SAM - Genes Diffusion

La Sélection Assistée par Marqueurs (SAM)
“
La SAM permet de prédire le potentiel génétique d’un animal grâce à l’étude de son ADN.
La SAM est un programme de recherche appliquée utilisé en France depuis 2001.
C’est un outil innovant capital pour la sélection génétique.
Les aspects scientifiques
du programme SAM L es marqueurs sont rassemblés par
régions chromosomiques appelées
QTL (Quantitative Trait Locus).
n Ces QTL sont connus pour avoir une
influence sur des caractères d’intérêt
chez les bovins laitiers.
n La SAM s’appuie sur la détection de ces
QTL pour prédire la valeur génétique
d’un animal.
n Chaque QTL contient plusieurs marqueurs
qui sont identifiés par la puce Illumina
54 000 SNP.
n Grâce à la détection des marqueurs,
on en déduit la présence des QTL et on
peut calculer l’index d’un animal.
”
Quel est le principe
de la SAM ?
15 à 25 régions chromosomiques (QTL) sont utilisées pour évaluer
chaque caractère.
n 5 4 000 marqueurs sont utilisés pour identifier ces régions
chromosomiques.
Les marqueurs sont très près des gènes et donc très informatifs.
n 15 caractères sont évalués :
• Production laitière : LAIT, MG, MP, TB, TP.
• Fonctionnels : CEL, FER vache, FER génisse, VT.
• Morphologie : DPJ, AH, AA, LO, PC, LP.
• Index synthétique : ISS, INEL, MO, MA, CC.
n La SAM n’est pas statique. Les travaux de recherche et leurs
découvertes améliorent continuellement la SAM.
L’évaluation des caractères présents va s’améliorer et gagner en
fiabilité. D’autres caractères vont être évalués dans le futur.
n
n
Qu’est-ce que
le programme SAM ?
C’est un programme national de recherche
appliquée.
n Il a commencé en 2001 et a fortement
évolué en 2008 suite à l’arrivée de la
puce Illumina 54 000 SNP chez les bovins.
n Il intègre les 3 races laitières majeures
en France : Holstein, Montbéliarde et
Normande.
n Il rassemble Labogéna, L’UNCEIA, l’INRA
et 8 entreprises de sélection bovine laitière
dont GDO.
Comment est calculé l’index SAM ?
Comparaison index SAM
index classiques
L’index SAM ne peut pas se comparer à l’index sur
ascendance ni à l’index sur descendance.
En effet, les niveaux d’index ne sont pas les mêmes,
car calculés à partir de modèles statistiques différents.
L’évaluation de la valeur génétique d’un animal dans le modèle SAM inclut
toutes les informations disponibles sur l’animal afin que l’index soit le plus fiable
possible :
• ascendance,
• information génomique grâce aux marqueurs,
• performances de l’individu ou de ses filles quand elles existent.
L’intégration d’un maximum d’informations permet de maximiser la fiabilité de
l’estimation génétique.
La situation ultime : quand toute la variabilité génétique sera expliquée grâce
aux marqueurs.
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