PUBMED tutoriel

Transcription

PUBMED tutoriel

PUBMED tutoriel
PUBMED 1
Présentation P.3
1- Les étapes de fabrication P.4
2- Le MeSH : un thésaurus hiérarchisé P.5
3- La notion de mots clés majeurs et de qualificatifs P.8
4- Les opérateurs booléens AND, OR et NOT P.9
5- Les filtres P.11
6- L’historique de la recherche P.12
7- Les formats d’affichage P.13
8- La récupération des données P.14
9- Journals in NCBI Database P.16
10- PubMed Single Citation Matcher P.17
11- Mon compte utilisateur : My NCBI P.18
Patrice Benoit ([email protected])
Alexandre Boutet ([email protected])
Benjamin Macé ([email protected])
Guillemette Utard-Wlérick ([email protected])
Bibliothèque Interuniversitaire de Santé – Paris - Pôle Médecine / Odontologie PubMed Tutoriel mars 2015
1
L'anatomie du sein et les organes de l'abdomen chez la femme
VERHEYEN, Philippe
Corporis humani anatomia
Louvain : Denique, 1693
2
Présentation
Medline (Medical Literature Analysis and Retrieval System Online)
•
•
•
•
•
Version publique de Medline
Accessible gratuitement sur le Web
Par extension le terme est utilisé pour désigner la base de données elle-même
1947
La base de données Medline a été créée et est maintenue par la NLM et le NCBI
PubMed/Medline
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez
o 5600 périodiques analysés (90% en langue anglaise)
o 24 millions de notices : articles de revues, et livres (books)
o Deux modes de recherche : recherche textuelle ou par le langage normalisé MeSH
3
1- Les étapes de fabrication
Il existe 5 types de fiches dans PubMed
en cours de traitement sans descripteurs MeSH
1. [PubMed - in process]
2. [PubMed - as supplied by publisher]
3. [PubMed – Epub ahead of print]
complètes et définitives avec descripteurs MeSH
4. [PubMed - indexed for Medline]
références d’articles issus de revues qui ne font partie des revues indexées dans Medline,
sans descripteurs MeSH :
5. [PubMed] désigne les références d’articles issus de revues qui ne font partie des
revues indexées dans Medline, et versés dans l’archive PubMed Central. Ces articles ne
font donc pas l’objet d’une indexation MeSH.
2-Le MeSH : un thésaurus hiérarchisé
Medical Subjects Headings
•
•
•
Le thésaurus est remis à jour tous les ans.
Thésaurus hiérarchisé, structuré en arbre
Regroupe l’ensemble des mots-clés descripteurs qui définissent les sujets traités par les
articles dans Medline
Vocabulaire contrôlé, développé et mis à jour par la NLM
Sur la page d’accueil
1. Dans « More Resources » cliquer sur
2. Saisir « Breast cancer » dans la boîte de recherche
3. Puis cliquer sur l’onglet
4
On obtient alors 52 termes relatifs au mot « breast neoplasms» appartenant au vocabulaire contrôlé
de la base de données et accompagnés d’une courte définition et de la date de création du terme
dans le thésaurus
1. Cocher le terme retenu
2. Cliquer sur « Add to search builder » à droite et choisir l’opérateur booléen « AND »
3. Cliquer sur l’onglet
Lorsque vous ne trouvez pas dans le thésaurus MeSH un terme correspondant à votre recherche,
vous pouvez saisir dans la boîte de recherche un « mot ou plusieurs mots » suivi de [tw] pour
lancer une recherche en texte libre (langage naturel) sur les champs suivants : titre, résumé, mots
Mesh, substances chimiques
Exemples de requêtes :
treatment strategies [tw] : 26 639 références
Breast neoplasms [MeSH] AND treatment strategies [tw] :
612 références
5
Une notice MeSH
En faisant une recherche avec un mot MeSH, on obtient également par défaut les documents
indexés avec les mots MeSH plus spécifiques (explosion).
1: Breast Neoplasms Définition
Tumors or cancer of the human BREAST
Subheadings: Qualificatifs
Sujet principal de l’article
Ne pas faire l’explosion
L’explosion interroge systématiquement sur tous les termes spécifiques du terme MeSH générique
Entry Terms:
Termes synonymes
Position du terme dans la hiérarchie du MeSH
6
« Supplementary concept » : concept supplémentaire, chimique, biologique.
On ne peut pas prendre un « supplementary concept » en sujet principal de l’article, ni récupérer des
termes plus spécifiques.
Exemple : BRCA2 protein, human [Supplementary Concept]
Breast Cancer, Familial Male [Supplementary Concept]
Traduction du MeSH
L'Inserm, partenaire français de la NLM depuis 1969, a traduit le MeSH à l'intention des utilisateurs
francophones, le met à jour chaque année et présente la version bilingue sur ce site :
http://mesh.inserm.fr/mesh/
Points forts et limites du MeSH
!!!Point forts du MeSH
Donne la définition des termes et leur date de création.
