Rapport annuel 2012 - Institut Pasteur de Dakar

Transcription

Fondation Institut
Pasteur de Dakar
Rapport annuel 2012
36, avenue Pasteur
BP 220
Dakar
Sénégal
www.pasteur.sn
Rapport 2012, Institut Pasteur de Dakar
S O M M A I R E
INTRODUCTION
Préambule
Organigramme
Le personnel de l’Institut au 31 décembre 2011
4
8
10
ACTIVITES DE RECHERCHE, D’EXPERTISE ET DE SANTE PUBLIQUE
Unité des Arbovirus et Virus des Fièvres Hémorragiques
Unité de Virologie Médicale
Unité d’Immunologie
Unité d’Immunogénétique
Unité d’Epidémiologie
Unité d’Entomologie Médicale
Unité de Bactériologie Expérimentale
Laboratoire d’Analyses Médicales
Laboratoire de Sécurité Alimlentaire et Hygiène de l’Environnement
15
25
38
45
51
56
68
73
80
UNITE DU VACCIN FIEVRE JAUNE
85
SERVICES COMMUNS
Service Qualité
Service Métrologie / Plateau Commun Technique
Service Médical
Service Informatique
86
88
90
92
ENSEIGNEMENTS ET FORMATIONS
96
PUBLICATIONS ET COMMUNICATIONS
105
2 sur 113
Réseau International des Instituts Pasteur et Instituts Associés
Introduction
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Préambule
L’Institut Pasteur de Dakar (IPD) est une fondation privée de droit sénégalais, à but non lucratif et
reconnue d’utilité publique. Il est membre du réseau international des Instituts Pasteur.
Son objectif est de « contribuer à la santé publique, en Afrique et en particulier au Sénégal, en
menant des activités de recherche, d’enseignement, de formation, d’expertises médicales,
épidémiologiques et biologiques et de production de vaccin amaril ».
Les missions de l’IPD s’articulent autour de cinq composantes : recherche, santé publique,
services, production de vaccins et enseignement.
Les principales thématiques des programmes de recherche concernent :
- (i) les arbovirus et les virus des fièvres hémorragiques : développement de tests de
diagnostic, évolution moléculaire du virus, interactions virus vecteurs, modélisations et
évaluation des risques
- (ii) le paludisme : étude des déterminants immunologiques et des mécanismes
d’acquisition de la protection contre Plasmodium falciparum, compréhension de la
biologie des vecteurs pour une meilleure application des connaissances en mesures
expérimentales de lutte anti vectorielle…
- (iii) les infections respiratoires et diarrhéiques : étude de la diversité des virus et
épidémiologie des infections
- iv) les infections bactériennes : étude des mécanismes de résistance aux antibiotiques.
Ces thématiques notamment celles relatives à des agents pathogènes ayant un cycle complexe
faisant intervenir l’homme, un animal et un arthropode ne peuvent être abordées que grâce à la
complémentarité des équipes pluridisciplinaires présentes au sein même de l’Institut Pasteur de
Dakar (virologue, entomologiste, médecin, vétérinaire, immunologiste, épidémiologiste…) et à la
qualité d’un plateau technique : laboratoire et insectarium de sécurité de niveau 3, animalerie…
En 2012, les activités de recherche ont été valorisées par les scientifiques de l’IPD 36
publications (articles parus dans des revues scientifiques internationales référencées à comité de
lecture ou chapitres de livres) dont 21 en tant que premier ou dernier auteur. Ce nombre est en
augmentation sensible par rapport à 2011 (23 publications dont 12 en premier ou dernier auteur).
Cette année, pour la première fois de son histoire et conformément à son nouvau statut, l’IPD
s’est doté d’un Conseil scientifique composé de six membres :
- Dr Fernando Arenzana-Seisdedos
Chef Unité de Pathogénie virale, Institut Pasteur, Paris. Domaine d’expertise : virologie
(VIH, arbovirus…)
- Pr Cheikh Saad-Bouh Boye
Recteur de l’Université de Thiès, Sénégal. Domaine d’expertise : bactériologie.
- Pr Ogobara Doumbo
Department of Epidemiology of Parasitic Diseases Director, Malaria Research and
Training Center, Mali. Domaine d’expertise : paludisme.
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-
Pr Souleymane Mboup
Chef du Laboratoire de Bactériologie Virologie, Hôpital Le Dantec. Domaine
d’expertise : VIH, tuberculose, paludisme…
Pr Roger Salamon
Directeur de l’Unité Inserm 593, "Epidémiologie, Santé Publique et Développement",
France. Domaine d’expertise : épidémiologie, santé publique, biostatistiques.
Dr Kenneth Vernick
Chef de l’Unité génétique et Génomique des Insectes Vecteurs à l’Institut Pasteur à
Paris. Domaine d’expertise : entomologie.
Les missions de ce Conseil scientifique sont de renforcer le développement scientifique de
l’Institut Pasteur de Dakar et d’accompagner l’élaboration et la mise en œuvre de nouvelles
stratégies scientifiques. Il a tenu sa première réunion du 8 au 11 janvier 2013.
En 2012, l’équipe de Direction de l’IPD a été complétée avec la nomination à compter du 1er
décembre, du Dr Amadou SALL au poste de Directeur scientifique. Le Dr SALL assurera cette
fonction en plus de celle qu’il ocupait déjà de responsable de l’Unité des arbovirus et des virus
des fièvres hémorragiques.
Enfin, toujours dans le domaine de la recherche, le pôle de recherche sur le paludisme de l’IPD a
été renforcé par la création, le 2 mai 2012, de l’Unité d’Immunogénétique avec à sa tête le
Professeur Alioune DIEYE.
Simultanément à leurs activités de recherche, les laboratoires sont engagés dans des activités de
santé publique à travers les centres de référence qu’ils hébergent : centres nationaux de référence
pour la grippe et les virus respiratoires, la rougeole, la poliomyélite et les virus entériques, les
rotavirus, les entérobactéries, la rage et le centre collaborateur OMS pour les arbovirus et les
fièvres hémorragiques virales.
Parmi ces activités menées en 2012, citons : (i) le renforcement du réseau de surveillance
sentinelle de la grippe animé en partenariat avec le Minsitère de la santé et de l’action sociale (5
centres ouverts à la fin de l’année), (ii) la surveillance des poliovirus et entérovirus non polio chez
les patients présentant une paralysie flasque aigue, (iii) la surveillance des arbovirus dans la faune
culicidienne et de vertébrés sauvages, iv) l’évaluation de l’immunité antiamarile de la région de
Kédougou (Sénégal), à la demande de l’OMS et du Ministère de la santé du Sénégal pour évaluer
la pertinence d’une campagne réactive de masse à la suite d’une épidémie en 2011 puisque toute
cette région avait été vaccinée complétement en 2007, et v) la confirmation virologique de 5 cas
de rage humains.
Ces activités de santé publique peuvent dépasser les frontières du Sénégal comme c’est le cas de
la surveillance de la fièvre jaune dans le cadre du réseau OMS des laboratoires de fièvre jaune, ou
lors de l’Investigation de l’épidémie de fièvre de la vallée du Rift en Mauritanie.
L’IPD propose également des activités de services au bénéfice de la population à travers : le
laboratoire d’analyses médicales, le laboratoire de sécurité alimentaire et d’hygiène de
l’environnement qui est le seul laboratoire de ce type au Sénégal accrédité par le Comité français
d’accréditation pour la microbiologie des aliments, le centre de traitement antirabique et le centre
de vaccinations internationales.
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L’Institut a, depuis 1937, une mission originale de production de vaccin antiamaril. Il est le
seul des quatre producteurs de vaccins antiamarils dans le monde pré-qualifiés par l’OMS :
Sanofi-Pasteur (France), Bio Manguinhos (Brésil), l'Institut Chumakov (Russie), à être situé en
Afrique.
L’année 2012 a été marquée par un plan d’actions de grande ampleur suite à l’audit de
l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) effectué en novembre 2011, dans le cadre du
renouvellement de la préqualification du vaccin antiamaril. Ce plan d’actions a été réalisé avec un
appui financier important de l’Institut Pasteur à Paris. La mise en œuvre de ce plan d’actions a été
validée par l’Autorité nationale de contrôle (juillet) et l’OMS (septembre) et a permis la reprise de
la production de vaccins en novembre.
Le projet de construction d’une nouvelle unité de production pour remplacer l’unité actuelle,
mise en service depuis près de 30 ans, qui atteint aujourd’hui ses limites malgré une
modernisation régulière et qui risque à terme de ne plus répondre aux exigences de l’OMS a mûri
mais a été freiné par les difficultés budégtaires rencontées par l’IPD.
La pérennisation de cette activité de production vaccinale à l’IPD est en cohérence avec les
activités d’expertise et de recherche menées dans le domaine du virus amaril. Elle est également
une source de financement et, à ce titre, contribue très largement au soutien des activités de
recherche de l’IPD.
L’Institut Pasteur de Dakar participe à différents enseignements de l’Université Cheikh Anta
Diop de Dakar (faculté de médecine et de pharmacie, master en épidémiologie, master en
entomologie, master d'immunologie des maladies infectieuses) et de l’Université Gaston Berger
de Saint Louis, ainsi qu’à l’Institut Pasteur à Paris. En 2012, l’Institut a accueilli 73 étudiants et
stagiaires sénégalais et étrangers jusqu’au niveau post doctorant ainsi que de nombreux stagiaires
des universités françaises et étrangères.
Enfin parmi les faits marquants de 2012, on peut noter :
- le 18 septembre, la remise officielle par Monsieur le Président de la République Macky
SALL au Dr Amadou Alpha SALL, du Grand prix du Président de la République pour les
Sciences (édition 2011). Ce prix, qui est la plus haute distinction scientifique délivrée au
Sénégal, est venu récompenser un pasteurien pour la première fois.
- le 3 novembre, l’accueil et la visite de l’IPD d’une délégation de 49 congressistes qui
avaient participé au colloque « Science, Enseignement et Technologie pour le
Développement de l’Afrique » organisé conjointement par l’Académie Nationale des
Sciences et Techniques du Sénégal, l’Académie des Sciences de l’Institut de France
(COPED) et le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche du Sénégal.
Dans un contexte budgétaire toujours difficile, l’Institut a réussi en 2012 à préserver l’essentiel et
mener à bien ses missions prioritaires dans le domaine de la recherche et de la santé publique au
profit des populations du Sénégal et de l’Afrique.
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En 2013, l’Institut Pasteur de Dakar devra s’attacher à :
- renforcer ses activités de recherche sur ses ses thématiques traditionnelles (arboviroses et
paludisme et pathologies respiratoires entériques…)
- entretenir et améliorer ses plateaux techniques de recherche (LSB3, …),
- maintenir opérationnel ses stations de recherches de terrain,
- contractualiser les missions de l’IPD avec le Ministère de la santé et de l’action sociale et
le Ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche afin de pouvoir mobiliser des
fonds nécessaires à ses missions.
- augmenter sa capacité de production de vaccin contre la fièvre jaune, tout en continuant à
améliorer les infrastructures de l’unité actuelle et débuter le concrètement le projet de
nouvelle unité
Pr André SPIEGEL
Administrateur Général de l’Institut Pasteur de Dakar
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Organigramme de l’Institut Pasteur de Dakar
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Personnel de l’Institut Pasteur de Dakar
La Direction générale de la Fondation Institut Pasteur de Dakar (IPD) est sous la responsabilité
d’un Administrateur Général qui s’appuie sur une Direction scientifique (DS) devenue
fonctionnelle en 2012 avec la nomination du Dr Amadou Alpha SALL comme Directeur
Scientifique, une Direction Administrative et Financière (DAF), et une Direction des Ressources
Humaines (DRH).
En 2012 le personnel de l’IPD s’est enrichi avec l’arrivée de nouveaux personnels : on peut noter
au LABM, la nomination du Dr Raymond BERCION en qualité de chef de service, le recrutement
du Dr Chantal MAHOU comme pharmacienne biologiste ; le renforcement de l’équipe du
Service médical avec la titularisation du Dr Anta DICKO THIAM ; les arrivées du Dr
Emmanuelle ESPIÉ comme experte au niveau de l’Unité d’Epidémiologie des maladies
infectieuses, de Mr Alioune SOW comme Responsable du Service Approvisionnements.
L’année 2012 est aussi marquée par le rattachement à la DAF du Service de la Maintenance et du
Service des ateliers et Garage qui dépendaient auparavant de la DRH.
La DRH est organisée autour d’une part d’un directeur des ressources humaines et de son
assistante qui ont en charge l’administration et la gestion des ressources humaines (recrutement,
paie, missions, congés, formation, relations avec les partenaires sociaux), d’un standardiste, d’un
vaguemestre, d’un agent de bibliothèque et d’autre part des Services rattachés que sont le Service
médical du travail, le Service Général et les Animaleries de Mbao.
Du 1er janvier au 31 décembre 2012, l’IPD pour la DRH c’est la gestion et l’administration d’une
masse salariale de 2 140 220 526 FCFA (personnel local) et d’un effectif cumulé de 187
personnes, composé de personnels permanents (expatriés et locaux, salariés en contrat de projet)
et d’étudiants stagiaires boursiers, ainsi réparti :
- 169 salariés permanents soit 57 femmes et 112 hommes
- 18 Stagiaires et étudiants boursiers
Effectif au 31.12.2012
Effectif par services
Direction
Laboratoires de Recherche
Laboratoires d’Analyses
Et de Production
Administration
Services Généraux et
Maintenance
Station d’Elevage
Projets
Effectif par personnels
:
:
10
47
:
:
61
13
:
:
:
16
07
09
Personnels scientifiques
Personnels techniques
Employés de Laboratoire
Personnels animaliers
Personnels administratifs
Personnels de maintenance
et de service
Personnels Projets
:
:
:
:
:
13
47
45
07
27
:
:
15
09
Etat nominatif du personnel au 31 décembre 2012
DIRECTION GENERALE
Mr SPIEGEL André
ADMINISTRATEUR GENERAL, Pr, MAEE
Mme ABBEY Camille
ASSISTANTE DE DIRECTION
DIRECTION SCIENTIFIQUE
Mr SALL Amadou Alpha
DIRECTION ADMINISTRATIVE &
FINANCIERE
Mr VIREY Jean Pierre
DAF, IPP
Mme DIOUF GUEYE Khoudia
COMPTABLE
Mme DIAGNE Jeanne Aguida
COMPTABLE
Mme DIENG NDIAYE Fama
COMPTABLE
Mme POSATI AWADI Jocelyne
SECRETAIRE
Mme SOUMAH Amy
SECRETAIRE
Mr SANTIAGO Léonildo
CAISSIER
SERVICE APPROVISIONNEMENTS
Mr DIALLO M. Moustapha
RESPONSABLE DU SERVICE
Mr Alioune SOW
RESPONSABLE APPROVISIONNEMENT
Mr CORREA Jean
RESPONSABLE MAGASIN
Mme TEXEIRA FORTEZ Christine
LINGERE (mi-temps)
Mr KONATE Mohamed Kaba
MANŒUVRE SPECIALISE
SERVICE TRANSIT
Mr DIAGNE Malick
Mme SEYE DIOUF Mame Coumba
DECLARANT EN DOUANE
Mr SONKO Alioune
CHAUFFEUR
SERVICE ATELIERS & GARAGE
Mr TALL Cheikh Amadou Tidiane
Mr DIOP Abdoulaye
CHAUFFEUR
Mr MBODJ Ndiaga
MECANICIEN CHAUFFEUR
SERVICE MAINTENANCE
Mr MENDY Luc Serge
Mr MBAYE Malick
TECHNICIEN SUPERIEUR MAINTENANCE
Mr NDIAYE Simon
OUVRIER FRIGORISTE
DIRECTION DES RESSOURCES
HUMAINES
Mr FALL Abdoulaye
DRH, CAT
Mme SECK Jeanine
SECRETAIRE
Mr BODIAN Yancouba
STANDARDISTE
Mr BODIAN Assane
VAGUEMESTRE
BIBLIOTHEQUE
Mr NDIAYE Mame Biram
AGENT D'ADMINISTRATION
SERVICE GENERAL
Mr KANE Gabriel
AGENT DE SERVICE
Mr DIALLO Alpha Bocar
ANIMALERIES DE MBAO
Mr NIANG Alassane
Mr CAMARA Ndiaye
AGENT D'ELEVAGE - CHEF D'EQUIPE
Mr DIEME Malang
AGENT D'ELEVAGE - CHEF D'EQUIPE
Mr SOW Ibrahima
AGENT D'ELEVAGE
Mr DIALLO Seydou
AGENT D'ELEVAGE
Mr KA Abdoulaye
AGENT D'ELEVAGE
Mr SALL Seydina Issa
SERVICE MEDICAL
Mr DIALLO Mamadou Korka
MEDECIN CHEF DU SERVICE, CAT
Mme DICKO THIAM Anta
MEDECIN, CAT
LABO. BIOLOGIE MEDICALE
Mr BREUREC Sébastien
RESPONSABLE DU SERVICE (au 21.07.12)
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Mr BERCION Raymond
RESPONSABLE DU SERVICE, Dr Med, MAE
Mr ADAMOU AROUNA Omar
PHARMACIEN BIOLOGISTE, CAT, Dr Ph
Mr SECK Abdoulaye
Mme DOUALA DJEMBA MAHOU Chantal
Mr CISSE Ousmane
TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO., Major
Mr DIENG Falilou
TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO.
Mme NIATI Ivina Estelle
RESPONSABLE QUALITE
Mr SAMATEY Hassan Léopold
Mme SANKARE Jocelyne
TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO.
Mme DIAGNE LOUM Fatou Kiné
Mr MBAYE Alioune Badara
Mme SENGHOR WILLIAM Anne Marie
Mr BADIANE Diogoye
Mr BISSILA Armel Vivien
Mme NDIAYE DIALLO Rouguiétou
TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO
Mme DJIGUEUL MBAYE Rokhaya
Mr DRAME Khadim
Mme THIAM Mame Fakha Yamilé
Mme DIEYE MBAYE Fatimatou B.R.
Mme FALL MBODJ Ndèye Marième
INFIRMIERE
Mme SARR Geneviève
INFIRMIERE (mi-temps)
Mme BA SY Ndèye Marième
Mme NDENE MANGA Stella Maris
INFIRMIERE
Mme SANE COLY Amy
Mr FALL El Hadji Malick
CHARGE CLIENTELE
Mlle PINA Patricia
SECRETAIRE - CHEF D'EQUIPE
Mme LY DEME Astou
SECRETAIRE
Mme FAYE DIAM Henriette
SECRETAIRE
Mme AGNE YACINE Nadia
SECRETAIRE
Mme TALL GUISSE Awa
SECRETAIRE
Mme DJIGUEMDE B. Piyalo Yolande
SECRETAIRE
Mme MBODJ NDECKY Delphine
SECRETAIRE
Mr KONATE Samba
AIDE DE LABORATOIRE
Mr GNINGUE Djibril
AGENT DE LABORATOIRE
Mr BOLY Mamadou
Mr DIALLO Mamadou Chérif
Mr DIENG Mamadou
SERVICE QUALITE
Mme DIOP Maimouna
RESPONSABLE DU SERVICE, CAT
Mr GNING Babacar
CADRE - ASSISTANT QUALITE, CAT
LABORATOIRE de SECURITE
ALIMENTAIRE ET d’HYGIENE DE
L’ENVIRONNEMENT
Mme SOW GASSAMA Amy
CHEF D’UNITE, Pr, PhD, Chargée de recherche
Mme MBOW SARRE Maram
RESPONSABLE TECHNIQUE
Mme MANSALY GOMIS Colette
RESPONSABLE QUALITE
Mr GAYE Ibra Fall
CHARGÉ CLIENTÈLE
Mme DEME NDIAYE Mame Fatou
Mr DEME Saïdou Nourou
Mr FALL Pape Mawade
Mlle BASSE Catherine Marie
SECRETAIRE
Mr DASYLVA Vincent
AIDE DE LABORATOIRE
Mr CABO Joseph Gabriel
UNITE DE BACTERIOLOGIE
EXPERIMENTALE
Mme SOW GASSAMA Amy
CHEF D’UNITE, Pr, PhD, Chargée de recherche
Mr WANE Abdoul Aziz
Mr GUEYE Amadou Moctar
AIDE DE LABORATOIRE
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UNITE DES ARBOVIRUS & VIRUS
DES FIEVRES HEMORRAGIQUES
UNITE D'ENTOMOLOGIE
MEDICALE
Mr SALL Amadou Alpha
CHEF D’UNITE, PhD, Chargé de recherche
Mr FAYE Ousmane
CHARGE DE RECHERCHE, PhD
Mr FAYE Oumar
STAGIAIRE DE RECHERCHE
Mme SYLLA BA Rouguiétou
Mme MONDO Mireille
Mr DIAGNE Modou
Mr NDIAYE Maguèye
Mr DIA Moussa
Mr NDIAYE Oumar
Mme NDIAYE DANFAKHA Mama
SECRETAIRE
Mr FORTEZ Carlos
AGENT TECHNIQUE DE LABO.
Mr BADIANE Idrissa
AIDE DE LABORATOIRE
Mr DIALLO Ibrahima
Mr NDIAYE Modou
Mr GUEYE Mbaye
Mr DIALLO Mawlouth
CHEF D’UNITE
Mr BA Yamar
CHARGE DE RECHERCHE
Mr DIA Ibrahima
CHARGE DE RECHERCHE
Mr THIAW Amadou
AGENT TECHNIQUE DE LABO.
Mr DIOUF Momar
AIDE DE LABORATOIRE
Mr BODIAN Abdou Karim
MANGA Maodo Malick
UNITE DE VIROLOGIE MEDICALE
Mr DIOP Ousmane
CHEF D’UNITE, Détaché
Mme NIANG NDIAYE Mbayame
CHARGEE DE RECHERCHE, PhD
Mr NDIAYE Abdel Kader
ASSISTANT DE RECHERCHE, Dr Med
Mme FALL DIOUF Aïchatou
Mr FALL Hamet
Mr FAYE El Hadj Abdourahmane
Mme GOUDIABY GUEYE Déborah
Mr SY Atab
Mr KEITA Moussa
SERVICE INFORMATIQUE
Mme NJIWA SARR Haby
RESPONSABLE DU SERVICE, CAT
Mr DIOUM Demba
INGENIEUR INFORMATICIEN, CAT
UNITE D'EPIDEMIOLOGIE
Mr TALL Adama
CHEF D’UNITE, Chargé de recherche, Dr Med,
PhD
Mr RICHARD Vincent
ADJOINT, Dr Med, HDR, MAEE
Mme ESPIE Emmanuelle
EXPERT
Mme DIENE SARR Fatoumata
MEDECIN
Mr FAYE Joseph
Mr BADIANE Abdoulaye
INFIRMIER
Mr DIAKHABY Gaoussou
AIDE DE LABORATOIRE
UNITE VACCIN FIEVRE JAUNE
Mr Stéphane CHAMBAUD
PHARMACIEN RESPONSABLE, FEI
UNITE PRODUCTION VACCIN FIEVRE
JAUNE
Mr NDIAYE Djibril
RESPONSABLE DE PRODUCTION, CAT
Mme NDIAYE SARR Adama
Mr SOUMARE Assane
Mr SECK El Hadji Oumar
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Mr SAMBOU Lamine
AIDE DE LABORATOIRE
Mr DIONE Ndick
AIDE DE LABORATOIRE
Mr SENE Demba
AIDE DE LABORATOIRE
Mr DIA Amadou
LABO. DE CONTROLE DE QUALITE
Mr DIATTA Antoine-Marie
PHARMACIEN CONTROLEUR
Mme DIALLO FALL Ramata
Mme GADJI COUNDOUL Khadidiatou
Mme FAYE COULIBALY Nd. Nas.
Mr DIA Mamadou
UNITE D'IMMUNOLOGIE
Mme TOURE Aïssatou
CHEF D’UNITE
Mr DIOUF Babacar
Mr THIAM Alassane
Mr FAYE Michel Matar
Mr SAMB El Hadji Oumar
AIDE DE LABORATOIRE
Mr DIOP Malick
UNITE D’IMMUNOGENETIQUE
Mr DIEYE Alioune
Chef de laboratoire
Mr THIAM Alassane
(en décembre 2012)
METROLOGIE
Mr DIAKITE Mamadou
CONTRATS DE PROJET
UNITE DE VIROLOGIE MEDICALE
Mr KIORI Davy Evard
Mr CISSE El Hadji Abdoul Khadir
Mr KEBE Ousmane
Mme CAMARA Oumou
QUALITICIENNE
Mme BALDE SECK Fatoumata
UNITE DES ARBOVIRUS & V.F.H.
Mme FOFANA SOW Fatoumata Bintou
TECHNICIENNE SUPERIEURE QUALITE
Melle BA Arame
Melle MBAYE Khardiata
Mme FALL DRAME Gamou
CHERCHEUR
Mme DOS REIS VARELA Marie-Louise
POST DOCTORANT
UNITE DES ARBOVIRUS & V.F.H. (Station de
Kédougou)
Mr SOW Abdourahmane
MEDECIN
Mr SADIO Bacary Djilokalisse
UNITE D'ENTOMOLOGIE MEDICALE
Mr DIALLO Diawo
CHERCHEUR
Mr FALL Bidiel
CHAUFFEUR
UNITE D’IMMUNOLOGIE
Mr NIANG Makhtar
CHERCHEUR
UNITE DE BACTÉRIOLOGIE EXPÉRIMENTALE
Melle NIANG Aïssatou
CHERCHEUR
Départs à la retraite au 31 décembre 2012
Mamadou Moustapha DIALLO
CHEF DES APPROVISIONNEMENTS
Malang DIEME
AGENT D’ELEVAGE
Autres départs
Mr Sébastien BREUREC
RESPONSABLE DU LABM (21.07.12)
Mr Omar ADAMOU AROUNA
LABM (01.05.12)
Mr Pape Mawade FALL
LSAHE (30.09.12)
Mr Ousmane DIOP
UNITE DE VIROLOGIE MEDICALE (01.07.12)
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Activités de recherche, d’expertise
et de santé publique
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Unité des arbovirus et des virus des fièvres hémorragiques
Personnel de l’unité
Responsable scientifique : Amadou Alpha SALL, Chef de laboratoire, PhD
Adjoint : Ousmane Faye, Chargé de recherche, PhD
Autres personnels scientifiques : Oumar Faye, Assistant de recherche, PhD, Gamou Fall Dramé, Post
doctorant, PhD, Abdourahmane Sow, MD
Collaborations et partenariats
Institut Pasteur de Dakar
- Unité d’entomologie médicale: Dr Mawlouth Diallo, Dr Yamar Ba, Dr Ibrahima Dia
- Unité de virologie médicale : Dr Mbayame Niang, Dr Kader Ndiaye
- Unité d’épidémiologie : Dr Adama Tall, Dr Fatoumata Diène – Sarr
- Unité d’immunologie : Dr Aissatou Touré
- Centre de vaccination anti-rabique : Dr Korka Diallo
Au niveau national :
- Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Pr Mbacké Sembène
- Université de Thiès : Pr Cheikh Saadibou Boye.
- Institut Sénégalais de Recherches Agricoles : Moustapha Lô
- IRD : Jean Marc Duplantier, Khalilou Ba, Laurent Grangeon
- Ministère de la santé et de la prévention médicale : Dr Aboubakry Fall, Dr Oumar Ba, Dr
Mamadou Ndiaye, Dr Youssoupha Ndiaye, Dr Cheikh Saadibouh Senghor, Dr Doudou Sène,
Dr Ndao (Ninefecha), Mr Mansaly, Mr Faty
- Service de Santé des armées : Mr Tine, Mr Aziz Ndiaye
- Hôpital de Fann Clinique des Maladie Infectieuses : Pr Bernard DIOP, Sylvie Diop,
- Hopital Principal de Dakar : Pr Bakary Diatta, Dr Mansour Fall, Dr Khalifa Wade
- Hopital Aristide le Dantec : Pr Thérèse Moreira
- Ecole Inter états de Science et Médecine Vétérinaire : Pr R. Alambedji, Dr Philippe Koné
- Représentation nationale de l’OMS à Dakar : Dr M Coly
Au niveau international :
- Columbia University of New york: Pr Ian Lipkin
- Penn State University (Etats Unis) : Dr E. C. Holmes
- Université de Sao Paulo (Brésil) : Dr P. M. de A. Zanotto
- Centre National d’Hygiène, Nouakchott (Mauritanie) : Dr Hampaté Bâ
- Institut Pasteur Paris: Dr Hervé Bourhy, Dr Laurent Dacheux
- Institut Pasteur de Côte d’Ivoire : Dr Edgar Adjogoua
- Institut Pasteur de Bangui : Dr Emmanuel Nakouné
- Université de Gottingen : Dr Manfred weidmann et Dr Frank Hufert
- Université de Galveston au Texas : Pr Scott Weaver, Dr Nikolas Vasilakis
- Université du nouveau Mexique : Pr Kathy Hanley
- John Hopkins University : Pr Derek Cummings
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-
Université de Vienne : Tim Skern
Robert Koch Institute : Matthias Niedrig
Réseau des laboratoires Fièvre Jaune de l’OMS, Région Africaine : Dr Annick Dosseh
Introduction
L’unité des arbovirus et virus des arbovirus est un Centre Collaborateur OMS pour les arbovirus et
virus de fièvres hémorragiques, Centre régional de référence pour le réseau OMS des laboratoires de
diagnostic de la fièvre jaune et Centre d’expertise FAO pour la fièvre de la vallée du Rift. L’unité
abrite aussi le centre national de référence sur la rage. En 2012, cette unité compte 23 membres
incluant 6 cadres scientifiques nationaux (un chef de laboratoire, un chargé de recherche, un assistant
de recherche, 1 médecin chargé des activités de terrain, 1 post-doctorant, une responsable de la
qualité), 8 techniciens supérieurs, 1 étudiante en thèse, 2 étudiants en master, 5 agents techniques de
laboratoire et 1 assistante administrative.
En 2012, les priorités de l’unité ont porté sur :
- le développement et le renforcement des missions de l’unité dans les domaines la recherche et
les activités de santé publique – investigations d’épidémie de fièvre jaune et évaluation de
risque de fièvre jaune et
- le renforcement de la démarche qualité au niveau de l’unité notamment pour les activités de
diagnostic, de l’isolement et de l’identification des arbovirus mais aussi dans certains projets
de recherche. Aussi, 2 master de biologie animale et un master de santé publique ont été
soutenus sur les cinétiques de réplication des virus West Nile et Zika et sur l’enquête de
couverture vaccinale du virus de la fièvre jaune respectivement.
1. Activités de recherche
En 2012, les activités de recherche sur les arbovirus et virus de fièvres hémorragiques peuvent être
regroupés en 5 thématiques: développement et amélioration d’outils de diagnostic, l’évolution
moléculaire des arbovirus, les interactions virus-vecteurs, modélisation et évaluation des risques
d’émergence et découverte de nouveaux pathogènes.
1.1. Développement et amélioration d’outils de diagnostic
1.1.1. Développement de tests rapides de terrain pour le diagnostic, le contrôle et la gestion des
épidémies de fièvre hémorragique virales (VHF-Diagnostics)
Ce projet de recherche avait été financé par le programme FP6 – INCO de la commission européenne.
Il s’agit d’une collaboration entre 3 laboratoires européens (Institut de virologie de l’Université de
Gottingen en Allemagne, Institut Pasteur à Paris, Institut pour le contrôle des maladies infectieuses en
Suède) et 4 laboratoires africains (IPD, Centre de surveillance pluri-pathologique de l’OMS à
Ouagadougou, le Centre Charles Mérieux au Mali et l’Institut de Microbiologie à la faculté de
médecine à l’Université de Conakry) et une PME allemande (Mikrogen) spécialisée dans les tests de
diagnostic sur bandelettes. Au sein de l’UAVFH, les Drs Amadou A Sall et Ousmane Faye en sont
responsables.
Objectifs : i) Développer des tests rapides destinés aux postes de santé comme outil de première ligne
sous forme de bandelettes pour le diagnostic de 7 FHV (FJ, LAS, DEN, MAR, EBO, FVR, fièvre de
Crimée- Congo) et ii) une plateforme mobile de RT-PCR en temps réel pour le diagnostic et la prise en
charge des cas de FHV.
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Méthodes : Pour le développement des bandelettes dites line-assays (LA), les protéines recombinantes
virales pour les 7 VFH seront exprimées dans le système RTS 500, S2 ou PGEX, purifiés puis déposés
en parallèle à l’instar d’un code barre sur les bandelettes de nitrocellulose. Ces dernières ont été
utilisées pour la détection des anticorps IgM. Pour le développement de la plateforme mobile de RTPCR en temps réel, un protocole d'extraction d'ARN adapté au terrain, des mélanges réactionnels
lyophilisés et des amorces et sondes optimisées pour chacune des FHV ciblées seront développés. Les
bandelettes et la plateforme mobile seront validées au laboratoire - à l’aide d’une sérothèque
constituée à cet effet - et sur le terrain lors d’épidémies.
Résultats : En novembre 2010 à la fin du financement de l’UE, la plateforme mobile de RT-PCR en
temps réel était opérationnelle après avoir été validée à Kédougou et utilisée au Cap vert, en
Mauritanie et en Ouganda pour des épidémies de dengue, fièvre de la Vallée du Rift et fièvre jaune.
Par ailleurs, le premier prototype de bandelette LA a été réalisé, pré- évalué au niveau des laboratoires
du consortium. Cependant ses performances limitées avaient justifiées la réalisation d’un deuxième
prototype évalué en 2011 dans des laboratoires du consortium et en 2012 une évaluation
multicentrique sur le terrain dans 5 pays d’Afrique (Burkina Faso, Guinée, Mali, République
démocratique du Congo et Sénégal) et 25 sites a été mis en oeuvre. Ainsi, grâce à un financement de la
coopération allemande GIZ, un atelier regroupant 25 participants travaillant dans des laboratoires de
terrain au Burkina Faso, Guinée, Mali et Sénégal a été organisé à Dakar en juillet 2012 et a permis de
i) faire le point sur les besoins et la situation des fièvres hémorragiques dans les différentes régions de
ces pays, ii) discuter de la mise en œuvre avec une démarche d’assurance qualité du protocole
d’évaluation dans les sites de chaque pays iii) former les participants à l’utilisation du second
prototype de LA iv) distribuer le matériel nécessaire à la mise en oeuvre de l’évaluation. A l’issue de
cet atelier, un contrôle de qualité a été organisé en Novembre 2012 avec tous le participants dans leur
site de travail et permis de valider les compétences acquises durant l’atelier sur le site de terrain de
chaque pays. Ensuite les différents participants du projet ont commencé à tester les sérums de patients
répondant à la définition de cas de fièvres hémorragiques virales définis par le protocole.
Conclusion et perspectives : Au cours du 1er trimestre 2013, les différents sites de terrain au niveau des
pays vont finaliser la validation du second prototype et permettre les améliorations de la bandelette
avec un 5eme prototype si nécessaire. Aussi, un atelier sera organisé à Kinshasa pour l’évaluation des
bandelettes dans ce pays et une journée d’information sera organisée au début du mois d’avril 2013 à
l’attention de l’OMS et des ministères de la santé des différents pays où les tests ont été évalués pour
faire connaître le test de diagnostic en question et favoriser son utilisation dans ces pays.
1.1.2. Développement d’une méthode de détection rapide des flavivirus au chevet du malade
(point of care)
Ce projet est financé par le gouvernement allemand est une collaboration entre les universités de
Freiburg, Gottingen et l’Institut Robert Koch en Allemagne et l’Unité d’Arbovirologie de l’Institut
Pasteur de Dakar dont le rôle est de contribuer à la validation technique et opérationnelle des tests et
de l’équipement utilisé. Le Dr Oumar Faye en assure la mise en oeuvre de ce projet.
Objectif : L’objectif de ce projet est de mettre au point une méthode de détection rapide, quantitative
et en une seule étape pour la recherche des flavivirus au chevet du malade. Au niveau de l’UAVFH,
l’objectif est valider les tests et équipements utilisés pour ce projet dans la perspective d'améliorer
notre plateau de diagnostic moléculaire et surveillance des infections fébriles aigues.
Méthodes: Dans la perspective d’utiliser la méthode de détection Recombinase Polymerase
Amplification (RPA) pour une amplification en 15 minutes du génome viral, des amorces et sondes
ciblant la polymérase des flavivirus ont été mis au point et optimisés et testés sur les différents
flavivirus circulant en Afrique (Kédougou, Yaoundé, Zika, Koutango, Uganda S, Spondweni,
Wesselsbron, Dakar bat, Sepik, Bouboui).
Résultats : Les amorces ont permis de détecter les flavivirus testés et circulant en Afrique avec un
seuil de détection de 10 – 100 copies/ réactions. Grâce à une visite du Dr Patel à l’IPD, le test et les
équipements pour l’utiliser au chevet du malade ont été évalués avec succès sur les prélèvements
humains et de moustiques infectés par le virus de la fièvre jaune.
