Rapport d`activités type - CNR des infections à chlamydiae

Rapport annuel d’activité
2013
Centre de national de référence
des infections à chlamydiae
USC EA 3671,
Infections humaines à mycoplasmes et à chlamydiae
INRA-Université Bordeaux Segalen
CHU de Bordeaux
Année
d’exercice
2012
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Sommaire
page
Résumé Analytique
1 . Mission et organisation du CNR (en annexe)
2. Activités d’expertise
3. Activités de surveillance
4. Alerte
5. Activité d’information, de formation et de conseil
6. Travaux de recherche en lien direct avec l’activité du CNR
7. Programme d’activité N+1 et N+2
3
30
5
11
22
22
22
26
Figure 1. Evolution de l’activité issue du CDAG 2007-2012
10
Figure 2. Nombre de sérologie de C. psittaci réalisées au CNR 2004-2012
11
Figure 3. Nombre de PCR C. psittaci réalisées au CNR 2004-2012
11
Figure 4. Evolution de la LGV en France 2002-2012
13
Figure 5. Répartition des cas d’anorectites à souches L et non L à Paris et en Province 13
Figure 6. Répartition des différents génovars dans les prélèvements génitaux et rectaux15
Figure 7. Cas de psittacoses décrits 2005-2012
18
Figure 8. Dendogramme obtenu d’après le type MLVA de
chaque souche de génovar D/Da
24
Tableau 1. Echantillons rectaux typés au CNR 2002-2012
12
Tableau 2 : Répartition des patients VIH+/VIH- ayant une anorectite à souche L ou non 14
Tableau 3. Echantillons autres que rectaux typés au CNR
dans le cadre de la surveillance de la LGV
14
Tableau 4. Répartition des génovars selon le site d’isolement
15
Tableau 5. Détails des cas de psittacose déclarés en 2012
17
Tableau 6. Caractéristiques des VNTRs sélectionnés pour la MLVA
sur les souches de C. trachomatis de Génovar D/Da
23
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Résumé analytique
Le CNR a mis à disposition un site
http://www.cnrchlamydiae.u-bordeaux2.fr/
web
dont
l’adresse
est
la
suivante :
1.1.1. Infection à Chlamydia trachomatis
•
Anorectites à C. trachomatis.
Afin d’améliorer la prise en charge et de recueillir des données cliniques et
comportementales des patients atteints de rectite à C. trachomatis, le CNR a élaboré
en 2010, une nouvelle stratégie de surveillance plus réactive en partenariat avec les
laboratoires et les cliniciens qui collaboraient déjà avec le CNR et l’InVS. Le protocole
et les fiches de recueil d’informations cliniques, comportementales et biologiques
sont disponibles sur le site.
Des retours d’information ont été mis à disposition sur le site web et envoyés
régulièrement par courrier à tous les participants au réseau de surveillance. Depuis le
début de la surveillance en 2004, le CNR a typé 2450 échantillons ano-rectaux
positifs à C. trachomatis. Le nombre de cas de lymphogranulomatose vénérienne
(LGV) s’élève à 1470 fin 2012, la plupart identifiés à Paris (86,2%) (C3). Toutefois en
2012, on observe une diminution significative des cas de LGV à Paris (72% vs 81%
en 2011).
Depuis 2010, le recueil des données biologiques, cliniques et comportementales
portent sur 848, 586 et 511 patients respectivement. La LGV ano-rectale est plus
souvent symptomatique que l’anorectite à souche non L (97% vs 64%, p<0,05%). Les
données biologiques montrent que les patients atteints de LGV sont significativement
plus souvent co-infectés par le VIH, la syphilis et l’hépatite C que les patients non
LGV (80% vs 39%, 56% vs 33%, 12% vs 4% respectivement, p<0,05) alors que ce
n’est pas le cas pour l’infection à gonocoque (19% vs 27%). Un fait notable est que le
nombre de patients VIH – augmente significativement entre 2010 et 2012 dans les 2
groupes, LGV et non LGV (17% vs 29,2% et 41,5 vs 71,7% respectivement).
L’orientation sexuelle diffère significativement entre les patients LGV et non LGV.
Quatre-vingt dix sept pour cent des patients LGV sont des hommes ayant des
relations avec les hommes (MSM) vs 88% des patients non LGV (p< 0,05). De plus,
les patients LGV et non LGV diffèrent aussi quant au nombre de partenaires sexuels
ou au type de partenaire, stable ou occasionnel. Ils ont des partenaires occasionnels
dans respectivement 87% et 74% des cas (p<0,05) et ont plus de 5 partenaires par
mois dans respectivement 52% et 40% des cas (p<0,05). Enfin, les patients atteints
de LGV sont significativement plus âgés que les patients atteints d’anorectites à
souches nonL (41,65 vs 34,5 ans, p<0,05).
La courbe épidémiologique de la LGV montre une nette progression entre 2004 et
2008 (102 cas en 2004, 117 en 2005, 140 en 2006, 170 en 2007, 191 en 2008), et
une stabilisation ces 4 dernières années (160 en 2009, 185 en 2010, 189 en 2011 et
196 en 2012). L’épidémie de LGV continue même si la courbe épidémiologique se
stabilise alors que le nombre d’anorectites à souche non L augmente. La surveillance
doit continuer et s’étendre à la population hétérosexuelle étant donnée la mise en
évidence d’un cas d’anorectite féminin à souche L2 (Peuchant et al., Clin Microb
Infect. 2011).
•
Dépistage de l’infection à C. trachomatis associé à Neisseria gonorrhoeae.
Le CNR effectue la détection de C. trachomatis sur l’automate Abbott m2000
réalisant en duplex la détection de C. trachomatis et N. gonorrhoeae depuis juin
2011. En 2012, sur près de 7000 échantillons testés, le taux de positivité global de
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C. trachomatis était de 10,7% et celui de N. gonorrhoeae était de 2,6 %. Les taux de
positivité de C. trachomatis et N. gonorrhoeae étaient, respectivement, de 20 % et
13,8 % chez les hommes symptomatiques consultant un CIDDIST, et de 8 % et 1,1 %
chez les hommes asymptomatiques consultant un CDAG. Dans ces mêmes centres,
les taux de positivité étaient, respectivement, de 16 % et 5,4 % chez les femmes
symptomatiques, et de 10,5 % et 0,6 % chez les asymptomatiques. Une nette
différence est observée entre les personnes symptomatiques et asymptomatiques
pour N. gonorrhoeae. D’une manière intéressante, les taux de positivité de
N. gonorrhoeae sont beaucoup plus élevés chez les femmes asymptomatiques
consultant au centre d’orthogénie et au CPEF du CHU de Bordeaux (respectivement,
2,4 % et 2,2 %) qu’au CDAG (0,6%), avec des taux de positivité de C. trachomatis
similaires (respectivement, 14 % et 12,5 %). Ces résultats montrent bien l’intérêt de
rechercher ces deux pathogènes dans tous les échantillons génitaux, que les patients
soient symptomatiques ou non, surtout chez les personnes consultant les centres
d’orthogénie et les CPEF. La fréquence globale de co-infection est de 7%. Le risque
de co-infection à C. trachomatis chez un sujet infecté par N. gonorrhoeae est 32%.
Dans le contexte de la commercialisation des tests de biologie moléculaire pour la
recherche couplée de C. trachomatis et N. gonorrhoeae, la question du dépistage de
l’infection à N. gonorrhoeae se pose dans les populations à faible prévalence. Pour
N. gonorrhoeae, aucune donnée de dépistage en population générale n’est
disponible en France sachant que N. gonorrhoeae touche essentiellement des sous
groupes de population présentant des facteurs de risque. La question de la fiabilité
d’un résultat positif se pose, liée à la faible valeur prédictive positive (VPP) des tests
dans les populations à faible prévalence. Nous avons réalisé une étude dont l’objectif
était de vérifier les résultats de PCR N. gonorrhoeae (+) obtenus avec l’automate
Abbott m2000 en utilisant deux autres tests commercialisés (Cepheid GeneXpert,
Roche 4800 CT/NG). Nos résultats montrent que dans les populations à faible
prévalence (<1%), la VPP du test Abbott est de 74% nécessitant une confirmation
soit en utilisant un autre test ciblant une autre cible soit sur un second échantillon
(C5). Ces travaux seront présentés au STI & AIDS world congress à Vienne,
Autriche, en juillet 2013.
.
•
Infection à C. trachomatis chez la femme enceinte.
Lors d’une étude de détection des trois principaux agents bactériens responsables
d’infections sexuellement transmissibles (IST), C. trachomatis, N. gonorrhoeae et
Mycoplasma genitalium, chez les femmes enceintes suivies à la maternité du CHU de
Bordeaux en 2011, nous avions trouvé une prévalence globale de C. trachomatis et
M. genitalium de 2,5% et 0,8% respectivement alors qu’elle était de 7,8% et 2,4%
respectivement dans la sous-population âgée de 18 à 24 ans. Aucun cas de
gonococcie n’avait été identifié (C2). A la suite de ce projet nous avons continué à
cibler les jeunes femmes enceintes de moins de 25 ans soit poursuivant leur
grossesse (112 femmes), soit venant pour une IVG (286 femmes) Les prévalences
sont respectivement de 7,1% et 11,5% confirmant les chiffres élevés d’IST chez les
jeunes femmes enceintes En ce qui concerne l’infection à gonocoque, 7 patientes
étaient infectées, soit une prévalence de 1,7%, 2 femmes enceintes poursuivant leur
grossesse et 5 venant pour une IVG. Ces prévalences sont en faveur d’un dépistage
de ces infections chez les femmes enceintes de moins de 25 ans. Ces travaux seront
présentés au STI & AIDS world congress à Vienne, Autriche, en juillet 2013.
•
Dépistage de l’infection à C. trachomatis via internet.
A l’automne 2011, l’INPES et le CNR ont organisé une campagne de détection de C.
trachomatis chez les jeunes de moins de 25 ans via internet (étude chlamyweb). Les
résultats ont montré une excellente participation des jeunes et un taux élevé de
retour d’échantillons prélevés à domicile (62%). Les prévalences de C. trachomatis
étaient de 8,31% chez les filles et 4, 27% chez les garçons. Ces chiffres sont
nettement plus élevés que ceux retrouvés dans l’étude NatChla de 2006 avec des
prévalences de 3,6% chez les filles et 2,4% chez les garçons de la même tranche
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d’âge. Ces travaux seront présentés au STI & AIDS world congress à Vienne,
Autriche, en juillet 2013.
1.1.2. Infection à Chlamydia psittaci
Le CNR a fait 18 signalements de psittacose en 2012, 14 cas certains et 4 cas
probables, dont 14 venaient de la région Ouest.
1 Mission & organisation du CNR (voir en annexe, p29)
2 Activités d’expertise
2.1 Capacités techniques du CNR
2.1.1 Liste des techniques utilisées par le CNR
C. trachomatis

Recherche directe : tests d’amplification génique in vitro
 Trousses PCR automatisées CT/NG
 Cibles : deux cibles plasmidiques permettant la détection du variant suédois pour
C. trachomatis et une cible pour N. gonorrhoeae.
 Principe : PCR en temps réel en chimie TaqMan
 Appareil dédiée : m2000
 Fournisseur : Abbott
 Tests PCR « maison »
 Détection de tous les sérovars : nous avons développé 2 tests, l’un ciblant le
plasmide cryptique dans une région identique à celle de la PCR Roche et l’autre
ciblant le gène omp1 par PCR en temps réel en chimie SYBR Green sur Light
cycler 480 (Roche) (Dutilh, B., et al, Res Microbiol, 1989, 140 : 7-16)
 Détection spécifiques des souches L : d’après la publication de Morré SA, et al..
Emerg Infect Dis. 2005; 11: 1311-1312. Ce test met à profit la particularité des
souches L d’être délétées de 34 pb sur le gène pmpH, en utilisant une sonde
TaqMan dessinée de part et d’autre de la délétion. Un signal de PCR n’est
présent que si la sonde s’hybride signifiant que la délétion est présente et que la
souche est de type L. Ce test permet d’identifier en une seule étape la présence
d’une souche de type L dans les échantillons rectaux et uro-génitaux positifs pour
C. trachomatis.
 Détection spécifique des souches L2b : d’après la publication de Verweij SP, et
al. Clin Microbiol Infect Nov;17:1727-30. Ce test met à profit une particularité du
variant L2b qui est le seul à posséder un fragment d’insertion sur le gène pmpH.
Une sonde dessinée au niveau de cette insertion permet d’identifier une souche
L2b dans un prélèvement en une seule PCR.

Recherche directe par culture cellulaire
 Support cellulaire : cellules McCoy
 Format : tube unitaire à lamelle
 Révélation à l’aide d’anticorps monoclonal anti MOMP fluorescent
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 Lecture au microscope à fluorescence

Sérologie
Recherche des IgG et IgM par méthode Elisa (Medac, Dia Sorin) sur automate
Eti-Max. Conformément à la nomenclature (JO septembre 2011), les IgA ne
sont plus recherchées.

Typage moléculaire
 Méthode de PCR-RFLP du gène omp1 validée et publiée en 1992 par notre
laboratoire : détermination du génovar de la souche
- soit après culture cellulaire,
- soit directement sur l’échantillon biologique
 Séquençage du gène omp1 : mise en évidence de la mutation A→G (AAT Ser
162→ AGT Asp) de la souche épidémique L2b retrouvée dans l’épidémie de LGV.
 Typage moléculaire : Multiple Locus VNTR Analysis-MLVA- (Peuchant O., PLoS
One. 2012;7(2): e31538, Multiple Locus Sequence Typing-MLST- (Klint, M., et al,
J. Clin. Microbiol, 2007, 45 : 1410-1414), Single Nucleotide Polymorphism-SNPdu gène omp1 (Rodriguez, P., et al, J. Clin. Microbiol, 1991, 29 : 1132-1136). Ce
typage permet de différencier les souches de C. trachomatis appartenant à un même
génovar, l’analyse d’un même génovar pouvant étayer l’hypothèse d’une épidémie,
d’identifier un mode de transmission ou de distinguer une recontamination d’un échec
thérapeutique dans le cas d’une réinfection.
 Sensibilité aux antibiotiques
L’étude de la sensibilité aux antibiotiques de C. trachomatis ne se fait pas en routine
étant donné la lourdeur de la technique. Le principe repose sur l’utilisation de tapis cellulaire
infecté par un inoculum quantifié en présence de concentrations croissantes d’antibiotiques.
