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Ecole Doctorale ED 419 / Doctoral School ED 419
"Signalisations et Réseaux Intégratifs en Biologie"
"Signaling and Integrated Networks in Biology"
PROJET DE THESE
POUR CANDIDATURES AUX ALLOCATIONS DOCTORALES 2015
THESIS PROJECTS FOR PhD SCHOLARSHIPS
A renvoyer à l’Ecole Doctorale par voie électronique au plus tard le 03 avril 2015
[email protected]
Cet appel constitue la 1ère phase obligatoire avant toute candidature éventuelle au concours de
l’ED (2ème phase juin 2015) – Concours ED : 02 et 03 juillet 2015
This call is the first mandatory step before applying to participate in the competitive
scholarship examination of our Doctoral School on July 2 and July 3, 2015
Les étudiants intéressés sont priés de prendre contact avec le directeur de thèse potentiel
Students who are interested are invited to contact their potential thesis director
Unité de Recherche et Equipe d’Accueil proposant le projet
Research unit and team proposing the thesis project
Nom, Intitulé et N° du Laboratoire / Title and number of the laboratory
UMR1198, INRA-ENVA, Biologie du Développement et Reproduction
Nom, Intitulé de l’Equipe d’accueil / Hosting team
Equipe de recherche 3 : Différenciation Gonadique et ses Perturbations
Nom et prénom du directeur du Laboratoire / Name and first name of the laboratory director
Cotinot Corinne
Etablissement(s) de rattachement / Institution of affiliation
INRA - ENVA
Adresse postale (complète) du laboratoire / Full address of the laboratory
INRA-BDR, Domaine de Vilvert, 78350 Jouy en Josas
Tél. / phone :
E-mail :
01 34 65 25 95
Fax :
[email protected]
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01 34 65 23 64
Responsable de l’équipe dans laquelle le doctorant fera sa thèse :
Responsible of the hosting team of the PhD candidate
Intitulé de l'équipe / Title of the team
Différenciation de Gonades et ses Perturbations (DGP)
Nom et Prénom du chef d'équipe / Name and first name of the team leader
Pailhoux Eric
Titre et appartenance / Title and affiliation
DR2, INRA
Nom et Prénom du directeur de thèse (si différent) /
Name and first name of the thesis director (if different)
Jolivet Geneviève
Titre et appartenance / Title and affiliation :
DR2, INRA
Adresse postale (complète) du laboratoire / Full address of the laboratory
ER3 UMR BDR, Bâtiment 440, INRA domaine de Vilvert, 78352 Jouy-en-josas
Tél. / phone :
01 34 65 25 39
E-mail : [email protected]
Fax :
01 34 65 23 64
Nom du co-directeur éventuel (HDR) / Name of the co-director (if applicable)
Nom du co-encadrant éventuel (sans HDR) / Name a the co-superviser (if applicable)
Thépot Dominique (CR1 - INRA)
Noms et Prénoms des doctorants encadrés par le directeur de thèse l’année 2015-2016 /
Name and first name of PhD students supervised by the thesis director in 2015-2016
Gobe Clara 2ème année
Noms et Prénoms des allocataires (MESR, Région, Paris-Sud…) de l’équipe durant les deux
dernières années / PhD students of the team with a scholarship during the past two years
Elzaiat Maëva (depuis Octobre 2011; soutenance prévue en Octobre 2015).
Gobe Clara (depuis Octobre 2014) 2ème année
Un candidat est-il déjà pressenti : NON
Is a candidate already foreseen : NO
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Projet de thèse en français et en anglais / Thesis project in French and English
Titre du projet : Caractérisation des chromosomes sexuels chez le lapin
Résumé du projet (15 lignes maximum) :
Chez les mammifères, l’évolution des chromosomes sexuels s’est produite indépendamment
dans chaque phylum. Ceci signifie que la taille et le contenu en gènes de la région pseudoautosomale, les gènes ancestraux ou acquis du chromosome Y, et les gènes du chromosome X
échappant à l’inactivation varient fortement d’un phylum à l’autre. Ces variations ne sont
connues en détail que chez deux espèces, l’homme et la souris, qui présentent des situations très
différentes. De par sa position phylogénétique intermédiaire entre ces deux espèces chez les
Euarchontoglires, le lapin est une espèce intéressante pour éclairer la dynamique d’évolution des
chromosomes sexuels dans ce phylum. La caractérisation des chromosomes sexuels chez le
lapin, espèce où ils sont très mal décrits, sera donc entreprise en établissant les points suivants:
(i) la structure de la région pseudo-autosomale (PAR), en particulier l'emplacement de la
frontière, le contenu en gènes et la taille; (ii) le contenu en gènes ancestraux du chromosome Y
de lapin; et (iii) la liste des gènes du chromosome X échappant à l'inactivation. Cette
caractérisation est une étape indispensable pour l'équipe d'accueil qui utilise l'espèce cunicole,
depuis 2010, pour ses recherches sur la différenciation du sexe, notamment pour les approches
de génomique fonctionnelle (transgenèse additive, mutagenèse ciblée par nucléase CrispR/Cas9).
