2014 – 2015 - L`Amicale ESBS

Transcription

ESBS Ecole Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg Livret des étudiants 2014 – 2015 Version Septembre 2014 Table of contents 2014 – 2015 1.
2.
3.
4.
5.
General informations Regulations Administration & Teachers Curriculum Syllabus p. 2 p. 7 p. 18 p. 21 p. 28 ESBS, Sept. 2014
1
ESBS General informations 2014 – 2015 ESBS, Sept. 2014
2
ESBS, Sept. 2014
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Building A
Level 1:
•
•
•
•
Front desk
Switchboard
Multipurpose room A101 (ESBS, TPS)
Campus pass Terminal
Level 2:
• Cafeteria
• Entrance and exit of the amphitheater A207 (ESBS+ TPS)
Level 3: Amphitheater A302 (Amphi Ebel - ESBS)
Level 4: Library
Level 5: Board meeting room
Building B
Level 1: Centre de Ressources de Langues CRL- Language Center (ESBS+ TPS)
Building D - ESBS
Level 0: Technical rooms
Level 1:
•
•
•
•
•
•
•
Level 2:
•
•
•
•
•
Classrooms: D111, D112, D109, A 302
Computer room: D113
Student rooms: D116, D117
Table (Tableau d’affichage)
Phytopathology research group, headed by Prof. Jean-Marc Jeltsch, Dr. Vincent
Phalip
Bioincubator (company incubator), UMS/ TecMed
Screening platform, UMS 3286
Laundry
Cellular cultures rooms
Classrooms and practicals rooms, D212, D227, D226 and D228
Technical rooms
Biomolecular NMR group (head: Prof. Bruno Kieffer) Biocomputing group (head:
Prof. Annick Dejaegere), Department of Structural Biology, IGBMC, UMR 7104
and U964.
Level 3 : UMR 7242 IREBS (« Biotechnologie et Signalisation Cellulaire »)
Département : Récepteurs, Protéines Membranaires et Innovation thérapeutique
RCPG and pain group: Dr. Frédéric Simonin
RCPG dynamic group: Dr. Jean-Luc Galzi
Bacterial membrane transport group: Dr. Isabelle Schalk
RCPG and cardiobiology group: Dr. Canan Nebigil
Département : Intégrité du génome et Biologie tumorale
Oncoproteins group: Drs M. Masson et G. Travé
ESBS, Sept. 2014
4
Level 4 :
ESBS Administration and direction : tel. 03 68 85 46 82 - fax 03 68 85 46 83
• Director – D 426
Pr. Georges Orfanoudakis – tel. 03 68 85 47 65 / [email protected]
• Academic director – D 202
Pr. Annick Dejaeger tel. 03 68 85 47 21 / [email protected]
M
me
• Administrative and Financial director – D 425
Marie-Renée Masson – tel. 03 88 65 46 79 / [email protected]
• Secretary — Communication executive – D 423
Mme Nathalie Sin / tel. 03 88 68 46 87 / [email protected]
• Scholar department – D 424
M Marina Funck – tel. 03 68 85 46 82 / [email protected]
Mme Imane Ghezal – tel. 03 68 85 46 80 / [email protected]
me
• Financial executive – D 422
Mme Sabine Krieger – tel. 03 68 85 44 08 / [email protected]
UMR 7242 CNRS-UdS BSC administration and direction : Dr. Jean-Luc Galzi
Département Intégrité du génome et Biologie tumorale :
PARP group: Drs Valérie Schreiber, Françoise Dantzer
Post translational modifications and cancerogenesis group: Prof. Bruno Chatton
Epigenetic regulation of cellular identity group: Dr. Michael Weber
Building E
Level 2: computer rooms E219 and E222
A and D buildings communicate by three footbridges, levels 1, 3 and 4, and by a door, level
0 (parking side), with cards or codes provided by the ESBS administration. In building D,
access to laboratories is possible with a card.
Bike racks are located between building A and D, and also in the garage in the basement of
building D (parking side).
ESBS, Sept. 2014
5
The timetable will be available at the beginning of each semester. Specific modifications,
dates and locations of exams are given by mail.
2. Head teachers
1st year: Yves Nominé, Associate professor, Phone: 03 68 85 47 25
[email protected]
2nd year:
Bruno Chatton, Professor, Phone: 03 68 85 47 87
[email protected]
3rd year:
Annie Paule Sibler, Associate professor, Phone: 03 68 85 47 21
[email protected]
Supply teacher: Claire Gavériaux, Professor, Phone: 03 88 65 34 97
Final-year internship:
Etienne Weiss (Professor), Phone: 03 68 85 47 67
[email protected]
3. Internships and experimental projects
1st year: Mid december, M. Yves Nominé gives information about the 1st year internship
which should last at least 8 weeks between May and August. Details about the report
writing will be made available.
2nd year: At the second semester, students will have to choose among three options.
• Option « Bioproduction »
Head: Georges Orfanoudakis
• Option « Biotechnologie haut-débit »
Head: Bruno Kieffer, Odile Lecompte
• Option « Synthetic biology »
Head: Annick Dejaegere, Alain Mazet
Teachers in charge will provide you with information on the courses, conferences and
internships specific of each option.
3rd year: Final-year internship between January and September.
Head: Prof. Etienne Weiss
Important comment:
Each period of practical or internships requires a final report. Head teacher sets a
due date for the report deposit. Unjustified non-attendance to practical sessions or
internships or not returning a report on time will lead to exams adjournment.
5. Basel and Freibourg
Some courses are given in the two other partner universities, during block periods (see
timetables).
Lodging is in charge of the universities.
Transport by coach is in charge and organised by the ESBS.
Informations on logistic aspects of these blocked periods are on the tables of the concerned
year, about two weeks before the departure. A general email is also sent to the whole
promotion.
ESBS, Sept. 2014
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Regulations ESBS rules Pedagogical rules Computer room rules 2014 – 2015 ESBS, Sept. 2014
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Interne Vereinbarungen
Règlement Intérieur
Diese Studienordnung dient, gemäß der von den drei
Universitäten (Basel, Freiburg im Breisgau, Straßburg)
unterzeichneten
Konvention,
als
Koordinationsdokument zwischen den beteiligten
Universitäten. Der Inhalt wird regelmäßig überarbeit.
Ce règlement sert de document de coordination
entre les différents centres de l’Ecole,
conformément à l’esprit de la Convention signée
par les 3 universités (Bâle, Fribourg en Brisgau,
Strasbourg). Son contenu est renouvelé
régulièrement.
1. Vergabeverfahren der Studienplätze
Auswahl
Einsendeschluss für die Bewerbungen an die
beteiligten Universitäten ist der 1. Juni.
An jeder Universität findet eine Vorauswahl der
Bewerber auf Grund der Unterlagen statt.
Bis Anfang Juli werden an allen Universitäten die
Studienplätze endgültig nach einem Auswahlgespräch
mit den Bewerbern der engeren Wahl vergeben.
Sind alle Zugangsvoraussetzungen erfüllt, so erfolgt
die definitive Aufnahme in den Studiengang.
Mit dem Ziel das Vergabeverfahren einheitlich zu
gestalten, nimmt an den Auswahlgesprächen in
Deutschland und in der Schweiz ein Mitglied des
Straßburger Lehrkörpers teil.
1. Modalité de recrutement des étudiants
Sélection
a) sur dossier et entretien
Dépôt des dossiers de candidature dans chaque
université : 1er juin, date limite de chaque année.
Chaque université fera une présélection des
dossiers de candidature.
Les étudiants, dont les dossiers ont été
présélectionnés, seront convoqués à un entretien
avec le jury en juin ou juillet selon les
universités.
Suite à cet entretien, chaque université procèdera
à la sélection définitive des candidats. Si le
candidat
remplit
toutes
les
conditions
d’admissibilité, son acceptation est définitive.
Afin d’homogénéiser la sélection des candidats,
un enseignant de Strasbourg participera aux
entretiens avec les étudiants en Allemagne et en
Suisse.
b) Intégration des étudiants issus des classes
préparatoires (BCPST, PC, TB) admissibles au
concours Polytech en fonction du classement et
des choix formulés dans la liste des vœux.
Voraussetzungen
Zum Studium ist berechtigt, wer die Ausbildung des
ersten Studienabschnittes in Biologie, Chemie, Physik,
Medizin, Pharmazie oder Chemieingenieurwesen
erfolgreich abgeschlossen hat.
Die erforderlichen Kenntnisse (in Mathematik, Physik
und Biologie) sind einem vom Lehrkörper
ausgearbeiteten Dokument zu entnehmen.
Niveau de formation de base requis
Tous les étudiants, dont le niveau d’études est
équivalent aux deux premières années
universitaires en biologie, chimie, physique,
médecine, pharmacie ou ingénierie chimique
pourront présenter leur candidature : le niveau
requis en mathématiques, en physique et en
biologie est indiqué dans un document élaboré
par les enseignants.
2.Terminplan beim Eintritt ins erste Studienjahr
Ab Anfang September bietet die ESBS Intensiv-Kurse
für Deutsch, English und Französisch an. Die
Studenten werden je nach Kenntnisstand in
verschiedene Gruppen eingestuft.
Ende September findet eine Informationsveranstaltung
(Studienplan, Kursinhalte, Organisation der Schule
u.s.w) für die Studenten des 1. Semesters
2. Calendrier de la rentrée en première année
L’ESBS organise tout le mois de septembre des
cours intensifs de langues : allemand ou français
et anglais. Les étudiants seront répartis en
différents groupes de niveau.
A la rentrée de septembre une réunion
d’information générale (emploi du temps ,
contenu des cours, fonctionnement de l’Ecole,
etc.) aura lieu pour les étudiants de première
année.
ESBS, Sept. 2014
8
3. Unterrichtsgestaltung und -koordination
Der Lehrplan, der regelmäßig aktualisiert wird,
entspricht der Anlage 1 der im April 1989 in Kraft
getretenen Konvention. Er wird den Studenten zu
Beginn des Studienjahres bekannt gegeben. Im
September wird ein detaillierter Studienplan für das
neue Studienjahr erstellt, den die Studenten zusammen
mit einer Darstellung der Vorlesungsinhalte erhalten.
•
3. Organisation et coordination des cours
Le programme de l’enseignement est conforme à
celui qui figure dans l’annexe 1 de la Convention
signée en avril 1989. Ce programme, qui est
régulièrement réactualisé, sera communiqué aux
étudiants en début d’études. En septembre un
emploi du temps détaillé sera établi pour l’année
universitaire à venir. L’ESBS mettra à la
disposition des étudiants un document contenant
cet emploi du temps et le descriptif de chaque
cours.
•
Straβburg
Vorlesungen, Übungen und Praktika werden vom
Lehrkörper der ESBS, von Professoren der Universität
von Wissenschaftlern, und von externen Rednern
erteilt.
•
-
•
-
-
•
inklusive
-
inklusive
-
inklusive
-
inklusive
•
Freiburg
2.
Semester :
die
Vorlesungsreihe
in
Pflanzenphysiologie wird ab April in Straßburg
abgehalten (8 x 3 Stunden pro Woche),
3.
Semester :
die
Vorlesungsreihe
in
Molekularbiologie der Pflanzen wird ab Mitte
Oktober in Strassburg abgehalten (8 x 3 Stunden
pro Woche),
4. Semester : 6 Wochen Blockkurs inklusive
Praktikum in Freiburg von Mitte Februar bis ende
März.
ESBS, Sept. 2014
Strasbourg
Les enseignements seront dispensés par les
enseignants de l’Ecole, des enseignants de
l’université, des chercheurs et des intervenants
extérieurs.
Basel
1. Semester : 3 Wochen Blockkurs
Praktikum im Januar in Basel,
3. Semester : 2 Wochen Blockkurs
Praktikum im September in Basel,
4. Semester : 3 Wochen Projekt Arbeit
Unterricht,
5. Semester: 5 Wochen Projekt Arbeit
Unterricht.
•
-
-
-
•
Bâle
1er semestre : en janvier, 3 semaines de cours
et de travaux pratiques à Bâle,
3ème semestre : en septembre, 2 semaines de
cours et de travaux pratiques à Bâle,
4ème semestre : 3 semaines d'enseignement
sur projet,
5ème semestre : 5 semaines d'enseignement
sur projet.
•
Fribourg
2ème semestre : cours de physiologie végétale
à Strasbourg (8 x 3 heures consécutives par
semaine)
3ème semestre : cours de biologie moléculaire
des plantes à Strasbourg (8 x 3 heures
consécutives par semaine) à partir de la mioctobre,
4ème semestre : 6 semaines de cours et de
travaux pratiques à Fribourg de la mi février
à la fin du mois de mars et 3 semaines
d'enseignement sur projet au cours du mois
de juin.
9
4. Die Prüfungen
Die Prüfungen finden im Allgemeinen in Straßburg
statt. Die Prüfungsfragen werden in mindestens
zwei der drei an der ESBS verwendeten Sprachen
gestellt (Deutsch, Englisch oder Französisch) und
sind in einer der beiden verwendeten Sprachen zu
beantworten.
Die
Prüfungsdauer
wird,
im
Einverständnis mit dem gesamten Lehrkörper, von
jedem Dozenten festgelegt. Die Tatsache, dass manche
Studenten nicht in ihrer Muttersprache schreiben,
sollte bei der Prüfungsdauer berücksichtigt werden. In
diesem Falle wird dem Kandidaten eine zusätzliche
Frist von 15 Minuten pro Stunde eingeräumt
(höchstens 30 Minuten für die gesamte Prüfung).
Nur im Ausnahmefall und mit Einverständnis der
Aufsicht dürfen die Kandidaten den Prüfungsraum
verlassen.
Die Prüfungstermine und Modalitäten sind in der
Studien- und Prüfungsordnung festgelegt und werden
jährlich vom Rat der ESBS bewilligt und zur
Stellungnahme dem Rat der Ausbildung und des
Hochschullebens der Universität von Straßburg
vorgelegt.
4. Les examens
Les examens se dérouleront généralement à
Strasbourg. Les questions d’examen seront
posées au moins dans deux des trois langues
utilisées à l’Ecole (allemand, anglais ou
français), et les étudiants devront rédiger dans
une des langues utilisées pour ces questions.
Chaque examinateur fixera la durée des épreuves
en accord avec l’assemblée des enseignants et
devra tenir compte du cas ou aucune des langues
utilisées pour les questions d'examen ne
correspond à la langue maternelle de l'étudiant.
Dans ce cas, il sera accordé aux étudiants 15
minutes supplémentaires pour la première
heure et un maximum de 30 minutes pour la
durée totale de l’examen.
Pendant l’examen aucun candidat n’est autorisé à
quitter la salle, sauf en cas de force majeure et
après autorisation du surveillant.
Les périodes d’examen et leur modalités doivent
figurer dans les MECC (modalités d'évaluation et
de contrôle des connaissances) et approuvées
annuellement par le conseil de l'ESBS et soumis
pour avis au Conseil de Formation et de la Vie
Universitaire (CFVU) de l'Université de
Strasbourg.
5. Das Diplom
Den Absolventen der ESBS werden zwei Diplomen
erteilt :
- Das französische Diplom dass den Titel (Master’s
Degree) eines Ingenieurs diplomiert an der Universität
Strassburg erteilt.
- Das französische Diplom dass den Titel (Master’s
Degree) eines Ingenieurs diplomiert an der ESBS
erteilt und dass die Unterschriften des Rektors der
Straßburger Akademie, des Präsidenten der
Universität von Straßburg, und des Direktors der
ESBS trägt.
Das Diplom Ingenieur für Biotechnologie wird am
Ende des Studiums zweisprachig in Französisch und
Deutsch ausgestellt. Das Abschlussdiplom wird von
den beteiligten Universitäten gemeinsam verliehen und
von den Rektoren und Präsidenten dieser Universitäten
sowie von dem EUCOR-Präsidenten unterzeichnet.
Es trägt das Emblem von EUCOR.
Eine Anlage zu diesem Diplom enthält die Auflistung
aller Vorlesungsreihen/Modulen mit Einzelnoten, die
Bewertung der Diplomarbeit einschließlich mündlicher
Prüfung, die Diplom-Gesamtnote und einen
vergleichenden Notenschlüssel als Richtschnur für die
Bewertung des Diploms außerhalb Frankreichs. Diese
Anlage wird vom Direktor der ESBS unterschrieben.
5. Le diplôme
Deux diplômes sont décernés aux élèves de
l'ESBS :
- Le diplôme français attribuant le titre
d'ingénieur (master's degree) diplômé de
l'université de Strasbourg et de l'école de
biotechnologie de Strasbourg portant la signature
du Recteur de l'académie de Strasbourg, du
président de l'université de Strasbourg et du
directeur de l'ESBS.
Diplom-Gesamtnote
Moyenne générale
Die Diplom-Gesamtnote wird wie folgt festgesetzt :
- 25% der Gesamtnote des 1. Studienjahres
- 25% der Gesamtnote des 2.Studienjahres
- 25% der Gesamtnote des 3.Studienjahres
- 25% der Note der Diplomprüfung.
ESBS, Sept. 2014
- Le diplôme d'ingénieur en biotechnologie en
français et en allemand. Il est délivré au nom des
universités participantes et porte les signature des
recteurs et des présidents desdites universités,
ainsi que celle du Président d’EUCOR. Un relevé
de notes obtenues par l’étudiant avec la liste des
enseignements dispensés à l’ESBS est joint au
diplôme, qui porte l’emblème d’EUCOR. Sur ce
relevé figure également la note du rapport de fin
d’études, de l’examen oral, et la moyenne
générale. Une échelle comparative des notes
permettra l’évaluation du diplôme en dehors de la
France.
Ce relevé est signé par le directeur de l’ESBS.
-
-
25% de la note de semestre 1 et 2 (1ère année)
25% de la note de semestre 2 et 4 (2ème année)
25% de la note de semestre 5 (3ème année)
25% de la note d’examen de diplôme.
10
Bewertung der Diplomprüfung
Die Note für die Diplomprüfung errechnet sich wie
folgt :
- Benotung der Diplomarbeit durch den direkten
Betreuer anhand eines spezifischen Fragebogens :
20 %
- Benotung durch den internen Betreuer der ESBS
(Erstgutachter) : 10 %
- Benotung durch einen weiteren Dozenten
(Zweitgutachter) : 10 %
- Mündlicher Vortrag über die Diplomarbeit : 30 %
- Beantwortung von Fragen zur Diplomarbeit : 15%
- Beantwortung von Fragen zu Studieninhalten aus
den letzten 5 Semestern : 15 %
Die drei ersten Benotungen für jede Diplomarbeit
können aus verschiedenen Ländern erfolgen und
richten
sich
nach
dem
allgemeinen
Bewertungsschlüssel :
Evaluation de l’examen de diplôme
La note de l’examen de diplôme est calculée à
partir des composantes suivantes :
- note donnée par le maître de stage au rapport
final à l’aide d’un questionnaire spécifique :
20 %
- note donnée par le rapporteur interne de
l’ESBS (premier expert) : 10 %
- note
donnée
par
un
enseignant
supplémentaire (deuxième expert) : 10 %
- présentation orale du rapport de fin d’études :
30 %
- réponses aux questions portant sur ce
rapport : 15 %
- réponses à des questions concernant le
contenu des études des 5 derniers semestres :
15 %
Les trois premières notes, qui peuvent provenir
de pays différents, seront établies d’après
l’échelle générale suivante :
A = excellent (ausgezichnet)
B = very good (sehr gut)
C = good (gut)
D = satisfactory (befriedigend)
E = passed (genügend)
F = failed (mangelhaft)
Zwischennoten (z.B. B-C) sind zulässig. Für
Umrechnungen gilt die Tabelle am Ende dieses
Abschnitts. Die Noten, die die Erst- und
Zweitgutachter vergeben, werden in einem kurzen
Gutachten begründet, das dem Vorsitzenden der
Prüfungsgruppen vor Beginn des mündlichen Teils der
Diplomprüfung übergeben wird. Die letzten drei
Benotungen erfolgen nach dem französischen
Notensystem.
A = excellent (excellent)
B = very good (très bien)
C = good (bien)
D = satisfactory (assez bien)
E = passed (passable)
F = failed (insatisfaisant)
Des notes intermédiaires (par ex. B-C) sont
possibles. Pour la conversion des notes se référer
à l’échelle comparative à la fin du paragraphe.
Les notes du premier et du second expert seront
justifiées par un bref rapport. Ce rapport sera
remis au président du groupe d’examen avant la
partie orale de l’examen de diplôme. Les trois
dernières notes seront données d’après le système
numérique français.
Zusammensetzung der Prüfungsausschüsse
Jeder Prüfungsausschuss besteht aus einem
Vorsitzenden und mindestens drei weiteren
Mitgliedern. Jedes Partnerland muss durch einen
Prüfer vertreten sein. Der direkte Betreuer der
Diplomarbeit kann bei der Diplomprüfung anwesend
sein.
