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Cluster d’Activités Numériques pour
l’Etude des procédés (CANE)
High Performance Computing
Juillet 2013
Laboratoire MSMP
Contact: [email protected]
Pourquoi? Quoi? Comment? Evolution?
Pourquoi?
• Pour le calcul à hautes performances
(EF, VF,…)
• Centralisation des outils de simulation
• Augmentation de la disponibilité des
ressources de calcul
• Facilité de gestion des ressources
• Fonctionnement en réseau (calcul parallèle)
• Evolutivité
2
Quoi?
1 Serveur frontal
 2 Nœuds de calcul
 1 Switch infiniband 36 ports
 1 Baie de stockage (3.5To RAID 5)
 1 onduleur 6000 VA
 1 Armoire de stockage 42U
 OS: Suse Linux Enterprise Server 10.2

3
Quoi ?
Users (ssh –Y [email protected].##)
193.48.195.##
Ananke (Maitre)
Dell PE1950 (2.66 GHz, 16Go RAM)
2CPU X5355
2 DD 146 Gb SAS 15krpm
2007
Baie de stockage MD1000
/data 500 Go SAS RAID5 15krpm
/local 3 To SAS RAID5 15 krpm
Switch InfiniBand Bruit 76 dB
192.168.0.1
Carme (Esclave)
Dell R610 ( 3.33 GHz, 24 Go RAM)
2CPU six cœurs X5680
1 DD 146 Gb SAS 15krpm
2011
192.168.0.2
Pasiphae (Esclave)
Dell R410 ( 2.93 GHz, 24 Go RAM)
2 CPU six cœurs X5670
1 DD 146 Gb SAS 15krpm
2011
Bruit 35 dB
4
Quoi ?
Dell Data Center Capacity Planner
Rack 42 U
Chaleur dissipée 2400 W
Volume sonore (à estimer) > 76 dB
Poids : 280 kg
Consommation électrique: 10,3 A
Onduleur: APC Smart UPS
Dell Open Manage (Interface Web)
Switch infiniband
PE 1950
Baie de stockage
R410 Carme
R610 Pasiphae
Onduleur
5
Quoi ?
Ethernet vs Infiniband QDR (36 ports Mellanox)
Bruit 76 dB
Débit
Latence
Infiniband QDR
Ethernet
40 Gbits/s
1 Gbits/s
1-10 μs
100 μs
Ethernet 1932 s
IB 214 s
Test NAMD/MPI 128 coeurs
Source : Cluster de Calcul du CCT-GBM, Laurent Pierron, 2008
6
Quoi ?
Logiciels et OS
OS: Suse Linux Entreprise Server 10.2 X86-64
Abaqus 6.9-6.10-6.11 Implicit-Explicit
Config MPI
ThermoCalc sur Ananke
Castem2000
Compilateurs C/C++, Fortran (Intel), gnat (ADA),
python
A venir: ANSYS, Mathematica, LS-Dyna, …
7
Quoi ?
Gestionnaire de Taches
SGE
Répartiteur des taches sur les nœuds de calcul suivant leur
charge
# soumission d’un job sous abaqus
$ qsub submitabaqus.sh
# statistique des jobs en cours
$ qstat
# arreter le Job numéro Job-ID
$ qdel Job-ID
#SGE en visuel
$ qmon
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Benchmark sur un CPU:
Comparaison des temps de calcul (CPU min:sec) pour
une simulation Abaqus Explicit (version 6.7-1)
Ananke version 2010
06:18
Ananke version 2011
05:40
-10%
Pasiphae version 2011
03:18
-47%
Carme version 2011
02:51
-54%
9
Benchmark en calcul parallèle HP-MPI:
Comparaison des temps de calcul (CPU min:sec) pour
une simulation Abaqus Explicit (version 6.10EF)
Parallélisation en domaines
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