Intégration dans ImageJ d`une méthode de calcul de - LBMC

Titre du stage
Intégration dans ImageJ d’une méthode de calcul de cartes de
déformations à partir d’images
Titre du stage en anglais
Implementation as an ImageJ plugin of method to compute strains
maps based on images
Lieu de travail principal
LBMC, Univ. Lyon 1 – Ifsttar. Site de Bron
Encadrants
P. Beillas, [email protected] , A. Le Ruyet
Contexte : Une méthode de calcul a été mise au point afin de pouvoir estimer des déformations à partir d’images
bruitées (échographie ultrarapide) (Le Ruyet et al. 2016, Figure 1). Elle a pour l’instant été appliqué en
biomécanique des chocs afin d’estimer les déformations d’organes abdominaux lors de chargements rapides
(jusqu’à 6 m/s) mais d’autres applications peuvent être envisagées en mécanique, biomécanique et imagerie. La
méthode est basée sur une méthode de détection automatique de cibles déjà publiée et implémentée comme un
plugin du logiciel imageJ (Preibisch et al. 2009, Descriptor based series registration, disponible dans
https://fiji.sc/) qui est combinée avec des étapes de filtrage, interpolation, et intégration. Pour l’instant, ces étapes
sont effectuées dans le logiciel Matlab.
Objectifs : L’objet du stage sera d’intégrer l’ensemble de la méthode proposée dans un nouveau plugin imageJ
qui sera publié avec une licence Open Source. Ceci rendra la méthode plus facile à utiliser et plus accessible.
L’étudiant sera responsable de l’implémentation du plugin (http://www.gm.fh-koeln.de/~konen/WPFBV/tutorial-ImageJ_V1.71.pdf) mais il sera guidé sur les aspects méthodes numériques. Selon le niveau et
l’intérêt du candidat, les travaux pourront aussi inclure une validation des résultats, une étude de sensibilité des
résultats aux paramètres numériques utilisés dans la méthode, une application à d’autres types de données, ou
l’intégration de filtres utilisés en échographie dans la méthode développée.
Profil du candidat et durée du stage : le stage s’adresse à un candidat avec une formation en programmation,
ou une autre formation (ex : génie biomédical, traitement du signal, …) mais qui serait à l’aise avec le
principal langage utilisé (Java). Selon le profil et le contenu exact (voir objectifs), le stage pourra durer de 2 à 6
mois (depuis IUT jusque master).
Figure 1 : Images ultrasonores d’un rein humain en compression (0.3 m/s) (1 ère ligne). Cartes de déplacements (gauche, mm) et de
déformations (vertical, droite) issues de la méthode développée au laboratoire (2ème ligne).
Références :
Le Ruyet A., Beillas P. (2016) Development and Evaluation of a Landmark-Based Method to Estimate
Displacements and Strains in Soft Tissues Imaged During an Impact Using Ultrafast Ultrasound. Strain. Volume 52,
Issue 5 October 2016. Pages 412–423 http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/str.12200/full
S. Preibisch, S. Saalfeld, T. Rohlfing, and P. Tomancak, “Beadbased mosaicing of single plane illumination
microscopy images using geometric local descriptor matching” 2009, 72592S–72592S–10
Mots-clefs :
Java, ImageJ, traitement d’image, déformations mécaniques