Composition des jurys d’examen
Chaque jury est composé d’un président de jury
et d’au moins trois membres. Chaque pays
partenaire doit être représenté par un
examinateur. Le maître de stage peut être présent.
Dauer und Protokollierung der Diplomprüfung
Durée et rédaction du procès verbal de l’examen
de diplôme
L’examen de diplôme dure 35 minutes et se
divise en trois parties :
- présentation orale du rapport de stage : 15
minutes
- questions concernant le rapport : 10 minutes
- questions sur le contenu des études des 5
semestres précédents : 10 minutes
Die Gesamtdauer der Diplomprüfung beträgt 35
Minuten. Sie besteht aus drei Teilen :
- mündlicher Vortrag über die Diplomarbeit : 15
Minuten
- Fragen zur Diplomarbeit : 10 Minuten
- Fragen zu Studieninhalten der vorhergehenden 5
Semester : 10 Minuten
Entscheidungen der Jury
Die Vorsitzenden der Prüfungsausschüsse (oder ihre
Vertreter) treffen zusammen um die Diplome
Ingenieur für Biotechnologie zu verleihen. Sollte die
Diplomprüfung mit einer Note unter 10 bewertet
werden, so wird das Diplom dem Prüfling nicht
verliehen.
Die Jury folgt beim weiteren Vorgehen den unter
Artikeln 13, 14 der Prüfungsordnung gesetzten Regeln.
ESBS, Sept. 2014
Délibération finale
Les présidents des jurys d’examen (ou leurs
représentants) se réunissent pour l’attribution du
diplôme d’Ingénieur en Biotechnologie. Celui-ci
ne sera pas attribué si la note de l’examen de
diplôme est inférieure à 10 sur 20.
Le jury suivra les modalités énoncées dans les
articles 13 et 14 du Règlement Pédagogique.
11
Vergleichender Notenschlüssel
Für Notengebung und –umrechnung gilt folgender
Schlüssel als Richtschnur :
Echelle comparative des notes
La notation et la conversion des notes se feront
selon l’échelle comparative suivante :
Allgemeine
Bewertung
Bewertung in
Strasburg
Bewertung in
Basel
Bewertung in
Freiburg
Notation
générale
18
6.0
1+
A** =
excellent
excellent
18
6.0
B = very good
sehr gut
16
5.5
1.0
B = very
good
très bien
16
5.5
C = good
gut
14
5.0
2.0
C = good
bien
14
5.0
12
4.5
A* =
excellent
ausgezeichnet
Notation à
Strasbourg
Notation à
Bâle
D=
satisfactory
befriedigend
12
4.5
3.0
D=
satisfactory
assez bien
E = passed
genügend
10
4.0
4.0
E = passed
passable
10
4.0
F = failed
mangelhaft
<10
<4.0
>4.0
F = failed
insatisfait
<10
<4.0
*Für die Notengebung und –umrechnung zwischen
dem französischem und deutschem System wird die
im „Bulletin officiel“ (BO) Nr. 24 des 16. Juni 2011
veröffentlichte und im BO Nr. 19 des 9. Mai 2013
modifizierte Tabelle zum Umrechnen der Noten
verwendet.
*Die Note A (mit Auszeichnung) sollte nur für ganz
Notation à
Fribourg*
*La notation et la conversion des notes entre le
système français et le système allemand se feront selon
la grille de conversion des notes publiée au bulletin
officiel (BO) no 24 du 16 juin 2011 et modifié au BO
no 19 du 9 mai 2013.
*La note A (excellent) ne sera attribuée que pour des
présentations exceptionnelles
hervorragende Leistungen vergeben werden.
6. Einschreibung der Studenten
6. Inscriptions des étudiants
Alle Studenten der ESBS müssen Studiengebühren
entrichten (gegenwärtig ca. 822 €) mit Ausnahme
derer, die beim Eintritt in die ESBS ein ERASMUS
Stipendium (oder rein äquivalentes Stipendium)
erhalten.
Tous les étudiants devront s’acquitter des droits
de scolarité (environ 822 € actuellement) à
l’exception des étudiants qui entrent à l’Ecole
avec une bourse ERASMUS (ou avec une bourse
équivalente).
7. Sonderregelungen
7. Dispositions diverses
Die Sozialabgaben werden im Herkunftsland des
Studenten entrichtet.
Kopiergebühren können von den Studenten verlangt
werden. Falls möglich wird zu Jahresbeginn das
Curriculum mit der Studienordnung und die
Modulbeschreibungen
verteilt
oder
auf
der
Internetseite der ESBS gestellt.
Die Unterkunftskosten in Straßburg gehen zu Lasten
der Studenten. Die Fahrkosten für Praktika an den
beteiligten Universitäten gehen zu Lasten der
Universität von Straßburg - ESBS. Die Universitäten
Basel und Freiburg werden sich bemühen, den
Studenten bei der Unterkunftsbeschaffung behilflich
zu sein und ihnen den Zutritt zu der Mensa zu
verschaffen.
Les assurances sociales seront contractées dans
les pays d’origine des étudiants.
Des frais de polycopies pourront être demandés
aux étudiants. Dans la mesure du possible, un
livret "d'étudiant" comportant entre autre un
descriptif complet des cours, sera distribué ou
mis sur le site web, en début d'année.
Les
frais
d’hébergement
à
Strasbourg
incomberont aux étudiants.
Les frais de déplacement à Bâle et Fribourg
seront pris en charge par l’Université de
Strasbourg-ESBS. Les universités de Bâle et
Fribourg assureront l’hébergement des étudiants
et leur faciliteront l’accès aux restaurants
universitaires.
Avril 2014
ESBS, Sept. 2014
12
Studien- und Prüfungsordnung
Règlement pédagogique
für den trinationalen Studiengang Biotechnologie
der Europäischen Konföderation der
Oberrheinischen Universitäten
(EUCOR)
pour le cursus d'étude trinational en Biotechnologie
de la Confédération Européenne des Universités du
Rhin Supérieur
(EUCOR)
Artikel 1
Die Ecole Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg
(ESBS) rekrutiert ihre Studierenden unter den sich um
Aufnahme
Bewerbenden
auf
Grund
der
Bewerbungsunterlagen und eines Gesprächs mit der
Aufnahmejury
der
ESBS
und
mittels
der
Aufnahmeprüfung Polytech.
Article 1
L'Ecole Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg
recrute ses élèves-ingénieurs sur concours après
examen de leur dossier et un entretien avec un jury
d'admission de l'Ecole et par le concours Polytech.
Artikel 2
Ins erste Studienjahr können Bewerber aufgenommen
werden, die eines der folgenden mit Prüfung
bestandenen Grundstudien vorweisen :
- L2 oder L3 (2. Oder 3. Jahr Bachelor).
in Frankreich:
- BTS (Brevet de Technicien Supérieur).
- DUT (Diplôme Universitaire Technologique).
- Aufnahmeprüfung Polytech für Lehrlinge der
« classes préparatoires aux grandes écoles (CPGE) »
Äquivalente, nach mindestens 4 Studiensemestern
erhaltene Diplomausweise, z.B. Vordiplom in
Deutschland bzw. der Schweiz.
Article 2
Peuvent être admis en première année les titulaires des
diplômes suivants :
- L2 ou L3 (2ème ou 3ème année de licence).
En France :
- BTS (Brevet de Technicien Supérieur).
- DUT (Diplôme Universitaire Technologique).
- Par la voie du concours Polytech pour les candidats
issus de classe préparatoires aux grandes écoles
(CPGE) voies BCPST et PC.
Diplômes équivalents, par exemple le Vordiplom en
Allemagne ou en Suisse, ou toute formation comportant
4 semestres d'enseignement validés.
Artikel 3
Ins 2. Studienjahr können Studenten aufgenommen
werden, die einen Master 1., eine Maîtrise des Sciences
et Techniques oder ein äquivalentes Diplom besitzen.
Article 3
Peuvent être admis en deuxième année les étudiants
ayant validé l’année de Master 1 ou tout niveau
équivalent.
Artikel 4
Die Studiendauer an der ESBS in Straßburg beträgt drei
Jahre (6 Semester) für Studenten, die ins 1. Jahr
aufgenommen werden und zwei Jahre (4 Semester) für
Studenten, die ins 2. Jahr eintreten.
Article 4
La durée des études à l'Ecole Supérieure de
Biotechnologie de Strasbourg est de trois ans (six
semestres) pour les élèves admis en première année et
de deux ans (quatre semestres) pour les élèves admis en
deuxième année.
Artikel 5
Im letzten (6.) Semester wird eine Abschlussarbeit
erstellt. Diese wird in der Regel in einem universitären
oder industriellen Forschungslaboratorium, oder in
einem Unternehmen durchgeführt.
Article 5
Un mémoire de diplôme est rédigé au dernier (6ème)
semestre. Il est préparé en règle générale dans un
laboratoire de recherche universitaire ou industriel, ou
dans une entreprise.
Artikel 6
Der Unterricht erfolgt in Form von Vorlesungen,
Tutorien, Laborkurse, Projekten und obligatorischen
Berufspraktika (darunter ein wenigstens von 14
Wochen in der Industrie). Jeder Unterrichtende
bestimmt die Sprache (deutsch, englisch, französisch),
in welcher sein Unterricht erteilt wird.
Article 6
Les enseignements s'effectuent sous la forme de cours,
travaux dirigés, travaux pratiques, projets et stages
obligatoires (dont un au moins —minimum 14
semaines— en milieu industriel). La langue utilisée
pour dispenser les enseignements est laissée au choix de
chaque enseignant entre l'allemand, l'anglais ou le
français.
Artikel 7
Nach jedem Berufspraktikum muss ein schriftlicher
oder/und mündlicher Bericht erstattet werden. Die
geleistete Arbeit und die mündlichen und schriftlichen
Article 7
Chaque stage fait l'objet d'un rapport écrit et/ou oral. Le
travail effectué et les présentations orales et écrites sont
jugés par au moins un rapporteur et/ou un jury composé
ESBS, Sept. 2014
13
Präsentationen werden von mindestens ein Gutachter
und/oder einer Jury beurteilt, die sich zusammensetzt
aus den Tutoren des Praktikums, Lehrenden und
Experten aus dem betreffenden Spezialgebiet.
des maîtres de stages, d'enseignants et d'experts dans le
domaine étudié.
Artikel 8
Während des Studiums kann nur einmal ein Studienjahr
wiederholt werden, außer im Fälle höherer Gewalt. Die
Entscheidung fällt der Direktor der ESBS nach
Konsultation der Jury.
Article 8
Le redoublement n'est autorisé qu'une seule fois dans le
cycle d'études, sauf en cas de force majeure. La
décision est prise par le Directeur de l'ESBS après
consultation du jury.
Artikel 9
Die Prüfungsleistungen werden in Lehrveranstaltungen
der Partneruniversitäten studienbegleitend oder unter
Form einer Endklausur erbracht. Jede Lehrveranstaltung
wird mit einem Examen abgeschlossen, welches
mündlich, schriftlich, mit oder ohne Unterlagen sein
kann. Die Form bestimmt der Verantwortliche des
betreffenden Kurses zusammen mit dem Lehrkörper. Die
Prüfungsmodalitäten sind in der Studien- und
Prüfungsordnung festgelegt und werden jährlich vom Rat
der ESBS bewilligt und zur Stellungnahme dem Rat der
Ausbildung und des Hochschullebens der Universität von
Straßburg vorgelegt (wie in den internen Vereinbarungen
beschrieben).
Die Prüfungsfragen werden in mindestens zwei der drei
an der ESBS verwendeten Sprachen gestellt (deutsch,
englisch und französisch), und die Antworten sollen in
einer der Sprachen erfolgen, in denen die Examensfragen
abgefasst sind.
Article 9
Les cours sont validés sous forme de contrôle continu ou
d'examen terminal par l'université partenaire concernée.
Chaque cours est sanctionné par un examen dont la forme
(oral, écrit, avec ou sans document...) est décidée par
l'enseignant responsable du cours, en accord avec la
commission pédagogique. La forme de l'épreuve figure
dans les modalités d'évaluation et de contrôle des
connaissances (MECC) validées annuellement par le
conseil de l'ESBS et soumises au Conseil de Formation et
de la Vie Universitaire (CFVU) pour avis (voir en annexe
dans REC). Les questions d'examens seront posées au
moins en deux des trois langues utilisées à l'Ecole
(allemand, anglais et français), et les réponses seront
faites dans l'une des langues utilisées pour ces questions.
Definitionen: Die Unterrichtseinheit (UE) beinhaltet eine
Sammlung kohärenten pädagogischen Elementen (EP);
jedes EP kann aus einem oder mehreren Vorlesungsreihen
zusammengesetzt sein (Vorlesungen mit begleitenden
Übungen, Laborkurse, Projekte mit Tutoren, externe
Praktika).
Alle Lehrveranstaltungen einer Disziplin oder einer
Thematik werden in ein Modul (Unités d’Einseignement
(UE)) zusammengefasst. Die Prüfungsnoten werden für
jedes Modul als das gewichtete Mittel der Noten der
Einzelprüfungen des Moduls errechnet.
Der Direktor (Prüfungsvorsitzende) entscheidet über die
Art und Weise der Kontrolle der Kenntnisse in Absprache
mit dem Lehrkörper (Prüfungsausschuss). Diese
Modalitäten müssen vom Rat der ESBS bewilligt werden
und zur Stellungnahme dem Rat der Ausbildung und des
Hochschullebens der Universität von Straßburg vorgelegt
werden. Sie werden den Studierenden zu Beginn des
Schuljahres erläutert.
Définitions : Les unités d'enseignement (UE) sont des
ensembles cohérents d'éléments pédagogiques (EP) ;
chaque EP peut lui-même être composé d'un ou plusieurs
enseignements (cours magistral associé à des TD, travaux
pratiques, projets sous tutorat, stages).
Les enseignements se rapportant à une discipline ou une
thématique sont regroupés en Unités d'Enseignement
(UE). Les notes d'examens sont calculées par UE, en
faisant la moyenne pondérée des notes obtenues aux
différentes épreuves se rapportant à une UE.
Le Directeur (président du jury) décide des modalités
exactes d'organisation du contrôle des connaissances sur
proposition de l'Assemblée des enseignants (jury). Les
MECC du diplôme d'ingénieur de l'ESBS sont soumises à
l'approbation du Conseil de l'ESBS et au CFVU de
l'Université de Strasbourg pour avis.
Ces modalités seront précisées aux élèves en début
d'année.
Artikel 10
Ein Semester wird als bestanden erklärt, wenn sowohl für
die Gesamtheit der theoretischen UE wie auch für die
Gesamtheit der praktischen UE mindestens die Note
10/20 erreicht wird, mit Vorbehalten das keine für eine
UE erhaltene Note darf schlechter als 7/20 ist.
Article 10
Un semestre est validé si une moyenne générale
supérieure ou égale à 10/20 est obtenue à la fois à
l'ensemble des UE théoriques et à l'ensemble des UE
pratiques, sous la réserve qu’aucune note obtenue à une
UE ne soit inférieure à 7/20.
Wenn der Gesamtdurchschnitt eines Semesters unter
Même si la moyenne générale d’un semestre est inférieure
ESBS, Sept. 2014
14
10/20 ist, werden die UE angerechnet, für die eine Note
größer oder gleich 12/20 erreicht wurde.
à 10/20, les UE validées (pour lesquelles une note
supérieure ou égale à 12/20 a été obtenue) sont
capitalisables.
Zusammen mit den Prüfungsnoten werde folgende
Prädikate vergeben:
Note
unter 10 Punkten
10-12 Punkte
12-14 Punkte
14-16 Punkte
über 16 Punkten
Prädikat
ungenügend
genügend
befriedigend
gut
sehr gut
Studierende, die ein Semester am Ende der zweiten
Prüfungssession nicht bestanden haben (bei einem
Semesterdurchschnitt schlechter als 10/20 für die
gesamten theoretischen UE dieses Semesters) :
a) müssen das Semester wiederholen, wenn sie in mehr
als einer UE eine schlechtere Durchschnittsnote als
10/20 erhalten haben;
b) können zwischen zwei Alternativen wählen, wenn sie
nur in einer UE einen schlechteren Durchschnitt als
10/20 erhalten haben:
- Sie können von einem „Joker“ für die Zulassung ins
nächst höhere Semester profitieren. Sie müssen dann
im Laufe des Jahres nach der Zuteilung des „Jokers“
die zuvor nicht bestandene UE und zusätzlich jene
UEs mit einer Durchschnittsnote zwischen 10/20
und 12/20 wiederholen (sie bewahren jedoch die UE
deren Noten gleich oder größer als 12/20 sind). Der
„Joker“ darf nur einmal im Laufe des Studiums
benutzt werden.
- Sie können das betroffene Semester wiederholen und
dabei nur die zuvor nicht bestandene UE belegen.
Das erlaubt es Ihnen in der verfügbaren Zeit ihre
Kenntnisse zu vertiefen und/oder, wenn sie es
wünschen, ein Praktikum an einer Hochschule oder
in einem Industrieunternehmen durchzuführen.
Bemerkungen:
- Es ist nicht möglich eine EP Prüfung zu wiederholen,
wenn das betroffene EP zu einer bereits bestandenen
UE gehört.
- Prüfungen können nur einmal wiederholt werden.
- Die Semesterwiederholung ist nur einmal erlaubt,
außer in Fälle höherer Gewalt (Artikel 8)
- Die Prüfungsarbeiten sind dem Studierenden erst
nach einer Bestätigung der Noten durch die
Prüfungsjury zugänglich.
- Entscheidungen in Einzelfällen werden souverän von
der pädagogischen Kommission getroffen.
Artikel 11
Bei nicht begründeter Abwesenheit oder bei Betrug wird
die Note 0 erteilt (welche automatisch ein Nichtbestehen
der Prüfung zur Folge hat).
Im Falle einer durch ärztliches Zeugnis bestätigten
Krankheit wird keine Note erteilt und die Prüfung kann in
der nächsten Prüfungsperiode absolviert werden, wobei
ESBS, Sept. 2014
La note d'examen est assortie d'une mention s'établissant
comme suit :
Note
en-dessous de 10 points
10-12 points
12-14 points
14-16 points
au-delà de 16 points
Mention
insuffisant
passable
assez bien
bien
très bien
Les élèves n’ayant pas validé un semestre à l'issue de la
deuxième session d’examen (en raison d’une moyenne
générale inférieure à 10/20 à l’ensemble des UE
théoriques du semestre) :
a) devront redoubler le semestre, s'ils ont obtenu une
moyenne inférieure à 10/20 à plus d'une UE ;
b) ont le choix entre deux alternatives, s'ils ont obtenu
une moyenne inférieure à 10/20 à une seule UE :
- ils peuvent bénéficier d'un « joker » pour le passage
soit en 2ème, soit en 3ème année. Il leur appartiendra,
au cours de l’année suivant l’attribution du « joker »,
de repasser l'UE non validée, ainsi que les UE pour
lesquelles des notes inférieures à 12/20 ont été
obtenues (ils conservent cependant le bénéfice des
UE dont les notes sont égales ou supérieures à
12/20). Ce « joker » ne peut être utilisé qu’une seule
fois au cours du cursus.
- ils peuvent décider de redoubler le semestre pour
valider les UE pour lesquelles les moyennes sont
inférieures à 12/20, tout en profitant du temps
disponible pour renforcer leurs acquis et/ou, s'ils le
souhaitent, effectuer des stages en laboratoire ou en
entreprise.
Remarques :
- Il n’est pas possible de repasser l’examen portant sur
un EP s’il fait partie d’une UE déjà validée.
- Les examens ne peuvent être répétés qu'une fois.
- Le redoublement n’est autorisé qu’une fois sauf en
cas de force majeure (référence article 8).
- Les copies ne sont accessibles aux élèves qu'après
validation des notes par le jury d’examen.
- La commission pédagogique reste souveraine pour
apprécier toute situation particulière.
Article 11
En cas d'absence injustifiée, ou de fraude caractérisée, la
note attribuée est un zéro (qui entraîne automatiquement
l'ajournement).
En cas d'absence pour cause de maladie, justifiée par un
certificat médical, aucune note n'est attribuée pour
15
die anderen Noten beibehalten werden.
Artikel 12
Für die englische Sprache muss ein Stand von 750
Punkten im TOEIC erreicht werden; für die deutsche und
französische Sprache ist das Niveau B2 erforderlich. Das
Abschlussdiplom wird nur den Studierenden ausgestellt,
die diese Niveaus erreicht haben und ein minimal 14
Wochen langes Praktikum in ein Unternehmen absolviert
hat.
