Techniques de Prélèvement - Direction des laboratoires

Transcription

RESAOLAB
Convention de Financement N°AFD CZZ 1338
01 C
Module de formation:
Etapes pré et post analytiques
BACTERIOLOGIE
Dr.. Aïcha M. Sarr
Dr
Objectifs (1)
Sur le plan théorique, les apprenants doivent connaître :
• Les différents éléments devant figurer sur un bulletin d’examens
bactériologiques des urines, des secrétions génitales, des
selles, du LCR, du sang, des pus, des secrétions bronchobronchopulmonaires etc.
• Les conditions requises pour la réalisation des prélèvements
Objectifs (2)
Sur le plan théorique, les apprenants doivent connaître :
• Les modalités de conservation et de transport des différents
prélèvements ;
• Les différents éléments qui doivent figurer dans le compte –
rendu des examens bactériologiques des urines, des secrétions
génitales, des selles, du LCR, du sang, des pus, des secrétions
broncho--pulmonaires etc
broncho
Objectifs (3)
Sur le plan pratique, ils doivent être capables de:
• Préparer le matériel nécessaire pour réaliser les différents types
de prélèvements;
• Préparer le matériel nécessaire pour la conservation et le
transport des prélèvements ;
• Enregistrer correctement les patients ;
• Réaliser correctement les différents prélèvements ;
Objectifs (4)
Sur le plan pratique, ils doivent être capables de:
• Identifier correctement les différents échantillons ;
• Vérifier la conformité entre le bulletin d’analyses et les
prélèvements ;
• Réaliser toutes les étapes prépré-analytiques ;
• Rédiger correctement le comptecompte-rendu des résultats
SECRETIONS GENITALES
Phase pré-analytique
Bulletin d’analyse et prescription
Il devra comporter les éléments suivants :
• Origine géographique : région médicale, structure
sanitaire, etc
• Etat civil du patient : prénom et nom, âge, sexe,
adresse
• Statut du patient :
• Externe
• Hospitalisé : clinique, salle, lit, date
d’hospitalisation, numéro du dossier
• Hypothèse diagnostique
• Traitement reçu (antibiothérapie)
• Date, Cachet et signature du prescripteur
• Date et heure de prélèvement/Préleveur
Accueil du patient (1)
Informations
Le patient devra être informé:
informé:
• du type de prélèvement,
• du prix de l’analyse,
• des conditions de prélèvement,
• du délai de délivrance des résultats.
résultats.
Ces informations détaillées peuvent être
écrites..
écrites
orales et/ou
Enregistrement
• Où? À l’accueil
• Comment? Sur registre et/ou ordinateur
• Quelles informations? numéro d’ordre, date,
numéro d’identification, prénoms et nom du
patient , examen demandé, nature prélèvement,
identification prescripteur
Conditions de prélèvement (1)
Locaux: salle propre, aéré, ayant une bonne luminosité,
différente des salles de manipulation
a-Sécrétions cervicovaginales
• Eviter toute toilette intime, tout traitement local
(crème, gel, savons etc.) tout rapport sexuel le jour
précédent l’examen.
• Prélever avant ou à distance de tout traitement
antibiotique (Délai >15 jours :Chlamydiae > 5 jours pour les
germes banals)
• Eviter de prélever pendant la période menstruelle
Conditions de prélèvement ((2)
2)
b-Prélèvement urétral
• En absence de toute prise d’antibiotiques
• En absence de rapport sexuel la veille du prélèvement
• Pas de toilette intime
c-Prélèvement de sperme
• En absence de rapport sexuel la veille du prélèvement
d- Prélèvement d’urines (idem au prélèvement urétral)
Plateau de prélèvement
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
Coton
Sparadrap
Lames porte objet
Gants à usage unique
Spéculum en polyester stérile à usage unique ou en inox
stérilisé, de taille adaptée
Solution KOH à 10%
Papier pH
Compresses
Eau distillée ou sérum physiologique
Ecouvillons stériles
Écouvillon type alginate
Tube sec
Tube à hémolyse contenant de la solution physiologique
Milieu de transport du Kit pour la recherche de Mycoplasmes
Techniques de Prélèvement (1)
Prélèvement cervicocervico-vaginal
Il existe deux types
types::
1- Ecouvillonnage vulvo vaginale : chez la petite fille et chez
la jeune fille vierge lors de vulvites
2- Prélèvement avec pose du spéculum chez l’adulte
Prélèvement cervicocervico-vaginal
Nettoyer l’exocol
l’exocol avec un écouvillon stérile
• 1er écouvillon
écouvillon:: prélèvement endocol sur tube sec
• Gram et mise en culture
culture:: cytologie et recherche de diplocoques
Gram négatifs en grain de café (gonocoque)
• 2ème écouvillon
écouvillon:: prélèvement cul de sac postérieur sur
tube + solution physiologique
• Etat frais et mise en culture:
culture: recherche de germes banals
Recherches particulières sur demande du clinicien
clinicien:: Chlamydiae
et Mycoplasmes
écouvillon:: prélèvement au niveau du col en appuyant
fermement l'écouvillon sur l'orifice et en lui imprimant un
mouvement rotatif:
rotatif: recherche de Chlamydiae
écouvillon:: gratter le col afin de prélever les cellules
intracellulaires,
caractéristiques
des
mycoplasmes,
conserver le prélèvement dans un milieu de transport
approprié
Tests pouvant être réalisés lors du prélèvement
• Test à la potasse (Sniff test) : une goutte de sécrétion
vaginale + goutte de KOH à 10
10%
%
• Mesure du pH des sécrétions vaginales
Inspection de la sphère génitale
1-Examen physique : vulve, périnée , exoexo-col
2-Examen macroscopique des leucorrhées : abondance,
couleur, consistance, odeur sachant que :
– Epaisses,
liées,
jaunes
verdâtres
→
cervicite
gonococcique qui peut être asymptomatique
– Blanchâtres, grumeleuses et abondantes:
abondantes: mycose
– Abondantes, mousseuses, blanches ou jaunâtre →
Trichomonas vaginalis
– Grises,
malodorantes
bactérienne,
avec
→
possibilité
d’une
de
brûlures ou de prurit vulvovulvo-vaginal
vaginose
plaintes
de
Prélèvement uréthral (1)
Le patient est prélevé assis.
