catalogue - ADNucleis

1
CATALOGUE
MATERIALS ET CONSUMABLES
February 2016
V7
ADNUCLEIS SAS
1 246 000 € Capital
Head Offices : 30 chemin des Mouilles
69290 GREZIEU LA VARENNE - FRANCE
SIRET : 497 802 165 000 17
TVA intraCEE : FR 3649780216500017
Email : [email protected]
Tel : + 33 (0) 478 571 640
Mob : + 33 (0) 660 960 141
ADNUCLEIS SAS
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TABLE of CONTENTS
I.
Conditions of a PCR lab implementation ........................................................................... 3
1
2
3
4
II.
Necessary material ................................................................................................................. 3
Training ................................................................................................................................... 5
Prix des kits ADNucleis ........................................................................................................... 6
Avantages des kits ADNucleis ................................................................................................ 6
Methodologie ..................................................................................................................... 6
1
2
3
4
Enrichissement et milieux de culture ..................................................................................... 6
Extraction et purification d’ADN ............................................................................................ 7
Les kits d’amplification ........................................................................................................... 7
External Point Control (EPC) & Internal Point Control (IPC) .................................................. 8
III. Products.............................................................................................................................. 9
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30 chemin des Mouilles, 69290 GREZIEU LA VARENNE
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I. Conditions of a PCR lab implementation
1
Necessary material
Real time RT PCR or QPCR
APPLIED BIOSYSTEMS
7000-7300-7500-7900
STRATAGENEAGILENT
QIAGEN
EPPENDORF
Rotorgene
Realplex
MX 3005P
AUTRES MATERIELS
THERMOCYCLER
MULTICHANNEL
MICROPIPETTE
1-10µL / 30-50µL
MICROBIOLOGICAL SAFETY CABINET
PLATE OR STRIPS
CENTRIFUGE
STOMACHER
REFRIGERATOR / FREEZER
(MSC-P2)
Material installation + trials : 48h.
Level P1 laboratory : no specific sanitary requirements.
Ventilation : air extraction from the amplification room /air entry inside the DNA extraction
room.
Air-conditionning system recommended (room temperature inferior or equal to
25°C).
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Material & Consummables necessary for the detection of genetic targets via real
time PCR
ENRICHIMENT :
Bacterial concentration (optional)
Homogeneization
Graded tube with cap (1.5ml)
Stomacher
Centrifuge (rotor compatible for 1.5ml microtube)
Stomacher bag with filter
(precision : 400ml)
Incubation
DNA EXTRACTION
Pelleting reagents
Oven stabilised at 37°C or 30 °C
Plate or strips centrifuge
Transfer
Thermal and Chemical Lysis
Micropipettes : 25-200µl, 1 ml ….
Thermocycler or water bath or dry bath
Graded tube with cap (15ml)
Extraction buffer
Bacterial growth
Ethanol 96°
Culture media (PCRone, EPT, Half Fraser …)
Transfer
Deionised water
Micropipette 25-200µl
PURIFICATION using COLUMNS
PURIFICATION using MAGNETIC
MICROBEADS
Pelletting reagents
Tubes, plates or strips centrifuge
Transfer
Micropipette 25-200µl and 300µl (1 or 8
channels)
Pelletting reagents
Tubes, plates or strips centrifuge
Transfer
Micropipette 25-200µl and 300µl (1 or 8 channels)
Distripette with combitips
Distripette with combitips
Filtration
Reservoirs for buffers
Filtration Columns
Magnetic separation
4 Collecting tubes
Deep-well plate, X-pierced film, aluminium foil
Wash buffers 1 and 2
Magnetic separating device 96
Elution
Wash buffers 1 and 2
Elution buffer
Elution
Conic Tubes of 1.5ml volume
Elution buffer
DNA Conservation
Conic Tubes of 1.5ml volume
200µl Microtubes
DNA Conservation
200µl Microtubes
AMPLIFICATION
Reagents
Materials
Master mix PCR (1)
Thermocycler (sybr channel)
Master mix PCR Salmonella (AFNOR ADN 33/03 – 04/10) (1)
Centrifuge with plate rotor
Master mix PCR O157 (AFNOR ADN 33/01 – 02/10) (1)
Plate holder
Master mix PCR H7 (AFNOR ADN 33/01 – 02/10) (1)
Microtube (200µl) plate holder
Master mix PCR Ti (inhibition control) (AFNOR ADN 33/01 –
02/10)
Standard DNA for each target (3µl)
(1) Strip of 8 colored wells filled beforehand, breakable, with
individual optic caps.
