BC2M : Base de Connaissances sur les Coraux des

BC2M : Base de Connaissances sur les
Coraux des Mascareignes
Rédigée par Nathalie ALMAR, Université de la Réunion, pour la Région Réunion. Relecture et
correction Joëlle Nonet, Région Réunion publié le 28 janvier 2009
Description du projet : BC2M est une Base de Connaissances sur les Coraux des Mascareignes. Le socle technique, qui permet de
constituer une base de connaissances sur n’importe quel thème, a été développé par l’Université de la Réunion. Appelé IKBS
(Iterative Knowledge Base System), il permet le stockage, la gestion et la transmission des connaissances dans tous les domaines
ayant besoin d’outil d’aide à la décision.
Type d’initiative : Base de Connaissances sur les Coraux des Mascareignes
Territoire de projet : Réunion
Porteur(s) du projet : L’Institut de Recherche en Mathématiques et Informatique Appliquées (IREMIA) équipe rattachée au Laboratoire
d’Informatique et de mathématiques (LIM) de l’Université de La Réunion
Date de lancement : 1998
Avancement (à la date de recueil) : Phase 3 achevée, phase 4 en projet
Date de recueil de l’information : Octobre 2008
Cible : Public spécialisé (chercheurs, étudiants, enseignants, acteurs de la protection de l’environnement) mais aussi le grand public
1- Contexte et objectifs du projet
1.1 Contexte et origine du projet
BC2M est issu d’un programme global de valorisation des bases de données scientifiques à La Réunion porté par le laboratoire de
mathématiques et informatiques appliquées IREMIA : ETIC (voir fiche IRIS correspondante). Pour organiser et exploiter des données brutes, les
résultats de programmes de recherche ou d’études, l’IREMIA a développé un outil informatique de construction de bases de connaissances
nommé IKBS.
Le choix des coraux des Mascareignes comme domaine d’application de ce projet tient compte de la disponibilité d’experts internationaux, de la
richesse et des besoins du milieu local.
1.2 Objectifs et enjeux
Le programme BC2M se décline en 3 objectifs :
Développer un outil générique de construction de bases de connaissances, le logiciel IKBS (Iterative Knowledge Base System)
Construire à partir de cet outil la base de connaissances sur les coraux des Mascareignes
Développer des interfaces permettant une large diffusion et exploitation de la base de connaissances
2- Description et organisation du projet
2.1 Les acteurs du projet
Le projet Base de Connaissances sur les Coraux des Mascareignes est porté par l’IREMIA de l’Université de La Réunion. Il a été réalisé en
collaboration avec les organismes suivants :
Ecole Pratique des Hautes Études (EPHE) de l’Université de Perpignan
Laboratoire d’Informatique et Systématique (LIS) de l’Université Pierre et Marie Curie (UPMC-UMR5143)
Laboratoire d’Ecologie Marine de l’Université de La Réunion (ECOMAR)
Dipartimento de Biotecnologie e Bioscienze (BtBs), Universita de Milano-Bicocca, Italie
Muséum National d’Histoire Naturelle (MNHN), Paris
Muséum d’Histoire naturelle de La Réunion (MHNR)
Natural History Museum (NHM), Londres
Museum of Tropical Queensland (MTQ), Townsville, Australie
Albion Fisheries Research Center (AFRC), Maurice
Shoals Rodrigues, Maurice
2.2 Les services proposés
La Base de connaissances sur les coraux des Mascareignes offre :
une aide à l’identification des espèces de Scléractiniaires pour spécialistes et non-spécialistes.
une aide à la gestion des collections (y compris collections historiques) des Muséums
une mise à jour des connaissances par des experts.
2.3 Les publics bénéficiaires
Public spécialisé : chercheurs, enseignants, étudiants, acteurs de la protection de l’environnement
Le grand public
2.4 La dimension financière
Montant total éligible (phase 3) : 298 780 euros
Europe : 179 265 euros
Région : 119 510 euros
L’Etat (Ministère de la Recherche et Université de la Réunion) : 294 228 euros.
Postes de dépenses
Répartition en euros HT Dépenses certifiées
Etudes et développement
135 290
117 907,82
Salaires (vacations, CDD)
88 000
105 460,75
Missions
49 487
47 376,69
Equipements
12 000
12 391,24
Dépenses liée à la valorisation 14 003
14 752
Total
297 888,50
298 780
3- La mise en oeuvre du projet
3.1 Les étapes de mise en oeuvre
Le projet BC²M a été décomposé en quatre phases afin d’en permettre un réajustement à chaque étape :
Phase I : construction d’un prototype
Phase II : traitement de quatre familles de coraux
Phase III : traitement de 80% des coraux des Mascareignes au niveau spécifique et 100% au niveau générique.
Phase IV : traitement des 20% manquants et extension de la base générique au sud-ouest de l’océan indien. Développement des contenus du
site web. Réédition de la plaquette enrichie de données écologiques et traduite en anglais.
Les trois premières phases sont achevées, et la quatrième est en projet.
3.2 Les méthodes
Constitution d’une base IKBS :
La base propose un arbre de décision dont le cheminement s’effectue au moyen d’une suite de questions-réponses au niveau générique, puis
spécifique (Aide à l’identification)
L’aide à la gestion des collections des musées s’effectue en deux étapes :
Création, à partir du programme IKBS, d’un modèle descriptif pour une famille donnée.
Renseignement de la base sur les spécimens en collection, en décrivant chaque objet et attribut. Chaque spécimen observé et décrit constitue
un cas.
