Tuberculose pulmonaire à frottis négatif et culture positive chez les
Transcription
Tuberculose pulmonaire à frottis négatif et culture positive chez les
INT J TUBERC LUNG DIS 15(1):67–70 © 2011 The Union Tuberculose pulmonaire à frottis négatif et culture positive chez les patients atteints de toux chronique à Cotonou, Bénin D. Affolabi,* R. Akpona,* M. Odoun,* K. Alidjinou,* P. Wachinou,* S. Anagonou,* M. Gninafon,* A. Trébucq† * Programme National Contre la Tuberculose, Cotonou, Bénin ; † Union Internationale Contre la Tuberculose et les Maladies Respiratoires, Paris, France RÉSUMÉ Au principal centre antituberculeux au Bénin, en Afrique de l’Ouest, seulement 2% des tuberculoses (TB) pulmonaires sont à microscopie négative chez les patients adultes. O B J E C T I F : Evaluer le nombre de TB pulmonaire à microscopie négative mais culture positive ; et estimer le nombre global des cas de TB pulmonaire à microscopie négative attendus au niveau national. M É T H O D E S : Pour cette étude, pendant un an, on a effectué systématiquement une culture chez tous les suspects (selon les recommandations nationales, patients présentant une toux chronique de plus de 3 semaines) avec trois examens microscopiques négatifs (sur technique de fluorescence). La culture a été faite sur le premier crachat du matin. R É S U LTAT S : Sur 214 suspects pour lesquels on a fait une culture, on n’a trouvé que 22 cas à culture positive, alors que pendant la même période 831 cas à frottis positifs ont été diagnostiqués. La culture a ainsi contribué pour 2,6% seulement à l’identification des cas prouvés par la bactériologie. C O N C L U S I O N : Le développement de la culture pour le diagnostic de TB ne semble pas pertinent actuellement au Bénin. Par ailleurs, le nombre de cas de TB qui ne sont pas à frottis positifs publié annuellement par l’Organisation Mondiale de la Santé semble beaucoup trop élevé. M O T S - C L É S : tuberculose ; microscopie ; culture ; Bénin CADRE : DANS DE NOMBREUX PAYS, l’examen microscopique (la bacilloscopie) des frottis reste le seul outil pour le diagnostic bactériologique de la tuberculose (TB). Toutefois, comparée à la culture, la sensibilité de la bacilloscopie du frottis est considérée comme faible, et on insiste sur la nécessité d’employer un autre test et/ou un algorithme pour diagnostiquer les patients atteints de TB pulmonaire à bacilloscopie négative. Au Bénin, en Afrique de l’Ouest, comme dans la plupart des contextes à faibles ressources, la TB pulmonaire à bacilloscopie négative est généralement diagnostiquée en faisant appel à l’algorithme suivant : 1) au moins trois échantillons de crachats négatifs pour les bacilles acido-alcoolo-résistants (BAAR), 2) des anomalies à l’examen radiographique compatibles avec une TB active, 3) l’absence de réponse à une cure d’antibiotiques non-spécifiques et 4) la décision prise par un clinicien de traiter par une cure complète de chimiothérapie antituberculeuse.1 Selon le rapport 2008 de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS),2 le Bénin est un des pays africains qui connait les taux les plus élevés de détection de la TB à bacilloscopie positive des crachats (86%), mais un taux faible de détection (44%) pour la TB toutes formes. Ceci est en relation avec la proportion la plus faible (7%) de TB pulmonaire à bacilloscopie négative par rapport à l’ensemble des nouveaux cas pulmonaires enregistrés dans la région Afrique (moyenne 41%, extrêmes 7–76). Dans cette étude, 1) nous estimons le fardeau de la TB pulmonaire à bacilloscopie négative mais à culture positive parmi les suspects de TB (c’est-à-dire avec une toux persistant plus de 3 semaines, comme définie dans les recommandations nationales au Bénin) à Cotonou, la plus grande ville du Bénin, 2) nous évaluons les diagnostics manqués de TB pulmonaire à bacilloscopie négative des crachats, et nous discutons le nombre attendu de cas de TB au Bénin à bacilloscopie des frottis de crachats non-positive. MATÉRIELS ET MÉTHODES Contexte L’étude a été réalisée au Centre national hospitalier de Pneumo-Phtisiologie (CNHPP) de Cotonou, Bénin Auteur pour correspondance : Arnaud Trébucq, Union Internationale Contre la Tuberculose et les Maladies Respiratoires, 68 boulevard Saint Michel, 75006 Paris, France. Tel : (+33) 1 56 80 28 22. Fax : (+33) 1 46 33 71 44. e-mail : atrebucq@ theunion.org [Traduction de l’article : « Smear-negative, culture-positive pulmonary tuberculosis among patients with chronic cough in Cotonou, Benin » Int J Tuberc Lung Dis 2011 ; 15 : 67–70] 2 The International Journal of Tuberculosis and Lung Disease (Centre de référence national pour la tuberculose). Le laboratoire de Référence des Mycobactéries (LRM) est situé dans cet hôpital et depuis plus de 20 ans, on y réalise systématiquement les examens microscopiques en fluorescence pour tous les suspects de TB. Dans ce laboratoire, la culture est réalisée en routine dans le cadre de la recherche, mais pas pour le diagnostic de routine. Au CNHPP, on emploie l’algorithme évoqué plus haut pour le diagnostic de la TB pulmonaire à bacilloscopie négative. En 2006, parmi l’ensemble des cas pulmonaires, le pourcentage de cas de TB pulmonaire à bacilloscopie négative a été de 6% au CNHPP et de 7% pour l’ensemble des autres centres TB du Bénin. Patients Entre août 2006 et août 2007, on a recruté les patients de manière prospective et consécutive. Les critères d’inclusion ont été la toux depuis 3 semaines ou davantage (sans tenir compte d’autres symptômes), un âge de 15 ans ou davantage et trois échantillons de crachats (sur place-le matin-sur place) avec une bacilloscopie négative des frottis. On a exclu les patients qui avaient été traités antérieurement pour TB. Pour chaque patient, on a recueilli les données démographiques et réalisé un cliché thoracique, un test sérologique après accompagnement pour le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) et une culture d’un échantillon de crachats du matin. En vue de cette étude, on a administré aux patients une cure complète de 15 jours d’érythromycine et on leur a recommandé de revenir après le traitement. Ceux qui ne sont pas revenus n’ont pas été recherchés sauf en cas de culture positive des crachats. En fonction des résultats du traitement, on a réalisé un examen microscopique supplémentaire des frottis à partir de 3 échantillons de crachats (sur place- le matin- sur place). Si les résultats étaient encore négatifs, le patient a été examiné du point de vue clinique et radiologique par un médecin qui a décidé s’il mettait ou non le patient sous traitement antituberculeux en utilisant l’algorithme de routine. Les étapes de l’inclusion sont résumées dans la Figure 1. En vue de cette analyse, les résultats de la population de l’étude ont été comparés au nombre de nouveaux patients à bacilloscopie positive des crachats diagnostiqués au CNHPP durant la même période. Comme dans ce centre de référence, un examen de frottis est réalisé chez tous les patients signalant de la toux, sans tenir compte de sa durée, la définition de « suspect de TB » y est beaucoup plus large que dans les recommandations officielles. Examen microscopique des frottis Un frottis a été réalisé pour chaque échantillon de crachat ; il a été séché à l’air, fixé à la chaleur et coloré au moyen d’auramine à 0,3% pendant 10 minutes, d’alcool à 74% contenant 1% d’acide chlor- Figure 1 Algorithme pour l’inclusion du patient. VIH = virus de l’immunodéficience humaine ; BAAR = bacille acido-alcoolorésistant ; TB = tuberculose. hydrique pendant 4 min et de permanganate de potassium à 0,1% pendant 30 s.3 A côté du contrôle de qualité standardisé de tous les réactifs préparés, deux systèmes sont utilisés en routine pour garantir la qualité de l’examen microscopique par fluorescence utilisé au laboratoire : 1 Un contrôle de qualité journalier : chaque matin, avant de commencer le travail de routine, on colore et on lit un frottis provenant d’un échantillon avec frottis négatif connu et un frottis provenant d’un échantillon avec frottis positif 1+ connu. 