programme Modules et Séminaire MiFOBio2014 - gdr-Miv

MiFoBio 2014
Programme
Module 1 :
Organisation moléculaire du vivant et
nanoscopie
Dimanche 5 octobre
8h30 – 11h45
Responsable : Lydia Danglot et Maxime Dahan
Salle Atlantique
8h30-9h30 M1-1.
PALM, from the fundamentals to rapid, automated and robust imaging
Suliana Manley,
EPFL - Laboratoire de biophysique expérimentale - Lausanne
9h30-10h30 M1-2.
Single particle imaging in living neurons
Laurent Groc,
"Development and Adaptations of Neuronal Circuits" - Interdisciplinary Institute
for Neuroscience, Université de Bordeaux, CNRS UMR 5297
10h30-10h45 pause
Salle Gallipot
10h45-11h45 M1-3.
STED Microscopy: Principle,
practical
aspects
and
applications
Gael Moneron,
Institut Pasteur
11h45-12h45 M1-4.
Superresolution imaging of
nuclear organisation with 3D
structured
illumination
microscopy
Lothar Schermelleh,
Université
d'Oxford,
biochemistry Dpt, Oxford
Salle Atlantique
10h45-11h45 M1-5.
Quantitative
single-molecule
super-resolution microscopy of
cellular structures
Mike Heilemann,
Goethe-University
Frankfurt,
Institute of Physical and Theoretical
Chemistry, Frankfurt, Germany
11h45-12h45 M1-6.
Optical schemes for 3D singlemolecule imaging: application to
tracking and super-resolution
microscopy
Maxime Dahan,
Laboratoire Physico-Chimie, Institut
Curie
Modules Avancés et Tables rondes
Microscopie SIM aveugle (Blind-SIM)
MA-1-1
Quelles références pour quelles mesures en métrologie, vers la métrologie de la super-résolution
TR-1-1
MiFoBio 2014
Programme
Ateliers
A1 - 2D Single Particule Tracking (Klein/Nicolas)
A2 - Microscopie super-résolutive PALM associée à l'optique adaptative (Marques)
A5 - PALM STORM Démocratique (Bourdoncle/Durel)
A3 - dSTORM 3D à l’aide de l’émission super critique (Bourg/LéCart)
A4 - Imagerie de super-résolution par diffraction conique (Bourdoncle/Tinevez)
A6 - Mise en place du BALM : technique de microscopie à haute résolution nécessitant un microscope
confocal et des fluorochromes conventionnels. (Allart/Canivet)
A7 - Ultrastructure of centrosomes. (Monier/Mondin)
A8 - 3D PALM sur plantes (Le Bars/Besse)
A9 - Utilisation de la super-résolution STORM pour définir l'architecture d'un compartiment neuronal
(Leterrier)
A10 - Microscopie super-resolution PALM/dSTORM 3D pour étudier la répartition des récepteurs
membranaires (Uriot/Faklaris)
A11 - In celulo assessment of photophysical parameters of fluorescent proteins used as markers for
PALM microcopy (Bourgeois/Berardozzi)
A12 - Atelier transversal : Comparaison des techniques de super résolution STED 3X et microscopie
STORM sur le localisation de protéines synaptiques (Poujol/Zaharia)
A13 - STED 3D multicouleurs cytosquelette et levure (Dompierre)
A14 - Advanced dSTORM superresolution imaging through optimizations from sample preparation to
visualizations tips (Butler)
MiFoBio 2014
Programme
Module 2 : Mécano-biologie moléculaire et cellulaire :
expérimentation et modélisation
Dimanche 5 octobre
16h30 – 20h00
Responsable : Laurent Blanchoin
Salle Atlantique
16h30-17h20.
Mechanisms and dynamics of actin-dependent protrusion
Klemens Rottner,
Institute of Genetics, Bonn
17h20-18h10.
Morphogenetic Functions of Actomyosin
Stephan W. Grill,
Biotechnology Center TU Dresden, Dresden
Salle Gallipot
Salle Atlantique
18h10-19h00.
