Contrôle qualité - Institut Cochin

Contrôle qualité de notre activité
Depuis quelques mois l’augmentation croissante du nombre de séquences effectuées par le
service a nécessité la mise en place d’un contrôle qualité de notre activité.
Ce que nous faisons…
Nous traitons vos séquences sur des plaques 96 puits. Le nombre d’utilisateurs ne cessant
d’augmenter, nous manipulons actuellement entre 10 et 15 plaques de séquence par semaine
(2 à 3 par jour.
A partir de vos feuilles d’enregistrement envoyées par mail, nous préparons la feuille de route
de la plaque.
Nous distribuons le mélange réactionnel dans chacun des puits de la plaque 96. Puis, nous
prélevons 12 micro litres de chacun des échantillons (1) que vous nous préparez et nous
ajoutons l’amorce générique si besoin. La plaque est déposée sur un thermocycleur. La
réaction de séquence est ensuite purifiée sur une plaque de Séphadex G50 (2), éluée dans une
plaque 96 puits (3) et déposée dans le séquenceur.
1
2
3
Les produits de la réaction de séquence sont ensuite électro-injectés : la cathode va tremper
quelques secondes dans le fond de chaque puits, une différence de potentiel va « attirer » les
molécules chargées négativement. Cette étape rend la technique beaucoup plus sensible aux
contaminations par les sels…
Ce que nous contrôlons…
Sur une plaque, il est possible de regrouper de 10 à 20 utilisateurs différents. La seule
possibilité de contrôler la qualité générale de la plaque est d’introduire nos propres standards
(4 en moyenne) à des positions variées. Ces ADN vont subir le même traitement que vos
échantillons : séquencés avec le même kit sur la même machine, purifiés et déposés dans
l’appareil sur la même plaque. Nous analysons chaque plaque et contrôlons ces ADN
standards :
- La qualité de leur injection : nous nous assurons ainsi que nous n’avons pas
contaminés accidentellement nos échantillons avec des sels (fig.1)
- L’intensité du signal généré : elle doit être stable. Si elle est faible (Ave. Signal
Intensity <10 pour le G), c’est un indicateur de problème de purification de la réaction
(Fig.2)
- La résolution du signal : elle dépend de la qualité du capillaire et de l’injection (Fig.3)
Fig.1
Fig.2
Fig.3
Si les 4 ADN standards présents sur la plaque présentent ce bon profil, la plaque est validée :
nous considérons que le travail effectué au laboratoire est correct. Si des échantillons
d’utilisateurs présents sur cette même plaque sont inutilisables, nous facturons tout de même
ces échecs. D’ailleurs, la plupart du temps, les échecs se localisent sur le(s) même(s)
utilisateur(s)…
Si les 4 ADN standards présents sur cette plaque présentent tous un mauvais profil, la plaque
n’est pas validée : nous prévenons individuellement tous les utilisateurs de cette plaque et
nous ne facturons pas la prestation.
Pourquoi contrôlons nous ?…
Le nombre important et le format des plaques 96 engendrent de temps en temps – malgré
toute notre attention - des erreurs de manipulations. Ces contrôles positifs sont indispensables
pour valider nos manipulations.
D’autre part, la standardisation de ce contrôle nous permet d’estimer la reproductibilité de
notre méthode de travail. Pour information, nous avons répertoriés la qualité des contrôles
entre le 24/01/03 et 6/02/03 sur 18 plaques :
Sur 76 séquences contrôles, 71 étaient parfaites (650 bases séparées), 4 étaient moyennes (500
bases séparées) et 1 était de mauvaise qualité.
Conclusion : 93% des séquences parfaites
98% des séquences analysables
Ce contrôle est mis en place pour 2 raisons :
- s’assurer de la qualité de notre travail
- convaincre les utilisateurs qu’en cas d’échec de leur séquence, l’échec n’est pas lié a
notre activité mais à d’autres facteurs leur appartenant (zones difficiles à séquencer ou
… mauvaise qualité des préparations)
Ce contrôle qualité est coûteux et lourd: il est mis en place pour vous assurer de la bonne
qualité de notre travail. Cela nécessite qu’en amont, l’utilisateur ait bien travaillé et ne
nous donne pas un travail bâclé et parfois inutile.