assis.
• En cas d' écoulement purulent :
− Prélever en massant l'urètre
− Placer le pouce sur la face inférieure de la verge et tout en
maintenant une pression modérée, remonter sur 5 cm d'un
mouvement lent (2 à 3 secondes).
secondes).
− Répéter 3 à 5 fois le massage jusqu'à ce que du pus apparaisse au
méat..
méat
• En
l’absence
ou
en
cas
d’écoulement
mineur:
mineur:
maintenir le gland d'une main, de l'autre enfoncer
l'écouvillon humidifié de 0.5 à 1 centimètre, le tourner
une
fois
sur
luilui-même
si
possible
puis
retirer
délicatement, pour ne pas laisser le bout de coton
dans l'urètre.
l'urètre.
NB
NB:: Prélèvement très douloureux, surtout en
présence d'une
infection, il est donc recommandé de le faire avec soin pour ne pas
être obligé de recommencer.
recommencer.
a-
Recherche
de
germes
banals
et
de
Neisseria
gonorrhoae
• directement sur lame:
lame:
coloration de Gram
examen
direct
avec
la
• sur tube sec:
sec: recherche de Neisseria gonorrhoae +
autres
germes
responsables
d’urétrite
non
gonococcique..
gonococcique
Prélèvement urétral (4)
b- Recherches particulières :
• Chlamydia trachomatis:
trachomatis: recueil dans un tube sec après
grattage endo
endo--urétral avec un écouvillon type alginate
• Mycoplasma spp:
spp: recueil dans un milieu de conservation
approprié fourni par le fabricant
• 1er jet des 1ères
urines:
urines: recherche Trichomonas
vaginalis et Candida albicans
Prélèvement de sperme
Conditions
• Prélèvement idéalement réalisé dans les vestiaires du
laboratoire
• Par masturbation
• Le matin
Technique
• Nettoyer soigneusement le méat uréthral
• Recueillir le sperme dans un pot d’urines stérile
Prélèvement des urines chez l’homme
Conditions
• Prélèvement idéalement réalisé dans les vestiaires du
laboratoire
• Le matin
Technique
• Nettoyer soigneusement le méat uréthral
• Recueillir dans un récipient stérile, un échantillon du
premier jet des premières urines (urines ayant séjourné
pendant 2 heures dans la vessie)
Identification et étiquetage
Chaque prélèvement doit être soigneusement identifié:
identifié:
• Hospitalisés
Hospitalisés::
− vérifier la complétude des informations figurant dans le
bulletin standard,
− Vérifier la conformité prélèvementprélèvement-bulletin
− Reporter sur le matériel de prélèvement les informations
suivantes : les prénoms, nom, âge,
sexe,
la date du
prélèvement ainsi que le numéro d’enregistrement.
d’enregistrement.
• Pour les externes (les mêmes dispositions)
Conservation et transport
Génitaux
Acheminement rapide au laboratoire: < à 2 heures à 20°C
Conservation possible à +4°C
Urines
Echantillons analysés le plus rapidement possible ou
conservées à +4°C
Conséquences::
Conséquences
• mobilité de Trichomonas vaginalis
• conservation des cellules.
cellules.
Pré--traitement des prélèvements
Pré
Non applicable
Phase postpost-analytique
Validation (1)
• Validation technique/analytique
– Qui
Qui:: technicien ou biologiste qui effectue l’analyse
– Comment? Traçabilité (enregistrement résultats,
cahier de paillasse,)
Validation (2)
• Validation biologique
– Qui
Qui:: Biologiste
– Comment?
• Vérification des résultats de la phase analytique
• Contrôle d’identité
• Vérification de la conformité entre l’analyse
effectuée et l’analyse demandée
Validation (3)
• Historique du patient
• Suivi du contrôle de qualité
• Interprétation des résultats
• Confirmation du diagnostic évoqué => validation
du résultat
• Infirmation du diagnostic => commentaire avant
validation (si nécessaire, demander un prélèvement
de contrôle)
Validation (4)
• Eléments devant figurer dans le rendu des résultats
État frais
Hématies
Cellules épithéliales
Leucocytes
Levures/Filaments mycéliens
Trichomonas vaginalis
Coloration de Gram
Gardnerella vaginalis
Mobilluncus spp
Diplocoques à gram négatif
Typage de la flore
Bacilles de Doderlein
Autres bactéries
Validation (5)
• Expression des résultats
– Papier avec l’enl’en-tête du laboratoire comportant les
mentions fixées réglementairement et signé par le
biologiste..
biologiste
– Signature télématique + signature manuscrite.
manuscrite.