Force scaling in stress fibers
Laetitia Kurzawa,
Physics of the Cytoskeleton and
Morphogenesis, Institute of Life Science
Research and Technology, Grenoble,
France
18h10-19h00.
Mechanosensing of living cells:
from
single
cell
response
to
substrate rigidity to collective cell
migration
Benoît Ladoux / René-Marc Mège,
Institut Jacques Monod, Paris
19h00-19h50.
The inner dynamics of cellular
structures revealed at the molecular
scale by single protein tracking of
photo-activable fluorescent proteins
(sptPALM)
in
living
cells:
applications to cell adhesion and
motility.
Olivier Rossier,
Institut
Interdisciplinaire
de
Neuroscience, Bordeaux
19h00-19h50.
Traction Force Microscopy: a tool
box
for
cell
mechanical
phenotyping
Martial Balland,
Laboratoire
interdisciplinaire
de
Physique, Université Joseph FourierGrenoble
Modules Avancés et Tables rondes
Aspect modélisation physique et bio et interface surface ; TR Création axe mécano Bio au
GDR"
MA-2-1& TR
Descripteurs 3D avancés pour l'analyse de la morphologie cellulaire
MA-2-2
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Programme
Ateliers
A15 - Suivi des tensions mécaniques au niveau des jonctions cellules-cellules en utilisant des
biosenseurs FRET. (Herbomel/Tramier)
A17 - Microfluidique en microscopie à fluorescence champ large et confocale. (Hulin/Nedellec)
A16 - Analyse dynamique des fibres de stress d’actine par photoconversion et nano-ablation.
(Kurzawa/Senger)
MiFoBio 2014
Programme
Module 3 : Microscopie aux différentes échelles du
vivant pour une biologie intégrative de la molécule à
l'organisme
Lundi 6 octobre
8h30 – 11h45
Responsable : Nadine Peyriéras et Julien Vermot
Salle Atlantique
8h30-9h30
Multiscale Imaging and quantification of tissue morphogenesis: from
gene to forces
Yohanns Bellaïche,
Génétique et biologie du développement / Institut Curie - Paris
9h30-10h30
Using the ascidian Phallusia mammillata embryo to illuminate cell
behaviour
Alex McDougall,
Laboratoire de Biologie du Développement de Villefranche-sur-mer, Observatoire
Océanographique, Villefranche-sur-mer, UPMC Univ Paris 06, and CNRS
10h30-10h45 pause
Salle Gallipot
10h45-11h45
Microscopies
en Biologie du
développement:
observer,
quantifier,
reconstruire,
modéliser.
Nadine Peyriéras,
Institut de Neurobiologie Alfred
Fessard, Gif sur Yvette
11h45-12h45
Approches
quantitatives
appliquées à la mesure des
forces
mécaniques
générées
dans l’embryon
Julien Vermot,
IGBMC - Institut de Génétique et de
Biologie Moléculaire et CellulaireIllkirch
Salle Atlantique
10h45-11h45
Mechanotransduction
in
the
Evolutionary Emergence of Complex
Organisms
Emmanuel Farge,
Institut Curie, Paris
11h45-12h45
Fast in vivo imaging with light-sheet
microscopy
Willy Supatto,
Laboratoire Optique et Biosciences,
Inserm, Palaiseau
Modules Avancés et Tables rondes
An integrative biology platform for the measurement and computational modeling of multicellular
dynamics from 3D+time in vivo imaging of animal early embryogenesis
stratégies de manipulation d’organismes modèles pour l’imagerie in vivo in toto multi échelles et
multimodale
MA-3-1
TR-3-1
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Programme
Ateliers
A18 - Nouvelles sondes biocompatibles pour l’étude de la morphogenèse de l’embryon de zebrafish
par microscopie biphotonique. (Bruneau/Charreyre)
