ARHEL Nathalie

ED BIO SORBONNE PARIS CITE Proposition de sujet de thèse à l’appui d’une demande de contrat doctoral 2016-2017
Renseignements relatifs à l’Unité de Recherche :
Label et intitulé : U941 Génétique des Virus et Pathogenèse des Maladies Virales
Nom et prénom du Directeur : François CLAVEL
Téléphone : 01 57 27 67 64
Télécopie :
Courriel: [email protected]
Renseignements relatifs à l’Equipe :
Nom de l’Equipe d’Accueil : Equipe 2 : Diversité et Réplication des Virus
Nom et prénom du responsable : François CLAVEL
Qualité du responsable : PU-PH
Téléphone : 01 57 27 67 64
Télécopie :
Courriel : [email protected]
Renseignements relatifs au sujet de thèse :
Nom et prénom du Directeur de thèse (HDR) : Nathalie ARHEL
Qualité : Chargé de recherche
Téléphone : 01 57 27 67 56
Télécopie :
Courriel : [email protected]
Titre du sujet proposé :
(En français) Quantification de l’import nucléaire du VIH pour le criblage haut-débit de biomolécules
(En anglais) HIV nuclear import assay for standardised high-throughput screening
Département (cocher le département correspondant au sujet de thèse qui n’est pas obligatoirement le
vôtre) :

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
Biologie Cellulaire et moléculaire, Physiologie et Physiopathologie
Immunologie
Développement Génétique Neurobiologie et Vieillissement
Infectiologie, Microbiologie
Summary (5 lines maximum) :
Currently, the only quantitative method available to assess HIV-1 nuclear import relies on quantitative
PCR to amplify exclusively nuclear localised forms of the viral DNA. We wish to develop a new
approach for quantifying the translocation of the HIV-1 PIC without PCR amplification or reporter
construct, but rigorously quantitative and adaptable to high throughput screening.
Proposition de sujet de thèse à l’appui d’une demande de contrat doctoral 2016-2017
(L’ensemble de cette fiche ne doit pas dépasser 1 page)
Nom, prénom du directeur de l'unité de recherche : François CLAVEL
Numéro de l'unité de recherche (et établissement de rattachement) : U941 Inserm
Nom, prénom du responsable de l'équipe d'accueil (EAD) : François CLAVEL
Nom, prénom du directeur de thèse : Nathalie ARHEL
Titre du sujet de thèse proposé : HIV nuclear import protein complementation assay for standardised
and high-throughput screening
(en anglais)
Citer 5 mots clés : HIV, nuclear import, high-throughput screening
(key words)
Candidat pressenti :

OUI

NON
Contenu scientifique du programme de la thèse (en anglais)
HIV-1 is a retrovirus whose hallmark is to deliver its genome in the nucleus of the cell it infects and
integrate within the chromatin. Currently, the only quantitative method available to assess HIV-1
nuclear import relies on quantitative PCR to amplify exclusively nuclear localised forms of the viral
DNA. This method is important when assessing residual infection in clinical trials, determining the
efficiency of integrase inhibitors, and for fundamental research seeking to understand mechanisms of
HIV nuclear import. However, this technique is subject to experimental bias since the 2-LTR circles
that are quantified represent a minute proportion of total viral DNA (~0.02 copies per cell), primer
design does not discriminate auto-integration events, and 2-LTR circles may be used as a reserve
supply for proviral integration. We wish to develop a new approach for quantifying the translocation of
the HIV-1 PIC without PCR amplification or reporter construct, but rigorously quantitative and
adaptable to high throughput screening. The aim of the project is to establish the proof of concept for
this approach, which is currently the object of intellectual property protection. Once validated, this
approach will be used for high-throughput screening of RNA interference or chemical-based libraries
for conditions that hamper or enhance HIV-1 nuclear translocation.
Indiquez les cinq meilleures publications récentes de l’équipe :
Portilho DM, Fernandez J, Ringeard M, Machado AK, Boulay A, Mayer M, Müller-Trutwin M, Beignon AS,
Kirchhoff F, Nisole S, Arhel NJ. Endogenous TRIM5α Function Is Regulated by SUMOylation and Nuclear
Sequestration for Efficient Innate Sensing in Dendritic Cells. Cell Rep. 2016 Jan 12;14(2):355-69.
Fernandez J, Portilho DM, Danckaert A, Munier S, Becker A, Roux P, Zambo A, Shorte S, Jacob Y, Vidalain PO,
Charneau P, Clavel F, Arhel NJ. Microtubule-associated proteins 1 (MAP1) promote human immunodeficiency
virus type I (HIV-1) intracytoplasmic routing to the nucleus. J Biol Chem. 2015 Feb 20;290(8):4631-46.
Di Nunzio F, Danckaert A, Fricke T, Perez P, Fernandez J, Perret E, Roux P, Shorte S, Charneau P, DiazGriffero F, Arhel NJ. Human nucleoporins promote HIV-1 docking at the nuclear pore, nuclear import and
integration. PLoS One. 2012;7(9):e46037.
Lelek M, Di Nunzio F, Henriques R, Charneau P, Arhel N, Zimmer C. Superresolution imaging of HIV in infected
cells with FlAsH-PALM. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 May 29;109(22):8564-9.
Iglesias C, Ringeard M, Di Nunzio F, Fernandez J, Gaudin R, Souque P, Charneau P, Arhel N. Residual HIV-1
DNA Flap-independent nuclear import of cPPT/CTS double mutant viruses does not support spreading infection.
Retrovirology. 2011 Nov 10;8:92.