RNB-MET-DI-Livret d`accueil-v02 - ECOBIO

Transcription

SOMMAIRE
1. PRÉSENTATION DE LA PLATE-FORME DE GÉNOMIQUE ENVIRONNEMENTALE ET
FONCTIONNELLE – RENNES BEAULIEU.......................................................................................................2
2. DÉMARCHE QUALITÉ...................................................................................................................................2
3. L’ÉQUIPE :......................................................................................................................................................2
4. LES ÉQUIPEMENTS :....................................................................................................................................3
5. LES SERVICES PROPOSÉS :.......................................................................................................................3
6. LES TYPES D’ÉCHANTILLONS ACCEPTÉS :.............................................................................................3
7. RÈGLES D’ACCÈS.........................................................................................................................................3
8. RÉSULTATS ..................................................................................................................................................4
9. SAUVEGARDE DES DONNÉES INFORMATIQUES ET DES ÉCHANTILLONS.........................................4
10. FACTURATION ............................................................................................................................................5
11. HYGIÈNE ET SÉCURITÉ.............................................................................................................................5
Seule la version du site de
partage des documents fait foi
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Rédacteur Sophie Michon-Coudouel
Valideur Alexandra Dheilly, le 10/12/2012
Biogenouest Génomique
RNB-MET-DI-Livret d'accueil-v02.doc
1. Présentation de la plate-forme de Génomique Environnementale et
Fonctionnelle – Rennes Beaulieu
La plate-forme de Génomique Environnementale et Fonctionnelle (Séquençage haut débit de 2 ème
génération) a été développée par l’OSUR (Observatoire des Sciences de l’Univers de Rennes),
anciennement CAREN et par la SFR BIOSIT, anciennement GFAS de l’Université de Rennes 1 qui
regroupent des Unité du CNRS, de l’INRA et de l’INSERM. Cette plate-forme est constituée essentiellement
d’un pyroséquenceur de dernière génération et de l’ensemble de ses satellites dédiés (GS FLX 454 Life
Sciences, Roche).
Cette plate-forme a intégré le réseau Biogenouest en décembre 2008. Elle fait partie de "Biogenouest
Génomique" qui regroupe des plates-formes du Grand Ouest, Bretagne et Pays de la Loire.
Le personnel technique a pour mission d’effectuer l’ensemble des expérimentations nécessaires à la
réalisation de vos projets de séquençage haut débit. Il s’assure du bon fonctionnement des équipements, et
organise l’activité de la plate-forme.
La gestion financière est assurée en partenariat avec la délégation régionale du CNRS.
Le livret qui vous est remis a pour objectif de vous permettre de découvrir sa structure, son mode de
fonctionnement, son rayonnement, ses modalités d’accès et de prendre connaissance des précautions en
matière de sécurité. Il est complété par la fiche projet et la fiche d’accompagnement des échantillons.
Le site internet de la plate-forme vous donne également accès à l’ensemble des informations
concernant la plate-forme.
2. Démarche Qualité
Depuis début 2008, "Biogenouest Génomique" a entamé la mise en place d’une démarche qualité
commune à toutes les plate-formes constitutives. Sur la plate-forme de séquençage de Rennes Beaulieu,
nous avons adhéré à cette démarche dès notre intégration. Gage de confiance pour les utilisateurs, la
démarche s’inscrit dans la politique générale des organismes de tutelles (INRA, CNRS, INSERM…) et a pour
objectif de répondre aux exigences des structures de labellisation (IBiSA…) et de certification (ISO 9001).
Biogenouest génomique est maintenant labellisé IBiSA.