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Conclusions et perspectives : La technique de RT-PCR mise au point est utilisée en routine au sein de
notre unité et la méthode a été publiée dans Virology journal. Une validation sur le terrain est prévue
pour le format au chevet du malade en Avril 2013.
1.2. Evolution moléculaire des arbovirus et virus de fièvres hémorragiques
En 2012, les projets de cette thématique ont porté sur l’étude de la variabilité du virus West Nile et la
caractérisation génétique du virus Ntaya.
1.2. 1. Evolution moléculaire du virus West Nile
Ce projet Euro West Nile est financé par l’Union Européenne dans le cadre du FP 7 qui est un
consortium de 16 instituts européens et l’IPD. Au niveau de l’UAVFH, les Dr Amadou A Sall et Dr
Gamou Fall Dramé, post-doctorant y sont impliqués.
Objectif : L’objectif est d’analyser la diversité des souches de WN en séquençant les génomes
complets des souches des lignées 1, 2, 8, et Koutango.
Méthode : Elle consiste à séquencer les régions codantes des protéines de l’enveloppe (E), de la
polymérase NS5 et de la zone NS5/ 3’NC de souches des souches de WN de différentes régions du
Sénégal et d’Afrique, d’hôtes et contextes épidémiologiques différents puis à partir de ces séquences
préliminaires de séquencer les génomes complets de ces virus en générant des produits PCR
chevauchants pour couvrir la totalité du génome.
Résultats : En 2012, l’analyse de 20 génomes complets de lignées 1, 2 et Koutangou a permis de
confirmer la tendance identifiée par les résultats préliminaires : i) plus de diversité au sein de la lignée
1 par rapport aux lignées 2 et Koutango ii) de nombreuses substitutions d’acides aminés le long du
génome et l’existence de séquences de 4 acides aminés ou plus variant d’une lignée à une autre iii) des
variations importantes du site de glycosylation à la position 154 de la protéine d’enveloppe qui peut
avoir un impact non négligeable sur la transmission du virus dans la nature. En outre, l’analyse des
souches de la région de Dakar-Bango en 1989 a permis de montrer que la lignée 2 du virus West Nile
est présente au moins depuis cette date bien qu’elle n’ait été détecté à Barkédji qu’à partir de 1997.
Conclusion et perspectives : L’analyse approfondie des séquences des souches du virus West Nile au
Sénégal devraient nous permettre de mieux comprendre sa circulation au Sénégal et le rôle du parc
ornithologique du Djoudj (Dakar Bango) - site d’entrée des oiseaux migrateurs en provenance
d’Europe - sur les liens entre les souches africaines et européennes.
1.2.2. Caractérisation génétique du virus Ntaya
Ce travail a été mené en collaboration avec l’Université de Göttingen en Allemagne et concerne le
virus Ntaya, un flavivirus non caractérisée à ce jour.
Objectif : déterminer le génome complet du virus Ntaya et de le comparer aux autres flavivirus.
Méthodes : La souche Ntaya isolée au Cameroun en 1966 a été cultivée et l’ARN extrait et
caractérisée par séquençage à haut débit.
IRésultats : L’analyse de la souche de Ntaya a montré qu’il est proche des souches Bagaza au sein du
genre flavivirus.
I. 2.1.4. Conclusion: Les résultats obtenus ont fait l’objet d’une publication dans Virus Genes.
1.3. Interaction des arbovirus avec leurs vecteurs
En 2012, les projets de cette thématique ont porté sur les interactions des virus West Nile et Zika avec
leurs vecteurs ou cellules - hôtes.
1.3.1. Interaction du virus West Nile avec son vecteur sauvage et domestique.
Ce projet fait l’objet d’un post-doctorat mené par Dr Gamou Fall Dramé au sein de l’unité des
Arbovirus et Virus de Fièvres Hémorragiques, en collaboration avec l’unité d’entomologie médicale
de l’Institut Pasteur de Dakar. En 2012, il a accueilli un étudiant en master, Mr Martin Faye.
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Objectif : L’objectif principal est l’étude des interactions du VWN avec son vecteur sauvage (Culex
neavei) et domestique (Culex quinquefasciatus) et l’impact de la diversité du virus à travers les
différentes lignées et de la glycosylation de la protéine d’enveloppe.
Méthodes : Des stocks viraux été préparés en infectant des cellules AP61 (Aedes pseudoscutellaris,
clone 61). Des moustiques Culex sauvages et domestiques ont été infectés avec les stocks viraux pour
l’analyse des compétences vectorielles. Pour cela, des dissections de moustiques ont été effectuées à
différents temps après infection, suivis de broyage et PCR pour voir l’infection des moustiques, la
dissémination des virus, et leur transmission dans la salive. En parallèle, des cellules AP61 vont être
infectées avec les surnageants issus des broyages, et la présence de virus va être confirmée par des
tests d’immunofluorescence indirecte. Par ailleurs, des cellules de moustiques (AP61) et de
mammifères (Vero) qui ont été infectés aves les lignées du VWN testés avec les moustiques pour
analyser leur cinétique de réplication in vitro.
Principaux résultats : L’infection expérimentale des 2 espèces de Culex a montré qu’elles sont
compétentes et capables de transmettre la lignée 1 mais que les lignées 2, 8, et Koutango ne sont pas
transmises dans la salive. Étant donné que la lignée 1 possède un profil de site de glycosylation
différent des autres lignées, ce résultat pourrait suggérer à l’instar d’études antérieures un rôle de la
glycosylation dans la transmission du VWN. L’étude in vitro de cinétique de la réplication des
différentes lignées du VWN a montré qu’elles sont généralement comparables dans les cellules de
moustiques (AP61) ou de mammifères (Vero) même si quelques différences ont été mises en
évidence notamment au niveau de l’entrée des virions dans les cellules.
Conclusion et perspectives : Cette étude a donc permis de mieux comprendre la diversité des VWN en
Afrique particulièrement au Sénégal, et son impact sur le plan biologique. L’utilisation de clones
infectieux devrait permettre de mieux caractériser le rôle cette diversité notamment au niveau du site
de glycosylation de la protéine d’enveloppe dans la transmission du VWN. Ces résultats seront publiés
en 2013.
1.3.2. Interaction du virus Zika (VZIK) avec son vecteur sauvage et domestique : cinétique de
réplication in vitro des différentes lignées.
Ce projet est mené en collaboration avec l’unité d’entomologie médicale où il fait l’objet d’une thèse
sur l’impact de la diversité du VZIK sur la transmission par ses vecteurs sauvages et domestiques. Au
niveau de l’UAVFH, il est mené par une étudiante en master, Mlle Naïmah Zen, sous la supervison du
Dr Oumar Faye, pour évaluer in vitro l’impact de la diversité sur la réplication.
Objectif : Evaluer l’impact de la recombinaison de souches du virus Zika sur des cellules de vertébrés
(Vero) et d’invertébrés (AP61).
Méthodes : Des stocks de 2 souches non recombinantes (ArD165522 et ArD131912) et 2
recombinantes (ArD128000 et ArD157995), appartenant à 2 lignées ont été utilisés pour infecter de
cellules AP61 et Véro et suivre leur cinétiques de réplication à 22, 28, 50, 75, 99, 124 et 146 heures
post-infection (hpi) dans les cellules et les surnageants par RT-PCR temps réel, titrage et
immunofluorescence.
Principaux résultats : Les cinétiques de réplication sont comparables pour les souches recombinantes
et non recombinantes même si la souche recombinante ArD128000 qui n’a pas de site de glycosylation
à la position de l’asparagine 153 a présenté une plus faible réplication que les autres souches testées.
Aussi les différentes souches se répliquent mieux dans les cellules AP61 que Vero. Enfin, les souches
non recombinantes ArD131912 de la lignée 2 et ArD165522 de la lignée 1, ont présenté un profil de
réplication comparable sur les cellules AP61 mais différents sur les cellules Vero.
Conclusion et perspectives : Ces résultats ne nous permettent pas de conclure à un impact réel de la
recombinaison sur la réplication du VZIK dans les 2 systèmes cellulaires étudiés et appellent à faire
une étude plus approfondie avec plus de souches et de lignées.
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1.4. Modélisation et évaluation des risques d’émergence des arbovirus et virus de fièvres
hémorragiques
En 2012, cette thématique est abordée au travers 2 projets présentés ci dessous.
1.4.1. Mécanisme d’émergence de la dengue selvatique et de chikungunya
Ce projet financé par le National Institute of Health (NIH) à hauteur de 1,5 million de dollars US pour
l’Institut Pasteur de Dakar est mené en collaboration avec l’unité d’entomologie médicale. Le Dr
Amadou A Sall en est le co-investigateur principal et au niveau de l’UAVFH, les Dr Oumar Faye et
Abdourahmane Sow sont chargés de la mise en œuvre technique au laboratoire (analyses virologiques)
et sur le terrain (composante humaine) respectivement.
Objectif : Comprendre les mécanismes d’émergence de la dengue et chikungunya dans le contexte de
transmission selvatique.
Méthodes : La dynamique de transmission et d’émergence des 2 virus est analysée à Kédougou -site
où la surveillance humaine et entomologique a permis de détecter régulièrement leur activités - à
travers 3 composantes : i) humaine qui repose sur 7 structures de santé pour le recrutement de cas
sévères et un suivi longitudinal des élèves des écoles ii) entomologique avec l’analyse des vecteurs et
leur bio-écologie iii) primates qui consiste à analyser la circulation des arbovirus dans cette région
chez les primates. Les différents prélèvements sont testés pour la recherche de virus ou d’anticorps
IgM et IgG vis-à-vis des VDEN, VCHIK et autres arbovirus (fièvre jaune, Zika, West Nile) par des
méthodes sérologiques, moléculaires et virologiques.
Résultats : En 2012, 3416 patients ont été inclus dont 51 % avec des gouttes épaisses négatives soit
1739 échantillons. Une cohorte de 958 élèves a été prélevée au mois de Mai 2012. Durant l’année
scolaire, 29 élèves présentant un syndrome infectieux ont été inclus et suivis. Des anticorps IgM antivirus Zika ont été détectés au mois d’Octobre et semble être un cas sporadique et l’analyse des IgG et
anticorps neutralisants a montré que 61% de la population était immunisé contre le VZIK. Par ailleurs
303 primates ont été analysés et indiqué une circulation du VZIK qui a conduit àl’immunisation de
82%, 62% et 57% respectivement pour Chlorocebus sabaeus, Papio papio et Erythrocebus patas.
Pour les moustiques, bien que 3443 lots aient été collectés entre juin 2011 et décembre 2012, leur
analyse en cours n’a pas permis de révéler une circulation du virus. Aussi, un travail de modélisation a
été effectué pour expliquer le cycle de 5-8 ans entre les différentes amplifications passées et a fait
l’objet d’une publication dans PLoS Neglected Tropical Diseases.
Conclusion et perspectives: Après 4 années d’activités, ce projet a généré beaucoup de données qui
sont en cours d’exploitation pour l’entomologie, la virologie et la modélisation et plusieurs articles
sont en cours de rédaction.
1.4.2. Impact de l’invasion du rat noir dans les populations humaines des régions de Kédougou
et Tambacounda.
Ce projet de recherche financé par l’Agence Nationale de Recherche (ANR) est mené en collaboration
avec l’UMR IRD-INSERM - U2 de Marseille, le CBGP, Montpellier (France), le PRODIG de Paris
(France) et l’IPD. L’investigateur principal est le Dr Pascal Handshumacher et au niveau de l’IPD,
c’est le Dr Mawlouth Diallo qui en est le coordonnateur. Au niveau de la virologie, les Drs Ousmane
Faye, Amadou Alpha Sall et Abdourahmane Sow assurent les activités relatives aux enquêtes séroépidémiologiques et les isolements des virus à partir des rongeurs et arthropodes.
Objectif : Comprendre quel est l’impact de l’invasion des populations de rats noirs Rattus rattus commensal de l’homme et se propageant le long de axes routiers en relation avec le transport des
marchandises - sur la santé des populations des régions de Kédougou et Tambacounda et l’émergence
d’anthropozoonoses.
Méthodes: A partir de Tambacounda au sud est du Sénégal, 2 axes routiers Tambacounda- Kidira et
Tambacounda-Kédougou très fréquentés pour le transport de marchandises, ont été prospectés au
niveau de plusieurs villages pour la présence du rat noir et l’exposition des populations humaines aux
virus présents chez ce dernier. Ainsi, dans chaque village visité, les populations humaines ont été
prélevées et, les rongeurs et arthropodes en milieu domestique et péri-domestique ont été collectés
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pour rechercher les virus ou les marqueurs de leur circulation afin d’établir les cycles de transmission
existants.
Résultats : En 2012, 876 rongeurs correspondant 10 espèces dont 3 majoritaires (Mus musculus,
Mastomys natalensis, Rattus rattus) ont été capturés de 21 localités permettant ainsi de constituer 1262
lots organes et des sérums. L’espèce Rattus rattus a été identifiée dans 9 localités et sur les 2 axes
routiers mais sa présence n’est pas systématique dans les villages. Pour les vecteurs 3839 moustiques
et phlébotomes ont été collectés et identifiés. Pour les populations humaines, 995 sujets ont été inclus
et prélevés (503 et 498 échantillons dans les régions de Tambacounda et de Kédougou). L’ensemble
des prélèvements sont en cours de traitement par la plateforme de virologie et les résultats
préliminaires ont permis d’identifier les virus Gabek forest et Koutango chez les rongeurs.
Conclusions et perspectives: Les virus qui seront identifiés chez les rongeurs feront l’objet d’une
recherche spécifique dans les populations qui ont été exposées à ces rongeurs et fera l’objet des
activités en 2013.
1.5. Découverte des pathogènes nouveaux
Détection de virus inconnus responsables des encéphalites chez l’homme (DEVINE)
Ce projet est financé totalement dans le cadre des PTR. Il fait intervenir 6 équipes de l’IPP et 3
équipes du RIIP (Dakar Abidjan et Bangui). La coordination de ce projet est assurée par le Dr
Ousmane Faye.
Contexte : L'encéphalite se traduit généralement par une maladie grave nécessitant une hospitalisation,
et est associée à une morbidité et une mortalité importantes. En Afrique, peu d'études systématiques
pour la confirmation étiologique de cas d'encéphalite virale sont effectuées. Malgré l'utilisation des
nouvelles technologies moléculaires pour le diagnostic des infections virales du système nerveux
central, environ 30 à 70% des cas d'encéphalite reste inexpliqué. Ainsi, il est nécessaire d'identifier ces
agents et de définir les caractéristiques clinico-épidémiologiques.
Objectif : Identifier de nouveaux agents virologiques potentiellement impliqués dans les syndromes
d'encéphalite en Afrique en utilisant des outils permettant de mettre en place un test de diagnostic,
s'appuyant sur une gamme de virus pathogènes pour l'homme.
Méthodes : Pour le Sénégal, le recrutement des patients est réalisé dans les trois grands hôpitaux de
Dakar : L’hôpital Fann, hôpital Aristide le Dantec et à l’hôpital principal de Dakar. Ce projet
comprend 4 parties que sont (i) inclusion, la collecte des informations, (ii) collecte d'échantillons
biologiques, et réalisation de tests préliminaires, (iii) analyse par séquençage à haut débit des
échantillons provenant de patients et (iv) analyse des rrésultats.
Principaux résultats : Un total de 43 patients a été recruté dont 10 décès. Le paludisme et la grippe ont
été identifiés comme étant la cause de l’encéphalite chez 9 patients. Un cas herpétique et un cas avec
une infection HIV ont été identifiés. Aucune trace d’infection arbovirale n’a pu être identifié chez ces
patients. A l’IPP, séquençage à haut débit et puces à ADN de re-séquençage de haute densité ont été
réalisés. Aucun agent viral n'a pu être mis en évidence après analyse des résultats obtenus par les
puces à ADN. Les données générées par le séquençage à haut débit, représentant un volume
considérable d'informations à traiter via des processus d'analyses informatiques dédiés, sont encore en
cours d'exploitation. Les résultats définitifs devraient être disponibles en 2013.
Perspectives pour l’année 2013 : Les objectifs pour l’année 2013 sont (i) la poursuite du recrutement
pour atteindre le nombre de 150 patients pour le Sénégal, (ii) l’exécution des tests de premières lignes
et (iii) la poursuite de l’analyse des séquençages à haut débit à Paris.
2. Activités de santé publique
Les activités de santé publique et services dont je suis responsable sont les activités de surveillance, de
diagnostic, d’isolement et d’identification des virus et les investigations d’épidémies.
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2.1. Surveillance de la fièvre jaune dans le cadre du réseau OMS des laboratoires de
fièvre jaune
Objectifs : Depuis 2003, le bureau régional de l’OMS (AFRO) a mis en place un réseau de laboratoires
FJ dont le but est d’appuyer la surveillance de cette maladie dans plusieurs pays d’Afrique. Dans ce
réseau de 20 laboratoires, l’UAVFH joue le rôle de laboratoire régional de référence.
Méthodes : La surveillance de la FJ repose sur l’identification de cas suspects de FJ (i.e. ictère fébrile
avec une fièvre évoluant depuis moins de 2 semaines) par les structures de santé des différents pays
appartenant au réseau OMS. Pour chaque cas suspect, un prélèvement de sérum ou plasma est adressé
au laboratoire national de référence OMS pour la recherche par ELISA d’anticorps IgM dirigés contre
le VFJ. Lorsque le résultat est positif ou douteux, le sérum est envoyé à l’UAVFH pour une
confirmation du résultat et des investigations supplémentaires.
Principaux résultats : Au cours de l’année 2012, les faits marquants concernant la surveillance de la
FJ sont les suivants :
- 258 cas d’ictères fébriles provenant de l’Angola, la Gambie, le Libéria, le Niger, le Tchad et
Sénégal ont été adressés à l’UAVFH pour rechercher la présence d’IgM antiamarils pour les virus de
la fièvre jaune, de la fièvre de la vallée du Rift, du West Nile, du Chikungunya et de la fièvre
hémorragique de Crimée Congo. La circulation du VFJ a été détecté au Tchad, en Gambie et au
Sénégal et ont l’objet d’investigations complémentaires qui ont montré qu’au Sénégal, il ne s’agissait
pas d’une infection par le virus sauvage de la FJ.
- 170 sérums de cas présumés positifs de fièvre jaune ont été adressés à l’UAVFH pour
confirmation ; ce qui a été possible pour 55 cas de 10 pays que sont le Cameroun (17), Congo
Brazzaville (5), Ghana (1), Gambie (1), Libéria (2), Côte d’Ivoire (4), RCA (2), Sénégal (1), Togo
(20), Sierra Léone (3).
Conclusions et perspectives : En 2012, les performances dans le délai des rendus de résultats du
laboratoire ont été améliorées passant de 74% à 83% entre 2011 et 2012. Aussi en 2013, une enquête
sera mise en œuvre pour évaluer le niveau de satisfaction des clients de l’UAVFH pour le diagnostic.
2.2. Surveillance des arbovirus dans la faune culicidienne et de vertébrés sauvages
Objectifs : i) de mettre en évidence la circulation des arbovirus et virus de fièvres hémorragiques dans
la faune culicidienne et chez les vertébrés sauvages ii) comprendre les cycles naturels des principaux
virus pathogènes et les mécanismes conduisant à leur émergence et amplification au Sénégal et dans
des pays de la sous-région.
Méthodologie : Au Sénégal, deux zones géographiques sont étudiées en priorité depuis plusieurs
années et font l’objet d’un suivi longitudinal systématique la population culicidienne mais aussi de
populations de vertébrés divers (rongeurs, petits ruminants, bétail et humains). Les zones ciblées sont
i) la région de Kédougou dans le sud-est du Sénégal, choisie pour ces caractéristiques écologiques
typique de zones de transition entre la forêt et la savane et très favorables à l’émergence des virus de la
fièvre jaune, la dengue, Zika…ii) la région du Fleuve et le Ferlo qui sont propices à la circulation des
virus de la Fièvre de la Vallée du Rift, West Nile ou Sanaar. Par ailleurs des souches peuvent être
transmises au CRORA pour identifier ou confirmer l’identification de virus isolés.
Principaux résultats : Les investigations virologiques à partir de lots de moustiques et tiques capturés
dans les zones d’étude ont conduit à l’isolement de souches des virus Ngari et Zika.
Perspectives : Au cours de l’année 2013, un projet d’amélioration de l’identification sera initié avec
l’introduction des méthodes moléculaires de détection des virus à partir des moustiques, phlébotomes
et rongeurs.
2.3. Diagnostic des cas suspects de rage humaine ou animale
En 2012, la clinique des maladies infectieuses de l’Hopital de Fann, les structures de vétérinaires
privés ou l’EISMV ont permis d’isoler le virus à partir de 5 cas humains et 10 animaux. Le nombre
des recrutements a sensiblement augmenté par rapport aux années précédentes probablement en
relation avec la sensibilisation des acteurs impliqués dans la rage.
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2. 4. Investigation de l’épidémie de fièvre de la vallée du Rift en Mauritanie.
Suite l’identification des cas suspects de fièvres hémorragiques en Mauritanie au mois de Septembre
2012, l’Institut National de Santé Publique de Nouakchott nous a adressé 23 sérums humains pour
confirmation et qui ont conduit à la détection du virus de la fièvre de la vallée du rift (VFVR) dans 21
d’entre eux. Sur invitation du gouvernement mauritanien, une investigation multidisciplinaire de
terrain a été organisée pour i) évaluer l’ampleur de cette épidémie au niveau de la population ii)
estimer son risque de propagation et iii) formuler des recommandations pour le contrôle de cette
épidémie. Pour ce faire, une consultation des registres et une recherche active des cas suspects ont été
menée dans les régions où les cas confirmés ont été identifiés. Ainsi, 265 sujets ont été inclus durant
l’investigation dont 47 cas suspects et 218 contacts. Le taux d’attaque (TA) global de l’épidémie a été
de 0,04‰ avec 41 cas confirmés dont 13 décès (31,7%) et 22 cas probables. La Willaya de Tagant
avec 49% des cas confirmés et 75% des anticorps dirigés contre le VFVR de type IgG retrouvés durant
cette investigation a été la willaya la plus affectée par cette épidémie. Les adolescents et les jeunes
adultes [15-44 ans] ont été significativement les plus touchés par l’épidémie de la Fièvre de la vallée
du Rift avec 70% des cas confirmés et une létalité de 41%. Aussi, la détection d’un cas récent (IgM)
de CCHF durant l’investigation laisse pense qu’une circulation concomitante du virus de la Fièvre
Hémorragique du Crimée Congo au mons dans certaines zones n’est pas à écarter. Aussi, la
caractérisation des virus détectés a permis de montrer que les souches circulant en 2012 étaient
proches de celles détectées en 2010 mais différentes de celles des épidémies de 1987 et 2003. Les
données épidémiologiques, entomologiques et virologiques sont en cours d’exploitation pour une
publication en 2013.
2.5. Evaluation de l’immunité antiamarile de la région de Kédougou
A la demande de l’OMS et du ministère de la santé du Sénégal, une enquête d’évaluation du niveau
d’immunité des populations de la région de Kédougou contre la fièvre jaune a été menée pour évaluer
la pertinence d’une campagne réactive de masse à la suite d’une épidémie en 2011 puisque toute cette
région avait été vaccinée complétement en 2007. Pour ce faire, 40 grappes ont été tirées dans chacun
des 3 districts sanitaires de la région puis la méthode des itinéraires a été appliquée pour le tirage des
concessions. Dans chaque concession toutes les unités statistiques (personnes âgées de plus de 09
mois) remplissant les conditions d’inclusion ont été enquêtées. Un questionnaire a été rempli et un
échantillon de sang prélevé pour chaque sujet. Les anticorps antiamarils ont été testés par les
techniques ELISA et séroneutralisation. L’immunité a été définie par la présence d’anticorps
antiamarils neutralisants de type IgG. L’étude a montré que 49% de la population a été immunisés
contre la Fièvre Jaune. Les populations du district de Salemata ont présenté le meilleur profil
immunitaire avec 57,3% tandis que celles de Kédougou et de Saraya ont été les moins protégées avec
respectivement 48,8% et 41,7% (p=0.0048). Les enfants de [09mois-5ans] et de [6-15ans] ont présenté
les plus faibles séroprévalences avec respectivement 44,1% et 41,8% (p=0,0019). La prévalence de
l’immunité antiamarile (49%) largement inférieure au seuil de 80% malgré la campagne préventive de
masse organisée en 2007 semble liée à l’orpaillage traditionnel et à l’enclavement de certaines zones.
Devant l’émergence du virus amaril en 2011 dans la région et la faible immunité de la population,
nous avons recommandé une campagne de riposte en ciblant particulièrement les zones d’orpaillage et
les sites les plus enclavés.
3. Autres activités
3.1. Assurance qualité au niveau de l’Unité
L’Unité des Arbovirus et Virus des Fièvres Hémorragiques est engagée dans la démarche qualité
depuis 2007, par le choix du respect des exigences relatives à la norme ISO 9001. Trois processus ont
été mis en place au sein de l’unité: le diagnostic, l’isolement/identification et la recherche. En 2012, en
étroite collaboration avec le service « audit- qualité » de l’IPD et avec l’animation de Mme Fatoumata
Sow Fofana, responsable qualité de l’UAVFH, les activités suivantes ont été menées pour:
23 sur 113
Le système documentaire :
révision de la politique de l’UAVFH par le Responsable d’Unité
validation et mise en application des documents relatifs au processus « Isolement et
Identification de virus »
mise en place de documents techniques communs aux 3 processus de réalisation :
« Expertise », « Diagnostic » et « Recherche »
reconduction des documents relatifs au processus de fabrication des réactifs
correction des écarts d’audit interne de 2011 (Mise en place des documents de gestion des
actions de formation du personnel, d’un formulaire d’identification les personnes et habilitation des
accès principaux de l’UAVFH, révision de documents relatifs au processus de diagnostic et de la
procédure de maîtrise des enregistrements qualité.
Le management des processus
réalisation en juin et décembre 2012 de 2 audits de suivi sur les processus de « fabrication des
réactifs » et « diagnostic » qui a permis de clôturer 13 des 14 écarts notés en 2011.
réalisation en décembre 2012 d’un premier audit de traçabilité sur les processus de fabrication
de réactifs et de diagnostic ayant conduit à l’identification de 9 écarts
Réalisation en juin 2012 de la première revue de direction de l’UAVFH
3.2. Activités d’expertise ou de representation
En 2012,le Dr Amadou A Sall a participé i) au groupe d’experts de l’Organisation Internationale des
Epizooties (OIE) pour la mise à jour du chapitre portant sur la fièvre de la vallée du rift dans le manuel
des standards d l’OIE en Octobre 2012, ii) au comité scientifique de la réunion internationale « A
focus on point of care diagnostics in Africa » organisé par l’African Society of Laboratory Medicine,
la fondation Mérieux et Ethiopian Health Nutrition Research Institute à Addis Abeba (Ethiopie) du 8
au 10 mai 2012 et iii) au comité d’édition de l’African Journal of Laboratory Medicine qui est le
journal de l’African Society of Laboratory Medicine.
3.4. Mobilisation de ressources financières
En 2012, l’équipe de l’unité des arbovirus et de l’entomologie médicale ont eu à mobiliser
d’importante ressources auprès de l’OMS, de l’ANR, de l’Institut Pasteur à Paris (ACIP et Clayton
Dedonder), de l’Union Européenne/ERANet et la GIZ.
24 sur 113
Unité de virologie médicale
Personnel scientifique de l’Unité
Responsable scientifique : Ousmane DIOP, chargé de recherche, PhD (en disponibilIté Juin 2010 –
Août 2012)
Adjoints :
Responsable de l’Unité pi : Mbayame Ndiaye NIANG, chargée de recherche, Pharm D, PhD.
Responsable adjoint : Abdou K Ndiaye, Assistant de recherche, MD
Collaborateur scientifique : Ndongo DIA, Stagiaire de recherche, PhD.
- Unité d’épidémiologie des maladies infectieuses : Dr Adama Tall, Dr Fatoumata Diène Sarr, Dr
Vincent Richard
- Unité des arbovirus et des virus responsables de fièvres hémorragiques : Dr Amadou Sall, Dr
Ousmane Faye
- Laboratoire d’analyses médicales : Dr Abdoulaye Seck, Dr Raymond Berçion
- Laboratoires de bactériologie expérimentale : Dr Amy Gassama Sow
Nationales
-
Ministère de la Santé et de l’Action Sociale : Dr Mamadou Ndiaye, Dr Ibrahima Oumar Ba
Université Cheikh Anta DIOP (Dakar)
Université Gaston Berger (St Louis)
Ecole Inter Etat de Médecine Vétérinaire : Dr Philippe Koné
Office National de l’Assainissement du Sénégal (ONAS)
Institut Santé et Développement : Pr Anta Tall Dia
Représentation national OMS à Dakar : Dr Malang Coly
Internationales
- Organisation Mondiale de la Santé (OMS) : Dr Wenquing , Dr Ousmane DIOP
- Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP) : Dr Victoire Kathleen, Dr Herault JM, Dr
Njoum R, Dr Kadio H.
- Program for Appr opriate Technology in Health (PATH), USA:Victor C
- CCOMS Grippe (Londres, Grande Bretagne): Dr Mc Cauley J, Dr Rod,
- Laboratoire de virologie, Dr Asrid Vabret, Caen (France)
- CNR des virus entériques, Pr POTHIER P, Dijon (France).
- National Institute for Communicable Diseases (NICD), Afrique du Sud
- Centers for Diseases Control and Prevention (CDC-Atlanta)
25 sur 113
Introduction
L’UVM est actuellement organisée en 2 pôles :
- le pôle virus entériques avec les CNR polio et rotavirus
- le pôle virus respiratoires avec les CNR grippe et CNR rougeole.
Les activités de l’Unité de Virologie Médicale (UVM) reposent en grande partie sur la mise en œuvre
des termes de références inhérents aux CNR. Il s’agit principalement :
- d’activités diagnostiques chez les cas suspects de maladie,
- d’activités d’expertises et de formation du personnel de santé en vue d’un déroulement optimal
des activités de surveillance épidémiologique,
- d’activités de recherche visant à mieux comprendre la maladie et aider ainsi la prise de décisions
dans le domaine de la santé publique.
En 2012, le personnel de l’UVM était composé de 3 scientifiques dont un en disponibilité depuis 2010,
4 techniciens titulaires, 3 techniciens contractuels, 1 post doctorant, un thésard et 2 manœuvres.
L’UVM dispose d’une importante collection de souches virales (polio, grippes) et d’une sérothèque
d’IgM et d’IgG anti virus de la rougeole et de la rubéole.
Les faits marquants en 2012 :
- mise en place de la surveillance épidémiologique de la grippe en collaboration avec l’Unité
d’épidémiologique des maladies infectieuses
- participation effective du ministère de la santé (division surveillance épidémiologique) dans les
activités de surveillances de la grippe,
- mission (17-18 septembre 2012) des représentants du Ministère de la santé américain (Dr. MJ
Marinissen and Ltd P. Ulrich) pour faire le point avec les partenaires du programme
surveillance grippe après une première année de mise en œuvre afin de juger de la pérennité
des actions entreprises.
Les activités de recherche de l’UVM s’articulent autour de la thématique des affections entériques et
respiratoires qui sont des affections fréquentes, parfois sévères, surtout chez les enfants de moins de 5
ans. Au Sénégal, elles représentent une cause importante de mortalité infantile après le paludisme.
1.1. Évaluation de l'efficacité d'un vaccin antigrippal trivalent saisonnier chez les
enfants sénégalais
Co-investigateur responsable des sciences de laboratoire: Dr Mbayame Ndiaye-Niang:
Collaborations :
Investigateur responsable des participants : Dr Aldiouma Diallo
Collaborations : Doudou Diop, Bou Diarra, Matar Seck, Cheikh Sokhna (IRD), John (Chris) Victor,
Justin Ortiz, Kathy Neuzil (PATH) (sponsor), Marc-Alain Widdowson, Katie LaFond (US CDC)
Calendrier : Mars 2009- Mars 2013
Financement : US Centers for Disease Control and Prevention (CDC)
La grippe, une affection respiratoire aiguë très contagieuse, est l’une des principales menaces
sanitaires de type infectieux pour l’Homme. Les enfants jouent un rôle important dans la transmission
de la grippe. Ils abritent le virus de la grippe pendant plus longtemps que les adultes. Cela peut
contribuer à la transmission du virus, en particulier à l’école et au sein des familles. Des études sur la
transmission de la grippe au sein des familles, réalisées à Seattle (WA) et Tecumseh (MI) dans les
26 sur 113
années 1970, ont montré que les enfants sont les principaux introducteurs de la maladie dans les foyers
en période interpandémique. Ainsi, la vaccination des enfants, en plus de protéger les enfants
immunisés, est susceptible de réduire les risques de propagation de la grippe chez les membres de la
famille et les personnes en contact étroit fortement exposés.
Contexte, objectifs et méthodologie
Cf rapport année 2011
Résultats préliminaires
Immunogénicité
IL s’agissait de tester des sérums pré et post vaccination par IHA contre les antigènes du vaccin
grippal (formulation hémisphère nord de 2008) et par séroneutralisation contre les sérotypes 1,2 3 du
vaccin contre la poliomyélite. Les analyses préliminaires faites sur les sérums de 2009 montrent une
bonne réponse des enfants vaccinés aux antigènes A/H1N1 et A/H3N2. Des analyses plus complètes
sont en cours.
Surveillance de la grippe :
En 2012, un total de 7609 prélèvements ont été reçus et traités par PCR temps réel avec le Kit CDC.
Les résultats partiels montrent une prédominance du sous type H3 contrairement à 2011 ou le virus de
type B était prédominant.
Caractérisation antigénique et génétique
20% des échantillons ont été inoculés sur cellules MDCK cellules et 60 isolats ont été envoyés aux
CDC pour une caractérisation génétique plus complète. La caractérisation antigénique et génétique a
montré que les souches de type A/H3 sont des A/PERTH/16/2009-LIKE (H3N2) souche
recommandée par l’OMS comme la souche H3 à utiliser dans la formulation du vaccin de
l’hémisphère sud de 2012 et de l’hémisphère nord de 2011-2012
Les virus B qui ont circulé à Niakhar appartiennent à la lignée B/Victoria et sont des virus
B/Brisbane/60/2008-like, souche recommandée par l’OMS pour le vaccin 2011-2012 de l’hémisphère
nord aussi bien que celui de 2012 de l’hémisphère sud.
Les H1N1p ressemblent à la souche A/CALIFORNIA/07/2009 qui est la souche recommandée par
l’OMS pour la formulation des vaccins 2011-2012 de l’hémisphère nord et de 2012 de l’hémisphère
sud
L’évaluation des isolats pour leur sensibilité aux inhibiteurs de la neuraminidase et aux adamantanes
ont été effectués au CCOMS d’Atlanta. Les souches testées sont toutes sensibles à l’oseltamivir et au
Zanamivir. Certaines souches sont résistantes aux adamantanes.
Conclusion et perspectives
Le projet se termine normalement en fin Mai 2013. L’analyse complète des résultats débuteront en ce
moment avec la levée de l’anonymat. Les données de cet essai sur l'efficacité du vaccin grippal
trivalent sont parmi les premiers du genre à être produite sur le continent africain chez les enfants de
milieux à faible ressource et seront particulièrement utiles pour les autorités en charge de la santé
publique au Sénégal et en Afrique de l’Ouest.
Nous comptons continuer la collaboration avec le CDC à travers un nouveau projet en utilisant le
vaccin avec adjuvant inactivé de Novartis.
1.2. Etude de la diffusion des virus grippaux à Dielmo et Ndiop en 2009-2010
Coordinatrice : Dr Mbayame Niang- Ndiaye, unité de virologie médicale
Collaborations :Dr Vincent Richard, unité d’épidémiologie, Dr Adama Tall, unité d’épidémiologie ;
Dr Cheikh Sokhna (IRD); Dr Sarany COLY (Médecin chef du district sanitaire de Sokone).
Calendrier : Juillet 2012 – Mars 2013
Financement : IPD, programme DHHS et EPRUS
27 sur 113
Contexte et justification
L’épidémiologie des infections par les virus grippaux reste un domaine peu exploré, voire méconnu,
sur le continent africain du fait de la prédominance du paludisme sur la charge morbide des syndromes
fébriles. Pourtant, les infections respiratoires aigues (IRA) demeurent un problème sérieux de santé
publique. Elles sont responsables dans le monde de 1.900.000 décès d’enfants. Au Sénégal, les IRA
représentent la troisième cause de mortalité infantile après le paludisme et les maladies diarrhéiques.
La pandémie récente et le risque persistant de l’adaptation à l’homme du virus aviaire A(H5N1) nous
rappellent l’importance de mener des études dans ce domaine afin de mieux estimer la diffusion de ces
virus et leur impact au sein d’une population.
