ED Biologie moléculaire
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ED Biologie moléculaire E. Turpin J. Lehmann-Che 5-6 novembre 2007 PCR •1983: Kary Mullis •Amplification in vitro par une méthode enzymatique d'un fragmentd'ADN en présence de deux oligonucléotides spécifiques de la séquence à amplifier. •Succession de 20 à 40 cycles thermiques: 1/dénaturation 2/hybridation des oligonucléotides 3/extension par une Taq DNA polymérase Dénaturation (95°C) ADN cible :1 copie 5’ 3’ 5’ 3’ 5’ 3’ 3’ 5’ Hybridation (50 à 60 °C) 3’ 5’ Amorces 5’ 3’ 5’ 3’ 3’ 5' 5' 3’ 3’ 5’ 10 picomoles de chaque amorce: 10x10-12x6.02x1023 = 6.02x1012 molécules de chaque primer Extension (68 à72°C) ADN cible :2 copies 5’ 3’ 3’ 5’ : ADN Polymérase A C G T: 4 désoxyribonucléotides 5’ 3’ 5’ 3’ 4 copies Cycle 3 8 copies 5’ 3’ Amplicon 3’ Cycle 2 5’ Exercice: dessiner des amorces de PCR La séquence présentée est celle d’une partie du gène de la β globine humaine comprenant le promoteur, l’exon 1 et une partie de l’intron 1. Sur cette séquence de 315 pb (paires de bases), le n° 100 (A s ur le brin codant) correspond au début de la transcription, de 150 à 153 est l’ATG initiateur de la traduction et le n° 241 est le G de fin de l’exo n 1. On veut amplifier par PCR le fragment commençant à 36 et se terminant à 302 suivant la numérotation indiquée au dessus du brin codant 5’ 3’. 1) Quelles amorces seront utilisées? 2) Quels sont les différents constituants nécessaires à la réaction de PCR? 3) Quelles sont les différentes étapes d’une réaction de PCR? A quoi serventelles? 4) Comment peut-on mettre en évidence le produit de PCR? 5) Quelle est la taille attendue pour le produit de PCR? Région 5’ du gène de la β globine humaine 10 • • • • • • • • • • • • • 20 30 40 50 5’-GTGGAGCCAC ACCCTAGGGT TGGCCAATCT ACTCCCAGGA GCAGGGAGGG 60 70 80 90 100 CAGGAGCCAG GGCTGGGCAT AAAAGTCAGG GCAGAGCCAT CTATTGCTTA 110 120 130 140 150 CATTTGCTTC TGACACAACT GTGTTCACTA GCAACCTCAA ACAGACACCA 160 170 180 190 200 TGGTGCACCT GACTCCTGAG GAGAGGTCTG CCGTTACTGC CCTGTGGGGC 210 220 230 240 250 AAGGTGAACG TGGATGAAGT TGGTGGTGAG GCCCTGGGCA GGTTGGTATC 260 270 280 290 300 AAGGTTACAA GACAGGTTTA AGGAGACCAA TAGAAACTGG GCATGTGGAG 310 ACAGAGAAGA CTCTT - 3’ Correction 1/ Oligonucléotides à commander: Sens: 5’ AGGA GCAGGGAGGG CAGGAG 3’ Anti sens: 5’ GTCTCCACATGCCCAGTTTC 3’ • • • • • • • • • • • • • • 5’-AGGA GCAGGGAGGG CAGGAGCCAG 3’-TCCT CGTCCCTCCC GTCCTCGGTC GGTTGGTATC AAGGTTACAA GACAGGTTTA AGGAGACCAA TAGAAACTGG GCATGTGGAG CCAACCATAG TTCCAATGTT CTGTCCAAAT TCCTCTGGTT ATCTTTGACC CGTACACCTC • • AC - 3’ TG - 5’ GGCTGGGCAT AAAAGTCAGG GCAGAGCCAT CTATTGCTTA CATTTGCTTC TGACACAACT CCGACCCGTA TTTTCAGTCC CGTCTCGGTA GATAACGAAT GTAAACGAAG ACTGTGTTGA GTGTTCACTA GCAACCTCAA ACAGACACCA TGGTGCACCT GACTCCTGAG GAGAGGTCTG CACAAGTGAT CGTTGGAGTT TGTCTGTGGT ACCACGTGGA CTGAGGACTC CTCTTCAGAC CCGTTACTGC CCTGTGGGGC AAGGTGAACG TGGATGAAGT TGGTGGTGAG GCCCTGGGCA GGCAATGACG GGACACCCCG TTCCACTTGC ACCTACTTCA ACCACCACTC CGGGACCCGT Cinétique de la PCR Comparaison PCR en point final/ QPCR Modes de détection du produit d’amplification SYBR Green Sondes marquées Sondes TaqMan® (sondes d’hydrolyse) Sondes d’hybridation Principe du FRET Sonde intacte: Q absorbe l’énergie de R qui n’émet pas de fluorescence Lors élongation, activité 5’ exonucléasique de la Taq hydrolyse la sonde Q ne peut plus absorber l’énergie de R qui émet une fluorescence, proportionnelle à la quantité d’ADN nouvellement synthétisée. Comment passer d’une fluorescence à un résultat? (1) 1/ Détermination des Ct Ct= intersection entre la courbe d’amplification et la barre de seuil Bruit de fond Barre de seuil Comment passer d’une fluorescence à un résultat? (2) 2/ Comparaison des Ct Quantification absolue