Validation (6)
• Transmission des résultats
– Respect du secret professionnel.
professionnel.
– Résultats
d’analyses
remis
au
patient
ou
au
médecin prescripteur en toute confidentialité
– Pronostic vital en jeu:
jeu: rendre les résultats en toute
urgence au prescripteur
Archivage
• Assurer la traçabilité des résultats et des contrôles par
un enregistrement manuel et/ou informatique.
informatique.
• Conserver les germes isolés dans des souchothèques,
à -20
20°
°C ou à -80
80°
°C, avec une solution de glycérol à
10
10%
%
ECBU
(Examen Cytobactériologique des
urines)
Etapes prépré-analytiques
Introduction
L’Examen est préconisé en cas d’infection du tractus urourogénital..
génital
A l’état normal, l’urine est stérile;
stérile; tout germe en quantité
significative dans une uroculture doit donc faire suspecter
une infection du tractus urinaire si le prélèvement est fait
correctement..
correctement
Cependant, l’urine peut être contaminée par des germes du
méat urétral ou du périnée lors de l’émission, d’où des
règles précises de recueil et de transport du prélèvement.
prélèvement.
• Origine géographique : région médicale, structure sanitaire
• Etat civil du patient : prénom et nom, âge, sexe, adresse
• Externe
• Hospitalisé : clinique, salle, lit, date d’hospitalisation,
numéro du dossier
•
Hypothèse diagnostique
Informations
informé:
résultats.
Ces informations détaillées peuvent être orales et/ou écrites.
écrites.
Enregistrement
• Quelles informations? numéro d’ordre, date, numéro
d’identification, prénoms et nom du patient , examen
demandé, nature prélèvement, identification prescripteur
Conditions de prélèvement
• Locaux: salle propre, aéré, ayant une bonne luminosité,
• Prélèvement dans les vestiaires du laboratoire
• Avant la mise en route d’un traitement antibiotique (ou
antifongique); signaler le traitement en cours
• En dehors de la période des règles
• De préférence sur la première miction du matin
• Les urines ayant séjourné au minimum 4 heures dans la
vessie.
• Pot à prélèvement d’urines stérile (60 ml)
• Poche collectrice d’urine stérile (nourrissons)
• Sonde urinaire (porteurs)
• Antiseptique doux (dakin)
• Compresse
Techniques de prélèvement (1)
Adulte (1)
• Nettoyer la vulve (chez la femme) ou du méat urinaire (chez
l’homme) avec du compresse imbibé d’un antiseptique doux
type Dakin, suivi d’un rinçage à l’eau courante
courante..
• Eliminer le premier jet d’urines
• Remplir le flacon avec 20 à 50 ml d’ urines du ’milieu du jet’
en évitant de toucher le bord supérieur du récipient,
• Retirer le flacon du jet puis le refermer
• Se laver les mains
Adulte (2)
Ce moyen de recueil permet d'obtenir :
• Une urine la plus proche possible de l'urine vésicale,
• Une urine débarrassée des souillures que l'urètre peut contenir.
Nourrisson
Un collecteur stérile est utilisé pour le recueil des urines.
urines.
La poche collectrice est placée par le préleveur et vérifiée au
bout de 30 minutes.
minutes.
Porteur de sonde
• Ponctionner à la seringue en piquant à travers la
sonde, préalablement désinfectée dans la partie
initiale de la sonde lorsque le collecteur est dépourvu
de site de prélèvement.
prélèvement.
• Les urines sont recueillies dans un flacon stérile
(urines concentrées) et amenées au laboratoire dans
les plus brefs délais.
délais.
identifié:
• Hospitalisés
Hospitalisés::
bulletin standard,
sexe,
la date du
d’enregistrement.
Possibilité de conservation à +4°C jusqu’à ensemencement
(maximum
4
heures)
afin
d’éviter
la
prolifération
bactérienne très rapide à température ambiante.
ambiante.
Pré--traitement des échantillons
Pré
Non applicable
Etapes postpost-analytiques
Validation technique et biologique
−
Validation technique
paillasse
ayant
(enregistrement
est sous la responsabilité du technicien de
exécuté
résultats,
l’analyse
cahier
de
ainsi
que
paillasse,
la
traçabilité
archivage),
les
pathogènes isolés seront conservés dans les souchothèques à -20
20°
°C .
−
Saisie des résultats et archivage
−
Validation biologique (historique du patient et suivi du contrôle de
qualité, compte rendu et interprétation des résultats) est sous la
responsabilité du biologiste
−
Transmission du résultat : le compte rendu
laboratoire, sous pli fermé, faisant foi.
foi.
avec l’en tête du
Sécrétions ORL
− Externe
− Hospitalisé : clinique, salle, lit, date d’hospitalisation,
numéro du dossier
•
• Date et heure du prélèvement/Préleveur
informé:
résultats.
écrites.