Objectif
Etudier la diffusion des virus grippaux en milieu rural sénégalais
Méthodes
Il s’agit d’une étude rétrospective visant à mettre en évidence des séroconversions vis-à-vis des virus
grippaux saisonniers et pandémiques qui ont circulé au Sénégal entre 2009 et 2010.
Cette étude s’appuiera sur les données des patients et les prélèvements collectés dans le cadre du
programme de recherche sur le paludisme à Dielmo et Ndiop.
Les données extraites de la base de données de Dielmo et Ndiop seront traitées anonymement et
stockées dans une base ACCESS dédiée à cette étude puis analysées à l’aide du logiciel R.
Etats d’avancements
Un total de 2399 sérums (1353 Dielmo et 1046 Ndiop ont été sélectionnés dans la base Dielmo Ndiop
et réceptionnés au CNR. Leur traitement en IHA contre les antigènes de références est en cours. La
valorisation de ces résultats est prévue en 2013.
1.3. Surveillance de la rougeole par une approche moléculaire
Ce projet fait partie d’une étude multicentrique regroupant les instituts pasteurs du réseau (IP Bangui,
IP Madagascar, IP Dakar ) qui bénéficie d’un financement ACIP (actions concertées inter
pasteurienne) de l’IP Paris.
Objectif :
*Isoler et caractériser du point de vue génétique les virus de la rougeole circulant dans chaque pays
*comparer les virus circulant dans les 3 pays entre eux et avec d’autres virus circulant a travers le
monde afin de mieux comprendre la dynamique spatiale de la rougeole en Afrique.
Etat d’avancement :
Des contraintes dans le recrutement des cas et dans l’obtention de prélèvements adéquats ont été
rencontrées. Nous avons pu contourner la difficulté en mettant en place une technique d’amplification
a partir des sérums et en travaillant à partir de la sérothèque du CNR. C’est ainsi que toutes les
souches épidémiques de 2009 ont été passés de même 34 souches de 2010-2011 ; Les manipulations
sont en cours et nous prévoyons une valorisation des données obtenues en 2013.
1.4. Surveillance des Poliovirus et des entérovirus non polio dans l’environnement
Investigateur Principal : A K NDIAYE (Unité de Virologie Médicale-IPD)
Collaborations : Pape Amadou Mbathio DIOP (Doctorant), Office National de l’assainissement du
Sénégal (ONAS).
Ce programme de surveillance de la circulation des poliovirus (PV) et des entérovirus non
poliomyélitiques (ENP) dans l’environnement (à partir des eaux usées) vient en appoint à la
surveillance basée sur la détection des paralysies flasques aiguës.
28 sur 113
Elle s’effectue dans un contexte d’absence de circulation de poliovirus sauvage au Sénégal depuis
2010 et permet d’obtenir des informations essentielles sur la circulation et la dérive génétique
des souches vaccinales et des ENP.
L’objectif principal est de mettre en évidence et d’ évaluer la fréquence des dérives génétiques
du vaccin polio oral dans l’environnement à partir des souches isolées à partir des eaux d’égouts
Nous essayons également de déterminer les sérotypes les plus fréquents des entérovirus non polio
circulant dans l’environnement.
Méthodes :
La station de Cambéréne (Région de Dakar) en charge de l’épuration des eaux usées de la zone Nord
de la région de Dakar a été ciblée (Zone bleue sur la figure 1)
Figure 1 : Localisationde la station en charge de l’épuration des eaux usées de la zone Nord de la
région de Dakar (Zone bleue sur la figure 1)
-
Recueil et traitement des échantillons à raison de 3 échantillons (Eaux brutes, décantées,
filtrées) toutes les semaines
- Concentration par méthode biphasique
- Isolement des poliovirus et entérovirus non polio sur 3 lignées cellulaires (RD, L20B Hep 2c).
- Identification des souches isolées par séroneutralisation à l’aide de sérums spécifiques de type
, par RT- PCR ou par séquençage direct pour les enterovirus non typables.
- Différentiation intratypique par qRT-PCR
Principaux résultats et commentaires
Le programme a été repris en novembre 2012.
De novembre à décembre 2012, 26 échantillons ont été collectés. Les résultats sont présentés au
tableau 1.
Echantillons négatifs
EnterovirusNon Polio
Eaux usée brutes
0
2
Eaux brutes décantées
2
2
Eaux brutes filtrées
5
6
Total
7
10
Tableau 1 : Résultats de l’isolement viral sur les échantillons d’eaux recueillis en 2012
Poliovirus*
5
3
1
9
29 sur 113
Tous les poliovirus (PV)* isolés (34%) sont de type vaccinal (Sabin Like=SL) et se répartissent
comme suit :
- 4 Poliovirus Sabin Like de type 1,
- 4 Poliovirus Sabin Like de type 3,
- 1 mélange de Poliovirus Sabin Like de type 1 et 3
On notera la présence de Poliovirus et d’enterovirus non polio dans les eaux traitées qui doivent être
rejetées en mer ou être réutilisées pour différent usages.
10 enterovirus non polio (ENP) ont été isolés (38%) et caractérisés par séroneutralisation et se
répartissent dans les 4 espèces d’entérovirus humains (HEV) :
- HEV-A: Cox A 24
- HEV-B: Echo 17, Echovirus 33
- HEV-C: Cox A 11, Cox A 13,Cox A 17, Cox A 19
- HEV-D: Enterovirus 68
Conclusions perspectives
La sensibilité de la méthode initialement décrite se confirme et la surveillance dans l’environnement
reste d’un appoint certain pour la surveillance nationale et le programme d’éradication.
Une grande partie des eaux traitées par la station de Cambéréne ainsi que les produits dérivés sont
réutilisées pour divers usages (Compostage, arrosage de terrain de golf, maraichage, voiries, etc).
Nous envisageons courant 2013 d’évaluer le risque virologique associé à ces diverses activités
1.5. Autres projets de recherche
De nouveaux projets ont été initiés en 2012
- Evaluation du risque d’infection par les virus grippaux dans une population exposée aux
porcs. Il s’agit d’une étude en collaboration avc l’UEMI. Il a pour objectif de surveiller
l’émergence de nouveaux virus grippaux adaptés à l’homme. L’avis du comité d’éthique a été
obtenu et le recrutement des cas en cours.
- Etude contrôlée par placebo, randomisée, en double insu sur l'efficacité clinique du vaccin
antigrippal vivant atténué (laiv) trivalent chez des enfants au Sénégal. Il s’agit d’un projet en
collaboration avec l’IRD, le PATH et le CDC. L’objectif principal est d’estimer l'efficacité du
LAIV en termes de réduction des taux d'infection par le virus de la grippe symptomatique et
confirmée en laboratoire chez les enfants recevant le LAIV par rapport aux enfants recevant
un placebo.
Elles concernent les activités de surveillance, de diagnostic, d’identification des virus et
d’expertise.
1.1. CNR grippe et autres virus respiratoires
La grippe est un problème majeur de santé publique par la morbidité et la surmortalité importante
observées au cours des épidémies et pandémies. La pandémie A(H1N1) de 2009 a montré l’extrême
nécessité de disposer d’un système de surveillance performant dans la détection des premiers cas.
Depuis 2007, l’Institut Pasteur de Dakar bénéficie du soutien du ministère de la santé français et des
des USA (Department of Health and Human Service –DHHS) pour soutenir et renforcer les activités
30 sur 113
de surveillance de la grippe. Cette collaboration a été renforcée en 2011 par un deuxième programme
d’appui pour trois années.
Objectif
- renforcer le plan national de préparation et de réponse à une pandémie grippale en relation
avec les engagements du RSI,
- renforcer le réseau de surveillance de la grippe (ILI et SARI) en y intégrant d’autres maladies
fébriles,
- renforcer les capacités humaines dans les domaines de la surveillance et du RSI.
C’est ainsi qu’en 2012, le Centre national de référence en collaboration avec l’Unité d’épidémiologie
et la Direction de la prévention médicale au ministère de la santé à procéder à une révision du
programme national de surveillance sentinelle.et au renforcement du réseau.
Résultat
Surveillance épidémiologique (cf rapport unite d’épidémiologie)
Surveillance virologique
Les virus grippaux
En 2012, 1213 prélèvements provenant du réseau sentinelle ont été reçus et traités par rRT-PCR au
CNR, avec 155 cas positifs au total en grippe. La répartition de ces positifs a montré que 9% sont des
H3N2, 0,8% des H1N1p et 3% des grippes B. La majeure partie (87%) des prélèvements étaient
négatifs d’ou la recherche des autres virus respiratoires. La figure 2 montre la répartition
hebdomadaire des positifs en grippe sur le nombre total des prélèvements.
Figure 2 : Résultats de la surveillance syndromique en 2012.
Le premier cas de grippe a été confirmé biologiquement à la semaine 3. Un petit pic de circulation du
type B a été observé entre les semaines 13 et 17 avec un pourcentage de positifs de 18%, suivi d’un
pic plus marqué de virus H3N2 entre les semaines 36 et 47. Le type H1N1p a circulé de façon
sporadique entre les semaines 39 et 49.
La caractérisation antigénique et génétique a montré que les isolats H1N1p semblent bien réagir avec
les anticorps de référence utilisés dans le panel sauf que les titres observés étaient moins élevés
31 sur 113
comparés a ceux obtenus avec le virus homologue et le sérum de référence A/Christchurch/16/2010.
Ils se retrouvent dans le même groupe que les isolats de l'année dernière, avec cependant quatre
groupes de substitutions d'acides aminés (deux en HA1, S128T & R259K et deux en HA2, I133V &
V193A). Celles-ci n’ont manifestement pas d'effet majeur sur l'antigénicité du virus.
Pour les virus H3N2, l’HA montre un profil complexe de réactivité contre les antisérums de
références.
L’analyse génétique montre que les souches ont évolués avec des modifications à la position 128, 259
du HA1 et 133 et 193 du HA2. Ces changements ne semblent pas avoir un effet marqué sur
l'antigénicité,
L’analyse de séquence des gènes HA et NA effectuée sur quatre isolats montre que les quatre types de
virus clustérisent dans l’arbre phylogénique de HA et le NA dans un seul groupe génétique.
L’étude de la résistance aux inhibiteurs de la neuraminidase n’a décelé aucune résistance aux
antiviraux.
Autres virus à tropisme respiratoire
La recherche de virus respiratoires autres que grippaux a été effectuée sur l’ensemble des
prélèvements. La mise en évidence de ces virus se fait par RT-PCR temps réel.
Les adénovirus (20%) étaient les plus détectés suivis des rhinovirus (16%), des VRS (10%), des
bocavirus (9%) et des hMPV (5%). Plusieurs cas de co détections ont été obtenus (68 cas). Les
adénovirus et les bocavirus représentent la plus grande part des co détections. Une circulation tout au
long de l’année a été observée pour la plupart des virus. La caractérisation génétique de ces virus de
même que ceux des années précédentes sont en cours.
Démarche qualité
Le CNR participe deux fois /an aux tests de qualité organisé par l’OMS. Un score de 100 a été à
chaque fois obtenu. L’analyse des critères de performance du CNR concernant surtout le processus
diagnostic a montré que :
- tous les indicateurs concernant le sous processus pré analytique (taux de perte des
échantillons, non identification des échantillons, mauvaise conservation après réception ) ont
été atteints à l’exception de l’indicateur complétude du registre de réception. Des mesures ont
été prises pour l’atteinte de cet objectif.
- le sous processus analytique les indicateurs (taux de manipulations non faites dû à un manque
de réactifs, taux de manipulation reprises) n’ont pas été calculés
- l’analyse des indicateurs du sous processus post analytique a montré que tous les résultats
rendus dans les délais impartis (10 jours qui suivent la réception du prélèvement) dans 89%
des cas (cible = 80%)
Le financement des activités du CNRG par le Fonds de Solidarité Vieillesse du Ministère de la Santé
français a constitué une valeur ajoutée importante dans le renforcement des capacités du CNR et donc
du Sénégal (et de la région africaine) en matière de préparation et de réaction à une pandémie de
grippe, notamment à travers :
- la mise en place d’un réseau élargi de surveillance au niveau national,
- l’amélioration du plateau diagnostique et de recherche du CNR Grippe de l’IPD.
- le renforcement du positionnement du CNRG au niveau régional et international comme un
laboratoire de référence pour la grippe et les autres viroses respiratoires.
Ce financement a permit de jeter les bases d’un Programme national de Surveillance épidémiologique
et biologique des IRA qui constituent un problème majeur de Santé publique.
Le CNR doit :
32 sur 113
-
-
continuer à renforcer et élargir le réseau de surveillance sentinelle et développer le plateau
technique du CNRG par l’introduction d’autres techniques pour un meilleur positionnement
du CNR au niveau national et international et aussi pour une meilleure complétude et
promptitude des activités
développer des questions de recherches pour une meilleure compréhension de l’épidémiologie
des IRA et des co-détections au Sénégal et dans la sous région.
1.2. CNR Rougeole
Missions
La surveillance de la rougeole au Sénégal est assurée par le CNR rougeole logé au niveau de l’PD en
collaboration avec le ministère de la santé. Les missions de ce CNR sont de :
- confirmer les cas suspect de rougeole et de rubéole,
- isoler et identifier les souches de virus de la rougeole à partir de prélèvements.
Le CNR sert aussi de laboratoire de référence pour certains pays de la sous région.
Activités
L’année 2012 comme l’année précédente a été marquée par une absence d’épidémie de rougeole
comparée à 2010 ou nous avions observé une intense activité diagnostique et une diffusion nationale
de l’infection liée à l’épidémie observée. Le nombre de cas de rougeole rapportés par le CNR ne
représente évidemment qu’une proportion du nombre de suspicions cliniques de rougeole déclarées
par les médecins. Néanmoins, ils illustrent parfaitement l’évolution de la rougeole au Sénégal.
Au total 343 échantillons ont été reçus au CNR rougeole dont 5 provenant du Libéria et 338 du
Sénégal (cf tableau n°1 : répartition géographique des prélèvements).
L’état sérologique des cas suspects a été confirmé en utilisant des tests ELISA. Tous les cas du Libéria
étaient « négatifs ». Pour les 338 collectés au sénégal, 45 étaient positifs en IgM anti rougeole et 44 en
IgM anti rubéole (tableau 2).
Région
Dakar
DIO
Fatick
Kaffrine
Kaoloack
Kedougou
Kolda
Louga
Matam
Sediou
Saint-Louis
Tambacounda
Thiès
Ziguinchor
Positifs
3
0
0
0
0
17
0
1
1
0
0
21
2
0
Négatifs
45
4
9
35
10
27
10
17
5
20
6
12
62
23
Douteux
0
0
0
0
0
4
0
0
1
0
1
1
1
0
Total
48
4
9
35
10
48
10
18
7
20
7
34
65
23
Total
45
285
8
338
Tableau 2 : Distribution des 338 résultats sérologiques pour la rougeole selon la région (2012Sénégal)
33 sur 113
La répartition mensuelle des cas a montré un pic entre les mois de mars et uin pour la rougeole et la
rubole (figure 2)
25 20 Positifs Rubéole Positifs rougeole 15 10 5 0 Figure 2 : Répartition mensuelle des cas de rougeole et de rubéole confirmés par le CNR (Sénégal
2012)
Démarche qualité
Le CNR reçoit des visites d’accréditation de l’OMS tous les deux ans. Il participe aussi aux tests de
contrôle de qualité externe du réseau des laboratoires rougeoles et envoi tous les trimestres au
laboratoire régional à Abidjan 10% des sérums testés. Un score de 100% a été obtenu à chaque fois.
Au niveau interne le CNR rougeole comme les autres CNR est sous démarche qualité.Tous les
critères de performance au niveau laboratoire ont été atteints à l’exception de la complétitude du
registre des prélèvements et des mesures correctives ont été prises.
Le plateau technique a été renforcé par le diagnostic moléculaire. Le CNR va installer un plateau
d’isolement viral et de séquençage des souches. Il est également prévu, en collaboration avec le
Ministère de la santé et de l’action sociale et l’hôpital Albert Royer de mettre en place un réseau de
surveillance de la rubéole congénitale.
1.3. CNR et Centre Inter pays de Référence pour la Poliomyélite (CIPR)
Le CNR/CIPR sert de référence pour 7 pays de l’Afrique de l’Ouest : Sénégal (SEN), Gambie (GAM),
Mauritanie (MAU), Guinée (GUI), Guinée Bissau (GUB), Cap-Vert (CAV) et Niger (NIG).
Les objectifs assignés au CNR sont :
- isolement et identification des poliovirus et entérovirus non polio sur des échantillons de selles
recueillies chez des patients présentant une paralysie flasque aigue (PFA) ou sur des
échantillons de l’environnement;
- différentiation intratypique des souches isolées par qRT-PCR,.
- séquençage des souches par envoi à un laboratoire régional de référence.
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Résultats du CNR/CIPR en 2012
Les échantillons reçus
En 2012, le CNR a reçu 1708 (1635 en 2011) échantillons de selles recueillis chez 856 patients
présentant une paralysie flasque aigue (figure 3).
800 740 700 600 500 366 400 320 300 156 200 100 0 86 22 6 Cap-‐Vert Gambie Guinée Bissau 12 Guinée Mauritanie Bissau Niger Sénagal Siera Leone Figure 3 : Distribution des 1708 échantillons de selles présentant un PFA selon le pays de provenance
(2012).
-‐ 85,7% des échantillons ont été reçus au laboratoire dans les conditions qualitatives et
quantitatives requises (Indicateur de performance= Au moins 80% des échantillons doivent
répondre à certains critères d’adéquation à la réception au laboratoire). Les échantillons non
adéquats (arrivés à température ambiante, dans des récipients non adaptés avec des fuites
importantes, etc.) viennent essentiellement de 2 pays avec 11,6% d’inadéquation(NIG) et
35,2% (GUI).
-‐ Seuls 23,2% (396/1708) des échantillons sont parvenus au laboratoire dans les 3 jours suivant
la collecte (% attendu=80).
o 43% (734/1708) sont parvenus entre 5 et 10 jours après la collecte ;
o 10% (173/1708) ont été reçus au-delà de 20 jours après la collecte.
Les virus identifiés dans la surveillance des PFA
-‐ 4 Poliovirus sauvages en provenance du Niger ont été identifiés et caractérisés contre 8
souches en 2011 en provenance de 2 pays (Guinée et Niger).
-‐ 191 Poliovirus de type vaccinal (Sabin Like) ont été identifiés et caractérisés dont 42 sous
forme de mélange.
-‐ Aucun poliovirus dérivé du vaccin polio oral (PVDPV) n’a été identifié en 2012
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Pays
Nbre
Echantillons
reçus
Nbre de cas
de PFA equiv
Poliovirus
Isolés
Poliovirus
Sauvages
Enterovirus
Non Polio
Taux d’ENP
SEN
GAM
MAU
GUI
SIL
GUB
CAV
NIG
TOTAL
320
86
156
366
12
22
6
740
1708
160
43
78
184
6
11
3
371
856
19
13
11
20
0
0
0
89
151
0
0
0
0
0
0
0
4 PV1
NSL*
4
37
13
30
47
6
4
2
98
236
11,6%
15,1%
19,2%
12,8%
50%
18,2%
33,3%
13,2%
13,8%
Tableau 2 : Résultats de tests de la surveillance virologique des PFA selon la provenance
géographique (SEN: Senegal, GAM: Gambia; MAU: Cameroun; GUI: Guinea; GUB: Guinée-Bissau, CAV:
Cap-Vert, NIG: Niger; SIL: Sierra Leone,*NSL=Non Sabin Like)
Critères de performance du CNR en 2012
-‐ 99,7% des résultats d’isolement ont été transmis au niveau national dans les 14 jours suivant la
réception (Critère de performance requis=80% de résultats au moins rendus dans les 14
jours après réception)
-‐ 100% des résultats de différentiation intratypique (DIT) ont été rendus dans les 7 jours après
les résultats d’isolement dont 81% (124/153) dans les 3 jours après réception. (Critère de
performance requis= au moins 80% de résultats de DIT rendus dans les 7 jours après
réception).
En 2012, le CNR/CIPR a subi 2 tests de capacitation en isolement et en DIT et a obtenu 100% de
réussite aux 2 épreuves. Le CNR a obtenu un taux de concordance de 100 % aux tests de contrôle de
qualité externe effectués au NICD (Afrique du Sud) ou au CDC (Atlanta). (Critère de performance
requis=80% de concordance). La visite d’accréditation du CIPR par l’OMS est prévue courant
juin 2013.
3. Financements obtenus
Les financements obtenus en 2013 par l’Unité pour mener les activités de recherche et de
santé publique se répartissent comme suit :
-‐
-‐
-‐
-‐
Technical service agreement de l’OMS pour le CNR polio au titre de travaux effectués pour
l’OMS
Financement projet étude de l »efficacité vaccinale
Institut Pasteur Paris au titre d’une ACIP
DHHS pour le programme surveillance grippe :
4. Conclusion et perspectives
L’UVM joue aussi un rôle très important au niveau de la sous région en servant de laboratoires à
plusieurs pays de la sous région. L’Unité a pu en 2012 :
-‐ maintenir à un niveau satisfaisant les indicateurs de performance des différents CNR,
-‐ renforcer et améliorer le réseau de surveillance de la grippe par l’extension des sites de
surveillances à l’intérieur du pays et par la révision des principes de la surveillance sentinelle,
36 sur 113
-‐
-‐
-‐
-‐
-‐
développer le plateau diagnostic concernant les autres virus respiratoires. La technique
multiplex a été remplacé par une technique en temps réel qui nous a permit de diagnostic à la
fois 16 types de virus.
développer les capacités techniques du CNR rougeole en mettant en place une technique PCR
à partir des sérums qui a nous permit de faire la caractérisation moléculaire des souches de
rougeole et de disposer de séquences du virus.
débuter un projet de recherche sur l’interface homme–animal en collaboration avec l’unité
d’épidémiologie et l’école de médecine vétérinaire de Dakar ;
valoriser nos données : 5 articles publiés ou sous presse
développer et renforcer la démarche qualité au niveau de l’unité.
Les perspectives à court et moyen terme sont :
-‐ continuer à maintenir les critères de performance des CNR
-‐ continuer à asseoir la démarche qualité au niveau de l’unité
-‐ continuer l’extension des sites de surveillances de la grippe à l’intérieur du pays
-‐ mettre en place un réseau de surveillance des IRA en collaboration avec des cliniciens
-‐ travailler en collaboration avec le ministère de la santé et l’OMS pour l'intégration de cette
surveillance au domaine plus général de la surveillance et notamment à celui du RSI
-‐ travailler en collaboration avec l’unité d’UEMI pour créer une plate forme d'échange entre les
différents acteurs du réseau de surveillance sentinelle.
-‐ élargir le plateau technique à d’autres virus d’intérêt médical comme les HPV
-‐ étudier la saisonnalité des virus respiratoires autres que grippaux (VRS, Rhinovirus,
Adénovirus, hMPV)
-‐ débuter le projet de recherche sur l’efficacité du vaccin vivant atténué MF59 chez les enfants
sénégalais.
37 sur 113
Unité d’immunologie
Responsable scientifique : Aissatou TOURE, Chargée de Recherche, Dr Pharm.
Scientifiques :
Ronald PERRAUT, Dr Pharm, PhD,
Makhtar NIANG, PhD Post-doctorant, Annick Mansourou,PhD
Etudiants : Fodé Diop, doctorant, Oumy Niass, doctorant
-‐ Unité d’Epidémiologie : Dr Adama Tall, Dr Fatoumata Diène Sarr, Dr Emmanuelle Espié, Dr
Vincent Richard
-‐ Unité d’Entomologie : Dr Mawlouth Diallo, Dr Ibrahima Dia
-‐ Unité d’Immunogénétique : Pr Alioune Dièye, Dr Babacar Mbengue, Dr Gora Diop
-‐ Unité d’Arbovirologie : Dr Amadou Alpha Sall, Dr Ousmane Faye
-‐ Unité Virologie Médicale : Dr Mbayame Niang
Au niveau national
-‐ IRD : Dr Jean-François Trape, Dr Cheikh Sokhna
-‐ Laboratoire Bactériovirologie, HALD: Pr Souleymane Mboup (Coordonnateur projet Network
of Excellence du réseau WANETAM)
-‐ Institut Santé et Développement : Pr Anta Tall Dia
-‐ Comité National d’Ethique de la Recherche en Santé, Ministère Santé et Action Sociale,
Au niveau international
-‐ Institut Pasteur Paris : Dr Odile Puijalon,
-‐ Vaccines4All : Pr Pierre Druilhe
-‐ Malaria Research and Training Center (MRTC), Mali : Pr Ogobara Doumbo, Dr Mahamadou
Thera, Pr Abdoulaye Djimde
-‐ Centre National de Recherche et de Formation sur le Paludisme, Ouagadougou, Burkina : Dr
Sodiomon Sirima, Dr Issa Nebié Ouedraogo
-‐ European Vaccine Initiative : Dr Odile Leroy
-‐ Manhiça Health Research Center : Dr John Aponte
-‐ Harvard Scholl of Public Health : Pr Dyann Wirth.
Introduction
Les activités de l’unité d’Immunologie en 2012 ont porté sur 4 axes :
-‐ étude de marqueurs d’exposition à travers l’évaluation des réponses immunes au cours du temps
à Dielmo et à Ndiop,
-‐ poursuite de l’optimisation du test fonctionnel ADRB (Programme EDCTP Senior Fellowship)
38 sur 113
-‐ poursuite des études en vue de déterminer les données paludométriques, immunologiques,
entomologiques dans la zone située autour des villages de Dielmo et Ndiop. (Programme
européen EDCTP (European and Developing Countries Clinical Trials Partnership) par le
biais du réseau WANETAM (West African Network for TB, AIDS and Malaria)
-‐ mise en place d’une technologie multiplex pour l’exploration des réponses immunes à Dielmo
et Ndiop
Par ailleurs, la collaboration entre l’unité d’immunologie et celle d’arbovirologie, initiée dans le cadre
d’un master en co-tutelle s’est poursuivie dans le cadre d’un travail de thèse. Le travail de master avait
permis de montrer que certaines arboviroses étaient impliquées dans les pathologies à l’origine de fièvre à
Dielmo et Ndiop. Il s’agit dans le cadre de la thèse, d’analyser l’épidémiologie du virus de la dengue dans
la zone Dielmo-Ndiop en 1999, 2000 et 2001 et dans un deuxième temps, de rechercher les facteurs
génétiques en cause dans les formes fébriles et graves.
1.1 Préparation d’un site d’essai clinique : Evaluation des données paludométriques,
biologiques et immunologiques des enfants de moins de dix ans dans
l’arrondissement de Toubacouta
Coordonnateur IPD: Aissatou Touré
Investigateurs : Adama Tall, Fatoumata Diène Sarr , Emmanuel Espié (Unité D’épidémiologie),
Ibrahima Dia , El Hadj Amadou Niang, Mawlouth Diallo (Unité d’entomologie)
Fodé Diop, (Unité d’Immunologie)
Ce projet, financé par le programme EDCTP (European and Developing Countries Clinical Trial
Partnership) (150.000€ pour l’IPD) est réalisé dans le cadre du réseau Network of Excellence
(WANETAM) coordonné par le professeur Souleymane Mboup et comprenant 11 équipes de 6 pays
de la sous région et oeuvrant dans les trois domaines que constituent les infections à VIH, la
tuberculose, le paludisme.
Ce projet implique 3 unités de l’IPD (épidémiologie, immunologie, entomologie).
Objectifs
Réaliser des études préliminaires sur les données paludométriques, immunologiques, entomologiques
dans la zone autour des villages de Dielmo et Ndiop, en vue de disposer des données minimales
nécessaires pour éventuellement envisager un essai vaccinal. Ce projet
Les objectifs spécifiques du projet sont :
- déterminer l’incidence de la morbidité du paludisme chez les enfants âgés de moins de 10 ans de
la zone d’étude ;
- déterminer le niveau de transmission ainsi que les vecteurs responsables de la transmission ;
- déterminer les caractéristiques et le niveau de réponses immunes vis-à-vis de certains antigènes
considérés comme marqueurs d’exposition ou associés à la protection ;
- déterminer les caractéristiques de certains paramètres biologiques chez les enfants de moins de
10 ans de la zone d’étude
- caractériser les souches plasmodiales en circulation dans la zone d’étude.
Méthodes
Une cohorte de 1367 enfants a été constituée, pour lesquels, ont été déterminés au cours d’une
enquête transversale: différentes données paludométriques, les intervalles de référence pour certains
paramètres biologiques, les réponses immunes vis-à-vis d’antigènes palustre.
39 sur 113
Un suivi et recueil des épisodes pathologiques survenus sur près de 2 ans a été mis en place avec la
collaboration des deux postes de santé de la zone aux fins de déterminer l’incidence du paludisme. Des
études entomologiques ont réalisées afin de déterminer les niveaux de transmission ainsi que les types
de vecteurs présents. Des études des souches parasitaires circulantes sont prévues afin de compléter
ces différentes données.
Résultats
Résultats épidémiologiques : Les résultats préliminaires montrent que le paludisme semble être
toujours présent même s’il ne représente plus la cause principale de consultation : sur 1458 épisodes
pathologique notifiés, le paludisme (TDR+) représente 11% des épisodes. Par ailleurs le prélèvement
transversal réalisé au début de l’étude indique que 7% environ des enfants présentaient une
parasitémie asymptomatique.
Résultats entomologiques ; les études entomologiques réalisées entre Juillet et Décembre 2011
montrent qu’il existe une transmission relativement variable (de 3,75 à 30 piqûres infectantes
/personne/nuit) dans la zone en raisons de conditions micro-géographiques différentes. Cette
transmission a lieu entre Août et Octobre avec un pic en Septembre.
Résultats immunologiques : Les réponses anticorps à d’extraits bruts parasitaires de souche de
référence et de souche locales adaptées à la culture montrent une hétérogénéité des réponses entre les
villages, traduisant probablement les variations micro-géographiques locales qui devront faires l’objet
d’études plus approfondies par les entomologistes. Les réponses anticorps à des protéines
recombinantes, bien qu‘étant de moindre amplitude que l’extrait brut, reproduisent également cette
hétérogénéité.
Perspectives : Etudier de manière plus approfondie l’hétérogéneité de transmission et ses impacts sur
la prévalence clinique et parasitaire, évaluer le polymorphisme des souches circulantes concernant
certains antigènes candidats-vaccins.
1.2 Des tests fonctionnels comme outils d’évaluation du niveau d’immunité antipalustre : Optimisation, standardisation et validation du test de chimioluminescence
dépendante d’anticorps ».
Coordonnateur : Aissatou Touré,
Investigateurs : Annick Mansourou, Babacar Diouf, Makhar Niang depuis Juillet 2012
Ce projet bénéficie d’un financement de EDCTP intitulé Sénior Fellowship (196.000 €).
Objectifs
Il a pour but l’optimisation et la standardisation du test ADRB avec comme perspective la
comparaison du test d’ADRB avec d’autres tests fonctionnels (les tests d’ADCI, et d’inhibition de
cultures du parasite). Il s’agit de comparer la faisabilité et la reproductibilité des différents tests et
d’étudier leur corrélation avec la protection en analysant les réponses de sujets de Dielmo et de Ndiop.
Méthodes : Le test ADRB consiste à mettre en présence des mérozoites de Plasmodium falciparum, du
sérum ou des anticorps purifiés provenant de personnes exposées ou non au paludisme et des cellules
effectrices (monocytes/macrophages ou polynucléaires) et à mesurer la lumière émise (activité ADRB
ou Antibody Dependant Respiratory Burst).
Méthodes
Les essais d’optimisation on consisté à étudier les conditions de production, conservation et la
préparation de mérozoites de meilleure qualité ainsi que des méthodes permettant leur quantification,
les ratios optimaux mérozoites/cellules effectrices à utiliser, le pH optimal de la réaction, à comparer
différentes méthodes d’analyse des courbes de chimioluminescence,
40 sur 113
Résultats : Les différentes études ont permis
- d’optimiser les conditions de conservation et de quantification des mérozoïtes,
- de déterminer les quantités optimales d’utilisation des mérozoïtes et des cellules effectrices, le
pH optimal de réalisation du test.
- d’évaluer différentes méthodes d’analyse de l’ADRB
- de vérifier la fiabilité de ce test optimisé par l’obtention d’une variabilité intra-essai et interessai satisfaisante (CV<10%).
- de confirmer l’intérêt de ce test comme outil d’évaluation du niveau de l’immunité antipalustre en montrant une corrélation statistiquement significative entre l’ADRB et la
protection clinique chez des sujets de Dielmo ceci aussi bien en analyse multivariée
qu’univariée par des tests de régression de Poisson.
Perspectives : Les investigations du test fonctionnel ADRB en cours sont :
- d’évaluer l’utilisation comme cellule effectrice dans le test ADRB de la lignée cellulaire
PLB985, qui est une lignée myéloïde pouvant se différencier en cellules de type polynucléaire
- d’évaluer la possibilité d’utiliser dans le test ADRB des billes spécifiques recouvertes
d’antigènes d’intérêt.
1.3 Détermination de marqueurs d’exposition, de transmission et/ou de corrélats de
protection
Coordinateur : Aissatou TOURE
Investigateurs : Fodé Diop, Michel Makhtar Faye, Adama Tall, Vincent Richard.
Objectif : Il s’agit grâce à la sérothèque constituée dans le cadre du projet Dielmo_Ndiop et en
s’appuyant sur les données entomologiqes, parasitaires, cliniques de la base de donnée, d’analyser les
réponses immunologiques qui ont accompagnées les changements épidémiologiques ainsi que les
changements de traitement au cours des dix dernières années.
En effet, au cours des années de suivi longitudinal, différents paramètres ont eu à influer sur
l’épidémiologie du paludisme :
- modification des traitements de l’accès palustres, selon la politique nationale (chloroquine,
puis amodiaquine combinée à la sulfadoxine/pyriméthamine puis combinaisons de dérivés
d’artémisinine)
- introduction de moustiquaires imprégnées
- traitement préventif intermittent de la femme enceinte
Ces interventions ont eu un impact important sur la morbidité qui a pour origine probable des
modifications de la transmission et en conséquence des changements de la réponse immune
spécifiques du parasite Plasmodium falciparum.
Nos études ont pour but de mettre en évidence que l’outil sérologique pouvait être un outil
d’exploration des changements épidémiologiques
Méthodes
Une première étude a porté sur la caractérisation des réponses immunes par une évaluation des
réponses anticorps de type IgG (Immunoglobulines de type G), vis-à-vis d’antigènes de formes
asexuées de Plasmodium falciparum (P. falciparum) ceci à dix ans d’intervalle (en 2000 et en 2010) et
sur deux populations vivant en zone d’endémie différente : (à Dielmo et à Ndiop).
Pour cela nous avons utilisé des extraits bruts de schizontes et mérozoites de souches sauvages
adaptées à la culture au laboratoire (de F15, F16 et 0703) et une souche de référence Palo Alto (PA).
Nous avons analysé les réponses immunes observées en tenant compte des données épidémiologiques
comme l’âge, le village.
41 sur 113
Résultats
Les réponses anti-IgG des schizontes issus de 0703 qui est une souche de la zone de Dielmo sont les
plus reconnues. De ce fait cet antigène a été utilisé pour étudier la variation de la réponse anticorps
entre les deux zones et au cours du temps.
L’ensemble de nos résultats ont mis en évidence une baisse significative de la séroprévalence entre
2000 et 2010. De plus, nous constatons que, la différence de séroprévalence observée en 2000 entre
les deux sites a disparu en 2010 avec principalement un changement de profil de la séroprévalence à
Dielmo dont le profil se rapproche de celui de Ndiop.
Par ailleurs le niveau moyen des réponses anticorps a également connu une diminution significative
entre 2000 et 2010 avec un changement important dans les niveaux moyens de réponse dans les
différentes catégories d’âge (en particulier à Dielmo.
Notre étude montre que l’utilisation des extraits parasitaires semble adaptée comme outil d’évaluation
et pourrait contribuer à une meilleure compréhension de la situation épidémiologique du paludisme.
Perspectives
Des études plus approfondies vont permettre d’analyser plus finement l’évolution dans le temps des
réponses immunologiques et de travailler sur des modèles prédictifs.
1.4 Mise en place d’une plate-forme d’analyse des biomarqueurs de l’infection palustre
Coordonnateur : Ronald Perraut
Le projet repose sur la mise en place d’un nouveau système d’analyse ELISA Multiplex de la
technologie Xmap system de millipore. L’appareil développé récemment, le MAGPIX , est basé sur
une capture de billes magnétiques éclairées par 2 systèmes LED d’identification et de mesure à l’aide
d’une caméra CCD. C’est un appareil compact, robuste, plus simple d’emploi et moins onéreux que
ceux utilisant la technologie laser actuellement en place dans les divers laboratoires. Les premières
mises au point ont débuté fin 2012
Le projet va mettre à profit les études longitudinales du projet Ndiop/Dielmo pour étudier la
dynamique des réponses au cours du temps et rechercher les biomarqueurs signant une réduction de
l’immunité anti-plasmodium. L’objectif est de pouvoir analyser un nombre élargi de biomarqueurs de
l’immunité des populations afin d’identifier les marqueurs associés à la phase précoce du regain de
susceptibilité au paludisme clinique.
