LIGHT CYCLER PROBE DESIGN SOFTWARE 2.0

LIGHT CYCLER PROBE DESIGN SOFTWARE 2.0
-
-
rentrer la séquence
dans Experiment Type : choisir primers only
dans Experiment Settings :
 sélectionner une taille d’amplicon souhaitée
 travailler avec un Tm = 60°C
cliquer sur Analyse
l’onglet Analysis s’ouvre :
 possibilité de bouger la fenêtre dans laquelle on veut dessiner des
amorces
 cliquer sur Single Set Search
l’onglet Primer Probe Sets s’ouvre : les couples proposés vont du meilleur au moins
bon (sachant que plus on est proche de 0, meilleur est le couple)
dans Tools :
 show alignment of current sélection : permet de voir la position des
amorces sur la séquence cible (cliquer sur la flèche pour faire défiler
tous les couples)
 BLAST : possibilité de blaster les séquences
Remarque : il est également possible d’importer des séquences d’amorces connues pour les
tester dans le logiciel