ÉVOLUTION ET ÉCOLOGIE Année 2014-2015

Transcription

MINISTERE DE L’EDUCATION NATIONALE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE
MINISTERE DE L’ECOLOGIE, DU DEVELOPPEMENT DURABLE ET DE L’ENERGIE
MUSÉUM NATIONAL D'HISTOIRE NATURELLE
Direction de l'Enseignement, de la Pédagogie et des Formations
Ecole doctorale 227 « Sciences de la Nature et de l’Homme : évolution et écologie »
Bâtiment de la Baleine – 57, rue Cuvier – CP 27 – 75231 – Paris cedex 05
FORMATION DOCTORALE
ED 227
SCIENCES DE LA NATURE ET DE L’HOMME :
ÉVOLUTION ET ÉCOLOGIE
Année 2014-2015
1
Préambule
Plan individuel de formation doctorale
Les doctorants doivent établir, en concertation avec leur directeur de thèse, dès l’inscription en
première année, leur plan de formation doctorale et le communiquer à l’école doctorale pour accord
préalable sur son contenu lequel pourra néanmoins être modifié, en cours de thèse, si cela s’avère
nécessaire.
Ce plan individuel de formation doctoral doit être validé par le conseiller ou la conseillère
doctoral(e) et un membre correspondant unité ou site du Conseil de l’ED 227.
Cadre général
Les doctorants doivent suivre, durant la préparation de leur thèse, des formations utiles à leur projet
de recherche et à leur projet professionnel, ainsi que des formations nécessaires à l’acquisition d’une
culture scientifique élargie. Ces formations doivent non seulement permettre de préparer les futurs
docteurs au métier de chercheur dans le secteur public, l’industrie et les services, mais aussi à tout
métier requérant les compétences acquises lors de la formation doctorale (voir l’arrêté du 7 août 2006
relatif à la formation doctorale).
Règles de l’ED 227 « Sciences de la Nature et de l’Homme : évolution et écologie »
Les doctorants inscrits à l’ED 227 devront suivre, au cours de leurs trois années de thèse, un
minimum de 72 heures de formation doctorale (équivalent, selon les types de formations suivies, à
quatre modules de 18 heures de formation doctorale complémentaire, ou d’environ 12 journées de
formation). La moitié au moins de la formation doctorale sera obligatoirement à vocation d’insertion
professionnelle. Les heures de formation devront être validées par l’ED (sur présentation du contenu
et d’un certificat de réussite ou d’assiduité), cette validation étant requise pour la signature de
l’autorisation de soutenance. Pour les doctorants qui doivent justifier à l’étranger de l’obtention
d’ECTS, l’ED délivre des attestations sur demande, la formation doctorale complémentaire ne
pouvant excéder un total de 30 ECTS et la thèse proprement dite étant créditée de 150 ECTS formant
un forfait indivisible.
De nombreuses formations sont proposées par le MNHN et l’Institut de Formation Doctorale (IFD)
de l’UPMC. Elles peuvent notamment être constituées de journées d’insertion professionnelle ou
de modules scientifiques nécessaires à la réalisation du projet professionnel du doctorant.
L’information sur les formations disponibles est relayée par l’ED. Des formations pourront aussi être
suivies à l’extérieur (autres écoles doctorales…). Quelques autres activités (par exemple
l’organisation du congrès des doctorants de l’ED 227 ou l’organisation totale des missions de terrain)
pourront aussi être validées comme formation par l’ED.
Pour chaque activité, le doctorant devra joindre une attestation de réussite ou d’assiduité à son
dossier.
La formation doctorale complémentaire est obligatoire. Elle ne doit être confondue ni avec des
formations que le doctorant peut être amené à suivre pour acquérir des connaissances
nécessaires au bon déroulement de sa thèse, ni avec toutes autres activités liées
directement au travail de thèse et qui relèvent du travail normal d’un chercheur.
Sont donc notamment exclus de la validation : la présentation de résultats aux séminaires de
laboratoire ou de département et aux congrès/colloques, les publications, les missions de
terrain, la participation à la fête de la science et aussi tout module en relation étroite avec le sujet de
thèse.