La CMI (concentration minimale inhibitrice) est la concentration d’antibiotiques où l’on
n’observe plus d’inclusions normales au microscope. La CMB (Concentration minimale
bactéricide) peut être appréciée par une technique moléculaire de RT-PCR que nous avons
mise au point au laboratoire et publiée (Peuchant O., J Med Microbiol, 2011, 60, 508-14).
C. pneumoniae

Recherche directe : tests d’amplification génique in vitro
 Extraction automatisée sur l’automate MagNa Pure des Laboratoires Roche
 Tests PCR « maison »
o Cible : gène de la protéine majeure de membrane externe
Amorce sens Cp-F 5’-GAT CCG CTG CTG CAA ACT ATA CT-3’
Amorce anti-sens Cp-R 5’-GTGAAC CAC TCT GCA TCG TGT AA-3’
o Principe : PCR en temps réel en chimie TaqMan
Sonde QMOMP S 5’-FAM – TAG GCC GGG TTA GGT CTA TCT ACG
GCA GT- TAMRA -3’
o Thermocycleur : Light cycler 480 (Roche)
 Recherche directe : culture cellulaire
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 Support cellulaire : cellules Hep2
 Format : tube unitaire à lamelle
 Révélation à l’aide d’anticorps fluorescent ayant une spécificité de genre
Chlamydia
 Lecture au microscope à fluorescence

Sérologie
Recherche des IgG et IgM par méthode Elisa (Medac, Dia Sorin) sur automate
Eti-Max.
C. psittaci

Recherche directe : test d’amplification génique in vitro
 Extraction automatisée sur l’automate MagNa Pure des Laboratoires Roche
 Tests PCR « maison »
 Cibles : Nous utilisons 2 types de cible :
Une cible spécifique de C. psittaci, le gène de la protéine d’inclusion Inc
(Ménard A., et al, J. Med. Microbiol, 2006, 55, 471-473)
Amorce sens F1-incA-Cpsi : 5' CGGCGTGCCACTTGAGA 3'
Amorce anti sens R1-incA-Cpsi : 5' GCCATCATGCTTGTTTCGTTT 3'
Une cible spécifique de genre Chlamydia dans le gène 23S (Laroucau, K., et
al, Vet Microbiol, 2009, 135, 82-89)
Amorce sens Ch23S-F
5' CTGAAACCAGTAGCTTATAAGCGGT 3'
Amorce antisens
Ch23S-R
5' ACCTCGCCGTTTAACTTAACTCC 3'
 Principe : PCR en temps réel en chimie TaqMan
Sonde Cpsi incA- NM : FAM-TCATTGTCATTATGGTGATTCAGGANFQ-MGB
Sonde Ch 23SFAM 5’ CTCATCATGCAAAAGGCACGCCG3’ TAMRA
 Thermocycleur : Light cycler 480 des laboratoires Roche

Recherche directe par culture cellulaire en laboratoire de type P3
 Support cellulaire : cellules McCoy
 Format : tube unitaire à lamelle
 Révélation à l’aide d’anticorps fluorescent ayant une spécificité de
genre Chlamydia
 Lecture au microscope à fluorescence

Sérologie
Recherche des IgG et IgM sur lames par immunofluorescence (3 spots
antigènes de C. trachomatis, C. pneumoniae et C. psittaci) (lames Focus, Eurobio).

Typage moléculaire
Réalisé au laboratoire vétérinaire de Maisons-Alfort par une méthode MLVA
(Laroucau K., et al, Infect Genet Evol, 2008, 8 : 171-81).
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2.1.2 Collections de souches, antigènes ou immun-sérums de référence
 Description : le CNR dispose de souches de référence de :
C. trachomatis (18 sérovars ou génovars)
C. pneumoniae (3 souches)
C. psittaci (7 souches)
Et plus de 1500 souches cliniques de C. trachomatis, 2 souches cliniques
de C. psittaci et 3 souches cliniques de C. pneumoniae.
 Conditions de stockage : ces souches sont conservées en milieu de
transport à –80°C, en double dans deux congélateurs différents disposant
d’un système d’alarme en cas de chute de température.
 Conditions de mise à disposition de ces collections : le CNR envoie sur
demande les souches ou les extraits d’acides nucléiques pour contrôle
positif de PCR.
2.1.3 Techniques recommandées par le CNR
Les techniques recommandées par les CNR sont celles utilisées par le CNR
(diagnostic/identification, typage, sensibilité aux anti-infectieux...) et sont décrites dans des
chapitres de livre ou des revues écrits par le CNR : REMIC 4ème édition et « The European
Manual of Clinical Microbiology » coéditée par la Société Française de Microbiologie (SFM)
et l'European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ESCMID).
De nombreux systèmes de détection de C. trachomatis par amplification génique sont
disponibles sur le marché français. Les techniques diffèrent par leur principe (PCR
[polymerase chain reaction], TMA [transcription mediated amplification], SDA [strand
displacement amplification]), par leur cible d’hybridation (ADN plasmidique et/ou
chromosomique, ARN ribosomique), leur technicité (manuelle ou automatisée). La
plateforme Cobas 4800 (Roche) présente d’excellentes performances, notamment sur les
urines. Des essais comparatifs avec les systèmes Abbott m2000, Gen-Probe AC2 et BD
ProbeTec Viper, montrent un taux global de concordance supérieur à 98 %, aussi bien sur
les urines masculines que sur les écouvillons endocervicaux ou vaginaux. Tous ces
automates sont équipés d’un extracteur et d’un amplificateur permettant de réaliser des
séries plus ou moins importantes avec une parfaite robustesse et traçabilité. Ils présentent
tous l’avantage de détecter simultanément C. trachomatis et N. gonorrhoeae.
2.1.4 Travaux d’évaluation des techniques
Le CNR a évalué en 2012 deux trousses de détection de C. trachomatis développées
par les industriels Bio-Rad et Roche. La publication des résultats de l’évaluation de la
trousse Bio-rad détectant simultanément C. trachomatis, N. gonorrhoeae et M. genitalium est
parue en 2012 (I1). Les résultats montrent les excellentes performances de cette trousse.
Dans la population de CDAG/CIDDIST incluse dans cette évaluation, la prévalence de C.
trachomatis était de 9%, celle de M. genitalium de 2%, et celle de N. gonorrhoeae de 1%. La
proportion de co-infection était de 8,7 %. M. genitalium et N. gonorrhoeae étaient associés à
C. trachomatis dans respectivement 30 % (3/9) et 28 % (2/7) des cas.
Nous avons évalué l’utilisation d’écouvillons flockés secs pour les prélèvements
vaginaux et proposé un protocole de détection de C. trachomatis dans le sperme sur
l’automate cobas 4800 de Roche. Les résultats viennent d’être publiés en 2013 (I4) et
montrent que l’écouvillon flocké sec est aussi performant que le kit de prélèvement proposé
par Roche. Ceci permet de valider les protocoles de prélèvement utilisant ce type
d’écouvillons.
Dans le cadre d’évaluation des techniques, le CNR s’est posé la question de la
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fiabilité d’un résultat de PCR positif pour le gonocoque avec le système Abbott. En effet,
pour N. gonorrhoeae (NG), aucune donnée de dépistage en population générale n’est
disponible en France sachant que NG touche essentiellement des sous-groupes de
population présentant des facteurs de risque. La question de la fiabilité d’un résultat positif
se pose, liée à la faible valeur prédictive positive (VPP) des tests dans les populations à
faible prévalence.
Depuis Juin 2011, nous observons des taux de positivité de l’ordre de 10% pour CT
et de 2,5% pour NG. La prévalence de NG varie en fonction de l’origine du patient et du
caractère symptomatique ou non de l’infection. Au centre de dépistage anonyme et gratuit
(CDAG) et en centre d’orthogénie (patients asymptomatiques), la prévalence est de <1% et
2,3% respectivement. Au centre de dépistage et d’information des IST (CIDDIST) et en
service de gynécologie (patients symptomatiques), la prévalence est de l’ordre de 6%. Au
centre de planification familial (CPEF) (patients symptomatiques ou non), la prévalence est
de 2,5%. Disposant de deux automates, la plate forme cobas 4800 de Roche et le test
GenXpert de Cepheid, nous avons décidé de contrôler les résultats PCR (+) pour lesquels la
culture était négative ou non faite. Nous avons dans un premier temps, tester la sensibilité
analytique de ces trois tests sur des dilutions de souche de NG. Nous avons analysé les
cycles seuils de PCR. Pour une même charge bactérienne, on observe 3 à 4 cycles seuils
d’écart entre Cepheid et Abbott et 6 à 7 cycles seuils d’écart entre Cepheid et Roche.
Cepheid présente la meilleure sensibilité, dix fois plus sensible qu’Abbott et 100 fois plus
sensible que Roche.
Au total 172 échantillons ont été positifs par le test Abbott. Parmi eux, 32 étaient
positifs par culture et 49 ont été confirmés sur un 2ème échantillon. Parmi les 91 échantillons
qui ont fait l’objet d’investigations supplémentaires sur les deux autres automates, 74 ont été
confirmés par Cepheid et 68 par Roche. Dans 17 cas, le résultat PCR (+) par Abbott n’a pas
été confirmé ce qui confère au test Abbott, une VPP global de 90,1%. Si l’on prend en
compte l’origine des patients, la VPP passe de 75% au CDAG présentant une prévalence de
moins de 1% à 95,2% en gynécologie présentant une prévalence de 6%. A noter également,
une VPP de 75% sur les échantillons pharyngés alors qu’elle est de 92% dans les
prélèvements génitaux. Notre travail confirme les recommandations américaines qui
préconisent de contrôler un résultat (+) de PCR dans les populations à très faible
prévalence. Les recommandations sont soit d’utiliser un autre test ciblant un autre cible soit
de tester un second prélèvement. A la différence d’Abbott qui ne cible qu’un gène, les deux
automates Roche et Cepheid présente l’avantage de cibler deux gènes différents leur
assurant une meilleure spécificité. Ce travail a été présenté à la RICAI 2012 (C5)(poster en
annexe p 35) et sera présenté au STI & AIDS world congress de 2013.
2.2.
Activités d’expertise de l’année 2012
2.2.1 Nombre de souches de C. trachomatis ou de prélèvements reçus au CNR pour
typage :
1. Le CNR a reçu et typé 427 échantillons ano-rectaux en 2012.
2. Le CNR procède également au typage de toutes les souches, soit
après isolement sur culture cellulaire, soit directement à partir des
échantillons, identifiées dans son laboratoire hospitalier. En 2012, le
nombre de prélèvements typés s’élève à 484, appartenant à 311
femmes et 173 hommes consultant à la Maison Départementale de la
Santé de Bordeaux (MDS) pour 36% des femmes et 83% des
hommes.
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2.2.2 Nombre de souches ou échantillons de matériel biologique issus des collections du
CNR distribués
Le CNR a donné :
-
des extraits d’ADN de souches de C. trachomatis, C. pneumoniae, et C. psittaci pour
les laboratoires désirant des témoins positifs pour leur technique d’amplification.
-
3 souches L2 à Ian Clarke (Angleterre) pour séquençage du génome. Ce travail a
donné lieu à une publication dans Nature Genetics (I3).
2.2.3. Analyse de l’évolution des tendances en termes d’activité
• Concernant C. trachomatis : Le CDAG de la MDS représente environ la moitié de notre
activité. Le CDAG propose un dépistage systématique aux personnes asymptomatiques à
risque (femme < 25 ans, homme < 30 ans). Le bilan de l’année 2012 fait état de 3454
échantillons analysés avec un nombre de positifs de 314 soit un taux de positivité de 9%.
Jusqu’en 2011, le CDAG rajoutait le critère « avoir plus d’un partenaire dans les 3 derniers
mois » à celui de l’âge. En 2012, la proposition ne se fait plus que sur le seul critère d’âge.
Ceci explique le nombre plus important de demandes en 2012.
Le taux de positivité n’a pas cessé d’augmenter depuis 2007 (5,8% en 2007, 7,2% en 2008,
7% en 2009, 7,7% en 2010 et 11,7% en 2011). En 2012 le fait d’être moins restrictif sur les
critères d’éligibilité a fait légèrement baissé le taux de positivité qui reste élevé à 9%.
Figure 1. Evolution de l’activité issue du CDAG 2007-2012.
• L’activité d’expertise du CNR concerne également C. psittaci.
Le laboratoire reçoit des demandes de sérologie et de recherche directe de C. psittaci. En
2012, le laboratoire a reçu 969 demandes de sérologie, 886 en provenance du CHU de
Bordeaux et 89 hors CHU. La demande est stable.
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Figure 2. Nombre de sérologies C. psittaci réalisées au CNR 2004-2012.
La demande de PCR C. psittaci a été en augmentation passant de 2 en 2003 à 43 en 2007.
En 2008-2009, le nombre de demande de PCR et le nombre de cas PCR + ont augmenté,
en raison de l’étude descriptive sur la psittacose humaine dans le Sud-Ouest de la France
dirigée par l’InVS. En 2011, le nombre de demande est stable par rapport à 2007 et 2010. En
2012, nous avons reçu 88 demandes de PCR provenant pour 42% de Bordeaux et 20% de
la Roche /Yon, le reste provenant d’un peu partout en France. Sur le graphique, les losanges
indiquent le nombre de cas PCR+, 1 cas en 2003, 2 cas en 2005, 5 cas en 2006, 5 cas en
2007, 13 cas en 2008, 8 cas en 2009, 3 cas en 2010, 4 cas en 2011 et 11 cas en 2012 dont
la moitié proviennent de la Roche/Yon.
Figure 3. Nombre de PCR C. psittaci réalisées au CNR 2004-2012.
Nous n’avons pas eu d’activité d’expertise pour l’espèce C. pneumoniae.
3. Activités de surveillance
3.2.
Surveillance de l’évolution et des caractéristiques des infections
3.2.1. Surveillance de la LGV
Le nombre de cas de LGV en 2012 est de 196, stable sur ces dernières années et dépasse
le pic de cas de 2008 (191 cas). Au total, le nombre de cas de LGV s’élève à 1453 cas sur
les années investiguées dont 1251 viennent de Paris (86%) et 202 (14%) de Province. Le
tableau 1 récapitule le nombre d’échantillons rectaux typés au CNR depuis 2002. Un total de
Page 11 sur 38
109 échantillons (4,5%) n’a pas pu être typé, probablement en raison d’une charge
bactérienne dans l’échantillon trop faible.
Tableau 1. Echantillons rectaux typés au CNR 2002-2012.