Gère les synonymes Breast neoplasms / Breast Cancer / Breast Tumors
Permet de récupérer les termes plus spécifiques ex : Breast neoplasms / Carcinoma, Ductal, Breast
• L’explosion (prise en compte des termes plus spécifiques) se fait par défaut
• Si vous ne voulez pas l’explosion cochez la case
Do not include MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy
Permet de chercher les articles dont le mot MeSH est sujet principal de l’article.
Restrict to MeSH Major Topic. Ex : Breast neoplasms [Majr]
Récupère les articles dont les références sont complètes et définitives (avec descripteurs MeSH)
[PubMed - indexed for Medline]
!!!Limites du MeSH
Ne permet pas d’obtenir les articles récents qui ne sont pas encore indexés, c'est-à-dire les
références en cours de traitement (sans descripteurs MeSH)
1. [PubMed - as supplied by publisher]
2. [PubMed – epub ahead of print]
3. [PubMed - in process]
*Pour récupérer les articles récents
Utiliser [tw] afin de chercher dans le titre et le résumé . Ex : Breast neoplasms [tw], puis cliquer
sur l’onglet « limits » et sélectionner « 1 year ». Cela permet de récupérer les articles récents qui ne
sont pas encore indexés, mais on ne peut pas choisir les termes en sujet principal de l’article, et on
ne récupère pas les termes spécifiques.
*Pour voir comment une notion est indexée faire une recherche dans le titre [ti] et regarder les mots
MeSH dans les articles [PubMed - indexed for Medline].
7
3- La notion de mots clés majeurs et les qualificatifs
En limitant la recherche au mot MeSH « Breast neoplasms» les références obtenues sont en trop
grand nombre pour être traitées : 218 768
Breast neoplasms [MeSH] : 220 251 références
Il faut donc affiner la recherche. Pour cela, différentes options sont proposées par la base de
données.
1. On peut décider de restreindre la recherche aux articles pour lesquels « Breast neoplasms»
est l’un des sujets principaux des articles grâce à l’option « Restrict Search to Major Topic
headings only ».
Breast neoplasms [Majr] : 183 028 références
Restrict Search to Major Topic headings only 181 698 références sont alors obtenues.
2. Pour chaque mot MeSH, on peut afficher les qualificatifs définis par les indexeurs et
spécifiquement associés à un terme. Cela permet de limiter la recherche à un aspect
particulier du sujet en utilisant les qualificatifs (ou « Subheadings ») d’un mot MeSH. Par
exemple 46 qualificatifs peuvent être associés au terme « Breast neoplasms» :
1: Breast neoplasms
Subheadings:
Exemple de requête : Breast neoplasms /diagnosis [Majr]
Cocher le qualificatif
diagnosis.
Breast neoplasms /diagnosis [Majr] = 59 293
8
4- Les opérateurs booléens : AND, OR et NOT
1. L’utilisation de l’opérateur AND permet de combiner des termes qui doivent obligatoirement
entrer dans la référence des articles recherchés (intersection de plusieurs termes) :
2. L’utilisation de l’opérateur OR pour combiner deux termes permet d’obtenir les résultats que
donnent la réunion de deux ou plusieurs termes : cette stratégie sert habituellement à associer des
synonymes ou concepts liés entre eux (union de plusieurs termes)
3. La recherche peut être restreinte en utilisant l’opérateur NOT qui exclut les résultats liés au
terme qu’il introduit.
Saisir les opérateurs booléens en majuscules AND OR NOT.
A partir de votre sujet de recherche :
• Décomposer la recherche en concepts
• Chercher les termes MeSH qui correspondent aux concepts
• Sélectionner et choisir les clés MeSH + les termes en langage naturel
Exemple de requête:
"docetaxel" [Supplementary concept] AND "Doxorubicin"[Mesh] AND
"Cyclophosphamide"[Mesh] AND breast cancer [Mesh]
avec cette requête on obtient 368 références.
(mammography [Majr] OR Ultrasonography [Majr]) AND Breast neoplasms [Majr]
avec cette requête on obtient 11 270 références.
Parenthèses nécessaires pour indiquer au système l’ordre prioritaire des combinaisons voulues.
Breast neoplasms/diagnosis [Majr] NOT Ultrasonography [MeSH]
avec cette requête on obtient 55 696 références.
Cherchez un mot MeSH, sélectionnez le terme choisi et cliquez sur « Add to search builder »
puis cherchez un autre mot, sélectionnez le, et et cliquez sur « Add to search builder »
L’opérateur « AND » est sélectionné par défaut
Pour lancer la recherche cliquez sur « Search PubMed »
et vous obtenez les références correspondant à votre requête.
9
5- Les filtres
Pour affiner la stratégie de recherche, on va utiliser les différentes possibilités de limiter les