Artikel 13
Der Prüfungsausschuss, dem der Direktor (Prüfungsvorsitzende) und alle Lehrenden (Prüfungsausschuss) der
betroffenen Fächer angehören, entscheidet über die
Examensresultate.
Diese Jury ist alleinzuständig für :
- das Festlegen der Gesamtdurchschnittsnote (für den
Übertritt ins nächste Studienjahr oder für die Ausstellung
des Diploms).
- die Bekanntgabe des Prüfungserfolges und des erzielten
Prädikates.
- Entscheidungen betreffend Examensresultate, vor allem
für die in Artikeln 10 und 11 beschriebenen Fälle und für
Fälle, welche in dieser Studienordnung nicht speziell
erwähnt sind.
Artikel 14
Der Titel "ingénieur diplômé en Biotechnologie/DiplomBiotechnologe (Dipl.-Biotech.)" wird am Ende der
Studienzeit,
nach
erfolgreichem
Bestehen
der
Schlussexamen des 3. Studienjahres, erteilt. Die
Abschlussprüfungen betreffen den im 3. Jahr erteilten
theoretischen und praktischen Unterricht und die
Diplomarbeit (letztes Semester), sowie ein mündliches
Examen über den Unterrichtsstoff der letzten vier
Semester unter Beteiligung von mindestens einem
Lehrenden jeder Partneruniversität.
April 2014
l'épreuve qui sera repassée à la session suivante, les autres
notes étant conservées.
Article 12
Les élèves sont tenus d'obtenir un niveau déterminé en
langue vivante étrangère: pour l'anglais, il s'agit
d'atteindre un score de 785 points (TOEIC) ; pour
l'allemand et le français, le niveau B2 est requis. Le
diplôme d'ingénieur ne pourra être délivré qu'aux élèves
ayant atteint ces niveaux et avoir réalisé un minimum de
14 semaines de stage en entreprise.
Article 13
Les décisions concernant les résultats d'un examen sont
prises par la commission pédagogique de l'ESBS
réunissant les enseignants responsables d'une épreuve
dans cet examen et présidé par le Directeur.
Ce jury est souverain pour :
- définir la note globale d'examen (pour le passage d'une
année à l'autre ou pour l'obtention du diplôme),
- déclarer le succès et l'obtention d'une mention à
l'examen,
- prendre toutes décisions concernant les résultats de
l'examen, notamment dans les cas décrits aux articles 10
et 11 et dans les cas particuliers qui n'entreraient pas dans
les dispositions générales décrites par le présent
règlement.
Article 14
Le titre d'ingénieur diplômé de l'Ecole Supérieure de
Biotechnologie de Strasbourg cursus commun des
Universités du Rhin Supérieur est délivré à l'issue de la
scolarité sous réserve que l'élève ait satisfait aux épreuves
finales de la troisième année. Ces épreuves sont
constituées par les examens portant sur les enseignements
théoriques et pratiques suivis pendant la dernière année et
par le mémoire de diplôme (dernier semestre) ainsi que
par un examen oral portant sur les enseignements des
quatre derniers semestres avec la participation d'au moins
un enseignant de chaque université partenaire.
Avril 2014
ESBS, Sept. 2014
16
Rules for the use of computing resource rooms at the ESBS
The use of computers is assigned to the sign of an agreement form “Charte des bons
usages des moyens numériques de l’Université de Strasbourg”.
It is prohibited to eat, drink or smoke in the rooms
The access to the room E222 is not allowed outside the courses that are taught, except with an
agreement with the responsible teacher.
The access to the room D113 is free during the opening hours of the school, as the room is not used
for teaching.
It is prohibited to modify the software configuration on the computers.
Any software or supplement utility’s installation should require a motivated request by Email at
sivesbs@esbs. The authorisation will be accorded by the same way.
The ESBS’ staff will not fix any computer out of order when the configuration has been changed.
It is prohibited to unplugg a computer of the room in order to plugg yours.
This applies for network cables as well as for the sector alimentation cables.
Be careful not to tear off cables or wall outlets.
To plug your individual computers on the network, you must use the room D212 at the 2nd floor.
This room should be maintained clean:
Any objects, paper, documents that lay around will be put in the dustbin.
The doors must imperatively be closed when the room is unoccupied.
The last person who leaves the room is responsible of the doors closure even during the day.
When I leave the room, I log off and switch off the computer at the end of the day.
These rules of good behave are the conditions so that this room to be an efficient tool and pleasant for
your formation. This is YOUR room take care of it!
The direction
ESBS, Sept. 2014
17
ESBS Administration and teachers 2014 – 2015 ESBS, Sept. 2014
18
ESBS, Sept. 2014
19
Responsables
pédagogiques
Master
Diplôme d'ingénieur
Biotechnologie HD
1ère année : Y. Nominé
B. Kieffer
2ème année : B. Chatton
ème
3 année : A. P. Sibler
Biologie Synthétique
A. Dejaegere,
Bâle : A. Becskei
A. Mazé Freiburg : T. Laux
Directrice Adjointe
Annick Dejaegere
Enseignement
Relations entreprises
E. Weiss
Relations
Internationales
J. De Mey
A. Stephan
Qualité
D. Dujardin
Directeur
Georges Orfanoudakis
Responsable
Administratif et financier
Marie-Renée Masson
Communication
Nathalie Sin
Scolarité
M. Funck/
I. Ghezal
Finances
Responsable : M-R Masson
Assistante
: S. Krieger
Services Techniques
J. Probst CNRS
T. Devillers
A. Sado
Administration Pr
Pr
Dr
Dr
Dr
Dr
Dr
Pr
Pr
Pr
Dr
Dr
Dr
Dr
Dr
Dr
Dr
Pr
STRASBOURG
BALE
Responsable Pédagogique
Georges ORFANOUDAKIS
Attila BECSKEI
Tél. : 00 (33) 3 90 25 47 65
Fax : 00 (33) 3 90 25 46 83
Tél. : 00 (41) 61 267 1480
Fax : 00 (41) 61 267 1481
Bruno
Jan
Annick
François
Mariel
Denis
Claire
Jacques
Jean-Marc
Bruno
Dominique
Odile
Yves
Georges
Vincent
Etienne
Annie-Paule
Aline
Etienne
ENSEIGNANTS ESBS
CHATTON
DE MEY
DEJAEGERE
DERYCKERE
DONZEAU
DUJARDIN
GAVERIAUX
HAIECH
JELTSCH
KIEFFER
KOBI
LECOMPTE
NOMINE
ORFANOUDAKIS
PHALIP
SCHEFFER
SIBLER
STEPHANN
WEISS
ENSEIGNANTS EXTERIEURS
Dr
Pr
Pr
Pr
Pr
Pr
Pr
Dr
Pr
Dr
Dr
Dr
Dr
Dr
Dr
Dr
Dr
Dr
David
David
Alain
Esther
Bertrand
Jean-Louis
Françoise
Marc
Stéphane
UDS
BOUSQUET
GILMER
GRIFFITHS
KELLENBERGER
LUDES
MANDEL
PONS
RUFF
VIVILLE
Philippe
Brigitte
Gilles
Claude
Dominique
Gaëtan
Nicodème
Arnaud
Renaud
CNRS-INSERM
KASTNER
KIEFFER
HANQUET
LING
MASSOTTE
MISLIN
PAUL
POTERSZMAN
WAGNER
INTERVENANTS EXTERIEURS (Industries)
A. BECK
Pierre Fabre St Julien
R. BELLIARD
LFB Paris
F. BESNARD
sanofi-Aventis Paris
M. BINTZ
RH Parc Expo-Strasbourg
D. BERTUCCI engineering Ingeflu Strasbourg
M. CARNIELLO Danone S.A
J.P CHANTREL CU Strasbourg
N. CLERY
Lilly-France
A. de CORAL
CORREA
Fermentas-Thermoscientific S.A
P.A DELSUC
NMR-tec Illkirch
D. LAURENT
GSK Belgique
J.L DIMARCQ SEMIA
ESBS, Sept. 2014
Pr
Pr
Dr
Attila
Martin
Till
BECSKEI
FUSSENEGER
VOSS
Adresse :
Biozentrum, Universität Basel
Abt. Mikrobiologie
Klingelbergstr. 70
CH-4056 BASEL
FRIBOURG
Thomas LAUX
Tél. : 00 (49) 761 203 2943
Fax : 00 (49) 761 203 2745
Pr
Dr
Pr
Dr
Pr
Pr
Pr
Pr
Eva
Edwin
Andreas
Thomas
Thomas
Gunther
Ralf
Wilfried
ENSEIGNANTS
DECKER
GROOT
HILLTBRUNNER
KRETSCH
LAUX
NEUHAUS
RESKI
WEBER
Correspondant : Pr Thomas LAUX
Adresse :
Albert-Ludwigs Universität
Institut für Biologie III
Schanzlestr. 1
D-79104 FREIBURG
F. DI SCALA Bio-Rad
M. FRAULI
Domain diagnostics Illkirch
G. GUÉRIN-PEYROU
PolyPlus Transfection Illkirch
P. HEIMENDINGER
Transgène Illkirch
H. HAEGEL
Transgène, Illkirch
S. JOURDAIN BioRad
P. LAVISSE
Affymetrics
D. LEHMANN Merck-Millipore Molsheim
C. MAILLHE
ex-Lilly Fegersheim
S. PLUCHON CRITT Colmar
C. RIBAULT
Merck-Millipore Molsheim
R. SALADIN
Phytodia, Illkirch
A. SCHLACHTER
Ipsen les Ulis
F. SÉBILLE
Alsace-Biovallay Illkirch
A. TRAUNECKER
Novartis Bâle
Y. BRELIVET
E. VOM BAUR Merck-serono Genève
20
ESBS Curriculum Biotechnologie 2014 – 2015 ESBS, Sept. 2014
21
1ère ANNÉE ; SEMESTRE 1
UE
Sciences Biologiques et Ingénierie
Coeff
ECTS
UE FB1 Biologie Fondamentale I
Biologie Cellulaire 16 CM
cb
1,5
(J. De Mey)
6 TD 4 TP
Transcription 16 CM ts
1,5
(B. Chatton, M. Donzeau)
6 TD 2 TP
Traduction 16 C M tl
1,5
(J. De Mey)
6 TD Microbiologie mb
18 CM
1,5
(A. Becksei -‐ Bâle)
9 ECTS
UE MB1 Méthodes Structurales, Analytiques et informatiques pour la Biologie I
Biologie Structurale 8 CM sb
1
(B. Kieffer, Y. Nominé)
8 TD Traitement de Données 6 C M dp
1,5
(B. Kieffer, Y. Nominé)
8 TD BioInformatique 12 CM bi
1,5
(O. Lecompte)
14 TD 6 ECTS
UE BB1 Biochimie et Mathématique pour bioingénieurs I
Pratiques et Environnement de l'Entreprise
Code HEURES
EDT
Chimie Générale 16 CM ch
1,5
(G. Hanquet, G. Mislin)
6 TD 2 TP
Enzymologie 8 C M ez
0,75
(V. Phalip)
4 TD 6 ECTS
Thermodynamique 8 C M
th
0,75
(A. Dejaegere)
4 TD Mathématiques pour bioingénieurs 10 C M
mi
1,5
(Y. Nominé)
10 TD 10 TP UE ES1 Formation Humaine, Sociale, Economique
Anglais en
60 TD
1
(Rama Piotto et al.)
Allemand/Français d/f
80 TD
1
(S. Marten, A. Hacker et al.)
Hygiène et Sécurité hs
6 TD
/
(Y. Nominé)
6 ECTS
Gestion de projet gp
12 CM
1
(Int. ext.)
Projet professionnel
pp
10 CM
/
(A. Dejaegere, Y. Nominé)
Communication 2 C
M 4 TD co
0,5
(Y. Nominé, J. de Mey)
(2 groupes)
UE PR1 TP Microbiologie mbP
70
Pratique I
(A. Becksei) Université de Bâle
ESBS, Sept. 2014
2
3 ECTS
22
1ère ANNÉE ; SEMESTRE 2
UE
Code HEURES
EDT
Coeff
ECTS
Biotechnologie moléculaire 20 CM bt
1,5
(E. Weiss)
6 TD 2 TP
UE FB2 Biologie fondamentale II Physiologie Végétale 20 CM pf
1,5
(coordonné par T. Laux, Fribourg)
6 TD 2 TP
6 ECTS
et Hydrodynamique 22 C M UE MB2 Spectroscopie sh
1,5
(B. Kieffer)
8 TD 2 TP
Méthodes structurales, analytiques et informa-‐
Electronique el
12 CM 0,5
tiques pour la biologie II
(C. Ling)
3 ECTS
Chimie Générale 12 CM ch
1
UE BB2 (G. Hanquet, G. Mislin)
8 TD 2 TP
Biochimie et Allostérie al
12 CM 0,5
mathématiques pour (V. Phalip)
ingénieurs II
Mathématiques pour bioingénieurs 12 C M mi
1,5
(Y. Nominé)
12 TD 4 TP 6 ECTS
Anglais en
18 TD
1
Allemand/ Français d/f
36 TD
1
UE ES2 (S. Marten, A. Hacker et al.)
Formation Humaine, Economie et milieu de l'entreprise Sociale, Economique
ec
12 TD
/
(interv. ext.) Certificat informatique et internet c2i
4 TD
C2I
(G. Toninato)
3 ECTS
TP Génie Génétique 70 TP geP
2
(A-‐P. Sibler)
(2 groupes)
TP Biochimie 35 T P byP
1
(2 groupes)
UE PR2 (M. Donzeau)
Pratique II
TP Enzymologie 35 T P ezP
1
(V. Phalip)
(2 groupes)
TP d'Instrumentation & Biophysique 3 C M ibP
1
(Y. Nominé, B. Kieffer, C. Ling et al.)
6 TD 35 TP UE IN1 Stage d'insertion professionnelle
Stage I
ESBS, Sept. 2014
(8 semaines minimum)
3
6 ECTS
6 ECTS
23
2ème ANNÉE ; SEMESTRE 3
UE
Code HEURES
EDT
Immunologie et Immunotechnologie it
30 CM
(E. Weiss, C. Gavériaux.)
Biologie Moléculaire des plantes (Coordonné par T. Laux, pm
24 CM
Université Fribourg)
UE BT1 Virologie Biotechnologie I
vi
22 CM
(D. Gilmer)
ECTS
1
1
1
12 ECTS
Microbiologie synthétique sm
15 CM
1
(A. Becksei)
Génie Génétique 26 C M ge
1,5
(B. Chatton)
14 TD Sciences Biologiques et Ingénierie
Statistiques et planification 18 CM expérimentale se/pe
10 TD
UE SE1 (N. Paul, Y. Nominé)
Sciences de Mathématiques pour Ingénieurs ma
10 CI l'ingénieur I
(Y. Nominé)
Méthodes Structurales pour la Biologie 14 C M sb
(A. Dejaegere)
16 TD Pratiques et Environnement de l'Entreprise
Coeff
1
0,5
6 ECTS
1
Anglais en
36 TD
1
Allemand/ Français d/f
36 TD
1
(S. Martens, A. Hacker et al.)
UE ES3 Finances d'entreprise 4 C M fc
0,5
Formation (N. Gartiser)
10 TD Humaine, Qualité Sociale, qu
12 CM
0,5
(J. Martin)
Economique
Lois du travail ll
13 CM
0,5
(S. Marbach)
Projet professionnel & C2i 4 C M pp
C2I
(G. Toninato)
2 TD 3 ECTS
TP Purification des protéines 6 CM ppP
(A. Stephan, G. Orfanoudakis et al.)
64 TP
UE PR3 TP Culture Cellulaire 8 CM ccP
Pratique III
(D. Dujardin, F. Deryckère)
62 TP
TP Microbiologie Synthétique smP
55 TP
(A. Becksei) Université de Bâle
9 ECTS
ESBS, Sept. 2014
2
2
2
24
UE
Code HEURES
EDT
Métabolisme et Biotechnologie 12 C
M mb
1
(G. Orfanoudakis)
12 TD Génie des procédés 12 C M pe
1
extérieurs)
12 TD UE BT2 (Intervenants Biotechnologie II
Neurobiologie : biotechnologie et santé neu
22 CM
1
(C. Gavériaux et al.)
Biologie cellulaire/microscopie cellulaire 14 C M cm
1
(D. Dujardin)
14 TD Transcriptome et Protéome 14 C M tp
UE OB (C. Gavériaux)
12 TD Biotechnologie Structure et analyse des génomes 18 C
M haut-‐debit
gs
(O. Lecompte)
10 TD Anglais en
18 TD
UE ES4 (Rama Piotto et al.)
Formation Allemand/ Français humaines, d/f
21 TD
(S. Martens, A. Hacker et al.)
Sociale, Bioéthique Economique
be
9 TD
(A. Dejaegere et al.)
Coeff
Projet pratique en Biologie Synthétique sbP
80 TP UE PR5 (W. Weber et al.) Projet Pratique de Bioproduction Pratique V bpP
80 TP (1 choix dans la (C. Mailhe)
liste)
Projet pratique Biologie in silico isP
80 TP (O. Lecompte, A. Dejaegere) UE PR4 pbP
Biologie moléculaire des plantes Pratique VI (E. Groot, T. Laux et al)
Freiburg
ESBS, Sept. 2014
140 TP
ECTS
6 ECTS
1
6 ECTS
1
1
1
3 ECTS
/
2
2
6 ECTS
2
2
9 ECTS
25
UE
UE BH Biotechnologie Santé
Code HEURES
EDT
Coeff
ECTS
Toxicologie to
18 CM
(F. Pons)
1
3 ECTS
Bioproduction bi
70 TP
(M. Donzeau)
2
Biotechnologie haut débit
C
M UE AB1 Traitement et flux de données 10 tfd
1
(B. Kieffer)
10 TD Biotechnologie avancée I Applications des approches haut débit 10 C
M ht
1
(choisir un bloc de (C. Gavériaux)
10 TD coefficient 6 dans la Biologie synthétique
liste) Introduction à la biologie des systèmes 10 C M is
1
(A. Dejaegere et intervenants extérieurs)
10 TD Progrès en biologie synthétique 10 C
M ps
1
(M. Madek et intervenants extérieurs)
10 TD Traitement et flux de données 10 C M tfd
(B. Kieffer)
10 TD Applications des approches haut débit 10 C M ht
(C. Gavériaux)
10 TD Génétique humaine gh
24 CM
(B. Chatton)
Imagerie macromoléculaire 20 C M im
UE AB2 (P. Schultz)
15 TD Biotechnologie Génomiue comparative et intégrative 16 C M gi
avancée II (O. Lecompte)
18 TD (2 choix dans la liste) Modèles animaux en génétique 18 C M mo
(C. Gavériaux)
8 TD Conception de médicaments 14 C M dd
(A. Dejaegere)
17 TD Microbiologie de l'environnement 10 C M me
(V. Phalip)
10 TD Introduction à la biologie des systèmes 10 CM is
(A. Dejaegere et intervenants extérieurs)
20 TD Anglais en
18 TD
Propriété Intellectuelle ip
16 CM
(Divers intervenants extérieurs)
UE ES5 Insertion Professionnelle Formation Humaines, pi
10 TD
(E. Weiss)
Sociale, Economique
Prospective po
6 TD
(A. Lunkes)
Bioéthique be
9 TD
(A. Dejaegere)
Projet de création d'entreprise pr
(G. Orfanoudakis et interv. ext.) Projet de Biologie Synthétique UE PR7 pr
(W. Weber, A. Becksei et al.)
Pratique VII 5 semaines
Projet de Biologie haut-‐débit (1 choix dans la liste) pr
(O. Lecompte et al.)
Projet de Biotechnologie pr
Environnnementale (V. Phalip et al) ESBS, Sept. 2014
6 ECTS
1
1
1
1
1
6 ECTS
1
1
1
1
1
0,5
/
3 ECTS
0,5
1
3
3
12 ECTS
3
3
26
UE IN3
ESBS, Sept. 2014
UE
HEURES
ECTS
Stage de fin d'études
6 à 8 mois
30 ECTS
27
ESBS Syllabus 2014 – 2015 ESBS, Sept. 2014
28
Cell Biology (1A1S)
– Fundamental of Biology I
Enseignant: Pr Jan De Mey
Mail: [email protected]
CM: 16 H
TD : 6 H
TP : 4 H
Langue de cours : English
Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours) :
The programme consists of a comprehensive theoretical study of 4 fundamental aspects of cellular
functioning and regulation (32h CM):
• Membranes (common with “Communication”): lipids and the lipid bilayer, membrane fluidity,
transmembrane glycoproteins and transport of small solutes (ions, sugar) across membranes
in polarized epithelial cells
• Biosynthesis of glycoprotein and lipids: Glycoprotein and lipid biosynthesis in the
endoplasmic reticulum and the Golgi apparatus
• Intracellular traffic: Sorting of lipids and proteins; intracellular traffic of membrane-bound
carriers and its regulation; the role of the cytoskeleton and motor proteins
• Cellular Signalling: Membrane receptors and their ligands; protein hardware: small and
trimeric G-proteins, kinases, phosphatases, adaptor proteins, structure/function relationship;
second messengers: cAMP and cGMP, lipid derived second messengers, Ca2+ and Ca2+binding proteins.