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Training
ADNucleis is registered for professionnal training :
SIREN number of the training organism: 497 802 165 000 17
TVA intraCEE : FR 3649780216500017
TRAINING activity registered under the
N° 82 69 09708 69 with Préfecture of Rhône-Alpes Region.
Fees and duration of training:
In accordance with the level of initial training of personnel and complexity of the demand.
Trainers schooling level : Master degree
Cost evaluation according to number of training days:
- For 1 functionnal laboratory : 1 work day
- For 1 laboratory in design: 5 work days
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Prix des kits ADNucleis
Le prix des kits d’extraction et d’amplification varie en fonction des cibles et du nombre d’analyses
annuelles.
Pour plus d’information liée à une demande de devis, merci de nous contacter à l’adresse suivante :
[email protected]
4
Avantages des kits ADNucleis









Réponse en 3h, 15h lors d’un enrichissement.
Kits optimisés pour une utilisation avec des matrices complexes
Présentation sous forme de barrettes sécables colorées et/ou en bulk.
Profils thermique des different compatible (permet de tester plusieurs cibles à la fois avec le même
ADN).
Pas de manipulation des réactifs de lyse et de PCR car les tubes réactionnels sont pré-remplis
(sauf incompatibilité avec le thermocycleur) ou bulk
Purification sur colonne ou par billes magnétiques pour une pureté des ADN optimale.
Protocoles compatibles avec les grandes séries (96)
Compatibilité avec tous les thermocycleurs (Système ouvert).
Robotisation possible de la purification sur billes magnétiques
Les thermocycleurs suivant ont été testés dans le cadre de la marque AFNOR Validation :
 Applied Biosystems : 7000, 7300, 7500, 7900
 Qiagen : Rotorgene (Corbet)
 Stratagen-Agilent : MX 3005P
 Eppendorf : Realplex
II. Methodologie
1
Enrichissement et milieux de culture
Milieux déshydratés
EPT (Eau Peptonée
Tamponnée) 500g
BLEB 500g
PCRone 400g
PCRone 400g
PCRone 2kg
Référence
Tarif € HT
EPT
45
BLEB
Mpcr_001_100g
Mpcr_001_400g
Mpcr_001_2kg
70
25
60
240
Le milieu PCRone de ADNucleis est un milieu de culture multi
germes spécifiquement développé pour la détection des germes par
PCR lors d’un enrichissement court (12h à 24h). Sa formule est
optimisée afin de garantir la croissance de la plupart des germes dont
Listeria monocytogenes, Salmonella spp, et des Entérobactéries
(dont E coli O157 :H7 et plus généralement de tous les sérotypes).
Sa conception diverge des principes habituellement utilisés en
microbiologie classique pour s’adapter à l’évolution des techniques et
en particulier aux méthodes PCR. La température d’enrichissement
préconisée est de 37°C+/-1°C pour tous les germes.
Le but de ce milieu est de permettre une croissance rapide des germes présents dans l’échantillon en
limitant les effets compétitifs et sans apport d’inhibiteur de PCR pour les durées d’enrichissement
préconisées (12h à 24h).
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Le développement de la PCR comme méthode de routine de détection, permet une analyse de plusieurs
germes à partir d’un seul bouillon d’enrichissement. Préparer le milieu de culture PCRone conformément à
la fiche technique du produit (ajouter 47g/L d’eau déminéralisée, homogénéiser, autoclaver 15minutes à
120°C).