Origine
Nbre
Année
géographique d'échantillons
2002-2003 Paris
27
Province
3
total
30
L
20
2
22
Non L
6
1
7
Non
amplifiable
1
0
1
2004
Paris
Province
total
131
5
136
98
4
102
25
1
26
8
0
8
2005
Paris
Province
total
167
18
185
103
14
117
50
4
54
14
0
14
2006
Paris
Province
total
211
21
232
133
7
140
56
14
70
22
0
22
2007
Paris
Province
total
229
28
257
157
13
170
62
14
76
10
1
11
2008
Paris
Province
total
259
42
301
173
18
191
72
19
91
14
5
19
2009
Paris
Province
total
212
37
249
140
20
160
53
14
67
19
3
22
2010*
Paris
Province
total
222
64
286
151
34
185
71
30
101
2011
Paris
Province
Total
251
96
347
152
35
187
97
59
156
2
2
4
2012
Paris
Province
total
250
177
427
141
55
196
109
122
231
4
4
8
2450
1470
879
109
TOTAL
*en 2010, la technique mise en place cette année là donne un résultat positif si la souche est
L, et négatif si la souche est non L.
Page 12 sur 38
Figure 4. Evolution de la LGV en France 2002-2012
La proportion des ano-rectites LGV et non LGV à Paris et en Province est illustrée dans
l’histogramme suivant :
Figure 5. Répartition des cas d’ano-rectites à souches L et non L à Paris et en Province.
Le nombre de cas de LGV reste quasi stable entre 2011 et 2012, la proportion de cas de
LGV sur l’ensemble des ano-rectites diminue tant à Paris (56,4% en 2012 vs 60% en 2011)
qu’en province (31% en 2012 vs 36% en 2011) comme le montre la figure 5.
On constate une forte augmentation de souches non L en province (59 en 2011 vs 122 en
2012) soit une augmentation de 52%.
L’écart des proportions des souches L entre Paris et la province se réduit : 81% des souches
L provenaient de Paris en 2011 contre 72% en 2012.
Page 13 sur 38
La demande de typage venant de la Province a augmenté régulièrement de 2004 à 2012 et
la mise en place du réseau s’est accompagnée d’une augmentation significative de ces
demandes (64 en 2010, 96 en 2011, 174 en 2012).
L’ensemble des données épidémiologiques, biologiques, cliniques et comportementales,
est rassemblé dans le poster (annexe p 37) envoyé à tous les participants du réseau,
cliniciens et biologistes, et qui est mis en annexe de ce document. Un fait notable est que le
nombre de patients VIH – augmente significativement entre 2010 et 2012 dans les 2
groupes, LGV et non LGV (17% vs 29,2% et 41,5 vs 71,7% respectivement p < 0,05).
Tableau 2 : Répartition des patients VIH+/VIH- ayant une anorectite à souche L ou nonL.
Année
anorectite
VIH+
VIH%VIH2010
LGV
116
24
17,1
2011
LGV
98
12
12
2012
LGV
80
33
29,2
2010
nonL
45
32
41,5
2011
nonL
42
61
59,2
2012
nonL
39
99
71,7
Nous notons un certain nombre de cas de récidive ou recontamination. Entre 2010 et 2012,
nous avons recensé 51 cas, 21 cas de récidive L/L, 10 cas de récidive nonL/nonL, 12 cas de
recontamination L /nonL et 8 cas de recontamination nonL/L.
Le CNR reçoit également des échantillons positifs à C. trachomatis d’une origine autre
qu’anorectale dans le cadre de la surveillance de la LGV. Le tableau 3 rassemble les
données des échantillons reçus au CNR en fonction de la nature de l’échantillon, du sérovar,
L2 ou non, de l’année et de l’origine géographique, Paris ou Province
Tableau 3 . Echantillons autres que rectaux typés au CNR dans le cadre de la surveillance
de la LGV.
Année
Origine
géographique
Nature des échantillons
Inguinal
L
2004
2005
Non L
Ulcération
L
Paris
1
1
Paris
2
1
Urètre
Non L
L
Paris
Paris
1
2008
Paris
3
2011
2
1
1
1
1
2
1
1
3
Province
1
Paris
Province
Total
Non L
1
1
2
1
1
1
1
3
1
1
1
1
1
2
1
3
2
1
1
4
27
1
2
0
10
3
2
1
17
2
1
Province
2012
Col
L
1
Paris
Paris
1
1
2
1
3
Province
2010
11
Non L
2
1
Province
2009
L
1
Province
Paris
Gorge
Non L
1
Province
2007
Urine
L
1
Province
2006
Non L
1
3
9
3
12
1
1
1
26
2
Sur l’ensemble des années de surveillance, Il faut noter l’observation de 27 cas de LGV avec
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ulcération et adénopathie inguinale, et 10 cas de souches L2b dans un site inhabituel, urètre,
urine ou gorge.
La répartition des génovars non L dans les rectites est très différente de celle observée dans
les infections génitales à type d’urétrite ou de cervicite. Le génovar Da est le plus fréquent
parmi les souches rectales (41,3%) alors qu’il ne représente que 9% dans les prélèvements
génitaux. A l’inverse, le génovar E, majoritaire dans les prélèvements génitaux (48%), ne
représente que 18,4% des cas de rectite. Le tableau ci-dessous résume les fréquences des
génovars isolés d’échantillons rectaux entre 2002 et 2012 (613 hommes) et des 1688
souches génitales typées entre 2007 et 2012 à Bordeaux (1080 femmes et 608 hommes).
Tableau 4. Répartiton des génovars selon le site d’isolement.
Génovars
Souches rectales %
D/Da
41,3
souches génitales
Femme/Homme %
8,6 / 9,8
G
J
E
F
33,8
20,5
18,4
3,3
9,9 / 13,3
4,6 / 5
47,3/ 48
22,9/ 19
Figure 6. Répartition des différents génovars dans les prélèvements génitaux et
rectaux.
Il est à noter cependant en 2012, une augmentation des génovars E dans les souches
rectales. Les souches rectales en 2012 se répartissent de manière équivalente entre les 3
génovars dominants, D/Da, G et E. Par typage moléculaire de type MLVA, nous avions
montré que les souches rectales E isolées chez les homosexuels masculins (MSM) se
regroupaient dans un même type MLVA suggérant une dissémination clonale au sein de
cette population (I2). Ce travail reste à confirmer sur l’année 2012.
3.2.2. Surveillance de l’infection à C. trachomatis au CDAG/CIDDIST
La MDS de Bordeaux a établi une convention avec le laboratoire de Bactériologie du CHU
de Bordeaux pour le dépistage de l’infection à C. trachomatis chez les personnes consultant
au CDAG et au CIDDIST. Notre CHU a remporté l’appel d’offres 2012. Sur l’année 2012,
2671 personnes consultant au CDAG et 435 au CIDDIST ont bénéficié d’un dépistage C.
trachomatis. Le taux de prévalence global au CDAG est de 9 % (femme = 10,5%, homme =
8%) et celui au CIDDIST est de 18,3% (femme = 16%, homme = 20%).
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3.2.3. Surveillance des co-infections C. trachomatis/ N. gonorrhoeae et M. genitalium
Depuis juin 2011, le CNR effectue la détection de C. trachomatis sur l’automate Abbott
m2000 effectuant en duplex la détection de C. trachomatis et N. gonorrhoeae. De plus la
détection de M. genitalium est effectuée sur l’ensemble des échantillons, excepté ceux
provenant du CDAG, par une technique de PCR en temps réel maison.
En 2012, sur 6723 échantillons testés, le taux de positivité de C. trachomatis est de 10,7%
et celle de N. gonorrhoeae de 2,6% et sur 3146 échantillons testés, le taux de positivité de
M. genitalium est de 4,16%.
Le taux de positivité de N. gonorrhoeae est particulièrement élevé pour les femmes
généralement asymptomatiques qui consultent au CPEF ou qui viennent pour une
interruption volontaire de grossesse (centre IVG), soit 2,2 et 2,4% respectivement. Dans ces
mêmes services, la prévalence de l’infection à M. genitalium est supérieure à celle de N.
gonorrhoeae, respectivement de 3% et 4,6%. La détection simultanée des trois principales
bactéries responsables d’IST permet de mettre en évidence le taux de co-infection. Quand
une infection à N. gonorrhoeae est détectée, la probabilité d’avoir une infection à
C.trachomatis est de 32%. Quand une infection à M. genitalium est détectée, la probabilité
d’être aussi infecté à C. trachomatis est de 28%. Dans 4 cas, nous avons observé une triple
infection à C. trachomatis, N. gonorrhoeae et M. genitalium.
Dans le décret du JO du 5 octobre 2011, il est clairement précisé qu’en cas de rapport
sexuel anal et/ou pharyngé, il est important de rechercher C. trachomatis dans les deux ou
trois sites, génital, rectal et/ou pharyngé. Au cours des 18 derniers mois, sur 500 échantillons
pharyngés testés, 14 étaient positifs à C. trachomatis (2,6%) et 31 à N. gonorrhoeae (6,2%)
dont 3 co-infections. Sur ces 42 patients, 34 avaient bénéficié d’une recherche de C.
trachomatis et N. gonorrhoeae dans les autres sites (anal et génital) et la moitié d’entre eux
n’était infectée que dans la gorge. Ces résultats confirment l’intérêt de rechercher C.
trachomatis et N. gonorrhoeae dans les trois sites en cas de comportements à risque alors
que dans le catalogue des actes de la nomenclature, il est mentionné que seul un échantillon
par patient ne peut être côté.
3.2.4. Surveillance de la psittacose
En 2012, Le CNR a fait 18 signalements de cas de psittacose à l’InVS. Un cas suspect
est un malade présentant une symptomatologie respiratoire évocatrice de psittacose et
décrivant le mois qui précède la survenue des symptômes, une exposition directe à des
oiseaux, à leurs fientes ou à leurs plumes, quelle que soit l’espèce, dans un cadre
professionnel ou non.
Suivant les résultats biologiques, le cas suspect sera classé :
- certain (recherche directe par PCR positive, ou séroconversion ou augmentation de 4
fois le titre des IgG avec ou sans IgM),
- probable (présence d’IgM ou un titre d’IgG ≥128)
- possible (un titre IgG ≤ 64 sans IgM, ou un lien épidémiologique avec un cas confirmé
en l’absence de prélèvement pour le cas).
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Tableau 5. Détails des cas de psittacose déclarés en 2012.
PCR
Certains
n°1
n°2
n°3
n°4
n°5
n°6
n°7
n°8
n°9
n°10
n°11
n°12
n°13
n°14
non reçu
Pharynx +
Pharynx +
LBA +
nég
non reçu
gorge +
gorge +
LBA +
LBA +
LBA +
crachat +
nez/amygdale +
Pharynx +
sérologie
x4 entre 2
sérums
non reçu
négative
négative
séroconversion
séroconversion
/64
négative
non reçu
non reçu
non reçu
négative
négative
/128
Probables
n°1
n°2
n°3
non reçu
non reçu
non reçu
/256
/512 IgM+
/2048
n°4
non reçu
/1024
Possibles
LRSY
LRSY
LRSY
CH Strasbourg
LRSY
ARS Rhone Alpes
LRSY
LRSY
Lyon
Angers
Brest
Lyon
LRSY
Poitiers
CHU Bdx Ht lévèque
CH Lavaur (81)
CH St Nazaire
CHRU Tours
Trousseau
0
(LRSY = la Roche sur Yon)
18 cas
(7 sérologies +
11 PCR)
14 certains 2 séroconversions
1 sérologie x4
4 PCR + sans sérologie
5 PCR + avec sérologie 1 PCR + avec sérologie /64
1 PCR + avec sérologie /128
4
probables
1 sans PCR
1 avec PCR sans PCR
1 IgM+ IgG/512
3 IgM - avec IgG/256; /1024;
2048
La figure 7 ci-dessous résume l’ensemble des données des cas de psittacose des 7
dernières années.
Page 17 sur 38
Figure 7. Cas de psittacose décrits 2005-2012.
3.2.5. Réseau de partenaires
La surveillance des infections à C. trachomatis n’est possible que grâce à des
collaborations :
- avec les laboratoires CERBA et Biomnis,
- avec l’ensemble des laboratoires parisiens et de province qui participent au réseau
de surveillance des anorectites à C. trachomatis,
- avec un CIDDIST et un CDAG (MDS de Bordeaux) et des services hospitaliers tels
que le CAUVA (Centre d’Aide aUx Victimes d’Agressions) et un centre de
planification familiale et d’orthogénie (CHU de Bordeaux),
- avec l’Institut national de prévention et d’éducation pour la santé (INPES) ; l’INPES a
décidé d’expérimenter la proposition d’envoi d’un kit d’auto-prélèvement à domicile.
Cette étude, nommée Chlamyweb, a été déployée sur internet et s’est appuyée sur
une campagne de communication qui s’est déroulée du 1 septembre au 15 octobre
2012. Les résultats sont détaillés dans le paragraphe 3.6.2.
La surveillance de la psittacose s’est développée grâce à la mise en route de l’étude
descriptive dans l’Ouest et le Sud-ouest de la France sur l’initiative de l’InVS en
collaboration avec les Cires des régions Bretagne, Pays de Loire, Poitou-Charentes,
Aquitaine, Midi-Pyrénées.
3.2.6. Contribution à la surveillance nationale en interface avec l’InVS
Le CNR participe au réseau de surveillance français des infections à C. trachomatis et
envoie ses données pour le réseau Rénachla sous la responsabilité de Guy La Ruche
(InVS).
Le CNR signale toute suspicion de psittacose à l’InVS qui peut alors diligenter une
enquête si nécessaire. Depuis que ce dispositif est mis en place (mars 2005), 163 cas
ont été signalés. Le signalement se fait par un fichier Excel transmis par mail dès que le
CNR détecte un cas. La définition des cas a été abordée plus haut.
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3.2.7. Collaborations avec des réseaux ou partenaires nationaux dans les domaines
suivants : santé animale, alimentaire, environnement.
Il existe une collaboration étroite entre le CNR et l’équipe Anses Chlamydioses, Unité
zoonoses bactériennes, laboratoire de Santé animale de Maisons-Alfort dans le cadre
de la surveillance de la psittacose. Il est à noter que la demande de laboratoire associé au
CNR Chlamydia pour cette équipe pour la période 2012-2016 n’a malheureusement pas
abouti.
- Le CNR envoie à Karine Laroucau ses échantillons humains positifs à C. psittaci
quand ils sont en lien avec un élevage investigué.
