Dell déploie une architecture informatique Haute Performance (HPC

Dell déploie une architecture informatique Haute Performance
(HPC) au service de la recherche contre le cancer
à Gustave Roussy
Paris, le 28 Septembre 2015 – Dell annonce le succès de la mise en place d'un système
informatique fondé sur une architecture HPC au service du séquençage génomique. Cette
nouvelle solution spécialement créée pour Gustave Roussy a pour but d’optimiser et
d’accélérer l'étude des mutations des tumeurs cancéreuses infantiles. Cette initiative s’inscrit
dans le cadre d’un partenariat de plusieurs années entre Dell, Gustave Roussy et sa
Fondation. Ainsi, Dell a généreusement offert ce cluster à la Fondation Gustave Roussy dont
l’objectif est de financer la recherche contre le cancer menée à l’Institut.
« C’est de loin le projet le plus ambitieux que nous ayons réalisé avec Gustave Roussy,
réputé pour traiter les cas rares de cancers et pour son expertise européenne en recherche
médicale. En mettant les supercalculateurs de Dell au service de la recherche contre le
cancer, nous allons pouvoir accélérer les processus de recherche en laboratoire afin de
trouver des traitements adaptés à des cas jusqu’alors inconnus », déclare Marc MendezBermond, HPC Solutions Expert, Dell.
Développé conjointement par les chercheurs de Gustave Roussy et les experts de Dell, ce
projet informatique d’envergure s'appuie sur la puissance de calculs intensifs fournis par des
équipements HPC et destiné à découvrir de nouvelles formes de cancers et à analyser leur
impact en matière d'altération du génome, ainsi que leur évolution.
Les altérations du génome se caractérisent par une lésion cellulaire, qui provoque une
mutation de l’ADN qui génère ensuite une protéine déficiente. S'ensuit une cascade
d'événements qui peuvent aboutir à la formation d'une tumeur. Ainsi, l'objectif du groupe de
travail de Gustave Roussy en charge de ces recherches était de pouvoir identifier
rapidement les altérations du génome sur des tissus sains ou atteints, d'en extraire les
séquences ADN et d’isoler les mutations, le tout dans un référentiel d'étude donné. Ce
référentiel NGS (Next Generation Sequencing) repose sur un workflow d'analyse précis et
nécessitant un équipement informatique conséquent afin d’analyser la masse de données
produites.
« Le cancer commence toujours par une altération du génome, dûe à différents facteurs
(pollution, UV, mode de vie, vieillissement, hérédité etc.). C’est sur ce cas précis que les
systèmes Dell vont nous aider à optimiser la vitesse et l’efficacité des analyses de
séquences d’ADN pour identifier les altérations génomiques », explique Daniel Gautheret,
Professeur à l’Université Paris Sud.
Mis en service depuis 3 mois, le supercalculateur Dell de type Dell Genomic Data Analysis
Plateform a permis d'analyser les séquences d'une vingtaine de tumeurs pédiatriques dans
le cadre des essais cliniques BIOMEDE et MOSKIDO menés à Gustave Roussy par le
Dr Grill et le Pr Soria, offrant de nouvelles perspectives de recherche.
La solution Dell au service du Big Data en cancérologie
Après avoir étudié les besoins et les limites techniques de ce projet, Dell a proposé à
Gustave Roussy une gamme de solutions HPC complète, reposant sur des équipements
serveurs, réseaux et stockage.
Tout au long du workflow NGS, permettant d’obtenir une cartographie de l’ADN, les
opérations génèrent une très importante quantité de données. Disposées sur une solution de
système de fichiers parallèle et basée sur des baies hautes performances Dell PowerVault
MD d’une capacité totale de près de 220To, les données sont ensuite analysées, et des
rapports d’analyses statistiques sont produits, fournissant les indications sur les mutations du
génome.
La puissance de calcul nécessaire aux études est fournie par 16 serveurs Dell PowerEdge
R630 et un serveur Dell PowerEdge R820, offrant une infrastructure haute performance
facilitant l’accès, le traitement et la gestion des données génomiques volumineuses.
Le partenariat Dell, Gustave Roussy et la Fondation Gustave Roussy
Dell France et Gustave Roussy entrent dans la sixième année de leur partenariat
technologique commencé en 2009, dans le cadre du programme mondial « Powering The
Possible – Pediatric Cancer Care » de Dell. Depuis, Dell France soutient le Département de
Cancérologie de l’Enfant & de l’Adolescent de Gustave Roussy dans le but d’améliorer la vie
de ces patients, et de fournir un matériel informatique moderne à l’ensemble du corps
médical.
L’architecture HPC de Dell installée à Gustave Roussy entre dans le cadre de ce partenariat.
La mobilisation de Dell pour la recherche sur le cancer pédiatrique ne s’arrête pas là. La
structure philanthropique du groupe, Dell Global Giving, organise une opération inédite de
mobilisation de ses employés pendant le mois de septembre. 98 000 personnes sont invitées
à marcher, courir, pédaler pour soutenir la recherche sur le cancer des enfants. Dell
contribue financièrement en faisant, pour chaque participant inscrit, un don qui sera reversé
à trois institutions dans le monde qui œuvrent pour la génomique dont Gustave Roussy en
Europe.
A propos de la Fondation Gustave Roussy
Créée en 2005, la Fondation Gustave Roussy a pour mission de financer la recherche menée à
Gustave Roussy, tout en conservant au cœur de ses actions l'objectif d'améliorer la prise en charge et
la qualité de vie des patients. La Fondation Gustave Roussy est agréée par le "Comité de la Charte du
don en confiance" depuis juin 2009.
A propos de Gustave Roussy
Gustave Roussy, premier centre de lutte contre le cancer en Europe, constitue un pôle d’expertise
global contre le cancer entièrement dédié aux patients. Il réunit 3 000 professionnels dont les missions
sont
le
soin,
la
recherche
et
l’enseignement.
–
www.gustaveroussy.fr
–
www.gustaveroussy.fr/manifeste-innovationcancer
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Gustave Roussy
Claire Parisel
Christine Lascombe
Chargée des
relations médias
Directrice de la
communication