Description - UMR CNRS 5558 Laboratoire de Biométrie et Biologie

 Offre de stage Master 2 Stress genomique et mobilisation d’éléments transposables
La notion d'espèce, enjeu majeur des politiques actuelles de biodiversité, est
classiquement définie sur la base de l'interfécondité et l'inter-fertilité. Ces événements sont
rendus possibles quand la réunion des génomes maternel et paternel est stable. Lorsque deux
espèces ont divergé, ou lorsqu'un isolement reproducteur se met en place entre deux
populations éloignées, la réunion des deux génomes peu constituer un stress, qui peut activer
certains composants des génomes comme les éléments transposables (ET). Les ET sont des
constituants majeurs de tous les génomes. Ils sont souvent considérés comme des parasites
génomiques, étant donnée leur capacité de réplication au sein du génome hôte. A l’équilibre,
il est attendu que l’abondance en ET au sein d’un génome soit stable et que celui-ci ait mis en
place des mécanismes de régulation (principalement épigénétique) de l’activité de ces
séquences. Certains modèles prédisent que le choc génomique résultant de l’hybridation de
deux génomes divergents déstabilise ces systèmes de régulation et réactive les ET, ce qui peut
avoir des conséquences délétères sur la structure des génomes.
Dans le cadre du projet ANR ExHyb nous recrutons un stagiaire M2. Ce projet
propose d'étudier la variabilité des mécanismes permettant le maintien de la stabilité
génomique, à partir de l'analyse des conséquences du stress génomique chez les hybrides.
L'activité et la régulation des ET seront utilisées comme marqueurs de la stabilité génomique.
Différentes échelles évolutives seront abordées, grâce au modèle Drosophile. Les stress
génomiques intra-spécifiques et inter-spécifiques seront étudiés à partir de diverses
populations naturelles et d’espèces proches. Des données de transcriptomique pour les
espèces/populations parentales et leurs hybrides seront générées. L'activité des éléments
transposables sera ainsi mesurée et les gènes impliqués dans leur régulation seront analysés.
Des données épigénétiques (ChIP seq et piRNA) seront générées à partir des mêmes
échantillons pour analyser les mécanismes de régulation des ET impliqués dans la stabilité
génomique et leur variabilité.
- Description du travail proposé.
L’étudiant pourra aborder, selon ses motivations, l’une ou l’autre des questions suivantes :
- Analyse moléculaire des profils épigénétiques lors des croisements inter et intra spécifique.
A-t’on une mobilisation des ET en première génération hybride ? Quel taux de transposition ?
Quelles marques épigénétiques associées ? Une formation en biologie moléculaire est
souhaitable.
- Quel est l’impact de l’hybridation sur le transcriptome global ? Quelles familles de gènes
sont affectées ? Quelle est l’effet de l’échelle évolutive ? Le stage consistera en l’analyse de
données de type RNAseq et la construction de pipeline dédiés, pour des analyses sur
différentes populations et différentes espèces
Le projet pourra se poursuivre en thèse aussi bien pour les aspects expérimentaux que de
génomique comparative
Quelques publications récentes de l’équipe
Basquin D, Spierer A, Begeot F, Koryakov D E, Todeschini A L, Ronsseray S, Vieira C, Spierer P,
Delattre M (2014) The Drosophila Su(var)3-7 Gene Is Required for Oogenesis and Female Fertility Genetically
Interacts with piwi and aubergine but Impacts Only Weakly Transposon Silencing, PLoS one, vol. 9 pp.e96802e96802, DOI.
Carnelossi E A, Lerat E, Henri H, Martinez S, Carareto C M, Vieira C (2014) Specific activation of an
I-like element in Drosophila interspecific hybrids, Genome biology and evolution, vol. 6 pp.1806-17, DOI.
Fablet M (2014) Host Control of Insect Endogenous Retroviruses: Small RNA Silencing and Immune
Response, Viruses, vol. 6 pp.4447-4464, DOI.
Fablet M, Akkouche A, Braman V, Vieira C (2014) Variable expression levels detected in the
Drosophila effectors of piRNA biogenesis, Gene, vol. 537 pp.149-53, DOI.
Modolo L, Picard F, Lerat E (2014) A new genome-wide method to track horizontally transferred
sequences: application to Drosophila, Genome biology and evolution, vol. 6 pp.416-32, DOI.
Vela D, Fontdevila A, Vieira C, García Guerreiro MP (2014) A Genome-Wide Survey of Genetic
Instability by Transposition in Drosophila Hybrids, PLoS one, vol. 9 pp.e88992-e88992, DOI.
Akkouche A, Grentzinger T, Fablet M, Armenise C, Burlet N, Braman V, Chambeyron S, Vieira C
(2013) Maternally deposited germline piRNAs silence the tirant retrotransposon in somatic cells, EMBO
Reports, vol. 14 pp.458-64, DOI.
Akkouche A, Rebollo R, Burlet N, Esnault C, Martinez S, Vignier B, Terzian C, Vieira C, Fablet M
(2012) tirant a Newly Discovered Active Endogenous Retrovirus in Drosophila simulans, Journal of Virology,
vol. 86 pp.3675-3681, DOI.
Rebollo R, Horard B, Begeot F, Delattre M, Gilson E, Vieira C (2012) A snapshot of histone
modifications within transposable elements in Drosophila wild type strains, PLoS One, vol. 7 pp.e44253-e44253,
DOI.
Fablet M, Vieira C (2011) Evolvability epigenetics and transposable elements, Biomolecular Concepts,
vol. 2 pp.333-341.
Laboratoire d’accueil: Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, UMR CNRS 5558,
Université Lyon 1
Equipe Eléments Transposables, Evolution, Populations, ANR ExHyb
Contact : Cristina Vieira : [email protected]
http://lbbe.univ-lyon1.fr/-Equipe-Elements-transposables