Après une phase d’évaluation, l’expert va pouvoir redéfinir les attributs, les valeurs, du modèle descriptif s’il constate des incohérences. Il peut y
ajouter de nouvelles illustrations plus explicites (dessins), de nouveaux commentaires, etc.(Mise à jour des connaissances)
3.3 Les moyens techniques
Le système IKBS (Iterative Knowledge Base System) développé par l’IREMIA est une plate-forme générique de construction de base de
connaissances. Ce logiciel permet le stockage, la gestion et la transmission des connaissances dans tous les domaines de la biologie ayant
besoin d’aide à la décision.
Le système Xper2 développé par le LIS (UPMC) a été utilisé en phase 3 pour permettre une identification des genres à partir de l’ordre des
Scléractiniaires et pour donner l’accès aux connaissances à un plus large public (testé avec succès sur des non-spécialistes, passionnés ou non,
quelle que soit leur formation).
Xper2 est basé sur le format XPER qui représente les connaissances au travers de quatre types d’objets : une liste de taxons, une liste de
descripteurs ou caractères, un ensemble d’états ou de valeurs observables, un ensemble de groupes organisant la description par thème ou par
structure anatomique.
Xper2 assure aussi l’interface avec d’autres formats de données.
3.4 Les moyens humains
Au total 9 personnes (permanents, prestataires, vacataires) sont intervenues de façon régulière dans le projet : Gérard Faure (Expert, Professeur
honoraire), Michel Pichon (Expert, EPHE), Francesca Benzoni (Expert, BtBs), Pierre Gigord (Gestion du projet, PGC ), Yannick Geynet, Cognitique,
Corrdination des experts, Web), David Grosser (IKBS, LIM-IREMIA), Guillaume Dubus (Xpert2, LIS), Régine Vignes-Lebbe, (Xpert2 , LIS), David
Caron (Photos, graphisme, Web).
Il a été fait appel à d ’autres ressources de façon ponctuelle.
Le prévisionnel par tâche en journée homme (J/H) est présenté dans le tableau ci-dessous. Certaines tâches prévues en prestations ont été
réalisées sous forme de vacations.
Prestations Etudes et développement J/H
Expertise
143
Cognitique
270
Gestion de projet
32
Total
445
Permanents
547
Vacations
J/H
Stagiaires
270
Expérimentation terrain
30
Manipulation des collections
30
Traduction, communication
100
Photographie
60
Infographie 2D 3D
150
Développement IKBS
120
Total
760
3.5 La communication sur le projet
Communications scientifiques :
2008, Etats-Unis, 11th International CoralReef symposium
2007, Afrique du Sud, WIOMSA 5th scientific symposium
Etc.
Communication tout public : Mai 2008 :
Exposition sur le projet BC2M à l’Hôtel de Région (Saint Denis)
Plaquette de 52 pages +CD Rom tirée à 1000 exemplaires : "Base de connaissances sur les coraux des Mascareignes / Grâce aux TIC, mieux
connaître la biodiversité pour mieux la préserver"
2007 et 2008 : Participation à la Fête de la Science
Test sur des non-spécialistes
Site Internet : http://coraux.univ-reunion.fr
Plaquette de présentation de BC2M
Le site Web de BC2M
4- Bilan et perspectives
4.1 Les éléments de bilan
La Base de Connaissances sur les Coraux des Mascareignes offre une visibilité internationale : site Web, publications et communications
soutenues dans différents congrès internationaux. Elle contribue au rayonnement de la recherche réunionnaise et plus largement de La Réunion.
Elle renforce et dynamise en outre une collaboration locale (IREMIA, ARVAM, ECOMAR, Vie Océane, …) nationale (Muséum National d’Histoire
Naturelle, EPHE-Perpignan/Ecole pratiques des hautes études) et initialise une coopération internationale (Milan/Italie) et régionale (Maurice).
4.2 Appréciation du porteur de projet
L’intérêt essentiel de ce projet tient sans doute à la vision « usages » adoptée : les chercheurs de l’IREMIA s’appuient sur les préoccupations
concrètes des experts biologistes pour adapter, développer des outils informatiques répondant à leur besoins. Cette forte collaboration entre
biologistes et informaticiens pour construire une base de connaissances est quelque part exemplaire.
Par ailleurs ce projet qui a abouti à la validation d’outils d’identification présente un intérêt concret : identifier à partir d’un échantillon ou une
photo pour ensuite pouvoir obtenir des informations complémentaires en consultant des bases de données.
Pour résumer nous reprendrons la phrase de la première page de la plaquette Base de Connaissances sur les Coraux des Mascareignes : « Grâce
au TIC mieux connaître la biodiversité pour mieux la préserver ».
5- Critères d´évaluation
5.1 Innovation
L’innovation réside dans le développement des outils de gestion des connaissances IKBS et Xper2. Ils permettent la mise en oeuvre d’une
nouvelle méthodologie d’acquisition, de traitement, de validation et de diffusion des connaissances scientifiques de l’ordre à l’espèce en
fonction du public visé.
5.2 Impact
BC2M favorise la diffusion des connaissances vers un large public et elle assure la conservation et la transmission des connaissances d’experts
en taxonomie. L’impact attendu est une meilleure appropriation de son environnement pour une meilleure protection.
5.3 Reproductibilité
Une base de connaissances élaborée avec IKBS est utilisable et transposable à toute autre zone géographique et à l’ensemble des formations
récifales du globe.
5.4 Pérennité
Une phase 4 est en cours de définition.
Contacts : Yannick Geynet, Pierre Gigord, gestionnaires du projet, laboratoire IREMIA de l’Université de La Réunion
Tel : 0262 48 33 95, laboratoire IREMIA
Sites : Site internet BC2M Site Internet IKBS
Liens vers d’autres Initiatives :Diffusion et valorisation de la Recherche par les TIC : Le programme ETIC3
Documents :