Les doctorants peuvent et sont encouragés à suivre tout enseignement qui leur semblerait souhaitable,
pour leur thèse ou leur culture générale, en plus de cette formation doctorale obligatoire ; aucun
accord préalable de l’ED n’est alors nécessaire.
Les doctorants recrutés pour une mission doctorale MNHN suivent la formation scientifique et
2
pédagogique qui y est associée (10 jours par an ; formation scientifique et pédagogique, muséologie,
etc.). En conséquence, ils sont dispensés du plan individuel de formation doctorale obligatoire, à
l’exception de deux journées d’insertion professionnelle. Cette formation spécifique doit être suivie
les deux premières années de la thèse, la formation complémentaire (insertion professionnelle)
pouvant être complétée jusqu’en troisième année.
Formations proposées et procédure de validation
Les formations proposées par le MNHN sont mises en ligne, chaque année, à l’adresse :
http://www.mnhn.fr/fr/enseignement-formation/enseignement-superieur/ecole-doctorale/formationdoctorale
Les formations proposées par l’IFD sont en ligne à l’adresse :
http://www.ifd.upmc.fr/fr/formation/inscriptions.html
La procédure standard (quelques exceptions sont possibles), pour les doctorants souhaitant suivre et
valider une formation, est la suivante :
- S’inscrire auprès du (des) responsable(s) de module, ou auprès du Département formation et
carrières de l’IFD (adresse ci-dessus). Certaines demandes d’inscription nécessitent une validation de
la demande par l’ED.
- Suivre la totalité de la formation.
- Suivre les règles de validation de la formation (par exemple, remettre au responsable d’un module,
s’il le requiert, un travail écrit sanctionnant le module, tel que rapport de synthèse, analyse d’article,
etc.).
- Faire parvenir à l’ED, pour validation des heures correspondantes de formation continue, les
attestations de présence et/ou de validation des formations suivies. Dans le cas d’enseignements ou
formations suivis à l’extérieur (autres écoles doctorales…), fournir également le programme de ces
formations.
Au total, quatre attestations de formation doctorale doivent obligatoirement être jointes
au dossier de demande d’autorisation de soutenance.
Les modules d’enseignement du présent document
Les modules présentés dans ce document s’adressent aux doctorant(e)s de l’ED227 et à ceux et celles
d’autres établissements et écoles doctorales, intéressé(e)s par les Sciences de l’Univers, de la Terre,
de la Vie et de l’Homme. Chaque module est généralement organisé sur la base de :
- plusieurs conférences d'une heure trente, questions-réponses comprises ou sous forme d'ateliers.
- d’accompagnement scientifique du corps enseignant du primaire : « main à la pâte »…
Cette année, 33 modules sont proposés et répartis dans les cinq thématiques suivantes :
Valorisation/Méthodologies/concepts (18) ; Biodiversité actuelle et fossile (2) ; Histoire naturelle de
l’homme (5) ; Histoire naturelle des mécanismes du vivant (6) ; Géodiversité et chimiodiversité (2).
Vous trouverez, dans les pages suivantes :
- les programmes détaillés et les horaires des modules de l’école doctorale dispensés à partir du 6
octobre 2014
- les activités entérinées par l’école doctorales et susceptibles d’être validées ;
- la copie de l’affiche « calendrier » des modules ;
La Direction de l’école doctorale ED 227
« Sciences de la Nature et de l’Homme : évolution et écologie »
Octobre 2014
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VALORISATION,
MÉTHODOLOGIE ET CONCEPTS
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Atelier Anglais scientifique
Du 06 octobre 2014 au 30 juin 2015
Responsable : Philip HINDLEY (Maître de Conférences, Université Paris 1 PanthéonSorbonne)
Direction de l’enseignement, de la pédagogie et des formations.
