L3 – S5 - Université Paris Diderot

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UFR Sciences du Vivant
LICENCE SCIENCES, TECHNOLOGIE, SANTE
Mention : Sciences
du vivant
Parcours : Biologie Cellulaire et Physiologie
Année 2014-2015
P r é s e n t a t i o n gé n é r a l e
Licence Sciences Technologies, Santé
Mention Sciences du vivant
Parcours Biologie Cellulaire et Physiologie
Le parcours de Biologie Cellulaire et Physiologie (BCP) est conçu pour les étudiants qui
désirent s’orienter essentiellement vers les métiers en rapport avec la recherche fondamentale
ou appliquée, dans des domaines extrêmement variés de la Biologie, telle qu’elle est
développée dans les grands organismes publics (CNRS, INSERM, INRA, CEA…), l’Université
et les laboratoires privés.
L’accent est mis non seulement sur les relations structure-fonction à l’échelle
moléculaire, mais également à l’échelle cellulaire (les régulations de l’homéostasie cellulaire,
la différenciation cellulaire, la signalisation cellulaire…) et de l’organisme entier (les grandes
fonctions physiologiques dans le monde animal et végétal). Les étudiants reçoivent en outre
une solide formation de base en biologie moléculaire, biotechnologie, génétique et anglais,
indispensable à tout biologiste, complétée par des travaux pratiques et dirigés portant sur
l’ensemble des enseignements fondamentaux. L’originalité du parcours BCP réside dans le
très large choix d’UE de spécialisation, optionnelles au second semestre. Cette offre de
formation particulièrement large permet à l’étudiant, en accord avec les enseignants
responsables, de se construire un parcours personnel original, selon ses centres d’intérêt et
son projet professionnel. Ce très large choix d'UE de spécialisation permet à l’étudiant de
présenter sa candidature aux nombreux masters recherche ou professionnel de notre UFR
des Sciences du Vivant (masters Biologie Cellulaire, Physiologie, Pathologie ; Génétique ;
Génomique et Productivité Végétale ; Immunologie-Virologie-Infectiologie ; BiologieInformatique ; BioGéoSciences) mais aussi à des masters d’autres Universités, dans les
domaines les plus variés de la Biologie (Neurosciences, Pharmacologie, Immunologie
médicale, Cancérologie, Physiologie végétale, Ecologie ou Ethologie par exemple).
Au cours du second semestre, l’étudiant a la possibilité d’effectuer un stage de recherche
d’une durée de deux mois minimum pour valider son parcours. Ces stages d’initiation à la
recherche, réalisés à partir de mi-mai, sont conseillés aux étudiants se destinant
particulièrement à un master recherche.
Débouchés
Le parcours BCP débouche essentiellement sur une entrée soit en master recherche en
vue de préparer un doctorat soit en master professionnel. A Paris-Diderot, le master recherche
"Biologie Cellulaire, Physiologie, Pathologie" (P7-P5) et le master professionnel "Génomique
et Productivité végétale" (P7-Evry-INAPG) sont deux exemples de débouchés naturels de ce
parcours, dans le domaine animal et végétal, respectivement. Mais le très large choix d'UE
optionnelles offertes en S6 permet à l’étudiant de présenter sa candidature à de très nombreux
masters, non seulement à Paris-Diderot mais dans l’ensemble des Universités, dans les
domaines les plus variés de la Biologie.
L3-Biologie Cellulaire et Physiologie
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Contacts
Pour l'enseignement
Nom :
Frédérique DESHAYES
Adresse : Institut Jacques Monod
Equipe "Morphogenèse, homéostasie et pathologies"
CNRS-Université Paris Diderot
Bât. Buffon - 15 rue Hélène Brion
75205 Paris cedex 13
Tél : 01 57 27 81 07 ; [email protected]
Nom :
Mathias BRAULT
Adresse : Institut des Sciences du Végétal – UPR CNRS 2355
Equipe "Architecture racinaire des Légumineuses"
1 avenue de la Terrasse, Bât. 22
91198 Gif-sur-Yvette cedex
Tél : 01 69 82 35 80 ; [email protected]
Pour l'organisation et la scolarité
Nom :
Virginie BRUERE
Adresse : Université Paris-Diderot (Paris 7)
Bâtiment Lamarck - case 7044-Bureau RH44
35 rue Hélène Brion - 75251 PARIS Cedex 05
Heures d'ouverture : du lundi au vendredi de 8h30 à 12h30 et de 13h30 à 17h00
Le mercredi uniquement le matin de 8h30 à 12h00
Tél : 01 57 27 82 33 Fax : 01 57 27 82 36 ; [email protected]
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O r ga ni s a t i o n du p a r c o ur s
B i ol o gi e c e l l ula i r e e t P h ys i o l o gi e
L3 – S5
crédits
Biologie moléculaire-Génétique
9
Biologie moléculaire et Biotechnologies
6
Biologie moléculaire et Biotechnologies I
3
Biologie moléculaire et Biotechnologies II
3
Génétique des eucaryotes
3
