Développement d`un logiciel de traitement d`images rétiniennes.

Sujet de stage niveau Mastère / Ingénieur
Développement d'un logiciel de traitement d'images rétiniennes.
Ce stage s'inscrit dans un projet pluri-disciplinaire (à l'interface entre neurosciences, ophtalmologie et
sciences de l'information) qui a pour but la quantification des effets d'un médicament sur la DMLA
(dégénerescence maculaire liée à l'age), maladie qui se traduit par des dégradations de la rétine. L'objectif
du stage est le développement d'algorithmes et d'outils informatiques qui permettront l'étude longitudinale de
lésions rétiniennes en analysant des images réalisées par angiographie. Il s'agit d'identifier l'arborisation
artérioveineuse et de détecter la présence de nouvelles branches (néovascularisation). Les principales
difficultés sont la complexité structurelle de ces images et la variabilité de leurs caractéristiques d'une
acquisition à une autre. Enfin, les algorithmes existants pêchent par la résolution minimale à laquelle
l'arborisation peut être détectée, généralement toujours inférieure à celle d'un expert. Enfin, la génèse de
néovaisseaux se matérialise aussi par des phénomènes locaux de diffusion, dont la cinématique est
décelable en angiographie de fluorescence. C'est pourquoi nous nous orientons vers des méthodes semiautomatiques avec intervention de l'opérateur dans la chaine de traitement afin de délimiter les zones
d'intérêt ainsi que les nodes principaux de l'arborisation. Le travail de stage consistera à:
- créer une interface utilisateur qui permettra de sélectionner des points ou des régions d'intérêts sur les
images;
- intégrer et optimiser un algorithme de recalage d'images permettant d'aligner les différentes acquisitions
(cet algorithme a été précédemment développé dans le laboratoire);
- développer, tester et valider des algorithmes qui mesureront automatiquement les caractéristiques des
lésions de la rétine (étendue spatiale, intensité de la diffusion etc.);
- à moyen terme, intégrer dans l'analyse des informations sur la topographie 3D de la zone lésée telle que
mesurée par OCT (Optical Coherence Tomography).
La personne recherchée aura:
- le goût pour la modélisation du vivant et l'application des outils mathématiques à l'instrumentation et à
l'analyse d'images en biologie;
- de bonnes connaissances en algorithmie et en traitement d'images;
- un très bon niveau en programmation (matlab et/ou python et/ou C/C++), en environnement Linux;
- un bon sens de la communication afin de travailler dans un projet impliquant des biologistes, des
informaticiens/mathématiciens et des médecins.
Le stage se déroulera sur une durée de 4 à 6 mois, au premier semestre 2007, dans un laboratoire de
neurosciences (INCM), inséré dans des collaborations anciennes avec les Mathématiques Appliquées et
l'informatique (LATP, INRIA-Sophia).
Contact:
Sylvain Takerkart ([email protected], 04 91 16 43 07)
Institut de Neurosciences Cognitives de la Méditerranée
http://www.incm.cnrs-mrs.fr