R programmeur decembre 2016

Ingénieur d’étude ou de recherche biostatisticien
Nous recherchons un biostatisticien avec de solides compétences en
programmation et un intérêt pour les applications biomédicales.
Contexte biomédical
La pharmacovigilance a pour objectif de détecter le plus précocement possible
l’existence d’effets indésirables associés à des médicaments commercialisés.
Jusqu’à présent, elle a reposé sur l’analyse de données de notifications
spontanées (une notification étant la déclaration par des professionnels de santé
(médecins, pharmaciens, ...) à des centres de pharmacovigilance de la survenue
d’événements indésirables dont l’origine suspectée est médicamenteuse). A
l’échelle nationale ou internationale, ces notifications spontanées représentent
de grands ensembles de données. Il a donc été proposé depuis une quinzaine
d’années un certain nombre de méthodes statistiques visant à détecter des
associations statistiques suspectes entre médicaments et effets indésirables (ces
associations sont appelées signaux) au sein de ces grands ensembles de données.
Plus récemment, un intérêt croissant s’est porté sur l’exploitation d’autres
sources données. En particulier, aux Etats Unis, un projet de très grande
envergure s’est focalisé sur l’exploitation de grandes bases privées de données
de remboursement de médicaments. En France, l’exploitation des données du
SNIIRAM (Système national d’information inter-régimes de l’Assurance maladie)
dans le cadre d’études pharmacoépidémiologiques a fait l’objet de travaux
récents. La richesse de cette base de données, l’une des plus grandes bases
médico-administratives au monde, réside dans le fait qu’elle contienne
l’ensemble des remboursements de soins pour la presque totalité de la
population française. De plus ces données sont aussi chaînées au PMSI
(Programme de médicalisation des systèmes d'information), c’est-à-dire aux
séjours hospitaliers. L’accès à ces données est fortement réglementé et nécessite
des demandes spécifiques à la CNIL. Néanmoins, la CNAMTS a fortement facilité
l’accès de la communauté de chercheurs à l’échantillon généraliste des
bénéficiaires (EGB) rassemblant les données du SNIIRAM pour un échantillon au
1/97ème de la population française.
Missions
Ce poste s’inscrit principalement dans le cadre d’un projet de recherche financé
par l’agence nationale de sécurité du médicament (ANSM). Il porte sur la
programmation et l’évaluation d’outils statistiques pour la détection de signaux
dans le cas d’effets indésirables graves (nécessitant une hospitalisation) à partir
des données de l’EGB. Les méthodes statistiques utilisées dans ce projet sont
issues de la biostatistique, de l’épidémiologie et de l’apprentissage statistique. Un
intérêt particulier est porté aux méthodes de type case-only (série de cas, case
crossover) ainsi qu’aux régressions pénalisées de type LASSO.
Le poste pourra être étendu à d’autres types d’analyses et développements
méthodologiques dans le cadre de la détection de signaux en pharmacovigilance.
Il pourra être aussi l’occasion de développer des packages en R.
Diplôme
Le candidat sera titulaire d’un diplôme d’école d’ingénieur en (bio) statistique /
mathématiques appliquées (ENSAE, ENSAI, ISUP, INSA, Agro, Centrale,
ENSIMAG,…) ou d’un M2 de (bio)statistique. Le poste est aussi ouvert à des
candidats ayant un doctorat en Biostatistique.
Compétences recherchées :
- Solides connaissances en statistiques. La connaissance de méthodes
d’apprentissage statistique est un plus, en particulier les méthodes de
régressions pénalisées type LASSO.
- Solides compétences en programmation et algorithmique. Nous
travaillons principalement avec le logiciel R. La connaissance d’autres
langages tels que C/C++ et de Rcpp est un plus. L’expérience du
développement de packages R est aussi un plus
- Gout et aptitudes pour les applications biomédicales.
- Bonne compréhension de l’anglais à l’écrit.
- Qualités rédactionnelles et de synthèse
- La connaissance de SAS ainsi que du langage SQL est un plus.
Le candidat retenu intégrera l’équipe « Biostatistique et Pharmacoépidémiologie
» de l’unité Inserm U1181 « Biostatistique, Biomathématique,
Pharmacoépidémiologie et Maladies Infectieuses » (B2PHI).
L’équipe Biostatistique et Pharmacoépidémiologie, localisée à Villejuif, est
dirigée par Pascale Tubert-Bitter. Cette équipe a notamment développé de
nombreux travaux statistiques pour la détection de signal en pharmacovigilance
à partir des systèmes de notifications spontanées, ainsi qu’une expertise pour
l’exploitation du SNIIRAM en pharmacoépidémiologie.
Contact : Ismaïl Ahmed, Chargé de recherche – [email protected]
Localisation : Hôpital Paul Brousse, Villejuif (Métro ligne 7 - Paul Vaillant
Couturier)
Rémunération
La rémunération est calculée à partir des grilles de l’Inserm. Elle dépend du
diplôme ainsi que du niveau d’expérience. Pour un ingénieur d’étude sans
expérience, il est de 1645 euros nets. Pour un ingénieur de recherche (doctorat
ou diplôme de certaines écoles d’ingénieurs), il est de 1915 euros nets.
Type de contrat : CDD de droit public d’une durée de 12 mois.
Date de début : A partir de février 2017