A20 - Utilisation de biosenseurs chez le poisson zèbre : comment rapporter une activité biologique in
vivo (Teillon/Gauron)
A22 - Correlative light and electron microscopy with Array tomography (Genoud/Schwab)
A23 - Optimisation de la résolution axiale et de la pénétration dans l’échantillon : nouveaux milieux de
montage à haut index réfractaire. (Bolte/Gilles)
A24 - Du microscope à l'analyse des neurones chez la souris: mosaïque et Imagerie 3D sur neurones
en culture et tissus en profondeur. (Danglot/Contremoulins)
A25 - Imagerie multiphotonique grand champ : application à l’étude de tumeurs dans leur contexte
tissulaire. (Irondelle/Waharte)
A26 - Microscopie à feuille de lumière sur échantillons végétaux (jeunes racines) (Hajjoul/Conéjéro)
MiFoBio 2014
Programme
Module 4 : Optogénétique et biosenseurs
Mardi 7 octobre
8h30 – 11h45
Responsable : Mathieu Coppey et Frank Riquet/Pierre Vincent
Salle Atlantique
8h30-9h30
Chemical approaches for control and analysis of biological processes
Ludovic Jullien,
Département de Chimie, Ecole Normale Supérieure
9h30-10h30
Sensing cellular cAMP levels by FRET: development and characterization
of FRET sensors and introduction of a fast FLIM assay
Kees Jalink,
The Netherlands Cancer Institute, Amsterdam,
The Netherlands, and the van Leeuwenhoek Centre for Advanced Microscopy
(LCAM), Amsterdam.
10h30-10h45 pause
Salle Gallipot
Salle Atlantique
10h45-11h45
Fluorescent Peptide Biosensors
for probing kinase activities – a
chemical toolbox for cancer
diagnostics and drug discovery
May C. Morris,
Institut des Biomolécules Max
Mousseron-UMR5247, Montpellier,
10h45-11h45
Contrôle spatiotemporel de la
signalisation intracellulaire avec
l’optogénétique
Mathieu Coppey,
Institut Curie, Paris
11h45-12h45
Application
de
biosenseurs
FRET à l’étude de la voie
AMPc/PKA dans les myocytes
cardiaques
Grégoire Vandescasteele
Université Paris Sud- Faculté de
pharmacie
11h45-12h45
Two-photon imaging of visual
neural circuits in living zebrafish
Christoph Gebhardt
Institut Curie, Paris
Modules Avancés et Tables rondes
Sondes et actuateurs encodés génétiquement : approche optogénétique intracellulaire et
biosenseurs FRET
MA-4-1
Outils Chimiques pour la photorégulation d’activités biologiques
MA-4-2
MiFoBio 2014
Programme
Ateliers
A15 - Suivi des tensions mécaniques au niveau des jonctions cellules-cellules en utilisant des
biosenseurs FRET. (Herbomel/Tramier)
A20 - Utilisation de biosenseurs chez le poisson zèbre : comment rapporter une activité biologique in
vivo (Teillon/Gauron)
A37 - Real time visualization of MAP kinase ERK activity and localization dynamics in living cells using
multi-parameters FRET imaging. (Sipieter/Riquet)
A18 - Nouvelles sondes biocompatibles pour l’étude de la morphogenèse de l’embryon de zebrafish
par microscopie biphotonique. (Bruneau/Charreyre)
A19 - Recording neuronal activity in Drosophila neurons using bi-photon microscopy and genetically
encoded calcium sensors (Farca/Comte)
A39 - Contrôle et visualisation de protéines in vitro par optogénétique (Soler/Scoazec)
MiFoBio 2014
Programme
Module 5 : Dynamique moléculaire
Mercredi 8 octobre
8h30 – 11h45
Responsable : Sandrine Lévêque-Fort
Salle Atlantique
8h30-9h30
Mapping Molecular Interactions and Transport in Living Cell via Image
Correlation Methods
Paul W. Wiseman,
