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José CORTES
Né le 15/04/1980.
Français
Site Personnel : bioinfo.webmarketing.free.fr
E-mail Personnel : [email protected]
ª: 06.26.18.86.39
Formation
2006 : IPROB ESSEP-BIO – ESSEP5 – BioIndustrie (Université Catholique – Lyon).
2005 : MASTER 2ème année Bioinformatique et Génomique – Versailles (U.V.S.Q).
2004 : Maîtrise IUP Génie Biologique et Informatique – Université Evry Val d’Essonne.
2002 - 03 : DEUG et Licence IUP Génie Biologique et Informatique – 1ère et 2ème année IUP GBI.
2001 : Brevet de Technicien Supérieur en Biotechnologie (Lycée Marie Curie – Marseille).
1999 : Maths Sup TB : Biologie option Technologie (Lycée Ozenne – Toulouse).
1998 : Bac. S.T.L : Biochimie Génie Biologique (Lycée St Exupéry – Marseille).
Compétences et Qualités
Biologiques :
- Biologie Moléculaire : clonage, électrophorèse (gel analytique, préparatif et de
séquence), PCR, RT-PCR, PCR sur colonies, PCR Multiplex Allèle Spécifique,
Taqman, Southern blot, SAGE, extraction ARN, labelling, puce à ADN (Illumina)…
- Microbiologie : identification bactériologique (Galeries API, milieux classique),
sérotypage, antibiogramme, analyses coprologique, urinaire, alimentaire et des eaux...
- Culture cellulaire : primo-culture, trypsination, repiquage, comptage des cellules sur
cellules de Malassez ou de Thoma, travail sous hôte à flux laminaire…
- Biochimie : dosage enzymatique, colorimétrique, HPLC, CPG autres chromatographies…
- Immunologie : méthodes ELISA, Sandwich, technique des fusées…
Informatiques :
- Systèmes : Unix/Linux, Windows.
- Langages de programmation : Java, Perl, C (notions), HTML, JSP, PHP, Ajax, Spring.
- Base de données : Tomcat, MySQL, création de base de données relationnelle.
- Bioinformatique : Alignement de séquences, recherche de motif, modélisation …
Web-Marketing:
- Search Marketing : Trusted Feed, référencement naturel et notion en lien sponsorisé
Langues:
- Français : Langue maternelle.
- Anglais : lu, écrit et parlé couramment (2 ans aux USA, Cambridge ESOL PET+).
- Espagnol : lu, écrit et parlé.
Qualités Humaines :
- Esprit d’équipe, autonomie, bonne écoute et communication.
Expériences Professionnelles et Stages
Quamediagroup – Aix-en-Provence
De juin 2008 à maintenant : CDI – Charge de Projet Flux XML – Trusted Feed – Cadre
Chargé du développement du l’activité Trusted Feed, incluant : le relationnel client
(reporting, explication du produit…), le relationnel fournisseur (Yahoo! et Orange),
l’aspect technique, formation des commerciaux, réalisation des campagnes et
management de 4 personnes, dont un technicien.
Babel Network – Villeneuve Loubet
D’avril 2008 à mai 2008 : CDI – Ingénieur d’Application – Cadre
Chargé du contrôle qualité de l’application de télévision sur Internet : Babelgum.
Baylor Institute for Immunology Research – Dallas, Texas, USA
De mars 2006 à décembre 2007 : Ingénieur bio informaticien
15 mois au sein de l’équipe microarray pour la création d’outils informatique dédiés
aux chercheurs :
− Développer des outils pour aider l’analyse des données issues du scan des puces à
ADN: analyse du besoin et élaboration du cahier des charges non formalisés, codage
(JAVA avec POI pour création de fichiers de sortie en Excel) et test
− Elaboration de la documentation : manuel utilisateur, manuel d’installation et
démonstration
− Intégrer les datasets immunologique publique et ceux générés au sein de l’institut,
dans une database interne
− Créer des portails Internet permettant la capture, l’organisation et la pré-analyse
d’informations cliniques des échantillons envoyés au laboratoire pour y être
analysés : analyse du besoin et élaboration du cahier des charges non formalisés,
codage (JAVA, JSP, Spring, javascript, Ajax, CSS, MySQL et Tomcat) et test
6 mois au sein de l’équipe microarray pour la biologie moléculaire et puce à ADN :
− Obtenir l’ARN d’échantillons sanguins, les déposer sur puce et les scanner
Contexte informatique :
Une fois les données des puces à ADN obtenues, des étapes de normalisations et de
filtrages (enlever le bruit de fond de lame des intensités des spots d’ADN) sont réalisées.
Ensuite le laboratoire a eu besoin de trier et identifier les gènes dont l’expression est
statisquement différent par rapport à un groupe témoin. Il m’a donc été donné de
concevoir un programme en Java qui permettait d’effectuer ces tâches et de donner les
résultats sous forme de pages Excel.
Avec le nombre grandissant de collaboration avec des études clinique, on m’a confié la
réalisation de bases de données et formulaires internet, utilisable par les cliniciens
depuis leur lieu de travail, et ce à travers 3 différents pays, afin d’initier l’envoi des
échantillons sanguins, leur analyse, leur interprétation biologique avec études statistique
s’appuyant sur les données clinique capturées.
IntegraGen – Evry
Dans le cadre du stage de MASTER
2005 (6 mois) : Ingénieur bio informaticien
Réalisation d'un programme informatique permettant le filtrage dynamique des
données issues des puces CGH, produites au sein même de l’entreprise :
− analyse du besoin et élaboration du cahier des charges non formalisés, codage
(JAVA) et test
− Elaboration de la documentation : manuel utilisateur
Contexte informatique :
Le chercheur pour qui je travaillais avait besoin de pouvoir « jouer » avec les données
de puce à ADN de l’entreprise via des jeux de filtre. Le but étant, à partir de même
échantillons analysés dans différents laboratoires, de pouvoir comparer les résultats
entre eux et d’arriver à la même conclusion biologique ; ou encore de pouvoir soutirer le
plus d’information viable de puces ayant un des intensités de spots trop proche de celle
de la lame, et donc enlevé de l’analyse par filtration avec le bruit de fond.
Pour plus d’information, veuillez mon rapport de stage intitulé "Analyse des aberrations
chromosomiques : Filtrage et transformation interactifs des données de puces à ADN"
via ce lien : http://bioinfo.webmarketing.free.fr/documents/joseRapport.pdf
Autres stages :
6 mois :
- Pr Javier Perea – unité de Ciblage – Généthon – Evry – Mise au point d’une
technique d’analyse haut débit des sites d’intégrations d’un vecteur lentiviral
dans des cellules HeLa (voir la présentation).
7 semaines :
- Pr Adrien Six – unité d’immunophysiopathologie infectieuse – Pasteur Paris.
- Pr Catherine Tamalet – Laboratoire de Virologie – Hôpital de la Timone – Marseille.
- Pr Mireille Henry – Laboratoire d’Hématologie – EPI 99-36 – Faculté de Médecine
de la Timone – Marseille.
Poster
Peter Brooks, José Cortes, Abdel Benajou, Frederic Tose and E'Krame Ayari
Dynamic Filtering and Transformation of Microarray Data
Poster presented at the Second Marie Curie Conference on ArrayCGH and
Molecular Cytogenetics
Bari, Italy, October, 2005