Biologie cellulaire I
12
Biologie cellulaire fondamentale
3
Signalisation cellulaire
3
Biologie cellulaire expérimentale (TP)
6
Option (2 UE de 3 crédits)
6
1 UE à choisir entre:
Régulations endocrines
3
Nutrition et métabolisme chez les plantes
3
ET 1 UE à choisir entre:
Génétique microbienne
3
Enzymologie
3
Structure des Macromolécules
3
UE transverse
3
Anglais scientifique
3
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L3 – S6
crédits
Biologie cellulaire II
6
Concepts de la biologie du développement
3
Biologie du développement et différenciation
3
Physiolologie (3 UEs de 4 crédits)
12
Physiologie: Cœur, Poumons, Rein
4
Physiologie métabolique
4
Physiologie de la Reproduction
4
Biotechnologies végétales
4
Communications et signalisation végétales
4
Spécialisation (3 UEs de 3 crédits)
9
Différenciation cellulaire et fonctionnelle
3
Génétique des organismes modèles
3
Génomique : un outil pour l'étude de l'évolution
3
Immunologie
3
Infectiologie
3
Neurosciences cognitives
3
Neurobiologie cellulaire
3
Réponses des Plantes à l'Environnement
3
Statistiques pour biologistes
3
Démarche expérimentale-Bioéthique
3
UE libre
3
Anglais scientifique II
3
Stage en laboratoire
3
Engagement étudiant
3
Préprofessionnalisation (PP3)
3
UE de spécialisation
3
UE d'un autre cursus
3
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Les UEs du 1 e r semestre
UE 1 : Biologie moléculaire - Génétique
ECUE 1A : Biologie moléculaire I
Resp. Délara Sabéran-Djoneidi
Structure des génomes eucaryotes, Réplication, réparation (Procaryotes et Eucaryotes),
Méthodes de Biologie moléculaire et Génie génétique.
Enseignants cours : Souhila Medjkane Sophie Vriz, jean Charles Cadoret, Délara SabéranDjoneidi, Frédérique Braun
Enseignants TD : Sophie Vriz, Délara Sabéran-Djoneidi
ECUE 1B : Biologie moléculaire II
Resp. Délara Sabéran-Djoneidi
Transcription et post-transcription (pro- et eucaryotes) et leur régulation. Traduction et
maturations post-traductionnelles (pro- et eucaryotes), compartimentation et adressage chez les
eucaryotes
Enseignants cours : Frédérique Braun, Bertrand Cosson Véronique Gruber
Enseignants TD : Frédérique Braun, Mariano Ostuni
ECUE 1C : Génétique des Eucaryotes
Resp. Claude Bazin
Cet enseignement décrira les principaux outils génétiques et moléculaires utilisés chez les
eucaryotes en privilégiant les modèles permettant l’intégration de la génétique et de la
physiologie. Raisonnement génétique : cartographie génétique chez les haplo-diplo-biontiques et
chez les diploïdes. A travers les analyses génétiques de la levure, de la drosophile nous illustrons
les principes de base de la génétique formelle. Sélection et analyse fonctionnelle de mutants chez
la levure analyses de tétrades, – Les interactions génétiques, les gènes suppresseurs – Les
mutations à effet maternel : nucléaire et cytoplasmique. Les modes de raisonnement spécifiques
à d'autres organismes sont ensuite présentés: Génétique végétale – Génétique humaine.
Enseignants cours : Claude Bazin, Fabien Fauchereau, Sophie Filleur
Enseignants TD : Fabien Fauchereau, Sophie Filleur, Sophie Malinsky
UE 2 : Biologie cellulaire I
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ECUE 2A : Biologie cellulaire fondamentale
Resp. Frédérique Deshayes
L’objectif de cette UE est d’acquérir des connaissances de base en biologie cellulaire. Les
différents aspects traités seront l’imagerie cellulaire, le cycle cellulaire, la mort cellulaire,
l’adhérence et la migration cellulaire. L’ensemble de ces points sera étendu aux cellules
végétales lors d’un dernier cycle de cours. Les connaissances acquises lors de ces
enseignements seront à mettre en relation avec les travaux pratiques de l’UE de biologie
cellulaire expérimentale.
Enseignants cours : Karine Andréau, Frédérique Deshayes, Jérémy Magescas, Wojciech
Majeran, Jean-Marc Verbavatz
ECUE 2B : Signalisation cellulaire
Resp. Hervé Le Stunff, Violaine Simon
Généralités sur les modes de communication intercellulaire et les différents types de
récepteurs des cellules animales et végétales. Les récepteurs canaux-ioniques. Les récepteurs
à 7 hélices transmembranaires couplés aux protéines G et les principales voies de transduction
associées. Les récepteurs à activité enzymatique et les différentes voies des MAP kinases. Les
récepteurs sans activité enzymatique et les voies Jak-Stats. Les récepteurs cytoplasmiques et
nucléaires. Les interactions entre les différentes voies de signalisation. La régulation
physiologique et la pathologie des récepteurs et des protéines transductrices. Les principales
spécificités des récepteurs végétaux.