Enregistrement
Conditions de prélèvement(1)
• Avant la mise en route d'un traitement antibiotique, si
possible
• Signaler le traitement en cours dans le cas échéant
• Ecouvillons stériles
• Tubes secs stériles
• Lames porte objet
• Marqueurs indélébiles
Techniques de prélèvement
Le prélèvement est réalisé en fonction du site de l’infection :
• Angines et rhinopharyngites
− écouvillonnage des amygdales et/ou du rhinopharynx
• Otites moyennes
− liquide de paracentèse ou d’otorrhée si perforation tympanique
• Otites externes
− écouvillonnage
du
conduit
prélèvement de chaque oreille
auditif
externe
;
bien
identifier
le
Acheminer les échantillons immédiatement au laboratoire ou à
défaut les garder à +4°
+4°C
identifié:
• Hospitalisés
Hospitalisés::
bulletin standard,
sexe,
la date du
d’enregistrement.
Pré
Non applicable
Validation technique et biologique (1)
1-Validation technique
avec traçabilité (enregistrement
résultats, cahier de paillasse, archivage) fait par le
technicien responsable de l’activité.
l’activité.
2-Validation biologique (historique du patient
et suivi du
contrôle de qualité, compte rendu et interprétation des
résultats) est faite par le biologiste.
biologiste.
− Tout
résultat
provisoire
comportant
un
germe
potentiellement pathogène doit être communiqué par
téléphone aux prescripteurs
prescripteurs..
− Transmission du résultat : le compte rendu avec l’en
tête du laboratoire, sous pli fermé, faisant foi
− Les pathogènes isolés doivent être conservés dans les
souchothèques..
souchothèques
Pathogènes habituellement recherchés dans le prélèvement
ORL::
ORL
− Agents de la coqueluche, angine de Vincent, angine à
Streptocoque, diphtérie dans les prélèvements de gorge
− Les
germes
responsables
d'otites,
de
sinusites
et
de
bronchites sont le pneumocoque, Haemophilus
Haemophilus,, Moraxella …
PUS et DIVERS
Etapes pré-analytiques
Introduction
La formation d’un pus est un des signes les plus caractéristiques
d’une infection
infection..
Un pus est constitué de cellules à activité phagocytaire (en général
les polynucléaires neutrophiles altérés) et de bactéries.
bactéries.
Dans le cas des collections suppurées fermées, toute possibilité de
contamination est exclue ; le ou les germes responsables de
l’infection sont bien ceux présents dans le prélèvement, toute
possibilité de contamination étant exclue .
Les abcès ouverts à l’extérieur sont quant à eux exposés aux
contaminations et la flore peut changer d’une analyse à l’autre.
l’autre.
• Externe
numéro du dossier
•
• Date , heure du prélèvement/Préleveur
informé:
résultats.
écrites.
Enregistrement
• Avant la mise en route d'un traitement antibiotique, si
possible
• Signaler le traitement en cours dans le cas échéant
• Ecouvillons stériles
• Tubes secs stériles
• Lames porte objet
Deux techniques en rapport direct avec la localisation de
l’abcès::
l’abcès
1.
Abcès fermé
fermé:: sans relation avec le milieu extérieur
extérieur::
prélèvement à la seringue après désinfection de la peau, il
est ensuite transvasé dans un tube sec stérile
2. Abcès ouvert : plaie en communication permanente ou
temporaire avec le milieu extérieur.
extérieur.
• Les bactéries responsables de l'infection sont les plus
profondes, au niveau de la plaie
plaie..
• Il y a production de déchets servant de nourriture pour
d’autres bactéries et ainsi de suite.
suite.
• Un prélèvement incorrect:
incorrect: isolement de bactéries des 2èmes
et 3èmes couches, et non pas celles responsables de la source
de l'infection
l'infection..
La technique proprement dite:
• Nettoyer soigneusement la plaie avec des compresses.
Insister sur les anfractuosités
•
Changer de tampons jusqu'à ce qu’ils semblent quasi
propres.
Choisir une zone intéressante :
– un premier écouvillon destiné à la culture : appliquer
fermement en le faisant tourner sur luilui-même avant de
le mettre dans un tube sec stérile
– un deuxième écouvillon destiné aux colorations de Gram
et au Bleu de méthylène sera l’objet d’étalement sur
deux lames
Importance du volume
Lorsqu’un
prélèvement
macroscopique
est
fournit
assez
des
abondant,
éléments
l’examen
d’orientation
intéressants::
intéressants
• l’odeur nauséabonde des pus à anaérobies,
• l’aspect granuleux, mal lié des pus à Streptocoques,
• les pus crémeux à Staphylocoques ou à Pneumocoques
Cas particuliers
Les abcès du cerveau et les infections osseuses sont des
biopsies qui sont envoyées au laboratoire par le clinicien
clinicien..
identifié:
• Hospitalisés
Hospitalisés::
bulletin standard,
sexe,
la date du
d’enregistrement.
Acheminer les échantillons immédiatement au laboratoire ou à
défaut les garder à +4°
+4°C
Pré
Non applicable
1-Validation technique avec traçabilité (enregistrement
et suivi du
biologiste.
Les germes les plus prévalents (1)
− Staphylococcus aureus et les streptocoques du groupe A des
infections cutanées.
cutanées.
