Louis AYZAC Janvier 2004
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Louis AYZAC Janvier 2004
Premiers pas dans Louis AYZAC Janvier 2004 Centre de Coordination de la Lutte contre les Infections Nosocomiales Sud-Est Contributions : Réalisation, rédaction, composition et corrections : Louis AYZAC. Premiers essais et mise au point : Emmanuelle CAILLAT-VALLET. Essais en situation : Catherine CHAPUIS, Catherine DUTEL, Josette EL NAJJAR, Pasacle FERRARRESE, Raphaële GIRARD, Isabelle POUJOL, David LAROCHETTE, Anne SAVEY, Frédérique SNEL-LAROCHETTE, Bruno TREISSIERES, Agnès VINCENT Relecture : Raphaële GIRARD et Frédérique SNEL-LAROCHETTE. Premiers pas dans Epi Info 2002 2 Louis AYZAC EPI INFO 2002, A Database, and Statistics Program for Public Health Professionals. Epi Info 2002 a été produit par : Division of Public Health Surveillance and Informatics Epidemiology Program Office, MS K74 Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Atlanta Georgia 30341-3717. EPI INFO 2002 est un ensemble de programmes pour micro-ordinateur de type PC, fonctionnant avec Windows 95 ou Windows 98 ou Windows NT ou Windows 2000. Ce manuel de formation a été réalisé avec un système Windows 98. Selon les versions de Windows, certains écrans d’illustration peuvent être un peu différents. Il ne fonctionne pas sous environnement Mac Apple à moins que cet ordinateur ne soit équipé d’un émulateur Windows 32 bits et d’une mémoire suffisante. Il permet la réalisation d’une étude épidémiologique : faire une forme de recueil des données (questionnaire), saisir les données, consolider les données, en faire l’analyse statistique, en tirer des graphiques et des cartes. Il peut servir de support pour une puissante base de données dans un système de surveillance de maladie. EPI INFO est dans le domaine public. Il est gratuit, libre de droits de reproduction et de traduction. La version en cours à la date de mise à jour de ce manuel est la version anglaise 3.01 du 18 novembre 2003. Le logiciel peut être téléchargé sur Internet à l’adresse : http://www.cdc.gov/epiinfo. Le fichier téléchargé contient 55,7 Méga Octets (pour Allsetup.zip qui compresse les fichiers pour l’installation). N’oubliez pas de télécharger aussi la mise à jour : Patch qui contient 4,7 Méga Octets (pour Allpatch.zip qui compresse les fichiers de mise à jour). Epi Info 2002 fait suite à Epi Info version 6 sous DOS. La première version sous DOS a été produite par le Center for Disease Control and Prevention (CDC) – Atlanta en 1985. Les programmes d’Epi Info 2002 ont entièrement été réécrits en Visual Basic 6. Les versions sous DOS (6.4 pour la dernière) n’étaient écrites que pour DOS. Dans Epi Info 2002, le format des fichiers est en Microsoft Access. Il est possible d’importer, d’exporter et d’analyser d’autres types de fichiers avec Epi Info 2002. Entre autre, les fichiers de type Epi Info 6 sous DOS. Epi Info recommande de faire la citation suivante dans les publications : Dean AG, Arner TG, Sangam CG, Friedman R, Lantinga M, Zubieta JC, Sullivan KM, Smith DC Epi Info 2000, a database and statistics program for public health professionals for use on Windows 95, 98, NT ans 2000 computers. Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, Georgia, USA, 2000 Premiers pas dans Epi Info 2002 3 Louis AYZAC Principales caractéristiques d’Epi Info 2002 Compatibilités : o Windows 95, Windows 98, Windows NT, Windows 2000. o ACCESS, SQL et bases ODBC. o Visual Basic Version 6. o HTML et navigateurs WWW. Système nécessaire : o Processeur : 200 mega hertz recommandé mais pas indispensable. o RAM : 32 mega octets. o Disque dur : 50 méga octets d’espace libre. o Windows 95, Windows 98, Windows NT, Windows 2000, Millenium, XP. Limites : o Nombre de variables (champs) par questionnaire : 256 (limite d’une table ACCESS). Mais Epi Info crée une table annexe qui supprime cette limitation. o Nombre d’enregistrements (dossiers) dans une base de données : limité par la place sur le disque dur. o Nombre de tables en format ACCESS par base de données (.MDB): 1000. o Nombre de caractères dans une variable « Texte » (alphanumérique) : 128. o Nombre de caractères dans une variable « multiligne » : 2 giga octets. Support technique : o Site Web d’Epi Info : http://www.cdc.gov/epiinfo En anglais. o Hotline pour assistance technique : [email protected] En anglais. o Liste de discussion (inscription ) : [email protected] (Forum de questions-réponses, discussion avec autres utilisateurs) En anglais. Premiers pas dans Epi Info 2002 4 Louis AYZAC Conception d’une étude épidémiologique La démarche de conception d’une étude épidémiologique se déroule en 5 étapes : o La 1° étape précise le pourquoi de l’étude. Elle commence par les