Enseignants cours : Jean-Yves Couraud, Mathias Brault
Enseignants TD : Mathias Brault, Hervé. Le Stunff, Wojciech Majeran, Violaine Simon
ECUE 2C : Biologie cellulaire expérimentale - Travaux Pratiques
Resp. Sandrine Middendorp
TP 1 : Biologie cellulaire animale : Etudes de l’effet des conditions de culture in vitro sur la
physiologie cellulaire : influence de la densité et du support matriciel sur le cycle cellulaire et
l’expression de gènes du cytosquelette.
TP 2 : Etiquetage des protéines : construction de plasmides codant pour des protéines auto
fluorescentes fusionnées à divers signaux d’adressage sub-cellulaire dans des vecteurs
d’expression eucaryote. Transfection des recombinants dans une lignée cellulaire et analyse
de la compartimentation des protéines recombinantes par microscopie de fluorescence.
TP 3 : Biologie cellulaire végétale : Etude la voie de signalisation des cytokinines par
transfection de protoplastes d'Arabidopsis thaliana avec des vecteurs codant des mutants
dominants ou des surexpresseurs de différents acteurs potentiellement impliqués.
Enseignants TD : Karine Andreau, Isabelle Becam, Isabelle Caillé, Frédérique Deshayes,
Ghislaine Garrel-Lazayres, Gilliane Maton, Sandrine Middendorp, Stéphanie Migrenne,
Violaine Simon, Philippe Verbeke
Enseignants TP : Karine Andreau, Isabelle Becam, Mathias Brault, Isabelle Caillé, Frédérique
Deshayes, Ghislaine Garrel-Lazayres, Gilliane Maton, Sandrine Middendorp, Stéphanie
Migrenne, Violaine Simon, Philippe Verbeke
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UE 3 : Options I
(1 ECUE au choix)
ECUE 3A : Régulations endocrines
Resp. Céline Cruciani-Guglielmacci
L'objectif est de donner des notions sur le mode de fonctionnement de la signalisation endocrine
et d'expliquer à l'aide de quelques exemples comment des corrélations hormonales assurent le
contrôle d'un phénomène biologique. Les questions seront abordées à l'échelon moléculaire,
cellulaire et intégré.
Contenu :
 Place de la signalisation endocrine dans les systèmes d’intégration de l’organisme (3h) :
(signaux paracrines, endocrines, neurocrines)
 Diversité des signaux et contrôle de la synthèse et libération des hormones (3h)
 Le complexe Hypothalamo-Hypophysaire (3h)
Exemples illustrant les modalités de la signalisationendocrine : Régulation de la température
corporelle, la croissance et l’équilibre hydro-minéral (6h)
Enseignants cours : Céline Cruciani-Guglielmacci, Christophe Magnan
Enseignants TD : Céline Cruciani-Guglielmacci
ECUE 3B : Nutrition et métabolisme chez les plantes
Resp. Céline Sorin
Cet enseignement permettra acquérir une vision intégrée des principaux mécanismes liés à la
nutrition minérale des plantes et des voies métaboliques associées. Les principaux points
abordés s'articuleront autour de :
- Transports de nutriments (eau, ions, sucres) à l’échelle cellulaire et de la plante entière
(tissus conducteurs et communications intra- et intercellulaire, transports membranaires)
- Métabolismes de l’azote, du soufre et du phosphore
- Interactions métaboliques.
Enseignants cours : Wojciech Majeran, Céline Sorin
Enseignants TD : Wojciech Majeran, Céline Sorin
UE 4 : Options II
(2 ECUEs au choix)
ECUE 4A : Génétique microbienne
Resp. Olivier Dussurget
1) Notions de base de Génétique procaryote : Mutations, recombinaisons, complémentations.
Transferts de matériel génétique et cartes génétiques. Expression concertée des gènes. 2) Notion
de pathogénie microbienne : Généralités. Un exemple de bactérie à multiplication intracellulaire.
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3) Les bactériophages : Généralités. Les bactériophages à symétrie simple. Les bactériophages à
symétrie combinée.
Enseignants cours : Olivier Dussurget, Fanette Fontaine, Isabelle Verstraete, Cécile Butor
Enseignants TD : Hervé Lalucque, Fanette Fontaine
ECUE 4B : Enzymologie
Resp. Jean-Marie Dupret
Bases fondamentales de l’Enzymologie - Principes de la cinétique michaëlienne à un substrat
Analyse et signification des paramètres cinétiques - Mécanismes de la catalyse enzymatique
- Régulation de l’activité des enzymes - Protéases - Inhibiteurs d’enzymes et rôle thérapeutique - Identification des résidus essentiels à l’activité enzymatique par marquage
chimique et mutagenèse dirigée.
Enseignants cours : Jean-Marie Dupret, Fernando Rodrigues-Lima, Véronique Arluison,
Julien Dairou
Enseignants TD : Véronique Arluison, Wilfried Grange
ECUE 4C : Structure et Interactions des macromolécules biologiques
Resp. Catherine Etchebest
Physico-Chimie et Structure de quelques macromolécules biologiques - Méthodes thermodynamiques et spectroscopiques dédiés à l’étude de macromolécules et à leurs interactions Structure des protéines - Techniques d’électrophorèse - Glucides - Lipides et membranes biologiques.
