Parcours professionnel Diplômes - UMR CNRS 5558 Laboratoire de

Christian BAUDET
Né le 23/03/1979 (35 ans)
à Campinas/SP, Brésil
Nationalité: Brésilienne/Française
État civil: Pacsé
LBBE, UMR CNRS 5558
43, Bd du 11 Novembre 1918
69622 Villeurbanne cedex
France
Tel.: +33 (0)4 72 44 83 08
[email protected]
Parcours professionnel
09/2014–09/2015
07/2013–08/2014
01/2011–06/2013
03/2010–06/2010
07/2006–01/2009
07/2003–06/2006
01/2002–06/2003
Chercheur (Ingénieur de Recherche)
INRIA Grenoble - Rhône-Alpes – Équipe Bamboo
Évolution, co-phylogénie, génomique comparative, algorithmes
Chercheur (Post-doctorant)
INRIA Grenoble - Rhône-Alpes – Équipe Bamboo
Évolution, co-phylogénie, génomique comparative, algorithmes
Chercheur (Post-doctorant)
UMR CNRS 5558 - Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive – Université Lyon I
Évolution, co-phylogénie, génomique comparative, algorithmes
Doctorant
UMR CNRS 5558 – Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive – Univ. Lyon I
Évolution, co-phylogénie, génomique comparative, algorithmes
Analyste développeur
Scylla Bioinformatics – Campinas/SP – Brazil
Direction de projet et développement de systèmes : Gestion de séquençage de génomes complets,
Gestion de sélection assistée par marqueurs
Associé fondateur - Analyste développeur
BFG Informática LTDA – Campinas/SP – Brazil
Direction de projet et développement de systèmes pour Scylla Bioinformatics : Gestion de
séquençage d’ESTs, Gestion de séquençage de génomes complets
Programmeur
Embrapa – Laboratório de Biologia Computacional – Campinas/SP – Brazil
Développement d’outils pour la visualisation d’informations protéiques
Diplômes
2006–2010
2004–2006
1999–2003
Doctorat en Science de l’Informatique
Université de Campinas – Institute de l’Informatique – Campinas/SP – Brésil
“Énumération de Traces et Identification de Points de Cassure: Étude des aspects évolutifs”
Directeur de thèse: Prof. Dr. Zanoni DIAS
Date de soutenance: 13/12/2010
Composition du jury:
Prof. Dr. João MEIDANIS – Université de Campinas
Prof. Dr. João Carlos SETUBAL – VBI - Virginia Tech
Prof. Dr. Nalvo Franco de ALMEIDA Junior – Université féderale de Mato Grosso do Sul
Prof. Dr. Guilherme Pimentel TELLES – Université de Campinas
Prof. Dr. Zanoni DIAS – Université de Campinas
Master Recherche en Science de l’Informatique
Université de Campinas – Institute de l’Informatique – Campinas/SP – Brésil
“Une approche pour la détection et la suppression d’artefacts dans les séquences d’ESTs”
Encadrant: Prof. Dr. Zanoni DIAS
Date de soutenance: 01/12/2006
Composition du jury:
Prof. Dr. Guilherme Pimentel TELLES – Université de São Paulo
Prof. Dr. João MEIDANIS – Université de Campinas
Prof. Dr. Ricardo DAHAB – Université de Campinas
Prof. Dr. Zanoni DIAS – Université de Campinas
Ingénieur: Génie Informatique
Université de Campinas – Campinas/SP – Brésil
Activités d’enseignement
10/2014
02/2014–03/2014
10/2013
02/2013–03/2013
03/2007–06/2007
03/2005–06/2005
Codage et arithmétique binaire – L1 – 2 HETD – INSA Lyon
Introduction à Linux et à la programmation en Python – L3 – 22 HETD – Université Lyon I
Introduction à la Bioinformatique – License Pro – 6,67 HETD – Université Lyon I
Introduction à Linux et à la programmation en Python – L3 – 12 HETD – Université Lyon I
Introduction à la programmation – L1 – 30 heures – Université de Campinas
Introduction à la programmation – L1 – 30 heures – Université de Campinas
Écoles d’été et d’hiver
2014
2012
2011
Addressing Difficult Problems in a Computationally Tractable Fashion
Lisbonne – Portugal
Enumeration Algorithms and Exact Methods for exponential problems in Computational Biology
Bertinoro – Italie
International School on Mathematics “Guido Stampacchia”
Graph Theory, Algorithms and Applications
Erice – Italie
Publications
Revues Internationales avec comité de lecture
• B. Donati, C. Baudet, B. Sinaimeri, P. Crescenzi, and M.-F. Sagot. Eucalypt: Efficient tree reconciliation
enumerator. Algorithms for Molecular Biology, In Press, 2014.