2 Un système de contrôle de qualité avec relecture : chaque semaine, un technicien superviseur choisit de façon aléatoire 5 lames de routine. Ces lames sont recolorées et lues à l’aveugle par un technicien expérimenté et non impliqué dans la routine de l’examen microscopique de fluorescence pendant la période de contrôle. En cas de discordance entre le premier contrôle et le travail de routine, un autre technicien relit la même lame le même jour. Tous les résultats sont revus à l’occasion des visites trimestrielles de supervision. Culture L’échantillon de crachats du matin a été décontaminé en utilisant la méthode modifiée de Petroff et mis en culture dans le milieu 7H9 et sur le milieu de Löwenstein-Jensen (LJ). Toutes les colonies qui sont apparues ont été confirmées par le test à l’acide paranitrobenzoïque et par celui de la catalase.4 TB et toux chronique au Bénin 3 Test du virus de l’immunodéficience humaine Le test du VIH a été réalisé par un test rapide (Determine HIV-1/2®, Abbott, Diagnostics, Chicago, IL, États-Unis). Les échantillons séro-positifs ont été confirmés par un test HIV 1/2 discriminatoire (Genie II HIV1/HIV2®, Biorad, Marnes-la-Coquette, France). Tous les tests de laboratoire ont été réalisés au LRM. Traitement de l’information Les données ont été codées, validées par un double codage et comparées au moyen de la version 3.1 du logiciel EpiData Entry (Epidata Association, Odense, Danemark, http://www.epidata.dk) ; une analyse a été réalisée en utilisant Epidata Analysis (version 2.2, Epidata). Considérations éthiques Tous les patients ont donné un consentement éclairé. Tous les patients TB confirmés par l’examen bactériologique ont été traités pour TB. L’étude a reçu l’approbation du Bureau du Programme National de la Tuberculose (PNT) du Bénin. RÉSULTATS Au total 251 patients ont été éligibles pour l’étude ; on a disposé des résultats de la culture pour 214 d’entre eux (les crachats destinés à la culture ont été perdus pour 37 patients ; il n’y a pas de différence pour le sexe et la distribution des âges entre les cas manquants et les cas pour lesquels la culture des crachats a pu être réalisée). La culture des crachats s’est révélée positive pour 22 patients (10,3%), négative pour 185 (86,4%) et contaminée pour 7 (3,3%). Les résultats ont été identiques avec les deux méthodes de culture à l’exception de deux échantillons de crachats pour lesquels la culture s’est révélée positive en milieu liquide et négative sur milieu solide. Chez un patient à culture positive, on avait porté le diagnostic de TB à bacilloscopie négative sur des données cliniques et radiologiques et on avait commencé le traitement antituberculeux avant de disposer du résultat de la culture. Au total, 83 patients sont revenus pour la deuxième visite après une cure de 15 jours d’érythromycine ; chez quatre d’entre eux, la bacilloscopie s’est révélée positive lors de la deuxième visite et la culture était positive à la première visite (Figure 2). La décision du traitement a toujours été prise avant de disposer des résultats de la culture ; rétrospectivement, aucun patient à culture négative n’a été traité pour TB. Durant la période de l’étude, parmi 4662 suspects de TB qui ont subi une bacilloscopie pour diagnostic au CNHPP, on a diagnostiqué 831 (18%) nouveaux cas à bacilloscopie positive. Les résultats de la sérologie pour le VIH ont été obtenus chez 208 patients : 91 (43,8%) étaient positifs. Parmi les 164 patients pour qui le résultat de la Figure 2 Résultats bactériologiques. * Contaminé avec les deux méthodes de culture. TB = tuberculose ; SS+ = crachat à bacilloscopie positive des frottis. culture était interprétable, 13% des patients séropositifs (10/75) pour le VIH et 8% des patients séronégatifs (7/89) avaient une bacilloscopie négative et une culture positive ; la différence n’était pas significative. Sur le total de 22 cas avec culture positive (Figure 2), 10 étaient séropositifs pour le VIH. DISCUSSION Parmi les 22 patients à culture positive, chez quatre d’entre eux, la bacilloscopie était positive lors de la deuxième visite (le traitement TB avait été commencé avant de disposer des résultats de la culture) et un patient avait été mis sous traitement immédiatement après la première consultation en raison des signes cliniques et radiologiques. Durant la même période, on a diagnostiqué 831 cas à bacilloscopie positive des crachats. Le nombre supplémentaire de cas confirmés par l’examen bactériologique qui n’auraient pas été traités si la culture n’avait pas été réalisée est dès lors seulement de 17, c’est-à-dire 2%. Aucune technique spéciale n’a été utilisée pour l’exécution de l’examen microscopique puisque l’objectif était d’évaluer, dans les conditions de routine à Cotonou, le fardeau de la TB pulmonaire à bacilloscopie négative et culture positive parmi les suspects de TB. La technique de fluorescence est utilisée en routine depuis de nombreuses années à Cotonou avec un contrôle de qualité régulier