- Un travail collaboratif est en cours. Le titre du projet est
« Analyse du risque et des expositions à Chlamydia psittaci, agent de l’ornithosepsittacose, en milieu professionnel, secteur avicole ».
Ce projet est financé dans le cadre du PNR EST, Programme national de recherche
Environnement-Santé Travail et le CNR a obtenu un financement de 10 000€ par an sur
deux ans pour financer le volet humain.
L’objectif de ce projet est d’évaluer les risques et les expositions à C. psittaci en milieu
professionnel. Ce projet inclut un volet animal avec une détection et une caractérisation des
chlamydiae présentes chez les volailles ainsi qu’une détection de ces bactéries dans l’air à
différents postes de travail et un volet humain qui vise à évaluer l’incidence sanitaire du
travail sur les personnes au contact, en fonction des caractéristiques des postes de travail et
des espèces aviaires traitées. Ce travail est en cours pour le volet vétérinaire avec des
résultats préliminaires intéressants. Il a été financé pour l’ensemble des deux volets. La mise
en regard des données collectées devrait permettre de sensibiliser l’ensemble de la filière
avicole et de donner des lignes directrices pour la poursuite de la prévention. Il doit aussi
orienter les futures recherches.
Pour le versant animal, les travaux se sont focalisés en 2012 sur la filière canard mulard,
espèce fréquemment associée à des cas graves de psittacose. En abattoir, des
prélèvements d’air ont été réalisés tous les mois à différents postes de travail (quai de
déchargement, poste d’accrochage, poste de plumaison, poste d’éviscération et vestiaires)
en parallèle de l’analyse des lots de volailles abattus. La même approche a été conduite
dans un couvoir où des prélèvements d’air ont été réalisés à différents postes de travail
(réception des œufs, salle incubation, salle de mirage, salle d’éclosion, salle de sexage) en
parallèle de l’analyse d’œufs bêchés non éclos et de canetons d’un jour. La réalisation
d’analyses mensuelles n’a pas abouti à ce jour à une mise en évidence massive de C.
psittaci dans les 2 lieux étudiés. Les analyses se poursuivent. Par contre, l’analyse
ponctuelle de lots de canards gras en élevages a bien confirmé le fort niveau de portage
endémique chez cette espèce. Des investigations ont également commencé à être conduites
dans d’autres abattoirs de volailles. Les résultats disponibles à ce jour pour l’un d’entre eux,
n’abattant pas de canards mais plutôt des poulets et des pintades, a permis de mettre en
évidence, une fréquence significative de lots de volailles excréteurs de Chlamydiaceae. Les
premiers résultats de typage de ces souches montrent qu’il ne s’agit pas de l’espèce C.
psittaci mais plutôt de souches apparentées aux souches atypiques de Chlamydiaceae
récemment détectées à partir de lots de poulets. Les échantillons d’air prélevés dans cet
abattoir sont en cours d’analyse.
La mise en place du suivi médical de personnes travaillant au contact de ces volailles
(abattoir, couvoir, élevages) est en cours avec la contribution des responsables des
infrastructures sollicitées, du CHU de la Roche/Yon, de la MSA, de la médecine du travail et
du CNR. L’objectif principal est d’établir l’incidence sur une période de deux mois des
infections à chlamydiae tant au niveau biologique par sérologie et par PCR que clinique, en
fonction des espèces animales traitées et des postes de travail occupés dans une filière
avicole.
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Afin d’établir le lien entre exposition à la bactérie et infection : seront inclus les ouvriers du
secteur avicole dont les postes de travail ont été étudiés jusqu’à présent (quai de
déchargement, accrochage, plumaison, et éviscération) des Entreprises Ernest SOULARD
(abattoir de canards), SAVIC (abattoir de volailles à majorité de poulets), Couvoirs
BREHERET.
Les témoins d’exposition infectante (PCR) et d’immunisation (sérologie) sont prélevés à J0,
et J30. Un questionnaire rempli par le sujet à J0 et J 30 y est associé où figurent :
•
une partie clinique qui recense des signes cliniques évocateurs d’infection à
chlamydiae tels qu’ils sont perçus par les ouvriers entre J-30 et J0 d’une part et
d’autre part entre J0 et J+30.
•
Une autre partie porte sur le poste de travail occupé, le type de volaille traité, les
éventuelles mesures de protection utilisées et toute modification de conditions de
travail et/ou de volaille traitée dans les deux intervalles (J –30 à J0) et (J0 à J +30).
Sont considérés comme ‘’nouveaux ouvriers’’ les personnels arrivés dans une période de 30
jours avant le J0 et probablement non immunisés car ils n’avaient pas manipulé de volailles
quelles qu’elles soient depuis 6 mois. La notion de changement de poste de travail, de
changement d’espèce traitée, est prise en compte de J moins 30 à J plus 30. Le versement
dans un poste de travail non étudié entre J0 et J30 ne fait pas exclure un ouvrier de l’étude,
pourvu qu’il ait été dans un poste exposé au moins 20 jours sur les 30 derniers jours avant le
J0.
3.3.
Surveillance de la résistance des agents pathogènes aux anti-infectieux
En 2012, le CNR n’a pas fait de surveillance de la sensibilité aux antibiotiques des
souches de C. trachomatis.
3.4.
Détection et investigation des cas groupés et des phénomènes anormaux
Aucun phénomène anormal n’a été détecté en 2012.
3.5. Contribution aux réseaux de surveillance internationaux, en particulier
européens
Le CNR collabore avec le réseau européen de surveillance des IST.
3.6.
Enquête ou études ponctuelles concourant à la surveillance
3.6.1 . Prévalence des infections à C. trachomatis (CT) et N. gonorrhoeae (NG) chez les
femmes enceintes de moins de 25 ans. Comparaison de trois trousses commercialisées de
PCR en temps réel
Dans notre étude MATIST (C2) (poster annexe p 36) réalisée en 2011 chez les femmes
enceintes suivies à la maternité de Pellegrin, nous avions montré que la prévalence de
l’infection à CT était de 7,9% chez les jeunes de moins de 25 ans et n’avions pas trouvé
d’infection à NG dans cette même population. Ces résultats ont été obtenus en utilisant le kit
commercialisé d’extraction et PCR en temps réel Cobas 4800 CT/NG (Roche).
Nous suivons la population de femmes enceintes qui vient pour une interruption volontaire
de grossesse (IVG). Dans cette population, chez les moins de 25 ans, la prévalence de
Page 20 sur 38
l’infection à CT est de 12,5% et celle de NG de 2,4%. Ces résultats ont été obtenus par le
test d’extraction et de PCR en temps réel Abbott m2000 CT/NG, utilisé en routine au CHU de
Bordeaux.
Nous avons montré sur des dilutions de souches, que le test cobas 4800 CT/NG (Roche)
est 100 fois moins sensible que le test de PCR en temps réel GeneXpert CT/NG (Cepheid)
pour CT et 10 fois moins sensible pour NG. De façon similaire, nous avons trouvé que la
sensibilité du test Abbott m2000 CT/NG est 10 fois moindre que Cepheid pour CT et NG
(C5).
Objectif
L’objectif de cette étude est d’évaluer et de comparer les performances de trois kits de PCR
en temps réel précédemment cités, Roche, Cepheid et Abbott, pour la détection de CT et
NG dans ces deux populations de femmes enceintes de moins de 25 ans, celle venant en
consultation pour un suivi de grossesse et celle consultant pour une IVG. Toutes les
analyses sont réalisées à partir des écouvillons vaginaux réalisés lors de la consultation.
Une patiente est considérée comme infectée si au moins deux tests sont positifs.
Résultats
Entre septembre 2012 et février 2013, 398 femmes enceintes de moins de 25 ans ont été
incluses (112 consultant pour un suivi de grossesse et 286 consultant pour une IVG).
Au total, 41 patientes étaient infectées par CT, soit une prévalence globale de l’infection de
10,3% (41/398). De façon plus détaillée, la prévalence de l’infection à CT chez les patientes
consultant pour une IVG est de 11,5% (33/286) et pour les patientes consultant pour un suivi
de grossesse de 7,1% (8/112). L’analyse des résultats pour CT montrent que trois résultats
faussement positifs ont été obtenus avec le test Abott m2000 CT/NG, un résultat faussement
négatif avec chacun des tests cobas 4800 CT/NG (Roche) et GeneXpert CT/NG (Cepheid).
Ainsi, dans notre étude, la sensibilité et la spécificité étaient respectivement de 98% et 100%
pour les trousses cobas 4800 CT/NG (Roche) et GeneXpert CT/NG (Cepheid) et 100% et
99.2% pour le kit Abott m2000 CT/NG. La valeur prédictive positive pour CT variait de 93,2%
à 100% selon le test.
Concernant NG, 391 échantillons étaient négatifs et 7 étaient positifs par les trois techniques
utilisées. Tous les résultats obtenus étaient concordants, soit une sensibilité et une
spécificité de 100% pour chacun des trois kits. Chez les femmes enceintes de moins de 25
ans consultant pour une IVG, la prévalence de l’infection était de 1,7% (5/286) et 1,7%
(2/112) chez celles consultant pour un suivi de grossesse.
Conclusion
Dans la population étudiée, les trois kits testés ont des performances similaires pour la
détection de CT et NG. Ces résultats confirment également une prévalence élevée de
l’infection à CT chez les femmes enceintes de moins de 25 ans consultant pour un suivi de
grossesse, patientes pour lesquelles aucun dépistage n’est réalisé à l’heure actuelle.
Ce travail sera présenté au STI & AIDS world congress 2013.
3.6.2 . Surveillance de l’infection à C. trachomatis via internet : l’étude chlamyweb.
A l’automne 2011, l’INPES et le CNR ont organisé une campagne de détection de C.
trachomatis chez les jeunes de moins de 25 ans via internet. L’étude chlamyweb a pris la
forme d’un essai contrôlé randomisé visant à comparer le taux de dépistage de CT parmi les
personnes s’étant vues proposer l’envoi d’un kit d’auto-prélèvement à domicile (bras
intervention) versus le taux de dépistage parmi celles qui ont été orientées vers les
structures de dépistage traditionnelles (bras contrôle). Un questionnaire de suivi a été
proposé à l’ensemble des participants sept semaines après leur inclusion. Au final, 11 075
participants ont été inclus dans l’essai. Le taux de retour du questionnaire de suivi est de
36% dans le bras intervention et 31% dans le bras contrôle. Dans le bras intervention, 47,3%
des participants ont accepté l’envoi du kit, avec un taux d’acceptation plus élevé chez les
Page 21 sur 38
femmes (53%) que chez les hommes. Le taux de retour de ces kits au laboratoire du CNR
est également plus important chez les femmes (63,8%) que chez les hommes (58,8%). Le
CNR a organisé toute la logistique du circuit des échantillons en partenariat avec un
industriel, Mast Diagnostic, et a effectué les tests sur la plate forme Roche cobas 4800. Le
CNR a reçu 2084 échantillons, 1311 écouvillons vaginaux et 773 urines d’hommes prélevées
sur un dispositif appelé uriswab ; ce dispositif est constitué de 3 éponges en brochette sur
une tige plastique permettant un recueil direct du premier jet. Au laboratoire, l’urine est
récupérée par simple centrifugation ; le nombre de tests positifs à CT a été de 142 (6,8%),
plus élevé chez la femme (8,3%) que chez l’homme (4,27%). Cette prévalence élevée
montre la capacité du dispositif à capter une population fortement touchée. Dans le même
temps, 9 échantillons étaient positifs à NG, 8 chez les femmes (0,61%, dont 5 co-infections
CT/NG) et 1 chez l’homme (0,13%). Ces chiffres confirment la faible prévalence de l’infection
à NG dans la population générale. Ce travail sera présenté au STI & AIDS world congress
2013.
4. Alerte
Aucune alerte n’a été rapportée en 2011.
5. Activités d’information, de formation et de conseil
En 2012, Le CNR a participé à la formation continue des biologistes, des gynécologistes et
autres médecins travaillant sur les IST notamment ceux du CDAG/CIDDIST.
B de Barbeyrac est invitée à faire des conférences dans le domaine des Chlamydia ou des
IST au collège de gynécologie du Midi, et d’Aquitaine, aux Médecins généralistes et
participent à l’enseignement des Diplômes universitaires des IST-VIH à Paris (Professeur
Janier), des Pathologies infectieuses de la femme enceinte, du fœtus et du nouveau-né
(Professeur Frydman) et au cours de Bactériologie générale de l’Institut Pasteur.
Nous recevons des biologistes qui viennent voir le mode de fonctionnement du laboratoire et
se former à la culture cellulaire de C. trachomatis.
Le CNR ne dispose pas de secrétariat propre. B de Barbeyrac répond à toutes les
demandes téléphoniques, et à tous les courriers mail ou postaux.
B de Barbeyrac participe au groupe de travail de révision de la Nomenclature de Biologie
présidé par le Professeur Christiane Bébéar. Elle a en charge l’organigramme du diagnostic
des infections à C. trachomatis et plus largement des IST. Les travaux actuels portent sur
les modifications de la nomenclature concernant le détection de N. gonorrhoeae et le
diagnostic de la syphilis.
6. Travaux de recherche en lien direct avec l’activité du CNR
6.1 .Développement d’une technique de MLVA pour le typage de C. trachomatis
Nous avons développé une méthode de génotypage par Multiple Locus Variable-Number
Tandem Repeat Analysis (MLVA) pour le typage des souches de C. trachomatis de génovar
E. Nous nous étions intéressées en priorité à ce génovar, compte-tenu de sa prévalence
élevée dans les infections uro-génitales. Au total, cinq séquences répétées en tandem
discriminates (VNTRs) ont été identifiées, et le typage de 220 souches et échantillons
cliniques de génovar E a été ainsi réalisé. Nous avons montré que la souche du nouveau
variant de C. trachomatis était d’origine clonale et que les souches E ano-rectales provenant
de patients homosexuels présentaient toutes un même et unique MLVA, suggérant une
dissémination clonale (I2). Actuellement, nous poursuivons le développement de la MLVA
Page 22 sur 38
aux souches de génovar D/Da, ce dernier étant fréquent dans les infections ano-rectales, en
particulier chez les patients homosexuels. Dans un premier temps, nous avons testés les
cinq VNTRs précédemment identifiés sur 17 souches de génovar D/Da. Les résultats
obtenus ont montré que seuls trois de ces VNTRs étaient discriminants. Au cours d’analyses
complémentaires, deux autres VNTRs, non discriminants sur les souches E, se sont révélés
l’être sur les souches de génovar D/Da (tableau 6) et ont donc retenus pour la MLVA.