• Les lésions bulleuses de l’impétigo
• Les infections des follicules pileux
Les germes les plus prévalents
− Streptococcus pyogenes du groupe A: lésons croûteuses de
l’impétigo et lésions purulentes d’aspect gangreneux
gangreneux..
− Staphylocoques et les Entérobactéries (E.coli,
coli, Proteus)
Proteus)
Pseudomonas mais aussi Streptocoques : infections des
plaies..
plaies
Les germes les plus prévalents
− Dans les suppurations abdominales, on retrouve presque
toujours une association de plusieurs bactéries dont une au
moins anaérobie.
anaérobie.
− Pour l’abcès cérébral, on recherche surtout les germes
anaérobies..
anaérobies
SECRETIONS BRONCHIQUES
• Externe
numéro du dossier
•
• Date, heure du prélèvement/Préleveur
Accueil
Enregistrement
Flacon stérile à large embouchure, opaque ou conditionné (sac
plastique, boîte de transport)
• Pas d’antibiothérapie ou après arrêt d’un traitement
antibiotique
• Etre à jeun le matin
• Pas de prise de cigarette
• Oter les prothèses dentaires
• S’être brossé les dents
• Rinçage buccal avec sérum physiologique ou antiseptique
dilué ou à défaut eau du robinet
a- Expectoration spontanée : reste la méthode la plus utilisée
− Le matin, au réveil après toilette buccobucco-dentaire, recueillir
les expectorations dans le flacon à domicile ou au
laboratoire
− Bien expliquer au patient qu'il ne s'agit pas d'un recueil de
salive, mais de sécrétions bronchiques.
bronchiques.
b-Sécrétions prélevées avec des instruments :
Ces prélèvements sont réalisés en milieu hospitalier.
hospitalier.
Aspiration bronchique
Lors d'une aspiration trachéotrachéo-bronchique (sonde d'aspiration à
travers la prothèse d'intubation)
Avec injection préalable de sérum physiologique
physiologique..
Lavage broncho -alvéolaire
Lavage
d'un
territoire
pulmonaire
avec
du
physiologique à travers un fibroscope
fibroscope..
Envoi au laboratoire de la fraction alvéolaire du lavage
sérum
Brossage bronchique protégé distal
Par opérateur entraîné.
entraîné.
Brossage de la zone repérée sous fibroscopie permettant de
collecter les sécrétions avec une brosse protégée par un
double cathéter obturé par un bouchon de polyéthylène
glycol..
glycol
Tubage gastrique
Pour la recherche des mycobactéries
Le matin à jeun pendant 3 jours
Ne pas mélanger les recueils
identifié:
• Hospitalisés
Hospitalisés::
bulletin standard,
sexe,
la date du
d’enregistrement.
Transport immédiat au laboratoire (<30
(<30minutes)
minutes) ; on évitera
ainsi :
− La prolifération des contaminants
− La mort des germes fragiles (pneumocoque, Haemophilus,
Haemophilus,...
...)
− La multiplication bactérienne.
bactérienne.
− A défaut, conservation du prélèvement à +4°C.
− Ne pas accepter les prélèvements salivaires.
salivaires.
− Dans le cas où l’analyse est différée, le crachat sera conservé
au réfrigérateur à +4°C .
Prétraitement des échantillons (1)
Lavage des crachats
− Il permet d’éliminer des parties salivaires et la solubilisation
du mucus rhinopharyngé
− Ce traitement élimine partiellement les contaminations par
la flore commensale.
commensale.
− Le lavage n’est pas indiqué dans le cas d’un crachat fluide.
fluide.
Prétraitement des échantillons (2)
Etapes
− Placer le crachat dans une boite de pétri
− Ajouter environ 5ml d’eau physiologique stérile (ce volume est
variable
selon
l’abondance
du
crachat),
travailler
de
préférence avec les parcelles purulentes car c’est là que l’on
aura le plus de chance de trouver l’agent infectieux
− Bien mettre en contact pendant 10 minutes ;
− Recueillir délicatement le liquide de lavage avec une pipette
pasteur ;
− Rejeter
dans
d’antiseptique..
d’antiseptique
un
récipient
contenant
une
solution
Les germes isolées seront repiqués et conservés dans les
souchothèques.
et suivi du
biologiste.
Saisie des résultats
et archivage des documents par le
technicien et le secrétariat
Transmission du résultat : le compte rendu avec l’en tête du
laboratoire, sous pli fermé, faisant foi
COPROCULTURE
Introduction
Choléra et dysenterie épidémique :réapparition dans beaucoup de
pays en développement d’où augmentation significative de la
morbidité et de la mortalité.
mortalité.
Deux agents étiologiques principalement responsables de
diarrhées épidémiques :Vibrio cholerae O1 toxinogène
(épidémies de diarrhées aqueuses) et Shigella dysenteriae -1,
causant des épidémies de diarrhées sanglantes .
Deux autres microorganismes : Vibrio cholerae O 139 qui
engendre des diarrhées aqueuses et E .coli O 157 : H7 à
l’origine de diarrhées sanglantes (pays développés).
développés).
Qualité des prélèvements et rapidité de transmission au labo
conditionnent le succès de l’analyse bactériologique.
bactériologique.