3. L’équipe :
Responsable scientifique : Philippe VANDENKOORNHYUSE (PR Rennes 1)
Vos interlocuteurs au quotidien :
Sophie MICHON-COUDOUEL (AI CNRS),
Alexandra DHEILLY (IE UnivRennes1 CDD),
Olivier QUENEZ (IE IRISA CDD).
contact : [email protected]
site internet : http://osur.univ-rennes1.fr/page.php?93
Adresse postale pour l’envoi de vos échantillons :
Sophie MICHON-COUDOUEL ou Alexandra DHEILLY
Université de Rennes 1 - Campus de Beaulieu
CNRS - OSUR - Bat. 14A - Bureau 109
263 avenue du Général Leclerc
35042 RENNES
Cette plate-forme s’est dotée d’un comité de pilotage composé de 8 membres et 8 suppléants issus
des unités de recherche de l’OSUR et de BIOSIT. Il a pour mission, entre autres, d’étudier et de valider les
projets, d’établir un calendrier, de réaliser une veille technologique et de hiérarchiser les développements
méthodologiques.
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Les missions du personnel de la plate-forme consistent en :
• L’organisation générale de l’activité sur la plate-forme,
• L’ information sur la technologie et le conseil auprès des utilisateurs,
• La validation, la maintenance et l’entretien des équipements robotiques et de l’informatique associée,
• Les développements méthodologiques,
• La mise en place d’une politique d’assurance qualité.
Le personnel se forme continuellement pour acquérir une expertise dans l’utilisation des appareils mis
à disposition et la mise au point de nouveaux protocoles.
4. Les équipements :
La plate-forme de Génomique Environnementale et Fonctionnelle dispose des équipements suivants :
• Pyroséquenceur 454 GS FLX (ROCHE) pour le séquençage en masse,
• Cluster informatique (20x) pour les analyses de données de séquences,
• Système EP1 (Fluidigm) pour la quantification "absolue" des banques,
• LabChip XTe (Caliper) pour la sélection de taille des fragments,
• Station d’hybridation Nimblegen pour analyses génomiques soustractives,
• Système d’électrophorèse microfluidique Bioanalyser 2100 Agilent pour le contrôle qualité des acides
nucléiques,
• 4 thermocycleurs MasterCycler (Eppendorf) pour emPCR, présents au "centre commun technique
Ecologie Moléculaire" de l'UMR Ecobio.
5. Les services proposés :
Conduite de projet en génomique:
La plate-forme prend en charge vos échantillons et réalise les expérimentations pour obtenir les
séquences par la technologie de pyroséquençage 454 GS FLX (ROCHE).
Il est possible d’amener les échantillons ou de les envoyer par la poste ou un autre service de livraison.
La plate-forme transmet les données brutes et les données filtrés. Il est possible de demander un
traitement bio-informatique de ces données (assemblage). Pour cela, contactez nous.
6. Les types d’échantillons acceptés :
•
•
•
ADN génomique en solution dans du TE
Amplicons (produits de PCR)
ADNc double brin en solution dans du TE
7. Règles d’accès
Généralités :
La plate-forme de Génomique Environnementale et Fonctionnelle est accessible en priorité aux unités
de recherche de l’OSUR et de Biosit, et à la communauté scientifique de Biogenouest. Dans la limite des
disponibilités, elle accueille également des projets émanant d’autres équipes publiques françaises et/ou
internationales, ou du secteur privé.
Systématiquement, tous les projets, seront soumis à l’acceptation du comité de pilotage. Les projets
seront acceptés, dans la limite de 50% d’ouverture et dans la limite de la charge de travail.
Ouvrir un projet :
A l’ouverture d’un projet, vous devez remplir une "Fiche Projet". Celle-ci est en ligne sur le site internet
de la plate-forme.
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Vous donnerez un titre à votre projet (50 caractères maximum), que vous utiliserez ensuite à chaque
fois que vous aurez des échantillons à amener ou à envoyer. Vous ferez une brève description du projet (15
lignes maximum). Sur ce document apparaitra également le nom de la personne statutaire responsable du
projet (une personne en poste, pas un thésard ou un stagiaire), et la liste des personnes pouvant intervenir
sur ce projet, avec un numéro de téléphone et une adresse électronique valable pour chacune.
Modalités d’envoi des échantillons
Chaque série d’échantillons sera ensuite rattachée à une « fiche d’accompagnement d’échantillons »,
disponible en ligne. Cette fiche contiendra les informations concernant le projet et les échantillons.
