TP3 : Etablissement des liens de parenté entre les Primates à partir

TP3 : Etablissement des liens de parenté entre les Primates à partir de l'opsine S (bleue)
La comparaison des molécules homologues entre elles est une méthode qui peut aider à établir des liens de parenté
entre les espèces. Cette méthode (dite phénétique) appliquée à plusieurs molécules différentes conduit parfois à des
résultats contradictoires mais statistiquement elle reste un outil assez fin pour affiner les arbres phylogénétiques.
Pb : à partir de la comparaison des séquences nucléotidiques et protéiques des opsines S de différents
Primates, peut-on préciser quelle serait l'espèce la plus proche de l'Homme ?
Objectifs de la séance :
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Ouvrir le fichier Pigments-visuels.aln à l'aide du logiciel Phylogène. Re
Faire un choix judicieux des séquences à comparer en le justifiant par écrit. Rai
Afficher la matrice des distances puis « l'arbre » (en fait le phénogramme). Re
Répondre à la problématique à partir des résultats obtenus. Rai
Production attendue : explication par écrit de la démarche + arbre complété et titré + petite synthèse.
Matériel : Ordinateur + Phylogène + fichier Pigments-visuels.aln
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Aide :
Abréviation dans le fichier Pigments-visuels.aln
Signification
Bos
Bos taurus : Vache, boeuf
Saguinus
Saguinus = Sagouin (singe du Nouveau Monde)
Cebus
Cebus = Capucin (singe du Nouveau Monde)
Saimiri
Saimiri ( singe du Nouveau Monde)
Callit
Callitriche (singe d'Afrique)
HS
Homo sapiens sapiens = Homme
Gorilla
Gorilla = Gorille (singe d'Afrique)
Galago
Galago = Singe nocturne du Sénégal (singe d'Afrique)
Otolemur
Otolemur = genre de Galago (singe d'Afrique)
Mus-muscu
Mus musculus = Souris commune
Macaque
Macaque (singe d'Afrique qui a colonisé l'Asie)
Patr
Pan troglodytes = Chimpanzé commun (singe d'Afrique)
Pan-panis
Pan paniscus = Bonobo (singe d'Afrique)
Ratus-nor
Rattus norvegicus = Rat brun ou Surmulot