Title of the project: Characterization of sex chromosomes in rabbit
Summary of the project (15 lines maximum):
In mammals, the evolution of sex chromosomes occurred independently in each phylum. This
means that the length and gene content of the pseudoautosomal region, the ancestral or acquired
genes of the Y chromosome, and the X-chromosome genes escaping inactivation greatly vary
from one phylum to another one. These variations are only known in detail in two species,
human and mouse, which exhibit very different situations. Given its intermediate phylogenetic
situation between these two species, the rabbit is an interesting species to shed light to the
evolution dynamics of sex chromosomes. So the characterization of sex chromosomes in rabbits,
a species where they are not well described, will be carried on in order to establish the following
points: (i) the structure of the pseudoautosomal region (PAR), especially the location of the
pseudoautosomal boundary (PAB), and the length and genes content; (ii) the ancestral gene
content in the Y chromosome of rabbits; and (iii) the list of X chromosome genes escaping X
inactivation. This PhD project represents a crucial step for the research team studying sex
differentiation since many years, which made the choice to investigate the rabbit species since
2010. This species has been chosen in order to develop functional genomic studies such as
additive transgenesis, but also gene editing by using nucleases like the CrispR/Cas9 system.
Connaissances et compétences requises pour la thèse /
Knowledge and skills required for the thesis
Le candidat, titulaire d’un master 2 ou titre équivalent, doit posséder de bonnes connaissances de
base en génétique, évolution, génomique, biologie moléculaire et biologie cellulaire.
L’acquisition des techniques de base de biologie moléculaire (clonage, PCR, qPCR,…), de
culture cellulaire et de FISH au cours des stages précédents est hautement souhaitable. Des
capacités d’organisation ainsi qu’une grande rigueur dans le travail sont indispensables.
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Sélection des cinq meilleures publications de l'équipe depuis 2010 (en soulignant les noms
des membres de l'équipe)
Attention : il s'agit des publications de l'équipe, pas du laboratoire.
Selection of the five best publications since 2010 (underline the names of team members)
Attention: these are the publications of the team, not of the laboratory
Elzaiat M., Jouneau L., Thépot D., Klopp C., Allais-Bonnet A., Cabau C., André M., Chaffaux
S., Cribiu E.-P., Pailhoux E., Pannetier M. (2014). High-throughput sequencing analyses of XX
genital ridges lacking FOXL2 reveal DMRT1 up-regulation before SOX9 expression during the
sex-reversal process in goats. Biology of Reproduction. Dec;91(6):153
Boulanger L, Pannetier M, Gall L, Allais-Bonnet A, Elzaiat M, Le Bourhis D, Daniel N, Richard
C, Cotinot C, Ghyselinck NB & Pailhoux E (2014). FOXL2 Is a Female Sex-Determining Gene
in the Goat. Current Biology. Feb 17;24(4):404-8.
Daniel-Carlier N, Harscoët E, Thépot D, Auguste A, Pailhoux E, Jolivet G (2013). Gonad
differentiation in the rabbit: evidence of species-specific features. PLoS One. Apr 8;8(4):e60451
Pannetier M, Elzaiat M, Thépot D & Pailhoux E (2012). Telling the story of XX sex reversal in
the goat: highlighting the sex-crossroad in domestic mammals. Sex Dev. 2012;6(1-3):33-45
Okamoto I, Patrat C, Thépot D, Peynot N, Fauque P, Daniel N, Diabangouaya P, Wolf JP,
Renard JP, Duranthon V, Heard E (2011). Eutherian mammals use diverse strategies to initiate
X-chromosome inactivation during development. Nature. Apr 21;472(7343):370-4.
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