Adresse : 47 rue Cuvier, CP 27
Courriel : [email protected]
Téléphone : 01 40 79 54 02
Les précisions sur le lieu, les heures et dates précises des ateliers seront transmises
ultérieurement
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Objectifs :
L’atelier a pour objectif de préparer les étudiants à leur vie professionnelle de chercheurs
en leur fournissant les compétences linguistiques nécessaires à plusieurs domaines de
l’anglais scientifique.
Entre autres, les étudiants apprennent à :
-aborder un texte scientifique ;
-rédiger un article scientifique en anglais ;
-entreprendre une correspondance professionnelle de chercheur (lettres formelles,
rapports, proposition de projets, courriels, etc.) ;
-réaliser un poster scientifique en anglais ;
-faire une communication en anglais ;
-répondre aux questions sur leur recherche et parler de leur recherche, tant dans des
situations formelles qu’informelles.
Des activités de compréhension orale seront en outre organisées afin d’améliorer leurs
compétences d’écoute.
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Conditions de validation de ce module :
Les étudiants devront avoir été présents pendant un minimum de 24 heures aux ateliers de
leur choix et avoir complété l’une des tâches mentionnées ci-dessous.
1)
2)
3)
4)
Réalisation d’un poster scientifique en anglais
Présentation orale sur PowerPoint d’un sujet de recherche en anglais
Rédaction d’un rapport de recherche en anglais
Une rédaction en anglais proposée par l’étudiant et agréée au préalable par
l’enseignant.
La validation de cette formation est organisée afin de donner le plus de flexibilité
possible.
5
Valorisation des travaux de recherche et technologies du
vivant
Du lundi 15 décembre au jeudi 18 décembre 2014
Responsable : Hélène SALIN, Responsable du Service de la valorisation
Muséum national d'Histoire naturelle
Service de la valorisation – CP 26 - 57 rue Cuvier -75 231 PARIS Cedex 05
Tél: 01 71 21 46 84 ; courriel : [email protected]
Lieu :
- Le 15/12/14 toute la journée et le 16/12/14 matin: Muséum national d'Histoire naturelle,
Bâtiment 39, entrée Phanérogamie, Salle de cours au Rez-de-chaussée, 16 rue Buffon,
75005 Paris.
- Le 16/12/14 après-midi: Bibliothèque à Agoranov, 96 bis boulevard Raspail, 75006
Paris
- Le 17/12/14 et le 18/12/14: Université Pierre et Marie Curie (Place Jussieu, 75005),
salle précisée ultérieurement
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Lundi 15 décembre 2014
10h00 -10h45 : Hélène SALIN, Responsable du Service de la valorisation, MNHN
Introduction: De la recherche à la valorisation de ses travaux
10h45-11h30 : Vanessa DEMANOFF, Chargée des contrats européens et ANR, MNHN
Opportunités offertes par l'Europe aux étudiants et aux jeunes chercheurs
11h30 - 12h00: Hélène SALIN, Responsable du Service de la valorisation, MNHN
Les cahiers de laboratoire, outils de valorisation
14h00 -17h00 : Véronique DURANTHON, Ingénieur-examinateur, Département des
Brevets, INPI
La propriété industrielle et plus particulièrement les brevets
Mardi 16 décembre 2014
9h30 -11h30 : Ingénieur en Propriété Intellectuelle, SATT Lutech
Logiciel, savoir-faire, droits d'auteur
11h30 -12h30 : Barbara DEMENEIX, Professeur, MNHN
Parties inséparables d'un tout: recherches fondamentale et appliquée, historique
et exemples récents.
