1 Environnement de ChemSketch 2 Quelques fonctionnalités de

UTILISER LE LOGICIEL CHEMSKETCH ET ACD 3D VIEWER
3 Environnement de ACD 3D Viewer
1 Environnement de ChemSketch
Menus déroulants
Barre d’outils
Menus
déroulants
Basculer vers 3D Viewer
Choix des
atomes
Zone
d’affichage
des modèles
(par défaut, le
carbone est
sélectionné)
Basculer vers ChemSketch
Zone de construction des molécules
4 Barre d’outils de ACD 3D Viewer
Choix de
groupes
d’atomes
spécifiques
1
1
2
3
4
5
2 Quelques fonctionnalités de ChemSketch
8
9 10 11 12 13
14 15 16
6
7
Par défaut, le carbone est sélectionné dans la barre des éléments chimiques à gauche :
•
2 3 4 5 6 7
Permet de charger des molécules déjà enregistrées.
Les boutons n°2 à 8 sélectionnent le type de modèle choisi. seul le modèle de l'icône n°2
permet de faire apparaître les liaisons multiples.
Modèle éclaté
Modèle compact
8
(les hydrogènes sont placés d’office). Un clic sur
Un clic sur la feuille fait apparaître le groupe :
l’atome de carbone, puis un glisser sans relâcher, permet de constituer une molécule
comportant 2 atomes de carbone et des hydrogènes. A partir de 3 atomes de carbone,
ceux du milieu de la molécule n’apparaissent plus.
9
10
11
12
Augmente la taille des atomes (modèle éclaté) sans changer celle de la molécule
Diminue la taille des atomes (modèle éclaté) sans changer celle de la molécule
Mesure la distance entre deux atomes (cliquer sur deux atomes liés, valeur en 10-10 m)
Mesure l’angle formé par deux liaisons (cliquer sur trois atomes : deux autour d’un troisième)
•
Pour faire apparaître tous les atomes de carbone, dans le menu
•
•
Pour sélectionner un atome (à supprimer, une molécule à enregistrer…), cliquer avant sur le bouton :
, utiliser
Pour faire apparaître les liaisons avec les atomes d'hydrogène, dans le menu
15
•
Pour obtenir une vue en perspective, sélectionner la molécule choisie, ensuite utiliser : Tools / 3D
Les boutons en bas de la fenêtre permettent de passer de ACD 3D Viewer vers ChemSketch
structure optimization, ou cliquer sur le bouton :
et inversement de ChemSketch vers ACD 3D Viewer
, utiliser
cocher "All" :
13
14
•
La fenêtre suivante s’ouvre
choisir :
(en cliquant sur un atome de carbone de cette molécule, on peut la faire tourner, en faisant glisser la
est sélectionné.)
souris car le bouton
.
On peut obtenir le nom de la molécule par le menu : Tools / Generate ►
•
On peut obtenir la formule brute de la molécule par le menu : Tools / Calculate ►
•
Pour obtenir la vue en trois dimensions, on clique sur :
, ce qui ouvre le logiciel ACD 3D Viewer.
(Pour revenir sur Chemsketch, cliquer sur :
en bas de la fenêtre.)
.
16
Rotation automatique
Rotation automatique avec changement régulier du style de représentation
Permet une optimisation 3D (avec atomes H) si initialement formule semi-développée
une fois que les deux logiciels sont ouverts.