Extraction et purification d’ADN
2
ADNucleis propose plusieurs solutions afin de réaliser l’extraction et la purification d’ADN. Les solutions
sont soit à base de colonnes de silice ou de billes magnétiques.
Les tampons et les protocoles d’extraction de l’ADN (lyse des cellules dans la matrice) d épandent du type
et de la complexité de la matrice.
Une fois les cellules lysé et l’ADN libéré dans le milieu, la purification de l’ADN est commune aux protocoles
en regard de l’utilisation des colonnes ou des billes magnétiques.
Nous consulter pour obtenir la solution la mieux adaptée à vos applications.
Kit d’extraction
d’ADN
Références
Pour les colonnes et les microbilles
Pour les microbilles
matrice alimentaire HQS_ExtractP
(matrice alimentaire, HQS_Extract F
eau complexes)
HQS_Extract E
Eau simple
Kit de purification
d’ADN
Pour les microbilles
Références
Toutes matrices
Pour la purification sur colonnes (inclus : tampon de lyse,
tampon de lavage 1 et 2, tampon d’élution, colonne et tubes
4 collecteurs
Pour la purification avec microbilles magnétiques (inclus :
plaque deepwell, film X percé, film aluminium, tampon de
lavage 1 et 2, tampon d’élution).
HQS_purif_Col
HQS_purif_BM
Toutes matrices
Les kits d’amplification
3
ADNucleis fournit des bulk ou des barrettes prêts pour l'amplification (PCR) du ou des gènes avec leurs
®
témoins. Les technologies proposées utilisent soit des sondes d’hydrolyses, soit du Sybr .
6600
6400
105
6200
100
6000
5800
95
5600
90
5400
85
5200
80
5000
75
4800
4600
70
4400
65
4200
60
55
3800
- dI / dT (%)
Fluorescence (norm)
4000
3600
3400
3200
3000
2800
50
45
40
35
30
2600
25
2400
2200
20
2000
15
1800
10
1600
5
1400
0
1200
1000
-5
800
-10
600
-15
400
-20
200
0
66
-200
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22 23
Cycle
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
Temperature [°C]
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
45
Threshold: 1%
Threshold:
134 (Noiseband)
Baseline settings: automatic, Drift correction OFF
Courbes d’amplification et de dissociation sybr obtenues avec le kit HQS_salm_sybr,
ADNucleis sur plateforme PCR Realplex Eppendrof
(Color-enhanced scanning electron
micrograph
showing
Salmonella
typhimurium (red) invading cultured
human cells Credit: Rocky Mountain
Laboratories, NIAID, NIH Source:
http://www2.niaid.nih.gov/biodefense/
public/images.htm NIAID]
Kit HQS_salmo_sybr
5 dilutions successives d’ADN de Salmonella spp purifiée par billes magnétiques
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4
External Point Control (EPC) & Internal Point Control (IPC)
Les témoins de contrôle (IPC ou EPC) fournis dans les kits ADNucleis correspondent à un fragment d’acide
nucléique.
ADNucleis fabrique des EPC et IPC à la demande de la clientèle et en fonction des cibles recherchées.
Courbe de dissociation sybr obtenue pour la cible BVD
(Tm de 86.5°C +/-1°C)
Courbe de dissociation sybr obtenues pour l’IPC de
la cible BVD (Tm de 90.75°C +/-1°C)
100
- dI / dT (%)
80
60
40
20
0
-20
76
Threshold: 15%
78
80
82
84
86
88
Temperature [°C]
90
92
94
Kit HQS_BVD_sybr
Courbes de dissociation sybr optenues avec le kit HQS_BVD_sybr, ADNucleis sur plateforme PCR Realplex Eppendrof
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III. Products
ADNucleis fournit ses produits sous deux modes de conditionnement :
- barrettes sécables (8 puits)
- bulk (50 – 100 - 500 – 1000 – 5000 puits)
ADNucleis fourni sa Taq DNA polymerase standard avec ou sans Tampon PCR 10 X, ions Mg2+, dNTPs
La transcriptase inverse est fournie avec des Oligo dT et random hexamers
Seul le conditionnement des ADNs standard (Ref : ADN_cible) est fixé à 50µl.
