Voir - Oncomip

Biomarqueurs et cancer du
poumon
En pratique
Plateforme de génétique
moléculaire des cancers
• Responsable plateforme: E Delabesse
• Trois sites: Rangueil/Purpan/ICR
• Poumon (EGFR+BIOMARQUEURS):
Responsable Dr I. Rouquette Rangueil :
- Centralise les demandes poumon
- Recherche mutations EGFR/ALK/KRAS/BRAF/HER2
- Transfère dossiers PI3K à l’ICR (G. Favre)
Circuit des examens de biologie moléculaire
Tumeurs pulmonaires
PRESCRIPTION DE GENOTYPAGE
Numéro INSC :
Numéro ONCOMIP :
A COMPLETER PAR LE MEDECIN PRESCRIPTEUR DE L’EXAMEN ET A ENVOYER AU PATHOLOGISTE
Identification du Patient
NOM :
NOM DE JEUNE FILLE :
PRENOM :
DATE DE NAISSANCE :
Homme
Femme
Date de demande du test :
Type de test :
EGFR KRAS
BRAF
ALK
HER2
PI3K
Matériel Tumoral à analyser
Type de prélèvement
Biopsie
Résection chirurgicale
Autre :
Identification MEDECIN PRESCRIPTEUR
Site de prélèvement :
Bronche
Poumon
NOM :
ADRESSE :
Autre :
Date de prélèvement :
Statut tabagique :
Fumeur Non fumeur
Nombre paquets/année :
Tel :
Fax :
E-mail :
Ancien fumeur (stop en .....)
Autre :………...
Stade TNM : IIIB IV
Indications (si autre) :
CADRE, A COMPLETER PAR LE PATHOLOGISTE, ACCOMPAGNEE :
1. Du prélèvement tumoral (1 fragment de tumeur fixée et incluse en paraffine ou congelée/ choisir un bloc riche en cellules
tumorales).
2. Du compte-rendu anapath.
ET A ENVOYER AU LABORATOIRE REALISANT LES GENOTYPAGES, A l’ADRESSE SUIVANTE :
Service d’Anatomie Pathologique et Histologie Cytologie du Pr Delisle CHU Rangueil 1 avenue Jean-Poulhès TSA 50032 31059 TOULOUSE Cedex 9
Responsables : Dr Isabelle Rouquette, Mélanie Boussard tel Secrétariat 05 61 32 28 61 fax 05 61 32 21 27
PAS DE FIXATION BOUIN, ni fixateur à base d’acide picrique. Eviter AFA.
Matériel tumoral transmis:
NON
Identification MEDECIN PRESCRIPTEUR
NOM :
ADRESSE :
Nombre de blocs:
Tumeur primitive
Histologie :
Tel :
Fax :
E-mail :
N° bloc:
Métastases
Adénocarcinome
Autre :
Tissu congelé :
Tumorothèque
Emplacement
Fixateur (indispensable):
Cérébrales
Ganglionnaires
Autres :
Epidermoïde/malpighien
oui
non
ONCOMIP
Formol
Rangueil
Glyoxal
RCL2
Purpan
Autre
Date de réception au service d’Anatomie Pathologique de Rangueil : …….../…….../……….. Heure :……… Visa :………..
Le résultat du génotypage sera renvoyé au médecin prescripteur et au médecin anatomo-pathologiste.