La phase prépré-analytique qui est la phase qui précède l’analyse
proprement dite est une phase capitale qui concentre la
plupart des erreurs de laboratoires
Bulletin d’analyse et prescription (1)
• Externe
numéro du dossier
•
• Date, heure du prélèvement/préleveur
Dans un contexte d’épidémie, ces informations sont
importantes:
• La notion de voyage récente
• Les cas de diarrhées dans l’entourage
• La durée de la maladie
• Les signes cliniques (fièvre, douleur, vomissements etc.)
Accueil
Informations
informé:
• du prix de l’analyse (gratuité en cas d’épidémie?)
résultats.
écrites.
Enregistrement
•
Pot stérile avec couvercle adapté et hermétique
•
Ecouvillons stériles
•
Milieu Cary Blair
– milieu de transport et conservation V. cholerae de nombreux
pathogènes entériques, notamment Shigella, Salmonella V.
coli.
cholerae, et E. coli.
– consistance semi solide et stable , pH élevé (8,4)
– peut être stocké
après préparation à température ambiante
pendant une durée maximale d’un an dans des récipients
fermés hermétiquement.
hermétiquement.
• Avant toute antibiothérapie ou signaler le traitement en
cours
• Selles fraiches recueillies de préférence dans les vestiaires
du laboratoire dans un pot de selles stérile
• Le prélèvement peut se faire par recueil direct des selles si
le malade est coopératif ou par écouvillonnage rectal
• Recueillir les selles dans un récipient stérile ou très propre
sans résidus de désinfectant ou de détergent/muni d’un
couvercle adapté et hermétique
• Ne pas prélever à partir des bassins de lits car ils peuvent
contenir
des
contaminants
restes
de
désinfectants
ou
d’autres
Comment
•
introduire les échantillons de selles dans le milieu de transport
Introduire l’écouvillon dans l’échantillon de selles recueillies et lui
imprimer un mouvement de rotation ;
•
En présence de mucus ou de lambeaux d’épithélium, toujours les inclure
dans le milieu de transport ;
•
Insérer immédiatement l’écouvillon dans le milieu de transport et
l’introduire jusqu’au fond du tube ;
•
Casser la partie supérieure de la tige ;
•
Revisser à fond le bouchon et placer le tube dans un réfrigérateur ou une
glacière..
glacière
Ecouvillonnage rectal :
Introduire l’écouvillon dans le sphincter rectal sur 2 à 3 cm,
faire tourner et retirer.
retirer.
Vérifier la présence de traces de matières fécales sur
l’écouvillon, introduire dans le milieu de transport
identifié:
• Hospitalisés
Hospitalisés::
bulletin standard,
sexe,
la date du
d’enregistrement.
Acheminer rapidement les échantillons au laboratoire, sinon
conserver au réfrigérateur à + 4°C jusqu'à leur traitement ;
congeler au delà de 3 jours
jours..
Pré--traitement
Pré
Non applicable
Les germes isolées seront repiqués et conservés dans les
souchothèques.
et suivi du
biologiste.
•
Saisie des résultats et archivage des documents par le technicien et le
secrétariat
•
Transmission du résultat :
-
Compte tenu de l’urgence des maladies à potentiel épidémique, un
résultat positif doit être rapidement communiqué au prescripteur
-
Le compte rendu avec l’en tête du laboratoire, sous pli fermé, faisant
foi
-
Notification des cas pour la surveillance épidémiologique
Archivage
informatique.
à -20
20°
°C ou à -80
80°
10
10%
%
LCR
(Liquide CéphaloCéphalo-rachidien)
Introduction
• Les méningites bactériennes sont des infections des
membranes (méninges) et du liquide céphalorachidien qui
entourent le cerveau et la moelle épinière.
épinière.
• Trois bactéries dont la transmission se fait d’homme à
homme par les sécrétions respiratoires sont responsables
de la plupart des méningites bactériennes
bactériennes:: Nesseria
meningitidis , Streptococcus pneumoniae et Haemophilus
influenzae(type
influenzae
(type b surtout ) .
• Tous les ans on estime à un million le nombre de cas de
méningites survenant dans le monde, dont 200000 sont
fatals.. La létalité dans les pays en développement est de 37
fatals
à 60 %.
• C’est un examen d’urgence au laboratoire
• Externe
numéro du dossier
•
• Date, heure du prélèvement/préleveur
Accueil (1)
• du type de prélèvement
– par ponction lombaire, effectué par un médecin.
– technique invasive
– Caractère urgent de l’analyse
• du montant de l’analyse (gratuité en cas d’épidémie?)
• des conditions de prélèvement
• du délai de délivrance des résultats
Accueil (2)
Enregistrement
• Quelles informations? numéro d’ordre,
date, numéro d’identification, prénoms et
nom du patient , examen demandé,
nature prélèvement, identification
prescripteur
Locaux:: salle propre, aéré, ayant une bonne luminosité,
Locaux
Période optimale pour le recueil des échantillons:
échantillons:
• Prélever de préférence avant que l’antibiothérapie ne soit
instaurée..
instaurée
• Mais cellecelle-ci ne doit pas être nécessairement retardée en
attendant la ponction lombaire
lombaire..