Ce projet bénéficie des financements suivants :
- Rotary Club International 90 000 USD (50% matériel -50% personnel formation & missions)
- ACIP (Action Concertée Instituts Pasteur) 4 partenaires IP Paris – IP Dakar – IP Madagascar –
IP Côte d’Ivoire budget total 51 800 Euros (part IPD 11 000 Euros)
1.5 Immunobiologie du parasite et phénotypes épidémiologiques
Coordination : Aissatou Touré, Makhtar Niang
L’étude de la biologie du parasite (génétique, polymorphisme et dynamique des populations
parasitaire) et son impact sur l’immunité sont en cours d’investigation en particulier dans le cadre du
renforcement des capacités en biologie moléculaire de l’équipe ceci dans le cadre de partenariats avec
d’autres équipes nationales (Laboratoire Bactério-Viro HALD) ou internationales de (projet
WANETAM par exemple).
Deux études sont en cours :
- Caractérisation des souches de Plasmodium falciparum circulant dans la zone de Toubacouta
dans le cadre du projet EDCTP (détermination des paramètres paludométriques dans cette
zone)
42 sur 113
-
Projet « Développement et essais sur le terrain de nouveaux outils génomiques parasites
(Barecoding) pour mesurer la transmission du paludisme » ceci en collaboration avec Harvard
School of Public Health (Equipe Dyan Wirth, Sarah Volkman,) HALD (Souleymane Mboup,
Daouda Ndiaye)
Cette étude se propose de d’évaluer la relation entre changements des profils
épidémiologiques du paludisme et phénotypes parasitaires
Le projet se propose d’évaluer la complexité des infections parasitaires dans des infections au
cours du temps, en prenant avantage de l’existence dans le cadre du projet Dielmo/Ndiop de
culots globulaires parasités recueillis au cours du temps soit dans le cadre du suivi
systématique soit dans le cadre d’accès cliniques.
Ce projet bénéficie d’un financement de Malaria Eradication Scientific Alliance (MESA) avec
comme coordonnateur John Apponte (Mozambique).
1.6 Etudes dans des domaines de pathologies autres que le paludisme dans le cadre de
partenariats internes et externes
Collaboration avec l’Unité d’Arbovirologie et celle de Virologie pour étudier l’implication
d’infections virales dans les fièvres non déterminées comme étant d’origine palustre.
2. Missions scientifiques, ateliers et congrès
WHO Malaria Vaccine Advisory Committee (MALVAC)
- MALVAC 2012 Scientific Forum: Accelerating Development of Second Generation Malaria
Vaccines, 20-21 February 2012 (Participation
- WHO Malaria Vaccine Advisory Committee Meeting, 22 February 2012
En tant que membre du Comité MALVAC Mme Aissatou Touré participe au forum annuel suivi de la
réunion du Comité Scientifique de MALVAC en vue de l’orientation des activités dans le domaine de
la recherche vaccinale contre le paludisme :
Comité scientifique EVI (European Vaccine Initiative)
En tant que membre, Aissatou Touré participe aux réunions du comité scientifique de EMVI en vue de
l’évaluation des projets soumis à EMVI pour financement
- Réunion comité scientifique : 19 Mars 2012
- Réunion comité scientifique : 10 Septembre 2012
- Participation au Forum Scientifique EVI : 04-05 Décembre 2012
Comité de sélection du prix Hideyo Noguchi pour l’Afrique, institué par le gouvernement
japonais
Le Prix Hideyo Noguchi vise à honorer des personnalités éminentes qui ont fait des réalisations
remarquables dans les domaines de la recherche médicale et des services pour combattre les
maladies infectieuses et autres en Afrique, contribuant ainsi à la santé et au bien-être des
populations africaines et de toute l'humanité. Aissatou Touré, en accord avec la direction de
l’IPD a accepté de faire partie d’un des comités de sélection :
-
1ère réunion : Nairobi, 22-23 Aout 2012
2ème réunion : Tokyo, 30-31 Octobre 2012
43 sur 113
Groupe de travail du CIOMS pour la révision des Lignes directrices internationales
d’éthique pour la recherche biomédicale impliquant des sujets humains
Le Conseil des Organisations Internationales des Sciences Médicales et l’OMS ont élaboré un
document contenant des principes directeurs éthiques internationaux concernant les recherches
biomédicales sur des sujets humains. Ces directives élargissent et approfondissent les principes
éthiques contenus dans la Déclaration d'Helsinki, en particulier vis-à-vis de la recherche dans les pays
en développement. Ces lignes font l’objet de révisions suivant que la nécessité se fait sentir du fait des
avancées scientifiques ou de l’apparition de nouvelles problématiques. Aissatou Touré a accepté de
faire partie du groupe de travail pour la révision de ce guide :
- 1ère réunion : Genève, 4-5 Septembre 2012
Projet EDCTP Network of Excellence : En cours 150.000 Euros (2010-2012)
Projet EDCTP Senior Fellowship : 192.000 Euros ( 2011-2013)
4. Perspectives
-
Poursuivre l’étude des déterminants immunologiques associés à l’épidémiologie du paludisme
et en particulier évaluer l’outil sérologique comme outil d’évaluation de la transmission.
Développement des tests fonctionnels comme outil d’évaluation du niveau d’immunité et de
l’impact d’interventions.
Développement de la plate-forme Multiplex pour l’exploration des réponses immunes.
Développement des études sur la biologie du parasite : polymorphisme des souches
circulantes, complexité des infections en relation avec l’épidémiologie.
Développement d’une thématique liée au contexte de pré-élimination : étude de marqueurs liés
au portage de gamétocytes, évolution des anticorps anti-gamétocytes en relation avec
l’épidémiologie.
44 sur 113
Unité d’immunogénétique
Responsable scientifique : Alioune DIEYE, Chef de Laboratoire (2001), PharmD, DSc, Professeur
Titulaire de classe exceptionnelle
Personnel scientifique :
Babacar MBENGUE, Maître- Assistant en Immunologie, PharmD, PhD, FMPO, UCAD
Gora DIOP, Maître- Assistant Génétique, Biologie moléculaire, PhD, FST, UCAD
Rokhaya Ndiaye DIALLO, Maître- Assistant Génétique Humaine, PharmD, PhD, FMPO, UCAD
Etudiants en thèse d’exercice et en Master d’Immunologie:
Mariama Sadio Diallo, Aissata BASSE NDIAYE, Malick BADIANE, Mountaga DIALLO
- Unité d’Immunologie : Perraut R, Touré A
- Unité d’Epidémiologie : Tall A, V Richard, E Espié
Collaborations nationales
- Hôpital Principal de Dakar :
o Services de Réanimation : Pr Diatta B, Dr Niang B
o Service Pathologie Infectieuse: Drs Fall Ba K et BA PS
o Service Biologie Clinique : Dr Fall B
- Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes [URMITE] IRD,
Dakar, Drs. Trape JF et Sokhna C.
- UCAD / Laboratoire de Parasitologie et de Mycologie (HALD) : Pr Daouda Ndiaye D ;
- UCAD / Unité d’Immunologie (Laboratoire de Bactériologie et Virologie (HALD) : Pr Dièye
T N.
- UCAD, / Laboratoire de Bactériologie et Virologie (HALD) : Dr Aouidi A
Collaborations internationales
- Institut Pasteur Paris :
o Unité d'Immunologie Moléculaire du Parasite : Dr Vigan-Womas I Puijalon O
o Unité de Biologie des Interactions Hôte-Parasite : Pr Sherf A, Dr Mecheri S
- CNRS URA 2581 : Laboratoire de Vaccinologie Parasitaire: Dr Longacre S
- Institut de Génétique et de Biologie moléculaire-CEPH (IGBM Paris) : Professeur Lathrop M
- Centre National de Génotypage (CNG, Génopole Evry) : Dr Zelenika D
1. Introduction
L’Unité d’Immunogénétique a été créée le 2 mai 2012 sur les cendres de l’ancien laboratoire
d’Immunogénétique. Elle a avec comme objectif majeur de redynamiser le pôle de recherche sur le
paludisme à l’Institut Pasteur de Dakar (IPD).
Ces missions sont les suivantes :
- développer des activités de recherche dans le domaine des maladies infectieuses en particulier
l’étude des aspects immunogénétiques et immuno-pathologiques de l’interaction hôte-parasite
45 sur 113
-
-
dans le paludisme. L’étude des facteurs immunologiques associés à la gravité dans le
paludisme de recrutement hospitalier au Sénégal est actuellement le thème majeur. Les
activités de recherche sont menées en collaboration avec des équipes scientifiques nationales
(IPD, Universités, Ministères, Instituts de recherche) ou internationales.
mener des activités enseignement et formation dans le cadre de partenariats avec des
institutions de recherche et d’enseignement notamment avec l’Université Cheikh Anta Diop de
Dakar et les autres universités du Sénégal.
mener des activités de santé publique et d’expertises dans le cadre des programmes nationaux
de recherche pour la santé établis par le Ministère de la santé et de l’action sociale. Les
activités vont de la participation à l’élaboration des programmes de recherche (missions
d’expertise) à l’exécution de ces programmes.
Le personnel comprend outre le chef d’Unité et un technicien supérieur employés de l’IPD, trois
enseignants –chercheurs de l’Université Cheikh Anta Diop de Dakar. Ces derniers sont autorisés à
effectuer leurs travaux de recherche dans l’Unité d’Immunogénétique de l’IPD dans le cadre d’une
convention signée entre l’Université Cheikh Anta Diop de Dakar et l’Institut Pasteur de Dakar. Des
étudiants y préparent leurs thèses d’exercice ou leurs Masters d’Immunologie.
2.1. Evaluation de la réponse inflammatoire et des réactions immuno-allergiques dans la
physio-pathogénèse des manifestations cliniques du paludisme
Investigateur principal : Dr Babacar Mbengue PharmD, PhD, Maître-Assistant en Immunologie,
FMPOS UCAD / Unité d’Immunogénétique (IPD).
Collaborations: Perraut R et Dieye A (IPD), Mecheri S (IP Paris), Diatta B (HPD), Niang B (HPD),
Fall Ba K (HPD) ; Ba PS (HPD), Fall B (HPD), Touré A, Tall A.
Contexte
Dans les pays où le paludisme est endémique, 15-40% de la population souffre aussi de maladies
allergiques. Les cellules T helper de type 2 (Th2), leurs cytokines connexes, les IgE, les éosinophiles
et les mastocytes jouent un rôle majeur dans l'inflammation allergique. L’équilibre des réponses
Th1/Th2 joue un rôle important dans le développement du paludisme clinique, suite à une infection
par Plasmodium falciparum, comme cela a été suggéré par de nombreuses études.
Le rôle des IgE / FcεRI- dans le processus inflammatoire et la pathogenèse du paludisme a été étudié
dans le cadre d’un modèle de neuropaludisme expérimental chez la souris (ECM). Les résultats
indiquent un rôle pathologique des IgE qui agissent par l'intermédiaire FcεRI pour promouvoir le
développement de la maladie.
Chez l’homme, plusieurs constatations suggèrent que les IgE pourraient jouer un rôle néfaste au cours
du développement du paludisme. Des données récentes ont montré que les niveaux d'IgE sont
significativement plus faibles chez les patients atteints de paludisme simple par rapport à ceux qui
souffrent de paludisme grave.
Objectif
Ce projet a pour but de :
- identifier chez des sujets vivant en zone endémique , la prévalence et la fréquence des
polynucléaires neutrophiles (PNN) circulants exprimant le FcεRI et portant des IgE à leur
surface ;
46 sur 113
-
établir si l’apparition de cette population de cellules (PNN) est associée à la parasitémie et/ou
à la sévérité de la maladie.
Méthodes
Plusieurs groupes de patients avec différents états cliniques et/ou sans infection parasitaire sont inclus.
Tous les patients sont recrutés à l’hôpital Principal de Dakar et les sujets témoins au LABM de l’IPD.
30 à 40 sujets par groupes seront recrutés :
- patients présentant des accès graves : deux échantillons sont nécessaires l'un lors de
l'admission pendant l’épisode fébrile et un après la résolution des symptômes ;
- patients atteints de paludisme simple (non compliqué);
- patients hospitalisés pour des infections autres que le paludisme ;
- sujets témoins donneurs asymptomatiques afin de définir le niveau de base d’expression du
récepteur FcεRI dans la population.
Les PNN isolés sur Polymorphprep™ seront analysés ensuite pour l'expression en surface de FcεRIα
et IgE par marquage et lecture en cytométrie de flux.
Les plasmas seront stockés à -80 C puis analysés pour leur contenu en IgE totales et spécifiques
d’antigènes parasitaires et en cytokines inflammatoires: l’IL-6, l’IL-8, le TNF-alpha, l’IL-4, l’IL10 et
l’IFN-gamma par des techniques ELISA classiques.
L’analyse des données prendra en compte l’âge, le statut clinique, la parasitémie et la durée des
symptômes pour les accès palustres graves et le groupe hospitalisé témoin.
Résultats
Mise au point des techniques : 2 patients atteints de neuropaludisme ont été recrutés en novembre
2012, avec un recueil de 4 ml de sang par patient. Le délai entre le recueil du sang et l’isolement des
cellules est en moyenne de 4H et la séparation des cellules a été faite au gradient de Ficoll combinée à
une lyse des hématies pour les PNN. Toutes les cellules isolées sont conservées à -150° C.
Conclusion et perspectives.
La validation de ces données peut ouvrir de nouvelles perspectives pour la compréhension des
mécanismes physiopathologiques impliqués dans le paludisme grave et susciter la mise en place de
nouvelles approches thérapeutiques.
Ce projet permettra de :
- renforcer le partenariat entre les Hôpitaux de Dakar / Institut Pasteur de Dakar / Université
Cheikh Anta Diop de Dakar / Institut Pasteur Paris pour la mise en place de suivis cliniques et
de projets de recherche clinique dans le cadre de recrutements de paludismes hospitaliers
- contribuer au transfert de technologie et à la formation des chercheurs.
2.2. Génétique de la survenue du paludisme grave : Approches génomique et
transcriptomique
Investigateur Principal : Dr Gora DIOP, Co- Investigateur : Dr Rokhaya Ndiaye
Collaborations:
Dieye A, Mbengue B, Diatta B (HPD), Niang B (HPD), Fall Ba K (HPD), Ba P S (HPD), Fall B
(HPD), Institut de Génétique et de Biologie moléculaire-CEPH (IGBM Paris) : Professeur Mark
Lathrop, Centre National de Génotypage (CNG, Génopole Evry) : Dr Diana Zelenika.
Contexte
Les mécanismes qui sous tendent la pathogenèse de Plasmodium falciparum et la survenue de la forme
cérébrale restent largement inconnus. Les facteurs génétiques du parasite et ceux de l’hôte jouent un
rôle important dans la pathogenèse. En effet, il a été observé que seuls 8 à 15% des 225 millions de
sujets affectés de paludisme dans le monde, évoluent vers une forme cérébrale. De plus, il a été
47 sur 113
démontré qu’un portage asymptomatique de Plasmodium falciparum est observé chez plus de 90% des
sujets vivant en zone holo-endémique. Tout ceci suggère l’existence d’individus probablement plus
susceptibles que d’autres, et que les facteurs génétiques humains pourraient donc jouer un rôle dans la
protection contre l’infection ou son évolution vers les formes graves.
Objectif :
L’objectif du projet est de mettre en évidence les facteurs génétiques humains pouvant expliquer les
différents profils de survenue des formes graves du Paludisme avec une approche s’articulant autour
de deux axes :
- le génotypage des souches parasitaires ;
- une Mega Analyse Whole-Genome : Genome-wide Expression de gènes (Transcriptomewide) et Génome-wide- Association (GWAS).
Méthodes
Le génotypage des souches parasites se base sur une approche classique et systématisée de
PCR/Séquençage. Elle cible en priorité les gènes porteurs de variabilité allélique importante : le gène
de la Glutamate Rich Protein (GLURP) localisé sur le chromosome 10, le gène MSP1 localisé sur le
chromosome 9, le gène MSP2 localisé sur le chromosome 2.
Ces loci-cible, hautement polymorphes, ont permis de réaliser des analyses de distribution allélique en
régions endémiques.
Une Analyse Whole-genome: Génome-wide Gene Expression (ou Transcriptome -wide) et Génomewide- Association (ou GWAS) sera développée à l’aide d’une plateforme Illumina (Solexa). Il consiste
à réaliser des comparaisons au niveau génomique entre les deux extrêmes accès simple du paludisme
vs formes graves du paludisme afin de déterminer l’existence de locus génétiques incriminés dans la
survenue des formes graves du paludisme. Une comparaison entre accès simple ou formes graves du
paludisme avec des sujets sains contrôle de la population générale sera effectuée pour déceler des
locus de prédisposition. D’autres polymorphismes candidats répertoriés dans la littérature seront aussi
étudiés après construction d’une véritable banque d’ADN. L’approche transcriptome -wide permettra
de réaliser des comparaisons multiples (profils d’expression lors de l’hospitalisation vs avant
hospitalisation par exemple). Ceci permettra d’évaluer les gènes surexprimés ou sous exprimés dans le
cadre des formes graves du paludisme.
Résultats attendus
L’Unité d’immunogénétique de l’Institut Pasteur de Dakar (IPD), en collaboration avec l’Hôpital
Principal de Dakar (HPD), dans le cadre d’un recrutement prospectif de patients atteints du paludisme:
accès simple et formes graves dispose de matériels biologiques provenant de 148 patients atteints de
formes graves et 142 patients atteints d’accès simple. Le recrutement est actuellement limité à
l’hôpital Principal pour garantir une « homogénéité clinique » des patients. Il pourra être étendu à
d’autres centres hospitaliers répartis dans les différentes régions du Sénégal.
2.3. ICEMR (International Center of Malaria Research)
Investigateur principal: Pr Ndiaye D., FMPO UCAD / Laboratoire de Parasitologie et de Mycologie
(HALD)
Collaborations : Dieye TN, Unité d’Immunologie (Laboratoire de Bactériologie et Virologie
(HALD); Mbengue B, Dieye A, Aouidi A, UCAD / Laboratoire de Bactériologie et Virologie (HALD)
Institutions participantes :Université de Tulane, USA ; National Institute of Health, USA ;
Université de Havard, USA ; Université CA Diop de Dakar (UCAD) : FMPO et FST, Sénégal ;
Hôpital Aristide Le Dantec, Dakar, Sénégal, Institut Pasteur de Dakar: Unité d’Immunogénétique,
Dakar Sénégal, Medical Research Council (MRC), Banjul, Gambia ; Université de Bamako : FMPO,
Bamako, Mali.
48 sur 113
Contexte
Il s’agit d’un projet multicentrique concernant quatre sites dont deux villages localisés en milieu rural
au Mali (Dioro et kéniéroba); le site gambien de Basse et la ville de Thiès au Sénégal pour le
recrutement des cas de paludisme urbain.
Le projet comprend 3 axes:
- Axe 1: Etude des aspects immuno-épidémiologiques et entomologiques
- Axe 2 : Etude des aspects immunologiques et l’immuno-pathogenèse du paludisme ;
- Axe 3 : Etude de la résistance du parasite aux antipaludiques (génétique de la résistance et
chimio-sensibilité).
L’Unité d’Immunogénétique est impliquée dans les axes 1 et 2.
Objectif
- établir une cartographie de la réponse immunitaire anti palustre (Ac) dans la population
globale au niveau d’une zone de paludisme urbain avant et après la période de transmission ;
- évaluer les réponses immunitaires humorales et cellulaires chez les patients avant et après
traitement anti-palustre. Des corrélations avec l’âge, la sévérité de la maladie et le type
d’hémoglobine seront recherchées.
Résultats :
Etudes immuno-épidémiologiques :
1300 individus ont été prélevés au niveau de trois quartiers sélectionnés de la ville de Thiès; en Juin
2012, avant la saison de transmission. Ces prélèvements (sérums et culots globulaires) conservés à 80° C devront servir au dosage des réponses IgG et IgM contre des extraits totaux de P. falciparum et
des peptides candidats vaccins dont MSP1 et AMA-1 par ELISA et typage de l’hémoglobine par
HPLC. Chez les mêmes populations, une seconde phase de prélèvement est en préparation afin
d’évaluer les mêmes réponses anticorps après la période de transmission palustre.
Evaluation des réponses immunitaires humorales (IgG, IgM et sous classes d’IgG anti
Plasmodium, peptides candidats vaccins) et cellulaires avant et après traitement :
Entre les mois de Septembre et Décembre 2012, 120 patients consultant pour un accès palustre simple
au niveau du Service de Lutte Antiparasitaire de Thiès ont été recrutés. Les études de l’immunité
cellulaire reposent sur l’évaluation par cytométrie de flux des quatre sous-populations de cellules T
helper (Th) à savoir les Th1; les Th2, les Treg et les Th17. Il s’agit d’un marquage extra cellulaire
couplé à une caractérisation intracellulaire des cytokines (IFN; IL4, IL17 et IL10) principalement
produites par ces cellules T à l’issue d’une stimulation in vitro par des super-antigènes (PMA/
Ionomycine) ou peptides candidats vaccins antipalustres.
En attendant la validation des SOPs pour ces différentes techniques, les PBMC des patients avant (J0)
et après traitement (J7) sont conservés à -150°C.
3. Missions scientifiques, atelier et congrès
Pr Dieye A :
- Réunion du Comité de coordination des scientifiques africains du programme EDTCP, 14-15
mars 2012, Cape Town, Afrique du Sud.
- Membre de jury de thèse en co- tutelle UCAD - Université DESCARTES, PARIS, France, 19
mars 2012 au 24 mars 2012.
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-
-
-
Réunion du Partnership Board du programme EDTCP, La Haye, Pays Bas, les 10-13 avril
2012.
Research for Health in Africa and Global forum 2012, Cape Town , Afrique du Sud du 23-28
Avril 2012
Réunion de l’Assemblée Générale du programme EDTCP, Copenhaguen, Danemark, du 12 au
16 mai 2012.
XVIII International congress for Tropical Medicine and Malaria 23 to 27 September 2012Rio de Janeiro, Brazil
Coordonnateur de la participation des services de l’IPD au SISDAK 4 : 5 au 8 juillet 2012 à
Dakar : Stand (Unité de production vaccin Fièvre jaune, Laboratoire d’Hygiène, sécurité
alimentaire et environnement, Laboratoire d’Analyses médicales) ; communication sur
l’Observatoire Dielmo et Ndiop.
Consultation nationale sur la recherche pour la santé organisée par le Ministère de la santé et
l’action sociale : Modérateur et Rapporteur : 4 au 6 octobre 2012 (Représentation de
l’Administrateur de l’IPD).
Réunion commune du Partnership Board -DCCC du programme EDTCP, La Haye, Pays Bas,
du 27 au 31 octobre 2012.
Réunion de l’Assemblée Générale du programme EDTCP, Cape Town, Afrique du Sud 2-3
novembre 2012.
High Level Meeting sur EDCTP, Cape Town, Afrique du Sud, 5 Novembre 2012.
Journées scientifiques, Faculté de Médecine, de Pharmacie et d’Odontologie, UCAD les : 1213 décembre 2012 : Président du Comité scientifique
Congrès de la Société Ouest Africaine de Parasitologie, Dakar 20-23 décembre 2012
Intérim de l’AG sur les questions urgentes scientifiques et techniques
Représentation de l’Administrateur Général à différentes réunions scientifiques ou
administratives : Académie des Sciences et techniques du Sénégal, OMS Pays, Ministère de la
Santé.
-
Budget : 45 050 USD
2012 ; durée : 2 ans
Financement : Grant Clayton Dedonder, début Projet : Décembre
5. Perspectives
Le renforcement des capacités de recherche est devenu aujourd’hui plus qu’indispensable pour la
survie de la Fondation IPD dans l’environnement national, sous-régional et international.
La réouverture de cette unité participe à cette volonté et devrait s’appuyer sur plusieurs options
complémentaires :
- formation continue et recrutement de jeunes chercheurs nationaux pour assurer la relève;
- accueil de chercheurs dans le cadre du réseau des Instituts Pasteur et Instituts associés, dans le
cadre de collaborations internationales ou des post-doctorants. Ces chercheurs devront
s’intégrer ainsi dans la stratégie générale de l’Institut et travailler sur les thématiques définies.
- partenariat structurel avec l’UCAD et les autres universités nationales. Ce partenariat est
crucial et permettrait de mieux ancrer l’institut dans le dispositif national de recherche et lui
donner une visibilité plus que méritée. Des conventions de partenariat permettant au
personnel scientifique des universités, de partager des plateformes de recherche et/ou des
thématiques devraient être systématisées.
50 sur 113
Unité d’épidémiologie des maladies infectieuses
Responsable scientifique : Adama Tall, chargé de recherche, MD, MPH, PhD
Personnel scientifique
Vincent Richard, MD, MPH, HDR
Emmanuelle Espié, Dr Vet, MPH, PhD (Arrivée à l’UEMI le 16 février 2012)
Fatoumata Diene Sarr, Cadre Administratif et Technique, MD, MPH
- Unité d’entomologie médicale ; Diallo M ;
- Labortaoire de bactériologie expérimentale : Gassama-Sow A
- Laboratoire de virologie médicale : Niang M
- Laboratoire d’immunologie : Toure A
- Laboratoire d’analyses médicales : Seck A
- Centre de vaccinations internationales : Diallo K,
- Unité de production du vaccin fièvre jaune : Chambaud S puis Robineau N.
Nationales
- IRD Paludologie Afro tropicale : Trape J-F.
- Ministère de la Santé et de l’Action Sociale : Ba OI
- Institut Santé et Développement (Ucad) : Tal-Dia A
- Hôpital Fann : Sow D
- Hôpital Principal de Dakar : Ba-Fall K
- Université Gaston Berger : Diop A
Internationales
- IP Paris : Puijalon O & Sakuntabhaï A
- Université Paris Descartes : Avner-Bar H
- Université d'Oxford, Kwiatowski D
- Association Médecine du Voyage : Rapp C
- Agence de Médecine Préventive : Aplogan A
- Institut International du Vaccin : Marks F.
Introduction
Les activités de l’unité d’épidémiologie se sont beaucoup diversifiées ces 5 dernières années, dans les
domaines des anti-infectieux bactériens, de la virologie, des salmonelloses et des infections
respiratoires.
La convention de recherche sur les sites de Dielmo et Ndiop en tant que plateforme de recherche sur le
paludisme et les autres pathologies infectieuses est en cours de signature entre l’IP de Dakar, l’IRD, le
Ministère de la Santé, l’IP Paris et l’Université Cheikh Anta Diop.
51 sur 113
Dans le cadre de la convention qui lie l’unité d’épidémiologie et l’UFR Statistiques et Mathématiques
Appliquées de l’université Gaston Berger, un financement additionnel de MalariaGen obtenu en 2010
a permis d’envoyer 2 étudiants de biostatistiques en thèse à l’IP Paris (Dr Anavaj Sakunthabaï) pour
l‘analyse des données génétiques. La surveillance sentinelle syndromique mise en place en mai 2012
dans plusieurs sites d’étude donne hebdomadairement des informations au Ministère de la Santé
renforçant ainsi la collaboration entre l’IP Dakar et le Minsitère.
1.1. Thématique paludisme
Plateforme de recherche sur le paludisme et les autres pathologies infectieuses de Dielmo et
Ndiop
Durant toute l’année 2012, seuls 40 cas de paludisme ont été enregistrés dans les 2 villages en
comparaison des 1200 cas annuels au début du programme, réduisant d’un facteur 30 la morbidité
palustre. Cependant, si l’arsenal actuel et la mise en œuvre des mesures de lutte produisent des effets
très positifs, la contrepartie est que le parasite P. falciparum, comme le vecteur, les Anophèles,
déploient de puissantes capacités de résistance aux traitements et aux insecticides. La conséquence de
l’utilisation massive de moyens de lutte contre le vecteur et du traitement systématique et précoce des
accès palustres est une baisse générale du niveau de l’immunité acquise dans ces 2 villages. La mise
en place d’une surveillance syndromique au quotidien est un outil très adapté au faciès actuel de préélimination. Par ailleurs, le contexte actuel nécessite de continuer d’investiguer les biomarqueurs de
l’immunité des populations afin d’identifier les marqueurs associés à la phase précoce du regain de
susceptibilité au paludisme clinique et de comparer ces marqueurs chez les mêmes individus exposés à
des faciès épidémiologiques d’holoendémicité, de contrôle et de pré-élimination du paludisme. Un
financement de 45000 USD a été obtenu du Rotary pour venir en appui au fonctionnement des 2
stations de recherche dans le cadre du projet pour la mise en place d’une plate-forme d’analyse des
biomarqueurs du risque d’émergence de paludisme grave.
Détermination des paramètres paludométriques, et de caractéristiques immunologiques et
biologiques chez les enfants de l’arrondissement de Toubacouta, District de Sokone; Sénégal »
Ce projet a pour but de décrire les données paludométriques, immunologiques, et biologiques d'enfants
de moins de dix ans vivant dans l'arrondissement de Toubacouta, en vue de déterminer la pertinence
de mise en place d'un site d'essai clinique de vaccins antipaludiques dans cette zone.
Lors du recensement qui a eu lieu du 17 août au 14 septembre 2010, 396 concessions ont été
identifiées dans les 8 villages sélectionnés. Parmi ces 1443 enfants de moins de 10 ans recensés, 1367
enfants (94.7%) ont été finalement inclus dans l’étude. Sur les 1367 enfants inclus dans l’étude, 683
étaient des filles et 684, des garçons. L’âge médian était de 5 ans (extrêmes: 10 mois - 10 ans ;
moyenne = 4.8 ans). La splénomégalie et l’hépatomégalie ont été observées respectivement chez 0,7%
et 1,1% et 1,3% avaient de la fièvre (température axillaire ≥ 37,5°C) à l’examen initial d’inclusion.
L’anémie a été retrouvée chez 43 enfants (hémoglobine ≤ 7 g/dL), dont 3 avec une anémie sévère
(hémoglobine ≤ 5g/dL).
Le portage du trait drépanocytaire a été observé chez 3% des enfants. La répartition des groupes
sanguins A, B, AB et O était respectivement de 26%, 21%, 4% et 47%. Seule l’espèce Plasmodium
falciparum a été retrouvée à l’examen des lames de gouttes épaisses à la prévalence de 7,5%.
Sur un échantillon de 99 enfants, les recherches de Giardia (kystes), Entamoebea hystolitica,
Entamoebea coli, Endolimax, œufs de trichocéphale, œufs d’hymenolepis, œufs d’ankylostome, œufs
52 sur 113
d’oxyure, œufs de taenia et d’ascaris étaient négatives. La présence d’œufs d’ascaris a été détectée
dans les selles de deux enfants.
1.2. Programme de Surveillance de la Fièvre Typhoïde en Afrique (PSFTA)
Le but de ce projet est d'établir une surveillance durable de la fièvre typhoïde, paratyphoïde et des
autres salmonelloses invasives non typhiques (SNT). Les objectifs spécifiques sont : 1) obtenir des
données d'incidence comparables de la fièvre typhoïde et des salmonelloses invasives non typhiques
(SNT) en Afrique sub-saharienne grâce à une surveillance standardisée dans plusieurs pays ; 2) étudier
les facteurs de risque de gravité de la fièvre typhoïde. Le tableau 1 ci-après résume les résultats préliminaires. Vingt sept pour cent des hémocultures sont
positives avec un taux d’infection par salmonelles de 6 p 1000. Le recrutement initialement prévu dans
le centre de santé du district a été élargi à 4 autres structures sanitaires du département de Pikine avec
une prolongation jusqu’en décembre 2013.
En complément de l’étude clinique, 2 études compléemnatires ont été réalisées :
(i) l’étude sur le portage asymptomatique qui vise à identifier des porteurs chroniques de
salmonelles en examinant les selles de sujets adultes asymptomatiques ainsi que ceux de
patients et de proches parents ayant eu un antécédent de salmonellose afin de comparer les
proportions et d'évaluer les facteurs de transmission des salmonelles ;
- (ii) l'enquête sur l’Utilisation des Structures Sanitaires qui a pour objectifs de : o d’estimer la population de la zone de recrutement et identifier les lieux de provenance
des patients fébriles ; o de déterminer le comportement de résidents ayant recours aux soins dans la zone
d’implantation de l'établissement de santé de l’étude.
Age/sexe
population
Age
<2 ans
{2 - 5 ans[
Inclus
S.Typhi
Salmonella
non-typhi
paludisme
115
103
0
0
0
0
68
57
{0 - 5 ans[
{5 - 15 ans[
50300
96152
218
281
0
3
0
0
125
98
<15 ans
≥15 ans
146452
195726
499
789
3
2
0
4
223
231
168352
173826
342178
735
553
1288
2
3
5
2
301
153
454
Sexe
Masculin
Féminin
Total
Tableau 1 : résultats préliminaires de la surveillance de la fièvre typhoïde à Pikine ; 2011 – 2012
1.3. Thématique infections respiratoires
Avec près de 17 millions de victimes par an sur un total de 57 millions en rapport avec des maladies
infectieuses, l’Afrique est de loin le continent qui paie le prix le plus important.
Les infections respiratoires aigües sont l’une de deux principales causes de mortalité parmi les enfants
de moins de 5 ans. Sur cette thématique les champs de recherche ont souvent concerné la tuberculose.
Mais depuis ces dernières années, les virus respiratoires sont pris en compte avec le développement de
programmes de surveillance et de recherche notamment avec la récente pandémie liée au virus
53 sur 113
A(H1N1). Améliorer la surveillance de ces maladies aiderait à mieux cerner les priorités de santé
publique mais les systèmes de surveillance de routine des pays africains ne fonctionnent pas. Comme
les ressources pour la surveillance sont faibles dans de nombreux pays à ressources limitées, les
systèmes de surveillance dans ces pays ont besoin d'être simples, l’institut Pasteur de Dakar a proposé
un réseau sentinelle syndromique basé sur un transfert quotidien des données par SMS en mars 2012.
En effet si l’épidémiologie des virus grippaux est bien documentée dans les pays industrialisés, la
grippe a longtemps été laissée pour compte dans les pays en voie de développement où toute fièvre
était alors considérée comme paludisme. Le fardeau mondial de la grippe influenza A et B sur la
morbidité, la mortalité et l’économie est considérable, avec une estimation de près de 1 million de
décès annuels dans le monde entier survenant essentiellement aux âges extrêmes. La grippe influenza
A classée en deux sous type AH3N2 et AH1N1 est généralement plus répandue et conduit à une plus
grande mortalité chez les humains alors que la grippe influenza B est source d’une morbidité plus
importante. Le risque pandémique du virus aviaire H5N1 et plus récemment du virus H1N1
pandémique ont fait resurgir le spectre de la grippe, souvent considérée par les populations comme une
maladie courante.
Deux études ont débutées en 2012, l’une s’appuyant sur les données et prélèvements réalisés sur les
sites de Dielmo et Ndiop qui visent par des études sérologiques à étudier la diffusion des virus
grippaux saisonniers et pandémiques au sein des populations et à mesurer la part des formes
asymptomatiques.
Une autre étude s’intéresse à mettre en place et à valider un outil de surveillance dans la filière
d’élevage des porcs à Dakar. Elle est basée sur les principes de « one health ». La surveillance animale
est couplée à une surveillance humaine deux fois par semaine. Le projet vise à améliorer la
connaissance sur l’histoire naturelle des virus grippaux, et plus particulièrement sur la transmission
entre le porc et l’homme, les risques de diffusion de virus grippaux émergents ou non entre les deux
espèces et les risques de réassortiments. Les résultats attendus sont du domaine de la santé publique et
de la recherche. Ils serviront (i) à valider des stratégies de surveillance des élevages de porcs pour un
meilleur contrôle de l’émergence de virus grippaux, (ii) à mesurer le niveau de risque d’infection chez
les professionnels exposés aux porcs en vue de recommander une stratégie de prévention par la
vaccination, (iii)à identifier précocement des virus grippaux animaux adaptés à l’homme pour alerter
les autorités publiques afin de mettre en place des mesures barrières, (iv) à identifier les déterminants
de la transmission d’espèce à espèce.
1.4. Thématique surveillance épidémiologique
Réseau de surveillance sentinelle.
Afin d’améliorer la réactivité vis-à-vis des risques épidémiques liés aux maladies transmissibles, l'IPD
a développé en partenariat avec le ministère de la santé depuis mars 2012, un réseau de surveillance
sentinelle avec envoi quotidien d'information par SMS qui est animé par l'unité d'épidémiologie au
bénéfice du ministère de la santé. Appuyé par un financement du Ministère de la santé américain, ce
réseau s’est appuyé sur la dynamique mise en place dans le cadre de la surveillance de la grippe.