motivations de l’étude et les retombées attendues. Elle comporte une étude bibliographique complète permettant de faire le point sur les connaissances à jour. Elle se termine par la fo rmulation précise d’un objectif L’objectif doit être formulé en terme de prise de décision. o La 2° étape fait le point des différentes contraintes pesant sur l’étude : tant en termes pratiques qu’en termes éthiques ou financiers (faisabilité). Elle liste les inconvénients perçus à cette étape. Elle donnera l’hypothèse précise que l’on doit chercher à valider ou invalider. L’hypothèse doit être formulée en terme de gain ou de perte d’une mesure . C’est sur cette valeur qu’est calculé le nombre de sujets à échantillonner dans l’étude. o La 3° étape décrit de façon précise les informations (résultats) que doit fournir l’étude pour que la prise de décision (objectif) puisse se faire. Elle doit aller jusqu’à la conception des tableaux et des figures de résultats « à blancs ». Ceux-ci menant au plan d’analyse précis. o La 4° étape dresse un tableau précis des données nécessaires à la mise en œuvre du plan d’analyse . Elle conduira à la production : § d’une part d’un dictionnaire des données qui précisera le type et les contraintes d’intégrité (de validité) de chaque donnée élémentaire, § d’autre part d’un schéma conceptuel des données qui fournira la définition de chaque objet de la base de données, leurs attributs pris dans le dictionnaire de données et les relations existants entre chaque objet. o La 5° étape voit la rédaction du bordereau de recueil qui doit comporter deux zones : § une zone pour le recueil proprement dit en clair qui doit permettre un retour à la source si nécessaire, § une zone pour le codage et la validation des données. qui est le support des données à saisir. Elle voit aussi la rédaction d’un guide de recueil qui reprend le jeu des différents acteurs chargés du recueil, les consignes de recueil à leur passer et les notions essentielles à acquérir lors de leur formation. Premiers pas dans Epi Info 2002 5 Situation du problème Objectifs Hypothèses Contraintes Résultats nécessaires Plan d’analyse Données nécessaires Base de données Bordereau de recueil Guide de recueil Louis AYZAC Réalisation d’une étude épidémiologique La démarche de réalisation d’une étude épidémiologique se déroule en 5 étapes duales : Situation du problème Objectifs Communication Hypothèses Contraintes Discussion Résultats nécessaires Plan d’analyse Analyse des données Données nécessaires Base de données Recueil / Saisie /Consolidation Bordereau de recueil Guide de recueil Forme de saisie / Contrôle de saisie A chaque étape de la conception, correspond en miroir une étape de la réalisation. Détaillons ces 5 étapes de réalisation et les outils utilisés dans Epi Info o La 1° étape consiste à mettre au point une forme de saisie (questionnaire / écran de saisie) conforme au dictionnaire des données. Autrement dit à placer sur un écran les questions et les « trous » pour pouvoir y répondre (ce que l’on appelle les variables). Le questionnaire doit aussi contrôler les contraintes d’intégrité (de validité) de chaque variable. L’outil : MAKE VIEW Ce qu’il produit : un PROJET une VUE Forme de saisie / Contrôle de saisie o La 2° étape est celle qui est la plus populaire, et comment ! puisqu’elle correspond à des heures de travail répétitif et assommant devant un écran pour « entrer » les données recueillies « sur l’ordinateur ». Et pourtant, ce travail de bénédictin est le garant de la qualité de l’étude. Car comme disent les anglo-saxons : « Garbage in ; Garbage out » « Détritus à l’entrée ; détritus à la sortie » ! Cette phase de saisie est suivie par une phase de contrôle de qualité qui cherche à détecter les situations anormales. Recueil / Saisie /Consolidation Premiers pas dans Epi Info 2002 6 C’est expliqué au : chapitres 1, 3 & 4 Louis AYZAC L’outil : ENTER Ce qu’il produit : une TABLE o La 3° étape est la plus noble car la plus « utile ». Elle correspond à la mise en œuvre du plan d’analyse qui va remplir les tableaux, graphiques et cartes à blanc. Parce que ce même travail a toute chance d’être recommencé plusieurs fois, il est impératif de le mener en produisant des programmes d’analyse qui puissent être exécutés autant de fois que nécessaire. L’outil : ANALYSIS Ce qu’il produit : un PROGRAMME des RESULTATS des GRAPHIQUES des CARTES C’est expliqué au : chapitres 2 & 6 Analyse des données C’est expliqué au : chapitres 7, 8, 9, 11 & 12 L’aspect cartographique ne sera pas abordé dans ce manuel o La 4° étape doit conduire à la discussion de l’étude. C’est à dire à une appréciation des résultats face aux objectifs de l’étude et aux données de la littérature de la bibliographie. Cette