14 Analyse d`images ImageJ

Fiche n°
Analyse d'images ImageJ
14
Plateforme Cochin Imagerie
Date: 5/10/2010
Titre: Analyse de gels
But : Quantifier et comparer des profils de migration de bandes protéiques, sur gel. C'est une
technique de densitométrie, c'est à dire, une technique basée sur la mesure de la densité et de la
quantité de signal.
I Ouvrir une image
File _ Open1
II Choisir l'outil de sélection rectangle
Sélectionner la première piste
III Déterminer des régions (ROI)
IV Puis déplacer le rectangle avec la souris et
rajouter les nouvelles lignes
Analyze _ Gels _ select Next Line (Ctrl 2)
Analyze _ Gels _ select First Line (Ctrl 1)
1 Les noms en gras et en italique indique un menu dans le logiciel ImageJ. L'underscore représente un sous-menu.
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Fiche n°14
Analyse de gels
Si jamais vous effectuez une erreur lors de la sélection des lignes il faut tout effacer et
recommencer Analyse _ Gels _ Reset
V Afficher les profiles de migration
Analyse _ Gels _ Plot Lanes (Ctrl 3)
VI Séparer les pics en traçant des lignes
.
A l'aide l'outil baguette magique sélectionnez les
différentes zones
Les valeurs s'accumulent dans le tableau
résultats
- Faites Analyse _ Gels _ Labels peaks
Pour mettre des valeurs (pourcentages) dans les
pics et le tableau de résultats.
Analyse _ Gels _ Re-plot Lanes permet
d'obtenir une nouvelle fenêtre « Plots of gel »
afin de retracer les lignes de séparation des pics
si celles ci n'ont pas été tracées correctement la
première fois.
Que prend en compte la valeur « Area »?
• Surface de la zone sélectionnée
• L'intensité de la zone sélectionnée
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Autre exemple: Explication sur le pourcentage
1/ sélectionner les bandes
2/ sortir le profile d'intensité
Analyse _ gels _ Plot lanes
Toute la surface du rectangle rouge = 100%
3/ Analyse _ Gels _ label Peaks
4/ Somme des pourcentages dans Calc (Open
Office) ou Excel
La valeur « Aera » représente la surface des pics en pixels.
La valeur « Percent » représente le pourcentage de l'aire du pic par rapport à l'aire totale du
rectangle rouge.
C'est comparable d'une bande à une autre car le rectangle de sélection jaune est le même pour
chaque bande numérisée.
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Analyse de gels
Pour plus de renseignements
Dans la barre d'ImageJ: Help _ Documentation...
Une page internet s'ouvre et allez dans le menu Commands/Analyze/Gels.
Également le lien suivant montrant la procédure en vidéo.
http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=video:analysis:gel_quantification_analysis
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