PubMed Central Présentation et guide d`utilisation Évelyne

PubMed Central
Présentation et guide d’utilisation
Évelyne Mouillet
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commons accessible à : http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/deed.fr
La référence de ce document est à présenter comme suit :
Mouillet E. PubMed Central. Présentation et guide d’utilisation. Bordeaux : Université de
Bordeaux, ISPED ; 2014.
Sommaire
Introduction
I. Répertoire de périodiques
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II. Base de données bibliographique
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II.1.Interroger PMC, en recherche avancée
II.1.a La zone de requête
II.2.b La zone Builder
II.3.c La zone History
5
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6
II.2. Limits
II.3. Les index PMC
7
8
III. Exploiter les résultats de la recherche
III.1. En cliquant sur Display Settings
III.2. En cliquant sur Send to
8
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IV. My NCBI, stockage et veille bibliographique
IV.1. Réaliser une veille bibliographique
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IV.2.Sauvegarder définitivement des références
10
IV.3. Créer et mettre à jour les références de sa bibliographie
personnelle
En conclusion
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Introduction
Lancé en février 2000, PubMed Central, PMC (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc)
(Figure 1), service développé et géré par la bibliothèque nationale de médecine (NLM)
des États-Unis du National Center for Biotechnology Information (NCBI) est à la fois :
un répertoire de 2761 titres (Journal List) de périodiques biomédicaux
anglophones en libre accès (octobre 2014), immédiat (Free Access >
Immediate) ou après embargo (After n months), (Figure 2) et
une base de données bibliographique (Advanced) dont tous les documents
référencés sont en libre accès. La base est en étroite liaison avec
PubMed/MEDLINE.
Figure 1 : Page d’accueil PubMed Central
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc
Le libre accès aux documents est le principe fondamental de PMC qui en tant que
réservoir numérique garantit un accès permanent à tout son contenu.
Attention libre accès ne signifie pas sans droits et les utilisateurs doivent être attentifs au
copyright des auteurs et des éditeurs (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/about/copyright).
I. Répertoire de périodiques
L’état des collections (Volumes in PMC) pour chaque titre est signalisé (Figure 2) avec les
numéros du dernier volume ajouté au répertoire (Lastest) et celui du premier accessible
(First).
La durée d’embargo est présentée (Free Access). L’implication (Participation Level) des
éditeurs aux archives ouvertes est précisée, totale (Full) ou seulement pour les articles
relatant une étude financée par les National Institutes for Health (NIH) américains (NIH
Portfolio). Les archives des anciens numéros (certains datent du 18 ième siècle) sont
numérisées.
PMC a démarré avec les articles des revues Proceedings of the National Academy of
Sciences et Molecular Biology of the Cell. À présent, les NIH ont demandé à tous leurs
chercheurs travaillant avec des financements institutionnels de déposer leurs publications
dans PMC dès que possible en tant que manuscrits (Manuscripts, Preprints) et aux
éditeurs dans les 12 mois qui suivent leur parution.
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Figure 2 : Liste de périodiques PMC
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/journals)
Quels types d’articles trouve-t-on dans PMC ?
 Des articles publiés dans des revues participant à la politique des archives
ouvertes ;
 Des articles rapportant des études financées par les NIH ;
 Des articles encore non publiés (Manuscript), (Figure 3) ;
 Des articles anciens numérisés.
Figure 3 : Référence d’un manuscrit
Il faut par ailleurs noter que :
 La référence de chaque article est présente dans PubMed/MEDLINE (Links >
PubMed) ;
 La liste des références présentées dans la bibliographie des articles est également
disponible (Links > Cited Articles) ;
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

Seuls les articles publiés en langue anglaise sont indexés dans PMC.
Les articles en libre accès dans PMC sont signalés dans PubMed/MEDLINE avec les
logos suivants :
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II. Base de données bibliographique
La configuration et les fonctionnalités sont pratiquement identiques à celles de
PubMed/MEDLINE.
Interroger PMC en recherche simple : saisir le terme dans la zone de requête de la
page d’accueil (Figure 1) puis cliquer sur le bouton Search.
II.1.Interroger PMC, en recherche avancée (Advanced) :
Sur cette page, PMC Advanced Search Builder (Figure 4) vous trouvez trois parties :
II.1.a La zone de requête avec les boutons Edit (voir la requête) et Clear (effacer la
requête).
