Exercice « Les zylinases » Z désigne tout acide aminé sauf proline

Exercice
« Les zylinases »
On apprend sur un site Web que les zylinases, enzymes clés du métabolisme chez les
eucaryotes comme chez les procaryotes, hydrolysent spécifiquement les peptides contenant
une proline en troisième position de leur séquence. Les zylinases appartiennent à la super
famille des α/β hydrolases. Elles comprennent 320 résidus d'acides aminés en moyenne et
se caractérisent par une triade catalytique : sérine, acide aspartique, histidine, apparaissant
dans cet ordre dans la séquence. La sérine active est située dans la première moitié de la
séquence, en position 110 en moyenne. Les deux autres résidus de la triade sont situés
respectivement en position 270 et 295 en moyenne.
a/ Centrée sur la sérine active, la signature des zylinases est Z-X-Y-S-X-X-B. Quelle est, à
priori, la probabilité moyenne d'observer cette signature ailleurs dans la séquence de
ces enzymes ?
Z désigne tout acide aminé sauf proline ou glycine ; X désigne un acide aminé
quelconque ;
Y désigne la tyrosine ; S, la sérine et enfin B désigne l'un quelconque des trois acides aminés
aromatiques.
b/
La banque de données associée au site Web contient 253 séquences de zylinases.
Pour 5 d'entre elles, le motif Z-X-Y-S-X-X-B est rencontré plus d'une fois dans leur
séquence.
Ce résultat pouvait-il être attendu?
(Remarque : zylinase est un nom inventé dans cet exercice)
Oct 2006
BioStatistique – Pascal Rigolet - Faculté des sciences Paris XI-Orsay
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