• C. Baudet, Z. Dias and M.-F. Sagot. Sampling Solution Traces for the Problem of Sorting Permutations by
Signed Reversals. Algorithms for Molecular Biology, v. 7(1), 18 pages, 2012.
• C. Baudet, C. Lemaitre, Z. Dias, C. Gautier, E. Tannier, and M.-F. Sagot. Cassis: detection of genomic
rearrangement breakpoints. Bioinformatics, v. 26, 1897–1898, 2010.
• C. Baudet and Z. Dias. Analysis of slipped sequences in EST projects. Genetics and Molecular Research, v. 5,
169–181, 2006.
• G. Neshich, A. L. Mancini, M. E. B. Yamagishi, P. R. Kuser, R. Fileto, I. P. Pinto, J. F. Palandrani, J. N.
Krauchenco, C. Baudet, A. J. Montagner and R. H. Higa. STING Report: convenient web-based application
for graphic and tabular presentations of protein sequence, structure and function descriptors from the STING
database. Nucleic Acids Research, v. 33, D269–D274, 2005.
• G. Neshich, W. Rocchia, A. L. Mancini, M. E. B. Yamagishi, P. R. Kuser, R. Fileto, C. Baudet, I. P. Pinto,
A. J. Montagner, J. F. Palandrani, J. N. Krauchenco, R. C. Torres, S. Souza, R. C. Togawa and R. H. Higa.
JAVA Protein Dossier: a novel web-based data visualization tool for comprehensive analysis of protein structure.
Nucleic Acids Research, v. 32, W595–W601, 2004.
• G. Neshich, R. C. Togawa, A. L. Mancini, P. R. Kuser, M. E. B. Yamagishi, G. Pappas, W. V. Torres, T. F. e
Campos, L. L. Ferreira, F. M. Luna, A. G. Oliveira, R. T. Miura, M. K. Inoue, L. G. Horita, D. F. de Souza,
F. Dominiquini, A. Álvaro, C. S. Lima, F. O. Ogawa, G. B. Gomes, J. F. Palandrani, G. F. dos Santos, E.
M. de Freitas, A. R. Mattiuz, I. C. Costa, C. L. de Almeida, S. Souza, C. Baudet and R. H. Higa. STING
Millennium: a web-based suite of programs for comprehensive and simultaneous analysis of protein structure and
sequence. Nucleic Acids Research, v. 31, n.13, 3386–3392, 2003.
Conférences Internationales avec comité de lecture
• C. Baudet, U. Dias and Z. Dias. Length and Symmetry on the Sorting by Weighted Inversions Problem. In
Proceedings of the 9th Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB 2014). 99–106. Belo Horizonte, Brazil.
October, 2014.
• U. Dias, C. Baudet and Z. Dias. Greedy Randomized Search Procedure to Sort Genomes using Symmetric,
Almost-Symmetric and Unitary Inversions. In Proceedings of the 4th ACM Conference on Bioinformatics,
Computational Biology and Biomedical Informatics (ACM BCB 2013). 181–190. Maryland, USA. September,
2013.
• C. Baudet and Z. Dias. An Improved Algorithm to Enumerate All Traces that Sort a Signed Permutation by
Reversals. In Proceedings of the 25th Symposium On Applied Computing (ACM SAC 2010). Bioinformatics
Track. 1521–1525. Sierre, Switzerland. March, 2010.
• C. Baudet and Z. Dias. Chronological order of reversal events on Rickettsia genus. In Proceedings of the ACM
International Symposium on Biocomputing 2010 (ISB 2010). 5 pages. Calicut, Kerala, India. February, 2010.
• C. Baudet and Z. Dias. New EST trimming procedure applied to SUCEST sequences. In Proceedings of the
2nd Brazilian Symposium on Bioinformatics 2007 (BSB 2007). Lecture Notes in Bioinformatics, v. 4643, 57–68.
Angra dos Reis/RJ, Brazil. August, 2007.
Soumises
• C. Baudet, B. Donati, B. Sinaimeri, P. Crescenzi, C. Gautier, C. Matias, and M.-F. Sagot. Co-phylogeny
reconstruction via an approximate Bayesian computation. Systematic Biology, 2014.