• Various Applications of Cellular Signalling in physiological and tissular contexts are
studied by groups of 6 students and presented orally in English
Objectifs en termes de compétences :
• Using course notes, a textbook and other sources exclusively in English as course backups
• Gradually acquire fluency with scientific English
• Developing social and communication skills by team work in bi-lingual groups (in collaboration
with Yves Nominé for the “Communication” part)
• Progressively apprehending and mastering the challenges provided by complexity and
interdisciplinarity
Pré-requis :
• Notions of cellular components, anatomy, and macromolecules
• English as acquired during several years of study and the intensive courses at the language
center
Contrôle des connaissances :
• 1 oral presentation in group without convocation date – 30 mn
• 1 written exam at predetermined date – 90 mn
• 1 home work assignment – 1 month
Bibliographie, support du cours :
• A Powerpoint presentation on Moodle (in English)
• Current advanced textbooks on Cell Biology
• Review articles
• Resources found by personal work
ESBS, Sept. 2014
29
Transcription de l’information génétique (1A1S)
– Fundamental of Biology I
Enseignants:
Dr. Mariel Donzeau ([email protected])
Pr. Bruno Chatton ([email protected])
CM: 16H
TD: 6H
TP: 2H
Langue de cours : français
I. La transcription de l'information génétique chez les procaryotes
L'ARN polymérase bactérienne.
L'initiation, l'élongation, la terminaison et l'antiterminaison de la transcription.
Le contrôle de l'expression des gènes : les opérons lactose, tryptophane et L'atténuation. Les
stratégies de régulation de l'expression des gènes chez le phage lambda.
II. La transcription de l'information génétique chez les eucaryotes.
Chromosome, chromatine et nucléosomes.
Les ARN polymérases eucaryotiques.
Les éléments promoteurs et de contrôle des gènes.
Les facteurs généraux de la transcription.
Les activateurs et les répresseurs de la transcription.
Le code des histones. Le remodelage de la chromatine. Acétylation de la chromatine et
activation des gènes.
Méthylation de l'ADN et répression de l'expression des gènes.
Signalisation cellulaire et régulation de la transcription.
Cet enseignement a pour objectif de présenter les différentes étapes de la transmission de
l'information génétique et les diverses approches moléculaires et génomiques nécessaires à
l’analyse des mécanismes de régulation de l'expression génétique.
Contrôle des connaissances
• Contrôle continu sous forme exercices/questions 1H avec convocation (coeff 0,5)
• Examen terminal sous forme exercices/questions 1H avec convocation (coeff 0,5)
Pré-requis :
L2 sciences de la vie ou équivalent
• Fichier Power Point sur Moodle (Français et Anglais)
• Biochimie Générale JH Weil 11éme Edition Dunod Sciences
• Genes IX Benjamin Lewin (Jones and Bartlett Publishers, Inc)
ESBS, Sept. 2014
30
Translation of Genetic Information (1A1S)
- Fundamental of Biology I
Enseignant: Pr Jan De Mey
CM: 16H
TD : 2H
TP : 0H
Langue de cours : German
Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours):
• Components of the translation machinery
 mRNA: structure, properties, maturation and the mechanism of splicing.
 Ribosome: prokaryotic and eukaryotic, structure and properties.
 tRNA: structure, different species (initiator, elongator, isoacceptors).
• Genetic code: Wobble hypothesis and degeneration of the code
• Activation of aminoacids:
 Aminoacyl-tRNA synthetases
 Specificity of aminoacylation and fidelity of translation.
• Mechanism of translation in prokaryotes and eukaryotes:
 Initiation
 Elongation
 Termination
 Role of regulatory factors.
 Inhibitors of protein biosynthesis.
Objectifs en termes de compétences:
• Appropriation of a series of mechanisms at the cell and molecular level
• Gradually acquire scientific German (beginners), or practice scientific German
• Using course notes, a textbook and other sources in German as course backups
• Developing foreign language and communication skills by team work in bi-lingual German/French
groups
Pré-requis:
Beginner German as reached during the intensive language courses.
Contrôle des connaissances:
• 1 Oral presentation – 30mn
• Written exams at predetermined dates – 90 mn
• Individual homework assignement – 1 month
Pedagogic Approach:
Powerpoint slides are first presented in German. Then, using the same slides, the content is
explained using French. Finally, groups of six including students with different levels of German are
formed. The members of each group work together to prepare a presentation of one of the course
topics in German on predetermined dates.
ESBS, Sept. 2014
31
Microbiology lectures and practicals (1A1S)
- Fundamental of Biology I - Practicals I
Enseignant: Prof. Dr. Attila Becskei
Mail : [email protected]
3 weeks in January (70H)
Langue du cours : German / English
Objectives in terms of knowledge:
• Basic methods in microbiology
• Enrichment of airborne germs
• Direct isolation of aerobe endospores (Bacillus megaterium), methods to determine the Gram
behavior
• Enrichment and isolation of saccharolytic Chlostridia
• Production and analysis of antibiotics
• Cell biology of budding and fission yeasts
• Bacterial motility, chemotaxis
• Direct isolation of Streptococcus salivarius, catalase-test
• Microbial reduction of hydrocarbons; cleaning up of environmental oil spills
• Methylation & restriction
• Biotransformation(biotechnologic production of aspartate)
Objectives in terms of acquired skills:
(ie roughly what the student should be able to understand
• And apply in practical situations at the end of the course)
• Students will be able to identify and characterize common bacterial and yeast species; identify
cellular organisms. Basic molecular mechanisms specific to bacteria will be learned, as well.
Introduction to microbiological biotechnology will enable the students to design schemes for
biotechnologic production of amino acids and antibiotics and to design environmental
biotechnologic interventions.
Required prior knowledge:
• Molecular biology, biochemistry, cell biology and mathematics.
Type of exam/control of knowledge
• Written final control – 2H – coef.1
References, books, course support :
• Mikrobiologisches Praktikum: Versuche und Theorie (Springer-Lehrbuch), Steinbüchel.
• Protocols and articles distributed during the course.
ESBS, Sept. 2014
32
Biologie Structurale (1A1S)
- Structural, Analytical I
Enseignants :
Pr. Bruno Kieffer ([email protected])
Yves Nominé ([email protected])
CM: 8 H
TD 8 H
Langue du cours : français / anglais
• Repliement et structure des protéines
• Structure des acides nucléiques
•
Savoir établir des relations entre la séquence, la structure et la fonction d’une protéine
•
Chercher l’information structurale et la visualiser
•
Evaluer la qualité d’un modèle moléculaire
•
Comprendre et utiliser les mesures de thermodynamique pour l’étude des interactions intermoléculaires
Pré-requis :
Aucun
•
Evaluation du projet PROTEOPEDIA (contribution à une encyclopédie structurale) coef.1 –
10H
• Introduction à la structure des protéines, Branden & Tooze, Ed DeBoeck Université
• Proteins: structures and molecular properties, Thomas E. Creighton, Ed W.H. Freeman
ESBS, Sept. 2014
33
Traitement de données (1A1S)
- Structural, Analytical I
Enseignants :
Yves Nominé ([email protected])
CM: 6H
TD : 8H
• Nature de l’information numérique
• Sécurité des données informatiques
• Composants d’un système informatique
• Réseaux et communication
• Introduction à la programmation sous PYTHON
• Mettre en place une politique de sécurité des données
• Etablir un cahier des charges adapté pour un système informatique
• Recherche de données sur internet
• Mise en forme de données à l’aide de scripts simples
• Analyse de données et extraction de l’information
Pré-requis :
Aucun
• Evaluations continues (1 à 3 sur le semestre) – 1H – coef. 1/3 de la note
• Evaluation terminale (exercices) – 2H – coef. 2/3 de la note
•
How to Think Like a Computer Scientist, Allen B. Downey, Cambridge university press
ESBS, Sept. 2014
34
Bioinformatique (1A1S)
- Sructural, Analytical I
Enseignant: Dr. Odile Lecompte
CM : 12 H
TD : 14 H
Langue du cours : Français
• Introduction
• Banques de données biologiques
Présentation des principales banques de séquences et banques apparentées / Systèmes
d’interrogation textuelle
• Comparaison de 2 séquences
Similarité et homologie / Systèmes de score / Matrice de points / Alignements optimaux de 2
séquences / Recherches de similarité
• Alignement multiple
Principales méthodes et programmes couramment utilisés / Qualité d’un alignement /
Utilisations de l’alignement multiple / Recherche de séquences par motifs et profils
• Phylogénie moléculaire
Généralités et terminologie / Méthodes de construction d’arbres et programmes / Estimation
de la robustesse d’un arbre / Limites de la phylogénie moléculaire
• Maîtrise des portails web bioinformatiques généraux
• Compréhension des algorithmes majeurs utilisés en comparaison de séquences
• Capacité d’interpréter un alignement multiple, un arbre phylogénétique et les résultats d'une
recherche de similarité
• Mise en œuvre de connaissances et d'approches pluridisciplinaires
Pré-requis :
Connaissance des propriétés physico-chimiques des acides aminés et des acides nucléiques
• 2 comptes-rendus de TD - 2H chacun - coef. 0,5 chacun
• 1 un examen écrit sur convocation – 1H30 – coef. 2
• Supports de cours au format pdf sur la plateforme moodle de l’ENT
• The NCBI Handbook. McEntyre J, Ostell J, editors. NCBI (accessible librement sur internet)
• Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, D. W. Mount (Paperback, 2004)
• Bioinformatics and functional genomics, J. Pevsner (John Wiley and Sons, 2009)
X
ESBS, Sept. 2014
35
Langue
Chimie générale (1A1S)
- Biochemistry,
Mathematics I
Enseignants:
Dr. Gilles HANQUET ([email protected])
Dr. Gaëtan MISLIN ([email protected])
CM : 16 H
TD : 6 H
TP : 2H
Objectifs en termes de connaissance (contenu du cours) :
•
•
•
•
Chimie générale : propriétés atomiques et moléculaires, hybridations, VSEPR, acides, bases,
oxydo-réductions organiques, nucléophilie, électrophilie. Dipôles et interactions non
covalentes, profil énergétique des réactions, postulat de Hammond, principe de CurtinHammet.
Stéréochimie : détermination de configurations relatives et absolues, énantiomérie,
diastéréoisomérie, composé méso, prochiralité, notion de stéréosélectivité, analyse
conformationnelle.
Chimie organique descriptive : étude des principales fonctions organiques, de leur formation
et de leur réactivité : fonction carbonyle, fonction acide, fonction ester, alcène, alcyne, amineimine, alcool. Réactivité organo-métallique de base (lithiens, Grignards, cuprates). Chimio- et
régiosélectivité. Chimie hétérocyclique aromatique.
Chimie
bioorganique
de
base :
sucres,
lipides,
acides
aminés/peptides,
nucléotides/nucléosides.
Acquisition des notions de base de la chimie organique permettant la compréhension des
transformations métaboliques et enzymatiques.
• Evaluation continue : 2 examens de 1H chacun / semestre sur convocation – coef.1
Pré-requis :
• Connaissances en chimie organique et en biochimie de niveau L2
• Chimie Organique Avancée (Tome1 et 2), Carey, Sundberg, De Boeck Université.
• Stereochemistry of Organic Compounds, Eliel, Wiley and Sons Eds.
• Chimie Organique J. Clayden, N. Greeves, S. Warren, P. Wothers De Boeck Université.
ESBS, Sept. 2014
36
Enzymologie (1A1S)
- Biochemistry,
Mathematics I
Enseignant: Dr. Vincent Phalip
CM : 8 H
TD : 4 H
• Introduction et propriétés générales des enzymes
Historique de l’utilisation des enzymes / Notion de biocatalyseur / Propriétés communes /
Classification des enzymes.
• Cinétique enzymatique
Démonstration des équations de Michealis et Menten et Briggs et Haldane / Représentations
graphiques.
• Inhibition enzymatique
Différents types d’inhibiteurs / Exemples en Biotechnologie.
• Mécanismes enzymatiques
Catalyse enzymatique vs. catalyse chimique / Trois exemples de mécanismes
• Ingénierie des protéines – Enzymologie Industrielle
Méthodes pour la modification des enzymes / Modifications recherchées / Cas des phytases
• Mise à niveau sur la biochimie des protéines et des enzymes en particulier
• Compréhension de la notion de modèle en biologie
• Acquisition d’une réflexion transversale et pluridisciplinaire
• Acquisition d’une réflexion associant connaissances théoriques et applications industrielles
Pré-requis :
• Structure des protéines
• Un examen d’une heure en fin de période sur convocation – coef.1
• Enzymologie Moléculaire et Cellulaire, J. Yon-Kahn et G. Hervé, EDP Sciences
• Biochemical Pathways, G. Michal ed., Wiley
ESBS, Sept. 2014
37
Thermodynamique (1A1S)
- Chemistry, Mathematics I
Enseignant: Annick Dejaegere
CM : 8H
TD : 4H
Langue du cours : Français et/ou Anglais
• Lois fondamentales de la thermodynamique
• Thermodynamique et équilibres chimiques
• Applications biochimiques de la thermodynamique
• Comprendre le lien entre les grandeurs et les équations thermodynamiques et les
observations expérimentales sur les phénomènes spontanés et les réactions biochimiques
• Savoir appliquer les relations thermodynamiques dans un contexte biologique et interpréter
les résultats de mesures thermodynamiques
Pré-requis :
• Cours d’introduction à la thermodynamique de niveau licence/bachelor ou prépa
• Examen écrit exercices, questions (coef. 0.5) – 1H
• Devoir maison (coef. 0,5)
• Molecular Driving Forces, by K.A. Dill & S. Bromberg, Garland Science
• Methods in Molecular Biophysics, IN Serdyuk, NR Zaccai, J Zaccai, Cambridge University
Press
ESBS, Sept. 2014
38
Mathématique pour la modélisation de systèmes biologiques
(1A1S)
- Biochemistry, Mathematics I
Enseignant : Nominé Yves
Tél : 03.68.85.47.25
CM : 10H
TD : 10H
TP : 10H
T (x,t) = e! x " sin(2# t / 365 ! x)
• mathématiques et sciences du vivant : introduction à la modélisation,
• un modèle pour comprendre le système étudié, formuler des hypothèses, prévoir, anticiper et
communiquer,
• connaître les éléments de base de la géométrie dans l’espace (vecteurs, bases, produits
scalaire et vectoriel, coordonnées cartésiennes, sphériques, cylindriques) en Math et en Info
(Python),
• savoir utiliser les dérivées et développements limités en modélisations de systèmes
• savoir déterminer une propagation d’incertitude,
• savoir réaliser des études de fonctions appliquées à des systèmes biologiques (écologie,
génomique, épidémiologie)
• savoir utiliser l’informatique (Python) pour représenter des données en 2D ou 3D.
• Savoir mettre en équation une problématique biologique,
• Maîtriser les outils mathématique et informatique de base pour la modélisation d’un système,
• Savoir analyser et interpréter des données biologiques à l’aide d’outils mathématiques et
informatiques appropriés,
• apprendre le langage des mathématiques et de l’informatique pour communiquer.
Pré-requis :
Mathématiques de niveau lycée
• Evaluation sous forme exercices, questions – 1H (coef. 4)
• Résolution d’exercices - 20 mn (coef.1)
• Eventuellement 1 TD ramassé et noté - devoir maison (coef. 1)
• Mathématiques pour les Sciences de la Vie et de la Nature, JP. Betrandias, EDP Sciences
• Analyse, Swokowski, Ed. De Boeck Université
• Algèbre et trigonométrie, Swokowski & Cole, Ed. De Boeck Université
• Analyse, concepts et contextes : fonctions à plusieurs variables, Stewart, Ed. De Boeck
Université
ESBS, Sept. 2014
39
ANGLAIS (1A1S)
- FHSE I
Enseignants :
Dr.David Bousquet
David Adamson (MS)
Frank McKenna (MS)
Dr. Rama Piotto
TD : 60 H
OBJECTIFS DE L’ENSEIGNEMENT
Développer la capacité des étudiants à s’exprimer à l’oral, enrichir leur vocabulaire dans les
domaines scientifiques, les préparer à présenter un exposé scientifique. Renforcer leur
compréhension orale de l’anglais
PROGRAMME
• travail sur documents vidéo et DVD et document en ligne
• travail sur articles scientifiques
• compréhension d’écoute
• -compréhension de l’écrit
• rédaction des résumés et des rapports.
• débats
• jeux de rôles
• présentations scientifiques
• communications par e-mail, forums et téléphone par vidéo
• travail sur des projets
• révisions grammatical cas par cas
COMPETENCES ACQUISES :
Capacité à s’exprimer avec plus d’aisance, renforcement des bases grammaticales et lexicales.
Compréhension des documents oraux en vue du passage du TOEIC en 2ème année.
ESBS, Sept. 2014
40
ALLEMAND (1A 1S)
- FHSE I
Enseignants :
Dr. Susanne Marten
Dr.Andreas Hacker
Dr. Ulf Heyden
TD : 80 TD
Objectifs de l’enseignement
Développer la capacité des étudiants à s’exprimer en allemand à l’oral et à l'écrit : parler en continu
et interagir de manière adéquate dans diverses situations communicatives / dans un rôle donné ou
choisi, produire des textes.
Développer la capacité des étudiants à comprendre des documents écrits et sonores en allemand,
comprendre ses interlocuteurs.
Travailler dans un Centre de Ressources de Langues (CRL) : Apprendre à organiser son
apprentissage en autonomie, à titre individuel ou en groupe, selon ses propres besoins.
Définir ses besoins, ses objectifs et travailler en autonomie, seul et en équipe.
Avoir conscience des méthodes et utiliser efficacement des stratégies d’apprentissage.
Prendre conscience de ses atouts et des attentes culturelles pour faciliter une intégration en "équipe
mixte" (français/non-français, femmes/hommes, bilingues/en voie de perfectionnement)
Programme : Travail et suivi individualisé en Centre de Ressources de Langues, sur projet
personnel et en groupe, selon le niveau de départ de l'étudiant.
Sorties culturelles et scientifiques.
Débutant : Enseignement spécifique pour débutants au début de la 1ère année, puis intégration
progressive au groupe et initiation au travail dans le Centre de Ressources de Langues
Perfectionnement : Initiation au travail dans un Centre de Ressources (autonomie, stratégies
d’apprentissage, méthodes)
Travail au CRL selon objectifs individuels et/ou proposés par les enseignants
Activités orales avec le groupe, l'enseignant et des assistants
Production écrite avec le soutien de l'enseignant
Ateliers de production orale, entraînement régulier à l'écrit (documents et textes variés)
Compétences acquises :
•
•
•
S'exprimer en allemand à l’oral et à l'écrit : parler en continu et interagir de manière adéquate
dans diverses situations communicatives, produire des textes.
Comprendre des documents écrits et sonores en allemand, comprendre ses interlocuteurs.
ses objectifs et travailler en autonomie, seul et en équipe.
Reconnaître différentes manières de communiquer (compétences interculturelles).
Type of exam / control of knowledge
• Entretien et bilan individuel en fin de semestre – 10 à 15 mn
• Production écrite ( devoir maison)
• Exposé et discussion 2 X 10 mn
ESBS, Sept. 2014
41
FLE (1A1S)
- FHSE I
Enseignante : Mme Geneviève Gyss
Programme
Travail et suivi individualisé et en groupe au CRL. Proposition de tâches : élaboration de dossiers,
exposés en fonction de l’intérêt et du niveau de langue de l’étudiant.
Sorties découvertes, culturelles permettant l’appropriation d’un nouveau cadre de vie.
Elaboration d’un journal de bord permettant à chaque étudiant de mesurer progrès et difficultés ; ce
journal est une occasion d’échanger et de faire le point avec l’enseignant.
Evaluation semestrielle des acquis et bilan des stratégies d’apprentissage pour préparer la 2ème
année.
Développer la capacité des étudiants à s’exprimer en Français à l’oral et à l’écrit ; acquérir les
connaissances nécessaires à la compréhension et à l’utilisation de la langue dans diverses
situations : communiquer, comprendre et produire des textes.
Etre capable de comprendre des documents, des productions écrits et sonores en Français à partir
de supports différents; comprendre ses interlocuteurs : collègues, amis, enseignants.
Se former au travail au Centre de Ressources de Langue. Apprendre à travailler en autonomie, seul
et en groupe. Utiliser diverses stratégies d’apprentissage. Travailler en lien avec d’autres étudiants,
français notamment.