avec relecture. La forte sensibilité de l’examen microscopique observée ici est probablement due à l’utilisation de la microscopie par fluorescence dont la sensibilité est généralement plus élevée que celle de la technique de Ziehl-Neelsen.5 Elle est certainement due aussi à l’excellente qualité du travail des techniciens de laboratoire et au fait qu’au Bénin, comme dans beaucoup de contextes africains, de nombreux patients recherchent les soins tardivement et sont déjà atteints 4 The International Journal of Tuberculosis and Lung Disease de lésions pulmonaires étendues lorsqu’ils consultent le centre de santé. Si l’on choisit la culture comme gold standard, cette sensibilité élevée est similaire à celle rapportée dans d’autres pays africains chez les patients séropositifs ou séronégatifs pour le VIH : 98% en Ouganda,6 89% au Kenya7 et 90% au Zimbabwe.8 Toutefois, la sensibilité de l’examen microscopique n’est pas toujours aussi élevée parmi les patients séropositifs pour le VIH dans d’autres pays d’Afrique sub-saharienne.9,10 Il faudrait aussi noter qu’en Afrique, la sensibilité de l’examen microscopique des frottis est toujours beaucoup plus élevée que dans les pays industrialisés, où généralement moins de 50% des échantillons de crachats à culture positive s’accompagnent d’une bacilloscopie positive.11 Ceci est très probablement en relation avec la gravité de la maladie : dans les pays en développement, il peut y avoir des délais importants avant le recours aux soins par les patients.12 Parmi les 208 patients signalant une toux chronique et chez qui trois bacilloscopies de frottis de crachats étaient négatives, 91 (43,8%) étaient séropositifs pour le VIH, une proportion très importante par comparaison avec le taux de séropositivité pour le VIH (17%) trouvée parmi les patients traités pour TB et avec le taux de 2% estimé dans la population générale, mais beaucoup plus basse qu’au Zimbabwe (83%),8 démontrant une fois encore que les épidémies de TB et de VIH sont beaucoup plus faibles au Bénin qu’en Afrique du Sud. Les taux de positivité des cultures de M. tuberculosis n’ont pas été significativement plus élevés parmi les patients séropositifs pour le VIH (13%) que parmi les patients séronégatifs (8%), une preuve supplémentaire de la sensibilité élevée de la bacilloscopie des frottis à Cotonou, même parmi les patients séropositifs pour le VIH. Cette étude comporte plusieurs limitations : 1) un seul crachat a été mis en culture ; toutefois on a montré dans de nombreuses études que les échantillons de crachats du matin contenaient un plus grand nombre de bacilles.13,14 2) La technique de culture peut ne pas avoir été optimale ; toutefois, le LRM a plus de 20 ans d’expérience et est supervisé régulièrement par le Laboratoire Supranational d’Anvers ; de plus, on a utilisé deux milieux (solide et liquide) pour augmenter la sensibilité du test. 3) L’étude a été réalisée au CNHPP, l’hôpital national de référence pour la TB, et la situation dans le reste du pays pourrait être différente de celle existant à Cotonou. Néanmoins, la qualité du réseau du PNT est évaluée régulièrement et s’avère généralement excellente. 4) Bien que les résultats de la culture aient fait défaut pour 37 patients et qu’il y ait eu 7 contaminations, la distribution du sexe et de l’âge des cas manquants n’a pas été significativement différente et nous ne nous attendons à aucun biais dû à la non-inclusion de ces patients. 5) Enfin, la définition officielle de suspect de TB a été strictement observée dans cette étude (toux persistant plus de 3 semaines). Toutefois, comme le CNNHP est un centre de référence, la politique est de rechercher la présence de BAAR chez tout patient qui tousse sans tenir compte de la durée de la toux. Evidemment de nombreux patients TB à bacilloscopie positive (la proportion est inconnue) se plaignaient d’une toux depuis moins de 3 semaines, et il est probable qu’on aurait diagnostiqué un plus grand nombre de cas à bacilloscopie négative et à culture positive si l’on avait réalisé une culture des crachats pour chacun des patients qui ont subi une bacilloscopie. Néanmoins, si l’on considère le rendement supplémentaire limité fourni par la culture parmi les patients signalant une toux chronique, il est peu probable que parmi le nombre total de patients tousseurs, on aurait détecté beaucoup