External Point Control (EPC) & Internal Point Control (IPC)
Internal Point Control (IPC)
HQS_IPC (precise target)
External Point Control (IPC)
HQS_EPC
Principle
taqman
Sybr
PCR Master mix
Tampon PCR Master mix Sybr
Green
Tampon PCR Master mix
TaqMan
Tampon PCR Master mix Sybr
Green one step
Tampon PCR Master mix
TaqMan
one step
Sybr
HQS_AmpliS
taqman
HQS_AmpliT
Sybr
HQS_RT_AmpliS
taqman
HQS_RT_AmpliT
ADN standard
ADN_cible
Taq DNA Polymerase
Taq DNA
Polymérase
HQS_Taq_Nucleis
Reverse Transcriptase
Reverse
transcriptase
HQS_RT_Nucleis
Principe
Food
Cronobacter
sakazakii spp
Sybr
(AFNOR Validation
12h-24h)
HQS_saka_sybr
E.coli Stx1
HQS_stx1_sybr
Sybr
E.coli Stx2
HQS_stx2_sybr
Sybr
E.coli eaea
HQS_eaea_sybr
Sybr
E.coli O103
HQS_O103_sybr
Sybr
E.coli O111
HQS_O111_sybr
Sybr
E.coli O113
HQS_O113_sybr
Sybr
E.coli O145
HQS_O145_sybr
Sybr
E.coli O157
Sybr
(AFNOR Validation
12h-24h)
HQS_O157_sybr
E. coli H7
Sybr
(AFNOR Validation
12h-24h)
HQS_H7_sybr
E.coli O26
HQS_O26_sybr
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Sybr
10
E.coli O55
Sybr
HQS_O55_sybr
Listeria
monocytogenes
taqman
(en cours de
certification AFNOR
16h-24h)
HQS_Listm__IPC_tqm
Listeria spp
HQS_Listspp_sybr
Sybr
Salmonella spp
Sybr
HQS_Salm_sybr
(AFNOR Validation
12h-24h)
Animal Health
TARGET
PRRS
Canin
Félin
bird
pork
fish
swine
Reptile
Rodent
Ruminant
HQS_PRRS_Taq
BVD
HQS_BVD_sybr
Coxiella burnetii
HQS_FQ_IPC_tqmn
Listeria spp
HQS_listsp_sybr
Salmonella spp
HQS_salmo_sybr
Principe
Environnent
Listeria spp
HQS_listsp_sybr
Sybr
Salmonella spp
HQS_salmo_sybr
Sybr
Legionella spp
HQS_Legiospp_IPC_tqm
Sybr
Legionella
pneumophila
HQS_LegioP_tqm
Sybr
Human health
Chlamydia
trachomatis
Streptocoque hémolytique (S.
agalactiae)
Mycoplasma
genitalium
Legionella spp
Legionella
pneumophila
Pseudomonas
aeruginosa
E.coli eaea
E.coli O157H7
E.coli Stx1
E.coli Stx2
Listeria
monocytogenes
HQS_ChlamyT_IPC_tqm
Taqman
Taqman
HQS_GBS_IPC_tqm
HQS_MycoG_IPC_tqm
HQS_Legiospp_IPC_tqm
HQS_LegioP_tqm
HQS_Paer_IPC_tqm
HQS_eaea_sybr
HQS_O157_sybr //
HQS_H7_sybr
HQS_stx1_sybr
HQS_stx2_sybr
HQS_listm_IPC_tqmr
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Taqman
Taqman
Taqman
Taqman
Sybr
Sybr
Sybr
Sybr
Taqman
11
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