Compétences acquises
S’exprimer en Français à l’oral et à l’écrit : produire un discours oral fluide, adapté à différentes
situations; être capable de produire un texte écrit répondant à des critères précis.
Utiliser la langue française dans des contextes de communication, d’interaction, en adaptant les
manières de communiquer aux situations diverses
Dossier individuel et présentation lors d’un entretien – 10 à 15 mn
Production écrite à rendre 2x par semestre – devoir maison
Exposé et débat – compte rendu d’enquête – 2 x 10 mn
ESBS, Sept. 2014
42
Hygiène et Sécurité (1A1S)
- FHSE I
Enseignants : MCU Nominé Yves
Tél : 03.68.85.47.25
CM : 6H
• Connaître les bonnes pratiques de laboratoire,
• Hygiène et sécurité dans un laboratoire de biologie
• Gestion des déchets
• Cahier de laboratoire.
• Maitrise du risque dans un laboratoire de biologie
• Connaître l’importance d’un cahier de laboratoire et savoir comment le remplir.
Pré-requis :
ESBS, Sept. 2014
43
Gestion de projet (1A1S)
- FHSE I
Enseignant: Pr. Annick Dejeagere ?
CM : 12H
(Complément en anglais parfois)
•
•
•
•
•
•
•
Anticiper un projet en amont : l’étude d’opportunité, la faisabilité, les enjeux, le cahier des
charges
Les principaux acteurs et leur rôle : le commanditaire, le chef de projet, l’équipe projet, les
contributeurs, les utilisateurs finaux
L’analyse stratégique des parties prenantes
Le lancement du projet : organigramme des tâches, matrice des responsabilités, diagramme
Pert et diagramme de Gantt
Le management de l’équipe projet : les réunions, l’écoute active, la délégation, la mobilisation
Le pilotage du projet : le triangle d’or, le tableau de bord, le reporting, l’analyse de rendement,
la communication
La clôture du projet
•
•
•
•
Capacité à structurer les projets par des phasages pertinents
Connaissance des fondamentaux du management d’une équipe projet
Maîtrise de l’avancement du projet
Capacité à articuler la dynamique humaine et la qualité de la production
Pré-requis :
•
aucun
•
•
Une présentation orale liée à la gestion de projet – coef 0,5 - en séance
Evaluation terminale notion vue en cour – coef 0,5 – 1H
ESBS, Sept. 2014
44
Communication (1A1S)
- FHSE I
Enseignants :
Prof Jan de Mey ([email protected])
MCU Nominé Yves
([email protected])
CM : 2 h
TD : 4 h
• Reprendre les notions de bases de la communication avec supports visuel et oral
• Exemples et contre-exemples.
• Savoir communiquer oralement le plus efficacement possible.
• Enseignement en relation avec la biologie cellulaire
Pré-requis :
• PowerPoint niveau basique
• Présentation orale par groupe de 5 à 7 étudiants – coef 1
ESBS, Sept. 2014
45
Projet Professionnel (1A1S)
- FHSE I
TD : 8H
Objectifs en terme de connaissances
•
•
•
•
•
Le monde des biotechnologies
Panorama des domaines d’application
Description des carrières
Expériences de professionnels du secteur, y compris d’anciens étudiants ESBS
Rédaction de CV
Objectifs en terme de compétences
• L’objectif de cette série d’interventions est de préparer les étudiants à mieux définir leur
projets et objectifs professionnels, et à identifier les compétences nécessaires à la réalisation
de ces projets.
Pré-requis
None
• Présentation orale du projet professionnel devant les enseignants – COEF.1
ESBS, Sept. 2014
46
Biotechnologie Moléculaire (1A2S)
- Fundamental of Biologie II
Enseignant: Pr. Etienne Weiss
CM : 20H
TD : 6H
TP : 2H
Langue du cours : Français/Anglais/Allemand
• Replication de l’ADN
•
Mécanismes moléculaires et structures
•
Machineries réplicatives
•
Replication et division cellulaire
•
Réparation de l’ADN
•
Régulation du maintien de l’intégrité du génome
•
Importance en biotechnologie
Objectifs en termes de compétences : (fondamentaux et applications biotechnologiques)
• Acquisition des connaissances pour la compréhension de la multiplication des cellules
procaryotes et eucaryotes
• Acquisition de notions fondamentales pour intégrer la duplication et le maintien de l’intégrité
de l’ADN dans tous les enseignements de systèmes biologiques (depuis la PCR jusqu’à la
bioproduction de vaccins recombinants).
Pré-requis :
• Connaissances de base du métabolisme de l’ADN et des propriétés physico-chimiques des
acides nucléiques
• Notions de transcription et de traduction (cours du 1er semestre)
• Evaluation écrite (exercices, questions) de 2H – coef. 0,8
• Présentation orale d’une publication récente dans le domaine – 10 mn – coef. 0,2
• Fichier pdf sur Moodle (en français et en anglais) + clé usb à la disposition des étudiants
• Présentations de la 1ère page de nombreuses publications
ESBS, Sept. 2014
47
Plant Physiology (1A2S)
- Fundamental of Biology II
Enseignants:
RESKI, Ralf
DECKER Eva
KRETSCH Thomas
CM : 20H
TD : 6H
TP : 2H
Langue du cours : German or English
Learning objectives (content of the course):
• Evolution of plant systems
• Components of a plant cell; plant cell wall
• Functional parts of a plant: roots, shoots, leaves
• Plant reproduction and seed development
• Photosynthesis and respiration
• Lipid metabolism; secondary metabolites (alkaloids, flavonoids, isoprenoids)
• Growth and development of plants: regulation by light and by phytohormones
• Applied use of plant systems – basics for plant biotechnology
Objectives in terms of acquired skills:
(ie roughly what the student should be able to understand and apply in practical situations at the end
of th course)
• Basic principles of plant biology and plant physiology and their applications
Required prior knowledge :
• Basic knowledge of Cell Biology (1A1S).
• Written exam based on the lectures – 2H – coef. 1
References, books, course support:
• Copies of screen presentation
• Text book : Weiler, Nover : Allgemeine und molekulare Botanik
ESBS, Sept. 2014
48
Spectroscopie et Hydrodynamique (1A2S)
- Structural, Analytic II
Enseignant : Pr. Bruno Kieffer
Tél : 03.68.85.47.22
CM : 22H
TD : 8H
TP : 2H
• Introduction sur les interactions rayonnement-matière
• Applications des spectroscopies moléculaires en biologie (absorption, fluorescence, …)
• Principes et applications de la spectrométrie de masse
• Phénomènes de transport
• Avoir une lecture critique de résultats scientifiques basés sur l’utilisation de méthodes
biophysiques
• Connaître les champs d’application des méthodes biophysiques
• Etablir un protocole expérimental utilisant des mesures biophysiques
Pré-requis :
Aucun
• Evaluations continues – 1H (1 à 3 sur le semestre) (coef. 1/3)
• Evaluation terminale exercices : 2H (coef. 2/3)
• Methods in molecular biophysics, Igor Serdyuk Nathan & Joseph Zaccai
• Physical Chemistry: Principles and Applications in Biological Sciences, I.Tinoco, K. Sauer, J.
C. Wang, J. D. Puglisi
ESBS, Sept. 2014
49
Electronique (1A2S)
- Structural, Analytical II
Enseignant: M. LING Claude
CM: 12H
Le cours développera 5 thèmes.
D'abord nous verrons quelques rappels généraux sur l'électricité, puis l'étude d'un appareil permettant
de connaitre quelques composants de base de l'appareillage électrique ou électronique.
L'étude de l'amplificateur opérationnel nous familiarisera avec l'électronique analogique... et ses
calculs, pour aborder la technologie électronique numérique qui a un développement fulgurant
actuellement.
En conclusion, nous étudierons quelques exemples de capteurs utilisés pour la mesure de grandeurs
physiques diverses.
Ce cours est destiné à favoriser une meilleure appréhension de l'appareillage électrique et électronique
utilisé dans l'environnement des biotechnologies. L'utilisation optimale d'un appareillage est
subordonnée à une compréhension minimale : des principes physiques utilisés, du traitement de
l'information portée par l'électricité la plupart du temps, des limites de l'appareillage inhérents à sa
constitution.
Pré-requis :
• Notions de base en électricité et en physique.
• Un examen écrit exercices et questions – 1H - coef.
• Rapport sur TP – devoir maison
• Les capteurs. G. Asch, Dunod éditeur.
ESBS, Sept. 2014
50
Chimie générale (1A2S)
- Biochemistry,
Mathematics II
Enseignants:
Dr. Gilles HANQUET ([email protected])
Dr. Gaëtan MISLIN ([email protected])
CM : 12 H
TD : 8 H
TP : 2H
Objectifs en termes de connaissance (contenu du cours) :
•
•
•
•
Chimie générale : propriétés atomiques et moléculaires, hybridations, VSEPR, acides, bases,
oxydo-réductions organiques, nucléophilie, électrophilie. Dipôles et interactions non
covalentes, profil énergétique des réactions, postulat de Hammond, principe de CurtinHammet.
Stéréochimie : détermination de configurations relatives et absolues, énantiomérie,
diastéréoisomérie, composé méso, prochiralité, notion de stéréosélectivité, analyse
conformationnelle.
Chimie organique descriptive : étude des principales fonctions organiques, de leur formation
et de leur réactivité : fonction carbonyle, fonction acide, fonction ester, alcène, alcyne, amineimine, alcool. Réactivité organo-métallique de base (lithiens, Grignards, cuprates). Chimio- et
régiosélectivité. Chimie hétérocyclique aromatique.
Chimie
bioorganique
de
base :
sucres,
lipides,
acides
aminés/peptides,
nucléotides/nucléosides.
Acquisition des notions de base de la chimie organique permettant la compréhension des
transformations métaboliques et enzymatiques.
• Evaluation continue : 2 examens de 1H chacun / semestre sur convocation – coef.1
Pré-requis :
• Connaissances en chimie organique et en biochimie de niveau L2
• Chimie Organique Avancée (Tome1 et 2), Carey, Sundberg, De Boeck Université.
• Stereochemistry of Organic Compounds, Eliel, Wiley and Sons Eds.
• Chimie Organique J. Clayden, N. Greeves, S. Warren, P. Wothers De Boeck Université.
ESBS, Sept. 2014
51
Allostérie (1A2S)
- Biochemistry, Mathematics II
CM :12H
• Introduction
Principe généraux / Lien avec le métabolisme / Allostérie et Coopérativité.
• Modèles théoriques
Monod, Wyman et Changeux / Koshland, Néméthy et Filmer / Modèle généralisé
• Hémoglobine
Rôle / Structure / Fonction / Anomalies
• Enzymes du métabolisme glucidique
Métabolisme des sucres / Trois exemples d’enzymes allostériques / Régulation
• Enzymes des voies ramifiées.
Description des principes généraux / Exemple dans le métabolisme des acides aminés
• Acquisition d’une réflexion associant enzyme et métabolisme
• Acquisition du reflexe de l’intégration de différents enseignements pour comprendre une les
processus biologiques
Pré-requis :
• Connaissance du cours d’enzymologie de 1A1S
• Un examen d’une heure en fin de période – coef.1
• Enzymologie Moléculaire et Cellulaire, J. Yon-Kahn et G. Hervé, EDP Sciences
• Enzyme kinetics. Principes and Metods. H. Bisswanger (Eds. Wiley)
ESBS, Sept. 2014
52
Mathématique et Informatique pour la modélisation de
systèmes biologiques (1A2S)
- Biochemistry, Mathematics II
Enseignant : MCU Nominé Yves
Tél : 03.68.85.47.25
CM : 12H
TD : 12 H
TP : 4H
• modèle à compartiments : savoir le mettre en œuvre, écrire le système d’équations qui en
découle,
• calcul d’intégrales et de primitives,
• équations différentielles couplées d’ordre 1 : mise en équation et résolution
• équations différentielles couplées d’ordre 2 : mise en équation et résolution
• connaissance de base de méthodes d’analyse numérique appliquées aux fonctions et aux
équations différentielles
• savoir utiliser l’outil informatique (Python) pour résoudre des systèmes d’équations
différentielles couplées
• Savoir mettre en équation une problématique biologique,
• Maîtriser les outils mathématique et informatique de base pour la modélisation d’un système,
• Savoir analyser et interpréter des données biologiques à l’aide d’outils mathématiques et
• apprendre le langage des mathématiques et de l’informatique pour communiquer.
Pré-requis :
• Mathématiques de niveau lycée
• Evaluation excerices, questions – 1H - coef. 4
• Résolution d’exerces – 20 mn - coef.1
• Eventuellement un TD ramassé et noté (devoir maison) - coef.1
• Mathématiques pour les Sciences de la Vie et de la Nature, JP. Betrandias, EDP Sciences
• Analyse, Swokowski, Ed. De Boeck Université
• Analyse, concepts et contextes : fonctions à plusieurs variables, Stewart, Ed. De Boeck
Université
ESBS, Sept. 2014
53
Enseignement du Français (1A2S)
- FHSE II
Enseignante : Mme Geneviève Gyss – TD : 36H
Programme
Travail et suivi individualisé et en groupe au CRL. Proposition de tâches : élaboration de dossiers,
exposés en fonction de l’intérêt et du niveau de langue de l’étudiant.
Sorties découvertes, culturelles permettant l’appropriation d’un nouveau cadre de vie.
Elaboration d’un journal de bord permettant à chaque étudiant de mesurer progrès et difficultés ; ce
journal est une occasion d’échanger et de faire le point avec l’enseignant.
Evaluation semestrielle des acquis et bilan des stratégies d’apprentissage pour préparer la 2ème
année.
Développer la capacité des étudiants à s’exprimer en Français à l’oral et à l’écrit ; acquérir les
connaissances nécessaires à la compréhension et à l’utilisation de la langue dans diverses
situations : communiquer, comprendre et produire des textes.
Etre capable de comprendre des documents, des productions écrits et sonores en Français à partir
de supports différents; comprendre ses interlocuteurs : collègues, amis, enseignants.
Se former au travail au Centre de Ressources de Langue. Apprendre à travailler en autonomie, seul
et en groupe. Utiliser diverses stratégies d’apprentissage. Travailler en lien avec d’autres étudiants,
français notamment.
S’exprimer en Français à l’oral et à l’écrit : produire un discours oral fluide, adapté à différentes
situations; être capable de produire un texte écrit répondant à des critères précis.
Utiliser la langue française dans des contextes de communication, d’interaction, en adaptant les
manières de communiquer aux situations diverses
Dossier individuel et présentation lors d’un entretien – 10 à 15 mn
Production écrite à rendre 2x par semestre
Exposé et débat – compte rendu d’enquête
ESBS, Sept. 2014
54
ANGLAIS (1A2S)
- FHSE II
Enseignants :
Dr.David Bousquet
David Adamson (MS)
Frank McKenna (MS)
Dr. Rama Piotto
TD : 18 H
Développer la capacité des étudiants à s’exprimer à l’oral, enrichir leur vocabulaire dans les
domaines scientifiques, les préparer à présenter un exposé scientifique. Renforcer leur
compréhension orale de l’anglais
Programme
• travail sur documents vidéo et DVD et document en ligne
• travail sur articles scientifiques
• compréhension d’écoute
• compréhension de l’écrit
• rédaction des résumés et des rapports.
• débats
• jeux de rôles
• présentations scientifiques
• communications par e-mail, forums et téléphone par vidéo
• travail sur des projets
• révisions grammatical cas par cas
Capacité à s’exprimer avec plus d’aisance, renforcement des bases grammaticales et lexicales.
Compréhension des documents oraux en vue du passage du TOEIC en 2ème année.
ESBS, Sept. 2014
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ALLEMAND (1A2S)
- FHSE II
Enseignants :
Dr. Susanne Marten
Dr.Andreas Hacker
Dr. Ulf Heyden
TD : 36 TD
Développer la capacité des étudiants à s’exprimer en allemand à l’oral et à l'écrit : parler en continu
et interagir de manière adéquate dans diverses situations communicatives / dans un rôle donné ou
choisi, produire des textes.
Programme : Travail et suivi individualisé en Centre de Ressources de Langues, sur projet
personnel et en groupe, selon le niveau de départ de l'étudiant.
Débutant : Enseignement spécifique pour débutants au début de la 1ère année, puis intégration
progressive au groupe et initiation au travail dans le Centre de Ressources de Langues
Perfectionnement : Initiation au travail dans un Centre de Ressources (autonomie, stratégies
d’apprentissage, méthodes)
Compétences acquises :
•
•
•
S'exprimer en allemand à l’oral et à l'écrit : parler en continu et interagir de manière adéquate
Comprendre des documents écrits et sonores en allemand, comprendre ses interlocuteurs.
ses objectifs et travailler en autonomie, seul et en équipe.
Reconnaître différentes manières de communiquer (compétences interculturelles).
Type of exam / control of knowledge
• Entretien et bilan individuel en fin de semestre – 10 à 15 mn
• Production écrite (devoir maison)
• Exposé et discussion 2 X 10 mn
ESBS, Sept. 2014
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TP génie génétique (1A2S)
- Practicals II
Enseignant: Dr Annie-Paule
[email protected]
TP : 70h (2 groupes)
Travaux pratiques :
Techniques de clonage (restriction, PCR, TA cloning, fusion, overlap extension PCR)
Extraction d’ADN génomique, Southern blot, système de marquage à le digoxigenin
RNA interférence : extraction d’ARN, RT-PCR en temps réel
Conférences :
Présentation des métiers d’ingénieurs en biotechnologie par des anciens élèves ingénieurs de
l’ESBS travaillant dans 3 secteurs différents :
Dominique Desplancq :recherche publique - ESBS
Alexandra Schlachter : directrice du service assurance qualité - IPSEN
Géraldine Guerin-Peyrou : responsable du support technique - POLYPLUS
Connaissance des principes des technologies utilisées en génie génétique
Maîtrise pratique de ces différentes technologies
Analyse critique des résultats
Rédaction d’un cahier de laboratoire
Pré-requis :
Bases théoriques de la biologie moléculaire
Correction du cahier de laboratoire
Fascicule des protocoles utilisés en génie génétique
Fascicule contenant les informations et documents nécessaires à la compréhension et à la réalisation
des expériences.
Photocopie des présentations théoriques.
ESBS, Sept. 2014
57
TP Biochimie (1A2S)
- Practicals II
Enseignant: Dr. Mariel Donzeau
Mail [email protected]
TP: 35H ( 2 groupes)
Langue: Français / anglais
- Introduction à la purification de différents composants (protéines et acides aminés) par
l’utilisation de techniques de chromatographie
- Techniques utilisées : chromatographie d’affinité, échangeuse d’ions, gel filtration et
chromatographie sur couche mince.
- - Analyses des composants purifiés par gel SDS-PAGE et coloration au bleu de Coomasie
et à l’Argent.
- Réalisation des expériences selon le protocole fourni et les informations glanées dans les fiches
techniques (sous supervision d’un enseignant).
-
Capacité à utiliser les différentes techniques de base de chromatographie pour purifier des
protéines et des acides aminés ainsi que de les analyser.
Capacité à analyser de façon critique les résultats obtenus ;
Le travail en groupe de 3 personnes permettra lʼapprentissage du travail en groupe, au
développement et à lʼamélioration des compétences personnelles et comportementales.
Pré-requis :
Notion de Biochime des protéines et des acides aminés
Sous forme d’un rapport de TP et du cahier de manipulation
- Fiches techniques des différents produits et des colonnes de chromatographie
- Fascicule
ESBS, Sept. 2014
58
TP / TD Enzymologie (1A2S)
- Practicals II
TP : 35H (2 groupes)
- TD : Présentation générale et objectifs
- TD : Les enzymes immobilisées
- TP : Manipulations sur le thème de la béta-galactosidase
Caractérisation des propriétés cinétiques
Immobilisation à petites échelles
Immobilisation d’une grande quantité / Hydrolyse du lactose du lait
- TD : débriefing et discussion
- Acquisition des bonnes pratiques de travail avec les protéines
- Faire le lien entre résultats expérimentaux et théorie
- Etre capable d’interpréter des résultats expérimentaux
- Etre capable de présenter ces résultats
Pré-requis :
- Connaissance du cours d’enzymologie de 1A1S
Pendant toute cette période, par l’intermédiaire de questions pouvant intervenir à tout moment
Remise d’une fiche de résultats avec quelques points de réflexion
- Fascicule
- TD sous forme de document Power Point
ESBS, Sept. 2014
59
Instrumentation et de Biophysique (1A2S)
- Practicals II
Enseignants :
Tél : 03.68.85.47.22
M. Claude Ling ([email protected])
Tél : 03.68.85.47.23
MCU Yves Nominé ([email protected])
Tél : 03.68.85.47.25
CM : 3H
TD : 6H
TP : 35H
Langue du cours/manuscrit : français / anglais
- Règles des bonnes pratiques du laboratoire, hygiène et sécurité
- Principe de fonctionnement et utilisation pratique des petits instruments de laboratoire
- Principes physiques des méthodes d’analyse des biomolécules : phénomènes de transport et
spectroscopies (absorption, fluorescence, ...)