La surveillance sentinelle s’appuie sur des centres de santé de base avec (i) une surveillance clinique
par envoi quotidien d’un SMS comprenant le nombre de consultants, de fièvres, de cas de paludisme
confirmés par TDR, de syndromes dengue-like (SDL), de syndromes grippaux et de diarrhées (Ces
données sont collectées quotidiennement dans une base de données et sont analysées en temps réel
afin d’identifier des signaux d’épidémie) (ii) une surveillance biologique des arboviroses et de la
grippe par envoi hebdomadaire de prélèvements biologiques pour certains centres permettant ainsi de
suivre la circulation de virus.
54 sur 113
D’autres maladies ou syndromes pourraient être aisément inclus dans les pathologies surveillées. Ce
réseau vise à identifier les maladies à potentiels épidémiques avec une alerte précoce. Cette stratégie
ne se substitue pas aux systèmes de surveillance classique de routine déjà en place, mais se présente
comme un outil supplémentaire dont s’est doté le ministère pour identifier plus précocement le risque
épidémique et y apporter une réponse plus rapide.
Ce programme apporte aussi une information sur la part du paludisme dans la consultation fébrile et
est un outil pour le suivi d’indicateurs du programme de lutte contre le paludisme au Sénégal.
Ce réseau est opérationnel dans le cadre du réseau de surveillance de la grippe avec possibilité
d’effectuer des prélèvements à la demande. Il a permis d’alerter le Ministère de la Santé du Sénégal
lors de la forte circulation de virus grippal A(H3N2) fin septembre-début octobre 2012.
Surveillance des Manifestations Post-Vaccinales Indésirables (MAPI) au Centre de vaccinations
internationales de l’Institut Pasteur de Dakar
Dans le but de surveiller les risques d’effets indésirables liés à l’utilisation des médicaments et autres
produits de santé, le Ministère de la Santé et de l’Action Sociale du Sénégal a mis en place un système
national de Pharmacovigilance (AM N° 05036 du 22 avril 2009). Cette pharmacovigilance a entreautre pour objet la surveillance des manifestations indésirables liées à l’administration des vaccins.
C’est dans ce contexte et pour répondre à la réglementation, que l’Institut Pasteur de Dakar a mis en
place, à partir du 1er septembre 2012, une surveillance des Manifestations post-vaccinales indésirables
(MAPI) au Centre de vaccinations internationales.
Cette surveillance est basée sur (i) l’information du patient, au moment de la vaccination, du risque de
survenue d’effets indésirables dans les heures ou jours qui suivent la vaccination, (ii) la remise au
patient d’une brochure d’information, et (iii) la mise à disposition d’un numéro spécial pour déclarer
toute suspicion. Toute suspicion de MAPI fait l’objet d’une fiche de notification remplie par un
médecin.
2. Perspectives
La convention de recherche sur le paludisme et les maladies infectieuses au niveau de la plateforme
de Dielmo et Ndiop est en cours de signature entre les 5 partenaires que sont le MSAS, l’IPD, le
Ministère de la santé et de l’Action Sociale, l’Institut Pasteur de Dakar, l’Institut Pasteur à Paris,
l’Institut de Recherche de l’Université Cheikh Anta Diop. Cette convention devrait enfin permettre la
mise en place de comités de gestion et de coordination scientifique pour une meilleure collaboration
entre les partenaires. Les Drs Adama Tall et Vincent Richard participent depuis plusieurs mois à la
valorisation des données collectées au cours de vingt dernières années sur le site de Dielmo.
Les perspectives de recherche dans le domaine du paludisme devraient conduire à mieux mesurer le
risque de transmission et à s’intéresser aux hot spots de paludisme et aux mosaïques en milieu urbain
qui reste un milieu où la lutte semble plus difficile à mener qu’en milieu rural.
Le programme de Réseau de Surveillance Sentinelle Syndromique au Sénégal va se poursuivre en
2013 et verra l’ouverture de nouveaux centres pour permettre une meilleure couverture géographique
dans des zones où les risques de diffusion de phénomènes épidémiques auraient des conséquences
importantes sur les populations et l’économie du pays.
La Fondation Melinda & Bill Gates a lancé en 2013 récemment une « Coalition contre la Typhoïde »
avec la perspective d’inclure les hépatites dans ce projet multicentrique et les données obtenues sur les
indicateurs du paludisme ouvrent des perspectives d’élargir les sites sentinelles du programme
National de Lutte contre le Paludisme
55 sur 113
Unité d’entomologie médicale
Responsable : M Diallo, Chef de laboratoire, PhD
Scientifique : Yamar Ba, Chargé de recherche, PhD
Scientifique : Ibrahima Dia, Chargé de recherche, PhD
Etudiants : : Diawo DIALLO, Cheikh TALLA, Cheikh Tidiane DIAGNE, Badara SAMB, El Hadji
Amadou NIANG, El Hadji NDIAYE, El Hadji Malick NGOM, Alioune GAYE
Collaborations
- Unité des arbovirus et virus de fièvres hémorragiques : Dr Sall AA; Dr Faye O, Dr Faye O,
Dr Drame GF.
- Unité de Virologie Médicale : Ndiaye K, Dr Diop O., Dr Niang M.
- Unité d’épidémiologie des maladies infectieuses : Dr Tall A
- Unité d’Immunologie : Dr Touré A
Nationales
- Laboratoire d’Écologie Vectorielle et Parasitaire, Département de Biologie Animale.
Université de Cheikh Anta Diop de Dakar (LEVP-UCAD) : Dr Konaté L ; Pr Faye O.
- Centre de Suivi Ecologique (CSE) : Dr Ndione JA, Dr Faye A, Mr Ba T.
- Laboratoire Physique de l’Atmosphère et de l’Océan – Siméon Fongang (LPAO-SF-UCAD) :
Pr Gaye T, Dr Dème A, Dr Kébé CMF
- UFR Sciences Appliquées et Technologie, Université Gaston Berger de Saint Louis (UGB) :
Pr Diop A.
- Centre de Gestion et de Biologie des Populations (CBGP) ; Institut de Recherche pour le
Développement (IRD) : Dr Granjon L, Mr Ba K
- Service de Lutte Anti Parasitaire (SLAP) : Dr Dieng-Sarr M, Dr Sy N.
- Progamme National de Lutte contre le Paludisme (PNLP) : Dr Diop A, Diouf MB.
- Ministère de l’élevage, Direction des Services Vétérinaires (DSV) : Dr Sall B, Dr Ndiaye Y.
Internationales
France
- Institut de Recherche pour le Développement (IRD), MIVEGEC, Montpellier France : Dr.
Didier Fontenille
- Institut Pasteur à Paris: Dr Anna Bella Failloux, Pr Paul Reiter, Dr Richard Paul, Valérie
Choumet
- Centre de Gestion et de Biologie des Populations (CBGP) ; Institut de Recherche pour le
Développement (IRD), Montpellier France: Dr Duplantier JM,
- Dr Handschumacher P, IRD- Université Strasbourg
- Centre Nationale d’Etudes Spatiales (CNES), Service Applications et Valorisation: Dr
Murielle Lafaye, Dr Cecile Vignolles
- Association Reflets : Mme Hèlène Gauthier
56 sur 113
USA
-
-
Météo-France: Dr Yves Tourre
Institute for Human Infections and Immunity, Center for Biodefense and Emerging Infectious
Diseases, and Department of Pathology, University of Texas, Medical Branch of Galveston
(UTMB): Pr Weaver SC, Dr Chen R, Dr Guerbois M
University of Texas, El Paso, Texas: Dr Watts D.
USA New Mexico State University, Las Cruces, New Mexico: Dr Hanley K, Dr Buenemann
M, Benefit B.
Department of Epidemiology, Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health, Baltimore :
Dr Althouse B, Dr Cummings D.
CDC, Fort Collins : Dr Stepler E.
CDC Atlanta, Dotson E.
Grande Bretagne
- Imperial College : Londres, Pr Andrea Crisanti
- University of Liverpool : Dr Andy Morse
- Dr Alain Kohl
OMS, Suisse, Genève
- Dr Sergio Y., Dr Perea W.
Italie
-
Institut Supérieur de la santé: Dr Roberto Romi
Introduction
L’unité d’entomologie médicale (UEM) partage ses activités entre recherche, activités d’expertise,
activités d’enseignement et d’appui technique. Les deux «pôles» qui la composent développent des
activités :
- de recherche sur les vecteurs des maladies d’intérêt médical et vétérinaire au Sénégal et en
Afrique notamment sur la transmission vectorielle du paludisme et l’écologie des vecteurs
d’arbovirus principalement les virus de la fièvre jaune, de la dengue 2, de la fièvre de la vallée
du Rift et autres arbovirus ayant un intérêt médico-vétérinaire réel ou potentiel.
- de service et de Santé publique en appuyant les autorités Sanitaires du Sénégal et des pays de
la sous-région, en partenariat avec les organismes internationaux, dans l’investigation et le
contrôle des épidémies
- et de formation par l’organisation ou la participation à des enseignements, l’accueil
d’étudiants ou de stagiaires.
En 2012 le personnel de l’unité était composé de : 3 scientifiques, un agent technique de laboratoire, 2
manœuvres en charge respectivement de l’animalerie et de l’entretien des locaux, 7 doctorants, et 1
Post doctorant.
57 sur 113
1.1. Écologie des arbovirus transmis par les moustiques
1.1.1. Titre du projet : « Mécanismes d’émergence des virus de la dengue et Chikungunya au
Sénégal ».
Co-Investigateur principal : Dr Mawlouth DIALLO
Collaborations : Diallo D, Diagne C, Ba Y, Dia I (UEM-IPD) Sall AA, Faye O, Faye O (UAVFHIPD), Weaver SC, Guerbois M, Chen R (UTMH, Galveston, USA), Hanley K, Buenemann M (New
Mexico State University, USA), Cummings D, Althouse B, (Johns Hopkins Bloomberg School of
Public Health, Baltimore, USA), Watts D (University of Texas, El Paso, Texas).
Les objectifs de cette activité ont été largement détaillés dans le rapport de 2011. En résumé, en plus
d’un volet entomologique et d’un volet humain impliquant les différentes structures sanitaires du
district Sanitaire de Kédougou et de Saraya ainsi que le Service de Santé des armées, le projet
s’intéresse aux primates non humains (Erythrocebus patas, Chlorocebus sabaeus, Papio papio) qui
jouent un rôle important dans le cycle d’amplification du virus dans la zone. Ces trois espèces de
singes présents dans la zone de Kédougou ont été suivies tous les ans pour étudier les marqueurs de
leur infection récente ou passée par ces virus afin de cerner leur place dans le cycle de transmission.
Du point de vue entomologique, nous avions spécifiquement travaillé sur plusieurs aspects :
- la détermination des associations de circulation du virus de la Dengue et du virus
Chikungunya avec des éléments du paysage au niveau de 10 blocs incluant chacun 5 classes
écologiques qui ont été choisis de manière aléatoire dans la zone de Kédougou.
- l’identification des habitats larvaires des vecteurs des virus Dengue et Chikungunya.
- la recherche de réservoirs des virus Chikungunya et de la dengue selon une approche indirecte
de caractérisation moléculaire des repas de sang des femelles gorgées des vecteurs dans la
nature et d’identification des hôtes préférentiels a été utilisée.
- la compétence vectorielle des vecteurs potentiels d’arbovirus.
L’année 2012 a été particulièrement consacrée à la valorisation des résultats obtenus après 4 années de
prospection de terrain mais également à la finalisation des études de compétence vectorielle.
Pour les trois premiers aspects un important travail de valorisation à été mené en 2012 qui s’est traduit
par 3 publications sur ces aspects susmentionnés (Diallo et al., 2012 Plos NTD ; Diallo et al.,
Parasites & Vectors ; Diallo et al., 2013 Trans. Roy. Soc. Trop. Med. Hyg.) etpar trois publications en
phase de finalisation sur les virus de la fièvre jaune et ZIKA et sur une analyse croisée de l’ensemble
des amplifications observées pendant la période d’étude.
Concernant les études de compétence vectorielle, des populations Ae. vittatus, Ae. unilineatus, Ae.
luteocephalus de kedougou et deux populations d’Ae. aegypti (de Kédougou et de Dakar) ont été
testées pour leur la capacité à s’infecter, à disséminer et à transmettre 6 souches du virus ZIKA.
1.1.2. Titre du projet : «Quantifying Weather and Climate Impacts on Health in Developing
Countries (QWeCi) » : Cas de la Fièvre de la Vallée du Rift.
Investigateur principal : Dr Mawlouth DIALLO
Collaborations : Ba Y, Ndiaye E, Talla C, Dia I, (UEM-IPD), Morse A. (University of Liverpool),
Ndione J. A. (Centre de Suivi Ecologique), Kebe C. M. F. (Ecole Supérieure Polytechnique), Deme A.
(Ecole Supérieure Polytechnique), Gaye A. T. (Ecole Supérieure Polytechnique)
Son objectif principal est de mettre en place des méthodes ou modèles permettant de quantifier les
impacts du climat sur la santé dans les pays en voie de développement. Il porte au Sénégal sur deux
58 sur 113
maladies majeures à transmission vectorielle à savoir le paludisme et la fièvre de la vallée du Rift.
L’approche globale concerne l’utilisation et l’amélioration d’un modèle dynamique et statistique déjà
mis au point (Liverpool Malaria Model, LMM) afin de le valider pour le paludisme avec des données
prospectives et son extension pour la FVR pour laquelle non seulement des données rétrospectives
sont disponibles mais seront également générées par des études prospectives.
L’échantillonnage des vecteurs de la FVR initiés en 2010 sur 6 villages et 4 mares temporaires
appartenant à 4 types d‘occupation des sols a été poursuivi entre Juillet et décembre 2012 selon la
même périodicité (deux mission par mois). Les résultats des isolements virologiques réalisés sur une
partie des échantillons collectés ont révélé une circulation du virus West Nile dans la zone de Barkédji
en 2012. Les activités de modélisation du risque ont été également poursuivies. Après avoir testé
plusieurs modèles prenant en compte la corrélation temporelle, les clusters spatiaux, la sur-dispersion
ainsi qu’une structuration latente non observée un modèle hiérarchique Bayésien spatio-temporel bâti
grâce aux GLMM (modèles linéaires généralisés mixtes) a été retenu. Son choix a été guidé par le
critère de sélection DIC (Deviance Information Criterion) pour une meilleure capacité prédictive. Il a
permis de mettre en évidence la corrélation positive des paramètres environnementaux comme
l’humidité relative, la température, l’indice de végétation et la pluviométrie avec l’abondance des
principaux vecteurs. Un risque relatif d’exposition plus élevé au niveau des points d’eau comparée aux
autres classes écologiques pour la plupart des vecteurs est établi. Les cartes de risque confectionnées,
ont permis d’identifier les localités à fortes et faibles abondances afin de localiser les zones supposées
à risque. Ces cartes de prédiction pour l’année 2006 ont été comparées aux données de terrains pour
valider le modèle.
1.1.3. Titre du projet : «Impacts du changement climatique sur l’émergence des vecteurs de la
fièvre de la vallée du Rift au Sénégal : adaptation et stratégie pour une meilleure gestion
du pastoralisme au Sahel».
Investigateur Principal : Dr Mawlouth DIALLO
Collaborations : Dia I, Ba Y (UEM-IPD), Lafaye M, Vignoles C, (Centre National d’Etudes
Spatiales, France), Ndione JA, Ba T, Faye A (Centre de Suivi Ecologique), Gauthier H (Association
Reflets Toulouse France), Sall B, Ndiaye Y (Ministère de l’Elevage du Sénégal, Direction des
Services Vétérinaires (DSV)).
L’approche conceptuelle de télé-épidémiologie du CNES appliquée à la fièvre de la vallée du (FVR)
dans la région du Ferlo au Sénégal au cours de la saison 2003 a permis de produire des cartes
dynamiques de risque d’exposition du bétail aux vecteurs de la FVR en associant comme facteurs
déclenchant les évènements pluvieux, la densité des vecteurs (Aedes vexans et Culex poicilipes) et la
présence des hôtes (bestiaux). Ces cartes de risque ont été le résultat du croisement entre la carte
d’aléas (densité de moustiques) et la carte de vulnérabilité (carte des campements et parcs à bestiaux).
La carte d’aléas est calculée en tenant compte (i) de la distribution des évènements de pluie (fréquence
et intensité) (ii) de la distance de vol des moustiques (iii) de leur agressivité. Ces cartes dynamiques
peuvent être produites de façon opérationnelle quotidiennement à partir des données pluviométriques
acquises en quasi temps réel. La présente étude a comme premier objectif de valider les cartes
dynamiques de risques qui seront produites au cours de la saison des pluies 2009_2010 dans la région
du Ferlo au Sénégal.
L’année 2012 a été mise à profit dans l’analyse des échantillons biologiques et des résultats mais aussi
la rédaction du rapport final et dans la préparation d’un manuscrit sur les données entomologiques
obtenues au niveau des différents parcs échantillonnés. Les indices d’autocorrélation globale spatiale
59 sur 113
de Moran ont été estimés et n’ont pas été significatifs ni pour Ae. vexans, ni pour Cx. poicilipes.
Cependant, les indices locaux de Getis ord (using Row-standardised weights) ont montré des zones de
high spots significatifs qui se sont déplacées au cours du temps de juillet à Octobre. Considérant Ae.
vexans, ces zones de prédilection ont été respectivement localisées autour des mares de Niakha et la
zone de Barkédji en juillet et septembre alors qu’en août et octobre c’est surtout autour des mares de
Ngao et Fourdou. Pour Cx. poicilipes, le risque est principalement situé autour de la mare de
Kangaledji en août et octobre alors qu’en septembre, elle est autour de la mare de Ngao.
1.1.4. Titre du projet : European West Nile collaborative research project.
Investigateur Principal : Dr Amadou Alpha SALL
Collaborations : Faye O, Drame G, Sall AA (UAVFH-IPD), Diallo M, Ba Y (UEM-IPD) Romi R
(ISS-Italie)
Objectif : L'objectif principal du module entomologique de ce projet est d'améliorer les connaissances
sur le cycle naturel du virus West Nile, y compris la biologie des vecteurs et des hôtes, et d'obtenir des
données utiles pour son contrôle biologique
Les objectifs spécifiques sont les suivants :
- Identifier et caractériser les vecteurs les plus probables associés à la transmission du virus WN.
- Étudier l'effet de la présence et l'abondance des hôtes sensibles (les chevaux) vs d’autres hôtes non
sensibles sur la dynamique de la circulation du virus WN.
En 2012 nous avons particulièrement travaillé sur la mise en œuvre du projet et de ses activités dans la
zone du parc national du Djoudj (site de nidification des oiseaux migrateurs en provenance de
l’Europe). Ainsi, 2 missions d’échantillonnage ont été menées dans la zone. Les échantillons de
moustiques identifiés ont permis de répertorier la faune culicidienne du parc et celle qui fréquente les
habitations humaines, les étables et écuries des villages environnants. La dynamique temporelle et
spatiale a été étudiée. 74 moustiques gorgés ont été collectés et sont en attente de tests moléculaires
pour l’identification des hôtes d’origine.
1.1.5. Titre du projet : CHANgements environnementaux, CIrculation de biens et de personnes :
de l’invasion de réservoirs à l’apparition d’anthropozoonoses. Le cas du RAt noir dans
l’espace sénégalo-malien (CHANCIRA).
Collaborations : Faye O, Faye O, Sall AA (UAVFH-IPD), Ba Y, Gaye A (UEM-IPD)
Handschumacher P, UMR 912 SESSTIM INSERM - IRD - U2, Faculté de géographie UdS,
Duplantier JM, Granjon L, CBGP, UMR SE4S, (IRD, CNRS, INRA, Université Strasbourg) de
l’IRD ; PRODIG (Unité mixte CNRS, IRD)
L’objectif global de ce projet vise à comprendre comment les modifications qui affectent les pays de la
bande soudano-sahélienne interagissent pour créer des conditions propices à la diffusion du rat noir
(Rattus rattus), réservoir redouté d’anthropozoonoses car proche de l’homme, et au passage des
pathogènes à l’homme dans des conditions spécifiques de transmission. Le projet s’appuie sur une
approche temporelle, spatiale, dynamique et systémique ainsi que plusieurs disciplines (géographie de
la santé, des transports, aménagement, climatologie, rodontologie, entomologie médicale, virologie).
Nous intervenons spécifiquement sur les deux derniers volets (entomologie médicale, virologie). Notre
objectif spécifique est de rechercher dans les zones anciennement colonisées ainsi que celles
d’extension récentes du rat noir, les vecteurs potentiels des arbovirus et leur implication dans la
transmission entre rat noir et l’homme et les conditions permettant le passage de la maladie afin
d’identifier les espaces partagés.
60 sur 113
L’année 2012 a été surtout consacrée à des missions de prise de contact avec les autorités locales et de
mise en place du projet sur les sites sélectionnés. Par la suite nous avons réalisé 3 missions
d’échantillonnage entomologique au début, en milieu et à la fin de la saison des pluies.
Les collectes de vecteurs (moustiques et phlébotomes) ont été réalisées dans 7 villages de la région de
Tambacounda et 2 villages de la région de Kédougou en plus des 6 quartiers de la ville de Kédougou.
Pour chaque village ou quartier au moins dix concessions ont été prospectées suivant toujours un
transect incluant les concessions situées à la périphérie, en milieu intermédiaire ou centrale. Les
concessions retenues pour les échantillonnages entomologiques ont été les mêmes que celles retenues
pour des prélèvements humains. Un piège à appât (rat comme appât) a été confectionné et testé pour
l’étude sélective des moustiques ou phlébotomes attirés par le rat. Les tests virologiques sur les
échantillons collectés sont en cours.
Au total 2586 moustiques appartenant à 50 espèces et 2927 phlébotomes ont été collectés, et constitué
en 945 lots mono-spécifiques de moustiques et 252 lots de Phlebotome sp.
Dans la zone Tambacounda Ae. furcifer, représente 51% de la faune. Dans les quartiers de Kédougou
et le village de Sabadola Cx. quinquefasciatus, a représenté 50% des captures. Les tests virologiques
sont en cours.
1.1.6. Titre du projet : Vector competence of European and African mosquitoes to Rift Valley
fever virus « RiftVectors»
Collaborations : Ba Y, Ndiaye E, Diallo D (UEM-IPD) ; Sall AA, Faye O, Drame GF (UAVFHIPD) ; Failloux AB, Laboratoire Arbovirus et Insectes Vecteurs, Institut Pasteur à Paris Université,
Kohl A, Edinburgh, Scotland UK, Department of Zoology University of Oxford, UK.
L’objectif global de ce projet est de réaliser une étude comparative de la compétence vectorielle de
moustiques cosmopolites comme Ae. vexans et Cx. pipiens d’origine africaine et européenne vis-à-vis
du virus de la fièvre de la vallée du Rift (VFVR) et les facteurs qui influencent la capacité des vecteurs
à s’infecter et à transmettre (réponse immune (RNAi) et bactéries symbiotiques modulant la
réplication du virus FVR chez les moustiques).
Nous avons spécifiquement la tâche de tester la capacité des moustiques ouest Africains (Ae. vexans,
Cx. quinquefasciatus, Cx. poicilipes entre autres) à transmettre horizontalement et verticalement des
variants du VFVR mais également l’impact de l’infection sur la longévité des vecteurs.
Des efforts considérables ont été consentis en 2012 pour la mise en place de nouvelles colonies de
plusieurs espèces trouvées associées au virus FVR au Sénégal et en Afrique, notamment Ae. veaxns,
Cx . quinquefasciatus, Cx. poicilipes, An. ziemanni, Cx. antennatus, Ma. uniformis. La colonisation
des 4 dernières espèces n’a cependant pas été couronnée de succès.
Au total 420 Ae. vexans et 563 Cx. quinquefasciatus ont été testés pour leur capacité à s’infecter,
disséminer et transmettre 3 souches du virus FVR après des temps d’incubation de 5, 10, 15, 20 jours.
1.1.7. Exploring the role of mosquito’s saliva in the transmission of Rift Valley fever (ACIPSalive)
Investigateur Principal : Dr Amadou A SALL
Collaborations : Diallo M, Ba Y, Ndiaye E, (UEM-IPD) ; Faye O, Drame FG, Faye O (UAVFHIPD); Valerie Choumet, Unité Interactions moléculaires Flavivirus-Hôtes, Institut Pasteur à Paris,
Batthyany C, Duran R, Institut Pasteur de Montevideo, Uruguay.
L’objectif global de ce projet est d’analyser le rôle de la salive des moustiques vecteurs connus du
virus de la FVR au Sénégal dans la modulation de la transmission aux vertébrés. Cet objectif s’appuie
61 sur 113
sur les résultats obtenus indiquant des propriétés immunomodulateurs de la salive d’Ae. aegypti et
d’Ae. vexans.
Notre tâche spécifique est de fournir les extraits de glandes salivaires de moustiques infectés et non
infectés pour l’estimation de la modulation des protéines salivaires des moustiques en présence du
virus FVR. En 2012 des extraits de 300 glandes salivaires d’Ae. vexans et 100 glandes salivaires d’An.
gambiae (témoin) non infectés ont été obtenus et fournis aux équipes de l’IPP et de l’IP Montvidéo.
Les extractions de glandes salivaires de ces mêmes espèces infectées au virus FVR sont en cours.
1.2. Transmission vectorielle du paludisme
1.2.1. Titre du projet : « Quantifying Weather and Climate Impacts on Health in Developing
Countries » : cas du paludisme
Investigateur principal : Dr Ibrahima DIA
Collaborations : Ngom M, Ba Y, Talla C, Diallo M, (UEM-IPD), Morse A. (University of Liverpool),
Ndione J. A. (Centre de Suivi Ecologique), Kebe C. M. F. (Ecole Supérieure Polytechnique), Deme A.
(Ecole Supérieure Polytechnique), Gaye A. T. (Ecole Supérieure Polytechnique)
Ce travail débuté depuis 2010 s’est poursuivi au cours de l’année 2012 concomitamment avec le projet
«Impact des facteurs climatiques et environnementaux sur la transmission vectorielle du
paludisme au Sénégal». L’objectif général de ces projets est d’étudier en zone sahélienne du Sénégal,
les impacts des conditions météorologiques et du climat sur les maladies à transmission vectorielle en
particulier le paludisme. Pour le projet QWeCI, le volet paludisme a comme approche globale la
production de données de terrain permettant de développer et de valider des modèles dynamiques et
statistiques dont le «Liverpool Malaria Model» en intégrant à la fois des données entomologiques
(paramètres de la transmission), climatiques (humidité, température, pluviométrie) et
environnementales (type d’occupation des sols). Au-delà de l’aspect modélisation, ce travail s’inscrit
dans le volet santé-environnement des thématiques de l’UEM pour une meilleure connaissance de
l’impact des changements climatiques sur les maladies à transmission vectorielle. La zone sahélienne
se prête à ce type d’étude compte tenu de sa localisation à la limite sud du désert du Sahara, des fortes
variabilités inter-annuelles des conditions climatiques et environnementales et de la dépendance des
populations humaines à l’agriculture sous pluie et à l’élevage (disponibilité de l’eau, pâturage,
nourriture, ressources financières et zones de peuplement …)
Elles comportaient une poursuite des échantillonnages de terrain dans les 6 villages sélectionnés dans
chacun des 4 types d’occupation des sols identifiés dans la zone (échantillonnages bi-mensuels de
juillet à décembre 2012) mais également des travaux de laboratoire pour la détermination des
paramètres de la transmission. Pour rappel, les villages sélectionnés sont Barkédji et Niakha situés en
savane arborée, Keur Bandji en steppe, Kangalédji en sol nu, Wouro Samba Kibel et Wouro Sileymani
en savane arbustive.
Durant la saison des pluies, des stades aquatiques d’An. gambiae ont été collectées pour une
colonisation à l’insectarium. Des tests expérimentaux sur l’étude de l’influence des paramètres
température, humidité sur les traits de vie sont prévus sur cette souche au laboratoire.
Au total, 1523 anophèles femelles (475 collectés sur homme et 1048 au repos dans les habitations
humaines) comprenant 4 espèces ont été collectés : An. gambiae s.l., An. pharoensis, An. rufipes et An.
ziemanni. An. gambiae s.l. a été l’espèce prédominante quel que soit le village et la méthode de
collecte considérés. Il a été suivi d’An. pharoensis dans 5 des 6 villages. Les autres espèces ont été
rares.
62 sur 113
Parmi les 6 villages sélectionnés, les taux d’agressivité moyens les plus élevés ont été obtenus en
savane arborée (Barkedji, Niakha) et en sol nu (Kangaledji) avec respectivement 1,5, 4,5 et 2,5 piqûres
par homme par nuit. Ces taux ont été significativement différents entre les six villages (F5,42=4,3 ;
p=0,003).
Dans la zone d’étude, le taux de parturité moyen a été estimé à 30% (IC95%=22,5-36,6). Aucune
différence significative n’a été observée entre les 6 villages (Fisher exact test, p=0,8).
Sur un total de 1757 femelles d’An. gambiae testées en ELISA, les taux moyens d’infection
plasmodiale ont varié entre 3,3% [CI 95%=3,3-16,8] et 15,4% [CI 95%=6,2-33,5]. Les taux
d’inoculation entomologique ont été hétérogènes et très faibles dans les villages de savane arbustive et
steppe.
Ces résultats montrent ainsi que même situés dans une aire de répartition restreinte à de courtes
distances, de fortes variations non supposées existent entre les différents villages étudiés. Les études
d’association avec les paramètres climatiques (pluviométrie, température, humidité),
environnementaux (occupation des sols) et physiques (distance aux points d’eau) permettront de
mettre en évidence les facteurs clés à l’origine de ces observations.
1.2.2. Titre du projet : Research Capacity for the Implementation of genetic control of
mosquitoes
Collaborations : Crisanti A. (Imperial College, Londres), Diallo M, Niang E (UEM-IPD)
Ce projet débuté depuis 2010 s’est poursuivi en 2012. Des études réalisées jusqu’ici ont permis de
mettre en évidence dans plusieurs contextes écologiques d’Afrique subsaharienne la présence
sympatrique chez An. gambiae de deux formes moléculaires (formes M et S) dont le statut
taxonomique est indéterminé. Entre ces deux formes, des hybrides MS ont été observés à des taux
variés (entre 0,26 et 1,16%) notamment au Cameroun, au Ghana, au Mali et au Burkina Faso. Deux
études transversales réalisées, respectivement dans la zone sud-est au Sénégal et dans 54 sites couvrant
tout le Sénégal, ont permis de mettre en évidence un taux anormalement élevé d’hybrides atteignant
7%. Ces observations suscitaient de nombreuses interrogations par rapport au caractère transitoire ou
non des hybrides et au statut taxonomique des deux formes.
Les résultats préliminaires obtenus en 2010 et 2011 avaient montré des variations spatio-temporelles
des fréquences des formes moléculaires le long de deux transects soumis à des pressions insecticides
différentes: transect 1 (T1) avec 15 villages situés le long du fleuve Gambie et transect 2 (T2) avec 12
villages le long de la route nationale Tambacounda-Kédougou dans la partie sud-est du Sénégal. Ils
montraient une présence sympatrique des deux formes sur chacun des deux transects avec une
présence des hybrides durant toute la période d’étude.
Globalement, les fréquences des hybrides MS ont varié respectivement entre 1,2 et 7,1% et 2,6 à
12,5% sur les transects 1 et 2. Ces fréquences n’ont pas été significativement différentes ni entre les
deux transects ni entre villages à l’intérieur d’un même transect. Des variations significatives à
l’équilibre de Hardy-Weinberg ont cependant été observées dans chacun des 15 sites du transect 1 sur
le transect 2, de légers excès d’hétérozygotes ont été observés dans deux des 12 sites. Ces résultats
semblent ainsi confirmer les résultats obtenus dans d’autres contextes montrant un isolement
reproductif partiel ou complet entre les formes moléculaires M et S. Cependant, l’excès
d’hétérozygotes observé dans deux des 12 villages de T2, suggère que dans cette extrême limite ouest
de distribution de ces formes, il existe quelques sites où la différenciation génétique est minimale, ce
qui nécessite des investigations poussées.
63 sur 113
Le gène kdr a été détecté chez An. arabiensis mais également chez chacune des formes M et S. Ses
fréquences n’ont pas globalement été statistiquement différentes entre les deux transects (p=0,6) mais
également entre les deux transects aussi bien chez An. arabiensis (p=0,4), chez la forme M (p=0,2) et
chez la forme S (p=0,8). Ainsi, malgré l’utilisation des pesticides dans les villages de cultures irriguées
le long du fleuve Gambie (transect 1), il n’y a apparemment aucune influence sur les variations des
fréquences du gène kdr. Ceci pourrait être lié à des flux génétiques intenses et fréquents entre
populations des deux transects, ce qui nécessite des tests biologiques afin d’étudier l’impact sur la
sensibilité de ces populations aux insecticides.
1.2.3. Titre du projet : Détermination des paramètres paludométriques et des caractéristiques
immunologiques et biologiques chez les enfants de l’arrondissement de Toubacouta,
District de Sokone, Sénégal
Investigateur principal : Dr Aissatou Toure
Collaborations : Tall A. (Unité d’épidémiologie), Touré A. (Unité d’immunologie)
Ce travail a été initié en 2010 en prélude à la préparation et la caractérisation de sites d’essais cliniques
dans le cadre du partenariat EDCTP (European & Developing Countries Clinical Trials Partnership).
L’objectif du volet entomologie est de fournir des données de base sur le niveau et la saisonnalité de la
transmission du paludisme, lesquels peuvent influencer le calendrier des essais. En 2011, une étude
longitudinale de la transmission avait été effectuée dans trois villages (sur les 9 villages retenus dans la
zone) et avait montré des variations de niveau de transmission liées à des différences microgéographiques entre les villages et que cette zone pouvait recevoir des essais cliniques sur le
paludisme.
Afin de confirmer les résultats obtenus en 2011, l’échantillonnage des populations vectorielles a été
effectué d’août à décembre 2012 dans les trois villages retenus selon le même protocole retenu depuis
2010. De plus, dans chacun des 9 villages sélectionnés mais également dans les deux villages les
mieux étudiés dans la zone (Dielmo et Niop), un échantillonnage exhaustif a été effectué en septembre
2012 (période de transmission maximale) afin d’étudier les variations des niveaux de transmission
dans l’ensemble de la zone.
Les résultats obtenus en 2012 sont similaires à ceux obtenus en 2011. An. gambiae a été la principale
espèce collectée dans les trois villages (la seule à Daga Ndoup) mais avec An. funestus à Toubanding
et An. pharoensis à Keur Samba Guèye. Il a présenté dans chacun des trois villages, une dynamique
unimodale avec un pic d’agressivité maximal en septembre. Les données obtenues dans les villages de
la zone montrent des densités très hétérogènes qui varient entre 2 femelles par homme à Daga Ndoup à
32 femelles dans le village de Ndiop. Les tests de recherche d’infection pour l’estimation des niveaux
de transmission ainsi que d’identification moléculaire des femelles d’An. gambiae sont en cours.
2.1. Évaluation entomologique des aspersions intradomiciliaires dans les districts sanitaires de
Richard Toll, Nioro du Rip, Vélingara, Koumpentoum, Malem Hodar, Guinguinéo,
Kaffrine et Kolda : résultats de laboratoire de la cinquième année d’étude
Collaborations : Pr Faye O., Dr Konaté L. (UCAD), Dr Ba M. (PNLP), Dr Dotson E. (CDC Atlanta)
Comme au cours des années précédentes, l’UEM a été impliquée dans le President’s Malaria Initiative
(PMI) dont bénéficie le Sénégal pour inclure les aspersions intradomiciliaires d’insecticides (AID)
dans la gamme des outils de lutte contre le paludisme. Trois districts sanitaires avaient été retenus pour
la phase pilote qui a débuté depuis 2007 (Richard Toll, Nioro et Vélingara). Du fait des résultats
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satisfaisants obtenus, trois nouveaux districts avaient été inclus à partir de 2010 (Malem Hodar,
Koumpentoum et Guinguinéo) puis deux nouveaux districts en 2012 (Kolda et Kaffrine).
L’UEM intervient dans ce programme en assurant en collaboration avec le Laboratoire d’Ecologie
Vectorielle et Parasitaire de l’UCAD, la production en masse d’une souche d’An. gambiae sensibles
aux insecticides pour le suivi de l’efficacité des aspersions sur le terrain mais également les études de
laboratoire comprenant : (i) l’analyse des repas de sang des moustiques gorgés pour la détermination
des préférences trophiques et des taux d’anthropophilie, (ii) la recherche des anophèles infectés et la
détermination des taux d’infection par ELISA et (iii) l’identification des espèces du complexe An.
gambiae et des formes moléculaires d’An. gambiae s.s. par PCR-RFLP.