discussion doit déboucher sur des éléments de prise de décision. L’outil : il n’y en a pas dans EPI INFO . Le meilleur est votre matière grise !. o La 5° étape est la plus gratifiante. C’est elle qui vous vaudra le prix Pulitzer ou qui sait peut être même le prix Nobel. Elle devra produire un média (diaporama, poster ou publication) emportant la conviction de vos interlocuteurs plus ou moins nombreux et plus ou moins prestigieux ! L’outil : REPORTENGINE Ce qu’il produit : un RAPPORT Discussion Communication Non développé ici. Vous pouvez aussi utiliser un outil de Présentation Assistée par Ordinateur (comme POWER POINT) ou un traitement de texte (comme WORD). Premiers pas dans Epi Info 2002 7 Louis AYZAC « Apprendre , c’est faire » Paul Valéry. L’apprentissage d’un logiciel comme EPI INFO 2002 ne peut se faire que par la manipulation de l’outil. Cet apprentissage a été décomposé en objectifs élémentaires qu’il est indispensable que vous maîtrisiez l’un après l’autre et en totalité. Chaque objectif à atteindre est proposé pour un niveau d’apprentissage. Ces niveaux sont repérés par des petites montagnes à grimper en tête de chaque titre d’objectif. Ce manuel a été conçu comme un outil d’auto formation. Il se décompose en 13 chapitres. Chaque chapitre essaie d’être d’un niveau d’apprentissage homogène. Ces niveaux sont, là aussi, repérés par des petites montagnes à grimper en tête de chaque chapitre. Structuration des chapitres En tête de chaque chapitre, vous trouverez - Le temps estimé nécessaire à l’acquisition des connaissances de ce chapitre. - la liste des objectifs exposés ainsi que les titres des exercices proposés dans le chapitre. Vous trouverez dans le texte plusieurs types de développement : - un exercice d’apprentissage qui vous permettra de mettre en œuvre pour la première fois les objectifs exposés. Cette partie est symbolisée par des caractères en italique et barrée en marge. Chaque exercice porte un numéro de la forme « A1 ». - une partie explicative qui vous donnera les bases de compréhension pour réaliser l'objectif. Cette partie donne aussi le corrigé de l’exercice d’apprentissage. Cette partie est en caractères normaux. - un exercice d’entraînement qui vous permettra de consolider l’acquisition des objectifs. Cette partie est en caractères cursifs et encadrée. Chacun de ces exercices de consolidation donne : - la liste des objectifs qu’il cherche à consolider, - le temps estimé nécessaire à l’entraînement. Chaque exercice porte un numéro de la forme « E1 ». Niveaux des apprentissages Chaque chapitre et chaque objectif est proposé pour un niveau d’apprentissage. Ces niveaux sont repérés par des petites montagnes à grimper. Ainsi une entité repérée par est plutôt pour amener un novice au stade de débutant, amener un débutant au stade de confirmé, amener un confirmé au stade d’expert. Premiers pas dans Epi Info 2002 8 Louis AYZAC Liste des chapitres ........................................................................................................................................ Page Obj. Chapitre 0 – 0uvrir/fermer EPI-INFO 2002........................................ 10 1 Chapitre 1 - Créer un projet. ................................................................ 11 3 Chapitre 2 - Entrer (Saisir) les données............................................... 53 31 Chapitre 3 - Travailler sur / Développer le code de contrôle. ........... 65 35 Chapitre 4 - Introduire les bases de données relationnelles............... 76 41 Chapitre 5 - Gérer les données de base dans « Analyse »................... 90 48 Chapitre 6 - Nettoyer une base de données......................................... 100 58 Chapitre 7 – Décrire une population (Analyser en interactif) .......... 105 61 Chapitre 8 - Produire les résultats avec des programmes................. 122 70 Chapitre 9 - Produire des graphiques pour illustrer l’analyse descriptive.............................................................................................. 133 76 Chapitre 10 - Lire et écrire différents formats de fichiers de données dans Analyse....................................................................... 158 105 Chapitre 11 – Produire le croisement d’une variable par une autre.......................................................................................... 165 110 Chapitre 12 - Produire des graphiques pour illustrer les analyses bi variées................................................................................. 178 114 Chapitre 13 –Développer des applications sous Epi Info 2002 – Créer un menu. ...................................................................................... 189 Premiers pas dans Epi Info 2002 9 Louis AYZAC 124