14h30-17h00 : Emmanuel VINCENT, Chargé d'Affaires, Agoranov
L'entrepreneuriat innovant:
- Valorisation, maturation technologique, prototypage
- La "triple hélice" de la maturation
- Les acteurs de l'entrepreneuriat innovant
Mercredi 17 décembre 2014
9h30 - 12h30 : Charles BERGER, Marketing, Business Development Manager,
WatchFrog
Nouveaux marchés & nouvelles entreprises
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14h00 - 15h30 : Grégory LEMKINE, PDG, WatchFrog
Des petits organismes modèles aux grandes entreprises
15h30 -17h00 : Jean-Dominique WAHICHE, Délégué à la Valorisation de la Recherche,
MNHN
Accès à la biodiversité et valorisation des ressources génétiques
Jeudi 18 décembre 2014
9h30 -11h00 : Cédric POIGNEAU, Directeur Général, Regulaxis
Economie des Biotechnologies
11h00-12h30 : Cédric POIGNEAU, Directeur Général, Regulaxis
Innovation & Réglementation
14h00 -15h30 : Norin CHAI, Responsable vétérinaire, MNHN
De l'expertise vétérinaire à la création d'un laboratoire de suivi de la faune
sauvage
15h30 -17h00 : en attente de réponse
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Formalisation des connaissances en biodiversité taxique
:
Analyse à trois éléments
Du 26 au 30 janvier 2015
Responsables : René ZARAGÜETA, (MC UPMC)
Unité de recherche : UMR 7205 ISyEB
Département : Systématique et Evolution
Adresse : Bât de Géologie CP 48 57 rue Cuvier
Tél : 01 40 79 80 54 ; courriel : [email protected]
Lieu : A déterminer
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_
Objectifs : Donner aux étudiants une base épistémologique des entités théoriques de la biologie
comparée des organismes et proposer une justification théorique de ces entités : lorsqu'on dit que
Pisces n'existe pas mais que Mammalia existe, qu'est-ce qu'on veut réellement dire ? Mammalia
existe où et comment ?
Actuellement, les doctorants et les chercheurs sont confrontés à une multiplicité de théories qui
utilisent des concepts incomparables (on parle d'incommensurabilité nomologique) pour étudier
le déroulement historique des taxons et leur changement au cours du temps. Comment choisir
alors la meilleure de ces théories ? Sur quelles bases ? Comment savoir si une méthode
correspond à ces présupposés théoriques ?
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Lundi 23 à Mercredi 25 janvier 2012
9h00 à 12h00 et 14h00 à 17h00 :
Aspects théoriques de la formalisation en Analyse à trois éléments et son
application à la Systématique et à la Biogéographie.
Jeudi 26 et vendredi 27 janvier 2012
9h00 à 12h30 et 14h00 à 17h00 :
Exercices théoriques et pratiques d'analyse à trois éléments.
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Introduction à l'analyse des données et aux
statistiques multivariées
Du 02 au 06 février 2015
Responsables : Michel BAYLAC (1), Sandrine PAVOINE (2)
(1)
UMR 7205 : ISYEB ; Plate-forme Morphométrie UMS 2700 ; MNHN-CNRS Département
« Systématique et Evolution »
Tél : 01 40 79 34 06 ; fax : 01 40 79 36 99 ; e-mail: [email protected]
(2)
UMR 7204 Centre d'Ecologie et de Sciences de la Conservation , Département « Ecologie et Gestion de
la Biodiversité »
Tél. : 01 40 79 39 28 ; fax : 01 40 79 38 35 ; courriel : [email protected]
Lieu : salle informatique de Phanérogamie
Inscription obligatoire sur : http://rug.mnhn.fr/semin-r/inscription.html
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Objectifs du module : fournir les connaissances et outils nécessaires à la pratique de l’analyse
des données multivariées. Le module inclut une introduction au logiciel R, environnement
graphique et statistique puissant, largement utilisé en recherche et disponible gratuitement sur la
plupart des plateformes informatiques.
Un rappel des principales notions vues lors d’un cursus universitaire standard sera fait : le module
ne nécessite donc pas de connaissances particulières en statistiques ou en informatique. Avant
tout pratique, le module sera illustré par de nombreux exemples. Des fichiers pdf reprenant
l'ensemble des diapositives des cours seront téléchargeables pour les participants inscrits.
Lundi 2 février 2015
09h 30 à 12h 30 : Michel BAYLAC
Introduction. Présentation du contenu du module. Présentation du logiciel R :
modules de base et bibliothèques spécialisées ; types de données et
manipulation des données (lectures-écritures, sélections, modifications,
génération).
