Projet PARA Rapport de profiling et d`optimisation du code d
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Projet PARA Rapport de profiling et d`optimisation du code d
Projet PARA Tâche T1 : Comparaison intensive de banques génomiques Rapport de profiling et d’optimisation du code d’indexation CI-2 (T1.4) IRISA / Symbiose UVSQ Contexte de l’étude Le code CI-2 est développé par l’équipe de bioinformatique Symbiose de l’IRISA. Comme le code BLAST (CI-1) il se base sur des techniques d’indexation pour faire de l’alignement de séquences génomiques. La principale différence réside dans le fait qu’au lieu d’indexer la séquence requête et de parcourir la banque, la banque est indexée une bonne fois pour toute et c’est la requête que l’on parcourt. L’objectif est de limiter l’accès aux données. Au même titre que l’analyse effectuée pour BLAST (livrable T1.2), ce code est analysé pour examiner les parties critiques et apporter des solutions d’optimisation. Ce livrable est fourni dans les documents suivants : 1. Présentation du code CI-2 (document ci-2.pdf) 2. Analyse du profiling. C’est la première étape du travail d’analyse et d’optimisation de l’équipe UVSQ. L’ensemble des travaux, pour des raisons de cohérence et de lisibilité, a été regroupé dans le livrable T5.2