fiche de prise en charge echantillon(s)

CONTRAT DE
PRESTATION
Version : 2014-06-24
Responsables : Thierry Jouenne : +33 2-35-14-6680
Pascal Cosette : +33 2-35-14-63-97
Référence du contrat :
Co-responsable : David Vaudry : +33 2-35-14-67-60
VOS COORDONNÉES
NOM :
PRENOM :
LABORATOIRE :
ADRESSE PROFESSIONNELLE :
:
E-mail :
VOTRE DEMANDE D’ANALYSE
DESCRIPTION DE VOTRE DEMANDE :
RÉFÉRENCES DES DOCUMENTS JOINTS :
NOMBRE D’ÉCHANTILLONS :
NATURE DES ÉCHANTILLONS :
Protéine(s)
Peptide(s)
Autres :
ORGANISME(S) DONT SONT ISSUS LES ÉCHANTILLONS :
VOS ECHANTILLONS PRÉSENTENT-ILS DES RISQUES POUR LES EXPERIMENTATEURS :
Si oui, lesquels :
oui
non
QUANTITÉ
DE
MATÉRIELS
BIOLOGIQUES
ET
MÉTHODE(S)
D’ESTIMATION (JOINDRE
ÉVENTUELLEMENT UN DOCUMENT). DANS LE CAS DE GELS 2D OU SDS-PAGE, QUELLE A ÉTÉ LA
QUANTITÉ DE PROTÉINES DÉPOSÉES (JOINDRE L’IMAGE DU/DES GEL(S)) :
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LES ÉCHANTILLONS CONTIENNENT-ILS D’AUTRES MOLÉCULES (ex. détergents, réducteurs) :
oui
non
Si oui, lesquelles et à quelles concentrations ? :
ETAT DE(S) ÉCHANTILLON(S) A ANALYSER :
Liquide
Bande(s) gel SDS-PAGE
Lyophilisé
Membrane PVDF
Spot(s) gel 2D
Autres :
CONDITIONS OPTIMALES DE STOCKAGE DES ÉCHANTILLONS :
CONDITION DE TEMPERATURE POUR L’ENVOI DES ÉCHANTILLONS :
ESTIMATION DE LA DATE D’ENVOI DES ÉCHANTILLONS :
MOYEN DE COMMUNICATION SOUHAITÉ POUR LA DIFFUSION DES RÉSULTATS (ex. e-mail) :
SI TOUS LES ECHANTILLONS N’ONT PAS ÉTÉ UTILISÉS POUR LES BESOINS D’ANALYSE, SOUHAITEZ
VOUS LES RÉCUPÉRER :
oui (conservation minimum 2 ans)
non
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PROPOSITION DE LA PLATE-FORME PISSARO
ANALYSES PROPOSEES :
Gel(s) 1D (1)
Gel(s) 2D (2)
Coloration Nitrate d’Argent (3)
Coloration Bleu Colloïdal (4)
Découpe sur gel (5)
Digestion Trypsique (6)
nano-LC- ESI-Trap(7,10)
nano-LC- ESI-Q-TOF (7,10)
nanoLC- Orbitrap (8)
MALDI-TOF–TOF
(9,10)
Microséquençage d’Edman Nt (11)
Autres analyses:
Commentaire(s) et/ou descriptifs des analyses :
CONDITION(S) DE PREPARATION DES ECHANTILLONS :
DELAI DE TRAITEMENT:
(A réception des échantillons et de tous les documents associés)
COMME CONVENU MUTUELLEMENT, VOTRE DEMANDE SERA RÉALISÉE DANS LE CADRE :
d’une prestation de service payante (validation après retour du devis n°
signé et d’un bon de commande)
d’une prestation interne PISSARO :
d’une collaboration :
dans le cadre d’un financement issu d’un programme de recherche commun
avec participation financière* (définie selon devis n°
à retourner signé accompagné d’un bon de
commande)
sans participation financière* :
* En raison des investissements humains et financiers mis en œuvre par la plateforme de protéomique pour
cette étude (coût estimé à
euros HT dont
euros pris en charge par la plateforme), le demandeur
s’engage à citer les personnes suivantes comme co-auteur(s) lors de valorisations et communications
scientifiques des résultats d’analyse (ex : posters, publications) :
Le nom et le nombre de co-auteurs pourront être modifiés si des analyses complémentaires nécessitent une
autre activité de la plateforme.