Pour l’année 2012, les préférences trophiques des vecteurs ont été déterminées afin d’étudier les
possibles modifications trophiques mais également les taux d’infection plasmodiale pour une
appréciation de l’incidence de la maladie (près de 700 repas sanguins identifiés). Dans les anciens
districts, les taux d’anthropophilie ont été très faibles à Nioro (16%) alors qu’ils ont été très élevés à
Vélingara (74%). Ainsi, si à Nioro une réduction drastique a été notée par rapport à 2011 (77%), à
Vélingara les TA sont restés élevés. Une réduction a également été observée dans les districts
sélectionnés en 2010. Pour les districts enrôlés en 2012, les TA ont été respectivement 40% et 70% à
Kaffrine et Kolda. À l’exception des districts situés au sud du Sénégal (Kolda et Vélingara), aucune
infection par P. falciparum n’a été observée dans les autres districts. Les taux d’infection moyens ont
été respectivement 1,9% et 2,6% à Kolda et Vélingara.
2.2. Investigation d’une épidémie - épizootie de Fièvre de la Vallée du Rift (FVR) en Mauritanie.
Dans le cadre de l’épidémie de fièvre de la vallée du rift (FVR) qui a été diagnostiqué en septembre
2012 en Mauritanie, il a été recommandé de mener une investigation entomo-épidémio-virologique
dans les wilayas affectées (Tagant, Hodh El Gharbi, Assaba, Brakna et Trarza) afin de mieux
comprendre les caractéristiques et élaborer une stratégie de prévention et de contrôle.
Les objectifs spécifiques de cette enquête ont été ii) d’évaluer l’ampleur de l’épidémie au niveau de la
population humaine et les possibilités de prolongation de l’épidémie, ii) de vérifier la présence et
l’infection des vecteurs par le virus de la FVR dans les wilayas concernées, iii) de formuler des
recommandations pour le suivi et le contrôle de cette arbovirose.
La mission effectuée du 21 au 29 novembre 2012 dans 21 localités des wilayas citées ci-dessus a
permis de constater qu’une épidémie de FVR de grande ampleur a eu lieu en Mauritanie durant les
mois de septembre et octobre. Quatre vecteurs connus de la FVR (Ae. vexans, Cx. poicilipes, Cx.
antennatus et Ma. uniformis) ont été récoltés dont 2 déjà impliqués dans des épidémies antérieures en
mauritanie : Cx. poicilipes et Cx. antennatus. Les tests virologiques sont en cours.
2.3. Évaluation du risque entomologique de la fièvre jaune en Rwanda et au Soudan
Depuis le démarrage de « l’Initiative du GAVI qui prévoit d’organiser des campagnes de vaccination
préventive de masse contre la FJ dans les pays où le risque est élevé, nous avons participé à la
conception et à la réalisation des études entomologiques sur le terrain, au laboratoire ainsi que la
rédaction du rapport. En 2012, nos activités se sont limitées à la conception du protocole d’étude
entomologique du Rwanda et du Soudan (les deux pays sélectionnés par l’OMS pour accueillir cette
étude) et la formation théorique et pratique des entomologistes du Rwanda aux techniques
d’investigation des vecteurs de la fièvre jaune.
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Dr Ibrahima Dia
- partcipation sur sur invitation à la 18e conférence de «European Society for Vector Ecology»
sur le thème «From biology to integrated control in a changing World» à Montpellier du 8 au
11 octobre 2012.
- atelier scientifique sur le réservoir infectieux (paludisme) organisé par la Division
Internationale de l’IPP le 12 novembre 2012 à Paris.
- 3e réunion annuelle des co-PIs du projet INFRAVEC à l’Imperial College de Londres les 14 et
15 janvier 2012.
- 6e congrès de la Société Ouest Africaine de Parasitologie tenu à Dakar du 18 au 20 décembre
2012.
Dr Mawlouth Diallo
- réunion de lancement du projet CHANCIRA qui eu lieu à Montpellier le 31 janvier 2012.
- réunion de lancement du projet RiftVectors qui a eu lieu à Paris le 30 Avril 2012.
- réunion du Comité d’Evaluation du Personnel scientifique de Recrutement Local
(COMEPSRL) du 4-6 Juillet 2012 à Antananarivo, Madagascar
Financements des projets en cours en 2012
- Mécanismes d’émergence de la dengue et du Chikungunya. Co-PI Drs Mawlouth Diallo,
Amadou Alpha Sall, Financement : NIH, (2008 – 2012) Montant pour l’IPD
(UEM&UAVFH) : 1.178.817 US dollars)
- Quantifying Weather and Climate Impacts on Health in Developing Countries (QWeCi)». PI
Dr Mawlouth Diallo. Financement : UE FP7 Call ENV.2009.1.2.1.2. (2010 – 2013) Montant
pour l’UEM-IPD : 285 550 euros.
- «Impacts du changement climatique sur l’émergence des vecteurs de la fièvre de la vallée du
Rift au Sénégal : adaptation et stratégie pour une meilleure gestion du pastoralisme au Sahel».
PI Dr Mawlouth Diallo, Financement : MEEDDAT – GICC. (2010 – 2012) ; Montant pour
l’UEM-IPD : 30000 euros.
- European West Nile collaborative research project. PI Amadou Alpha Sall (UAVFH)
Financement : UE- FP7-HEALTH.2010.2.3.3-3. (2011 – 2014) : Montant pour
l’IPD (UEM&UAVFH): 95 610 euros.
- Impact des facteurs environnementaux sur la transmission vectorielle du paludisme au
Sénégal. PI : Dr Ibrahima Dia. Financement : Fond d’Impulsion de la Recherche, Ministère de
la Santé du Sénégal (FIRST). (2009 – 2012 ; montant pour l’UEM- IPD : 20.000.000 F CFA)
- Research Capacity for the Implementation of genetic control of mosquitoes (INFRAVEC).
PI : Dr Ibrahima Dia. UE-FP7, Financement : UE- FP7- Call FP7-INFRASTRUCTURES2008-10. Montant pour l’UEM- IPD 100 450 euros.
- OMS / USAID : President Malaria Initiative. PI : Dr Ibrahima Dia. Financement :
USAID/OMS, Montant annuel pour l’UEM- IPD : 30 000 dollars (debut 2007 - fin non
précisé).
- CHANgements environnementaux, CIrculation de biens et de personnes : de l’invasion de
réservoirs à l’apparition d’anthropozoonoses. Le cas du RAt noir dans l’espace sénégalomalien (CHANCIRA). PI : Dr Mawlouth Diallo. Collaborations : UAVFH –IPD, Unités
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-
-
mixtes CBGP, UMR SE4S, (IRD, CNRS, INRA, Université Strasbourg) de l’IRD ; PRODIG
(Unité mixte CNRS, IRD) et l’UAVHF-IPD. Financement : ANR (2011 –2014 ; montant
pour l’IPD (UEM&UAVFH) : 96 300 euros).
Vector competence of European mosquitoes to Rift Valley fever virus». Collaboration :
UAVFH –IPD, Université d’Edinburgh, Scotland UK, Department of Zoology University of
Oxford, UK Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Regioni Lazio e Toscana (IZSRLT),
Roma, Italian National Agency for New Technologies, Energy and Sustainable Economic
Development (ENEA) Italy, Institut Pasteur à Paris. Financement : UE - Emida-EraNet
(2012 – 2015 ; montant pour l’IPD (UEM&UAVFH) : 126 000 euros).
Exploring the role of mosquito’s saliva in the transmission of Rift Valley fever (ACIP-Salive)
Collaboration : UAVFH & UEM, Institut Pasteur de Dakar ; Unité Interactions moléculaires
Flavivirus-Hôtes, Institut Pasteur à Paris, Institut Pasteur de Montevideo, Uruguay.
Financement : ACIP (2012 - 2013 ; montant pour l’IPD (UEM-UAVFH) : 14000 euros pour
l’année 2012).
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Unité de bactériologie expérimentale
Personnel scientifique de l’unité
Responsable scientifique : Amy GASSAMA SOW, chargée de recherche, PharmD, PhD, MCA
- Unité d’Epidémiologie: Dr Tall A., Dr Espié E.
Nationales
- Centre de Santé Baye Talla Diop de Pikine: Dr Marème Dia Ndiaye
- Centres de Santé Sicap Mbao, Gaspard Camara, Roi Baudoin, Dispensaire St Martin
Internationales
- Corée du Sud, Institut International du Vaccin (IVI), Dr Marks, F.
- Suisse, Organisation Mondiale de la Santé (OMS), Dr Aidara Kane, A.
- France, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses Tropicales Emergentes (URMITE), Pr
Raoult
- France, unité de recherche“Biologie cellulaire et moléculaire des micro-organismes” (EA3175),
Pr Marie Cécile Ploy
- Afrique du Sud, National Institut for Communicable Diseases, NICD, Dr Anthony Smith
Introduction
En 2012, les activités de l’Unité de Bactériologie Expérimentale (UBE) se sont poursuivies autour
d’axes de recherche centrés sur la lutte contre les maladies transmissibles par les aliments et infections
entériques, thématique de notre laboratoire depuis plus d’une vingtaine d’années. Le Programme de
Surveillance de la Fièvre Typhoide (PSFTA/TSAP) a bien démarré et s’est consolidé en 2012 par
contre pour AGISAR, en raison de la mise en place tardive des fonds, le projet n’a pu démarrer qu’en
juillet 2012.
Nous avons bénéficié en 2012 d’un financement de l’Institut International du vaccin (IVI) pour mener
une étude des porteurs chroniques de Salmonelles (EPCSA/CISAS) dans la zone de recrutement du
PSFTA (District de Pikine). Les programmes PSFTA et EPCSA sont conjointement conduits avec
l’équipe d’Epidémiologie des maladies Infectieuses de l’Institut Pasteur de Dakar.
L’UBE est membre du réseau « Pulsenet Africa », un réseau de typage moléculaire des bactéries
entéropathogènes coordonné par le NICD (National Institut for Communicable Diseases) en Afrique
du Sud. En Août 2012, l’Unité a été certifiée par le NICD. Cette certification porte sur
l’Electrophorèse en Champ Pulsé des salmonelles.
Le Pr Amy GASSAMA-SOW, est par ailleurs membre du Comité National du Codex Alimentarius et
participons activement à l’élaboration de document de position Africaine sur l’Hygiène Alimentaire,
mais aussi à la présentation de la position du Sénégal à l’occasion des sessions annuelles de la
Comission du Codex sur l’Hygiène Alimentaire (CCFH) (USA).
L’équipe est constituée d’un chercheur, d’un technicien de laboratoire ainsi que d’un aide de
laboratoire. En 2012 grâce aux financements obtenus, un microbiologiste a pu être recruté pour le
PSFTA.
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Par ailleurs, j’ai été nommée Responsable du Laboratoire de Sécurité Alimentaire et d’Hygiène de
l’Environnement en Juillet 2012.
Nous participons à la formation par la recherche d’étudiants de l’Université Cheikh Anta Diop de
Dakar dans le cadre de la préparation de différents diplômes universitaires (Master, Doctorat). L’Unité
de Bactériologie Expérimentale est également impliquée dans les enseignements universitaires, en
particulier dans la formation, le renforcement des capacités et spécialisation en microbiologie de
médecins, pharmaciens biologistes, ingénieurs technologues et techniciens de laboratoire.
1.1. Etiologies de diarrhées infectieuses au Sénégal : Caractérisation des pathogènes
entériques
Financé par le Fonds d’Impulsion pour la Recherche Scientifique et Technologique (FIRST) du
Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique : 30 000 Euros / 4 ans (20082012).
Responsable Scientifique : Dr Amy Gassama Sow
Les données ont été exploitées par Dr E. Espié de l’Unité d’Epidémiologie des maladies Infectieuses
de l’Institut Pasteur de Dakar.
Contexte
L’étude des étiologies des maladies diarrhéiques qui a débuté en 2008 se poursuit. Les résultats
préliminaires ont montré une émergence de la résistance aux fluroquinolones chez les souches
entériques. La deuxième phase de l’étude est axée sur la caractérisation moléculaire des souches
entériques (typage moléculaire des bactéries, étude des marqueurs de la résistance et des mécanismes
moléculaires de la résistance aux antibiotiques).
Méthodes
Les souches à caractériser ont été choisies sur la base des résultats de l’antibiogramme. La
caractérisation moléculaire a été effectuée sur les souches entéropathogènes ayant un profil de
résistance particulier.
Pour chacune des bactéries isolées, la sensibilité a été effectuée par la méthode de diffusion en milieu
gélosé selon les recommandations du Comité de l'antibiogramme de la Société française de
microbiologie (CASFM 2012). Les concentrations minimales inhibitrices (CMI) de l'acide nalidixique,
la ciprofloxacine pour tous les isolats résistants à l'acide nalidixique ont été déterminés par E-test
(Biomerieux France). L’extraction de l'ADN bactérien a été réalisé en utilisant le Kit Qiamp Mini Kit
(Qiagen, SA, Courtaboeuf, France). Les gènes de résistance aux quinolones pour les souches
Salmonella et Shigella résistantes à l'acide nalidixique ont été recherchés en utilisant les amorces
suivantes : régions (QRDR) gyrA (F: TAC ACC ggT CAA CAT TgA gg, R: TTA ATgATT gCC gCC
gTC gg), gyrB (F: TgA AAT gAC CCg CCg TAA Agg, R: gCT gTgATA ACg CAg TTT gTC Cgg
g), ParC (F: gTC TgA ACT ggg CCT gAA TgC, R: AgC AgC TCG GAA TAT TTC GAC AA) et
ParE (F: ATG CGT GCG GCT AAA AAA GTG, R: TCG TCG CTG TCA ggA TCgATA C; PMQR
qnrA (F: TCA gCA AgA ggA TTT CTC, R: ggC AgC ACT ATT ACT CCC A), qnrB(F: gAT CgT
gAA AgC CAg AAA gg ; R: ACg ATg CCT ggT AgT TgT CC), qnrS (F: ACg ACA TTC gTC AAC
TgC AA, R: TAA ATT ggC ACC CTg TAg gC), qepA (F : Cgg Cgg CgT gTT gCT ggA gTT CTT, R:
CCg ACA ggC CCA CgA CgA ggA TgC) et aac(6')-Ib (F: TAA ggA TgT gCT TAT gAT ggA CAC,
R: CgT gAT gAA TAA AgA TAC TCA TAg). Les produits de PCR ont été clonés avec le système
vecteur pGEM-T (Promega, Madison, WI, USA), transformé dans des cellules compétentes XL1-Blue
(Stratagene, Garden Grove, CA, USA). Le séquençage des nucléotides a été réalisée dans les deux
69 sur 113
sens avec les mêmes amorces PCR utilisées pour l'amplification des gènes cibles dans un séquenceur
automatique (ABI Prism 3100, Applied Biosystems génétique). Séquences Contig ont été édités avec
Chromas Pro et comparés dans l'explosion du NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/BLAST).
Résultats
L’antibiogramme a révélé que quatre souches de Salmonella enterica sér. Enteritidis et Hillingdon
étaient résistantes à l'acide nalidixique (CMI: 32-256 µg/ml). Cette résistance à l’acide nalidique
traduit une résistance aux fluoroquinolones. Par ailleurs, nous avons identifié pour la première fois une
souche de Shigella flexneri résistante à l'acide nalidixique (CMI: 32-256 µg/ml). Les gènes gyrB et
parE ont été trouvés chez toutes les souches résistantes à l'acide nalidixique. Le gène parC a été trouvé
chez deux souches de Salmonella spp. et chez la souche de Shigella flexneri. Les gènes gyrA et aac
(6)-Ib ont été trouvé uniquement chez la souche de Shigella flexneri. Les résultats du séquençage n’ont
pas révélé de mutations associées à la résistance aux fluoroquinolones pour les gènes gyrB, parC et
parE. Toutefois, la souche de Shigella flexneri présentait une mutation au niveau du gène gyrA en
position 87 (substitution de Asp par Thr). Aucune mutation sur le gène gyrB a été observée.
1.2. Programme de Surveillance de la Fièvre Typhoide en Afrique Financé par l’Institut
International du Vaccin (IVI).
Coordonnatrice du projet pour le Sénégal : Dr Amy Gassama Sow.
Les infections mortelles dues à S. typhi sont souvent attribuées à tort au paludisme à cause de la non
disponibilité en routine du diagnostic bactériologique. Par conséquent, à la suite de manifestations
cliniques non spécifiques de la FT, le diagnostic définitif repose sur l'isolement de S. typhi du sang,
faisant de l’hémoculture la méthode de diagnostic de référence.Les principaux objectifs de cette étude
sont d’obtenir des données d'incidence comparables de la fièvre typhoïde et des salmonelloses
invasives non typhiques (SNT) en Afrique sub-saharienne grâce à une surveillance standardisée dans
plusieurs pays et d’étudier les facteurs de risque de gravité de la fièvre typhoïde.
Tous les patients fébriles, ou ayant eu des antécédents de fièvre dans les 72 heures précédentes,
indépendamment de l'âge, hospitalisés au Centre de Santé Baye Talla Diop de Pikine et dans les postes
de santé Sant Yalla, Deggo, Guinaw Rail Sud et l’Institut de Pédiatrie Sociale ont été inclus.
Ce projet est réalisé de façon conjointe avec l’Unité d’Epidémiologie. En janvier 2013, nous avons
recruté 1553 patients. Les données statistiques sont en cours d’exploitation. Le tableau 1 rapporte le
nombre de bactéries isolées.
70 sur 113
Noms des germes isolés
Salmonella Typhi
Salmonella spp
Salmonella Paratyphi A
Escherichia coli
Streptococcus grpe D
Streptococcus pneumoniae
Klebsiella pneumoniae
Enterobacter cloacae
Haemophilus
Pantoea spp
actinomycetemcomitans
Proteus mirabilis
Raoultella terrigina
Neisseria meningitidis Y/W135
Burkholderia spp
Staphylococcus aureus
Streptococcus spp
TOTAL
Nombre isolés
8
1
3
9
1
2
1
3
1
2
1
2
2
1
4
3
44
Pourcentages (%)
0,50
0,06
0,20
0,6
0,06
0,13
0,06
0,20
0,06
0,13
0,06
0,13
0,13
0,06
0,26
0,20
2,83
Tableau I : Répartition des bactéries isolées chez 1453 patients
Cette étude a permis l’isolement de la première souche de Neisseria meningitidis Y/W135 au Sénégal.
1.3. Projet AGISAR/GFN.Surveillance intégrée et antibiorésistance des souches de salmonelles
isolées des aliments, animaux et humains, financé par l’OMS à partir de 2012
Montant: 50,000 USD/ 2 ans.
Coordonnatrice du projet: Dr Amy Gassama Sow
Les objectifs principaux de cette étude sont de :
- développer et pré-tester un système de surveillance intégré et efficace pour les pathogènes
d'origine alimentaire à Dakar
- recueillir dans une période déterminée des souches de salmonelles d’origine humaine,
alimentaire et animale.
- étudier la sensibilité aux antibiotiques des souches de salmonelles isolées des trois secteurs.
- créer une banque d'isolats pour la caractérisation moléculaire et l’étude des mécanismes
moléculaires de la résistance aux antibiotiques.
Résultats préliminaires
L’étude a démarré en juillet 2012. Dans la première phase, il s’est agit de rechercher salmonelles dans
les trois secteurs (alimentaire, animal et humain) et d’étuier leur sensibilité aux antibiotiques.
Secteur alimentaire
Les résultats préliminaires de l’étude ont montré que 70% des poulets commercialisés dans les
marchés de Dakar étaient contaminés par les salmonelles (77/109). En décembre 2012, sur 109
échantillons de poulets, 131 souches de salmonelles ont été isolées. L’antibiogramme a permis de
montrer que 58% des souches étaient résistantes à au moins un antibiotique. 36 souches /77 (46,7%)
résistaient aux fluoroquinolones.
71 sur 113
Secteur animal
En décembre 2012, 111 échantillons de fientes et /ou la litière des poulets ont été prélevés. 25 souches
de salmonelles isolées parmi lesquelles 19 résistaient à au moins un antibiotique (76%). Les résultats
du sérotypage ont révélé une prédominance du sérotype Brancaster.
Secteur humain
En décembre 2012, 92 échantillons de selles prélevés au Centre de Santé de Dominique de Pikine et
au Dispensaire Saint-Martin.
- 4 souches de salmonelles isolées : les sérotypes retrouvés sont les suivants : Agona,
Locklease, Waycross. L’antibiogramme a révélé des phénotypes sauvages.
- Souches de Campylobacter confirmation en cours
- Shigella spp, E. coli, Klebsiella spp
- Adenovirus, Rotavirus
Conclusions et perspectives
Le nombre de patients recrutés n’étant pas atteint, le programme de Surveillance de la Fièvre
Typhoide en Afrique sera poursuivi jusqu’en Avril 2013. Concernant le projet WHO/AGISAR, le
recrutement est en cours et la caractérisation moléculaire des souches de salmonelles sera poursuivie
en 2013.
Le financement de l’étude sur les porteurs chroniques de Salmonelles en Afrique est en place et le
projet démarrera dans le premier trimestre de 2013.
Pr Amy Gassama-Sow
- IVe Congrès Francophone de médecine d’Urgence : Communication Orale : profil
microbiologique des méningites purulentes, 21-22 Juin, Cotonou/ Bénin
- WHO Expert Consultation in collaboration with FAO and OIE : The Global View of
Campylobacteriosis Utrecht, The Netherlands, 9-11 July 2012
- Technical meeting of African Codex Experts on Food Hygiene, Nairobi, October 1st – 3 rd,
2012, sponsor : AU-IBAR
- 7èmes rencontres Nord-Sud : Présentation : Ecologie bactérienne et résistance en Afrique subsaharienne, 2012, 21 Novembre, Paris/ France
- 44rd session CCFH, New Orleans, Louisiana, USA, 11-16 November 2012, sponsor,
AU/IBAR
3. Conclusion et perspectives
La thématique de l’UBE porte sur les bactéries entéropathogènes et les programmes mis en place et
ceux qui le seront ont pour objectif la mise en place d’un réseau de surveillance intégrée de
l’antibiorésitance chez les bactéries zoonotiques, c’est pourquoi, il est important de redynamiser le
Centre national sénégalais des salmonelles et shigelles en collaboration avec le laboratoire de biologie
médicale.
72 sur 113
Laboratoire d’analyses médicales
Personnel
Responsable : Sebastien Breurec (jusqu’à mai 2012), Raymond Bercion (Médecin Biologiste) depuis
novembre 2012
Adjoints : Abdoulaye Seck (Pharmacien Biologiste), Chantal Mahou épouse Djemba-Douala
(Pharmacienne Biologiste), Antoine Biron (Pharmacien biologiste jusuq’à octobre 2012)
Responsable qualité : Estelle Niati
Collaborations
- Unité d’épidémiologie des maladies infectieuses
- Unité de Bactériologie Expérimentale)
Nationales
- Hôpital Le Dantec
- Hôpital d’Enfants Albert Royer
- Hôpital Principal de Dakar
Internationales
- Institut Pasteur de Paris, France
- Centre National de Référence des Staphylocoques, F. Laurent, France
Introduction
Laboratoire polyvalent, le LABM de l’IPD accueille environ 300 patients par jour. Sa mission
première est de satisfaire aux demandes d’analyses de biologie médicale prescrites par des cliniciens
des secteurs privé et public. Pour remplir cette mission, le laboratoire est doté d’un parc d’automates
de dernière génération. A cela, s’ajoute son expertise dans le diagnostic et la surveillance de
nombreuses pathologies, notamment infectieuses.
C’est dans ce cadre, que le laboratoire a développé une importante activité de recherche et de santé
publique axée sur les infections bactériennes et virales et notamment sur la résistance aux
antibiotiques.
En 2012, l’activité d’analyses médicales évaluée en nombre de dossiers était de 76 343 soit une
diminution de 1% par rapport en 2011.
Sur le plan de la politique d’assurance qualité, le LABM s’est fixé comme objectif majeur l’obtention
de l’accréditation COFRAC selon la norme ISO 15189 en 2014 avec comme portée d’accréditation le
secteur de la biochimie. Depuis 2011, le LABM a mené des actions permettant de clôturer certains
écarts constatés lors de l’audit à blanc du TUNAC (Tunisian Accreditation Council) dans le cadre de
la politique d’accompagnement des laboratoires de la sous-région à l’accréditation de l’UEMOA.
73 sur 113
Les différentes études menées ces dernières années au niveau du LABM ont été bouclées sur le plan
des inclusions et de l’exploitation des résultats (Helicobacter pylori, SARM et SASM,
Entérobactéries, infection VHB dans l’enfance).
Elles ont été valorisées par plusieurs publications en collaboration avec nos partenaires nationaux et
internationaux (Cf. publications).
Mise en place de l’étude SOAR (Survey of Antibiotic Resistance)
Surveillance de la Résistance aux Antibiotiques en Afrique des souches de Streptococcus pneumoniae,
Haemophilus influenzae, Moraxella catarrhalis et Streptococcus pyogenes
Investigateur principal : Dr Abdoulaye Seck
Coordonnateur : Pr Cheikh Saad Bouh Boye
Collaborateurs :Pr Mamadou Ba, Hôpital Albert Royer, Pr Abdoulaye Pouye, Hôpital Aristide Le
Dantec, Pr Ousmane Ndiaye, Pédiatrie Hôpital Abass Ndao, Dr Michel Thiakane, Hôpital Principal de
Dakar
Contexte
Les infections respiratoires constituent un problème majeur de santé publique particulièrement dans
les pays en voie de développement en dépit des progrès de l’antibiothérapie. Elles sont les causes
majeures de morbidité et de mortalité (surtout les infections respiratoires aigues-IRA). Elles occupent
la première place des maladies infectieuses en Afrique devant les maladies diarrhéiques et le
paludisme.
Au Sénégal, les IRA constituent la troisième cause de mortalité chez les enfants après le paludisme et
les maladies diarrhéiques et représentaient 26% des décès chez les enfants de moins de 2 ans (Pr
CS.Boye, données non publiées). Les germes isolés dans les infections respiratoires sont devenus de
plus en plus résistants aux antibiotiques, et souvent les traitements empiriques prescrits ne sont plus
adaptés. La connaissance du profil de sensibilité des pathogènes bactériens respiratoires
communautaires est indispensable pour la mise en place d’algorithmes de prise en charge
thérapeutique surtout dans les pays en voie de développement.
Objectifs
Les objectifs de cette étude prospective et multicentrique réalisée dans plusieurs pays d’Afrique sont :
- d’identifier les principaux pathogènes bactériens responsables d’infections respiratoires
communautaires chez tout patient présentant les signes d’infections respiratoires quelque soit
l’âge et le sexe.
- de déterminer leur profil de résistance aux antibiotiques.
En Afrique, outre le Sénégal, plusieurs pays sont concernés : la Côte d’Ivoire, la République
Démocratique du Congo, l’Algérie, le Kenya, le Nigeria et l’Egypte.
Méthodes
Seuls les patients reçus en externe ou hospitalisés moins de 48 heures présentant des signes cliniques
d’infection respiratoire (haute ou basse) quel que soit l’âge et le sexe et ayant donné un consentement
éclairé, sont inclus dans l’étude.
Les structures concernées par l’étude sont : les hôpitaux Albert Royer, Abass Ndao, Principal, ainsi
que les cliniques et cabinets privés de la région de Dakar.
La durée d’inclusion des patients est de 24 mois.
Il est prévu de collecter durant l’étude 50 souches de Streptococcus pyogenes, 10 à 15 souches de
Moraxella catarrhalis, 100 souches de Streptococcus pneumoniae, et 100 souches d’Haemophilus
influenzae.
74 sur 113
Les souches incluses dans l’étude, doivent être isolées chez les enfants (50% en pédiatrie) et chez les
adultes (50%) et conservées à - 80°C.
Le profil de sensibilité aux antibiotiques des germes isolés est déterminé par la méthode de diffusion
en gélose et par méthode E-test.
Les résultats seront exploités au moyen du logiciel WHONET 5.1.
Résultats attendus
Ce travail permettra de connaitre le profil de résistance des pathogènes bactériens responsables
d’infections respiratoires dans une zone où la surveillance de la résistance aux antibactériens est peu
ou pas réalisée en routine. Ce qui permettra d’établir des algorithmes de traitement suivant les
pathologies prenant en compte la fréquence des germes isolés et les profils de résistance observés.
Cette étude permettra également de préciser les mécanismes moléculaires impliqués dans la résistance
aux antibiotiques.
Financement
L’étude a été appuyée par le laboratoire GSK qui fournit une partie des réactifs et consommables
(milieux de culture, disques antibiotiques et bandelettes E-test®).
Le laboratoire apporte son expertise dans le domaine de l'identification des entérobactéries,
particulièrement le sérotypage et la réalisation de l'antibiogramme des souches de Salmonelles, de
Shigelles, et d’E. coli entéropathogènes qui lui sont adressées par les différents laboratoires de
microbiologie du territoire national et de la sous-région.
3. Activités de service
Pour l’année 2012, l’activité de service du laboratoire d’analyses médicales était chiffrée à
10 636 138 B. Le nombre de dossiers traités était 76 343.
Cette stagnation de l’activité par rapport à celle de l’année dernière est liée à la saturation de l’accueil
malgré l’optimisation du système de gestion d'accueil des patients.
Profil de résistance des pathogènes bactériens
Salmonelles
Quarante sept (47) souches de salmonelles ont été isolées pendant l’année 2012, 45 par coproculture,
2 par hémoculture. Les sérotypes les plus isolés en coproculture étaient : Salmonella typhimurium
(n=4), S.muenster (n=4), S.enteritidis (n=3), S.poona (n=3), S.sentfenberg (n=3).
Les résultats des résistances aux antibiotiques sont présentés au tableau 1.
AMX
AMC
TIC
FOX
CTX
NA
Salmonella.spp (n=47)
17%
15%
17%
5%
4%
8,5%
Tableau 1 : Pourcentage de résistance ou de sensibilité intermédiaire aux antibiotiques (méthode de
diffusion en milieu solide) de 47 souches de Salmonella spp. isolées dans les prélèvements de selles en
2002.
AMX : amoxicilline, AMC : amoxicilline + acide clavulanique, TIC : ticarcilline, FOX : céfoxitine, CTX : céfotaxime, NA :
acide nalidixique, CIP : ciprofloxacine.
Parallèlement, le laboratoire a sérotypé des souches de salmonelles isolées d’aliments et d’animaux
dont une souche (Salmonella derby) était productrice de BLSE.
75 sur 113
Shigelles
Sept (7) shigelles ont été isolées en 2012 : 2 S. sonnei et 5 S. flexneri.
AMX
AMC
TIC
FOX
S. flexneri (n=5)
2
2
2
0
S. sonnei (n=2)2
0
0
0
0
CTX
NA
CIP
TET
SXT
0
0
0
5
3
0
0
0
2
2
diffusion en milieu solide) de 7 souches de Shigella (espèces S. flexneri et S. sonnei) isolées en 2002.
AMX : amoxicilline, AMC : amoxicilline + acide clavulanique, TIC : ticarcilline, FOX : céfoxitine, CTX : céfotaxime, NA :
acide nalidixique, CIP : ciprofloxacine, TET : tétracycline, SXT : cotrimoxazole.
Escherichia coli
E. coli(n=425)
AMX
AMC
TIC
CF
FOX
CTX
CAZ
IMP
NA
CIP
SXT
GE
FOS
84%
65%
83%
42%
10%
25%
25%
0,2%
55%
46%
80%
29%
2%
diffusion en milieu solide) de 425 souches d’E. coli isolées d’infections urinaires en 2002.
AMX : amoxicilline, AMC : amoxicilline + acide clavulanique, TIC : ticarcilline, CF : céfalotine, FOX : céfoxitine, CTX :
céfotaxime, CAZ : ceftazidime, IMP: imipénème, NA : acide nalidixique, NOR : norfloxacine, CIP : ciprofloxacine, SXT :
cotrimoxazole, GE : gentamicine, FOS : fosfomycine.
Vingt cinq pour cent (25%) des souches d’E. coli étaient résistantes aux C3G en 2012.
Vingt deux pour cent (23% ; n=97) des souches étaient productrices de BLSE dont 22 souches étaient
des BMR (bactéries multi résistantes).
Klebsiella pneumoniae
K pneumoniae
AMC
CF
FOX
CTX
CAZ
IMP
NA
CIP
SXT
GE
FOS
65%
66%
14%
50%
50%
3%
59%
56%
69%
46%
3%
diffusion en milieu solide) de 153 souches de Klebsiella pneumoniae isolées en 2002.
AMC : amoxicilline + acide clavulanique, CF : céfalotine, FOX : céfoxitine, CTX : céfotaxime, CAZ : ceftazidime, IMP:
imipénème, NA : acide nalidixique, CIP : ciprofloxacine, SXT : cotrimoxazole, GE : gentamicine, FOS : fosfomycine.
Cinquante (50%) pour cent des K. pneumoniae étaient résistantes aux C3G en 2012.
Quarante trois pour cent (43% ; n=66) des souches étaient productrices de BLSE dont 6 souches
étaient des BMR.
76 sur 113
Enterobacter cloacae
E. cloacae
AMX
AMC
TIC
CF
FOX
CTX
CAZ
IMP
NA
CIP
SXT
GE
FOS
100%
100%
67%
100%
100%
60%
60%
3%
58%
54%
68%
55%
7%
diffusion en milieu solide) de 330 souches d’Enterobacter cloacae isolées en 2002.
AMX : amoxicilline, AMC : amoxicilline + acide clavulanique, TIC : ticarcilline, CF : céfalotine, FOX : céfoxitine, CTX :
céfotaxime, CAZ : ceftazidime, IMP: imipénème, NA : acide nalidixique, NOR : norfloxacine, CIP : ciprofloxacine, SXT :
cotrimoxazole, GE : gentamicine, FOS : fosfomycine.
Soixante pour cent des souches d’E. cloacae étaient résistantes aux C3G en 2012.
Neuf pour cent (9% ; n=29) des souches étaient productrices de BLSE dont 4 souches étaient des
BMR.
Acinetobacter baumannii
PIP TZP TIC TCC AZT CAZ FEP IMP
RA
CIP
AN
GE
Ac. baumannii
45%
61%
19%
55%
68%
58%
74%
68%
100%
96%
84%
13%
diffusion en milieu solide) de 31 souches d’Acinetobacter baumannii isolées en 2002.
PIP : pipéracilline, TZP : pipéracilline + tazobactam, TIC : ticarcilline, TCC : ticarcilline + ac. clavulanique, AZT :
aztréonam, CAZ : ceftazidime, FEP : céfépime, IMP: imipénème, RA : rifampicine, PEF : pefloxacine, CIP : ciprofloxacine,
AN : amikacine, GE : gentamicine.
On peut observer la progression de souches très résistantes aux antibiotiques en particulier devenues
résistantes aux carbapénèmes.
Pseudomonas aeruginosa
PIP
TZP TIC TCC CAZ FEP IMP RA
CIP
AN
GE
Ps. aeruginosa
42%
5%
34%
32%
32%
54%
49%
20%
27%
4%
98%
diffusion en milieu solide) de 142 souches de Pseudomonas aeruginosa isolées en 2002.
PIP : pipéracilline, TZP : pipéracilline + tazobactam, TIC : ticarcilline, TCC : ticarcilline + ac. clavulanique, AZT :
aztréonam, CAZ : ceftazidime, FEP : céfépime, IMP: imipénème, RA : rifampicine, PEF : pefloxacine, CIP : ciprofloxacine,
AN : amikacine, GE : gentamicine.
Quatorze (14) souches étaient des BMR.
77 sur 113
Staphylococcus aureus
P
FOX CIP
GE PST
CLI
LIN LZL
FOS
VAN
TET
S. aureus
4%
100%
41%
93%
11%
14%
2%
0,5%
1,5%
3%
0,5%
diffusion en milieu solide) de 207 souches de S. aureus isolées en 2002.
P : pénicilline, FOX : cefoxitine, CIP : ciprofloxacine, GE : gentamycine, ERY : érythromycine, PST : pristinamycine, CLI :
clindamycine, LIN : lincomycine, LZL: linezolide, FOS : fosfomycine, FUC : fucidine, RIF : rifamycine, VAN :
vancomycine, TET : tétracycline.
Les S. aureus résistants à la méthicilline ou SARM représentaient 11 % de nos isolats. Seize souches
(n=16) étaient des BMR.
Mycobactéries
Pour l’année 2012, 762 prélèvements ont été examinés chez 761 patients :
- dont 686 (90%) d’origine pulmonaire avec en majorité des expectorations (n=670)
76 d’origine extra-pulmonaires.
Cent sept (107) souches de Mycobactéries ont été isolées :
- M. tuberculosis (n=86)
- M. africanum (n=11)
- Mycobactéries atypiques (n=10).