Rappels de statistiques descriptives, histogrammes et boxplots. Graphes
bivariés.analyses exploratoires. Biais des approches univariées, justification
des approches multivariées. Paramètres des distributions, moyennes,
(co)variances et corrélations, matrices correspondantes
Mardi 3 février 2015
Recherche de directions dans un espace multivarié centré : ggobi ; Analyse en
Composantes Principales (ACP), première partie : principes, réalisations,
variantes. Diagonalisation et décomposition en valeurs singulières.
Signification géométrique de l'ACP.
ACP, deuxième partie : interprétation des composantes, vecteurs propres,
corrélations, biplots. Exemples. Conclusions. ACP en tant qu'analyse
factorielle. Présentation des différents types d'analyses factorielles.
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Mercredi 4 février 2015
09h 30 à 12h 30 : Sandrine PAVOINE
Analyse des données qualitatives. Analyse Factorielle des Correspondances
(AFC) simples. Introduction. Exemples, interprétations.
14h 00 à 17h 30 : Sandrine PAVOINE
Analyse Factorielle des Correspondances multiples
Jeudi 5 février 2015
Discrimination linéaire et analyse factorielle discriminante ; Probabilités a
priori et a posteriori, classements, validations croisées et bootstrap.
Interprétation des axes discriminants. Distance de Mahalanobis. Problèmes
de dimensionalité.
Matrices de similitude et de distances. Distances usuelles. Analyse d'un
tableau de distances, cadrage multidimensionnel, positionnement nonmétrique. Comparaison de matrices de distances : test de Mantel, test RV et
test Procuste. Applications.
Vendredi 6 février 2015
Classifications et partitions. Classifications hiérarchiques. Moyennes mobiles.
Mélanges Gaussiens
14h00 à 17h 30 : Michel BAYLAC et Sandrine PAVOINE
Synthèse. Quelle(s) méthode(s) utiliser. Méthodes, alternatives. Pour aller
plus loin.
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Éléments d'épistémologie des sciences de la vie
Responsable : Donato BERGANDI
(1)
et René ZARAGÜETA i BAGILS(2)
(1)
USM/MNHN 101, UMR/CNRS-MNHN 8560 : « Centre Alexandre Koyré, Histoire des Sciences et des
Techniques », Département « Hommes, Nature, Sociétés » ; 57 rue Cuvier 75005, Paris.
Tél. : 01 40 79 54 52 ; fax : 01 40 79 39 02 ; courriel : [email protected]
(2)
UMR 7207 CR2P, CNRS, MNHN, UPMC : « Laboratoire Informatique et Systématique », UPMC
Université Paris 06 ; 57 rue Cuvier 75005 Paris (Bâtiment de Géologie)
Tél. : 01 40 79 80 54 ; @ : [email protected]
Lieux : Salle d’Entomologie (45 rue Buffon, rez-de-chaussée, première porte à droite)
___________________________________________________________________
Objectifs : La finalité première de ce cours est de permettre d'analyser et d'approfondir un large éventail de
problématiques propres aux sciences de la vie. Une introduction des thèmes classiques de l'histoire et de la
philosophie des sciences sera suivie par l'analyse de problématiques spécifiques qui permettront de mieux
comprendre le développement des sciences, en général, et de saisir avec une plus grande acuité les enjeux
scientifiques et sociaux actuels des sciences de la vie.
La validation du module est faite à la suite d’une analyse d’ouvrages qui seront communiqués aux
participants.
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09h30 à 11h00 : Donato BERGANDI (MNHN)
Environnement, éthique et politique : l’impuissance de la démocratie face à la
destruction de la nature
11h15 à 12h45 : Alain FROMENT (IRD-MNHN)
Conserver des crânes humains par milliers: pour quoi faire ?