résultats. En utilisant les « filtres » à gauche de l’écran des références obtenues
Exemple de requête :
Breast "Breast Neoplasms/diagnosis"[Majr]
Et choix des filtres:
10
6- L’historique des recherches
est sauvegardé pendant huit heures
Cliquer sur la valeur de la colonne Items found pour relancer la recherche
11
7- Les formats d’affichage
Les principaux formats d’affichage :
•
Summary :
Auteur + titre + source
•
Abstract :
« Summary » + résumé + liens vers l’article en ligne (s’il existe)
•
intéressant si la liste des résultats est longue
format par défaut, Summary, donne les références de l’article (auteurs,
titre, journal source, date, type de publication, etc.) + related articles +
mention de la gratuité de l’article sur Pubmed Central le cas échéant
En cliquant sur
On obtient en plus l’indication des types de publication, des mots MeSH
et des noms de substances
Le statut des références est indiqué : exemple PubMed in process, ou
PubMed as supplied by publisher, ou PubMed indexed for Medline…
MEDLINE : format complet
Le format MEDLINE est le format qui doit être utilisé pour récupérer les
références dans un logiciel qui gère la bibliographie. Ex : Endnote,
Reference Manager, Refworks, Zotero, etc…
Le format MEDLINE affiche l’ensemble des données d’indexation d’un
article structurées dans différents champs (par exemple AB pour Abstract,
AU pour les auteurs, LA pour le langage de publication de l’article, MH
pour les mots MESH, etc.)
12
8- La récupération des données
Le format Medline est utilisé pour récupérer les résultats dans Endnote, Zotero ou tout autre logiciel
de gestion de références bibliographiques.
Clipboard : permet de réunir et sauvegarder pendant 8 heures les résultats de différentes recherches.
Pour envoyer des références cliquer sur Send to puis cocher Clipboard puis cliquer sur Add to Clipboard.
Pour récupérer les résultats cliquer sur Clipboard :
Le "Clipboard" est votre panier de sélection. Il vous permet de stocker jusqu'à 200 références
sélectionnées au cours de vos différentes étapes de recherches (pendant 8 heures).
Le clipboard dédoublonne les références des différentes requêtes.
Vous pouvez envoyer les références du clipboard par email (Send to Email), sauvegarder ces
références sur le disque dur (Send to File) ou les envoyer vers une collection dans My NCBI (Send
to Collections).
13
E-mail : permet d’envoyer la liste des références à une adresse e-mail.
14
9- Journals NCBI databases:
1 - Permet de savoir si une revue est indexée dans PubMed
2 - Permet de vérifier le titre complet ou abrégé d’une revue
1. Cliquer sur
2. saisir «Breast cancer res»
3. cliquer sur
Vous obtenez le titre complet : Breast Cancer Research
et le titre abrégé : Breast cancer res
15
10- PubMed Single Citation Matcher
Outil vous permettant de vérifier la référence complète d’un article, recensé dans PubMed, à partir
de quelques éléments bibliographiques
Vous obtenez la référence complète.
16
11- My NCBI
C’est un compte utilisateur qui offre la possibilité de sauvegarder des recherches et des résultats
et de créer des alertes à partir d’une recherche sauvegardée.
1. Il faut s’enregistrer :
2. Permet de recevoir des alertes par messagerie électronique, et de choisir la périodicité
d’envoi des nouvelles références qui sont transmises automatiquement
3. Voir fiche My NCBI de la NLM :
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3827/#pubmedhelp.My_NCBI
17
My NCBI saves searches, results, your bibliography, and features an option to
automatically update and e-mail search results from your saved searches.
My NCBI preferences includes storing and changing your e-mail address, highlighting
search terms, opening the abstract display supplemental data by default, and turning off
the auto suggest feature.
Additional features include filtering search results, managing recent activity,
Pour sauvegarder une recherche cliquer sur l’onglet « Save Search »
Pour sauvegarder des références
cocher « Collections » puis cliquer sur l’onglet « Add to Collections »
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/fr/
Sont autorisées la diffusion et la réutilisation de ce fichier sous réserve d’en citer l’auteur et uniquement à
des fins non commerciales.
18

PUBMED tutoriel

Transcription

Documents pareils

Commission d`évaluation de l`enseignement collégial

Tutorial Roadkill.(Déplier les uvs facilement)

Index of Fields and Field Values Search by Author, Journal

Forum: [WIP] et travaux terminés - The Blender Clan

Seabrook Ladies

Thésaurus MeSH