La performance de la culture comparée à la microscopie sur les 670 expectorations est résumée dans le
tableau suivant :
Examen microscopique
Résultat de la culture
Positif (n=73)
Négatif (n=597)
Total
Positif
60 (82,2%)
32 (5,4%)
92
Négatif
13 (17,8%)
565 (94,6%)
578
L’antibiogramme a été effectué par la méthode des proportions sur 11 souches (10 souches de M.
tuberculosis, 1 souche de M. africanum). Cinq souches étaient sensibles aux quatre antituberculeux de
première ligne alors que 4 souches étaient multirésistantes (résistantes au moins à l’isoniazide et la
rifampicine) dont 2 étaient résistantes aux quatre antituberculeux de première ligne. Deux souches
étaient uniquement résistantes à la streptomycine.
Compte tenu de l’absence de renseignements cliniques dans la plupart des cas, il n’a pas été possible
de différencier les résistances primaires et secondaires.
Essais Inter Laboratoires (CQI et CQE)
Le laboratoire effectue les contrôles de qualité interne :
- quotidiennement (hématologie, hémostase, biochimie)
ou de façon hebdomadaire (immunoenzymologie).
Il participe également aux programmes de trois organismes de contrôles de qualité externes :
- ANSM (Agence Nationale de Sécurité du Médicament et des produits de Santé) par un
contrôle ponctuel et gratuit d’échantillons touchant l’ensemble des domaines de la biologie
médicale.
- ProBioQual pour un CQE hebdomadaire concernant la biochimie générale et spécialisée,
78 sur 113
-
-
CTCB (Centre Toulousain pour le Contrôle en Biologie Clinique) pour un CQE mensuel ou
bimensuel couvrant tous les secteurs d’activités de notre laboratoire (bactériologie, biochimie
sanguine, parasitologie-mycologie, sérologie virale, hémoglobine glyquée),
WHO-GSS (contrôle de qualité OMS concernant le sérotypage et la détermination de la
sensibilité aux antibiotiques des bactéries entéropathogènes).
Le laboratoire a obtenu un score de 7,3/10 avec ProBioQual pour le secteur de la biochimie
choisi comme portée de notre accréditation COFRAC pour la norme ISO 15189. Ce score
acceptable doit être amélioré en 2013 avec l’objectif de passer le taux de participation de 74%
à 100%.
Démarche qualité
Dans le cadre des activités d’assurance qualité menées au LABM pour l’obtention de l’accréditation
COFRAC selon la norme ISO 15189 en 2014, trois audits ont été réalisés en 2012 dont les portées
étaient :
- suivi du plan d’évaluation TUNAC de juillet 2011,
- suivi des écarts de la gestion de stock,
- suivi des écarts du processus accueil-clientèle,
- plan d’action de la revue de direction
- prévision audit gestion de stock pour janvier 2013.
Ils ont permis de déceler des écarts critiques au niveau de la gestion de stock, des écarts non clôturés
sur le processus accueil-clientèle et le plan d’action TUNAC, et les actions clôturées suite au plan
établi après la revue de direction de 2011.
4. Perspectives
Malgré les efforts entrepris pour une bonne prise en charge des patients, le LABM a atteint sa capacité
limite d’accueil notamment dans la tranche horaire 7H30-11H30. L’ouverture de centre(s) de
prélèvements en périphérie ou d’une annexe à l’Institut destinée à augmenter les capacités d’accueil
sont une solution à envisager, tout comme l’ouverture du laboratoire 24H/24.
La mise en place de la politique d’assurance qualité entreprise depuis quelques années doit être
maintenue et renforcée en 2013. L’accréditation du laboratoire selon la norme ISO 15189 est prévue
pour fin 2014. Cette accréditation est fondamentale pour l’Institut dans un marché de la biologie
médicale de plus en plus concurrentiel. Elle passe obligatoirement par l’appropriation de cette
démarche par l’ensemble des personnels du LABM, par une politique volontariste dans le domaine et
le soutien du service qualité et de la direction de l’Institut Pasteur.
Les thématiques de santé publique et de recherche du laboratoire doivent être déclinées en fonction des
besoins nationaux et centrées sur les infections bactériennes et virales. Ces travaux font appel à une
approche multidisciplinaire associant études cliniques, études de génétique des populations
bactériennes, de la pathogénie et des résistances aux antibiotiques. La thématique « infections
respiratoires » avec une composante bactérienne (incluant les mycobactéries) et virale, ainsi que
l’étude des résistances aux antibiotiques sont des sujets prioritaires pour les études à mener au LABM.
79 sur 113
Laboratoire de sécurité alimentaire et
hygiène de l’environnement
Personnel
Responsable du laboratoire : Pr Amy Gassama Sow
Chargé Clientèle : Ibra Fall Gaye
Responsable Technique : Maram Sarre Mbow
Responsable Qualité : Colette Gomis-Mansaly
Collaborations
- Unité de production du vaccin contre la fièvre jaune
- Laboratoire d’analyses médicales
- Unité de Bactériologie Expérimentale
Nationales
- Ministère du Commerce, Laboratoire du Commerce Intérieur
- Direction de l’Elevage, Dr Coumba Kébé Guèye
- Direction des Industries de Transformation des produits de la Pêche (DITP), Mr Diène Faye
- Association Sénégalaise de Normalisation, Mme Mame Sine Mbodj-Ndiaye
- Ecole InterEtats des Sciences et Médecines Vétérinaires, Laboratoire de Microbiologie,
Immunologie et Pathologie Infectieuse, Pr Rianatou Alambédji
Agréments
- Laboratoire officiel des autorités compétentes du Sénégal pour les analyses microbiologiques
des produits de la pêche destinés à l’exportation
International
- Global Foodborne Network (GFN / WHO)
- Programme Qualité Afrique de l’Ouest (PQAO)
- Programme EDES/UE (formations au système de sécurité alimentaire dans les pays ACP)
1. Introductions
Les activités du laboratoire se sont poursuivies autour de la sécurité de l’hygiène des aliments et de
l’environnement en particulier la salubrité des eaux, des aliments et de l’environnement (prestations,
recherche).
Prévu en 2007, l’audit initial effectué par des Experts du Comité Français d’Accréditation (COFRAC)
n’a pu avoir lieu qu’en Avril 2009. Cet audit a permis au LSAHE de devenir le premier laboratoire
accrédité selon la norme ISO 17025 au Sénégal et de bénéficier par conséquent d’une reconnaissance
internationale. La portée de cette accréditation est disponible sur le site www.cofrac.fr. En réalité
l’accréditation n’est que le début d’un processus de vérification de la qualité des prestations réalisées
par le laboratoire. En effet, des audits de surveillance sont prévus et effectués régulièrement selon un
calendrier bien précis. Ainsi, le premier audit de surveillance S1 a eu lieu, un an après l’audit initial en
80 sur 113
(avril 2010), il a été couplé avec une demande d’extention concernant d’autres paramètres
microbiologiques. Le deuxième audit de surveillance S2 a eu lieu quinze mois après S1 (septembre
2011) et le 3e audit (S3) quinze mois après S2 (octobre 2012). Par ailleurs, le laboratoire, en accord
avec le Service Qualité planifie et effectue annuellement des audits internes.
L’audit S1 nous a permis de maintenir cette accréditation, avec une extension aux méthodes
suivantes : (NF EN ISO 6888-2 : méthode horizontale pour le dénombrement des staphylocoques à
coagulase positive), (NF EN ISO 7932 : méthode horizontale pour le dénombrement de Bacillus
cereus présomptifs), (NF V08-059 et ISO 21527-1 : méthode horizontale pour le dénombrement des
levures et moisissures), (ISO 21527-2 levures osmophiles et moisissures xérophiles), (NF EN ISO
11290-2 : méthode horizontale pour la recherche et le dénombrement de Listeria monocytogenes) avec
amendement A1, AES 10/5 09/06) ; cet audit a permis d’étendre la portée de notre accréditation à 27
méthodes. Même si les évaluations S2 et S3, ont décelé des écarts mineurs, le LSAHE donne
confiance tant au point de vue technique que qualité dans sa capacité à réaliser de façon fiable les
analyses de sa portée d’accréditation.
En ce qui concerne les activités de recherche, le LSAHE collabore avec l’Université Cheikh Anta
Diop de Dakar et participe à l’encadrement des étudiants inscrits en Master de contrôle des aliments et
des médicaments de la FMPOS, ainsi que les étudiants inscrit en Industries Agro-alimentaires à l’ESP.
Le Projet WHO/AGISAR/GFN financé par l’OMS a pu démarrer en juillet 2012. Le LSAHE s’est
occupé de la recherche des salmonelles chez le poulet.
Au courant de l’année 2012 (Juillet) le Pr Amy Gassama Sow a été nommée Responsable du LSAHE,
poste resté vacant depuis 2010.
Analyses
Entre 2007 et 2012, le volume d’analyses annuel a été inconstant (figure 1) avec un hausse de l’activité en 2009, une diminution de l’activité en 2010 et 2011 puis et reprise en 2012. Cette réduction de l’activité pourrait en partie s’expliquer par un manque de visibilité du laboratoire, mais aussi par une politique commerciale qui devrait davantage s’orienter vers d’autres types de prestations (renforcement de l’activité d’expertise (Audit HACCP, formation à l’Hygiène, étude ponctuelle ect….). Cependant, l’évaluation des coûts des analyses effectuée en fin 2011 a permis d’améliorer le chiffre d’affaire du LSAHE pour au l’année 2012.
81 sur 113
vvvvo
Figure 1 : Volume d’analyses effectuées entre 2007 et 2012
Les prestations du laboratoire concernent surtout les analyses microbiologiques (plus de 80% des
analyses).
Formation et hygiène
Au courant de l’année 2012, le LSAHE a démarré l’activité de formation en Hygiène alimentaire.
C’est ainsi qu’une première expérience a été faite avec une société minière MDL/ GCO (Mineral
Deposits Limited /Grande Côte Operations) à Diogo et l’hôtel Onomo. Cette activité a permis de
sensibiliser les personnels de la restauration les Bonnes Pratiques d’Hygiène (BPH). le constat est que
c’est une prestation de service à forte valeur ajoutée pour le client et pour le laboratoire.
Activités commerciales
Afin de résorber les déficits successifs enregistrés par le LSAHE depuis 2004, le LSAHE a mis en
place une politique commerciale sur la base d’une évalution des tarifs pratiqués au laboratoire.
L’objectif fixé à savoir une augmentation de 30% de son chiffre d’affaires a été atteint avec une
réduction de 23,5% de la masse salariale et de 40% de la consommation en milieux de culture et
réactifs. 19 contrats sur les 25 contrats ont été renouvelés et 6 contrats en négociation.
Essais interlaboratoire
Une des exigences de l’accréditation (§5.9 de la norme ISO/CEI 17025) est que le laboratoire
qui a cette reconnaissance doit être à même de pouvoir apporter la preuve de la qualité des
prestations analytiques réalisées et ceci par sa participation à des essais d’aptitude organisés
par des organismes de comparaison inter-laboratoires (OCIL). Dans le cas du LSAHE les
contrôles de qualité se font en utilisant les EIL du RAEMA et LGC.
82 sur 113
Pour le RAEMA,
-
Deux EIL par an
Matrice : Poudre de lait
Paramètres : FT, Coliformes, Staphylocoques à coagulase positive, Salmonella, Listeria
monocytogenes
Résultats : Indicateurs (z score, fidélité, performance)
Pour LGC
-
Fréquence : 2 par an (en cas de résultats non satisfaisants au RAEMA
pour paramètres analytiques non inclus dans le RAEMA
Matrice : Farine d’avoine, Poudre de lait
Résultats : Indicateurs (z score, fidélité, performance)
Le laboratoire effectue 46 essais pour les 21 méthodes accréditées. En 2012, les EIL ont été
satisfants à 84% (39/46).
Audits
Fig 5 : Planning des audits du COFRAC
Différents audits ont été effectués au niveau du laboratoire :
- Audit interne réalisé par le Service Qualité qui a décelé un certain nombre d’écarts qui ont
donné lieu à des actions correctives
- Audit de S3 du COFRAC a permis le maintien de l’accréditation avec une modification de la
portée 21 méthodes / 27 en 2011(élimination des Pétrifilms)
- Audits externes (DITP et OAV/UE) ont montré un niveau de conformité satisfaisant.
3. Activités de recherche et de formation
Activité de formation
Le LSAHE participe à l’encadrement des étudiants en Master II (01) et en DUT Industries
alimentaires (03) de l’Université Cheikh Anta Diop de Dakar dans le cadre de la préparation de leur
83 sur 113
mémoire de fin d’étude. Le laboratoire reçoit également des étudiants de l’Institution Sainte Jeannne
D’Arc Post Bac en Licence Professionnelle Qualité, Sécurité Environnementales et Alimentaires (02).
Le personnel technique du laboratoire a pu bénéficié d’une formation en vue de la préparation des
essais interlaboratoires. C’est ainsi que le Programme EDES en collaboration avec Institut
Scientifique d’Hygiène et d’Analyse de Paris a financé une formation sur les normes ISO/CEI
17043 :2010, ISO/TS 22117, ISO/DIS 13528 du 5 au 7 Novembre 2012.
Activité de recherche
En collaboration avec l’Unité de Bactériologie Expérimentale, le LSAHE mène le projet
AGISAR/GFN sur la surveillance intégrée et antibiorésistance des souches de salmonelles isolées des
aliments, animaux et humains, financé par l’OMS à partir de 2012 .
Cette étude porte sur la surveillance intégrée et antibiorésistance des souches de Salmonelles isolées
des aliments, animaux et humains. L’objectif de cette étude est de développer et de pré-tester un
système de surveillance intégré et efficace pour les pathogènes d'origine alimentaire (salmonelles) à
Dakar. Pour le LSAHE, il s’est agit de rechercher Salmonella chez les poulets, vendus en étalage dans
huit marchés polyvalents de Dakar (Castors, Tilène, Parcelles Assainies, Colobane, Fass, Grand Yoff,
Grand Dakar, Sandaga).
Etat d’avancement
Les résultats préliminaires de l’étude ont montré que 70% des poulets commercialisés dans les
marchés de Dakar étaient contaminés par les salmonelles (77/109). En décembre 2012, sur 109
échantillons de poulets, 131 souches de Salmonelles ont été isolées. L’antibiogramme a permis de
montrer que 58% des souches étaient résistantes à au moins un antibiotique. 36 souches /77 (46,7%)
résistaient aux fluoroquinolones.Le sérotypage est en cours.
4. Conclusion
Les activités du laboratoire doivent être développées afin maintenir l’équilibre financier de ce service.
Il s’agira notamment de :
- développer la prospection (100 clients à prospecter pour 2013)
- proposer le paquet »Audit-Echantillonnage-Formation » à toutes les entreprises intéressées car
la phase test a été une réussite (GCO Diogo et Hôtel ONOMO)
- renforcer l’équipement de l’Unité de chimie.
- prospecter les restaurations scolaire et universitaire
- renforcer les collaborations institutionnelles : demande d’agrément / convention au niveau des
institutions (Ministères, Directions).
- préparer l’accréditation de la microbiologie de l’eau.
84 sur 113
Unité du vaccin fièvre jaune
Laboratoire de production (LP)
Laboratoire de contrôle qualité (LCQ)
Personnel de l’Unité
Pharmacien Responsable :
Dr Stéphane Chambeau (jusqu’au 24 Septembre 2012)
Dr Antoine Diatta (du 25 Septembre au 31 Décembre 2012)
Responsable Production : Djibril Ndiaye
Chef d’équipe : Adama Sarr Ndiaye
Techniciens supérieurs : Assane Soumaré, El Hadji Oumar Seck
Agents de laboratoire : Lamine Sambou, Ndick Dione, Demba Sene
Manœuvres : Amadou Dia
Responsable LCQ : Dr Antoine Marie Diatta
Techniciens supérieurs : Ramata Fall Diallo, Nassanssou Faye Coulibaly, Khadidiatou Coundoul
Gadji
Manœuvre : Mamadou Dia
Stagiaires : Jeannot Francis Maiga Bassène, Serge Isaac Amdy Faye
L’Institut a, depuis 1937, une mission originale de production de vaccin antiamaril. Il est le seul des
quatre producteurs de vaccins antiamarils dans le monde pré-qualifiés par l’OMS : Sanofi-Pasteur
(France), Bio Manguinhos (Brésil), l'Institut Chumakov (Russie), à être situé en Afrique.
L’année 2012 a été marquée par un plan d’actions de grande ampleur suite à l’audit de l’Organisation
Mondiale de la Santé (OMS) effectué en novembre 2011, dans le cadre du renouvellement de la
préqualification du vaccin antiamaril. Ce plan d’actions a été réalisé avec un appui financier important
de l’Institut Pasteur à Paris. La mise en œuvre de ce plan d’actions a été validée par l’Autorité
nationale de contrôle (juillet) et l’OMS (septembre) et a permis la reprise de la production de vaccins
en novembre.
Le projet de construction d’une nouvelle unité de production pour remplacer l’unité actuelle, mise en
service depuis près de 30 ans, qui atteint aujourd’hui ses limites malgré une modernisation régulière et
qui risque à terme de ne plus répondre aux exigences de l’OMS a mûri mais a été freiné par les
difficultés budégtaires rencontées par l’IPD.
Les activités de l’unité du vaccin fièvre jaune font l’ojet d’un rapport spécifique.
85 sur 113
Service Qualité
Personnel du service
Responsable : Mme Maïmouna Diop
Responsable Adjoint : M. Babacar Gning
Introduction
L’année 2012, a été essentiellement marquée par la participation à la mise en ouvre du plan d’actions
correctives suite à l’inspection OMS de Novembre 2011 dans le cadre du processus du maintien de la
pré-qualification de l’Unité de Vaccin fièvre Jaune.
Au niveau général, à l’IPD le service :
- pilote et coordonne le système qualité niveau général,
- participe aux activités de coordination (réunions, séance de travail),
- vérifie l’ensemble de la documentation qualité (+ de 400 documents pour l’année 2012) des
différents services,
- planifie et coordonne le programme d’audits internes dont 20 audits réalisés en 2012 sur 27
programmés
- participe à la réalisation des audits en tant qu’auditeurs internes
- planifie et coordonne les revues de Direction, dont 09 réalisés sur 09 programmés
- coordonne et participe au traitement des fiches de non-conformité impliquant plusieurs
services
- participe aux activités du CHS
Au niveau de l’Unité de vaccin fièvre jaune (UVFJ), le service partcipe aux activités suivantes:
- mise à jour de la documentation commune à l’UVFJ
- relecture critique des dossiers de lots, de récoltes, de qualification des équipements et de
validation des équipements,
- gestion des demandes de modification, des enquêtes, du suivi des déviations et des résultats
hors Spécification,
- préparation des inspections DPL (29 et 30 Août) et OMS (11 au 14 Septembre) et suivi des
plans d’actions respectifs,
- à la revue qualité produit de 2011 de l’Unité de Vaccin Fièvre jaune
- séances de travail relatives au projet de la nouvelle Unité de Vaccin Fièvre Jaune
86 sur 113
Maïmouna DIOP
- Participation aux réunions de l’Association Sénégalaise de Normalisation en tant que membre
du comité technique de Normalisation dans la qualité pour le domaine de la santé
- Participation aux réunions du Comité National de Pilotage du Programme Qualité UEMOA
- Participation à l’atelier de validation du plan qualité du Réseau National des laboratoires
(RNL) à l’UFR de Thiès, le 30 Avril et 02 Mai 2012 (M. D et B. Gning)
- Participation à l’atelier sur l’accréditation des laboratoires, Centre de Conférences des
Pensières, Annecy, France le 28 Septembre 2012
- Participation à l’évaluation d’accréditation du laboratoire National de Santé Publique en Côte
d’Ivoire le 10 et 11 décembre 2012, dans le cadre du processus de qualification des
évaluateurs qualité du SOAC
Babacar GNING
- Participation à l’étude de dossiers d’accréditation au TUNAC en Décembre 2012 dans le cadre
du renforcement de capacités des membres des comités d’accréditation du Système Ouest
Africain d’Accréditation (SOAC) selon le référentiel NF EN ISO 17025
1. Perspectives
L’année 2012 a été marquée par une importante participation du service qualité dans la mise en œuvre
et le suivi du plan d’actions d’amélioration (CAPA) de l’UVFJ suite à l’audit OMS de novembre
2011.
Pour l’année 2013 il s’agira surtout de renforcer l’animation et la communication qualité au niveau
général et promouvoir la démarche qualité au niveau des unités de recherche.
87 sur 113
Service de métrologie / plateau technique commun
Responsable : Mamadou DIAKITE
Introduction
L’activité du service de métrologie au sein de l’Institut Pasteur s’est sensiblement accrue au cours de
l’année 2012 suite à la préparation de l’inspection OMS de l’Unité du Vaccin Fièvre Jaune (UVFJ) et
de l’audit de suivie COFRAC du Laboratoire de sécurité alimentaire hygiène et environnement
(LSAHE).
Service de métrologie
1. Les interventions réalisées par le service métrologie
Le nombre de prestations métrologiques a augmenté en 2012 (n= 326) par rapport à 2011 (n=276)
principalement du fait de l’augmentation du parc matériel de l’UVFJ et des qualifications à effectuer
durant le plan d’actions (tableau 1 et figure 1).
UVFJ
LSAHE
LABM
UVM
UAVFH
2011
146
45
14
19
10
2012
195
67
11
25
2
Tableau 1 : Nombre d’interventions métrologiques par service et par années.
IMM
0
5
UVFJ : Unité vaccin fièvre jaune, LSAHE : Laboratoire salubrité alimentaire hygiène et environnement,
UVM :Unité de virologie médicale, UAVFH : Unité des arbovirus et des virus des fièvres hémorragiques,
IMM :Unité d’immunologie
On note une augmentation de 39% environ pour l’UVFJ, cette augmentation est significative au
niveau de la production avec 78 interventions en 2011 contre 117 en 2012. On observe parallèlement
un accroissement de 22% au niveau du LSAHE, 6% à la Virologie Médicale et une légère baisse au
niveau des interventions métrologiques de 2011 à 2012 au LABM.
Le service de métrologie intervient sur plusieurs grandeurs : température, masse et balance,
volumétrie, comptage particulaire et flux laminaire, vitesse. Le tableau 2 présente la distribution de ces
326 interventions métrologiques selon leur nature.
Grandeurs
Température
ZAC* et Hottes
Masse, balance, pipette
Vitesse
Pression
Types d’appareil
Enceinte climatique
Thermomètre
Suivi température
Hotte
ZAC
Masse
Balance
Pipette
Centrifugeuse
Manomètre
Pourcentage %
38
21
5
11
3
5
4
6
1
6
Pourcentage total %
64
14
15
1
6
ZAC : Zone accès contrôlé
Tableau 2 : Répartition des intreventions du service métrologie selon le type d’intervention (2012).
88 sur 113
L’activité principale du Service de Métrologie est la thermométrie qui représente 64% des
interventions métrologiques suivi de la vérification des hottes et ZAC 14% et 15% pour l’étalonnage
des masses, balances et contrôle des pipettes.
2. Management qualité
Toutes ces activités au niveau du SM ne peuvent être réalisées sans prendre en compte les exigences
relatives au management de la qualité. Aussi, la mise en place de la démarche qualité dans le service
suit la méthode du PDCA qui consiste à planifier, élaborer des documents qualité, appliquer et évaluer
notre système dans sa globalité.
Pour ce faire, un certain nombre d’évaluations et d’audits internes et externes ont été réalisés en 2012.
Un audit interne (de suivi) a été réalisé en 2012. Sur les 13 écartq qui avaient été notifiés, 13 étaient
clôturés et 2 ne l’étaient pas.Le nombre d’écart constaté
Le Service a été audité dans le cadre de
l’audit de suivi d’Accréditation par le COFRAC du LSAHE en mai 2012
- audit préqualification OMS de l’UVFJ en Septembre 2012.
2. Missions
Mr Mamadou Diakité :
- Participation en tant qu’animateur au DU de Rétrovirologie du module de métrologie, Hôpital
Le Dantec, Dakar.
- Participation à la 1ère session des experts en Métrologie des masses et Pipettes au Ghana dans
le cadre du programme CEDEAO-PTB.
3. Conclusion
Le nombre de prestations métrologiques effectué en 2012 a encore connu une hausse de 5% par
rapport à l’année précédente.
Pour une meilleure prise en charge des prestations métrologiques la mise à jour du parc matériel du
service s’avère plus que nécessaire, surtout dans le domaine de la thermométrie qui occupe 64% de
nos activités sur le terrain.
Dans le domaine du management de la qualité, les rapports d’audits montrent les écarts par rapport à la
mise en place du système documentaire afin de répondre aux exigences normatives. Cette démarche ne
pourra être effective qu’avec un effectif suffisant dans le service.
Plateau technique commun
L’utilisation du matériel du PCT se fait de plus en plus rare et les principales activités sont :
- la photo des gèles d’électrophorèse qui à connu une légère baisse due à une panne
- la cytomètrie avec le Facs calibur
- le thermocycleur pour la RT-PCR
89 sur 113
Service médical, centre antirabique et
centre de vaccinations internationales
Responsable : Dr Korka. DIALLO
Collaboration technique : Dr N.A.THIAM DICKO
Activités du service médical
Il fonctionne tous les jours ouvrables du lundi au vendredi conformément aux horaires en vigueur à
l’Institut Pasteur de Dakar. Le suivi médical du personnel et des ayants droit obéit à une procédure
rédigée par le service médical, vérifiée par les différents intervenants dont le service qualité et validée
par la Direction de l’Institut.
Consultations
médicales du
personnel
Consultations
famille de
personnel
Consultations
de médecine du
travail
Personnels
adressés en
consultation
spécialisée
Personnels
hospitalisés
Jan
187
Fev
168
Mars
224
Avr
180
Mai
255
Juin
211
Juil
209
Aout
299
Sept
183
Oct
140
Nov
103
Dec
108
Total
1968
66
82
111
95
137
94
112
111
123
109
84
96
1220
1
8
1
5
5
2
6
8
3
7
2
4
52
9
11
12
18
5
9
7
7
15
10
11
7
121
2
1
0
3
0
0
0
0
0
0
1
0
7
Tableau 1 : Bilan des activités de médecine générale et de médecine du travail en 2012
Activités du Centre antirabique
Il fonctionne tous les jours ouvrables du lundi au samedi conformément aux horaires en vigueur à
l’Institut Pasteur.
Nb personnes prises en
charge
Vaccins antirabiques
utilisés
Jan
Fev
Mars
Avr
Mai
Juin
Juil
Sept
Oct
Nov
Déc
Total
84
Aou
t
90
57
62
81
69
86
73
84
82
112
219
1099
203
210
238
220
212
220
273
262
220
231
252
487
3028
Tableau 2 : activités du centre antirabique en 2012
90 sur 113
Activités du centre de vaccinations internationales
Le centre de vaccinations internationales fonctionne tous les jours ouvrables du lundi au jeudi de 14H
à 16H, vendredi de 15H à 17H et samedi de 09H à 11H.
L’introduction des vaccins contre la fièvre typhoide et la méningite a été effective en fin décembre
2012
Vaccins
Fièvre jaune
Hépatite B
BCG
Fièvre typhoïde
Méningite
IDR
Janv
311
80
93
Fev
449
89
117
Mars
386
99
64
Avr
344
88
73
Mai
432
96
90
Juin
405
93
73
Juil
575
81
66
Aout
455
83
69
sept
509
97
96
Oct
361
101
119
Nov
407
116
101
219
264
297
288
380
290
302
338
306
330
230
déc
416
137
73
18
25
229
Total
5050
1160
871
18
25
3473
Tableau 3 : bilan des activités de vaccinations en 2012
91 sur 113
Service informatique
Personnel
Responsable
Adjoint
:
:
Mme Haby Sarr Njiwa
M. Demba Dioum
Introduction
La mission principale du Service informatique est d'assurer la disponibilité, la sécurité et l’évolution
du système d’information et des moyens de télécommunication pour l’ensemble des unités et services
de l’Institut Pasteur de Dakar.
Le Service s'occupe plus particulièrement des activités suivantes:
- étude, la conduite et la réalisation de projets liés à l'informatique,
- conseil auprès de la DAF lors de l’acquisition des biens et services informatiques,
- exploitation des infrastructures informatiques qui comprend :
o la définition et la maintenance des configurations hardware et software,
o la disponibilité et la sécurité du réseau et des installations,
o la sauvegarde, la restauration et l'archivage des données,
o la gestion des équipements,
- La formation et l'assistance aux utilisateurs.
Pour assurer ces tâches, le Service Informatique compte 3 collaborateurs : le chef du service, un
administrateur systèmes et réseaux (adjoint au chef de service) et un technicien helpdesk.
L’année 2012 a été marquée par:
- la mise en place d’une nouvelle politique d’impression dans le but de réduire les coûts des
impressions.
- la mise en place d’une application de gestion du parc informatique et de suivi des demandes
utilisateurs au niveau du helpdesk (GLPI)
- la mise en place d’une application d’inventaire automatique du parc informatique (OCS
Inventory NG).
- la mise en place d’un GRR, application de Réservation de ressources en ligne (Salles de
réunion, matériel informatique).
- la mise en place d’un intranet dans le but d’améliorer la communication interne de l’institut
avec la mise à disposition de documents d’utilité générale (notes de service, décisions,
documentations techniques, etc.)
- la mise en place du plan d’actions de la revue de Direction 2011 avec un taux de réalisation
de 75% (6 actions clôturées sur 8).
- le dépannage du Laboratoire d’Analyses de Biologie Médicale (LABM) lors de l’incident du
12/12/2012 avec la mise en place d’une procédure de fonctionnement en mode dégradé du
SYSLAM, évitant ainsi une deuxième journée de fermeture du laboratoire. Par la même
occasion, la gestion des impressions au niveau du LABM a été améliorée avec le
remplacement des imprimantes matricielles par des imprimantes Laser directement connectées
92 sur 113
-
au réseau interne. Ce qui permet un gain de temps considérable lors de l’enregistrement des
patients mais également la diminution du risque de non rendu de résultats avec la possibilité
d’imprimer ces derniers sur n’importe quelle imprimante du laboratoire alors qu’avant il y en
avait qu’une.
des taux moyens de disponibilité des systèmes de plus de 99%
la mise à jour régulière du site Web avec la mise en ligne de nouvelles informations :
actualités, avis d’appels d’offre, avis de recrutement…
Activités principales
Les activités principales du service informatique tournent autour de l’administration des systèmes et
réseaux, la gestion du parc informatique, le développement de logiciels et d’applications spécifiques,
le support aux utilisateurs et la mise sous assurance qualité des services offerts aux clients.
Administration des systèmes
Les activités d’administration des systèmes ont essentiellement été :
- migration du Serveur NAS sous Windows 2003 Server vers Windows 2008 Server.
- mise en place du service DFS sur le Serveur SINE pour la synchronisation des répertoires
partagés sur le NAS.
- gestion et mises à jour automatique des services nécessaires au fonctionnement du réseau
(contrôleurs de domaine, DNS, Serveur Antivirus, Serveur d’impression, Serveur de mise à
jour des clients Windows, Serveurs de fichiers et partage de données communes) sous
Windows 2008 Server.
- gestion et mises à jour automatique du serveur d’antivirus réseau avec Kaspersky pour les
serveurs sous Windows 2008 Server et pour toutes les machines de l’Institut pour une
meilleure détection des virus informatiques et leur élimination.
- gestion et mises et à jour du serveur sous Linux CentOS 5 et des services nécessaires au
fonctionnement de la messagerie électronique, du service web, du filtre anti-spam, du serveur
DNS et du filtre des connexions internet.
- gestion et mise à jour de VMware Virtual Center pour l’administration de l’infrastructure des
machines virtuelles.
- gestion et mise et à jour du serveur sous Linux CentOS 6 et des services nécessaires au
fonctionnement d’un serveur d’applications, du serveur WEB intranet et d’outils
d’administration réseaux.
Administration des réseaux
Les principales activités d’administration du réseau local ont été :
- la gestion et le suivi des commutateurs CISCO du réseau local et des interconnexions interbâtiments et du paramétrage pour les VLAN.
- la gestion et suivi de la ligne LS dédiée au trafic des serveurs et de la ligne ADSL 2 Mo
dédieéau trafic Internet sur le routeur CISCO.
- la gestion et suivi du matériel CISCO ASA 5550 pour la DMZ et pour la sécurité des serveurs
et du réseau.
- la gestion des tunnels VPN entre CODAT et l’IPD pour la télémaintenance du LABM par
CODAT, entre IRD et l’IPD pour l’unification des bases de données de DIELMO.
93 sur 113
Gestion du parc informatique
La gestion du parc informatique a été nettement améliorée en 2012 avec la mise en place d’un logiciel
d’inventaire automatique du matériel informatique: En effet, nous avons installé et configuré OCS
Inventory, un logiciel permettant l’inventaire automatique des ordinateurs raccordés sur le réseau. 92%
(120 sur 130) des machines du parc ont pu ainsi être répertoriées. Nous avons synchronisé OCS
Inventory avec GLPI, le logiciel de gestion de parc pour constituer une base de données unique de
gestion de tout le matériel informatique (ordinateurs et périphériques). Cette base de données permet
de recueillir toutes les informations sur un matériel donné : composants, utilisateur, emplacement, date
d’achat, date de mise en service, fournisseur,….
Nous avons également mis en place, en collaboration avec la DAF, une nouvelle politique
d’impression dans le but de réduire les coûts d’impression (consommables, papier, électricité). Cette
politique s’est traduite en deux volets :
- la définition d’une nouvelle architecture des imprimantes avec la réduction des imprimantes
individuelles à jet d’encre et le regroupement des imprimantes Laser en réseau suivant des
groupes géographiques (même service, même pallier, etc.).
- la rédaction d’un guide de bonnes pratiques pour l’impression en plusieurs pages par feuille et
en noir et blanc.
Développement de logiciels et mise en place d’applications spécifiques
-
-
-
-
-
Mise en place d’un logiciel de réservation des salles de réunion : Nous avons installé et
configuré GRR, une application de gestion de ressources en ligne. Cette application permet via
le réseau la réservation de certaines ressources notamment les salles de réunion et du matériel
informatique d’usage général (Visioconférence, vidéoprojecteur, etc.).
Mise en place d’un logiciel aidant le suivi des RH (absences, présences, congés) : en attendant
l’acquisition de Sage RP X3, nous avons installé et configuré le PGI (Progiciel de Gestion
Intégré) Openerp pour l’utilisation du module Ressources Humaines qui intègre toutes les
fonctionnalités pour la gestion du personnel. Cependant, nous n’avons pas eu le temps de
l’exploiter avec la DRH.
Actualisation et mise à jour du site internet : nous avons finalisé la mise en ligne des pages
web avec celle de l’historique de l’Institut Pasteur de Dakar. Nous avons également procédé à
des mises à jour régulières des pages web du site notamment dans les rubriques Actualités,
avis de recrutement, page du service de vaccination, publications, etc.
La finalisation et la mise en ligne de l’intranet : le but de cet intranet est d’améliorer la
communication au sein de l’Institut avec la mise à disposition d’un agenda des événements
internes à l’Institut, de documents tels que Notes de Services, formulaires de demandes de
congés, formulaires de réservation de véhicules, mais aussi une meilleure connaissance en
interne du fonctionnement de l’Institut ainsi que des ses activités notamment des unités de
recherche et des services supports.
Test et mise en place d’applications pour le Service Médical :
Module de Dispensaire Familial : pour la gestion des consultations médicales des Personnels
et des membres de leur famille
Module de Gestion de la Médecine du Travail, du Centre antirabique et des Vaccinations
94 sur 113
Support aux utilisateurs
L’année 2011 avait été marquée par la mise en œuvre d’un centre de services (helpdesk) au sein du
Service Informatique. Cette mise en œuvre s’est poursuivie en 2012 avec l’utilisation de GLPI pour la
gestion du Helpdesk: les utilisateurs peuvent utiliser cette application pour déposer directement via le
réseau leurs demandes auprès du service informatique et en suivre l’évolution depuis l’ouverture
jusqu’à la clôture. Cet outil permettra également de tirer des statiques sur la gestion du helpdesk.
Le support aux utilisateurs demeure une part importante de l’activité du service informatique.
Poursuite de la mise sous assurance qualité du Service Informatique
Maintenance Préventive du matériel informatique
Nous avons élaboré et validé la procédure de maintenance préventive du matériel informatique, ainsi
que des documents associés (fiche de maintenance préventive, planning de maintenance, Mode
Opératoire de la maintenance préventive).
Audit Interne 2012
Trois écarts tous non critiques ont été relevés au cours de l’audit interne 2011:
- incidents internes non tracés,
- non respect de la procédure de demande d’ouverture de compte par certains utilisateurs,
- mesure des indicateurs de performance, réalisation d’une enquête de satisfaction clients,
formation des clients internes.
Les deux premiers écarts ont été clôturés.
Le 3ème écart s’est traduit en trois actions dont les deux ont été réalisées.