Tableau 6. Caractéristiques des VNTRs sélectionnés pour la MLVA sur les souches de
C. trachomatis de génovar D/Da.
Marqueur
Position sur le
génomea (pb)
Localisation génomique
Taille du
motif
(pb)
Homologie
entre les motifs
TR-181
181845 - 181868
gène codant pour une
phospholipase D à activité
endonucléasique (CT157b)
12
84%
TR-762
760015 - 760028
Intergénique
7
90%
TR-51
51543 - 51913
gène hctB (CT046c)
108
91%
1025053 HPc (CT868)
3
94%
1025070
1035358 TR-1035
gène pmpHd (CT872)
6
83%
1035380
a
Position sur le génome de la souche de référence C. trachomatis D/UW-3.
b
Numérotation du gène sur le génome de la souche de référence C. trachomatis D/UW-3.
c
HP, gène codant pour une protéine hypothétique.
d
Le gène pmpH code pour la protéine de membrane H.
TR-1025
L’analyse des résultats de la MLVA obtenus pour les 17 souches de génovar D/Da étudiées
permet d’identifier 8 types MLVA (D1 à D8) dont un groupe principal constitué de 6 souches
regroupant les 3 souches d’origine rectale, 1 souche isolée d’endocol et 2 souches d’origine
urétrale (figure 8). Les souches ne sont pas regroupées en fonction de l’origine de
l’échantillon. Nous avons comparé notre technique de typage à deux autres méthodes
décrites dans la littérature, à savoir le séquençage du gène omp1 et la technique de MLST
développée par Klint et al. L’analyse du séquençage du gène omp1, réalisé pour les 17
souches, a mis en évidence la présence de SNP au sein de diverses souches, pouvant
former 3 grands groupes. Aucune souche de ces trois groupes ne présente de mutation dans
l’un des quatre domaines variables de la protéine MOMP. Avec la technique de MLST, les 17
souches sont réparties en 12 Sequence Types (ST), définis selon le profil allélique obtenu
pour chacun des cinq gènes séquencés d’après la base de données « C. trachomatis MLST
database » (http://mlstdb.bmc.uu.se). Quatre nouveaux ST ont été identifiés au cours de ce
travail. L’analyse des résultats montre que les six souches de ST109 correspondent aux
souches de MLVA type D4 (Figure 1). Chacun des 11 autres ST ne sont représentés que par
une seule souche. Ces résultats préliminaires suggèrent que la MLST développée par Klint
et al. pourrait être trop discriminante pour des études épidémiologiques à grande échelle. Ils
demandent à être confirmés par le typage de souches ou échantillons supplémentaires.
Page 23 sur 38
Type
MLVA
Sequence
Type
Souche
Origine
D619
Endocol
F
D4
109
Da 761
Urétral
H
2002
D4
109
Da 831
Urétral
H
2005
D4
109
Da 850
Rectal
H
2006
D4
109
DaCV450
Rectal
H
2008
D4
109
DaK10
Rectal
H
2004
D4
109
D524
Endocol
F
1994
D3
367
Da 781
Endocol
F
2003
D3
90
Da 820
Endocol
F
2005
D3
12
Da 928
Endocol
H
2008
D3
335
Ref Da/TW-448
Conjonctivite
1985
D2
193
Da 825
Urétral
H
2005
D1
370
D612
Endocol
F
D5
82
Ref D/UW3
Endocol
F
1965
D6
20
D530
Endocol
F
1994
D8
368
D962
Endocol
F
2009.
D8
369
Da 943
Urétral
H
2008
D7
187
Sexe
Année
Figure 8. Dendogramme obtenu d’après le type MLVA de chaque souche de génovar D-Da.
La réalisation de la MLVA directement à partir des échantillons cliniques devrait êtree
réalisée et des échantillons supplémentaires de génovar D de diverses origines vont être
typés. L’analyse de résultats nous permettra peut être, comme pour les souches E, de
suggérer une dissémination clonale au sein d’une population donnée, mais également
d’identifier un mode de transmission ou encore de permettre la différentiation entre échec
thérapeutique et réinfection.
6.2. Liste des publications et communications
Publications nationales
N1. Bertille de Barbeyrac, Olivia Peuchant, Chloé Le Roy, Maïthé Clerc, Laure Imounga,
Cécile Bébéar. Infections à Chlamydia : quoi de neuf ? Feuillets de biologie. 2012 LIII,
N°306 :33-37.
N2. Bertille de Barbeyrac. Actualités sur l’infection à Chlamydia trachomatis. Presse Med
(2013).
N3. La Ruche G, V. Goulet, A. Bouyssou, P. Sednaoui, B de Barbeyrac, N. Dupin, C.
Semaille., Épidémiologie actuelle des infections sexuellement transmissibles bactériennes
en France, Presse Med (2013), http://dx.doi.org/10.1016/j.lpm.2012.09.022
N4. Bertille de Barbeyrac, Olivia Peuchant, Guy La Ruche, Cécile Bébéar. Le point sur les
infections génitales à Chlamydia trachomatis. La Lettre de l’infectiologue. Sous presse.
Publications internationales
I1. Le Roy C, Le Hen I, Clerc M, Arfel V, Normandin F, Bébéar C, de Barbeyrac B. The first
performance report for the Bio-Rad Dx CT/NG/MG assay for simultaneous detection of
Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae and Mycoplasma genitalium in urogenital
samples. J Microbiol Methods. 2012. 89:193-197.
Page 24 sur 38
I2. Peuchant O, Le Roy C, Herrmann B, Clerc M, Bébéar C, de Barbeyrac B MLVA subtyping
of genovar E Chlamydia trachomatis individualizes the Swedish variant and anorectal
isolates from men who have sex with men..PLoS One. 2012;7(2):e31538.
I3. Harris SR, Clarke IN, Seth-Smith HM, Solomon AW, Cutcliffe LT, Marsh P, Skilton RJ,
Holland MJ, Mabey D, Peeling RW, Lewis DA, Spratt BG, Unemo M, Persson K, Bjartling C,
Brunham R, de Vries HJ, Morré SA, Speksnijder A, Bébéar C, Clerc M, de Barbeyrac B,
Parkhill J, Thomson NR. Whole-genome analysis of diverse Chlamydia trachomatis strains
identifies phylogenetic relationships masked by current clinical typing.Nat Genet. 2012 .
44:413-419.
14 . Le Roy C., A. Papaxanthos, O. Liesenfeld, V. Mehats, M. Clerc, C. Bébéar, B. de
Barbeyrac. Swabs ‘(dry or collected in universal transport medium) and semen can be used
for the detection of Chlamydia trachomatis using the cobas 4800 system. J. Med. Microbiol,
2013, 62:217-222.
I5. C. Cazanave, S. Lawson-Ayayi, M. Hessamfar, D. Neau, M. Dupon, P. Morlat, P. Mercié,
F. Dabis, B. de Barbeyrac, C. Bébéar, S. Pereyre, for the Groupe d’Epidémiologie Clinique
en Aquitaine (GECSA)* No strong association between Mycoplasma genitalium and HIV
infections in women, ANRS CO3 Aquitaine cohort, France. Soumis à Sexually Transmitted
Diseases.
Publications didactiques
D1. O. Peuchant, C. Cazanave, B. de Barbeyrac. Infections humaines à chlamydiae.
Encyclopédie Médico-Chirurgicale. EMC. Maladies Infectieuses.Volume 9, N°4, novembre
2012. 8-037-A-10
D2. B. de Barbeyrac, J. Jensen. Sexually transmitted Infections. European Manual of Clinical
Microbiology, 2012.
D3. B. de Barbeyrac. 2012. Chlamydia spp. 601-610. In : L’Antibiogramme 3ème édition. P.
Courvalin, R. Leclercq, E. Bingen (eds). ESKA, Paris.
Communications nationales et internationales
C1. O. Peuchant, C. Le Roy, B. Herrmann, M. Clerc, C. Bébéar, B. de Barbeyrac. MLVA
subtyping of genovar E Chlamydia trachomatis individualizes the Swedish variant and
anorectal isolates from men who have sex with men. Seventh meeting of the European
Society for Chlamydia Research. Amsterdam July 2012
C2. O. Peuchant, C. Le Roy, C. Desvaux, A. Paris, J. Asselineau, C. Maldonado, G. Chêne,
J. Horovitz, D. Dallay, B. de Barbeyrac, C. Bébéar. Prevalence and factors associated with
Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae and Mycoplasma genitalium infection status
in French pregnant women.
European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases ECCMID, 31 Mars, 3
Avril 2012.
Seventh meeting of the European Society for Chlamydia Research. Amsterdam July 2012.
19th Congress of the International Organisation for Mycoplasmology, 15-20 July, Toulouse,
France.
C3. B. de Barbeyrac, M. Clerc, L. Imounga , V. Goulet, C. Le Roy, O. Peuchant, G. La Ruche
, C. Bébéar and the members of monitoring network, clinicians and biologists. The survey of
Page 25 sur 38
Chlamydia trachomatis ano-rectal infections with genovar LGV strains (Lymphogranuloma
venereum) and non LGV strains in France. Seventh meeting of the European Society for
Chlamydia Research. Amsterdam July 2012.
C4. C. Cazanave, S. Lawson-Ayayi, M. Hessamfar, D. Neau, M. Dupon, P. Morlat, P. Mercié,
M.-J. Blaizeau, F. Dabis, B. de Barbeyrac, C. Bébéar, S. Pereyre. 2012. Prevalence of
Mycoplasma genitalium among HIV-positive women in care in France. ANRS CO 3 Aquitaine
Cohort. 19th Congress of the International Organisation for Mycoplasmology, 15-20 July,
Toulouse, France.
C5. B. de Barbeyrac, C. Le Roy, M. Clerc, O. Peuchant, C. Bébéar Dépistage de Chlamydia
trachomatis/Neisseria gonorrhoeae en duplex : faut-il contrôler les résultats N. gonorrhoeae
positifs ? 32e Réunion interdisciplinaire de chimiothérapie anti-infectieuse. CNIT - Paris La
Défense, 23 Novembre 2012
Conférences sur invitation
Inv1. B de Barbeyrac. Actualité biologiques dans le dépistage des IST. 4ème Réunion du
groupe prévention de la SPILF. Jeudi 29 mars 2012. Site Villemin. Paris.
Inv2. B. de Barbeyrac. 2012. What’s new about Chlamydia and Gonorrhoea testing?
ESCMID Postgraduate Education Course: “Epidemiology, diagnosis and management of
Sexually Transmitted Infections” Bertinoro, Italy, 12-15 Juin.
Inv3. B. de Barbeyrac. Evolution des pratiques dans le diagnostic des infections à Chlamydia
trachomatis d’après la nouvelle nomenclature. Journée du diagnostic moléculaire. 11
septembre 2012 Laboratoires Roche Diagnostic.
Inv4. B. de Barbeyrac. Quels dépistages infectieux bactériologiques chez la jeune fille.
InfoGyn, 3-5 octobre 2012 Tarbes
Inv5. B. de Barbeyrac, F. Obeniche, F. Mégraud , C. Bébéar. Symposium : Sérologie
bactérienne un peu de courage. Chlamydia sp : que faisons nous, que faut-il oublier ? le
point de vue du microbiologiste. 32e Réunion interdisciplinaire de chimiothérapie antiinfectieuse. CNIT - Paris La Défense, 23 Novembre 2012
7. Programme d’activité N+1 et N+2
Le programme d’activité concerne l’expertise diagnostique directe et sérologique, le
développement des outils de typage, le suivi de la sensibilité aux antibiotiques et la
surveillance épidémiologique des infections.
7.1. Parmi les méthodes de typage décrites dans la littérature, la MLVA présente
l’avantage d’être automatisable, applicable directement aux échantillons cliniques et ne
nécessite pas de séquençage. De plus, sur les souches de génovar E, cette méthode s’est
révélée plus discriminante que deux techniques testées, à savoir celle développée par
Pedersen et al reposant sur la répétition d’un même nucléotide au sein de trois loci cibles et
la MLST de Klint et al. En plus des souches D-Da, génovar pour lequel la technique est en
cours de validation sur les échantillons cliniques, nous nous proposons d’étendre le typage
de la MLVA aux souches et échantillons cliniques des autres génovars uro-génitaux, à savoir
F, G, H, I, Ia, J, et K. Dans un premier temps, les 7 VNTRs identifiés pour les souches de
génovars D et E seront testés sur des souches de génovar F à K. Des VNTR
supplémentaires seront recherchés pour chacun de ces génovars pour compléter le set de
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VNTRs communs discriminants. Pour cela, des TR seront recherchés à partir du génome de
la souche de référence D/UW-3 à l’aide du logiciel Tandem Repeat Finder
(http://tandem.bu.edu/trf/trf.html). Les TR identifiés seront amplifiés par PCR à partir de la
souche de référence du génovar étudié ainsi que d’une dizaine de souches cliniques isolées
de divers sites anatomiques à des périodes différentes. Le séquençage des amplifiats
présentant des variations de taille lors de l’analyse électrophorétique permettra de confirmer
la présence de VNTR. Une fois les VNTR identifiés, les PCR seront multiplexées et les
amorces marquées pour automatiser l’analyse réalisée en électrophorèse capillaire. La
technique sera ensuite appliquée directement d’échantillons cliniques positifs pour C.
trachomatis issus de la collection du CNR.
Une deuxième perspective serait de développer une base de données accessible via
Internet pour la collecte et le partage d’informations basés sur le typage par MLVA.
7.2. La surveillance de la LGV continue et en collaboration avec l’InVS (Guy La
Ruche), nous allons publier l’ensemble de nos résultats depuis 2003 avec les données
biologiques, cliniques et comportementales dont nous disposons depuis 2010. Nous
continuons de rechercher des souches L dans les prélèvements génitaux positifs. Nos
collaborations avec les laboratoires Cerba et Biomnis nous permettent de couvrir l’ensemble
de la France. `
7.3. Dans le cadre de la surveillance de l’antibiorésistance, nous projetons de
rechercher des mutations dans les gènes cibles des macrolides au sein des souches de
notre collection. Depuis l’introduction de l’azithromycine comme traitement minute
recommandé des infections génitales non compliquées, aucune surveillance du niveau de
sensibilité aux macrolides n’a été réalisée. Dans environ 10% des cas, le contrôle posttraitement est toujours positif, pouvant suggérer un échec thérapeutique si les souches avant
et après traitement sont de même génovar. Pour mettre au point cette technique rapide,
basée sur la PCR en temps réel, nous réaliserons au préalable in vitro la sélection de
mutants résistants de C. trachomatis en présence de concentrations subinhibitrices
d’azithromycine. La présence de mutations au sein de l’ARN 23S et des protéines
risobomiques L4 et L22 associées à la résistance aux macrolides seront recherchées chez
les mutants résistants. Ceux-ci ci nous serviront de « témoins positifs » pour la mise en place
de la technique de PCR en temps réel, qui devra ensuite être appliquée directement à partir
des échantillons cliniques pour rechercher cette résistance.