- Mesures physiques : capteurs, estimation de l’incertitude, automatismes, gestion des données
numériques
- Appliquer une démarche expérimentale
- Appliquer les règles de bases utilisées à la paillasse (pipetage, gel, pesée, pH, tampon, ...)
- Savoir évaluer l’incertitude sur des mesures physiques
- Savoir régler les appareils de laboratoires en fonction des contraintes expérimentales
- Rédaction d’un rapport d’expérience
- Organisation d’un travail en groupe
Pré-requis :
Cours des semestres 1 et 2 de l’ESBS 1A
- capacités d’organisation et de travail en groupe (Coeff 1)
- 1 contrôle surprise pendant l’une des 5 journées : 30 min. (Coeff 1)
- Rapports pour chacune des journées de TP (Coeff 1 chacun)
aucune.
ESBS, Sept. 2014
60
Libellé de l'enseignement: Immunobiotechnologie
Année et semestre ESBS : 2AS1
Enseignants: Pr. E. Weiss / Pr. C. Gavériaux
Durée: 30H CM, 2H TD
Langue du cours : Français/Anglais/Allemand
- Réponse immunitaire innée et acquise
- Propriétés des antigènes
- Réponse immunitaire humorale et cellulaire
- Cellules du système immunitaire : sélection, contrôles de la prolifération, fonctions
- Biomolécules du système immunitaire
- Outils de diagnostic et de thérapie
- Importance capitale en biotechnologie moléculaire
- Acquisition des connaissances pour la compréhension de la défense immunitaire.
- Acquisition de notions pour se sentir à l’aise dans toutes les matières de biotechnologie qui
intègrent les principes et les outils de la réponse immunitaire.
- Prise de conscience de l’importance de l’immunologie dans les biotechnologies rouge et verte.
Pré-requis :
- Connaissances de base de biologie et de signalisation cellulaires
- Notions de biologie moléculaire du gène (cours de 1ère année)
- Notions de biophysique et de biologie structurale
Contrôle de la compréhension du cours :
- présentations orales d’un aspect particulier pour la compréhension (5 minutes, zoom sur la fonction
d’ une protéine précise, sur une application industrielle, sur la relation avec une pathologie, … )
- un examen de 2 heures en fin de période comprenant plusieurs questions qui ont trait à l’ensemble
- Fichier pdf de toutes les présentations (texte en français et en anglais) à la disposition des étudiants
- Référence à des dizaines de publications majeures
- Nombreux livres d’immunologie (Kuby, Abbas, Roitt…) disponibles à la bibliothèque
- Distribution de brochures d’actualités en immunodiagnostic et autres applications de l’immunologie
- Discussion-débat avec un industriel du domaine (2 heures)
ESBS, Sept. 2014
61
Course : Plant Molecular Biology
Année et Semestre ESBS : 2A 1S
GROOT, Edwin
NEUHAUS, Gunther
Enseignant: LAUX, Thomas
Durée: 6H CM
Langue du cours : Allemands et/ou Anglais
Learning objectives (content of the course
In vitro methods of plant propagation
Plant genetics
Molecular genetic tools in plants
Characterization of mutants, genes and genetic networks
Production of transgenic crops
Molecular biology of plant pathology
Molecular biology of nitrogen fixation
Biotechnology of algae
Engineering of salt, heat, cold, drought and UV light stress tolerance in plants
Engineering of plants for human nutrition and health
Risk assessment of transgenic crops
Objectives in terms of acquired skills : (ie roughly what the student should be able to understand
And apply in practical situations at the end of th course)
- To be familiar with biotechnology of plants and algae, sociological and regulatory aspects of
transgenic crops, and plant molecular genetics.
- To understand the current knowledge of plant pathology, nitrogen fixation and crop improvement.
Cours de Plant Physiology (1A2S) ou équivalent.
Written exam based on the course content.
- Copies of screen presentation, transcripts of lectures
- Selected articles from the scientific literature
ESBS, Sept. 2014
62
Libellé de l'enseignement: Virologie moléculaire
Année et Semestre ESBS : 2A S3
Enseignant: Pr. David Gilmer
Durée: CM 22H TD : 6H Langue du cours : Français/Anglais
- Généralités sur les virus, découvertes, taxonomie, composition, structures et génomes viraux
- Cycles de multiplication (entrée, réplication, transmission)
- Le virus de la mosaique du tabac et le stratégies d’expression des génomes viraux
- Les rhabdovirus
- SV40, papillomavirus, adénovirus, parvovirus
- Les bactériophages, généralités, défenses antivirales (Abi, CRISPR), phages MS2, T4, T7, ØX174
- Phage M13 et phage display
- Virus et nanotechnologie
- Les virus animaux à ADN : SV40, Adénovirus,
- Les Baculovirus : cycle, utilisation en biotechnologies, BacMam, Baculovirus display, vaccinologie
- Généralités sur la thérapie génique
- Utilisation de virus en thérapie génique
- Cycle des rétrovirus et vecteurs retroviraux
- Vecteurs adénoviraux et parvoviraux : virus oncolytiques à réplication sélective
Acquisition de principes fondamentaux de virologie régissant : les structures des particules virales et
des génomes, les stratégies d’expression des génomes viraux.
Compréhension des mécanismes nécessaires à la mise en place d’un cycle infectieux.
Compréhension des stratégies utilisées pour produire des vecteurs viraux destinés aux
biotechnologies, nanotechnologies et à la thérapie génique.
Pré-requis :
Connaissances de base de biologie (moléculaire, cellulaire) et génétique.
Notions de biologie moléculaire du gène
Notions d’immunologie
Examen de deux heures (documents autorisés) : Sujet de réflexion avec mise en application des
idées traitées en cours.
X
Fichier pdf de toutes les présentations et synopsis à la disposition des étudiants. Ouvrages de
synthèse disponibles à la bibliothèque. Invitation à des conférences de virologie données par des
chercheurs invités dans le cadre du master biologie des micro-organismes parcours virologie.
ESBS,
Sept. 2014
63
Références
bibliographiques
de revues de synthèse et articles de recherche majeurs.
Course : Microbiology
Enseignant: Prof. Dr. Attila Becskei
Durée: 2 weeks in September
Langue du cours : German / English
- Production of glycerine with yeast through metabolite capture; optical enzymatic determination of
glucose, ethanol and glycerine
- Principles in mathematical modeling of regulatory networks
- Epigenetic mechanisms in tropical infectious diseases (Plasmodium falciparum)
- Architecture of natural and synthetic cis regulatory responses.
- Kinetics of synthetic and natural the genetic regulatory networks, cellular memory
- Feedback regulations in the galactose network; adaptation and memory to metabolites
- RNA measurements
Objectives in terms of acquired skills :
The student will be able to write up, solve and analyze basic equations describing gene regulatory
mechanisms. Furthermore, students will be able to construct synthetic gene regulatory networks for
specific behaviors.
Molecular biology, biochemistry, cell biology and mathematics.
Test and evaluation of practical work.
Protocols and articles distributed during the course.
ESBS, Sept. 2014
64
Libellé de l'enseignement: Génie Génétique
Enseignants: Pr. Bruno Chatton
Durée: 24H CM- 12h TD
Langue du cours : Français/Anglais
Rappels sur la transcription et la traduction
Historique de la Biologie Moléculaires
Les enzymes de restriction et les enzymes de modification
Les vecteurs de clonage - Phages lambda et M13- Vecteurs plasmidiques procaryotes et eucaryotes
L’hybridation moléculaire
Les Banques d’expression-banques soustractives
PCR et qPCR
Les techniques de mutagénèse dirigées.
L’ARN interference
Les nouvelles techniques de séquençage
Le clonage par recombinaison
- Cet enseignement a pour objectif de présenter les différentes techniques de clonage, de
manipulation et d’analyse des séquences d’acides nucléiques. L'ensemble de ces sujets sera traité
d'une manière intégrée pour permettre aux étudiants de se familiariser avec de nombreuses
stratégies de clonage, et de mutagénèse dirigée
Examen terminal 2h et présentations de projets /Binome
Pré-requis :
- Enseignements bm1, bm2, bm3
- Fichier Power Point sur Moodle (Français et Anglais)
- Biochimie Générale JH Weil 11éme Edition Dunod Sciences
- Genes
(Eds.
Wiley)
ESBS,
Sept.
2014
65
Statistiques et
Planification experimentale (SE_PE)
Année et Semestre ESBS : 2A1S
Année et Semestre Master (si offert) : —
Enseignants : PAUL Nicodème
MCU Nominé Yves
Tél : 03.68.85.47.25
Durée : CM : 18 h ; TD : 10 h ; TP : 0 h ; TAE : 0 h Projet : 0 h
- acquérir des notions de bases en probabilités, statistiques descriptive et inférentielle
- comprendre les principes de bases de la constitution d’un plan expérimental, et savoir
comment analyser les résultats.
- visualisation et analyse de données (langage Python),
- Savoir distinguer les notions d’estimateur et d’estimation,
- Etre capable de mener à bien des tests paramétriques et non paramétriques,
- appréhender la difficulté à réaliser des expériences de haut débit.
Pré-requis :
Mathématiques de niveau lycée, notions d’incertitudes expérimentales et de pratique expérimentale.
Notions de calculs matriciels.
- 1 à 2 contrôle(s) en cours de séances : 30 min.
- Contrôle écrit terminal : 1 heure
Statistiques : dictionnaire encyclopédique – Yadolah Lodge
La statistique et ses applications – Michel Lejeune
Principe d’expérimentation : planification d’expériences et analyse des résultats – Pierre Dagnelie
Mise à jour :
Juillet 2013
ESBS, Sept. 2014
66
Mathématique et Informatique
pour la modélisation de systèmes biologiques (MI_3)
Année et Semestre ESBS : 2A3S
Année et Semestre Master (si offert ) : —
Enseignant : MCU Nominé Yves
Tél : 03.68.85.47.25
Durée: CM : 6 h ; TD : 6 h ; TP : 0 h ; TAE : 0 h Projet : 0 h
- matrices : définition et calculs matriciels élémentaires,
- valeurs propres et vecteurs propres,
- diagonalisation et puissance de matrices,
- matrice stochastique, chaîne de Markov, principe de superposition,
- exemples en génétique, propagation d’épidémie,
- connaissance de base de méthodes d’analyse numérique appliquées aux matrices,
- savoir utiliser l’outil informatique (Python) pour résoudre des systèmes linéaires.
- Savoir mettre en équation une problématique biologique,
- Maîtriser les outils mathématique et informatique de base pour la modélisation d’un système,
- Savoir analyser et interpréter des données biologiques à l’aide d’outils mathématiques et
- apprendre le langage des mathématiques et de l’informatique pour communiquer.
Pré-requis :
Mathématiques de niveau lycée
- Contrôle écrit terminal basé sur le contenu des cours et TDs
Mathématiques pour les Sciences de la Vie et de la Nature, JP. Betrandias, EDP Sciences
Exercices corrigés de math, Tome 1, Pascal Dupont, Ed. De Boeck Universite
Mise à jour :
Avril 2013
ESBS, Sept. 2014
67
Course : Structural Methods for Biology
Introduction to molecular modelling
Durée: 4H CM/8H TD
Learning objectives
Basics principles of molecular modelling
Potential energy function of biological macromolecules
Energy minimization and molecular dynamics simulations
3D modelling of macromolecular structures
Role of dynamics and motion in biological function.
Biotechnological applications of molecular modelling
Students should gain enough generabe knowledge in modelling to understand and critically analyze a
publication in the field, with relevance to biotech applications
They’ll acquire technical knowledge in performing basic modelling task
The goal is also to further integrate sequence-structure-function relationships of biomolecules.
Structural Biology (1A1S) and bioinformatics (1A1S) or equivalent. Basic maths and physics and
computer manipulation.
Written reports on the practicals and final exam analyzing a publication in the field of structural
biology/
- AR Leach, Molecular Modelling, Principles and Applications, Prentice Hall
ESBS, Sept. 2014
- Course handouts.
68
Libellé de l'enseignement: Méthodes Structurales pour la biologie Introduction à la cristallographie
Enseignant: Dr. Vincent Cura
Durée: 4H CM, 8H TD
I) Introduction
II) Le cristal: Maille, réseau, symétrie, groupe d’espace
III) Techniques de cristallisation
IV) Diffraction: Diffraction d'un réseau. Réseau réciproque. Loi de Bragg. Calcul de la densité
électronique.
V) Techniques de collecte des données
VI) Techniques de phasage, affinement et validation de la structure
- Connaissance et compréhension des étapes du processus débouchant sur la structure
cristallographique d'une macromolécule biologique.
- Notions de symétrie et de réseau cristallin.
- Notions de résolution et de critères de qualité d'une structure.
- Compréhension de la partie technique d' un article de structure.
Pré-requis :
- Structure des protéines
- Mathématiques
Un examen en fin de période
- Fichier pdf sur Moodle (Français et Anglais)
- Principles of Protein X-Ray Crystallography, Jan Drenth, Springer.
ESBS, Sept. 2014
69
Course : Structural Methods for Biology
NMR: a tool for Structural Biology
Enseignant : Pr. Bruno Kieffer Mail : [email protected]
Tél : 03.68.85.47.22
Durée: CM : 4 h ; TD : 8 h;
- Introduction : la place de la RMN en biologie structurale intégrative
- Informations structurales issues des spectres RMN
Modélisation sous contraintes RMN
- Avoir une lecture critique de résultats scientifiques basés sur la RMN
- Elaborer une stratégie expérimentale intégrant l'utilisation de la RMN
- Utiliser des contraintes de distances pour construire des modèles simples
Pré-requis :
Cours de spectroscopie ESBS 1A
- Compte-rendu de lecture d'article
- Déterminer la structure d'une protéine par RMN: un problème d'optimisation complexe L'actualité
Chimique Juin 2012 N 364-365
- BarrettESBS,
et al. Sept.
The quiet
2014 renaissance of protein nuclear magnetic resonance. Biochemistry (2013) vol.
70
52 (8) pp. 1303-20
Libellé de l'enseignement : Démarche Qualité
Enseignant : Jean MARTIN - Maître de conférences associé
Durée: 12h cours magistraux
Langue du cours : français
Module 1 : introduction à la Qualité
Module 2 : approche processus
Module 3 : les risques
Module 4 : le zéro défaut
Module 5 : les outils de la Qualité
Module 6 : la documentation
Module 7 : les référentiels Qualité
Module 8 : la gestion des équipes
- La formation dispensée a pour objet de fournir une première approche des concepts, méthodes
et outils relatifs au Système de Management de la Qualité.
Pré-requis :
-
Aucun pré-requis
- La bibliographie fera l’objet d’une présentation en cours
- Supports de cours en format Powerpoint déposés sur Moodle (Version française)
-
Travaux de recherche et de synthèse à réaliser par groupe (Coefficient 1/3)
Un examen d’une heure en fin de période (Coefficient 2/3)
ESBS, Sept. 2014
71
Libellé de l'enseignement: Droit du Travail
Enseignant: Sabine MARBACH
@ : [email protected]
Durée: 12H
- Introduction au Droit
o Normes internationales
o Normes françaises
o Hiérarchie des normes
- Introduction au Droit du Travail
o Normes spécifiques
o Hiérarchie des normes : ordre public social/absolu
o Focus : Convention collective de la chimie et règlement intérieur
- Principales notions en :
o Durée du travail
o Contrat à durée déterminée/indéterminée
o Salaire
o Temps complet/Temps partiel
o Congés payés
- Prendre contact avec une matière nouvelle sans lien avec le domaine d’étude
- Comprendre les principes du droit
- Connaître les principales notions de droit du travail
- Reconnaître les « alarmes » qui nécessitent un questionnement approfondi
- Savoir résoudre un cas pratique
- Savoir se poser les bonnes questions en qualité de salarié ou d’employeur
Pré-requis : Aucun
Un examen d’une heure en fin de période
-
Code du Travail
Navis Social – Francis Lefebvre
Le Monde / presse spécialisée
ESBS, Sept. 2014
72
Libellé de l'enseignement:Cours de Biotechnologie Cellulaire
Ph
oto
Enseignant
Enseignant: MCU Dr François Deryckère Mail:[email protected]
Durée: 8H CM.
Milieux et techniques de culture cellulaire
Techniques de transfection de plasmides et vecteurs viraux
La mort cellulaire programmée (apoptose)
Analyse des cellules par fluorocytométrie
Ce cours constitue une introduction aux travaux pratiques de biologie cellulaire et immunologie. Il
permet de mieux appréhender l’intérêt et les problématiques abordés lors de ces travaux pratiques
Pré-requis :
Connaissance des cours de biologie cellulaire (1ère année)
Il n’y a pas de contrôle de connaissances spécifiques à ce cours
Présentations mises à dispositions des étudiants sur support papier et informatique (pdf) sur la
plateforme Moodle
ESBS, Sept. 2014
73
Libellé de l'enseignement: TP de Biologie Cellulaire et Immunologie
seignement
Enseignants: MCU Dr François Deryckère Mail:[email protected]
MCU Dr Dernis Dujardin Mail :[email protected]
Durée: 80H TP. 2H CM
Acquisition, dans le cadre de travaux pratiques en Biologie Cellulaire et de cours préparatifs
associés, des connaissances nécessaires pour :
-
Culture de lignées continues : morphologie, viabilité, croissance, entretien, conservation.
Expression transitoire de protéine recombinante après transfection, notion de transformation.
Préparation d'extraits et caractérisation immunochimique : cytométrie de flux, test ELISA,
immunoblot. Utilisation d'anticorps monoclonaux et polyclonaux.
Prélèvement d’organes lymphoïdes de souris. Stimulation in vitro des lymphocytes : culture,
mesure de la prolifération lymphocytaire par essai colorimétrique.
Test de cicatrisation in vitro, analyse de la migration cellulaire et de ses conséquences sur
l’organisation du cytosquelette. Marquage en immunofluorescence. Analyse de la polarisation
cellulaire et introduction aux voies de signalisation et petites protéines G impliquées dans la
migration.
- Acquisition des bonnes pratiques de travail avec sur cellules vivantes
- Comprendre et maitriser les techniques développées au cours du TP
- Etre capable d’interpréter des résultats expérimentaux
- Savoir rendre compte des résultats
- Avoir une analyse critique des résultats et pouvoir proposer des évolutions expérimentales
Pré-requis :
Connaissance des cours de biologie cellulaire (1ère année) et d’immunologie (2ème année)
Compte rendu de TP
Polycopié
Différentes revues et articles extraites de PubMed
ESBS, Sept. 2014
74
Libellé de l'enseignement: Analyse et Purification des protéines
Enseignant: Dr. Georges Orfanoudakis
Durée: 6H CM
L'objectif de cet enseignement est de dispenser les bases théoriques et les outils expérimentaux de
l'analyse et de la purification des échantillons protéiques
Analyse des protéines:
-Rappels sur :
Electrophorèse
Isofocalisation
- Filtration-concentration
- Chromatographie liquide des protéines
Notions de base sur les supports, principes de base et leur impact sur la conception des
résineset leur composition. Chromatographie d'échange d'ions, Gel filtration, affinité,
interaction hydrophobe, chélation. Notions de la relation entre résolution et nature du support.
- Purification des protéines recombinantes-systèmes d'expression adaptés
- Stratégies de purification
Acquisition des bases scientifiques et des outils intellectuels et conceptuels de l’analyse et de la
purification des protéines naturelles et recombinantes.
Pré-requis :
- Les étudiants devront avoir acquis les connaissances de base décrites aux UE de biochimie des
protéines (S2), enzymologie (S1 et S2), thermodynamique (S1), chimie (S1, S2) du diplôme Ingénieur
de l'ESBS ou autre cursus après validation par la commission pédagogique de l'ESBS.
Contrôle
des connaissances
Bibliographie,
support du cours :
Pas de contrôle
ESBS, Sept. 2014
- Fichiers pdf dans site web ESBS (Anglais)
- fichier ppt
75
Libellé de l'enseignement TP/TD Purification de Protéines
I
Enseignants: Drs. Orfanoudakis Georges ,
Stéphan Aline
Durée: CM (4H)
TP (70H)
TD (10H)
mage Enseignement
Langue du cours : français
- Dispenser les connaissances indispensables aux techniques avancées d’identification, de
séparation ou de purification de protéines, telles que l’analyse physicochimique, les
chromatographies en phase liquide, la gel filtration ou la concentration d’échantillons protéiques.