Penser à vider cette zone de requête (bouton Clear) avant de lancer une nouvelle recherche !
Figure 4 : PMC Advanced Search
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II.2.b La zone Builder (Figure 4) qui permet une recherche guidée grâce aux index des
différents champs des notices :
Saisir le terme recherché puis sélectionner le champ dans la liste déroulante (All Fields) ;
Attention comme PMC dispose du texte intégral des articles, ses index sont différents de
ceux disponibles dans PubMed/MEDLINE, voir § ci-dessous : Les index PMC.
Cliquer sur le bouton Show Index.
La liste alphabétique des termes proposés dans l’index choisi (Figure 5) apparaît avec
pour chacun, entre parenthèses, le nombre de références indexées sous ce terme ;
Choisissez l’opérateur booléen approprié (liste déroulante AND, OR, NOT) et validez votre
requête en cliquant sur le bouton Add to Search Box.
La stratégie de recherche se bâtit donc à partir de cette fenêtre (Figure 5), les termes
retenus sont au fur et à mesure envoyés dans la zone de requête du haut de la page
(Figure 5).
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Figure 5 : Recherche guidée par index
II.3.c La zone History > Search History (Figure 4) est un récapitulatif complet de
toutes les actions entreprises et des résultats. Sur la droite de la page des résultats, la
rubrique Recent Activity ne donne que l’historique des interrogations les plus récentes …
mais si vous êtes abonnés à My NCBI, la rubrique See more retrace votre historique sur
les six derniers mois !
La sauvegarde des données est automatique et se maintient sur une durée de huit
heures après la dernière connexion. Á chaque requête est attribué un numéro, bien que
les numéros ne se suivent pas toujours, toutes les requêtes sont effectivement
sauvegardées. On peut (Figure 6) :
Cliquer sur le nombre de références obtenu pour repartir sur la page de
résultats ;
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Cliquer sur le numéro de la requête (Figure 6), pour :
la combiner à une autre (AND, OR, NOT) ;
la supprimer (Delete), accéder à la page des résultats (View) ;
accéder à la stratégie de recherche (Details) ;
ou sauvegarder les références (Save in My NCBI).
Figure 6 : Historique des recherches
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II.2. Limits (Figure 7).
A la rubrique Embargoed Articles, cochez l’option Include in the search result? si vous
souhaitez inclure des articles avec un embargo jusqu'à 12 mois.
Ceux pour lesquels l’embargo est supérieur à 12 mois ne sont pas conformes à la
politique des archives ouvertes des NIH, ils apparaîtront dans les résultats de votre
recherche uniquement lorsque le texte intégral sera gratuit dans PMC.
Vous pouvez restreindre votre recherche sur les noms des auteurs (Limit by Author), sur
un titre de périodique (Limit by Journal), sur des dates (Dates) ou sur des types d’articles
(Article Type) que vous combinez (AND, NOT) ou pas (OR).
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Figure 7 : La rubrique Limits
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/limits)
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II.3. Les index PMC
Les index accessibles à partir de Builder (Figure 5) et de Limits > Search Fields Tags
(Figure 7) vous permettent de choisir le champ d’indexation sur lequel vous voulez faire
porter votre interrogation.
Toutes les références présentes dans la base vous amènent au texte intégral des articles.
Les index PMC ne portent donc pas uniquement sur les différentes zones de la notice
bibliographique de la référence mais également sur les différentes parties du texte
intégral des articles (Figure 8).
Vous pouvez notamment faire des recherches, à l’intérieur des articles, sur :
Abstract (Résumé)
Acknowledgements (Remerciements)
Body – All Words (Corps du texte -hors résumé et références-, tous les mots et
les chiffres)
Body – Key Terms (Corps du texte, les mots significatifs)
Figure/Table caption (Légendes des figures et tableaux)
Methods - Key Terms (Partie Matériel et méthodes, les mots significatifs)
Reference (Mots et chiffres des titres de la partie Références de l’article)
Refernce Author (Noms des auteurs de la partie Références de l’article)
Section Title (Mots et chiffres de la partie Titre de l’article)
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Figure 8 : Liste déroulante des index PMC
III. Exploiter les résultats de la recherche avec les différentes options :
III.1. En cliquant sur Display Settings (Figure 9), il est alors possible de :
Modifier le format de présentation des références (Format)
Summary : format signalétique court, tel qu’il est proposé par défaut ;
Summary (text) : format signalétique en fichier texte (sans cadre, couleur,
image, etc.) ;
Ce format Summary (text) fait apparaitre les références avec d’abord le nom
des auteurs puis le titre de l’article et la source ce qui bien pratique pour enregistrer ou
imprimer rapidement la liste des résultats dans une présentation Vancouver correcte !