− Seringues
− Milieu TransIsolate
− Tubes a vis stériles
− Gants stériles à usage unique
• Idéalement 2,5 ml de LCR doivent être recueillis pour
effectuer
tous
les
tests
nécessaires.
nécessaires.
Si
cela
est
techniquement impossible ou si le patient est un enfant en
bas âge, un volume minimum de 1 ml doit être recueilli.
recueilli.
• Recueillir
de
façon
séquentielle
dans
trois
tubes
à
couvercles vis stériles différents qui doivent être numérotés
de façon consécutive
consécutive::
• Le
1er
échantillon::
échantillon
Laboratoire
de
Biochimie
pour
la
détermination de la protéinorachie et de la glycorachie.
glycorachie.
• Le 2ème
échantillon : au Laboratoire de Microbiologie Ag
solubles + agents
• Le 3ème échantillon
échantillon:: au Laboratoire d’Hématologie pour le
décompte et la formule leucocytaire.
leucocytaire.
• Un 4ème
échantillon sera prélevé chez les immunodéprimés
pour la recherche de cryptoccoques au Laboratoire de
parasitologie..
parasitologie
Utilisation du LCR (1)
• Dans l’heure qui suit le prélèvement de LCR
• Désinfecter le bouchon de caoutchouc à l’alcool ou à la
chlorhéxidine,,
chlorhéxidine
• Prélever à la seringue 0,5 ml de LCR et l’injecter dans le
flacon de TransIsolate
Utilisation du LCR (2)
• Ventiler avec une aiguille
• Conserver à température ambiante
• Acheminer dans les 3 semaines
• sans chaîne de froid
identifié:
• Hospitalisés
Hospitalisés::
bulletin standard,
sexe,
la date du
d’enregistrement.
• Le transport se fera le plutôt possible.
possible. Idéalement, le LCR
doit traité dans l’heure suivant son recueil.
recueil.
• L’ensemencement
se
fait
dans
l’heure
qui
suit
le
prélèvement du LCR.
LCR. Les leucocytes peuvent se dégrader
rapidement et un retard mis pour l’examen cytologique
pourrait fausser le décompte des cellules et ne pas refléter
l’état clinique du patient
patient..
• Eviter de conserver les échantillons au réfrigérateur (en vue
d’explorations ultérieures) avant d’avoir effectué l’examen
microscopique et la culture.
culture.
Pré--traitement
Pré
Centrifugation du LCR
LCR::
2000 rotations/minutes pendant 20 minutes
− Avec une pipette stérile, transférez la totalité du surnageant,
dans un autre tube stérile pour des tests additionnels si
nécessaire (par exemple l’agglutination au latex, PCR, étude
virologique)..
virologique)
− Suspendre le culot de centrifugation restant à l’aide d’un
vortex.. Avec la pipette stérile, déposez une goutte sur une
vortex
lame porte objet nettoyée à l’alcool et séchée à l’air libre.
libre.
Etalez la goutte avec une anse stérile afin d’obtenir un frottis
fin pour la coloration de Gram.
Gram.
- Les germes isolées seront repiqués et conservés dans les
souchothèques.
-Les isolats de S. pneumoniae,
pneumoniae, H.influenzae et N. meningitidis
seront conservés en vue de leur acheminement vers le
Laboratoire de Référence où il sera procédé à leur
sérotypage et à la réalisation des tests de sensibilité
complémentaires aux antibiotiques
antibiotiques..
Se reporter au SOP sur l’envoi de souches au Laboratoire de
Référence (1).
et suivi du
biologiste.
• Saisie des résultats
• Transmission du résultat :
- Rapidité dans la transmission du résultat, parce qu’un
premier traitement est très tôt instauré avant de connaitre
les résultats de l’antibiogramme
- Le compte rendu avec l’en tête du laboratoire, sous pli
fermé, faisant foi
Archivage
informatique.
à -20
20°
°C ou à -80
80°
10
10%
%
SEROLOGIES
(Hépatites, Syphilis, Widal et Félix, ASLO, ASDOR)
• Externe
numéro du dossier
•
Accueil du patient
Informations
Prélèvement sur sang veineux:
veineux:
• Recueillir les échantillons du sang veineux sur tube sec par
ponction au pli du coude après nettoyage avec un tampon
alcoolisé..
alcoolisé
• Prélever une quantité suffisante pour les analyses, les
contrôles et la conservation des sérums au sérothèque.
sérothèque.
Locaux
Il n’est pas nécessaire que le patient soit à jeun
jeun..
• Gants
• Garrot
• Alcool et coton
• Tubes sec stériles
• Micropipettes
• Embouts
• Aiguilles
• Cryotubes
identifié:
• Hospitalisés
Hospitalisés::
bulletin standard,
sexe,
la date du
d’enregistrement.
• La stabilité des échantillons est assurée si les tests sont
réalisés le même jour dans un délai de 12 heures.
heures.
• Dans le cas où les prélèvements sont effectués dans
d’autres structures, ils sont traités et conservés dans des
‘ice bag’ avant d’être acheminés au laboratoire. Il faut dans
ce cas, procéder à leur identification avant de les conserver
au réfrigérateur à +4°C pendant 3 jours ou à -20
20°
°C, au
au-delà..
delà
Pré traitement du prélèvement
Sédimentation
Le sérum commence à se séparer naturellement des hématies
Centrifugation
Se fera à 2000 à 3000 tours par minute pendant 10 à 15 min.
min.