- Adapter et exploiter une diversité technologique à une problématique unique
- Etablir et développer une stratégie, grande échelle, d’analyse et de purification de protéines.
-Utiliser des connaissances en Biochimie, Biophysique, Biologie Moléculaire et Cellulaire, Chimie
organique,
- L'accent est porté sur la connaissance des outils et l'exploitation des méthodes.
- Mettre en place et évaluer expérimentalement un plan stratégique de purification de protéines.
- Développer la capacité à utiliser les outils de séparation dans le domaine de l'ingénierie protéique.
- Développer des compétences méthodologiques de niveau professionnel dans la définition des choix
stratégiques d’un programme de Recherche et Développement.
Pré-requis :
Avoir le niveau licence dans les disciplines de biologie ou de chimie, se rapportant de préférence à la
biologie cellulaire, la physico-chimie, la biochimie.
Contrôle continu portant sur la participation active, la réalisation, le rendu du projet et une
présentation orale
- Fascicule de matériel et méthodes
- Protein Purification: Principles, High Resolution Methods, vol 54, edited by J.-C. Janson
- Gel Filtration: Principles and Methods, GE healthcare
- Hydrophobic Interaction and Reversed Phase Chromatography, GE healthcare
ESBS, Sept. 2014
76
Libellé de l'enseignement:
Année et Semestre ESBS : 2A S3 et 4
ALLEMAND
Enseignants :Dr. Susanne Marten, Dr.Andreas Hacker, Dr. Ulf Heyden
Pré-requis :
Développer la capacité des étudiants à s’exprimer en allemand à l’oral et à l'écrit : parler en
continu et interagir de manière adéquate dans diverses situations communicatives / dans un rôle
donné ou choisi, produire des textes.
PROGRAMME
Travail et suivi individualisé en Centre de Ressources de Langues, sur projet personnel et en
groupe, selon le niveau de départ de l'étudiant.
Débutants
Enseignement spécifique pour débutants au début de la 1ère année, puis intégration progressive au
groupe et initiation au travail dans le Centre de Ressources de Langues
Perfectionnement
Initiation au travail dans un Centre de Ressources (autonomie, stratégies d’apprentissage,
méthodes)
APPLICATIONS: CERTIFICATION CLES 1 ou CLES 2 en allemand
- S'exprimer en allemand à l’oral et à l'écrit : parler en continu et interagir de manière adéquate
- Comprendre des documents écrits et sonores en allemand, comprendre ses interlocuteurs.
-ses objectifs et travailler en autonomie, seul et en équipe.
- Reconnaître différentes manières de communiquer (compétences interculturelles).
MISE A JOUR juin 2012
ESBS, Sept. 2014
77
Année et Semestre ESBS : 2A S3 et S4
ANGLAIS
Enseignants :Dr.David Bousquet, David Adamson (MS), Frank McKenna (MS), Dr. Rama Piotto
Pré-requis:
Développer la capacité des étudiants à s’exprimer à l’oral, enrichir leur vocabulaire dans les domaines
scientifiques, les préparer à présenter un exposé scientifique. Renforcer leur compréhension orale de
l’anglais
PROGRAMME
- travail sur documents vidéo et DVD et document en ligne
- travail sur articles scientifiques
- compréhension d’écoute
-compréhension de l’écrit
- rédaction des résumés et des rapports.
- débats
- jeux de rôles
- présentations scientifiques
-communications par e-mail, forums et téléphone par vidéo
-travail sur des projets
- révisions grammaticales cas par cas
APPLICATIONS: laboratoire de langue (CRL)
S’exprimer en anglais à l’oral et à l’écrit, renforcement des bases grammaticales et lexicales.
ème
année.
Compréhension des documents oraux en vue du passage du TOEIC en 2
MISE A JOUR juin 2012
ESBS, Sept. 2014
78
ESBS 2A S3 et S4: Enseignement du Français Enseignante : Mme Geneviève Gyss OBJECTIFS DE L’ENSEIGNEMENT 
Développer la capacité des étudiants à s’exprimer en Français à l’oral et à l’écrit ; acquérir les connaissances nécessaires à la compréhension et à l’utilisation de la langue dans diverses situations : communiquer, comprendre et produire des textes. 
Etre capable de comprendre des documents, des productions écrits et sonores en Français à partir de supports différents; comprendre ses interlocuteurs : collègues, amis, enseignants. 
Se former au travail au Centre de Ressources de Langue. Apprendre à travailler en autonomie, seul et en groupe. Utiliser diverses stratégies d’apprentissage. Travailler en lien avec d’autres étudiants, français notamment. 
Préparation spécifique à l’obtention de la certification en langues, niveau B1 à C1 suivant les objectifs de chaque étudiant PROGRAMME 
Travail et suivi individualisé et en groupe au CRL. Proposition de tâches : élaboration de dossiers, exposés en fonction de l’intérêt et du niveau de langue de l’étudiant. 

Sorties découvertes, culturelles permettant l’appropriation d’un nouveau cadre de vie. 
Evaluation semestrielle des acquis et bilan des stratégies d’apprentissage pour préparer la 2ème année. Elaboration d’un journal de bord permettant à chaque étudiant de mesurer progrès et difficultés ; ce journal est une occasion d’échanger et de faire le point avec l’enseignant. COMPETENCES ACQUISES 
S’exprimer en Français à l’oral et à l’écrit : produire un discours oral fluide, adapté à différentes situations; être capable de produire un texte écrit répondant à des critères précis. 
Utiliser la langue française dans des contextes de communication, d’interaction, en adaptant les manières de communiquer aux situations diverses. ESBS, Sept. 2014
79
Libellé de l'enseignement: Métabolisme et Biotechnologie
Année et Semestre : 2A S4
Enseignant: Dr. Georges Orfanoudakis
Durée: 26H CM
L’objectif de ce cours et la compréhension des voies métaboliques, leur rôle dans la signalisation
cellulaire et le développement d’outils par l’ingénierie Métabolique.
Ils sont traités les différentes voies métaboliques (Glycolyse, Néoglucogenèse, Cycle des acides
tricarboxyliques, Phosphorylation oxydative et Acides gras), les interconnections et leur régulation.
Le volet Biotechnologie du cours apporte le complément nécessaire à la formation au mode de
raisonnement dans un environnement pluridisciplinaire. Basé sur les connaissances déjà acquises,
et sur les aspects technologiques innovants, cet enseignement a comme objectif de fournir les outils
nécessaires à la conduite d'un projet dans le domaine de la santé
L’UE comprend des cours théoriques, et des projets servant de support à l'approche de pédagogie
active illustrant et complétant les différents chapitres.
Acquisition des bases scientifiques et des outils intellectuels et conceptuels
Permettre à chacun d’atteindre la capacité de traiter un projet dans le domaine des biotechnologies,
de l’idée originelle à sa concrétisation.
Pré-requis :
- Les étudiants devront avoir acquis les connaissances de base décrites en S1, S2, et S3 du diplôme
Ingénieur de l'ESBS ou d'autre cursus (M1 ou inénieur) après validation par la commission
pédagogique de l'ESBS.
Contrôle continu sous forme de projet 25% et examen final 75% (2h)
- Biochemistry – Berg, Tymoczko, Streyer
ESBS, Sept. 2014
- Biochemistry – Lehninger
- fichier ppt
80
Libellé de l'enseignement: Génie des procédés
Enseignant: Christian MAILHE
Durée du cours: 12 H
Durée des TD : 12 H
Langue: Français
Mail :
[email protected]
Contenu du cours :
Phénomènes de transport:
 Mécanique des fluides, agitation, transfert de chaleur, transfert de matière.
Opérations unitaires des bioprocédés :
 Bioréacteurs, centrifugation, homogénéisation, chromatographie liquide, filtration tangentielle,
extraction liquide-liquide, bilan matières, bilans thermiques.
Contenus des TD :
Des exercices associés à chacun des chapitres du cours permettent une mise en application des
concepts exposés durant ce cours.
Comprendre les mécanismes physiques, physico-chimiques et biologiques mis en œuvre dans les
procédés industriels biotechnologiques notamment pharmaceutiques.
Acquérir des notions de dimensionnement et de scale-up des équipements mettant en œuvre ces
procédés à l’échelle industrielle.
Pré-requis :
Calcul différentiel et intégral, mécanique, thermodynamique physique, thermodynamique chimique,
microbiologie.
Examen écrit à l’issu du second semestre.
Cours, sujets et corrigés des TDs disponibles au format pdf.
ESBS, Sept. 2014
81
Libellé de l'enseignement: Bases de Neurobiologie
Image Enseignement
Enseignants: Pr, Claire Gavériaux-Ruff et intervenants
Durée: CM 24h TD 2h Langue du cours : Français
Bases moléculaires et cellulaires de la neurotransmission, récepteurs
Anatomie fonctionnelle du système nerveux
Bases de pharmacologie: ligands, agoniste, antagoniste
Neurobiologie de la mémoire
Vieillissement cérébral et maladie d’Alzheimer
Perception et contrôle de la douleur
Neurobiologie et Biotechnologies
Découverte de nouveaux médicaments : intervention d’industriels
TD : préparation à l’examen
Maîtriser les bases de la neurobiologie pour pouvoir comprendre le contexte scientifique
d’études ou de publications en neurobiologie ou dans le domaine biomédical, notamment en
recherche préclinique
Pré-requis :
Bonnes connaissances de Biologie Moléculaire et Cellulaire
Un examen final de 2 heures
Polycopiés
Livre: Neurosciences, à la découverte du cerveau MF Bear, BW Connors & MA Paradiso, éd. Pradel
Journal: Trends in Neurosciences
Journal: Nature Review in Neuroscience
ESBS, Sept. 2014
82
Libellé de l'enseignement: Cell Biology. Année et semestre ESBS: 2A4S
Enseignants: Pr Jan De Mey & Dr. Denis Dujardin
Mail : [email protected] & [email protected]
Durée : CM 22 h + 10 h communément avec « Communication » Langue du cours : English
In groups of 6 students:
• Acquire detailed knowledge on a cellular process by analyzing review and research
papers, Lab and Company web sites and patent offices.
• Identify and analyze a Biotech Company which turns such knowledge into applications
in the field of innovative therapies (cancer, Alzheimer, stem cells in regenerative
medicine.
• Constitute a 50 minutes lecture for the other students.
• Examples of approaches that will be encountered and analyzed:
o Cell and transgenic animal models
o Genetic engineering
o Cell imaging technologies (link with lectures and demos by Denis Dujardin)
o Drug characterization using cellular assays
o High throughput screening: pharmacological, molecular and cellular
o High content screening: cellular
• Use reviews, research articles, patents and other sources at increasingly professional level
• Perfect fluency with and practice scientific English
• Practice resource management and analysis at a professional level: Pubmed, Google Scholar,
Endnote/Zotero, mind mapping.
• Develop professional communication and reporting skills by team work in bi-lingual groups
• Progressively apprehend and master the challenges provided by complexity and
interdisciplinarity
Pré-requis :
• The knowledge acquired in cell, molecular and structural biology, biochemistry and
bioinformatics
• English as perfected through practicing it at the ESBS and during internships abroad
• 1 oral presentation in group at the end of the project (33%)
• Personal work (33%)
• Level reached by the group (33%)
• Review articles
• Research
ESBS,
Sept. 2014articles
• Resources found by personal work
83
Libellé de l'enseignement: Microscopie Cellulaire
Enseignant: Dr. Denis Dujardin
Durée: 6H CM
Principes, utilités, limites, et applicabilités des principaux types de microscopie photonique :
Principes de bases en microscopie. Contraste de phase. Fond noir. Contraste Interférentiel
(DIC). Epifluorescence. Sondes fluorescentes. Imagerie et Quantification. Imagerie sur
cellules vivantes. Microscopies Confocales, TIRF, FRET, FRAP, FLIM, Microcopie
tridimensionnelle rapide, Super-Résolution, Microscopie FALI.
- Comprendre les principes et savoir quel type de microscopie appliquer pour répondre à une
question de biologie cellulaire fondamentale, ou mettre au point un test fonctionnel.
Pré-requis :
Cours de Biologie Cellulaire (1A1S) ou équivalent.
Evaluation des exposés en fin du cours de Biologie Cellulaire (2A2S)
- Polycopié regroupant les schémas et tableaux du cours
- Différentes revues et articles extraits de PubMed
ESBS, Sept. 2014
84
Libellé de l'enseignement: SHD Stratégies d’Analyses à Haut Débit
Enseignant: Pr. Claire Gavériaux-Ruff et intervenants
Durée: CM 30h Langue du cours : Français
Méthodes d’analyse à haut-débit pour le séquençage de l’ADN
Méthodes d’analyse à haut-débit en transcriptomique, puces à ADN et RNA-Seq
Puces à ADN, analyse des données d’expression : normalisation, tests, outils disponibles.
Stratégie de recherche de gènes cible pour le traitement des pathologies
Méthodes d’analyse en protéomique, approches expérimentales : techniques d’ionisation,
ESI/MALDI, bases de spectrométrie de masse, Protéomique globale, exemples
d’applications pour les biomarqueurs, la métaprotéique, traitement des données
protéomiques,
Pharmacogénomique
Modèles génétiques animaux : stratégies à haut-débit
Maîtriser les différentes stratégies et techniques des analyses à haut débit comprenant
l’analyse de l’ADN, ARN et protéines
Comprendre un article scientifique en biologie contenant des approches à haut débit
Pré-requis :
Bonnes connaissances de Biologie Moléculaire et Cellulaire
Polycopiés
Nature Review in Molecular Cell Biology, Nature Review in Drug Discovery, Nature Review in
Genetics, Trends in Biotechnology, Trends in Pharmacological Science
Transcriptomics, V. Gomase, VDM Verlag, 2009
Proteome analysis: interpreting the genome, D. W. Speicher, Elsevier, 2004
Bioinformatics and functional genomics, J. Pevsner, John Wiley and Sons, 2009
ESBS, Sept. 2014
85
Libellé de l'enseignement: Structure et Analyse des Génomes et Epigénomes
Enseignants: Dr Odile Lecompte et Pr Bruno Chatton
Durée: CM 18h, TD 10h
- Rappel sur les techniques de séquençage et d’assemblage
- Les projets génomes et métagénomes
- Architecture des génomes procaryotes, eucaryotes et organelles
- Annotation des génomes :
• Localisation des éléments génétiques
• Nombre de gènes, taille du génome et complexité, diversité des transcrits
• Annotation fonctionnelle (Méthodes / Erreurs / Bilan)
• Intégration : de la liste de gènes aux réseaux biologiques
- Régulation épigénétique de l'expression des génomes eucaryotes : code histone, variants
d'histones, complexes de remodelage, rôle de la méthylation de l'ADN...
- Méthodes d’étude de l’épigénome (ChIP-on-chip, ChIP-seq...)
- Ressources internet pour l’exploration du génome et de l’épigénome, projet ENCODE
- Connaissance des principaux serveurs dédiés à l’exploration des génomes et épigénomes
- Maîtrise des programmes et méthodes couramment utilisés dans l’annotation des génomes
- Capacité d’analyser des données épigénomiques
- Initiation à l'écriture de scripts permettant les traitements de données massifs
- Gestion d’un petit projet d‘analyse de données génomiques ou épigénomiques in silico
Pré-requis :
Connaissance de base en analyse de séquences et en informatique
Examen écrit (1h, coeff 1), Rapport mini-projet (coeff 1), Examen Ecrit (coeff 1)
- Supports de cours au format pdf sur la plateforme moodle de l’ENT
- Epigenomics. A. C. Ferguson-Smith, J.M. Greally, R.A. Martienssen. Springer 2009
- Principles of genome analysis and genomics - S.B. Primrose, R.M. Twyman. (Wiley-Blackwell)
- Bioinformatics: sequence and genome analysis. D.W. Mount. Cold Spring Harbor Lab. Press)
ESBS, Sept. 2014
86
Bioéthique
Durée: 9 H TD
A partir de sujets d’actualités, de documents législatifs encadrant les biotechnologies, des
documents de charte d’éthique de l’ingénieur et de sujets proposés par les étudiants, le cours
développera une réflexion sur l’éthique professionnelle, et l’impact des biotechnologies sur la société.
L’objectif de cette série d’interventions est d’amener les étudiants à développer une réflexion
responsable sur les enjeux de société liés à leur pratique professionnelle.
None
Projet personnel sur une question de bioéthique
ESBS, Sept. 2014
87
Course : Synthetic Biology and Cell Technology
Enseignant: Prof. Dr. Wilfried WEBER
Durée: 2 weeks block module in Freiburg
Langue du cours : Anglais
Learning objectives
The module will give a comprehensive overview of synthetic biology and mammalian cell technology
covering the following areas:
-‐ Handling, cultivating and propagating animal and human cell lines
-‐ DNA transfer using non-viral and viral vectors in the lab and in gene therapy
-‐ (Inducible) gene expression systems
-‐ Reporter genes and analytical (immunological) methods
-‐ Design and implémentation of synthetic biological networks
-‐ Scale-up: from bench to bioreactor
-‐ Antibodies: from bench to bedside
-‐ Problem-oriented learning : From Bench to Business
To understand and apply the concepts of synthetic biology and to acquire comprehensive knowledge
and practical experience along the mammalian cell technology value creation chain
Fundamentals of molecular biology and Cell Biology
Genetic engineering
Electronics, basic maths and python programming,
Evaluation des exposés en fin du cours
- Literature and protocols are distributed in the module.
- The book « Der Weg in die Unternehmensberatung » (the way to business consultancy) will be
distribute
ESBS, Sept. 2014
88
Libellé de l'enseignement: Bio-production
Enseignant: Christian MAILHE
Mail :
Durée: 20H H CI 90H TP
[email protected]
Langue: Français/Anglais
Contenu et déroulement des Travaux Dirigés :
.
Les étudiants de l’option Bio-production doivent réaliser la conception d’une unité de production
industrielle de protéines à usage thérapeutique (Fermentation, isolation, etc.) ; Pour cette activité, les
étudiants sont répartis en groupes; chaque groupe est responsable de la conception d’une partie de
l’installation.
Les documents que les différents groupes doivent élaborer correspondent à un Avant-Projet
sommaire (schémas de procédé, bilans matière, planning de production, cahiers des charges,
dimensionnement des équipements (volume des cuves, puissance d’agitateur, débit des pompes,
diamètre des colonnes de chromatographie, calcul de pertes de charge…)
Certains documents doivent être élaborés en commun par les différents groupes
Des intervenants extérieurs (fournisseurs, Société d’Engineering) sont associés au projet et
répondent à des consultations donnant plus de réalisme à cette mise en situation.
Objectifs en termes de compétences : au travers de l’exécution d’un avant-projet
d’installation industrielle de biotechnologie acquérir des compétences dans les domaines suivants :
Calculs simples de Génie des procédés
Utilisation de Microsoft Project (logiciel de planification de projet)
Utilisation de Microsoft Visio pour la création de schémas de procédé
Utilisation du logiciel Flowcalc pour le calcul de pertes de charge
Compréhension du déroulement d’un projet industriel dans le domaine des biotechnologies
Pré-requis :
- Connaissance des opérations unitaires de Génie des Procédés (Fermentation, centrifugation,
chromatographie liquide, ultrafiltration, échangeur de chaleur…
- Connaissance des phénomènes de transport (mécanique des fluides, transfert de chaleur, transfert
de matières.
Restitution : Remise d’un rapport d’Avant-Projet Sommaire
- Dossier de design (transfert de technologie de la Direction R&D vers l’équipe d’Engineering et
process en charge du design)
- Exposés par l’intervenant (utilisation des logiciels, procédés de stérilisation, de centrifugation…)
- Ouvrages généraux de Génie des Procédés
- Recherches Internet
ESBS, Sept. 2014
89
Libellé de l'enseignement : Biologie in silico
i
Enseignant:
gnant Dr. Odile Lecompte
Durée: CI 21h, Projet 90h
- Rappels sur la construction d’alignement multiple
- Rappels de modélisation moléculaire
- Programmation en langage Python
- Relations séquence/Structure/Fonction/Evolution
- Programmation de base en Python
- Gestion d’un petit projet de manière autonome faisant appel à des approches pluridisciplinaires
- Maitrise de l’analyse de séquences, de la modélisation moléculaire, de la construction de structures
3D
- Elaboration d’un document synthétique (définition du contexte scientifique, des objectifs, des
méthodes utilisées, analyse critique des résultats, perspectives)
Pré-requis :
Cours de Bioinformatique (1A S1)
Cours de Modélisation (2A S3)
Cours de Structure et Analyse des Génomes et Epigénomes(2AS4)
Rapport écrit sur le mini-projet
ESBS, Sept. 2014
90
Course : Plant Molecular Biology Practical
DECKER, Eva
KASSEMEYER, Hanns-Heinz
KRETSCH, Thomas
LANG, Daniel
LAUX, Thomas
LEUBNER, Gerhard
NEUHAUS, Gunther
RESKI, Ralf
RODRIGUEZ, Marta
Enseignant: GROOT, Edwin
Durée: 6H CM
Langue du cours : Allemands et/ou Anglais
Learning objectives (content of the course
Plant hormones and mobilization of starch reserves in germinating grain
Plant cell culture and plantlet regeneration
Genetic engineering of seed content
Induced resistance in wine grape and resveratrol production
Transcriptomics and proteomics of stress responses in moss
Transient expression of recombinant proteins in plant protoplasts
In vivo calcium measurements
Microinjection of plant cells
Genetics of photoreceptors in plants
Transformation of plants by particle bombardment and Agrobacterium infection
Genetics of stem cell formation and maintenance in plants
Epigenetic imprinting and reciprocal crosses
Gene regulation by micro-RNAs
Mapping a point mutation in Arabidopsis thaliana
Objectives in terms of acquired skills : (ie roughly what the student should be able to understand
And apply in practical situations at the end of the course)
- To familiarize the student with genetics, physiology, genetic engineering and cell biology of plants.