Enseignants cours : Catherine Etchebest, Nathalie Demont-Caulet
Enseignants TD : Nathalie Caulet, Thérèse De Caldas, Karine Moncoq, Stéphanie Petrella
UE 6 : Anglais scientifique
Resp. Carole Champanhet
Dans le cadre de cet enseignement les étudiants vont :
- apprendre à faire un exposé sur un sujet scientifique ou général
- s’exercer à participer à une discussion à partir d’un exposé
- enrichir leur vocabulaire général et scientifique (autour des thèmes tels que movement
and change, frequency, structures and processes, ainsi qu’à partir de la presse anglo-saxonne :
Scientific American, Discover, etc),
- approfondir leurs connaissances grammaticales
- s’exercer à la compréhension orale à partir d’exposés scientifiques donnés par des
anglophones (audio- vidéo-cassette et radio)
- apprendre à rédiger dans le style scientifique anglais.
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Tous les étudiants quel que soit leur niveau suivront la même trame pédagogique, dont l’objectif
le plus concrètement visé est de développer les capacités nécessaires pour la participation aux
conférences scientifiques en anglais et à un séjour professionnel dans un pays anglophone. La
consolidation et le développement des connaissances grammaticales s’effectueront
prioritairement dans le cours de niveau moins élevé.
BIBLIOGRAPHIE (obligatoire)
Minimum Competence in Scientific English (Sue BLATTES, Véronique JANS, Jonathan UPJOHN)
Collection Grenoble Sciences, nouvelle édition, 2003 ; nouvelle édition, 2004.
Chapitre 1-6
Evaluation :
50% contrôle continu
a.) expression orale : coefficient 2 Chaque étudiant doit faire une présentation orale (d’une
quinzaine de minutes) par semestre. Les présentations seront basées sur un article de presse
portant sur un sujet d’intérêt général ou scientifique (tirés, par exemple, de The New York Times
Science Section, The Guardian Science and Technology, Newsweek Science Section, Scientific
American, Discovery, etc.). Les étudiants ne doivent pas avoir le nez dans leurs notes, mais
peuvent utiliser un transparent (quelques mots clés indiquant les différentes parties de l’exposé,
éventuellement un graphique ou un dessin…). La participation dans la période de
question/réponse (5 minutes) après la présentation sera également prise en compte en attribuant
la note finale d’expression orale.
b) contrôles de vocabulaire et grammaire : coefficient 1 Plusieurs contrôles sous forme de
textes à trous extraits de la rubrique lexis seront effectués pour évaluer l’assimilation du
vocabulaire dans le livre Minimum Competence in Scientific English, nouvelle édition, Blattes,
Jans, Upjohn, Collection Grenoble Sciences.
c. reaction paper : résumé + discussion d’un article de presse choisi par l’étudiant. Si l’étudiant
n’a pas choisi un sujet à caractère scientifique pour l’exposé, il convient qu’il le fasse pour le
reaction paper, et réciproquement. (coef.2)
50% devoir sur table (fin de semestre)
a.
Le devoir sur table comportera deux questions sur les exposés faits en cours, une
réévaluation du vocabulaire et de la grammaire étudiés pendant le semestre à partir de MCSE
(traductions, fill-in-the-blanks…). 8 points
b.
Il comportera aussi la rédaction d’un bref essai écrit (250-300 mots), basé sur la lecture
d’un article scientifique. L’étudiant montrera qu’il a assimilé le vocabulaire et les expressions
nécessaires pour s’exprimer dans un contexte scientifique professionnel. 12 points
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Les UEs du 2 è m e semestre
UE7 : Biologie cellulaire II
ECUE 7A : Outils et concepts de la biologie du développement
Resp. Christine Rampon
Cours :
- Mise en place des axes embryonnaires et de la métamérisation chez les animaux.
- Influence de l’environnement lumineux sur la morphogenèse des plantes.
TD : Méthodologie en Biologie du développement + Photomorphogenèse
TP : Analyse de l’expression des gènes de segmentation de la drosophile + Observation de
drosophiles et gènes homéotiques.
Enseignants cours : Véronique Gruber et Christine Rampon
Enseignants TD : Caroline Hartmann, Céline Sorin et Christine Rampon
Enseignants TP : Véronique Borday-Birraux, Elodie Martin et Christine Rampon
ECUE 7B : Biologie du développement et différenciation cellulaire
Resp. Christine Rampon
Cours :
- Mise en place des axes embryonnaires et organogenèse post-embryonnaire.
- Les crêtes neurales : à l’origine des dérives périphériques du système nerveux des
vertébrés.
TD : Analyses d'articles.
Enseignants cours : Caroline Hartmann, Valérie Ngo Muller
Enseignants TD : Eva Coppola, Céline Sorin
UE 8 : Physiologie
(3 ECUEs au choix)
ECUE 8A : Physiologie : cœur, poumons, rein
Resp. Hervé Le Stunff, Anne Wijkhuisen
Cours : Physiologie cardiaque ; Physiologie vasculaire ; Exemple de physiologie intégrée : la
régulation de la pression artérielle ; Physiologie de la respiration ; Physiologie rénale ;
Régulation des équilibres hydrique.
Travaux dirigés : physiologie rénale, volumes liquidiens, équilibre acido-basique.