Je certifie avoir pris connaissance de toutes les informations notifiées sur les 4 pages du contrat.
Date :
Signature du demandeur et de son responsable
(Précédée de la mention « Bon pour accord ») :
Approbation du responsable de la PFP « PISSARO »:
Date :
Signature :
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Description des prestations
(1) La quantité de protéines déposée et le type de gel d’acrylamide utilisé (taille, % d’acrylamide, linéaire ou à gradient) sont à convenir avec le
demandeur en fonction de l’échantillon et du type d’analyse souhaitée. La prestation comprend la préparation des échantillons protéiques et du
gel d’acrylamide et la migration SDS-PAGE.
(2) Nous disposons de toute une gamme de bandelettes présentant différents gradients de pH immobilisés. Le choix du gradient de pH, la quantité
de protéines déposée, les systèmes de migration 1D et 2D sont à définir avec le demandeur en fonction de l’échantillon et des analyses
souhaitées. La prestation comprend la préparation des échantillons protéiques dans le tampon IEF, la réhydratation des strips, la focalisation isoélectrique et la migration SDS-PAGE.
(3) La coloration au nitrate d’argent habituellement réalisée au laboratoire utilise le paraformaldéhyde (des identifications par LC-MS-MS sont
néanmoins possibles). La prestation comprend la coloration et la numérisation du gel. Les analyses bio-informatiques des gels ne sont pas
incluses mais peuvent être réalisées sur demande (prendre contact avec un des responsables de la plate-forme pour plus d'informations).
(4) La prestation comprend la coloration au bleu colloïdal et la numérisation du gel. Les analyses bio-informatiques des gels ne sont pas incluses
mais peuvent être réalisées sur demande (prendre contact avec un des responsables de la plate-forme pour plus d'informations).
(5) La découpe est réalisée manuellement ou automatiquement avec un automate à partir de gels d’acrylamide selon la demande du client.
(6) La digestion trypsique est réalisée de façon automatisée par l’intermédiaire d’un robot (Multiprobe II, Perkin Elmer). Afin de limiter les
contaminations liées à des transferts d’échantillons, les spots ou morceaux de gels (2x2 mm) sont à déposer dans des microtubes de 1,5 mL ou
dans une plaque 96 puits avec fond conique (Plaque PCR ThermoFast ABgene Low Profile). Pour les microtubes de 1,5 mL, il est préférable que
le volume occupé par les échantillons ne dépasse une hauteur équivalente à un volume de 100 µL (soit environ 9 mm). Dans le cas de spots ou
bandes protéiques révélés au nitrate d’argent, un protocole de décoloration peut être réalisé sur demande, préalablement aux étapes de lavage et à
la digestion. Le bon déroulement de la digestion trypsique est contrôlé par l’intermédiaire d’une protéine témoin intégrée lors du traitement des
échantillons.
(7) La quantité de protéine minimum requise doit être de 50 femtomoles. La performance des appareillages est contrôlée en vérifiant les
paramètres suivants : le signal du TIC doit avoir une intensité supérieure à 2.10 5 avec le système Nano-LC-ESI-Q-TOF 6520 (Agilent
Technologies) et 107 avec le système Nano-LC-ESI-Trap 6340 (Agilent). L'intensité sur les spectres MS de l'ion témoin à 1221.99 m/z pour le
Qtof doit être supérieure à 104. De plus, des BSA (protéine contrôle) sont analysées en début, pendant et en fin d’analyse pour vérifier la
calibration et la sensibilité des appareils au fur et à mesure des analyses des échantillons. Les résultats d’identification de la BSA doivent
présenter des pourcentages de recouvrement supérieur à 45% et l’EIC de l’ion 582.2 m/z de la BSA doit avoir une intensité supérieure à 5.104
pour le Q-TOF et supérieure à 4.107 voire 2.108 pour la Trappe selon le gradient et la chip utilisée. Les données de la Trappe sont ensuite traitées
avec le logiciel DataAnalysis (version 3.4, Bruker Daltonique) dans le cadre d’une analyse qualitative ou par le logiciel QuantAnalysis (version
1.8, Bruker Daltonique) dans le cadre d’une analyse quantitative. Les données du Q-TOF sont traitées avec le logiciel Quantitative Analysis
(version B.05.00, Agilent Technologies) ou par le logiciel MassHunter Qualitative Analysis (version B.05.00, Agilent Technologies) dans le
cadre d’une analyse quantitative.