Aliquotage
Les sérums peuvent être recueillis à l’aide d’une pipette
pasteur en plastic et transférés dans de petits tubes secs de 1
à 2.5 cm3congelables (cryotubes) préalablement identifiés
(code d’identification patient).
patient).
Stabilité
Tous les réactifs et trousses doivent être ramenés à la
température ambiante.
ambiante.
l’activité.
et suivi du
biologiste.
Saisie des résultats
Transmission du résultat : le compte rendu avec l’en tête du
SEROLOGIE RETROVIRALE
• Externe
numéro du dossier
•
Mentionner sur le bulletin d’analyses s’il s’agit de :
• diagnostic
• test de confirmation
• dépistage volontaire
NB Pour le cas d’un dépistage volontaire, la présentation du
bulletin d’analyse n’est pas une exigence
Informations
• du prix de l’analyse (gratuit dans les laboratoires publics,
mais payant dans le privé)
Préparation du candidat
Le counselling pré
pré--test est réalisé par les travailleurs sociaux,
les techniciens de laboratoire ou en tout cas tout personnel
sanitaire ayant la maitrise de la technique et ayant reçu une
formation en councelling
Le consentement libre et éclairé du candidat est un préalable
pour la réalisation du test VIH
• Locaux
• Il n’est pas nécessaire que le patient soit à jeun
• Consentement libre et éclairé du candidat
• Présentation d’une pièce d’identification
• Gants
• Garrot
• Alcool et coton
• Tubes sec stériles
• Micropipettes
• Embouts
• Aiguilles
• Cryotubes
Prélèvement sur sang veineux:
veineux:
• Recueillir les échantillons du sang veineux sur tube sec par
ponction au pli du coude après nettoyage avec un tampon
alcoolisé..
alcoolisé
• Prélever une quantité suffisante pour les analyses, les
contrôles et la conservation des sérums au sérothèque.
sérothèque.
Identification et étiquetage (1)
Chaque prélèvement doit être soigneusement identifié.
identifié.
-Pour les hospitalisés, vérifier la complétude des informations
figurant
dans
le
prélèvement--bulletin
prélèvement
bulletin
et
standard,
reporter
sur
la
les
conformité
tubes
les
informations suivantes : les initiales, âge, sexe, la date du
prélèvement (JJ/MM/AA) , le numéro d’enregistrement et le
type de sérologie.
sérologie.
-Pour les externes, mentionner sur les tubes les initiales, l’
âge, le sexe, la date du prélèvement (JJ/MM/AA) , le
numéro d’enregistrement et le type de sérologie.
sérologie.
• La stabilité des échantillons est assurée si les tests sont
réalisés le même jour dans un délai de 12 heures.
heures.
• Dans le cas où les prélèvements sont effectués dans
d’autres structures, ils sont traités et conservés dans des
‘ice bag’ avant d’être acheminés au laboratoire.
• Conservation
– 4° - 8°C dans un délai de 7jours
–
-20
20°
°C pour une conservation au
au--delà de 7jours
Pré--traitement du prélèvement (1)
Pré
Centrifugation
Elle se fait à 2000 à 3000 tours par minute pendant 10 à 15
minutes.. Les sérums peuvent être recueillis à l’aide d’une
minutes
pipette pasteur en plastic et transféré dans de petits tubes
secs de 1 à 2.5 cm3 congelables (cryotubes) préalablement
étiquetés (code d’identification)
d’identification)..
Pré--traitement du prélèvement(2)
Pré
Aliquotage
Se fera en fonction des recommandations des programmesprogrammespays
Exemple de code d’aliquotage
d’aliquotage
Date : JJ/MM/AA (03/12/04)
Code : Code structure/région/numéro d’ordre
1FK001
l’activité.
2-Validation biologique (suivi du contrôle de qualité, compte
rendu et interprétation des résultats) est faite par le
biologiste..
biologiste
− Conserver les sérums positifs à ((-20
20°
°C)
− Eliminer les déchets
− Contrôle de qualité : 10% des sérums positifs seront l’objet
de contrôle de qualité par le laboratoire de référence
− Rendre les résultats : positif, négatif, indéterminé
• Pour les hospitalisés, sous pli fermé, au prescripteur
• Pour les externes, directement au patient, après la
réalisation du councelling post
post-- test
3-Saisie des résultats
4-Transmission du résultat : le compte rendu avec l’en tête du
5-Les germes isolées seront repiqués et conservés dans les
souchothèques..
souchothèques
Bibliographie
•
•
•
•
•
Brucker G. :Hygiène hospitalière - fiches techniques,
Editions Lamarre
Lamarre,, 1999
« Le Rémic » : Référentiel en microbiologie médicale.
Société Française de Microbiologie. 2004.
Flandrois J.P., Chomarat M. Medsi
Medsi.. Bactériologie
médicale pratique. 1988.
Fauchere J.L., 2eme édition, ellipses, édition marketing,
Bactériofiches – Techniques en Bactériologie clinique
1997
Diagnostic des IST dans les laboratoires périphériquespériphériquesMinistère de la santé, Division SIDA/IST, Ed. 2004

Techniques de Prélèvement - Direction des laboratoires

Transcription

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