Travaux Pratiques : clairance de l’inuline chez le rat.
Enseignants cours : Jean-Sébastien Silvestre, Virginie Rouiller-Fabre, Anne Wijkhuisen
Enseignants TD : Muriel Amar, Hervé Le Stunff
Enseignants TP : Chrystèle Racine, Cécile Tourrel-Cuzin, Marie-Justine Guerquin, David L’Hôte
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ECUE 8B : Physiologie métabolique
Resp. Christophe Magnan
Objectifs : Connaître la régulation des principales voies métaboliques. Aspects physiologiques
de la régulation du métabolisme énergétique. Présentation des principales voies
métaboliques, en donnant priorité à la régulation des enzymes clés. Intégration des voies
métaboliques dans le contexte d'un tissu ou d'un organisme multicellulaire (ex. des
mammifères).
Enseignants cours : Christophe Magnan
Enseignants TD : Céline Cruciani-Guglielmacci
Enseignants TP : Céline Cruciani-Guglielmacci, Cécile Tourrel-Cuzin
ECUE 8C : Physiologie de la reproduction
Resp. Joëlle Cohen-Tannoudji
L’enseignement est consacré à la physiologie de la reproduction, fonction majeure du vivant.
L’accent est mis sur les évènements biologiques majeurs (gamétogenèse, fécondation,
gestation…) et leurs régulations chez les mammifères ainsi que sur la maîtrise de la
reproduction dans l’espèce humaine
Cours : Glandes endocrines et hormones de la reproduction. Les fonctions testiculaires et
ovariennes et leur régulation. Fécondation, gestation et parturition. Assistance médicale à la
procréation et contraception.
Travaux Pratiques : Etude in vivo de la désensibilisation hormonale de la cellule de Leydig.
Travaux dirigés : Analyse de résultats expérimentaux et documents scientifiques, en lien avec
le cours.
Enseignants cours : Joëlle Cohen-Tannoudji
Enseignants TD : Virginie Rouiller-Fabre, Violaine Simon
Enseignants TP : Céline Cruciani-Guglielmacci, Marie-Justine Guerquin , David L'Hôte,
Stéphanie Migrenne, Chrystèle Racine
ECUE 8D : Communication et Signalisation des cellules végétales
Resp. Mathias Brault
Cours - TD: La communication entre plantes, entre organes, entre tissus ou entre cellules au
cours du développement des végétaux ou de leur adaptation à leur environnement. Les
différentes molécules "signal". La signalisation cellulaire : les différents types de récepteurs.
TP : Les cellules à aleurone : un modèle de signalisation cellulaire.
Enseignants cours - TD : Mathias Brault, Sophie Filleur, Florian Frugier
Enseignants TP : Sophie Filleur
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ECUE 8E : Biotechnologies végétales
Resp. Véronique Gruber
Cours : Apport des biotechnologies végétales à l’amélioration des plantes et à la sélection
classique - Applications agronomiques et industrielles - Du gène au médicament : production
de protéines recombinantes dans les plantes (lipase, collagène, planticorps,…) - Production
de métabolites secondaires dans les plantes.
TD : Réalisation et présentation d’un poster
TP: Production d’anticorps recombinants dans des feuilles de Nicotiana benthamiana :
transformation, détection par western-blot, test d’activité en ELISA, localisation cellulaire
visualisée par imagerie.
Enseignants cours : Anouck Diet, Véronique Gruber
Enseignants TD : Anouck Diet, Véronique Gruber
Enseignants TP : Mathias Brault, Anouck Diet
UE 9 : Spécialisation en Physiologie
(3 ECUEs au choix)
ECUE 9A : Différenciation cellulaire et fonctionnelle
Resp. Sandrine Middendorp
L’UE est constituée de 7 cours-conférences portant sur : Les cellules souches cancéreuses. La
différenciation musculaire. La différenciation sexuelle. La différenciation cellulaire de la peau.
La plasticité cellulaire et la régénération. L’épithélium respiratoire. La différenciation des
tissus conducteurs de sève chez les végétaux.
Enseignants cours : Armelle Baeza, Thibault Collin, Frédérique Deshayes, Gabriel Livera,
Sandrine Middendorp
ECUE 9B : Génétique : Organismes modèles
Resp. Anne-Laure Todeschini
Cet enseignement décrit les organismes modèles eucaryotes les plus couramment utilisés en
laboratoire ainsi que les principaux outils génétiques et moléculaires utilisés spécifiquement
dans chacun de ces organismes. L’intérêt d’utiliser de tels modèles, leurs limites et leurs
avantages seront également des thèmes abordés lors de cet enseignement. Les modèles
suivant seront traités : drosophile, souris, levure, Arabidopsis thaliana, cellules en culture.