7.4. Le déroulement de l’étude AirChlam (collaboration avec l’ANSES), volet humain
est prévu de la manière suivante. Dans les différentes entreprises participantes qui ont été
l’objet d’un suivi vétérinaire de l’étude, il sera présenté aux personnels occupant les postes
pressentis comme étant les plus exposés une explication détaillée des objectifs de cette
étude, avec mention d’une surveillance renforcée. Le bénéfice attendu n’est pas un objectif
de soins ni de prévention immédiate mais de connaissance approfondie de la maladie pour
mise en œuvre de mesures de protection adéquates. Les signes d’infection à chlamydiae
sont énoncés clairement dans un langage accessible,
le même que celui des
interrogatoires. Cette réunion d’information se fera en présence de la médecine du travail et
des responsables de l’entreprise. Les personnes volontaires seront recensées par la
médecine du travail en collaboration avec la maîtrise des entreprises.
Le consentement éclairé, les prélèvements la distribution l’aide au remplissage, la collecte
des questionnaires seront assurés par Sabrina Oger (interne en Médecine), le Dr Berruchon,
une infirmière vacataire par entreprise.
Un numéro de cas sera attribué à chacun des volontaires pour toute la durée de l’étude. Seul
ce numéro servira à l’identification des prélèvements et des questionnaires afin de respecter
l’anonymat. Le Dr Oger de l’exploitation du volet humain assistera à la mise en place de
l’étude dans l’entreprise, se tiendra à disposition pour préciser les aspects et les objectifs de
l’étude, assistera les personnes chargées du recueil des informations, aura accès aux
réponses des questionnaires et fera retour des résultats biologiques par l’intermédiaire des
médecins du travail. Une sérologie ou une PCR positive entraîneront une démarche de
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médecine du travail vers des soins si nécessaire selon la déontologie de cette discipline
médicale.
Les questionnaires et fiches d’informations devront être traduits dans les principales langues
et/ou expliqués de la manière la plus claire possible pour les étrangers.
En pratique, lors du premier entretien, il sera remis un document explicatif, le consentement
éclairé sera recueilli, un numéro d’identification anonyme sera attribué, le questionnaire
d’entrée sera récupéré et le prélèvement sérologique et l’écouvillonnage pharyngé seront
effectués. Les prélèvements (sérologies et écouvillon) seront répétés au 30ème jour ; dans
le même temps le patient répondra à un questionnaire simplifié sur la pathologie rencontrée
depuis la précédente visite. Les changements dans les types de volailles (canards, poulets,
dindes…) traitées sont minutieusement relevés, dès le 30ème jour avant le J0.
Les analyses sérologiques et la PCR C. psittaci seront réalisées par le CNR.
Une présomption de lien entre pathologie ressentie, relevée sur l’interrogatoire, et les
résultats biologiques sera fournie par les médecins du travail. L’anonymat sera levé en cas
de nécessité de soins.
Tout résultat biologique positif fera l’objet d’un premier examen immédiat par la responsable
de l’étude pour parer à une éventuelle urgence en lien avec la médecine du travail ou en cas
d’urgence avec le médecin traitant du patient.
7.5. Projet d’une étude de prophylaxie des infections à C. trachomatis sur un
modèle macaque. Il s’agit d’une étude en collaboration avec les équipes de maladies
infectieuses (JM Molina) de microbiologie (JL Pons, F. Simon) de l’hôpital Saint Louis .et du
CEA (R. Legrand).
Contexte de la recherche : L’agence Nationale de Recherches sur le SIDA et les Hépatites
Virales a démarré en Janvier 2012 un essai de prophylaxie de l’infection par le VIH chez des
homosexuels masculins en France visant à évaluer dans un essai randomisé contre placebo
le bénéfice éventuel et la tolérance d’une prophylaxie médicamenteuse par antirétroviraux.
En effet, l’épidémie d’infection par le VIH/SIDA en France est concentrée dans le groupe à
risque des homosexuels masculins qui représente 50% environ des nouvelles
contaminations. Il est donc légitime d’étudier dans ce groupe l’efficacité de nouvelles
stratégies de prévention. Le dépistage systématique des autres infections sexuellement
transmissibles lors de cet essai fait émerger que le nombre d’infections à C. trachomatis
diagnostiquées est bien supérieur au taux de nouvelles infections par le VIH. Il parait donc
légitime d’envisager de profiter du cadre de cet essai pour évaluer une stratégie de
prévention des infections par C. trachomatis, ce d’autant plus qu’il existe peu de données à
ce propos dans la littérature. Cette intervention pourrait également s’avérer efficace contre
d’autres infections sexuellement transmissibles, en particulier la syphilis.
L’objectif de l’étude est d’évaluer une stratégie de prophylaxie des infections à C.
trachomatis (comme cela est aujourd’hui réalisé pour le VIH) en proposant une stratégie
simple, bien tolérée et peu coûteuse reposant sur un antibiotique administrable par voie
orale, la doxycycline. La doxycycline a de plus l’avantage d’être active sur d’autres infections
sexuellement transmissibles fréquentes comme les infections à mycoplasmes, la syphilis, et
pourrait avoir un effet bénéfique potentiel sur certaines infections à gonocoques. De plus, il
n’existe pas de résistance décrite de C. trachomatis à la doxycycline. L’évaluation d’une
dose unique de doxycycline (200 mg) comme cela a été validé dans le traitement postexposition des infections à Borrelia après morsure de tiques parait donc très intéressant.
Cette étude sera menée à partir de septembre 2013.
Les moyens : Obtention des souches : le Centre National de Référence fournira des aliquots
de souche L2b responsables de la LGV rectale qui sévit de manière épidémique en ce
moment en Europe retrouvée chez les hommes ayant des relations sexuelles avec des
hommes (HSH) et de souche D , d’origine clinique, La première souche, d’origine clinique
(prélèvement rectal). La souche L2b choisie a été cultivée dans le laboratoire du CNR et
séquencé (Harris SR et al. Nat Genet. 2012 44:413-9). Le CNR déterminera la CMI à la
doxycycline des 2 souches.
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- Concernant le protocole expérimental chez le macaque : 2 macaques seront inoculés
par voie anale avec la souche D et 2 macaques avec la souche L2b. Cette inoculation se
fera en première intention de manière atraumatique, puis sur muqueuse inflammatoire, si
l’efficacité infectieuse sur muqueuse saine n’était pas suffisante.
- Concernant la prophylaxie par doxycycline : La doxycycline sera administrée par tubage
gastrique à des horaires variables par rapport à l’inoculation : H-2, H+2, H+8, H+24. Les
deux souches inoculées nous permettront : d’étudier l’efficacité de cette prophylaxie sur
deux sérovars responsables d’entités pathologiques différentes, l’une agressive
(lymphogranulomatose vénérienne) pour le sérovar L2b, l’autre moins symptomatique
(rectite) pour le sérovar D ; de déterminer la posologie de doxycycline efficace pour
chacun de ces sérovars (la posologie efficace sur le sérovar D pouvant être insuffisante
pour le sérovar L2b, compte-tenu de la virulence de ce dernier).
- Concernant le suivi de l’infection des macaques : des écouvillonnages rectaux seront
réalisés, placés à différents temps post-infection et acheminés à -80°C, d’une part au
Laboratoire de Microbiologie de l’Hôpital Saint-Louis (Paris) qui réalisera une PCR
temps-réel spécifique de C. trachomatis, d’autre part au CNR des chlamydiae (Bordeaux)
qui réalisera en parallèle la culture cellulaire (positivité, titre).
7.6. Le projet de cohorte sur la santé des étudiants incluant les infections sexuellement
transmissibles les plus répandues que sont l’infection à C. trachomatis et à papillomavirus
vient de démarrer (lancement le 2 avril 2013, www.i-Share.fr). Il s’agit d’un projet de
cohorte nommé I-SHARE (Internet-based Students HeAlth Research Enterprise) porté par
l’Université de Bordeaux en collaboration avec l’Université de Versailles Saint-Quentin et
l’INSERM. Ce projet a été lauréat du programme des Investissements d’avenir (IDEX). Il
porte sur la mise en œuvre d’une cohorte de 30 000 étudiants pour l’étude sur au moins 10
ans de différents problèmes de santé. Dans le cadre des IST, i-Share se concentre sur deux
infections : human papillomavirus et C. trachomatis, sous la coordination de Didier Guillemot
et Elisabeth Delarocque-Astagneau (Institut Pasteur, UVQS- EA 4499_INSERM U 657).
Pour C. trachomatis, cette cohorte permettra de tester l’efficacité du dépistage et du
traitement dans la prévention des complications chez les jeunes femmes, et d’améliorer la
connaissance de l’histoire naturelle de la maladie et de ses complications. Quatre mille
étudiantes seront suivies sur une période de 2 ans et incluses dans 2 bras, l’un non dépisté,
et l’autre dépisté et traité. Ce projet fait l’objet d’une collaboration internationale avec le
Professeur Servaas Morré de l’université de Maastricht qui apportera ses compétences sur
les marqueurs immunogénétiques. Le projet est en cours de rédaction pour être soumis au
prochain appel d’offres PHRC national en 2013.
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Annexes
1. Mission & organisation du CNR
1.1Rappel des missions et objectifs majeurs du CNR
Les missions du CNR concernent les infections à Chlamydia trachomatis, Chlamydia
pneumoniae et Chlamydia psittaci.
En ce qui concerne les infections à C. trachomatis, le CNR :
doit avoir une expertise concernant les tests de dépistage, les résultats de sérologie
positive,
doit contribuer au développement des techniques de détection, à la surveillance
épidémiologique des chlamydioses uro-génitales en typant les souches,
doit avoir une activité de veille en ce qui concerne l’antibiorésistance,
doit participer aux systèmes de surveillance européens.
En ce qui concerne C. pneumoniae, le CNR :
doit contribuer au développement de techniques de détection,
doit avoir une expertise concernant les résultats des sérologies positives.
En ce qui concerne C. psittaci, le CNR :
doit contribuer au développement des techniques de détection,
doit avoir une expertise concernant les résultats de sérologie positive,
doit contribuer à la surveillance épidémiologique des psittacoses en signalant les cas à
l’Institut de Veille Sanitaire (InVS) et en collaborant avec les laboratoires de référence
vétérinaires.
1.2 Description détaillée de l’équipe:
o Equipe : personnels dévolus dans les activités du CNR et laboratoires
associés (Fonction, ETP, qualification, statut, organisme payeur)
o Organigramme
1.2.1. Equipe du CNR
Le CNR est localisé dans l’unité de recherche USC EA 3671 « Infections humaines à
mycoplasmes et à chlamydiae » dont Cécile Bébéar est la responsable. Cette unité de
recherche, reconnue équipe d’accueil de 1991 à 2010, a été labellisée Unité Sous
Contrat (USC) par l’Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) et l’Université
Bordeaux Segalen pour le contrat quinquennal en cours 2011-2015.
L’activité diagnostique du CNR est effectuée au sein du laboratoire de Bactériologie de
l’hôpital Pellegrin, pôle de Biologie et Pathologie, CHU de Bordeaux, dont le chef de
Service est le Professeur Francis Mégraud depuis 2007.
Noms et Prénoms
Bébéar Cécile
de Barbeyrac Bertille
Qualifications
ETP
Professeur des
Universités/praticien
hospitalier
Maître de
Conférence/praticien
1/5
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1/2
Source de financement
budget universitaire
budget hospitalier
budget universitaire
budget hospitalier
hospitalier
Maître de
Conférence/praticien
hospitalier, (à/c du
1/09/2012)
Peuchant Olivia
Clerc Maïthé
Ingénieur d'études
Le Roy Chloé
Ingénieur d'études
Contractuel
Imounga Laure (janvieroctobre) puis Cécile
Laurier Nadalié
(novembre-décembre)
1/4
budget universitaire
budget hospitalier
1/2
budget universitaire
1
InVS 100%
1/2
InVS 100%
4 mois
INPES 100%
1/10
budget hospitalier
1/8
budget hospitalier
Monitrice d’études
Sabrina de Diego
Technicien contractuel
Françoise Obeniche
Praticien hospitalier
Technicien de laboratoire
1.2.2. Organigramme du laboratoire
USC EA 3671
Infections humaines à mycoplasmes et chlamydiae
Bât 2B – 2e étage
INRA – Université Bordeaux Segalen
Pr Cécile Bébéar
2012
Personnels titulaires
PU - PH
Nom-Prénom
Cécile M. BÉBÉAR
HDR
Directeur, CNR (1/5)
PU – PH (Rhumatologie)
Thierry SCHAEVERBEKE
HDR
HDR
MCU - PH
Bertille de BARBEYRAC
Responsable du CNR
MCU - PH
Sabine PEREYRE
MCU-PH (à/c du 1/09/2012)
Olivia PEUCHANT
AHU (à/c du 1/11/2012)
Ingénieur d'études
Julien GORET
Alain CHARRON
Page 31 sur 38
CNR (1/4)
Ingénieur d'études
Maïthé CLERC
Technicien de recherche (à/c du
1/10/12)
Secrétaire d’administration
scolaire et universitaire
CNR (1/2)
Nadège HENIN
Brigitte COUDERC
Personnels contractuels
Ingénieur d’études
Chloé LE ROY
CNR
Monitrice d’études (jusqu’au 30/10/12)
Laure IMOUNGA
CNR
Monitrice d’études (à/c du 1/11/12)
Cécile LAURIER NADALIE
CNR
Post-doctorant
Arabella TOUATI
Technicienne de laboratoire (à/c du
1/09/12)
Agent des Services Techniques
à/c de 01/10/12
Sabrina DE DIEGO
CNR
Gérard SCHNEBELEN
Associés à l’équipe :
Technicien de haut rang scientifique
(CHU de Bordeaux)
Hélène RENAUDIN
ETP 0,25
o
2.1 Description détaillée des locaux et de l’équipement
1.3.1. Matériel de base de bactériologie et de sérologie
 Centrifugeuses dont une thermostatée et refroidissante
 Laveur de plaques
 Spectrophotomètre
 4 congélateurs à –80°C
 5 congélateurs à – 20°C
 4 hottes à flux laminaire, chacune ayant sa spécificité propre (culture de cellules
saines, culture cellulaire d’échantillons contaminés, préparation d’échantillon pour
la PCR, dépôt des échantillons dans le mix de PCR)
 Etuves à CO 2
1.3.2. Equipement de biologie moléculaire
 Thermocycleurs, électroporateur
 Amplificateur Light Cycler 480, version 96, des laboratoires Roche équipé d’un
logiciel de pilotage de l’instrument comprenant : quantification absolue, détection
qualitative, identification de produits, analyses de génotypage par courbes de
fusion et d’un logiciel de quantification relative et d’un logiciel de génotypage.