(8) La quantité de protéine minimum requise doit être de 50 femtomoles. La performance du système d’analyse nanoLC couplé au spectrométre
de masse LTQ Orbitrap-Elite (Thermo Scientific) est validée après vérification des paramètres suivants : le signal du TIC doit avoir une intensité
supérieure à 300 000. L’intensité sur les spectres MS de l’ion témoin à m/z 445.1200 doit être supérieure à 105. Des BSA (protéine contrôle) sont
analysées en début et en fin d’analyse pour vérifier la calibration et la sensibilité de l’appareil au fur et à mesure des analyses des échantillons.
Les résultats d’identification de la BSA doivent présenter des pourcentages de recouvrement supérieur à 50 % ; l’EIC de l’ion 582.3 m/z doit
avoir une intensité supérieure à 5.106 et l’EIC de l’ion 722.3 m/z doit avoir une intensité supérieure à 1.10 7. Les données d’analyse des
échantillons sont ensuite traitées avec le logiciel Proteome Discoverer (version 1.3, Thermo Scientific) dans le cadre d’une analyse qualitative ou
par le logiciel Progenesis (version 4.0.4356.49980, Nonlinear Dynamics) dans le cadre d’une analyse quantitative.
(9) La quantité de protéine minimum requise doit être de 500 femtomoles. L’analyse des échantillons par MALDI-TOF/TOF est réalisée sur un
spectromètre de masse UltraFlex (Bruker Daltonique). L’appareil est piloté avec le logiciel « FlexControl » (v3.3) et les données analysées avec le
logiciel « FlexAnalysis » (v3.3). Les spectres en format informatique (.pdf ou .emf) et/ou papier ainsi que, selon l’analyse, les listes de pics de
masse en .txt, sont fournis au client. Les données brutes peuvent également être fournies sur demande. Le traitement des échantillons ne
comprend pas le dessalage.
(10) Les identifications « classiques » des protéines par recherche bio-informatique dans les banques de données sont incluses dans la prestation.
Elles sont réalisées par l’intermédiaire du moteur de recherche Mascot Daemon (version 2.1.3) et/ou SpectrumMill (version A0303084SR4,
Agilent Technologies). Les rapports d’identification « Peptide Summary report » issus de Mascot sont fournis au client. Il peut également être
fourni sur demande les données brutes des analyses de spectrométrie de masse.
(11) Une quantité minimum de 20 pmoles de protéines ou peptides est requise. Les échantillons peuvent être traités sous forme soluble ou fixés
sur une membrane de PVDF. Préalablement à chaque analyse, la performance du système est validée par le passage d’un « blanc » puis d’un
mélange d’acides aminés standards. Pour le séquençage des protéines ou peptides bloquées en Nt ou en quantité insuffisante, un minimum de 3
cycles sera facturé. L’appareil est piloté avec le logiciel « Procise » (v2.1) et les acides aminés sont déterminés à l’aide du logiciel « Sequence
Pro » (v2.1). Les résultats d’analyse (séquence en acides aminés) sont transmis au client, accompagnés des chromatogrammes sous format PDF.
Tarification
Les tarifs des prestations sont disponibles sur le site internet de la Plate-Forme de Protéomique (http://plateformeproteomique.crihan.fr/ptp/prestations_tarifs/). Un devis est établi avant toute prestation payante entre le client et la PFP. La facturation sera
réalisée en fonction du nombre d’échantillons analysés.
Délai de traitement
Le délai de traitement est convenu mutuellement entre le client et la plate-forme avant toute prise en charge de demande d’analyse. Dans le cadre
de projets faisant appel aux diverses activités de la plate-forme, les délais seront définis au préalable entre le client, le responsable de la plateforme et l’expérimentateur susceptible de prendre en charge les analyses, en fonction de la nature et du nombre d’échantillons. Les délais
initialement convenus avec le client pourront néanmoins être modulés en fonction des résultats obtenus.
Stockages des échantillons et des données
Dès réception, les échantillons sont stockés dans les conditions notifiées par le client. Les réfrigérateurs et congélateurs ne sont pas protégés par
des générateurs de secours lors de coupures électriques mais possèdent néanmoins des enregistreurs de température signalant toutes situations
anormales. Dans le cas d’une anomalie relevée lors du stockage, le client est contacté pour en être informé.
Les données issues des analyses sont stockées sur les disques durs des postes informatiques des appareillages. Les données sont transférées
périodiquement sur un disque dur externe et conservés au minimum durant 4 ans.
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