poste d`informaticien à l`Institut Pasteur de la Guadeloupe

Offre d’emploi : poste d’informaticien à l’Institut Pasteur de la Guadeloupe
Le laboratoire de la Tuberculose et des Mycobactéries de l'Institut Pasteur de Guadeloupe (http://www.pasteur-guadeloupe.fr/) recrute, dans le
cadre du Volontariat Civil à l’Aide Technique (VCAT), un ingénieur informaticien/bio-informaticien débutant, développeur et administrateur de
base de données dans le domaine de la biologie.
Environnement :
Le laboratoire de la Tuberculose et des Mycobactéries de l'Institut Pasteur de Guadeloupe développe depuis plus de 7 ans la plus grande base de
données de génotypage du bacille tuberculeux disponible en ligne. Ce projet de grande envergure, permet le stockage, l'extraction et l'analyse de
données issues de collaborations avec des laboratoires du monde entier. L'un des objectifs du laboratoire est de proposer un portail web souple et
performant offrant un accès à nos différentes versions de bases de données afin de partager les informations, les analyses et les résultats de
recherche issues de collaborations avec les
différents investigateurs impliqués dans nos projets. Au sein même du laboratoire, les biologistes utilisent déjà des outils leur permettant à la fois
d'accéder aux données et de générer des rapports et des analyses complexes. Évolutive, notre base de données est capable de recevoir de
nouveaux marqueurs de génotypage à tout moment, sans l'intervention d'un informaticien, si la communauté scientifique décide de se tourner
vers de nouvelles méthodes.
Idéalement, l’ingénieur sélectionné intégrera le laboratoire aux alentours du 25 mai 2010. Il rejoindra une équipe composée de 3 doctorants (2 en
microbiologie, 1 en bio-informatique), et d’un ingénieur bio-informaticien amené à quitter son poste début juin 2010. Cette équipe, jeune et
dynamique, travaille sur les potentialités épidémiologiques et/ou phylogénétiques des trois marqueurs de génotypage actuellement stockés dans
notre dernière version de base de données. Elle étudie la complémentarité de chaque marqueur dans des études géographiques précises en
utilisant des méthodes d'extractions de données complexes, de datamining et des méthodes d'analyses élaborées.
Missions :
• Administration de la base de données de génotypage des Mycobactéries.
• Maintenance et développement des interfaces de consultation de la base de données :
Une interface graphique développée en Java (Swing), destinée exclusivement aux scientifiques du laboratoire.
Une interface web basée sur la technologie Java/J2EE déployée sur un serveur d’application Apache Tomcat, librement accessible sur
internet.
• Développement de scripts (Perl, Python, etc.) pour des analyses plus poussées
de la base de données, sur demande des scientifiques du laboratoire.
Compétences :
• Maîtrise de l'IDE Eclipse obligatoire,
• Maîtrise de plusieurs langages de programmation nécessaire : Java(J2EE, JDBC, Swing, etc.), Perl, Python, Javascript, XHTML/CSS/AJAX,
• Connaissance du serveur d’application Apache Tomcat,
• Maîtrise du SGBD MySQL,
• Des connaissances en gestion d’intranet (Windows Server 2003, Active Directory),
• Des connaissances des méthodes d’analyse statistique seraient un plus,
• Autonomie, capacité d'analyse, réactivité, dynamisme.
Durée du VCAT :
12 mois renouvelables pour une durée maximum de 24 mois.
Attention, le VCAT est réservé aux personnes originaires de l’Union Européenne,
âgées entre 18 et 29 ans. Les détails concernant le statut de Volontaire Civil à l’Aide Technique sont disponibles à cette adresse :
http://www.guadeloupe.pref.gouv.fr/sections/a_votre_service/recrutement___concou/v.c.a.t.?id=volontariat_civil_a.
Lieu : Institut Pasteur de Guadeloupe
Prise de fonction : dès que possible
Formation : Master ou Diplôme d’ingénieur
Spécialisation recommandée : informatique et/ou bio-informatique
CV + lettre de motivation + lettres de référence à envoyer à Thomas Burguière
([email protected]) en faisant parvenir une copie à Nalin Rastogi
([email protected]) et à Véronique Hill ([email protected]).
Unité de la Tuberculose et des Mycobactéries
Institut Pasteur de Guadeloupe
Morne Jolivère
F-97183 Abymes-Cedex
Guadeloupe, Antilles Françaises
Directeur du laboratoire : Dr. Nalin Rastogi
Tel : 0590 89 76 61 / 0590 89 76 65