Version 23/11/2011
Pathologiste
détenteur du
matériel
CHG, CHU,
Secteur Privé
Pathologiste de
la plateforme
Prescription complétée +
Compte-rendu anapath +
Bloc
Contrôle morphologique
Extraction d’ADN
Amplification ADN
EXON 19
EXON 21
EXON 18
EXON 20
Mutation
recherchée
DELETIONS
MUTATIONS
PONCTUELLES
MUTATIONS
PONCTUELLES
T790M
INSERTIONS
Techniques
utilisées
HRM/ ANALYSE
DE FRAGMENT
PCR-ASO
HRM/
SEQUENCAGE
PCR-ASO/
SEQUENCAGE
Techniques biomarqueurs
- EML4-ALK: FISH
- KRAS, HER2: HRM/séquençage
- BRAF V600E: PCR ASO
- PI3K: séquençage direct
Améliorations Techniques
• EGFR:
Passage techniques plus rapides et sensibles,
redesign des amorces, sensibilisation fixateur:
moins de prélèvements non interprétables, délais
raccourcis
• FISH ALK:
criblage IHC systématique
corrections éosine acidité, contrôle externalisé des
cas litigieux
Améliorations gestion (ORPAMIP)
Interface cliniciens/plateforme: Mélanie
Boussard
Fiche modifiée téléchargeable
Développements informatiques pour recueil
de données et rendu résultats (fiches
complémentaires)
PRESCRIPTION DE GENOTYPAGE EGFR exons 19 à 21
Tumeurs pulmonaires
Service d'Anatomie Pathologique et Histologie-Cytologie du Pr M.B. Delisle
CHU Rangueil, Bt L2 - 1 avenue Jean Poulhès - TSA 50032 - 31059 Toulouse Cedex 9
Responsables : Dr Isabelle Rouquette, Camille Allera Moreau. Tél Accueil 05 61 32 28 42 --- Fax 05 61 32 21 27
Identification PATIENT
Nom : ………………………….
Nom de jeune fille : …………………
Prénom : ………………………..
Date de naissance : ……./……./…….
Adresse : …………………………………………………………………………………………….
PRESCRIPTION DE GENOTYPAGE
Numéro INSC :
Numéro ONCOMIP :
A COMPLETER PAR LE MEDECIN PRESCRIPTEUR DE L’EXAMEN ET A ENVOYER AU PATHOLOGISTE
Identification MEDECIN PRESCRIPTEUR
(Nom et coordonnées dont tel et fax)
Identification A. PATHOLOGISTE
REFERENT détenteur du matériel tumoral
(Nom et coordonnées dont tel et fax)
Identification du Patient
NOM :
NOM DE JEUNE FILLE :
PRENOM :
DATE DE NAISSANCE :
Homme
Femme
Date de demande du test :
Type de test :
EGFR KRAS
BRAF
ALK
HER2
PI3K
Matériel Tumoral à analyser
Type de prélèvement
Biopsie
Résection chirurgicale
Autre :
Identification MEDECIN PRESCRIPTEUR
Site de prélèvement :
Bronche
Poumon
NOM :
ADRESSE :
Autre :
Date de prélèvement :
Date de la demande de génotypage EGFR :
/
/ 20…..
Matériel tumoral à analyser :
Tabagisme :
Biopsie bronchique
Biopsie pulmonaire sous scanner
Pièce opératoire (lobectomie, pneumonectomie)
Site métastatique, préciser : ………………………………………
Date du prélèvement :
/
/ 20…..
Fumeur
Non fumeur
Indication : …………………………
Stade de la maladie : …………….
Statut tabagique :
Fumeur Non fumeur
Nombre paquets/année :
Tel :
Fax :
E-mail :
Ancien fumeur (stop en .....)
Autre :………...
Stade TNM : IIIB IV
Indications (si autre) :
CADRE, A COMPLETER PAR LE PATHOLOGISTE, ACCOMPAGNEE :
1. Du prélèvement tumoral (1 fragment de tumeur fixée et incluse en paraffine ou congelée/ choisir un bloc riche en cellules
tumorales).
2. Du compte-rendu anapath.
ET A ENVOYER AU LABORATOIRE REALISANT LES GENOTYPAGES, A l’ADRESSE SUIVANTE :
Service d’Anatomie Pathologique et Histologie Cytologie du Pr Delisle CHU Rangueil 1 avenue Jean-Poulhès TSA 50032 31059 TOULOUSE Cedex 9
Responsables : Dr Isabelle Rouquette, Mélanie Boussard tel Secrétariat 05 61 32 28 61 fax 05 61 32 21 27
Remarques :
PAS DE FIXATION BOUIN, ni fixateur à base d’acide picrique. Eviter AFA.