Réalisation d’une enquête de satisfaction clients sur le helpdesk
Cette enquête a été réalisé du 15 au 30 avril 2012 et portait sur cinq volets. Les résultats ont montré un
taux de satisfaction global des clients du helpdesk de plus de 85%. Cependant, vu le nombre de
participants assez réduit (20 sur près de 100 utilisateurs), ce chiffre n’est pas assez significatif.
Conclusion et Perspectives
Du bilan de nos activités en 2012, nous pouvons conclure qu’au delà des objectifs qui nous ont été
fixés, nous avons procédé à une amélioration notable du système informatique avec la mise en place
d’outils de collaboration (intranet, application de réservation de ressources, application de gestion des
demandes d’interventions).
Il n’en demeure pas moins que le Service Informatique doit rester en veille et à l’écoute de ses clients
internes pour la mise en place de services conformes à leurs besoins métiers et une amélioration
continue de ces services. C’est dans cette optique que nous dégageons les perspectives suivantes pour
l’année 2013 :
- réaliser une enquête sur les besoins en services informatiques de l’IPD
- remplacement des liaisons inter-bâtiments en fibre optique pour améliorer la bande
passante sur le réseau
- modernisation du système d’information de gestion avec la mise en place du Progiciel de
Gestion Intégrée SAGE ERP X3
- mise en place d’un centre de données avec l’acquisition d’un nouveau serveur de
virtualisation et la mise en place d’une architecture SAN pour le stockage de données
- mise en place d’un logiciel de sauvegarde automatique des données
- Etude et évaluation du coût de la mise en place d’une Gestion Electronique des
Documents.
95 sur 113
Enseignements et formations
96 sur 113
Enseignements
Dr Amadou Sall
- Encadrant lors de formation à la rédaction de publications scientifiques organisée par
l’African Society of Laboratory Medicine et le laboratoire de Virologie de l’Hopital Dantec
(Pr Mboup).
Dr Ousmane Faye
- Ecole Nationale de Développement Sanitaire et Social, Dakar : biologie et les principales
maladies transmises, février 2012
- Master d’immunologie, Université Cheikh Anta Diop de Dakar : les fièvres hémorragiques
virales en Afrique, janvier 201
- Master d’entomologie de l’Université Cheikh Anta Diop de Dakar. Thème 1. La fièvre
hémorragique de Crimée-congo : surveillance et investigation des épidémies ». Thème 2.
Systématique et bio-écologie des maladies transmises par les tiques »
- Master de biologie animale de l’Université Cheikh Anta Diop de Dakar. La virologie:
Systématique, classification et stratégies de réplication virale, juin 2012.
- Partcipation à des formations à la demande de l’OMS :
o Ouganda : renforcement des capacités en matière de diagnostic de la FJ en Afrique de
l’Est. Cette formation a enregistré la participation de 5 pays : l’Uganda, le Kenya, la
Tanzanie, l’Ethiopie et l’Erythrée.
o Zambie : préparation de l’évaluation des risques de FJ et la mise en place tests de
diagnostic FJ en Zambie.
o Rwanda : préparation de la mise en place de la surveillance de la fièvre jaune basée
sur une définition des cas. Les staffs du laboratoire ont été formés au diagnostic IgM
de la fièvre jaune part Elisa.
Organisation de cours
-
-
-
L’équipe de l’unité des arbovirus et virus des fièvres hémorragiques et l’OMS AFRO : un
atelier OMS sur le diagnostic différentiel de la fièvre jaune et la gestion des données de
laboratoires à l’IP Dakar en Juin 2012 et qui a réuni des participants du Sénégal, Cameroun,
Burkina Faso, Centrafrique et Cote d’Ivoire.
Atelier financé par la GIZ sur l’utilisation des line assays en diagnostic dans le cadre du projet
de développement de bandelettes pour le diagnostic des fièvres hémorragiques virales qui a eu
lieu à l’IP Dakar en Juillet et qui a réuni des participants du Sénégal, de la Guinée, du Burkina
Faso et du Mali et d’Allemagne
Cours sur la biosécurité à l’attention des responsables de laboratoires du Sénégal appartenant
au Réseau national des laboratoires du Sénégal.
Accueil d’étudiants et de stagiaires
Mlle Fatim Bâ, de nationalité sénégalaise étudiante en thèse à l’Université Cheikh Anta Diop sur le
sujet « Epidémiologie des arbovirus chez les populations de Dielmo/Ndiop : cas de la dengue»
depuis Février 2012.
Mme Naimah Zein de nationalité libanaise, étudiante en master à l’Université Cheikh Anta Diop pour
le sujet « Cinétique de réplication in vitro du virus Zika circulant au Sénégal» Juin –
Décembre 2012. Elle a soutenue son Master II le 19 Décembre 2012 et obtenu la mention très
bien.
97 sur 113
Mr Martin Faye, de nationalité sénégalaise, étudiant en master à l’Université Cheikh Anta Diop sur le
sujet « Cinétique de réplication in vitro des différentes lignées du virus West Nile circulant au
Sénégal». Il a soutenu son Master II le 19 Décembre 2012 et obtenu la mention très bien.
Dr Abdourahmane Sow, coordonnateur du volet humain du projet NIH à Kédougou et master de santé
publique option épidémiologie à l’ISED. Il a soutenu son mémoire en Décembre 2012 et
obtenu la mention très bien.
Jury de master
Les Drs Ousmane Faye, Oumar Faye, Gamou Fall et Amadou A Sall ont siégé comme responsables
de masters dans le jury de master de Mr Martin Faye et Mlle Naimah Zein le 19 Décembre 2012.
Enseignements
Dr Ndongo DIA : Licence professionnelle de Université Cheikh Anta Diop de Dakar, cours de
bactériologie virologie, faculté des sciences, UCAD, (20H)
Formation continue du personnel de l’Unité
Dr Mbayame NIANG :
- atelier sur la communication en cas de crise organisé par Path , 9 Octobre 2012 PATH
Senegal Office, Fann Résidence .
- atelier sur la biosécurité au laboratoire organisé par l’AFBSA (African Biological Safety
Association) en collaboration avec l’ASLM (African Society for Laboratory Medicine ),1er
décembre 2012, Cape Town
- atelier sur la rédaction d’abstract organisé par le CDC en collaboration avec l’ASLM, 2
décembre 2012, Cape Town
Enseignements
Dr A Toure :
- Cours sur l'immunologie du paludisme (Institut Santé et Développement) : 8H
- Cours sur l'éthique médicale et l’éthique de la recherche (Institut Santé et Développement):
20H
- Cours sur l'éthique de la recherche (Master Pharmacie Hospitalière) : 12H
Accueil d’étudiants et de stagiaires
Mme Oumy Niass, doctorante, Université Gaston Berger Saint Louis, Sénégal, Doctorat de
Mathématiques Appliquées en co-tutelle. Sujet : Modélisation mathématique de l’acquisition
de l’immunité et de l’impact des interventions dans le contexte du projet Dielmo-Ndiop
Mr Fodé Diop, doctorant, Université Cheikh Anta Diop, Dakar, Doctorat de Parasitologie. Sujet :
Caractéristiques du paludisme dans des zones de transmission différentes du Sénégal : profil
immunologique, parasitaire et clinique.
98 sur 113
Mlle Annick Mansourou : soutenance thèse Doctorat 3ème cycle de Biologie Animale, Université
Cheikh Anta Diop, Dakar, le 31 Janvier 2012 : Optimisation d’un test fonctionnel de détection
de la poussée respiratoire dépendante des anticorps (Test ADRB) comme outil d’évaluation de
l’immunité anti-palustre
Formation continue du personnel de l’Unité
Michel Matar Faye, stage de Formation en cytométrie de flux, Université Pierre et Marie Curie Paris,
France, du 13 Janvier 2012 au 04 Février 2012
Michel Matar Faye, basic QC practices in clinical laboratory involved in malaria clinical trials, du 01
Juillet 2012 au 07 Juillet 2012, CNRFP, Ouagadougou, Burkina Faso.
Alassane Thiam, stage sur les techniques de biologie moléculaires du parasite, Unité de Parasitologie
de l’Institut de Recherches Biomédicales de l’Armée, Parc Le Pharo, Marseille du 16 Sept
2012 au 10 Octobre 2012,
Babacar Diouf, stage sur les techniques de culture cellulaire et l’évaluation de la croissance parasitaire,
Unité de Parasitologie de l’Institut de Recherches Biomédicales de l’Armée, Parc Le Pharo,
Marseille, du 16 Sept 2012 au 10 Octobre 2012
Enseignements
Pr Dieye A:
- Immunologie fondamentale, 3ème Année Pharmacie (10 heures par an)
- Immunologie appliquée, 4ème Année Pharmacie Option : Biologie (5 heures par an)
- Immunologie appliquée, 5ème Année Pharmacie Option : Biologie (5 heures par an)
- UE Bioéthique et Ethique, DES Chirurgie (4 h par an)
- Module transversal «Ethique» (5 h par an) : Ecole doctorale “Sciences de la vie, de la santé et
de l’environnement”, Université CA Diop de Dakar :
- UE Bioéthique et Ethique du Master d’Immunologie et Infection (20 h par an)
- UE Interactions Immunologie-Environnement, Master d’Immunologie et Infection (20 h/an).
- UE Immunologie anti-infectieuse, Master d’Immunologie et Infection (10h par an).
- UE Immunologie fondamentale, Master d’Immunologie et Infection (10 h par an).
Dr Diop G.
- Cours de Génétique du développement : Licence L2 Sciences de la Vie et de la Terre : SVTL2BCGS, Faculté des Sciences et Techniques, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar. 80h
par an.
- Cours de Génétique cellulaire et moléculaire : Licence L3 Sciences de la Vie et de la Terre :
SVT-L2BCGS, Faculté des Sciences et Techniques, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar.
80h par an.
Cours de Parasitologie moléculaire : Master 2 Biologie animale Option : Parasitologie. 80h/an.
Dr Mbengue B.
- Cour d’Immunologie, 5e année de pharmacie option Biologie FMPO/UCAD
- Immunité anti cancéreuse (4h), Bases Immunologiques de la Vaccination (4h), Nutrition et
Immunité (4h), Déficits Immunitaires primitifs (4h)
- Cour d’Immunologie antiparasitaire Master Immunologie et Infection FMPO/UCAD (20h)
- Maturation des lymphocytes (6h) Master d’Hématologie FMPO/UCAD
99 sur 113
Dr Ndiaye Diallo R :
- Enseignement de génétique en PCEM1 et PCEP1 (10H)
- Enseignement de Biologie moléculaire en PCEM2 (12H)
- Enseignement de Génie Génétique en PCEP4 (option Industrie) (10H)
Accueil d’étudiants et stagiaires
Dr Diallo Mariama Sadio, Stage de Master d’Immunologie, Faculté de Médecine, de Pharmacie et
d’Odontologie, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar. Thème : Immunologie et
immunopathogenèse du Lupus Erythémateux Disséminé. Mars 2012 au 31 Décembre 2012
Mme Ndiaye Basse Aissata : Préparation de thèse d’exercice de Doctorat en pharmacie, Faculté
de
Médecine, de Pharmacie et d’Odontologie, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar. Thème :
Immunologie et immunopathogenèse du Paludisme. Titre : Analyse de la réponse immunitaire
dirigée contre les antigènes chez les patients
atteints de
paludisme
de
recrutement
hospitalier. Du 05 novembre 2012 au 31 Juillet 2013. Directeur de thèse : Prof. Alioune
DIEYE; Co-directeur : Dr Babacar MBENGUE
M. Badiane Malick : Préparation de thèse d’exercice de Doctorat en pharmacie, Faculté de Médecine,
de Pharmacie et d’Odontologie, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar. Thème :
Immunologie et immunopathogenèse du Paludisme. Titre : Analyse de la réponse immunitaire
dirigée contre les antigènes chez les patients atteints de paludisme de recrutement hospitalier.
Du 05 Novembre 2012 au 31 Juillet 2013.
Directeur de thèse : Prof. Alioune DIEYE ;
Co-directeur : Dr Babacar MBENGUE
M. Diallo Mountaga , Stage de Master de Biologie animale Option : Génétique des Populations.
Département de Biologie animale, Faculté des Sciences et Techniques, Université Cheikh
Anta DIOP de Dakar. Thématique : « Analyse de distribution de génotypes de P. falciparum
chez despatients atteints d’accès simple ou de formes graves du paludisme». Du 14 Janvier
2013 au 31 Décembre 2013. Directeur de mémoire: Pr A. Dieye, Co-directeur : Dr Gora DIOP
Enseignements
-
Master 2 d'Immunologie des Maladies Infectieuses à l'Université Cheikh Anta Diop, Dakar
Master 2 d’épidémiologie, Institut Santé et Développement, Université Cheikh Anta Diop,
Dakar
Master 2 Nutrition et biologie humaine, Faculté des Sciences et Techniques, Université
Cheikh Anta Diop, Dakar
DEA Statistiques Appliquées, Université Gaston Berger Saint Louis
Organisation de cours
Le Dr Vincent Richard a organisé à l’Institut Pasteur de Dakar, dans le cadre des cours du Réseau
international des Instituts Pasteur, un cours intitulé « Analyses statistiques avec le logiciel R » du 7 au
11 mai 2012 qui a réuni 10 personnes.
100 sur 113
Accueil d’étudiants et de stagiaires, encadrement de mémoire et thèses
Mr Alpha Oumar Diallo DEA Statistiques Appliquées, Université Gaston Berger Saint Louis sur le
sujet « Evaluation de la couverture vaccinale des voyageurs se rendant en zone d’endémicité
amarile (Sénégal) pour un séjour touristique ». Encadré par le Dr Adama TALL
Mme Rindra Randremanana- Co direction de Thèse – Université de Grenoble - Soutenance en
décembre 2012, « Impacts de l’environnement sur les diarrhées infantiles à Madagascar
:Analyse du risque Campylobacter ». Encadrement Dr Vincent RICHARD
Mme Soatiana Rajatonirina – Directeur de Thèse – Université de Versailles St Quentin en Yvelines –
Soutenance en décembre 2012. « Epidémiologie des infections respiratoires a Madagascar ».
Encadrement dr Vincent RICHARD.
Enseignement
Dr Mawlouth Diallo a participé aux enseignements du Master II d’entomologie agricole, vétérinaire et
Médicale de l’école doctorale «Science de la vie et de la Santé de l’UCAD» sur les thèmes suivants:
(i) Systématique et Biologie des vecteurs d’arbovirus (3h) ; (ii) La fièvre de la vallée du Rift : une
arbovirose émergente (3h), (iii) La transmission vectorielle des arbovirus, exemple de la Fièvre Jaune,
du Chikungunya, de la Dengue (4h).
Dr Ibrahima Dia a participé aux enseignements :
- du Master II d’entomologie agricole, vétérinaire et Médicale de l’école doctorale «Science de
la vie et de la Santé de l’UCAD» sur les thèmes: (i) L’échantillonnage des vecteurs (3 heures),
(ii) L’élevage des moustiques en insectarium (2 heures), (iii) La cytogénétique des vecteurs (3
heures).
- en entomologie médicale des agents sanitaires de l'Ecole Nationale de Développement
Sanitaire et Social (ENDSS) sur les thèmes suivants : (i) les moustiques : morphologie,
biologie et importance médicale (3h), (ii) la transmission vectorielle et le contrôle antivectoriel
(3h).
Dr Diallo Diawo Post Doctorant dans le projet «Mécanismes d’émergence de la dengue au Sénégal».
Mr Talla Cheikh, doctorant en statistiques appliquées au vivant, Université Gaston Berger, Saint Louis
sur le thème « analyse statistique et modélisation de la dynamique spatio-temporelle des
moustiques du Sénégal». Encadrement : Dr Mawlouth Diallo.
Mr Gaye Alioune, Doctorant école doctorale «Science de la vie et de la Santé de l’UCAD» option
Entomologie Médicale Encadrement : Dr Mawlouth Diallo. Les vecteurs potenteils de la
dengue et des arbovirus associés au rat noir.
Mr Ndiaye El hadji, PhD en cours, école doctorale «Science de la vie et de la Santé de l’UCAD»
option Entomologie Médicale. Thème : « Mécanismes de maintien et d’émergence du virus de
la fièvre de la vallée du Rift », (UCAD). Encadrement : Dr Mawlouth Diallo.
Mr Diagne Cheikh Tidiane, PhD en cours, école doctorale «Science de la vie et de la Santé de
l’UCAD» option Entomologie Médicale (UCAD). Encadrement : Dr Mawlouth Diallo
Mécanismes d’émergence du virus de la Chikungunya et Zika à Kédougou.
101 sur 113
Mr Niang El Hadji Amadou, étudiant en Thèse de Biologie Animale de l’UCAD sur le sujet :
"Variabilité génétique des populations d’An. gambiae s.l. au Sénégal : implications dans le
contrôle du paludisme" de juin 2010 à juin 2013. Encadrement : Dr Ibrahima DIA.
Mr Ngom El Hadji Malick, étudiant en Thèse de Biologie Animale de l’UCAD sur le sujet «Etude des
déterminants climatiques et environnementaux sur la bio-écologie d’An. arabiensis et leur
implication dans la transmission et le contrôle du paludisme en zone sahélienne du Sénégal»,
de août 2011 à juillet 2014. Encadrement : Dr Ibrahima DIA.
Mr Samb Badara, étudiant en Thèse de Troisième Cycle de Biologie Animale de l’UCAD sur le sujet :
«Génétique des néo-populations d’An. funestus de la vallée du fleuve Sénégal». Cette thèse a
été reconvertie en nouvelle thèse depuis la mise en place du système LMD à l’UCAD, de juin
2010 à décembre 2013. Encadrement : Dr Ibrahima DIA
Direction de thèses de Doctorat (UCAD Dakar, Ecole Doctorale : Sciences de la Vie, de la Santé et de
l'Environnement)
Mme Bissoum Samb Ba : Sujet : « Prévalence des diarrhées infectieuses à Dakar : Caractérisation des
pathogènes entériques ».
Mme Khote Fall Niang : Sujet : Surveillance intégrée des maladies transmises par les aliments et
l’antibiorésistance des bactéries zoonotiques à Dakar».
M. Mamadou Elimane Faye, Master II de Chimie-Biologie Aspects Analytiques.
M. Ayan Ali Ragueh, Master II de Microbiologie Fondamentale et Appliquée.
Mme Mayrama Sidibé Koita, Master II de Microbiologie Fondamentale et Appliquée
Formations continues des personnels de l’IPD
Mme Gassama-Sow A. 12th International Advanced Course on Vaccinology in Asia-Pacific Region,
IVI 14-19 May 2012
Enseignement
Cours dispensés par Dr A. Seck
- Bactériologie- virologie 3ème et 4ème année de Pharmacie (25 heures)
- Module Bactériologie-virologie du Master 1 d’immunologie (15 heures)
- Master de Microbiologie Fondamentale et Appliquée (20 heures)
- Travaux Pratiques de 3ème année de Pharmacie (48 heures).
Etudiants en 4ème et 5ème année de Pharmacie (UCAD),
Etudiants en DES de Biologie Clinique (UCAD),
Etudiants en formation pour le diplôme de Technicien Supérieur (ESP, Dakar),
Internes en Pharmacie français en stage d’internat validant à l’étranger :
- Alice Dufougeray, novembre 2011- avril 2012
- Aude Lepont, mai-octobre 2012
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Formation continue des personnels de l’IPD
Participation aux formations organisées par le Réseau National des Laboratoires par l’envoi de
technicien lors de ces sessions.
- Formation en métrologie (Mr Khadim Dramé)
- Formation en contrôle de qualité et biosécurité au laboratoire (Mr Alioune Mbaye)
- Formation en antibiogramme (Mme Roughyatou Diallo)
Dans le cadre de l’acquisition des automates Architect Abbott®, Mr Khadim Dramé a bénéficié d’une
formation en France.
Des séances de formations continues destinées au personnel du laboratoire ont été assurées par les
biologistes (Hépatite B, méningites et encéphalites infectieuses, recommandations ECBU).
Pour une bonne utilisation des consoles d’appel d’AMS Technologies dans le cadre de la gestion de la
file d’attente, toutes les secrétaires ont bénéficié d’une formation assurée par les spécialistes de cette
société.
Service assurance-qualité
Enseignement
M. Babacar GNING et Mme Maïmouna DIOP ont participation en qualité de formateur aux séances de
formations organisées par le Réseau National des Laboratoires de Biologie Médicale (RNL), et
animation des modules suivant :
- motivation et implication du personnel dans une démarche qualité
- système documentaire dans un laboratoire
Séances de formation / sensibilisation à la qualité en interne
- Sensibilisation à la gestion des déviations pour le personnel de l’UVFJ le 09/02/2012 pour une
durée de 02 heures
- Sensibilisation à la qualité et à la norme ISO 9001 le 27 mars 2012 pour une durée de 03
heures pour les nouveaux référents qualité (Hamet Fall et Oumou Camara Ngom / Virologie
Médicale et la DRH).
- Sensibilisation des référents qualité sur le choix et le suivi des indicateurs de performance en
27 mars 2012.
Formations suivies par le personnel du service qualité
M. Babacar GNING et Mme Maïmouna DIOP ont suivi les formations suivantes :
- Participation à la journée de sensibilisation sur la gestion des déchets, le développement
durable et la responsabilité sociétale organisée par l’Institut de Recherche pour le
Développement (IRD) le 11 Avril 2012.
- Gestion du risque qualité animé par Roland Guinet expert GMP, au sein de l’IPD du 08 au 09
Mai 2012: .
- Les nouvelles annexes des BPF, animé par Roland Guinet expert GMP, au sein de l’IPD du 15
au 19 Octobre 2012
- Formation sur la Responsabilité Sociétale des Entreprises (RSE) à Tunis du 19 au 22
novembre 2012
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Service informatique
M. Papa Samba SECK, étudiant en 1ère année BTS électronique industrielle au Centre
d’Entrepreneuriat et de Développement Technique, du 07 au 31 août 2012.
M. Alphonse Pierre Sara NDIAYE, Etudiant en 1ère année DST informatique à l’Ecole supérieure
Polytechnique de Dakar du 1er au 30 septembre 2012
104 sur 113
Publications et Communications
Les noms des auteurs appartenant à l’Institut Pasteur de Dakar sont soulignés.
Les publications et communications sont regroupées par laboratoires.
Quand les auteurs d’une même publication appartiennent à différents laboratoires de l’IPD, celle-ci a
été répertoriée (i) dans le laboratoire d’appartenance du premier auteur, (ii) si le premier auteur
n’appartenait pas à l’IPD, dans le laboratoire d’appartenance du dernier auteur, (iii), si ni le premier ni
le deernier auteur n’appartenaient à l’IPD, dans le laboratoire d’appartenance de l’auteur ayant le
meilleur rang.
105 sur 113
Publications
Biological and Phylogenetic Characteristics of Yellow Fever Virus Lineages from West Africa.
Stock NK, Laraway H, Faye O, Diallo M, Niedrig M, Sall AA.
J Virol. 2012 Dec 26. [Epub ahead of print]
Phylogeography of Rift Valley Fever Virus in Africa Reveals Multiple Introductions in Senegal
and Mauritania.
Ly-Soumaré PO, Freire CCM, Faye O, Diallo M, Oliveira JV, Zanotto PMA, Sall AA.
PLoS One 2012, 7(4), e(35216).
First International External Quality Assessment Study on Molecular and Serological Methods
for Yellow Fever Diagnosis.
Domingo C, Escadafal C, Rumer L, Méndez JA, García P, Sall AA, Teichmann A, Donoso-Mantke
O, Niedrig M.
PLoS One. 2012;7(5):e36291. doi: 10.1371/journal.pone.0036291. Epub 2012 May 3.
Immunogenicity and safety of yellow fever vaccine among 115 HIV-infected patients after a
preventive immunisation campaign in Mali.
Sidibe M, Yactayo S, Kalle A, Sall AA, Sow S, Ndoutabe M, Perea W, Avokey F, Lewis RF, Veit
O.
Trans R Soc Trop Med Hyg. 2012 Jul;106(7):437-44.
Vector competence of Culex neavei (Diptera/ Culicidae) for Usutu virus.
Nikolay B, Diallo M, Faye O, Boye CS, Sall AA.
Am J Trop Med Hyg., 2012 86(6), 993–996.
Worldwide emergence of multiple clades of enterovirus 68.
Tokarz R, Firth C, Madhi SA, Howie SR, Wu W, Sall AA, Haq S, Briese T, Lipkin WI.
J Gen Virol. 2012 Sep;93(Pt 9):1952-8. doi: 10.1099/vir.0.043935-0. Epub 2012 Jun 13.
Prophylactic platelets in dengue: survey responses highlight lack of an evidence base.
Whitehorn J, Roche RR, Guzman MG, Martinez E, Gomez WV, Nainggolan L, Laksono IS,
Mishra A, Lum L, Faiz A, Sall AA, Dawurung J, Borges A, Leo YS, Blumberg L, Bausch DG,
Kroeger A, Horstick O, Thwaites G, Wertheim H, Larsson M, Hien TT, Peeling R, Wills B,
Simmons C, Farrar J.
PLoS Negl Trop Dis. 2012;6(6):e1716
Synchrony of sylvatic dengue isolations: a multi-host, multi-vector SIR model of dengue virus
transmission in Senegal.
Althouse BM, Lessler J, Sall AA, Diallo M, Hanley KA, Watts DM, Weaver SC, Cummings DA.
PLoS Negl Trop Dis. 2012 Nov;6(11):e1928. doi: 10.1371/journal.pntd.0001928. Epub 2012 Nov
29.
Dengue fièvre jaune et autres arboviroses.
Dussart P, Césaire R, Sall AA.
In Traité de maladies infectieuses. Encyclopédie médico-chirurgicale, Elsevier Masson. 2012
106 sur 113
Dengue.
Farrar J, Sall AA.
In Principles of Medicine in Africa, 4th edn, ed. David Mabey et al. Published by Cambridge
University Press, 393-397. 2012
Communications orales
Dengue in Africa
Sall AA.
3 D meeting, Château de Ravatys, France, Avril 2012
In country quality control rapid diagnostics tests : is it feasible ?
Sall AA.
A focus on point of care diagnostics in Africa. réunion scientifique organisée par African Society
of Laboratory Medicine, Fondation Mérieux et Ethiopian Health Nutrition Research Institute.
Addis Abeba, Ethiopie, 9 mai 2012.
Detection of emerging dangerous pathogens : case study of viral hemorragic fever in Africa.
Sall AA
Symposium scientifique de la réunion des directeurs du RIIP, Institut Pasteur de Corée, Séoul,
Corée ; 24 septembre 2012.
Understanding the emergence of arboviruses and viral hemorrhagic fevers in Africa : from the
bench to the community.
Sall AA
Nanyang Technological University, Singapour, Singapour. 28 septembre 2012.
Virus émergents et environnement : cas des arboviroses.
Sall AA
Colloque international « Science, enseignement et technologie pour le développement de
l’Afrique.1er Novembre 2012.
Laboratory services for surveillance and outbreak investigation of emerging dangerous
pathogens : examples of viral hemorrhagic fevers.
Sall AA
Réunion annuelle African Society of Laboratory Medicine, Cape Town, Afrique du Sud, 7
décembre 2012.
Dengue in Africa : Lessons from Senegal.
Faye O
NDEPTH expert meeting in cooperation with the IDAMS consortium. Accra Ghana February 2013
Publications
Sentinel surveillance for influenza in Senegal, 1996-2009
Niang MN, Dosseh A, Ndiaye K, Sagna M, Gregory V, Goudiaby D, Hay A, Diop OM.
J Infect Dis. 2012 Dec;206 Suppl 1:S129-35.
107 sur 113
Spatiotemporal circulation of influenza viruses in 5 african countries during 2008-2009: a
collaborative study of the institut pasteur international network.
Heraud JM, Njouom R, Rousset D, Kadjo H, Caro V, Ndiaye MN, Victoir K, Collard JM, Orelle A,
Yekwa EL, Ekaza E, Razanajatovo NH, Adamou L, Biscornet L, Enouf V, van der Werf S, Diop
OM.
J Infect Dis 2012 Dec;206 Suppl 1:S5-S13. doi: 10.1093/infdis/jis541.
Delayed 2009 Pandemic Influenza A Virus Subtype H1N1 Circulation in West Africa, May 2009April 2010.
Nzussouo NT, Michalove J, Diop OM, Njouom R, Monteiro Mde L, Adje HK, Manoncourt S,
Amankwa J, Koivogui L, Sow S, Elkory MB, Collard JM, Dalhatu I, Niang MN, Lafond K, Moniz
F, Coulibaly D, Kronman KC, Oyofo BA, Ampofo W, Tamboura B, Bara AO, Jusot JF, Ekanem E,
Sarr FD, Hwang I, Cornelius C, Coker B, Lindstrom S, Davis R, Dueger E, Moen A, Widdowson
MA.
J Infect Dis. 2012 Dec;206 Suppl 1:S101-7.
Immunogenicity of trivalent inactivated influenza vaccine among rural Senegalese children
Ndiaye Niang M, Diallo A, Ortiz JO, Diop D , Goudiaby Deborah G, Sokhna C, Lafond K; Neuzil
K, Marc -Alain Widdowson MA, Victor JC and Diop OM
3nd Annual African Network for Influenza Surveillance and Epidemiology (ANISE) Meeting
February 1 – 3, 2012
Communications affichées
Detection of respiratory viruses other than influenza in children leaving in a suburb of Dakar.
Ndiaye Niang M, Dia, Diène Sarr F, Diop OM.
3ème conférence annuelle du réseau Africain de surveillance de la grippe (ANISE), 1er au 3 février
2012, Nairobi (Kenya)
Caractéristiques du paludisme dans des zones d’endémicité différentes du Sénégal : Analyse de
profils immunologique, parasitaire et clinique.
Diop F, Diène Sarr F, Diouf B, Faye MM, Faye J, Badiane J, Tall A,Toure A.
13ème Journée Dakaroises de Parasitologie, IRD, 23 Octobre 2012
Le test fonctionnel de chimiluminescence dépendante d’anticorps (ADRB), outil d’évaluation de
l’immunité anti-palustre
Mansourou A, Joos C, Diouf B, Longacre S, Perraut R, Touré A.
13ème Journée Dakaroises de Parasitologie, IRD, 23 Octobre 2012
Evaluation du niveau de réponse anticorps dirigée contre les extraits de Plasmodium falciparum
en 2000 et 2010 (Ndiop et Dielmo)
Diop F, Diop G, Diouf B, Faye MM, Niang M, Tall A, Richard V, Toure A.
5èmes journée scientifique URMITE (Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales
Emergentes, Campus commun IRD-UCAD de Hann, 19 Novembre 2012
108 sur 113
Evaluation a dix ans d’intervalle à Dielmo et Ndiop de la réponse anticorps vis-à-vis d’un
extrait de Plasmodium falciparum
Diop F, Diop G, Diouf B, Faye MM, Niang M, Tall A, Richard A,Toure A.
6ème Congrès de la Société Ouest Africaine de Parasitologie.
Analysis of IgG responses against PfGPI and kinetic of TNFα and IL10 serum levels in Adults
Senegalese with Severe Malaria.
Mbengue B, Diatta B, Niang B, Toure A, Gowda CD, Perraut R and Dieye A.
XVIII International congress for Tropical Medicine and Malaria 23 to 27 September 2012- Rio de
Janeiro, Brazil; PP-Mal 152 page 334.
Analyse transversale des réponses anticorps contre les antigènes des stades sanguins asexués de
Plasmodium falciparum en zone de paludisme urbain symptomatique non aggravé
Dakar (Sénégal).
Mbengue B, Niang MDS, Ndiaye R, Diop G, Toure A, Diouf B, Tall A, Perraut R and Dieye A.
6ème Congrès de la Société Ouest Africaine de Parasitologie (SOAP), Dakar, Sénégal, 18-20
décembre 2012. Po43.
Autoanticorps dans le lupus érythémateux systémique : profil et corrélations cliniques.
Diallo MS, Mbengue B, Seck A, Ndiaye-Diallo R, Sylla-Niang M, Ndao A, Cisse M, Ndongo S,
Dieye TN, Kane A, Dieye A.
VIIèmes Journées Scientifiques des Départements de Pharmacie, Dakar, 12 -13 Décembre 2012
Etude in vivo, ex vivo, et moléculaire de l’efficacité de la combinaison Artemether +
lumefantrine utilisée dans le traitement du paludisme au Sénégal.
Ndiaye D, Koïta O, Nwakanma D, Dièye B, Diakité M, Doumbia S, Traoré S, Umberto D, Ngwa
A, Ndiaye YD, Mbaye A, Diouf F, Sissako A, Sangare L, Gomis JF, Ndiaye M, Ndiaye JL, Konaté
L, Ahouidi AD, Faye B, Mbengue B, Okébé J & al.
VIIèmes Journées Scientifiques des Départements de Pharmacie, Dakar, 12 -13 Décembre 2012
Les groupes sanguins ABO dans la prédisposition génétique au paludisme simple au Sénégal
Ndiaye R, Sakuntabhai A, Casademont I, Tall A, Dieye A, Julier C.
VIème Congrès de la Société Ouest Africaine de Parasitologie, 18-21 Décembre 2012, Dakar,
Sénégal
Mutations du gène PTPN11 dans le syndrome de Noonan au Sénégal.
Ndiaye C., Ndiaye Diallo R., Faye O., Leye M., Diop IB., Sy Signate H.
VIIème journées scientifiques des Départements de Pharmacie, FMPO, UCAD, Dakar 12-13
Décembre 2012
Thèses et mémoires
Etude des auto-anticorps dans le lupus érythémateux systémique : profil et corrélations cliniques
Diallo MS.
Mémoire de Master d’Immunologie, , Université Cheikh Anta DIOP de Dakar soutenu le : 15
décembre 2012
Directeur de mémoire : Prof. Alioune DIEYE ; Co-directeur : Dr Babacar MBENGUE 109 sur 113
Etude du polymorphisme rs1044925 dans la variabilité des paramètres lipidiques chez les
donneurs de sang au Sénégal, soutenu le 26 Décembre 2012
Guèye Tall F.
Mémoire de Master de Biochimie et génie génétique, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar
Directeur de mémoire : Dr Rokhaya Ndiaye Diallo
Publications
Absence of association between ex vivo susceptibility to doxycycline and pftetQ and pfmdt copy
numbers in Plasmodium falciparum isolates from Dakar, Senegal.
Gaillard T, Fall B, Tall A, Wurtz N, Diatta B, Lavina M, Fall KB, Diène Sarr F, Baret E, Dieme Y,
Wade B, Bercion R, Briolant S and Pradines B.
Clin Microbiol Infect. 2012 Jul;18(7):E238-40.
Changing Malaria Epidemiology and Diagnostic Criteria for Plasmodium falciparum Clinical
Malaria
Roucher C, Rogier C, Dieye-Ba F, Sokhna C, Tall A, Trape J-F
PLoS ONE 2012 7(9): e46188. doi:10.1371/journal.pone.0046188.
Case-control study of the etiology of infant diarrheal disease in 14 districts in Madagascar.
Randremanana R, Randrianirina F, Gousseff M, Dubois N, Razafindratsimandresy ER, Ratsima
Hariniana E, Garin B, Randriamanantena A, Rakotonirina HC, Ramparany L, Ramarokoto CE,
Rakotomanana F, Ratsitorahina M, Rajatonirina S, Talarmin A, Richard V.
Plos One 2012; 7(9): e44533. Epub 2012 Sep 17
Excess mortality associated with the 2009 A(H1N1)v influenza pandemic in Antananarivo,
Madagascar
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Thèse et mémoires
Cissé A, Doctorat d’Etat en Pharmacie n°47, UCAD, Dakar, « Profil de sensibilité des bacilles à Gram
négatif isolés d’infections respiratoires ». Co-directeur : A Seck
Diaw A, Doctorat d’Etat en Pharmacie n° 41, UCAD, Dakar, «Profil de résistance de pathogènes
bactériens isolés d’infections respiratoires à Dakar ». Co-directeur : A Seck
Coulibaly F, Mémoire de Master de Microbiologie Fondamentale et Appliquée, UCAD, Dakar,
« Epidémiologie des entérobactéries productrices de BLSE au CHU du Point G, Bamako ». Codirecteur : A Seck
Munduge M, Mémoire de Master de Microbiologie Fondamentale et Appliquée, UCAD, Dakar,
« Epidémiologie du portage de Streptococcus agalactiae chez la femme enceinte à Libreville ».
Co-directeur : A Seck.
Service qualité
Communication Orale
La démarche d’accréditation à l’Institut Pasteur de Dakar lors de l’atelier sur l’accréditation
des laboratoires en Afrique de l’Ouest
Diop M.
Centre de Conférences des Pensières, Annecy, France le 28 Septembre 2012
113 sur 113

Rapport annuel 2012 - Institut Pasteur de Dakar

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