Préparation des échantillons - McGill University and Génome

05 JANVIER 2017
SERVICES D’ANALYSE DE L’EXPRESSION GENIQUE
Centre d’innovation Génome Québec et Université McGill
Préparation des échantillons
Guide utilisateur
Version 6.0
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Table des matières
TABLE DES MATIÈRES ................................................................................................................ 2
BIOPUCES À ADN ....................................................................................................................... 3
CONTROLE DE QUALITE DE L’ARN (BIOANALYEUR ET NANODROP).................................................................... 3
PROFILAGE DES ARNM ...................................................................................................................... 4
PROFILAGE DES MICROARNS (MIRNA) ................................................................................................... 4
DEMANDE DE SERVICE ET SOUMISSION DES ÉCHANTILLONS .................................................... 5
FORMULAIRE DE DEMANDE DE SERVICE ET SOUMISSION DES ECHANTILLONS (NOUVELLE REQUETE) .............................. 5
FORMULAIRE DE DEMANDE DE SERVICE ET SOUMISSION DES ECHANTILLONS (REQUETE EXISTANTE) ............................. 5
PRÉPARATION DES ÉCHANTILLONS POUR ENVOI .......................................................................................... 5
POUR PLUS D’INFORMATION ..................................................................................................... 6
BUREAU DE GESTION DES CLIENTS ......................................................................................................... 6
2
Biopuces à ADN
Lorsque des échantillons sont soumis pour une analyse de biopuces à ADN, il est recommandé de :
•
porter des gants neufs et de manipuler les échantillons sur glace;
•
reconstituer les échantillons d’ARN dans de l’eau « RNase-free » commerciale ;
•
éviter l’eau traitée au DEPC ;
•
ne pas reconstituer l’ARN dans des tampons contenant des détergents (ex. SDS), car
ceux-ci inhibent la réaction enzymatique de synthèse d’ADNc
•
les échantillons doivent être envoyés dans des tubes Eppendorf 1.5 mL
Les meilleurs résultats sont obtenus avec l'ARN cellulaire total isolé récemment.
Si les échantillons ont été préparés avec du Trizol, il est recommandé de les nettoyer sur colonne (e.g.
mRNA Clean-up Kit de Qiagen) avant de les soumettre.
L’ARN total peut être utilisé directement avec la technologie Affymetrix. Il n’est pas nécessaire d’enlever
les transcrits ribosomaux ou de beta-globine avant de soumettre les échantillons.
Aucun échantillon ne sera retourné une fois le projet terminé. Il est recommandé de soumettre seulement
la quantité nécessaire pour le protocole.
Les échantillons d’ARN seront jetés 3 mois après la livraison de résultats finaux.
Contrôle de qualité de l’ARN (Bioanalyeur et NanoDrop)
Type de Puce
Concentration requise
(ng/µL)
Volume minimal requis
(µL)
RNA 6000 Nano
25-500
5
RNA 6000 Pico
0.05–5
5
Si les échantillons sont trop dilués pour le protocole choisi pour le projet, ils seront concentrés par
Speedvac sans que l’usager en soit avisé.
3
Profilage des ARNm
Il est recommandé d’utiliser des échantillons d’ARN total dont le RIN est supérieur à 7.0.
Les échantillons ayant un RIN entre 5 et 7 peuvent être traités avec la trousse GeneChip® WT Pico
d’Affymetrix et hybridés sur des biopuces Gene ST, Clariom S, transcriptomiques et Clariom D.
3 µL seront utilisés pour le contrôle qualité (NanoDrop et Bioanalyseur).
Il est préférable de diluer des échantillons trop concentrés (par exemple de 1 ug/µL à 100 ng/µL) et de
fournir le volume minimal requis plutôt que de soumettre des échantillons concentrés mais en trop petit
volume.
Technologie
Concentration minimale
requise (ng/µL)
Volume minimal
requis (µL)*
Biopuces Gene ST et Clariom S
Transcriptomiques et Clariom D
Trousse WT: 35
Affymetrix
15
Trousse Pico WT: 2
Échantillons FFPE : 3.33
Puces 3’: 85
*inclut volume requis pour le contrôle qualité
Profilage des microARNs (miRNA)
Il est recommandé d’utiliser des échantillons d’ARN total dont le RIN est supérieur à 5.0.
Le profilage de miRNA se fait à partir de l’ARN total pour la technologie Affymetrix. Il n’est donc pas
recommandé d’envoyer des échantillons miRNA purifiés.
3 µL vont être utilisés pour le contrôle qualité (NanoDrop et Bioanalyzer).
Il est préférable de diluer des échantillons concentrés (par exemple de 1 ug/µL à 100 ng/µL) et de fournir
le volume minimal requis plutôt que de soumettre des échantillons concentrés mais en trop petit volume.
Technologie
Concentration minimale
requise (ng/µL)
Volume minimal
requis (µL)*
125
25
Affymetrix
*inclut volume requis pour le contrôle qualité
4
Demande de service et soumission des échantillons
Formulaire de demande de service et soumission des échantillons (nouvelle requête)
L’option « nouvelle requête » est utilisée uniquement pour les nouveaux projets.
Ouvrir une session dans le compte Nanuq ici.
Cliquer sur « ajouter une nouvelle requête » dans la section « Requête » et suivre les instructions.
Ne pas utiliser le bouton « retour » de votre navigateur pour revenir en arrière. Utiliser les choix de pages
à gauche.
La requête demeure un brouillon jusqu’à ce qu’elle soit soumise. Les brouillons sont accessibles via
l’option « liste des requêtes ».
Le travail dans le laboratoire ne débutera qu’une fois toute la documentation fournie
Formulaire de demande de service et soumission des échantillons (requête existante)
Ouvrir une session dans le compte Nanuq ici.
Cliquer sur « liste des requêtes » dans la section « Requête ».
Les requêtes existantes sont ré-ouvertes afin de 1) soumettre de nouveaux échantillons ou des
échantillons de remplacement à un projet en cours ou 2) continuer à remplir un brouillon.
Pour soumettre de nouveaux échantillons, aller à la section « soumission d’échantillons » afin de :
•
télécharger le gabarit pour la soumission des échantillons
•
revisiter des fichiers déjà remplis et soumis
•
ajouter des commentaires à des échantillons
Ne pas ajouter de nouveaux échantillons à un fichier déjà soumis.
Ne pas se servir du bouton « retour » de votre navigateur pour revenir en arrière.
Préparation des échantillons pour envoi
Les échantillons d’ARN doivent être envoyés sur glace sèche, dans des tubes Eppendorf 1,5 mL.
Il est fortement suggéré de prendre rendez-vous par courriel avec un membre du personnel avant
d’apporter des échantillons au Centre d’innovation.
Si les échantillons sont envoyés par la poste, veuillez utiliser l’adresse postale suivante :
Attn: Services d’expression génique – Daniel Vincent
Centre d’innovation Génome Québec et Université McGill, bureau 6300
740, avenue Dr-Penfield
Montréal (Québec) Canada, H3A 0G1
Tel : (514) 398-3084
Courriel : [email protected]
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Pour plus d’information
Bureau de gestion des clients
Frédérick Robidoux, B.Sc.
Sharen Roland B.Sc.
Philippe Daoust M.Sc.
Centre d'innovation Génome Québec et Université McGill
740, avenue du Docteur Penfield, bureau 7104
Montréal (Québec) Canada
H3A 0G1
Téléphone : 514-398-7211
Télécopieur : 514-398-1790
Courriel : [email protected]
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