Departments of Physics and Chemistry McGill University 9h30-10h30
Protein-protein interactions at the cellular interface: Biophotonics
approaches to live cell FRET measurements
Simon M. Ameer-Beg,
King's College London, Londres
10h30-10h45 pause
Salle Gallipot
Salle Atlantique
10h45-11h45
Location, location, location: the
importance
of
space
for
intracellular cell biochemistry
Hugues Berry,
INRIA - équipe BEAGLE, Lyon
10h45-11h45
Protein interaction and transport
maps of live cell nuclei using a
single
plane
illumination
microscope
with
fluorescence
correlation spectroscopy
Jen Krieger,
Biophysics of Macromolecules (DKFZ)
11h45-12h45
Modeling,
simulation
and
analysis of molecular dynamics
in cell biology
David Holcman,
ENS Paris - Département de biologie
- Paris
11h45-12h45
Investigating
molecular
interactions through the Number
and Brightness approaches
Emmanuel Margeat
Centre de Biochimie Structurale, UMR
5048 CNRS, U1054 INSERM, Universités
de Montpellier, France
Modules Avancés et Tables rondes
Exploring biomolecular dynamics with single pair FRET
MA-5-1
Interaction moléculaire en microscopie
The analysis and simulation of spatial trajectories of intracellular and membrane proteins:
methodological aspects
MA-5-2
MA-5-3
MiFoBio 2014
Programme
Ateliers
A43 - Analyse de la dynamique moléculaire par corrélation d’images de fluorescence
(Waharte/Gilloteaux)
A47 - Multiplex FRET : suivi simultané d’activités biochimiques par FLIM deux couleurs
(DéMéAutis/Tramier)
A16 - Analyse dynamique des fibres de stress d’actine par photoconversion et nano-ablation.
(Kurzawa/Senger)
A48 - Comparaison de différentes méthodes de détermination des mouvements moléculaires dans la
cellules : Méthodes corrélatives et retour de fluorescence. (Favard/Muriaux)
A49 - Dynamique de formation de nanotubes et transport transcellulaire dans un modèle neuronal par
imagerie à haute-résolution spatio-temporelle. (Tardivel/Waharte)
A50 - Mesure de la dynamique d’association de protéines sur les microtubules par combinaison
d’acquisition en spinning-disk FRAP et de tracking de particules. (Leconte/Waharte)
MiFoBio 2014
Programme
Module 6 : Contrôle des ondes pour l'imagerie du vivant
– GDR ondes
Jeudi 9 octobre
8h30 – 11h45
Responsable : Sophie Brasselet et Serge Monneret
Salle Atlantique
8h30-9h30
Adaptive optics for microscopy
Delphine Débarre,
Laboratoire Interdiciplaire de Physique, Grenoble
9h30-10h30
Coupling optics and acoustics for biologial tissue sensing and imaging
Emmanuel Bossy,
Institut Langevin – ESPCI, Paris
10h30-10h45 pause
Salle Gallipot
Salle Atlantique
10h45-11h45
Elastographie : une technique
de tomographie des propriétés
mécaniques des tissus mous
Stefan Catheline,
LabTAU, Lyon
10h45-11h45
Contrôle de front d'onde appliqué à
l'imagerie en milieux complexe
Silvain Gigan,
Institut Langevin – ESPCI, Paris
11h45-12h45
Opto-acoustique pour sonder les
propriétés mécaniques d'une
cellule
Bertrand Audoin,
Département
d’Acoustique
Physique, I2M, UMR CNRS 5295,
Université de Bordeaux,
11h45-12h45
Micro-endoscopie sans marquage –
Label free micro-endoscopy
Hervé Rigneault,
Institut Fresnel, Marseille
Modules Avancés et Tables rondes
Mesures quantitatives avec optique adaptative
Imagerie du Petit Animal : mesures en profondeur et mesures multiparamétriques : quels outils
aujourd’hui ?