- To foster scientific communication through seminars, critical review of literature and writing reports
of experiments conducted during the course.
Cours de Plant Physiology (1A2S) ou équivalent.
Cours de Plant Molecular Biology (2A1S) ou équivalent.
Presentation of a seminar on a topic from the course content. Written report of the experiments.
- Lab manual of 220 pages.
- Scientific review and research articles.
- Lecture, tutorial and discussion periods.
ESBS, Sept. 2014
91
Libellé de l'enseignement : Toxicologie
Enseignant: Pr Françoise PONS
Durée: CM (18 h)
- Introduction à la toxicologie des xénobiotiques : définitions de la toxicologie, du toxique, du danger
et du risque; notions de toxicocinétique et métabolisme, effets des toxiques et manifestations
cliniques, exemples de toxiques dans les différents domaines de la toxicologie
- Notions de toxicologie du médicament et des produits issus des biotechnologies ; place de la
toxicologie dans la découverte des médicaments
- Mécanismes d'action des toxiques : toxicocinétique et toxicodynamie
- Méthodes d'évaluation de la toxicité : méthodes prédictives (méthodes in vitro et in silico ; criblage
toxicologique) ; méthodes règlementaires (méthodes du dossier d'AMM)
- Acquérir les bases en toxicologie et des notions générales en toxicologie du médicament
- Connaitre les différents mécanismes d'action cellulaires et moléculaires des toxiques et les
méthodes permettant de mettre en évidence ces mécanismes, afin de prédire la toxicité.
- Connaitre les méthodes réglementaires permettant d'évaluer la toxicité des médicaments
Pré-requis :
Connaissances de base en physiologie et en biologie cellulaire et moléculaire
Contrôle écrit terminal
- Toxicologie. A. Viala et A. Botta, Lavoisier, 2005.
- Mechanistic toxicology. U.A. Boelsterli, Taylor and Francis, 2003.
- Toxicological testing handbook. D. Jacobson-Kram et K.A. Keller, Informa healthcare, 2006.
- Toxicologie cellulaire in vitro. M. Adolphe, A Guillouzo et F. Marano, Les éditions INSERM, 1995.
ESBS, Sept. 2014
92
Libellé de l'enseignement: AHD Applications des approches à Haut Débit
Enseignant: Pr. Claire Gavériaux-Ruff et intervenants
Durée: CM 30h Langue du cours : Français
Nouvelles techniques de séquençage: avantages et défis
Identification de gènes ou modifications génétiques impliqués dans les pathologies
Applications de la protéomique
Approches de spectrométrie de masse quantitatives (quantification globale/ciblée)
Outils bioinformatiques pour le traitement haut débit des données de protéomique
Caractérisation de complexes, MS supramoléculaire, échanges hydrogène/deutérium,
mobilité ionique
Caractérisation des protéines, modifications post-traductionnelles
Identification de protéines impliquées dans les pathologies
Interactomes, synaptosome
Criblages et Sélections moléculaires
Criblages cellulaires à haut-débit
Stratégies de criblages pharmacologiques
Maîtriser les différentes stratégies et techniques des analyses à haut débit comprenant
l’analyse de l’ADN, ARN et protéines
Comprendre un article scientifique en biologie contenant des approches à haut débit
Pré-requis :
Connaissances solides de biologie moléculaire et cellulaire, bases d’informatique et de
statistiques
Avoir validé l'UE M1S2 Stratégies d’Analyses à Haut Débit
Polycopiés
Nature Review in Molecular Cell Biology, Nature Review in Drug Discovery, Nature Review in
Genetics, Trends in Biotechnology, Trends in Pharmacological Science
Transcriptomics, V. Gomase, VDM Verlag, 2009
Proteome analysis: interpreting the genome, D. W. Speicher, Elsevier, 2004
Bioinformatics and functional genomics, J. Pevsner, John Wiley and Sons, 2009
ESBS, Sept. 2014
93
Course: Current topics in Synthetic Biology
Enseignant: Morgan Madec
& Annick Dejaegere
Durée: 8H CM/16H TD
Objectif en termes connaissances
Le cours donne une introduction sous forme de séminaires scientifiques à des sujets
d’actualités en biologie de synthèse.
Parmi les sujets abordés, les étudiants auront une introduction aux techniques et
méthodes utilisées dans la conception de systèmes multi-physiques complexes et les
applications potentielles de ces méthodologies à la biologie synthétique (Morgan
Madec)
Objectifs en termes de compétences
Comprendre les enjeux contemporains en biologie de synthèse et leurs applications
en biotechnologie
Comprendre les méthodologies de conceptions utilisées dans les domaines des
sciences pour l’ingénieur afin de mieux aborder la biologie synthétique qui, par
nature, est à l’interface entre ce domaine et les biotechnologies.
Pré-requis:
Pour ma partie : quelques bases d’électronique et en informatique
QCM (à discuter)
Support de cours :
Présentation power-point + publication de notre équipe de recherche sur le sujet.
ESBS, Sept. 2014
94
Course
Traitement de l'information et flux de données
Enseignant : Pr. Bruno Kieffer Mail : [email protected]
Tél : 03.68.85.47.22
Durée: CM : 10 h ; TD : 8 h;
Cet enseignement d'ouverture est destiné à sensibiliser l'étudiant aux problèmes liés au traitement
automatique de très grandes quantités de données dans différents domaines d'activité humaine
(économie, communication, biologie...). L'objectif est de montrer que la mise en place d'une
stratégie expérimentale à haut débit est étroitement liée à l'utilisation d'outils informatiques
adaptés. L'enseignement repose essentiellement sur des études de cas, réalisés à la suite de
présentations de différents acteurs et professionnels confrontés à la problématique du "big Data".
- Evaluer des besoins matériels et logiciels dans le cadre d'un projet
- Trouver les compétences dans le domaine du traitement informatique des données
- Rédiger un cahier des charges pour une entreprise de service informatique
- Suivre l'évolution de ce secteur d'activité
Pré-requis :
Cours de d'informatique ESBS 1A + Génomes et protéomes
- Rapport de travaux dirigés
- copies des transparents des différents intervenants.
ESBS, Sept. 2014
95
Libellé de l'enseignement: Génie Humaine et Moléculaire
Enseignants: Pr. Bruno Chatton et intervenants extérieurs
Durée: 24H CM
Langue du cours : Français/Anglais
Pédigrés
Transmission mendélienne- Facteurs affectant la distribution des gènes- Caractères non-mendéliens
Instabilité du DNA
Mutations et polymorphisme- Echange entre séquences répétitives- Mutations pathogéniques
Introduction aux marqueurs génétiques
Cartographie génétique
Identification des gènes responsables de maladies
Maladies multi-factorielles- Tests génétiques
Modèles animaux de pathologies humaines
Exemples de pathologies moléculaires
Thérapie génique et Thérapie anticancéreuse
Empreintes génétiques, anthropologie moléculaire
Embryologie moléculaire
Diagnostic pré-implantatoire, clonage d'embryons, Cellules souches, bio-éthique,
- Les étudiants doivent acquérir une vision globale et raisonnée des apports de la génétique
moléculaire à la compréhension de la pathologie de patients atteints de maladies génétiques tant
héréditaires qu'acquises (cancers). Dans chaque cas, les concepts de base seront rappelés et
illustrés par des orateurs spécialisés invités
Examen terminal 2h
Pré-requis :
- Enseignements bm1, bm2, bm3, génie génétique
- Biochimie Générale JH Weil 11éme Edition Dunod Sciences
- Genes (Eds. Wiley)
ESBS, Sept. 2014
96
Imagerie macromoléculaire de la vision atomique à la
vision cellulaire
Enseignant: Dr. Patrick Schultz
Durée: 16H CM, 6H TP
–
–
–
–
–
–
–
–
–
Eléments de base de la microscopie photonique
Utilisation de la fluorescence et des marquages en microscopie photonique
Principe du FRAP et du FLIM
Vidéo microscopie, microscopie confocale, microscopie de fluoresence par reflexion totale
interne (TIRF)
Imagerie du petit animal
Microscopie photonique à super résolution
Microscopie électronique cellulaire
Microscopie électronique moléculaire
Intégration des données structurales
– Compréhension des systèmes d’imagerie biologiques
– Appréhension des différents niveaux d’organisation structurale
– Acquisition d’une réflexion transversale et pluridisciplinaire
Pré-requis :
- Connaissances de base en Biologie
Un examen d’une heure en fin de période
Deux analyses commentées d’articles de recherche en fin de période
ESBS, Sept. 2014
97
Libellé de l'enseignement :
Génomique comparative et intégrative
Année et Semestre ESBS : 3A S5 - Année et Semestre Master: M2 S3
i
Enseignant:
gnant Dr Odile Lecompte
Durée: CM 16h, TD 12h, TP 6h
Evolution des génomes procaryotes et eucaryotes : mécanismes et tendances évolutives
Génomique comparative appliquée : recherche et utilisation de la synténie ; prédiction des liens
d'orthologie, d’inparalogie et d’outparalogie, profils phylogénétiques, comparaison des répertoires de
gènes, recherche de cibles par analyse soustractive
Génomique personnelle : polymorphisme, types de données individuelles disponibles, corrélations
phénotypes/génotypes, banques et outils
Intégration de données massives et hétérogènes (séquence, contexte génomique, expression,
phylogénomique...) pour l’étude de systèmes biologiques – Exemples d’application
Maitrise des ressources utilisées en génomique comparative et intégrative (NCBI, UCSC, Ensembl,
Inparanoid, orthoMCL, dbVAR, dbSNP, STRING, DAVID, PhenoGO, OMIM, Genecards, SM2PH...) ;
Capacité à manipuler et analyser une liste de gènes en exploitant des données génomiques,
fonctionnelles et évolutives ; Utilisation critique de données de haut débit ; Mise en œuvre de
connaissances pluridisciplinaires
Pré-requis :
- Connaissances des outils de base utilisés en Bioinformatique
- Connaissance du cours Structure et Analyse des Génomes et Epigénomes (2A S4)
Compte-rendu de TD (coeff 1), analyse d’article (coeff 1), Contrôle écrit (coeff 1)
- Comparative genomics: basic and applied research. J R Brown, CRC Press, 2008
- Comparative genomics: Volume 2. Methods in Molecular Biology, vol. 396 NH. Bergman – 2007
ESBS, Sept. 2014
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Libellé de l'enseignement: Genetic Animal Models
Enseignants: Pr, Claire Gavériaux-Ruff et intervenants
Durée: CM 20h CI 4h TD 6h Langue du cours : Anglais
-Transgenic animals
-Genetic models in mice induced by homologous recombination including conventional
knockout, conditional knockout and rescue, Knockin
-Genetic modifications in rats including knockout by Zinc Finger Nuclease and knockout by
homologous recombination
-RNA interference in vivo in animals
-Phenotyping of genetically modified animals
- Analysis at the cellular level and in whole animals
- Behavior, physiology, pathology and pharmacology analyses
-Recalls in molecular and cellular biology : DNA, mRNA and protein analysis
To understand and know the different types of genetic modifications
To be able to understand a scientific paper in biology that includes genetic models,
from genomic DNA manipulation to the analysis of mouse physiology, pathology and
behavior
To understand preclinical studies with genetic animal models
To be able to make an oral presentation on a scientific paper, that includes a presentation of
the context, the genetic approaches, and a critical analysis of results and conclusions
Pré-requis :
Knowledge of bases in molecular and cellular biology
Questionnaire écrit court 0,6
Oral présentation publication 1,2
Examen écrit intégration 1,2
Scripts
Nature Review in Drug Discovery, Nature Review in Neuroscience, Nature Review in
Genetics,Trends in Pharmacological Science, Trends in Biotechnology, Trends in
Neuroscience etc.
ESBS, Sept. 2014
99
Course : Introduction to Systems Biology
Durée: 8H CM/16H TD
Description, topologie et propriétés des réseaux cellulaires. Exemples de réseaux
cellulaires.
Motifs de réseaux cellulaires : autorégulation, feed-forward loop, ... Exemples de
motifs et de leur rôle biologique. Robustesse des circuits biologiques.
Dynamique de petits réseaux de régulation (bistabilité, oscillations). Bruit et
stochasticité dans les réseaux.
L’objectif du cours est de permettre aux étudiants de faire le lien entre l’analyse
expérimentale à haut-débit et l’intégration de ces données globales dans des modèles
explicatifs et prédictifs du fonctionnement cellulaire.
Il présente des notions de base permettant de comprendre l’émergence de
comportements complexes au niveau cellulaire.
Pré-requis:
Mathématiques de base. Enzymologie et biologie moléculaire de base.
Compte-rendu de TD (coeff 1), analyse d’article (coeff 1), Contrôle écrit (coeff 1)
Support de cours :
U. Alon, An introduction to systems biology, Chapman & Hall.
ESBS, Sept. 2014
100
Libellé de l'enseignement: Insertion Professionnelle
Année et semestre ESBS : 3A S5
Enseignant: Pr. E. Weiss
Durée: 30H TD
Langue: Français/Anglais/Allemand
Objectifs en termes de connaissances (contenu):
- informations générales et explication des règles pour la validation du module 3A S6
- description de stages de promotions précédentes
- ouverture aux différentes possibilités de stage (spécialités, localisation, domaine public ou privé…)
- stratégies de recherche de stage
- convention de stage et devoirs du stagiaire
- savoir faire un choix dans l’optique d’une insertion dans le monde du travail
- capacité de rédaction d’un CV en 3 langues
- savoir se présenter et mettre en valeur ses acquis
- gestion du stress lors d’un entretien (téléphonique ou visite).
- capacité d’interagir avec des responsables de projet
- notions de négociation d’un contrat
- demande de visa
Pré-requis :
- autres enseignements FHSE
- bon niveau en langues (anglais, allemand)
Supports pour la recherche de stage :
- Internet
- fichier des anciens élèves, contacts avec les promotions précédentes
- mise à disposition de nombreuses demandes de stagiaire centralisées par le responsable
ESBS, Sept. 2014
101
Cours : Prospective Scientifique
Enseignant: Dr. Astrid Lunkes
Durée: 6H CM
A la fin du cours, les étudiants devraient être capable
•
•
•
•
De comprendre les méthodes utilisées dans le domaine de la prospective scientifique,
De décrire le processus du développement d’activités de prospective,
De décrire les méthodes de lobbying et d’influence en science,
D’identifier les caractéristiques des formes de prospective (information, stratégie,
planification)
• De comprendre les mécanismes de financement de la recherche scientifique
-
Capacité à utiliser les connaissances et les outils liés à la prospective scientifique.
Le travail en groupe sur des projets permettra lʼapprentissage du travail en groupe et donc au
développement et à lʼamélioration des compétences personnelles et comportementales.
Pré-requis:
Examen des connaissances et analyse de projets au choix des étudiants et par groupe.
Support de cours :
Fichiers des cours, outils de gestion, fichiers modèles.
ESBS, Sept. 2014
102
Libellé de l'enseignement: Création d'entreprise
Année et Semestre ESBS : 3A S1(S5)
Enseignant: Georges Orfanoudakis, Pr
Durée: 30H CM, 10H TD, 135H projet
Langue du cours : Français, Anglais
Cette formation, repose sur une pédagogie « active » (learning by doing)
Conception d'un projet scientifique utilisable pour le montage d'une entreprise.
Réalisation d'un business plan d'une entreprise réaliste, crédible pour le marché visé.
Clarification les différents volets de la création d'une entreprise (droit, assurances, gestion, financement, ...)
Meilleure connaissance du monde de l'entreprise et de son fonctionnement
Acquisition des outils intellectuels et conceptuels pour la création d'une entreprise en biotechnologies
Permettre à chacun d’atteindre la capacité de traiter un projet dans le domaine des biotechnologies, de l’idée
originelle à sa concrétisation.
Présentation, rédaction d'un business plan et construction d'un site web
1 note globale pour le projet et la présentation
1 note pour le rapport
1 note pour le site web
1 note pour le CD-ROM (copie site web et rapport)
Note = 0.5(p0)+0.3(p1)+0.1(p2)+0.1(p3)
(p0)
(p1)
(p2)
(p3)
Pré-requis :
- Les étudiants devront avoir acquis les connaissances de base décrites en S1, S2, et S3 du diplôme Ingénieur
en Biotechnologie de l'ESBS ou d'autre cursus équivalent (M1, ingénieur, pharmacie) après validation par la
commission pédagogique de l'ESBS.
Bibliographie, support du cours : publications scientifiques pour le projet scientifique, documentation, ppt des
cours et séminaires
ESBS, Sept. 2014
103
Libellé de l'enseignement: Bio-production
Enseignant: Dr. Mariel Donzeau
Durée: 80H TP
Mail [email protected]
Langue: Français/Anglais/Allemand
- Introduction
Principes généraux de production et de purification de protéines recombinantes chez E. coli.
- Techniques abordées
Recherche des conditions optimum d’expression de différentes protéines chez E. coli utilisant
différentes techniques d’expression (auto-induction et induction à l’IPTG).
Scale-up de la protéine retenue et purification de cette protéine par chromatographie
d’affinité ; Maltose Binding Protein (MBP), Chelate (His-Tag) ou Gluthation-S-Transferase.
(GST), caractérisation en gel SDS-PAGE.
- Réflexion sur la production de protéines recombinante chez E. coli, le scale-up et les méthodes
adaptées pour leur purification.
- Réflexion sur les expériences et contrôles à réaliser pour valider le projet
- Capacité d’utiliser les différentes techniques de chromatographie en fonction des composants à à
purifier.
- Gestion d’un projet et analyse critique des résultats expérimentaux
- Gestion des travaux (des conflits) de groupe
Pré-requis :
- Connaissance du TP de biochimie
Restitution : écrite (rapport) ; orale (type séminaire scientifique)
- Caractéristiques des différentes protéines à produire.
- Fiches techniques des composants utilisés ainsi que les fiches techniques des différentes colonnes
de chromatographie utilisées lors du TP de Biochimie.
ESBS, Sept. 2014
104
Course : Synthetic Biology and Cell Technology
Enseignant: Prof. Dr. Wilfried WEBER
Durée: 6 weeks block course in Freiburg
Langue du cours : Anglais
Learning objectives
The objective is to acquire theoretical and practical knowledge to realize synthetic biology projects.
This relates to both, project management skills as well as practical skills in the lab.
The detailed objectives will be :
- Structuring the different steps in a project
- Planing the resources for the different steps
- Implementing the project involving molecular and cell biology technologies
- Evaluating its outcome
- Project management
- Key techniques in molecular and cell biology to implement synthetic biological systems
Synthetic microbiology, Basel and Synthetic Biology Option (2 A ESBS)
Evaluation des exposés en fin du cours
- Literature and protocols are distributed in the module.
ESBS, Sept. 2014
105
Libellé de l'enseignement: Filière Biotechnologie Environnementale – Projet
Durée: En fil rouge sur le semestre (horaires variables)
Langue du cours : Français / Anglais
- Réflexion approfondie sur un projet choisi par les étudiants
- Réflexion sur les expériences à réaliser pour valider le projet
- Commandes de produits, souches, réactifs …
- Réalisation des expériences selon les procédures décidées par les étudiants (sous supervision d’un
enseignant)
- Gestion d’un projet de l’idée à l’analyse critique des résultats expérimentaux
- Gestion des travaux (des conflits !) de groupe
- Acquisition de la capacité à défendre son projet devant ses collaborateurs et des contradicteurs
Pré-requis :
Restitution : écrite (type publication) ; orale (type séminaire scientifique)
- Aucun support fourni
ESBS, Sept. 2014
106

2014 – 2015 - L`Amicale ESBS

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