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Korilog et Inria annoncent une collaboration sur l'accélération significative de
BLAST
Questembert, France, le 15 juin 2012 - Korilog et Inria ont annoncé aujourd'hui
l'intégration de la technologie PLAST dans la plateforme logicielle Korilog. PLAST est
un outil de recherche de similarités de séquences banque-à-banque à la fois rapide,
précis, adapté au NGS et fournissant des accélérations significatives de la suite
d'algorithmes BLAST.
Korilog et l'équipe Genscale d’Inria ont étroitement collaboré dans le cadre d’un
projet R&D de dix-huit mois afin de créer KLAST, une nouvelle implémentation
optimisée de l'algorithme PLAST récemment publiée dans BMC Bioinformatics.
« Une question clé dans les recherches de similarités entre des banques de
séquences est de réduire considérablement le temps d'exécution, tout en gardant
une grande qualité dans les données qui en résultent. KLAST répond non seulement
à ces deux objectifs, mais sa mise en œuvre innovante prend en compte
l'infrastructure informatique existante des laboratoires. En effet, KLAST atteint des
accélérations sans avoir besoin de matériels périphériques supplémentaires, car il
tire pleinement parti des processeurs multi cœurs disponibles dans les ordinateurs
de bureau ordinaires ou les nœuds de cluster. Nous sommes très heureux de fournir
à nos utilisateurs un tel outil », précise Patrick Durand, directeur de Korilog.
Les performances de KLASTp ont montré une accélération d’un facteur 24 par
rapport à BLASTp. Ces résultats ont été obtenus en faisant tourner les deux
algorithmes sur les 8 cœurs d'un ordinateur Apple MacPro, lors de la comparaison
de 2327 protéines de l’espèce du peuplier noir Populus trichocarpa avec 2,9 millions
de protéines de la banque de données NCBI RefSeq. Par rapport à BLAST et
SSearch, KLAST est aussi sensible et sélectif que ces outils de référence. Une
qualité et des accélérations équivalentes sont obtenues avec les autres outils KLAST
de comparaison : KLASTx, tKLASTn, tKLASTx et KLASTn.
Dominique Lavenier, directeur scientifique de PLAST, note : « Le transfert de PLAST
dans une société de haute technologie comme Korilog est une étape très gratifiante
et importante pour notre équipe de recherche. Il nous permet de contribuer
directement à de nouvelles avancées dans des domaines biologiques émergents,
allant de la santé à l'agriculture et à l'environnement. Et les commentaires des
utilisateurs finaux sont très précieux pour garder PLAST comme un leader
technologique dans la comparaison intensive de séquences. »
Le moteur de recherche de similarités de séquences KLAST fournit les
fonctionnalités suivantes :
- support pour tous les types de comparaisons de séquences,
- gestion de toutes les longueurs de séquences,
- support direct de fichiers de séquences, sans avoir à pré-construire des indexes de
séquences statiques,
- intégration d’un moteur de filtrage des données capable de sélectionner des hits
pertinents avec des critères définis par l'utilisateur (E-Value, identité, couverture,
longueur d'alignement, etc.),
- adapté au NGS.
Pour fournir aux utilisateurs une plateforme avancée de recherche de similarités de
séquences, le moteur KLAST a été intégré dans le Korilog Bioinformatics Extensions
pour la plate-forme d’analyse de données KNIME. En conséquence, les utilisateurs
bénéficient des fonctionnalités du plugin de Korilog et d'une grande variété de
méthodes d'analyses de données accompagnant la plateforme KNIME. KLAST est
disponible pour les différentes versions de KNIME, de Desktop à Cluster Execution.
L’exécution en ligne de commande est également possible.
« L’intégration de KLAST dans KNIME va permettre aux chercheurs de bénéficier
d’une plateforme d’analyse de données génomiques très polyvalente pour la
recherche de similitudes, l’analyse statistique, l’étude des classifications biologiques
des séquences, le filtrage d’information ou encore la visualisation interactive des
résultats », commente Michael Berthold, PDG de la société KNIME.AG.
Pendant l'été et l'automne 2012, Korilog publiera de nouvelles versions de son Plugin
pour KNIME, de KoriBlast et du Serveur KoriBlast intégrant le nouvel outil de
recherche haute performance KLAST.
D'autres améliorations sont en cours pour accélérer KLAST encore davantage.
Le projet KLAST fait partie du programme de recherche collaboratif KoriPlast mené
par Korilog, financé par la Région Bretagne et accompagné par le CRITT Santé
Bretagne.
A propos de Korilog
Korilog est une société de bioinformatique spécialisée dans la conception de logiciels
graphiques destinés à l’analyse des données de génomes, protéomes et des voies
métaboliques. La société propose ses logiciels aux laboratoires de recherche publics
et industriels, ainsi que son savoir-faire dans la prestation de services à façon pour
soutenir les chercheurs dans leurs activités de recherche et développement.
A propos d’Inria
A l’interface des sciences informatiques et des mathématiques, les chercheurs d’Inria
établissent depuis 40 ans les bases scientifiques d’un nouveau champ de
connaissance : les sciences du numérique.
En interaction avec les autres disciplines scientifiques, les sciences du numérique
proposent de nouveaux concepts, langages, méthodes et objets d’enseignement qui
ouvrent des perspectives inédites dans l’appréhension des phénomènes complexes.
Réunis en équipes-projets, les chercheurs d’Inria croisent avec créativité recherche
fondamentale et recherche appliquée.
Les 174 équipes, pour la plupart communes avec de grandes institutions de
recherche françaises ou internationales, rassemblent autour d’un projet une vingtaine
de chercheurs pour 4 à 8 ans.
Inria est, en France, le seul institut public de recherche entièrement dédié aux
sciences du numérique. Il accueille chaque année plus de 1000 jeunes chercheurs.
Web : www.klast-search.com