MA-6-1
MA-6-2
MiFoBio 2014
Programme
Ateliers
A61 - Contrôle et imagerie de la température cellulaire (Baffou/Savatier)
A62 - Microscopie Multiphotonique Multimodale (TPEF / SHG-pSHG / THG / Mélange d'Ondes /
Photoablation) (Tissot/Guilbert)
A63 - Tomographie par imagerie de phase incohérente et optique adaptative (Savatier/Aknoun)
A64 - Optique adaptative grand publique : comment améliorer la PSF en maitrisant les paramètres
expérimentaux de base. (Faklaris/Lam)
A65 - Microscopie Raman Stimulée (CARS) : initiation à l'aspect source laser et instrumentation (Hage)
A40 - Optique adaptative et microscopie de fluctuations de fluorescence (Delon/Gallagher)
A2 - Microscopie super-résolutive PALM associée à l'optique adaptative (Marques)
MiFoBio 2014
Programme
Module 7 : Nouvelles imageries et microscopies
mutlimodales
vendredi 10 octobre
8h30 – 11h45
Responsable : Frederic Bolze et Laurent Héliot
Salle Atlantique
8h30-9h30
Imaging with Coherent anti-Stokes Raman Scattering (CARS)
microscopy
Andreas Zumbusch,
Department Chemie, Universität Konstanz, Germany 9h30-10h30
Structural imaging in cells and tissues by polarized fluorescence
and nonlinear microscopy
Sophie Brasselet,
Institut Fresnel, Marseille France 10h30-10h45 pause
Salle Gallipot
10h45-11h45
Studying
cell
mechanics
during
early
stages
of
infection using Atomic Force
Microscopy and correlative
microscopy techniques
Frank Lafont
BioImaging Center of Lille BiCeL,
Cellular Microbiology and Physics
of Infection -. Lille
11h45-12h45
Méthodes
de
recalage
d'images
pour
l'imagerie
multimodale
Grégoire Malandain,
INRIA / Morphologie et Images,
Nice/Sophia Antipolis
Salle Atlantique
10h45-11h45
Correlative Light and Electron
Microscopy
Yannick Schwab,
EMBL, Heidelberg
11h45-12h45
Microscopie multi-modale avec
3View
Cristel Genoud,
Friedrich Miescher Institute for
Biomedical Research, Bâle
Modules Avancés et Tables rondes
MiFoBio 2014
Programme
Microscopie corrélative: de l’optique à l’électronique (Correlative light to electron microscopy)
MA-7-1
Ateliers
A61 - Contrôle et imagerie de la température cellulaire (Baffou/Savatier)
A3 - dSTORM 3D à l’aide de l’émission super critique (Bourg/LéCart)
A4 - Imagerie de super-résolution par diffraction conique (Bourdoncle/Tinevez)
A66 - Imagerie en flux (Bourdoncle/Guedj)
A62 - Microscopie Multiphotonique Multimodale (TPEF / SHG-pSHG / THG / Mélange d'Ondes /
Photoablation) (Tissot/Guilbert)
A22 - Correlative light and electron microscopy with Array tomography (Genoud/Schwab)
A67 - Microscopie Raman Stimulée (CARS) : initiation à l'aspect imagerie biologique (Leray/Hage)
A68 - Imagerie de l’ordre moléculaire orientationnel par fluorescence polarisée (Ferrand/Brasselet)
A69 - Imagerie en lumière blanche : parce que le marquage fluorescent n'est pas la solution
systématique (Bon)
A41 - Mesure de concentrations surfaciques de molécules par spectroscopie à corrélation d'images
(Delon)
A42 - Microscopie multimodale (vidéo microscopie 4D, FRAP, TFM) (Ronde/Carl)
A70 - Screening HCS, integration de la cytométrie par analyse d'images sur une plateforme mixte
cytométrie/Imagerie (Maury)
A2 - Microscopie super-résolutive PALM associée à l'optique adaptative (Marques)
MiFoBio 2014
Programme
Module 7 : Séminaire
Samedi 4 octobre
16h30- 20h00
Salle Atlantique