Enseignants cours : Eva Coppola, Sophie Filleur, Pierre Kerner, Anne-Laure Todeschini
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ECUE 9C : Génomique : un outil pour l'étude de l'évolution
Resp. Caroline Hartmann
Cette UE permet aux étudiants d’une part, de se familiariser avec les outils de la génomique
structurale - séquençage et annotation de génomes - et, d’autre part de connaître les grandes
caractéristiques des génomes bactériens, animaux et végétaux. La génomique comparée chez
les bactéries permet, dans un premier temps, d’appréhender l’évolution de génomes
relativement simples. Dans un deuxième temps, le rôle majeur des éléments transposables
dans la spéciation et l’évolution des génomes est étudié chez les métazoaires et chez les
plantes. Cette UE comporte un TP d’analyse de séquences tant animales que végétales qui
permet de visualiser certaines analyses utilisées en génomique. C’est UE est fortement
recommandée pour les étudiants se destinant au Master "Sciences du végétal".
Enseignants cours : Caroline Hartmann, Michel Vervoort.
Enseignants TP : Céline Sorin
ECUE 9D : Immunologie
L’objectif est d’acquérir des connaissances solides sur les bases de la réponse immunitaire non
spécifique et spécifique, cellulaire et humorale. Les cellules et les organes impliqués seront
abordés ainsi que le fonctionnement et la régulation des principaux récepteurs (BCR, TCR) et
des anticorps. Les molécules du CMH et leurs différentes fonctions seront également étudiées.
Une fois ces bases acquises, le cours traitera des dysfonctionnements majeurs de la réponse
immunitaire (déficits immunitaires, maladies auto-immunes). Enfin, une partie du cours sera
consacrée à la réponse immunitaire chez les plantes et les parallèles possibles entre animal et
végétal.
Enseignants cours : Frédérique Deshayes, Stéphanie Pflieger
Enseignants TD : Frédérique Deshayes, Anne Wijkhuisen
ECUE 9E : Infectiologie
Resp. Mireille Viguier
Cours : Caractéristiques et importance des microorganismes. Structure de la cellule
bactérienne et taxonomie. Génétique bactérienne, modifications du génome, génie génétique
et génomique. Introduction à la virologie, Bases fondamentales. Picornavirus, ortho et
Paramyxovirus : Structure, cycle, classification, pathologie associées et lutte antivirale.
Reconnaissance immunitaire naturelle. Reconnaissance immunitaire spécifique d’antigène.
TD : Dégradation de l’atrazine comme source d’azote. Evolution des virus. Analyse de la
reconnaissance immunitaire.
Enseignants : Frédérique Braun, Pierre-Emmanuel Ceccaldi, Anne Couedel, Olivier Dussurget,
Fanette Fontaine, Sylvie van der Werf, India Leclercq, Mireille Viguier
ECUE 9F : Neurosciences cognitives
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Resp. Marc Maier
Cette UE traite les fondements de l’approche intégrative et cognitive en Neurosciences. Les
fonctions du cerveau humain seront illustrées à travers les travaux neurophysiologiques et
anatomiques entrepris sur des modèles animaux et à l’aide des méthodes applicables chez
l’homme comme l’imagerie cérébrale. Seront abordés :
 Introduction et méthodes applicables chez l’homme
 Mouvements volontaires et système miroir
 Toucher et douleur
 Vision, attention visuelle et illusions visuelles
 Audition, langage et hallucinations verbales
 Conscience
Enseignants cours : Marc Maier, Fouzia Mailly-Zerari
Enseignants TD : Marc Maier, Fouzia Mailly-Zerari
ECUE 9G : Neurobiologie cellulaire
Resp. Fouzia Mailly-Zerari
Le but de l'enseignement est de présenter l'essentiel des connaissances actuelles, au niveau
moléculaire et cellulaire, concernant la mise en place du système nerveux, sa plasticité et sa
réparation, son interaction avec les cellules gliales ainsi que les mécanismes cellulaires et/ou
moléculaires impliqués dans certaines neuropathologies et la mémoire.
Enseignants cours : Muriel Amar, Isabelle Caillé, Véronique Dubreuil, Fouzia Mailly-Zerari
Enseignants TP : Muriel Amar
ECUE 9H : Réponses des Plantes à l'Environnement
Resp. Stéphanie Pflieger, Wojciech Majeran
L'enseignement de cette s'articulera autour des 3 points suivant :
1. Réponses à des stress biotiques : interactions bénéfiques (symbioses, mycorhizes)
2. Réponses à des stress biotiques : interactions avec des agents pathogènes (nature
des agents pathogènes de plantes, mode d’invasion, notion de résistance de la
plante, moyens de lutte)
3. Réponses à des stress abiotiques ou contraintes physiques : lumière, température,
déficit en eau et en oxygène, polluants, vent. Notion d’acclimatation et d’adaptation.
Enseignants cours : Stéphanie Pflieger, Wojciech Majeran, Denis Faure, Florian Frugier
Enseignants TP : Anouck Diet
ECUE 9I : Statistiques pour biologistes
Resp. Olivier Taboureau
Après une rapide reprise de la théorie des tests et des tests basés sur la loi normale (test
epsilon et test de Student), les tests non paramétriques seront abordés. L'accent sera ensuite
mis sur l'analyse de la variance et les plans factoriels.
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Probabilités et statistiques : rappel de probabilité (processus probabilistes, loi discrètes et
continues), notion de variabilité, intervalle de confiance des variables
Théorie des tests : tests de conformité ou de comparaison (moyenne, variance, proportion),
tests du chi², analyse de variance, coefficient de corrélation et régression linéaires.