Matériel tumoral transmis:
Identification MEDECIN PRESCRIPTEUR
FICHE à compléter par le médecin prescripteur de l’examen et à envoyer au
médecin pathologiste en possession du prélèvement tumoral du patient.
NOM :
ADRESSE :
Nombre de blocs:
Tumeur primitive
Histologie :
Cette fiche sera secondairement envoyée au laboratoire de génotypage par le pathologiste avec le
Tel :
Fax :
E-mail :
N° bloc:
Métastases
Adénocarcinome
Autre :
Tissu congelé :
Tumorothèque
Emplacement
Fixateur (indispensable):
Cérébrales
Ganglionnaires
Autres :
Epidermoïde/malpighien
oui
non
ONCOMIP
Formol
Rangueil
Glyoxal
RCL2
Purpan
Autre
Date de réception au service d’Anatomie Pathologique de Rangueil : …….../…….../……….. Heure :……… Visa :………..
Le résultat du génotypage sera renvoyé au médecin prescripteur et au médecin anatomo-pathologiste.
Version 23/11/2011
Tabagisme chez les patients mutés EGFR/KRAS et transloqués ALK
Profil EGFR muté:
- Femme
- Non Fumeuse
Profil KRAS muté:
- Homme
- Fumeur
Augmentation du nombre de dossiers pour les différentes analyses
depuis le début de l’activité
Délais
Délai de rendu des résultats (en jours)
TRIM 1
TRIM 2
TRIM 3
TRIM 4
2010
15
15
11
9
2011
8
5
5
5
Délai d’acheminement de la demande entre le prescripteur et le laboratoire de
biologie moléculaire (en jours)
TRIM 1
TRIM 2
TRIM 3
TRIM 4
2010
-
8
10
5
2011
4
4
6
5
Délais
V
L
M
M
Réception des demandes
J
V
L
M
M
Analyse Exons 1920-21
J
V
L
M
M
J
Analyses Exons 18 – KRAS – HER2 –
BRAF - ALK
RÉSULTATS
EXONS 1920-21
V
Envoi des
PI3K à l’ICR
ADDENDUM
EX 18 –
KRAS –
HER2 –
BRAF - ALK
 Il faut compter de 1 jour à 1 semaine de délai pour le transfert du matériel de
l’anatomopathologiste au laboratoire de biologie moléculaire (long car envoi
groupé)
NB: Les Feuillants nous envoient les dossiers tous les jeudis
 Il faut compter 3 à 9 jours pour les résultats dès la réception du dossier
 Il faut compter 7 à 14 jours pour les addendum.
L
Les non conformités les plus retrouvées
1 dossier de prescription sur 3 n’est pas conforme…






Fiches de prescription directement envoyée au laboratoire de la plateforme
Stade TNM non précisé ou ne correspond pas aux indications de l’analyse
Statut tabagique non renseigné
Date de prélèvement non renseignée
Fixateur non renseigné
Le numéro du prélèvement inscrit sur la fiche de prescription est absent ou
ne correspond pas au numéro du bloc
 Congélation du prélèvement non indiquée
- Retard de traitement donc retard de rendu des résultats
- Perte de temps pour l’ingénieur qui doit rappeler les
prescripteurs et/ou pathologistes
- Défaut dans les statistiques rendues à l’INCA
Le futur sur la plateforme
• Prescrire via le DCC ONCOMIP (suivi, rendu des
résultats)
• Améliorer la détection des anomalies les plus utiles
(évolutions techniques)
• Développer l’IHC
• Participation au recueil de données projet IFCT
• Participer aux études nationales et aux STIC (TALK
PREDICTAMM)
• Développer la détection de nouveaux biomarqueurs
Clin Cancer Res 2010 D5F3 or
D9E4 antibodies
J Clin Pathol 2010 ALK 5A4
Journal of Thoracic Oncology 2011 ALK1+ système de révélation