Nonlinear imaging of developing tissues
Emmanuel Beaurepaire,
Lab for optics and biosciences, Ecole Polytechnique - CNRS - Inserm,
Palaiseau
Local Energy produced by Glycolysis: On-board ATP fueling of
intracellular trafficking
Diana Zala,
Institut Curie, Orsay
Détecter l’ADN chromosomique en microscopie de fluorescence
dans des cellules fixées et vivantes: nouveaux outils, nouvelles
approches
Christophe Escudé
lundi 6 octobre
18h45- 20h
Salle Atlantique
Imaging Life at High Spatiotemporal Resolution
Eric Betzig,
Janelia Farm Research Campus, HHMI
Mercredi 8 octobre
18h30- 20h
Salle Atlantique
Mesoscopic origins of cell behaviors during tissue morphogenesis
Pierre-François Lenne,
Institut de Biologie du Développement de Marseille, CNRS & Aix-Marseille
Université
Jeudi 9 octobre
18h45- 20h
Salle Atlantique
Pourquoi l’imagerie optique non-linéaire est devenue un outil
indispensable pour les neurosciences
Laurent Bourdieu,
MiFoBio 2014
Programme
ENS Paris - Département de biologie, Paris
Jeudi 9 octobre
21h30- 22h30
Salle Atlantique
Repenser les écoles doctorales à l’ère de l’épistémè numérique
Bernard Stiegler
Institut de recherche et d'innovation-IRI, Paris
Modules Avancés et Tables rondes
le big data en imagerie : état des lieux des softs de gestion du cycle de vie des images et des bases
de données images ouvertes disponibles
TR-T-1
besoins et réalisations autour d’un arduino dans les plateformes d’imagerie
TR-T-2
savoir-faire de la création de service de mutualisation d'équipements scientifiques
descripteurs 3D
TR culture cellulaire
HCS/HCA
TR-T-3
MA-2-2
TR-T-4
TR-T-5
Ateliers
A71 - Scripts et programmation graphique sous Icy (level 2) (De Chaumont/Dallongeville)
A43 - Analyse de la dynamique moléculaire par corrélation d’images de fluorescence
(Waharte/Gilloteaux)
A72 - Segmentation d'images microscopiques sous ImageJ (Usson/Fertin)
A44 - Analyse de la diversité des réponses calciques individuelles dans une population de cellules non
adhérentes par la méthode MAAACS (Methods for Automated and Accurate Analysis of Cell Signals)
(Hamon/Billaudeau)
A45 - Analyser la migration cellulaire au moyen de logiciels libres (CordelièRes/Zaharia)
A46 - Image processing methods for the temporal analysis of moving particles. (Kervrann/PéCot)
A73 - Déconvolution d'image 3D en microscopie de fluorescence (Dieterlen/Colicchio)
A74 - ImageJ macro programming for beginners (Baecker/Jublanc)
A1 - 2D Single Particule Tracking (Klein/Nicolas)
A75 - Analyse conjointe d'images et de données sous Knime (Rousseau/Frindel)
A76 - OMERO. An open source client-server software for visualization, management and analysis of
biological microscope images (Mateos Langerak/Sarrazin)
A77 - Métrologie des instruments d’imagerie : utilisation des différents éléments de valise Métrologie
(Desvaux/Gilles)
A78 - Quel type de caméra choisir pour quel type d'expérimentation : CCD, EMCCD ou sCMOS ?
(Marais)
A79 - Etude quantitative des effets de phototoxicité des paramètres de l’éclairage en microscopie de
fluorescence (Roul/Tramier)
A80 - Arduino1 : Introduction au pilotage de périphériques (Legou/Detailleur)
A81 - Arduino 2: Réalisation d'un système de monitoring et contrôle de la température
(Rouviere/Mutterer)
A82 - CAO et impression 3D (Detailleur/Gillot)
MiFoBio 2014
Programme