plus de patients TB à bacilloscopie négative et à culture positive. Nous croyons donc que les résultats de cette étude sont fiables et qu’ils impliquent plusieurs conséquences importantes pour le PNT du Bénin. Premièrement, une mise en œuvre à large échelle de la culture ne semble pas nécessaire au Bénin pour augmenter la détection des cas de TB pulmonaire (<2%). Ce sont de bonnes nouvelles si l’on prend en compte la complexité du test et les exigences concernant l’infrastructure, les coûts et les techniciens bien formés et motivés, exigés pour la culture. Deuxièmement, le rapport de 1 (patients avec bacilloscopie positive) pour 1,3 (patients sans bacilloscopie positive) utilisé par l’OMS pour l’estimation du nombre de cas de TB attendus2 semble excessivement élevé et il faut revoir ces chiffres afin de tenir compte de données plus réalistes. Troisièmement, vu le taux élevé de la séropositivité du VIH parmi les patients toussant depuis plus de 21 jours, même les patients chez qui la bacilloscopie n’est pas positive devraient bénéficier d’un test pour le VIH et les patients séropositifs devraient être référés vers un service clinique adéquat. CONCLUSION Comme déclaré par Mitchison, « l’examen de frottis de plusieurs échantillons pour chaque patient est presque aussi efficient que les examens par culture dans les polycliniques des pays en développement ».12 Cette étude confirme que cette stratégie est toujours effective au Bénin et que l’extension de la culture pour le diagnostic de routine ne semble pas être une priorité. Le pourcentage très faible de patients à bacilloscopie négative chez qui la culture est positive correspond aux rapports du PNT et l’OMS pourrait devoir réviser ses estimations du nombre de cas sans bacilloscopie positive des crachats attendus au Bénin. Références 1 World Health Organization. Treatment of tuberculosis: guidelines for national programmes. 3rd ed. WHO/CDS/TB/2003. 313. Geneva, Switzerland: WHO, 2003. TB et toux chronique au Bénin 2 World Health Organization. Global tuberculosis control: epidemiology, strategy, financing. 2008 report. WHO/HTM/TB/ 2008.393. Geneva, Switzerland: WHO, 2008. 3 Holst E, Mitchison D A, Radhakrishna S. Examination of smears for tubercle bacilli by fluorescence microscopy. Indian J Med Res 1959; 47: 495– 499. 4 Rieder H L, Van Deun A, Kam K M, et al. Priorities for tuberculosis bacteriology services in low-income countries. 2nd ed. Paris, France: International Union Against Tuberculosis and Lung Disease, 2007. 5 Cattamanchi A, Davis J L, Worodria W, et al. Sensitivity and specificity of fluorescence microscopy for diagnosing pulmonary tuberculosis in a high HIV prevalence setting. Int J Tuberc Lung Dis 2009; 13: 1130–1136. 6 Johnson J L, Vjecha M J, Okwera A, et al. Impact of human immunodeficiency virus type-1 infection on the initial bacteriologic and radiographic manifestations of pulmonary tuberculosis in Uganda. Int J Tuberc Lung Dis 1998; 2: 397– 404. 7 Githui W, Nunn P, Juma E, et al. Cohort study of HIV-positive and HIV-negative tuberculosis, Nairobi, Kenya: comparison of bacteriological results. Tubercle Lung Dis 1992; 73: 203–209. 8 Munyati S S, Dhoba T, Makanza E D, et al. Chronic cough in 9 10 11 12 13 14 5 primary health care attendees, Harare, Zimbabwe: diagnosis and impact of HIV infection. Clin Infect Dis 2005; 40: 1818– 1827. Elliott A M, Namaambo K, Allen B W, et al. Negative sputum smear results in HIV-positive patients with pulmonary tuberculosis in Lusaka, Zambia. Tubercle Lung Dis 1993; 74: 191–194. Karstaedt A S, Jones N, Khoosal M, Crewe-Brown H H. The bacteriology of pulmonary tuberculosis in a population with high human immunodeficiency virus seroprevalence. Int J Tuberc Lung Dis 1998; 2: 312–316. Nelson S M, Deike M A, Cartwright C P. Value of examining multiple sputum specimens in the diagnosis of pulmonary tuberculosis. J Clin Microbiol 1998; 36: 467– 469. Mitchison D A. Examination of sputum by smear and culture in case-finding. Bull Int Union Tuberc 1968; 41: 139–147. Andrews R H, Radhakrishna S. A comparison of two methods of sputum collection in the diagnosis of pulmonary tuberculosis. Tubercle 1959; 40: 155–162. Van Deun A, Hamid Salim A, Cooreman E, et al. Optimal tuberculosis case detection by direct sputum smear microscopy: how much better is more? Int J Tuberc Lung Dis 2002; 6: 222– 230.