Préparation des échantillons à passer :
Il est fortement recommandé d’envoyer les échantillons dans de la carboglace. Si les échantillons nous
parviennent à température ambiante, le plateau ne pourra pas être tenu responsable de résultats de
mauvaise qualité.
Validation des échantillons
Après réception de vos échantillons, nous procédons à un contrôle de la qualité de ceux-ci : analyse
au Bioanalyser 2100 Agilent et mesure de la concentration par dosage fluorimétrique ou par pcr digitale
(EP1). Nous vous informerons des résultats obtenus. La bonne qualité des échantillons est la condition
première pour poursuivre les expérimentations.
8. Résultats
Transmission des résultats :
Les résultats sont transmis via le web.
Nous vous informons par mail du lien pour accéder à vos résultats (utilisation de votre nom d’utilisateur
et de votre mot de passe indiqué dans le mail). Seule la personne identifiée comme responsable des
échantillons peut recevoir ce mail.
Chaque institut a un mot de passe différent. Les mots de passe ne sont donnés qu’à une personne
statutaire, qui le communique aux personnes qui en ont besoin au sein de son équipe.
Nous demandons à l’utilisateur de renvoyer l’enquête de satisfaction pour lequel la plate-forme le
sollicite l’année de la réalisation de son projet.
Valorisation des résultats :
Il est conclu que les personnels de la plate-forme de Génomique Environnementale et Fonctionnelle :
• Seront associés au rang d’auteurs des publications, communications écrites et/ou orales, pour
tout projet ayant requis un travail de mise au point méthodologique particulière
• Si un projet ne rentrait pas dans le cas de figure du point précédent, alors les personnels du
plateau technique sont remerciés dans les publications, communications écrites et/ou orales,
En cas de litige, le responsable scientifique est le seul habilité à décider du degré d’implication
effective des personnels sous sa responsabilité.
Les utilisateurs de la plate-forme de séquençage haut débit s’engagent à informer ce dernier de toute
publication, communication écrite et/ou orale découlant des travaux réalisés grâce au soutien technique et lui
fournir dès que possible, les références complètes, et un tiré à part.
Qualité des résultats :
Nous mettons tout en œuvre pour fournir des résultats conformes à vos attentes.
En cas de besoin, un contrat peut-être signé avant l'exécution des expériences dans lequel un
paragraphe fixera l'accord entre les 2 parties.
9. Sauvegarde des données informatiques et des échantillons
La plate-forme de Génomique Environnementale et Fonctionnelle s’engage à conserver les données
brutes pendant 6 mois. Pendant une période de 2 mois, le client s’engage à récupérer ses propres données.
Au delà des 6 mois, la plate-forme procède à leur destruction.
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Les échantillons sont conservés au congélateur au moins 6 mois (1 mois pour Biogenouest
génomique) après le rendu des résultats. Ils peuvent être réexpédiés aux frais de l’utilisateur (ou récupérés
directement sur place) ou alors retraités sur demande pendant ce délai. Ils sont ensuite détruits. La
température de ces congélateurs est régulièrement vérifiée.
10. Facturation
Une facturation est mise en place. En voici les principes de base :
Pour tous les projets :
Pour chaque projet, la plate-forme émet un devis prévisionnel du coût. La facturation pourra se faire en
deux temps, préparation des banques d’ADN et run de séquençage.
Pour les académiques :
Le devis comprend uniquement le coût des consommables, fluides, et maintenances. La plate-forme
ne fait aucun bénéfice sur cette facturation.
Pour les entreprises privées :
Chaque projet privé fera l’objet d’un contrat entre les 2 parties avant la mise en œuvre du projet,
associé à un devis prévisionnel du coût.
Le devis comprend le coût des consommables, fluides, et maintenances, ainsi que les salaires et
amortissement des machines.
11. Hygiène et sécurité
Les consignes usuelles de laboratoire sont en vigueur sur la plate-forme. Le personnel est à votre
disposition pour tout renseignement concernant des consignes particulières.
Les fiches de toxicité des principaux produits chimiques utilisés est disponible sur le lieu de stockage des
produits et sur simple demande.
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