Utilisation d'un logiciel pour la pratique de l'analyse statistique
Enseignants cours : Olivier Taboureau
Enseignants TD : Olivier Kirsh
Enseignants TP : Olivier Kirsh
UE 10 : UE d'Ouverture
(1 ECUE au choix)
ECUE 10A : Stage
Resp. Mathias Brault
Durée : 2 mois minimum, à partir de début mai.
La possibilité d’effectuer un stage de recherche en laboratoire est conditionnée par les
résultats des examens du premier semestre. Le choix du laboratoire est effectué en accord
avec les responsables du L3.
ECUE 10B : Préprofessionnalisation PP3
Comment accéder à un métier concrètement ?
La méthodologie employée au cours de ces enseignements consiste d’une part en une
discussion constructive autour du projet professionnel et d’autre part à rencontrer un ou
plusieurs étudiants dans le/les cursus visés. L’étudiant devra également constituer un dossier
de candidature à un emploi désiré ou à l’entrée dans le M1/M2 souhaité avec simulation d’un
entretien. Deux séminaires sont prévus sur comment gérer un entretien et comment rédiger
un CV et une lettre de motivation.
Enseignants TD : Frédérique Deshayes, Marc Vervel
ECUE 10C : Engagement étudiant
Resp. Florent Busi
Vous exercez ou souhaitez le faire :
o une activité au sein d’une association de solidarité à l’intérieur ou à l’extérieur de
l’université
o un rôle de responsable dans une organisation à but sportif ou culturel
o un mandat d’élu dans les instances de l’université en ayant suivi la formation qui
vous est proposée
o un tutorat d’accompagnement pédagogique, d’accueil des étrangers, de Cap en fac.
Votre engagement est solidaire-citoyen + bénévole + laïque.
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Vous pouvez valider votre engagement par 3 crédits sans note :
 soit sous la forme d’une UE libre
 soit sous la forme d’une UE facultative, "en plus" des 30 crédits du S6, qui sera
comptabilisée dans votre supplément de diplôme (document officiel regroupant les
compétences académiques et extra-académiques acquises au cours de la préparation
de votre diplôme de licence).
Vous devrez alors suivre cette procédure :
 au début du semestre : remplir la CHARTE d’engagement
 à la fin de l’année : présenter un rapport et un bilan suivis d’un entretien
Il est impératif de se procurer le "Guide de l’engagement" sur le site de l’université ou à la
scolarité de l'UFR qui contient toutes règles à suivre et informations nécessaires.
Vous pouvez trouver toutes informations sur les associations et la VEE :
- Bureau de la Vie Etudiante RDC bat A des Grands Moulins
- [email protected]
- [email protected]
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V ol um e s h or a ir e s
1er semestre S5
Volume horaire (h)
UE 1 : Biologie Moléculaire et Biotechnologies
Codes
Crédits
Cours
TD
30GU01BC
6
ECUE 1A : Génome et Biotechnologies
30GE01BC
3
20
10
ECUE 1B : Transcription et traduction
30GE02BC
3
20
10
20
10
30GE03BC
3
30GU02BC
12
30GE21BC
3
28
30GE52BC
3
20
ECUE 2C : Biologie cellulaire expérimentale
30GE53BC
6
30GU03BC
3
30GU31BC
3
16
10
ECUE 3B : Nutrition et métabolisme chez les Plantes
30GU32BC
3
26
8
30GU03BC
3
30GU41BC
3
20
10
30GU04B3
3
16
14
ECUE 4C : Structure des macromolécules
30GU05B3
3
16
14
30GU06BC
3
UE 3 : Options I (1x 3 crédits)
UE 4 : Options II (1x 3 crédits)
TP
10
7
85
22
2ème semestre S6
Volume horaire (h)
UE 7 : Biologie cellulaire II
Codes
Crédits
Cours
TD
TP
8
30HU07BC
6
30HE71BC
3
16
4
ECUE 7B : Biologie du développement et différenciation
30HE72BC
3
20
4
UE 8 : Physiologie (3x 4 crédits)
30HU08BC
12
ECUE 8A : Physiologie : Cœur, Poumons, Rein
30HE80BC
4
22
8
8
30HE81BC
4
18
8
12
30HE82BC
4
16
2
9
ECUE 8D : Communications et signalisation de cellules végétales
30HE83BC
4
20
6
8
30HE84BC
4
20
4
16
UE 9 : Spécialisation en Physiologie (3x 3 crédits)
30HU09BC
9
30HE90BC
3
28
ECUE 9B : Génétique: organismes modèles
30HE91BC
3
18
ECUE 9C : Génomique : un outil pour l’étude de l’évolution
30HE92BC
3
20
30HE93BC
3
16
8
30HE94BC
3
30HE95BC
3
24
4
30HE96BC
3
16
4
4
30HE97BC
3
18
6
4
12
10
10
6
3
30HE98BC
3
30HU10BC
3
ECUE 10A : Stage
30HE10BC
3
ECUE 10B : PP3
30HE11BC
3
14
ECUE 10C : Engagement de l'étudiant
30HE12BC
3
30
UE 10 : UE d'ouverture (1x 3 crédits)
UE de spécialisation ou d'un autre cursus
3