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MEDLINE : fichier texte avec les champs codés (format obligatoire pour
sauvegarder les références dans un logiciel de gestion bibliographique) ;
PMCID List : les numéros d’identification des références dans PubMed
Central.
Ajuster le nombre de références présenté par page (Items per page) et ainsi
gagner du temps en évitant de "tourner" les pages avec les rubriques First,
Prev, Next, Last.;
Trier les références (Sort by) par date de publication imprimée (Print Pub Date),
électronique (Electronic Pub Date) par ordre alphabétique de titre de périodique
(Journal), par date à laquelle l’article est entré dans la base (PMC Live Date).
Figure 9 : Modifier la présentation de la liste des références
Le choix de la présentation des références peut être enregistré avec My NCBI (Voir § IV).
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III.2. En cliquant sur Send to (Figure 10) il est possible de :
Sauvegarder des références de façon pérenne sur votre ordinateur dans un
fichier (File),
Et/ou également dans votre espace de travail via My NCBI (Collections),
Sauvegarder des références le temps de votre interrogation (Clipboard),
Transmettre des références par messagerie électronique (E-mail).
Figure 10 : Option Send to
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IV. My NCBI, stockage et veille bibliographique
Après inscription (Register), My NCBI, service gratuit (accessible également à
partir de la rubrique Save Search sur la page des résultats) permet de :
IV.1. Réaliser une veille bibliographique en sauvegardant les stratégies de recherche
(Save Search en haut de la page de résultats) et en recevant par messagerie
électronique les dernières mises à jour.
Après avoir effectué une recherche, cliquer sur la rubrique Save Search, puis à partir de
la page suivante :
Intituler la recherche : Enter a name for your search ;
Accepter la DSI : Would you like to receive e-mail updates of new search
results?, cocher Yes ;
L'adresse électronique a déjà été enregistrée lors de l’inscription ;
Choisir la périodicité : How often?, le jour de la semaine ;
Choisir le format : Format (pour formater dans un logiciel de gestion
bibliographique, préférer MEDLINE en fichier Text) ;
Choisir de recevoir un nombre maximum de références : Maximum number of
items to send ;
Choisir d'être averti même si aucune référence n'est récupérée : Send e-mail
even when there are no new results.
La veille bibliographique peut également s’effectuer grâce à un flux RSS, dont le
logo orange est accessible en haut de la page des résultats sous la zone de requête.
IV.2.Sauvegarder définitivement des références obtenues après interrogation :
rubrique Send to, option Collections (Clipboard ne permet qu’une sauvegarde
momentanée de 8 heures). Depuis 2009, l’espace Collections peut contenir jusqu’à 5000
références.
Ces collections fonctionnent comme des bases de données, elles peuvent entre autres
être alimentées (Append to an existing collection), concaténées (Edit > Merge PubMed
Collections) partagées (Sharing).
My NCBI est aussi un outil collaboratif : Collections et My Bibliography peuvent être en
accès partagé :
My NCBI> My Saved Data > Collections > Manage > My Bibliography > Private
> Bibliography Sharing > Public, puis copier et envoyer l’URL à vos partenaires
ou copier et coller le texte HTML pour le mettre dans un blog, une page web,
etc. et sauvegarder (Save).
IV.3. Créer et mettre à jour les références de sa bibliographie personnelle (par
exemple pour écrire ses articles) : My Saved Data section > Collections >My Bibliography
> Action + pour ajouter des références à partir de PubMed (Citations in PubMed) ou bien
saisir manuellement des références qui ne sont pas dans PubMed (Add Other Citations).
En conclusion, il est très confortable de travailler avec PMC et d’obtenir en même temps
références et texte intégral… n’oubliez pas que cela ne vous donnera qu’une toute petite
partie des références nécessaires à votre sujet !
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