Page 32 sur 38
 Logiciel BioNumerics permettant des alignements de séquences, des analyses de
fragments sur gels, des analyses de profils à partir de tableau excel dans l’objectif
de construire des arbres phylogéniques et des dendogrammes.
 Matériel d’électrophorèse conventionnelle et en champ pulsé
 Chambre photo UV
 Ordinateurs disposant des logiciels d’alignement et de comparaison de
séquences
 Speed-vac
1.3.3. Accès à :
 Microscopie électronique
 Séquenceur automatique
 Cytomètre en Flux
 Laboratoire de haute protection de type P3 pour la culture de C. psittaci
 Centre de Génomique Fonctionnelle de l’université de Bordeaux
1.3.4. Equipement hospitalier à disposition :
 Automates de PCR en temps réel
-
Automate d’extraction et d’amplification, M2000 Abbott, pour la détection de C.
trachomatis et N. gonorrhoeae
Amplificateurs Light Cycler 1.5, format capillaire, Roche
Amplificateurs Lighy Cycler 480, version 96, Roche (détection de C. pneumoniae et
C. psittaci)
Smart cycler (Cepheid)
 Extracteurs MagNaPure (Roche), Compac (Roche)
 Automate de sérologie pour Elisa, Eti-Max
 Microscope à fluorescence pour la sérologie C. psittaci en Immunofluorescence
indirecte et détection de C. trachomatis en culture cellulaire
 Hotte dédiée aux cultures cellulaires (culture de C. trachomatis)
1.3.5. Matériel bureautique : Téléphone, Fax, ordinateurs, photocopieur, scanner,
liaison internet
Le CNR bénéficie de toute l’infrastructure du laboratoire qui l’accueille.
2.2 Description de la démarche qualité du laboratoire :
Nous avons entrepris une démarche qualité en recherche dans le cadre de la démarche
qualité entreprise par l’Université Bordeaux Segalen. Dans un 1er temps, nous nous
attachons à mettre en place les bonnes pratiques de laboratoire :
- respect des normes d’hygiène et sécurité,
- formation adaptée du personnel,
- mise en place des cahiers de laboratoire numérotés avec signature du personnel
technique pour le travail qu’il réalise,
- vérification et surveillance du matériel (PSM sorbonne, centrifugeuse, système
waranet pour la température des congélateurs)
- inventaire des techniques disponibles au laboratoire,
Page 33 sur 38
-
rédaction de document d’enregistrement tels que les listes des documents du
CNR, du personnel, des compétences et habilitation du personnel, de fiches de
postes et lieux de rangement de l’ensemble des produits chimiques etc…. Tous
nos modes opératoires, instructions et procédures (tests PCR, culture cellulaire,
sérologies) sont écrits, référencées et accessibles à tous les utilisateurs. Nous
réalisons tous les ans le contrôle de qualité européen concernant la détection de
M. pneumoniae, C. trachomatis et C. pneumoniae.
Depuis la mise en route du réseau de surveillance de la LGV, nous avons établi une
collaboration avec le transporteur TSE qui nous garantit un délai de transport inférieur à 24 h
et une traçabilité très rigoureuse dans une optique d’accréditation.
Notre laboratoire hospitalier est également rentré dans la démarche d’accréditation du pôle
de Biologie et de pathologie du CHU de Bordeaux selon la norme ISO 15189. Nous avons
déclaré notre collection de souches et d’échantillons biologiques auprès du CHU de
Bordeaux et le Comité de protection des Personnes Sud-Ouest et outre-Mer III.
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Dépistage de Chlamydia trachomatis / Neisseria gonorrhoeae
en duplex: faut-il contrôler les résultats N. gonorrhoeae positifs?
Bertille de Barbeyrac1-2,Chloé Le Roy2, Maithé Clerc2, Olivia Peuchant2, Cécile Bébéar1-2
1Service de Bactériologie, CHU Pellegrin, Bordeaux, France
Bordeaux Segalen, INRA, USC Infections Humaines à mycoplasmes et à chlamydiae
Centre National de Référence des infections à chlamydiae, Bordeaux, France.
2Université
P338
Introduction
Dans un contexte de recrudescence des infections sexuellement transmissibles (IST), les industriels proposent des tests de détection simultanée de Chlamydia trachomatis et
Neisseria gonorrhoeae.
C. trachomatis (CT) reste la première cause d’IST en population générale avec une prévalence de 3,6% chez les femmes et 2,4% chez les hommes dans la tranche d’âge 18-24
ans (1). Dans les populations qui fréquentent les centres IST, les plannings familiaux et les centres d’orthogénie, la prévalence peut aller jusqu’à 15%.
Pour N. gonorrhoeae (NG), aucune donnée de dépistage en population générale n’est disponible en France sachant que NG touche essentiellement des sous groupes de population
présentant des facteurs de risque. La question de la fiabilité d’un résultat positif se pose, liée à la faible valeur prédictive positive (VPP) des tests dans les populations à faible
prévalence.
De Juin 2011 à Septembre 2012, sur 8509 dossiers testés en CT/NG par l’automate Abbott m2000, 865 étaient positifs à CT (10,16%) et 209 à NG (2,45%). La prévalence de
NG varie en fonction de l’origine du patient et du caractère symptomatique ou non de l’infection. Au centre de dépistage anonyme et gratuit (CDAG) et en centre d’orthogénie
(patients asymptomatiques), la prévalence est de 0,83% (32/3841) et 2,3% (18/780) respectivement. Au centre de dépistage et d’information des IST (CIDDIST) et en service de
gynécologie (patients symptomatiques), la prévalence est de 6,6% (54/816) et 6% (38/637) respectivement. Au centre de planning familial (patients symptomatiques ou non), la
prévalence est de 2,5% (11/436).
Objectif
 Contrôler les résultats de PCR NG positives obtenus avec l’automate Abbott m2000 utilisé en routine
au service de Bactériologie du CHU Bordeaux Pellegrin à l’aide de 2 autres test PCR, Cepheid GeneXpert et Roche Cobas 4800.
Matériels et Méthodes
Etude de la sensibilité des 3 tests PCR utilisés pour la détection de N.
Contrôle des résultats PCR NG positives obtenus avec l’automate
gonorrhoeae.
Une colonie de N. gonorrhoeae a été mise en suspension dans 4,5 mL de cobas PCR
media (Roche). A partir de cette suspension, des dilutions sériées de 10-1 à 10-9 ont été
réalisées en milieu cobas PCR media. Les dilutions 10-4 à 10-9 ont été testées sur les
automates Abbott m2000 CT/NG, Cepheid GeneXpert CT/NG et Roche Cobas 4800
CT/NG.
Abbott m2000.
Sur les 209 dossiers positifs en PCR NG, 188 ont pu être analysés rétrospectivement.
Parmi eux, 85 étaient positifs en culture, 9 étaient positifs sur un second prélèvement et
94 étaient négatifs en culture ou la culture n’avait été réalisée. Ces 94 échantillons ont
été contrôlés par deux autres techniques d’amplification génique, Roche Cobas 4800
CT/NG et Cepheid GeneXpert CT/NG, les deux tests présentant la particularité de cibler
deux gènes distincts de NG alors que le test Abbott n’en cible qu’un.
Résultats
 Comparaison des cycles seuils de détection de
 Analyse des discordances.
N. gonorrhoeae avec les trois tests PCR.
Valeurs de cycle seuil des 15 échantillons faux positifs avec le test
Abbott CT/NG
Valeur de cycle seuil (ct)
40
35
30
25
Cepheid GeneXpert
Abbott m2000
20
Cobas 4800
15
10 -4
10 -5
10 -6
10 -7
10 -8
10 -9
Gamme de dilution
Sensibilité : Cepheid > Abbott > Roche d’un facteur 10.
Valeurs cycle seuil : Pour une même charge bactérienne, on observe 3 à 4 cycles
seuils d’écart entre Cepheid et Abbott et 6 à 7 cycles seuils d’écart entre Cepheid et
Roche. Ces écarts correspondent à la différence de sensibilité observée (10 à 100
fois).
 Détection de N. gonorrhoeae avec les trois tests PCR pour 94
échantillons non confirmés par culture ou par un second prélèvement.
Abbott m2000
Roche
Cobas 4800
Cepheid
GeneXpert
Nombre
d'échantillons
+
+
+
71
+
-
+
8
+
-
-
15
23 échantillons présentent des résultats discordants : 15 échantillons ont des
résultats faux positifs avec Abbott m2000 et 8 échantillons ont des résultats faux
négatifs avec Roche Cobas 4800.
Valeurs de cycle seuil des 8 échantillons faux négatifs avec le test
Roche Cobas 4800 CT/NG
Les échantillons ont une charge bactérienne faible à la limite de détection du test
Roche Cobas 4800 CT/NG pouvant expliquer le résultat faux négatif.
 Résultats de la valeur prédictive positive du test CT/NG de Abbott en fonction de la population*.
* population autre exclue
Conclusions
Sur les populations étudiées, la VPP du test Abbott est de 92%, comprise entre 74,1% au CDAG (prévalence 0,83%) et 100% au centre de planning familial (prévalence 2,5%).
Dans les populations où la prévalence est <1%, le test Abbott présente un VPP<90% et nécessite donc une confirmation de résultat.
Le test Cepheid GeneXpert CT/NG présente les meilleures performances.
Quand on utilise un test ne ciblant qu’un seul gène de NG, il faut confirmer un test PCR NG positive dans les populations à très faible prévalence (<1%). Dans la mesure où le
dépistage de NG est associé à celui de CT dans des populations à prévalence variable, il conviendrait de privilégier les tests à deux cibles.
1. Goulet, V., B. de Barbeyrac, S. Raherison, M. Prudhomme, C. Semaille, and J. Warszawski. 2010. Prevalence of Chlamydia trachomatis: results from the first national population-based survey in France. Sex Transm Infect 86:263-70.
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Prevalence and risk factors associated with Chlamydia trachomatis,
Neisseria gonorrhoeae and Mycoplasma genitalium infections in
French pregnant women
O. Peuchant1,2,3, C. Le Roy1,2, C. Desvaux4, A. Paris4, J. Asselineau5, C. Maldonado5, G. Chêne5, J. Horovitz4, D. Dallay4,
B. de Barbeyrac1,2,3*, C. Bébéar1,2,3*
1Univ
de Bordeaux, USC Mycoplasmal and Chlamydial Infections in Humans, Bordeaux, France. 2INRA, USC Mycoplasmal and Chlamydial Infections
in Humans, Bordeaux, France. 3Laboratoire de Bactériologie, Centre Hospitalier Universitaire de Bordeaux, Bordeaux, France. 4Service de
Gynécologie Obstétrique, Centre Hospitalier Universitaire de Bordeaux, Bordeaux, France. 5CHU de Bordeaux, Unité de soutien méthodologique à la
recherche clinique et épidémiologique, Bordeaux.
*B. de Barbeyrac and C. Bébéar co-last-authors.
INTRODUCTION
● Sexually transmitted infections (STI) have increased in recent years. Current epidemiological studies about Chlamydia trachomatis infections show a
prevalence ranging from 1.5% in the general population to 15% in the centers with a STI screening(1,2). Mycoplasma genitalium is a sexually transmitted
agent responsible for urethritis in men and cervicitis, endometritis and salpingitis in women.
● In France, screening for STI is recommended in at risk populations to the exclusion of pregnant women, for whom screening is performed only if the
patient is symptomatic.
● No recent French data about the prevalence of C. trachomatis, N. gonorrhoeae and M. genitalium infection in pregnant women are available.
OBJECTIVES
→ Main objective: to evaluate the prevalence of C. trachomatis, N. gonorrhoeae and M. genitalium infections in pregnant women.
→ Secondary objective: to determine the sociodemographic, clinical and behavioral risk factors associated with these STI.
For this, we have realized a prospective study on pregnant women followed at the University Hospital of Bordeaux from January to June 2011.
METHODOLOGY
Data collection
Inclusion criteria
●
Patients ≥ 18 years-old
Vaginal swabs collected during pregnancy follow-up:
- for S. agalactiae between 34 and 38 weeks of amenorrhea
according French recommendations.
- or diagnosis or monitoring premature rupture of membranes or
preterm delivery.