Résultat en nombre de copies Nécessite une courbe standard Quantification relative Résultat: rapport entre Ct ou par rapport au calibrateur Pas de standards mais -un contrôle endogène -un calibrateur Quantification absolue (1) Y= (1+E)n X Qté initiale de la cible Qté de produits de PCR Nbre de cycles Y= 2n X Doublement à chaque cycle Quantification absolue (2) Quantification relative (1) Contrôle endogène: reflet de la qté de matrice par puit doit être identique pour tous les échantillons analysés permet de normaliser les qtés de matrice indroduites Si on met 2x plus de matériel qu’au départ? Quantification relative (2) Les pentes des 2 gènes ne sont pas équivalentes Ici, le ∆CT n’est pas constant quelque soit la quantité de cDNA À retenir: les PCR des 2 gènes (d’intérêt et endogène) doivent avoir une efficience proche (donc une pente équivalente) pour pouvoir calculer des ∆CT ξ Ct Erreur en fonction de l’Efficacité de la réaction PCR 1 2 3 3,32 4 Efficacité 99% 1% 1% 2% 2% 2% 95% 3% 5% 8% 9% 11% 90% 5% 11% 17% 19% 23% 85% 8% 17% 26% 30% 37% 5 6 7 8 9 10 3% 3% 4% 4% 5% 5% 13% 16% 19% 22% 26% 29% 29% 36% 43% 51% 59% 67% 48% 60% 73% 87% 102% 118% 80% 75% 11% 14% 23% 31% 37% 49% 42% 56% 52% 71% 69% 88% 109% 132% 158% 187% Efficience de 85% pour une différence de 1∆CT, l’erreur est de 8% 95% 123% 155% 191% 233% 280% 70% 18% 38% 63% 72% 92% 125% 165% 212% 267% 332% 408% Quantification de l’ARNm d’un gène: Q-RT-PCR Transcription Traduction ADN ARN Gène messager Amplifications géniques Q PCR Amorces- sondes modifications d’expression protéine Présence et localisation Q RT-PCR Immunohistochimie analyse du transcriptome (microarray) Tissue array Anticorps Reverse transcription des ARNm cDNA Reverse trancription d'un ARN messager en ADN complémentaire ARNm 5’ AAAAAA 3’ 5’ 5’ Hybride ARNm/ADNc AAAAAA : Reverse transciptase Oligonucléotide: spécifique hexamers oligo(dt)12-20 3’ 3’ PCR après RT 5’ Hybride ARNm/ADNc AAAAAA 3' 3’ 5’ Dénaturation 5’ AAAAAA Hybridation 3' 5’ Extension 3' PCR classique 5’ 3’ Exemples d’application de la Q PCR ou Q-RTPCR Détermination de la charge virale ex: HIV-1 en suivi du SIDA Détermination de l’amplification d’un gène QPCR ex: HER-2 dans le cancer du sein Détermination de la surexpression d’un gène Q RT-PCR ex: ERα dans le cancer du sein Exemples Exemple 1: -1/ Quel est l’échantillon de cDNA le plus concentré et combien de fois? - 2/ Quel organe exprime le plus d’IL10 et combien de fois plus? Correction 1 Question 1: -Le CT du gène endogène est un reflet de la quantité de cDNA dans l’échantillons Ici le 18S rRNA est le gène endogène ou gène de ménage L’échantillon le plus concentré est celui qui a le CT le plus petit donc le cerveau. -Il existe une différence de 16 -14 = 2 cycles entre les 2 échantillons 22 = 4 donc l’échantillon du cerveau est 4 fois plus concentré que celui du foie Question 2: On compare les ∆CT des 2 échantillons : l’IL10 est plus exprimé dans le foie que dans le cerveau Il existe une différence de 6 CT entre les 2 échantillons donc l’IL-10 est exprimé 64 fois plus dans le foie Exemples Exemple 2: Une culture cellulaire subit un traitement par une drogue. On compare l’expression d’un gène au cours du temps après traitement. Quelle est l’action de la drogue sur l’expression du gène d’intérêt, en fonction du temps? Expression en 2 -∆∆CT Correction 2 On calcule les ∆CT pour chaque temps: ∆CTt0= 35-15 =20 ∆CTt12= 30-15 =15 ∆CTt24= 24-9 =15 ∆CTt48= 34-14 =20 On compare par rapport au temps T0: T12= ∆CTt12-∆CTt0= -5 25=32 T24= 15-20= -5 T48= 20-20=0 Conclusion: la drogue active l’expression du gène d’intérêt d’un facteur 32 entre 12 et 24h après administration. On constate un retour à l’expression basale 48h après traitement.