype originaire de l’Asie orientale, a progressivement
remplacé les deux génotypes autochtones sur une grande partie de la façade atlantique.
Cette invasion d’une espèce exotique risque de modifier le fonctionnement des
écosystèmes côtiers de façon significative.
Dans ce contexte, plusieurs questions scientifiques seront abordées dans cette thèse :
- Quelle est la répartition actuelle des trois génotypes ? Dans quels types
d’environnement côtier le génotype asiatique a remplacé les deux génotypes autochtones,
et dans quels autres écosystèmes les génotypes autochtones ont pu se maintenir ?
- Aux quelques endroits où 2 ou 3 génotypes paraissent ensemble, est-ce qu’ils
occupent exactement la même niche écologique ? Est-ce qu’ils montrent des différences
en microhabitat et/ou de comportement nutritionnel, qui peuvent expliquer le
remplacement des génotypes autochtones par le génotype japonais ?
- Est-ce que les différences morphologiques, au niveau des pores, traduisent des
différences fonctionnelles, par exemple au niveau des échanges de gaz, qui pourraient
éventuellement expliquer un plus grand succès du génotype japonais, avec une porosité
plus importante, dans des écosystèmes sous-oxygénés ?
- Y a-t-il des différences dans la biodiversité totale des foraminifères entre les sites
1) avec phylotypes autochtones, 2) avec phylotypes autochtones et allochtone, 3) avec
phylotype allochtone seul ? Nous proposons d’utiliser le metabarcoding pour étudier cette
biodiversité, car c’est la méthode la plus appropriée pour mesurer la diversité totale des
foraminifères.
- Quelle est l’histoire d’invasion de l’espèce exotique ? Est-ce que cette espèce est
arrivée simultanément sur toute la façade atlantique, ou est-ce qu’elle s’est dispersée
progressivement à partir des points d’introduction anthropique (zones d’ostréiculture,
ports) ?
Ces questions seront abordées par une stratégie de recherche pluri-approche, qui
combinera des observations écologiques in vivo et in vitro, des analyses d’ADN
traditionnelles ainsi qu’un séquençage à haut débit, des analyses morphométriques de la
coquilles des foraminifères ainsi que des analyses d’archives sédimentaires.
Comme finalité, ce sujet de thèse apportera une meilleure compréhension du rôle des
foraminifères dans des vasières côtières et pourra ainsi contribuer au développement
d’une méthode de bio-indication fiable, qui fait encore défaut pour ces écosystèmes
fortement anthropisés.