- or symptoms of urogenital infection or diagnosis of urogenital
infection in the partner
* Sociodemographic data
* Clinical data
* Self-administered questionnaire on sexual practices
●
●
Patients informed of the study and who have given their oral consent
●
Antibiotics (macrolides, β-lactams) in the last 3 weeks
●
< 18 years-old
●
Refusal
●
Inclusions
Diagnostic method: real-time PCR (TaqMan probe)
▪ C. trachomatis and N. gonorrhoeae: cobas 4800 CT/NG
(Roche), (Figure 1)
▪ M. genitalium: in-house PCR (3)
Exclusion criteria
Figure 1: The cobas 4800, Roche
Treatment according to French guidelines if PCR positive
RESULTS
●
Median age : 30 years-old (18-44)
100
80
Number of patients
Patients included
N = 1011
5
90
Patients non-included n = 59
- Objectives not understood n = 1
- Refusal n = 42
- Antibiotics n = 10
No vaginal swab n = 12
4
70
60
3
50
2
40
30
20
1
Number of patients
C. trachomatis positive
Eligible patients
N = 1068
Number of patients
according to the age
Number of patients
C. trachomatis-positive
10
Patients analyzed
N = 1006
0
0
18
20
22
24
26
28
30
32
34
36
38
40
42
44
Age of patients
●
Figure 2: Number of patients included and C. trachomatis-positive
according to the age
Bacteriological results
Age
(years-old)
Number of
specimens
tested
18 - 44
1006
2.5% (25/1006)
0.8% (8/1006)
0%
18 - 24
166
7.9% (13/166)
2.4% (4/166)
0%
25 - 29
317
1.3% (4/317)
0.6% (2/317)
0%
≥ 30
523
1.5% (8/523)
0.4% (2/523)
0%
●
●
Reason for consultation
. 88% : screening for S. agalactiae
. 5.9% : urogenital symptoms
. 6.1% : premature rupture of membranes or preterm delivery
●
Clinical data of the 33 infected patients
→ 82% asymptomatic
→ 3 patients with urogenital symptoms
1 C. trachomatis (+) and 2 M. genitalium (+)
→ 2 patients with preterm delivery C. trachomatis (+)
→ 1 patient with premature rupture of membranes M. genitalium (+)
Prevalence of infection
C. trachomatis
M. genitalium
N. gonorrhoeae
Risk factors analysis
 C. trachomatis infection
 M. genitalium infection
• age < 25 years-old (OD = 6.7, p < 0.001)
• younger age (OD = 9, p = 0.01)
• single (OD = 4.3, p = 0.005)
• history of abortion (OD = 8.6, p = 0.01)
• number of sexual partners > 5 (OD = 6.5, p < 0.001)
• having first sexual intercourse after 20 years-old (OD = 7.1, p = 0.03)
CONCLUSIONS
- Our study shows a high prevalence (7.9%) of C. trachomatis infection among French pregnant women aged 18-24 years-old, closed to those described in
STI centers while it is only 3.6% in the general population for the same age range.
- These results highlighted that pregnant women aged 18-24 years-old, mainly asymptomatic, represent a population at risk of C.trachomatis infection.
 A systematic test screening for C. trachomatis infection for pregnant women aged under 25 years-old could be recommended.
1- Le Roy C., Le Hen I., Clerc M., Arfel V., Normandin F., Bébéar C. and B. de Barbeyrac. 2012. The first oerformance report for the Bio-Rad Dx CT/NG/MG assay for simultaneous detection of Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae and Mycoplasma genitalium in urogenital samples. J Microbiol Methods, in press.
2- Goulet, V., B. de Barbeyrac, S. Raherison, M. Prudhomme, C. Semaille, and J. Warszawski. 2010. Prevalence of Chlamydia trachomatis: results from the first national population-based survey in France. Sex Transm Infect 86:263-270.
3- Jensen, J. S., E. Bjornelius, B. Dohn, and P. Lidbrink. 2004. Use of TaqMan 5' nuclease real-time PCR for quantitative detection of Mycoplasma genitalium DNA in males with and without urethritis who were attendees at a sexually transmitted disease clinic. J Clin Microbiol 42:683-92.
Page 36 sur 38
Réseau de surveillance des Infections ano-rectales à Chlamydia trachomatis (CT)
Résultats France Année 2012
CNR des Infections à chlamydiae – USC Infections humaines à mycoplasmes et chlamydiae
Université Bordeaux Segalen 146 rue Léo Saignat 33076 BORDEAUX CEDEX
Tél : 05 57 57 16 33 / 05 57 57 16 25 Fax : 05 56 93 29 40
Site Web: http://www.cnrchlamydiae.uhttp://www.cnrchlamydiae.u-bordeaux2.fr/
1. Répartition et évolution des infections ano- rectales à CT entre 2002 et 2012
Répartition LGV ( 1433) / non LGV (781) 2002-2012
2. Participation 2012
Echantillons
reçus
n=437
Laboratoires participants 2012 n= 70
Fiches
cliniques
n= 217
49,65%
Cliniciens ***
Contactés Répondants
n= 207
n= 118
Ile-de-France n= 25
Centre biologique du chemin vert (75)
Institut Alfred Fournier (75)
Hôpital Saint Louis (75)
Groupe hospitalier diaconesses (75) via Cerba
Groupe hospitalier Saint Joseph (75) via Cerba
Hôpital Cochin (75)
9 autres laboratoires contactés via Cerba
7 autres laboratoires contactés via Biomnis
3 autres laboratoires d'Ile-de-France *
Total Ile-de-France
Province n= 45
Hôpital de la Croix Rousse (69)
Laboratoire dép des Bouches du Rhône (13)
Centre hospitalier de Tourcoing (59)
Centre hospitalier de Montpellier (34)
CHU Nantes via Biomnis (44)
Laboratoire Schuh Strasboug (67)
Laboratoire Barioz Lyon via Biomnis (69)
Centre hospitalier Rennes (35)
CHU Pellegrin Bordeaux (33)
Laboratoire de la Victoire Bordeaux (33)
14 autres Laboratoires contactés via Cerba
7 autres Laboratoires contactés via Biomnis
14 autres laboratoires de province **
Total Province
115
62
31
17
9
3
9
7
3
256
26,09%
14,19%
6,86%
3,89%
2,06%
0,69%
1,83%
2,29%
0,69%
58,59%
56
27
16
2
5
1
6
7
3
123
27
13
7
1
2
1
6
4
3
63
57
20
18
4
2
2
0
4
4
111
55
30
25
8
5
5
5
4
3
3
14
9
15
181
12,59%
6,86%
5,72%
1,60%
1,14%
1,14%
1,14%
0,92%
0,69%
0,69%
3,66%
1,83%
3,43%
41,41%
11
12
8
5
3
4
1
3
1
2
13
7
14
84
7
11
3
4
2
4
1
2
1
2
5
3
10
55
26
23
14
4
2
5
4
3
0
2
5
5
13
106
23 autres laboratoires contactés via le Cerba
9 en Ile-de-France : labo médical Europe (75), labo Lacharnay (78) labo de la croix Nivert (75)
hôpitaux: Foch (91), Créteil (94), Saint Denis (93) Saint Cloud (92)
14 en Province: labo hemobio (13), labo suzzoni (13) labo national (13), labo Benoit (45), labo Darrasse (64),
Biolille (59), labo des Cévennes (34), labo Saint Yves (84), labo Gallieni (33), HIA Laveran (13)
CH Béziers (34), CH Alès (30), CH Saint Brieuc (22), CH Rochefort (17)
15 autres laboratoires contactés via Biomnis
7 en Ile-de-France : Biomnis (94), CH Gonesse (95), CH peupliers (75), labo Noet (75)
Biolab (75), Bioclinic (78), Berrebbi (92)
7 en Province: Labo des Beaux arts (13), Labosud (34) Médibio (38), LABM (22), labo Minous (35)
Labo Cabrera (69), CH Montauban (82)
* Les 3 autres laboratoires d'Ile-de-France : CH Poincaré (92), CH Foch (92), CH Robert Ballangé (93)
** Les 14 autres laboratoires de province : CH Nancy (54), CH Mulhouse (68), CH Rouen (76)
CH Bourg en Bresse (01), CH Vichy (03), CH Brest (29), CH Dijon (21), CH Chambéry (73),
CH Niort (79), CH Lens (62), HIA Metz (57), Bioaxiome (30), Labo Calade (69), labo Leguill (57)
*** Nombre réels de cliniciens contactés et répondants, 8 ayant été contactés via au moins 2 laboratoires
Sur les 437 prélèvements reçus (429 souches typées, 8 souches non amplifiées)
365 fiches labo (83,52%), comportant certaines données biologiques, le caractère symptomatique ou non
complétées par les laboratoires et adressées au CNR.
217 fiches cliniques (49,65%) comportant les données cliniques et comportementales, complétées par les
cliniciens et adressées au CNR.
3. Résultats 2010 - 2012
Répartition LGV / non LGV (454/ 331cas) 2010 - 2012
Génovar L
n=454
58%
Données biologiques (n=848) moins 59 patients recontaminés
Génovar non L
n=331
Sérovar L
n=405
(n /documentés)
p value
42%
Paris
Région
n=570
72,80%
361
79,51%
209
63,14%
93
20,48%
122
37,00%
Province
n=215
27,00%
41,6 ans
[21 - 72]
Age
34,5 ans
[17-76]
VIH+
Syphilis+
Gono+
VHB+
VHC+
p<0,05
+++
p<0,05
+++
Données cliniques (n=586)
VHA+
Sérovar L
n=311
301/311
96,78%
Sérovar non L
n=275
176/275
64,00%
p value
p<0,05 +++
Syndrome rectal
180/240
75,00%
68/150
45,33%
p<0,05+++
Douleurs anales
188/238
78,99%
97/153
63,40%
p<0,05+
Symptômes cliniques
Prurit anal
41/224
18,30%
54/148
36,49%
p<0,05++
Ecoulement rectal
157/239
65,69%
63/150
42 %
p<0,05+++
Symptômes généraux
32/234
13,68%
15/152
9,87%
p>0,05
Ulcération anale
89/163
54,60%
43/202
21,29%
p<0,05++
Fistule anale
14/252
5,56%
4/240
1,67%
p<0,05
Examen clinique
Sérovar non L
n=384
(n /documentés)
276/344
176/317
47/253
32/88
22/177
80%
56%
19%
36%
12%
115/298
82/248
69/251
21/122
7/180
51/74
69%
43/87
p value
39%
33%
27%
17,2%
4%
49%
p<0,05+++
p<0,05+++
p<0,05
p<0,05+
p<0,05+
p<0,05
Données comportementales (n=511) moins 23 patients recontaminés
Sérovar L
n=242
(n /documentés)
Sérovar non L
n=246
(n /documentés)
p value
Orientation sexuelle
233/241
97%
214/243
88%
Stable
22/164
Occasionnel
Lieu de contamination
France
142/164
13%
46/177
26%
87%
131/177
74%
Etranger
Nombre de partenaires sexuels
192/205
94%
200/210
95%
13/205
6%
10/210
5%
[0-1]
22/143
15%
45/142
32%
[2-4]
[5-10[
46/143
75/143
32%
52%
40/142
57/142
28%
40%
Homosexuel
p<0,05 ++
Partenaire
p<0,05++
Ulcération génitale
5/247
2,02%
2/242
0,82%
p>0,05
Adénopathie inguinale
42/252
16,67%
30/214
14,02%
p>0,05
Anuscopie
Muqueuse normale
16/184
8,70%
41/120
34,17%
Rectite ulcérée
100/184
54,35%
26/120
21,67%
Rectite érythémateuse
68/184
36,96%
53/120
44,17%
p<0,05+++
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p>0,05
p<0,05
4. Schéma récapitulatif du circuit des données de surveillance des infections ano-rectales à CT
Commentaires
 Le nombre de cas d’ano-rectites à Chlamydia trachomatis enregistrés par le CNR depuis 2002 ne cesse d’augmenter. Cependant, depuis 3 ans le nombre de cas de LGV se
stabilise à environ 190 cas par an.
 De nombreuses régions de France métropolitaine sont représentées et 107 laboratoires ont participé au réseau depuis 2010 (16 étant pérennes depuis 3 ans) et, en 2012,
nous accueillons 43 nouveaux laboratoires dans le réseau. Parmi ces laboratoires, 36% sont situés en Ile-de-France et ont envoyé 59% des échantillons reçus. Les laboratoires
hospitaliers représentent 60% des participants. 17% laboratoires envoient leurs échantillons au CNR via les deux grands laboratoires CERBA (11%) ou BIOMNIS (2,5%).
 En 2012, un total de 207 cliniciens a participé au réseau de surveillance dont 59% sont situés en Ile-de-France. Environ un quart a participé les trois années. Le taux de retour
des fiches cliniques est d’environ 50%. Les spécialités médicales représentées sont la Gastro-entérologie / Proctologie (40%), la Médecine générale (22%), les CDAG /
CIDDIST (16%). les Maladies infectieuses (15%), la Dermatologie / Vénéréologie (7%) .
 Depuis 2010, 1063 échantillons sur les 1075 reçus ont pu être génotypés soit 571 souches L et 492 souches non L ; 12 souches n’ont pu être amplifiées.
Depuis juillet 2011, nous utilisons une technique de PCR qui identifie directement les souches L2b. Les 307 souches L typées de cette manière sont de type L2b.
 L'âge moyen des patients LGV et non LGV est respectivement de 41,6 ans [21 - 72] et 34,5 ans [17 - 76] (p <0,05).
 Les données biologiques, cliniques et comportementales sont documentées respectivement pour 848, 586 et 511 patients.
 Les données biologiques montrent que les patients atteints de LGV sont significativement plus souvent co-infectés par le VIH, la syphilis et l’hépatite C que les patients non
LGV (80% vs 39%, 56% vs 33%, 12% vs 4% respectivement, p <0,05) alors que ce n’est pas le cas pour l’infection à gonocoque (19% vs 27%).
 En ce qui concerne les données cliniques, les patients LGV sont significativement plus souvent symptomatiques que les patients non LGV (97% vs 64%, p <0,05). Les
symptômes ano-rectaux les plus courants sont des douleurs anales (79% chez les patients LGV vs 63% chez les patients non LGV, p <0,05 ), suivies par des ténesmes (75%
vs 45%, p <0,05), un écoulement anal (66% vs 42%, p <0,05) et des rectorragies (75% vs 45%, p<0.05). La muqueuse rectale est significativement plus ulcérée et/ou
érythémateuse chez les patients LGV que chez les patients non LGV (91% vs 65%, p <0,05).
 L’orientation sexuelle diffère significativement entre les patients LGV et non LGV, 97 % des patients LGV sont MSM vs 88% des patients non LGV, p <0,05, Les patients LGV
et non LGV diffèrent aussi quant au type et au nombre de partenaires sexuels. Ils ont des partenaires occasionnels dans 87% et 74% des cas, respectivement, et ont plus de 5
partenaires dans respectivement 52% et 40% des cas.
Remerciements
Nous remercions pour leur participation active au Réseau de surveillance des Infections ano-rectales à Chlamydia trachomatis :
 Tous les Biologistes des laboratoires hospitaliers / privés, et leurs équipes
 Tous les Médecins exerçant dans des consultations de Gastro-entérologie / Proctologie, de Maladies infectieuses et de Dermatologie / Vénéréologie
 Tous les médecins généralistes
 Tous les médecins exerçant dans un Centre de Dépistage Anonyme et Gratuit ou un Centre d’Information, de Dépistage et de Diagnostic des IST (CDAG / CIDDIST)
L’équipe du CNR
Cécile BEBEAR, Bertille de BARBEYRAC, Laure Imounga, Cécile Laurier Nadalié, Maïté CLERC, Chloé LE ROY
L’équipe de l’Institut de Veille Sanitaire
Guy La RUCHE, Véronique GOULET
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