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M od a l i t é s d u Co n t r ôl e de s C on n a i s s a nc e s
1er semestre S5
1ère session
TP
2ème session
CC
Cours
ECUE 1A : Génome et Biotechnologies
30
ECUE 1B : Transcription et traduction
TP
CC
Cours
70
30
70
30
70
30
70
30
70
30
70
UE 1 : Biologie Moléculaire et Biotechnologies
100
100
100
ECUE 2C : Biologie cellulaire expérimentale
100
100
100
100
UE 3 : Options I (1x 3 crédits)
100
100
40
60
100
30
70
30
70
40
60
40
60
ECUE 4C : Structure des macromolécules
30
70
40
60
50
50
50
50
ECUE 3B : Nutrition et métabolisme chez les Plantes
UE 4 : Options II (1x 3 crédits)
2ème semestre S6
1ère session
2ème session
TP
CC
Cours
TP
CC
Cours
10
10
80
15
5
80
20
80
UE 7 : Biologie cellulaire II
ECUE 7B : Biologie du développement et différenciation
100
UE 8 : Physiologie (3x 4 crédits)
ECUE 8A : Physiologie : Cœur, Poumons, Rein
25
75
25
75
25
75
25
75
25
75
25
ECUE 8D : Communications et signalisation de cellules végétales
20
20
60
20
20
60
20
30
50
20
30
50
75
UE 9 : Spécialisation en Physiologie (3x 3 crédits)
100
100
ECUE 9B : Génétique: organismes modèles
100
100
ECUE 9C : Génomique : un outil pour l’étude de l’évolution
50
50
50
100
30
70
30
100
15
20
30
50
100
70
100
85
15
85
20
60
20
20
50
100
100
100
20
60
UE 10 : UE d'ouverture (1x 3 crédits)
ECUE 10A : Stage
ECUE 10B : PP3
10
ECUE 10C : Engagement de l'étudiant
70
100
UE de spécialisation ou d'un autre cursus
20
20 / 23
10
20
70
100
Validation des semestres
Cas 1
Vous avez validé toutes les UE, c'est-à-dire que vous avez une note supérieure ou égale à
10/20 pour chaque UE : vous avez validé votre semestre.
Cas 2
Vous n'avez pas validé toutes les UE, mais la moyenne de l'ensemble des notes d'UE est
supérieure ou égale à 10/20 : vous avez validé votre semestre par compensation.
Pour différentes raisons, vous pouvez refuser cette compensation. Dans ce cas, vous devez
en informer la scolarité de l'UFR par courrier avant la date du jury de semestre. Celle-ci est
affichée à l'UFR en début de session d'examen.
Cas 3
Vous n'avez pas validé toutes les UE et la moyenne de l'ensemble des notes d'UE est
inférieure à 10/20: vous êtes ajourné.
Vous devez repasser à la session suivante toutes les UE et tous les ECUE pour lesquels vous
avez eu une note inférieure à 10/20.
Compensation et conservation des notes d’UE et d’ECUE
- A l’intérieur d’une UE, les notes d’ECUE se compensent (en tenant compte des coefficients
de chaque ECUE), sans qu’il y ait de note éliminatoire.
- Une UE acquise est conservée définitivement.
- Seules les notes d’ECUE des examens de la session 1 égales ou supérieures à 10/20
peuvent être conservées pour la session 2 de la même année.
- Les notes d’ECUE égales ou supérieures à 10/20, acquises pendant une année universitaire,
peuvent être conservées pour l'année suivante.
- L'absence injustifiée ou justifiée à une épreuve ou à des travaux pratiques bloque le calcul
de la moyenne de l'UE correspondante et de ce fait empêche la validation du semestre.
L'absence dûment justifiée à une UE ou un ECUE peut être remplacée par un zéro sur
demande de l’étudiant afin de permettre le calcul s’il ne souhaite pas repasser en 2ème
session.
Modalités de délivrance du diplôme de Licence
Le diplôme de Licence est obtenu si les semestres S1 à S6 sont validés.
Mode de calcul :
- pour les étudiants ayant suivi L1/L2/L3 à Paris-Diderot, la note finale est la moyenne
des notes finales des semestres S1 à S6
- pour les autres, le calcul se fait en fonction du nombre de semestres validés à ParisDiderot.
Il est possible d'obtenir le diplôme de Licence en n'ayant validé que 5 des 6 semestres
(dispositif de compensation globale) à condition :
- que la moyenne des notes finales des semestres S1 à S6 soit supérieure ou égale
à 10/20
- de n'avoir jamais bénéficié de la compensation globale auparavant
- d'en faire la demande par écrit avant la réunion du jury de Diplôme. La date de celleci est affichée à la scolarité de l'UFR en fin d'année.
21 / 23
22 / 23
L i e ns ut i l e s
UFR des Sciences du Vivant
www.sdv.univ-paris-diderot.fr/
Association des étudiants en Sciences du Vivant de Paris-Diderot
http://scivip7.org/
23 / 23

L3 – S5 - Université Paris Diderot

Transcription

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