14h00 à 15h30 : Amandine PEQUIGNOT (MNHN)
Biodiversité et les collections d’histoire naturelle dans le musée
09h30 à 11h00 : Florence RAULIN-CERCEAU (MNHN)
Les conceptions sur le commencement de la vie au XIX siècle
11h15 à 12h45 : Jean-Louis FISCHER (CNRS)
Quelques aspects des représentations de l'embryon et du fœtus humains dans
l’histoire de la médecine
14h00 à 15h30 : 14h00 à 15h30 : André LANGANEY
(à préciser)
09h30 à 11h00 : Claude BLANCKAERT (CNRS)
La Vénus hottentote au regard des naturalistes du XIXe siècle. De la mémoire à
l'histoire
11h15 à 12h 45 : François BOUVIER (MNHN)
Science et société: une représentation éclairée par l’évolution de l’art européen au
14ème siècle
14h00 à 15h30 : René ZARAGÜETA I BAGILS (UPMC)
Biodiversité : la malmesure de la nature du point de vue de la «pattern cladistics »
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Initiation à LaTeX
Comment rédiger ses documents (sa thèse) en LaTeX
Responsables : Loïc PONGER (MCM) et Jérôme SUEUR (MCM)
Unités de recherche : USM503, MNHN (LP) et USM601, MNHN (JS)
Tél : 01 40 79 37 27 (LP)
; fax : 01 40 79 37 05 (LP) ; courriel : [email protected]
Lieu : salle informatique du Muséum National d'Histoire Naturelle
Objectifs : L'objectif de cette formation est de présenter les bases de LaTeX. LaTeX est un
langage libre qui est utilisable sur toutes les plateformes (MacOS, Windows ou Linux). Il se
caractérise par la qualité typographique et la portabilité des documents générés ainsi que par sa
capacité à gérer des documents de grande taille. En revanche, sa prise en main demande un effort
non-négligeable. C'est la raison de cette formation ...
Au cours de cette formation, nous prendrons l'exemple de la rédaction d'un manuscrit de thèse
mais il faut noter que la plupart des notions abordées peuvent également être appliquées à la
rédaction d'articles ou d'autres types de documents.
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9h00 à 17h00* : Loïc PONGER et Jérome SUEUR
Les concepts de base de la rédaction d'un document, la mise en pages (marges,
polices, titres, ...)
La gestion des tableaux, des équations et des figures
La gestion des références bibliographiques.
Jeudi 12 février 2015
Les présentations avec LaTeX (Beamer)
* avec la pause déjeuner réglementaire !!!
12
L’Origine des Espèces
Du 2 mars au 6 mars 2015
Responsables : Pierre-Henri GOUYON, PrEx MNHN (avec Sylvia De Cesare, ATER MNHN)
Unité de recherche : « Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité » (ISYEB - UMR 7205 CNRS
MNHN UPMC EPHE)
Département : « Systématique & Évolution»
Adresse : MNHN BP 39, 12 rue Buffon, 75005, Paris
Tél : 01 40 79 31 94 ; Port : 06 08 48 36 54 ; courriel : [email protected]
Lieu : MNHN
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Objectifs :
- D’une part, aider ceux qui suivent ce séminaire à lire et comprendre le livre fondateur de
Darwin sur un plan à la fois historique et contemporain.
- D’autre part, développer une série de concepts fondamentaux en biologie en explicitant la
démarche qui a conduit à l’état actuel des idées
- Enfin, promouvoir la discussion dans le groupe concernant les développements actuels des
questions abordées.
L’idée est qu’à la suite de ce module, les étudiants qui l’ont suivi acquièrent une vision
dynamique de la pensée en biologie et général et de l’évolution en particulier ; et qu’ils sachent
situer les concepts qui leur ont été enseignés dans le contexte d’une pensée en mouvement.
Les participants devront avoir lu L’Origine des Espèces au moins dans la traduction
française La version anglaise de la première édition se trouve sur le web. Elle sera nécessaire
pour certaines discussions.
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Lundi 2 mars 2015
09h00 à 10h30 : Pierre-Henri GOUYON & Silvia De CESARE (MNHN)
Introduction du séminaire, situation épistémologique de l’œuvre. Qu’est-ce qu’une
théorie ?
Plan, avant propos, style, Introduction du livre
Chapitre I : La variation, la domestication, la sélection « artificielle ».
Chapitre II : La variation dans la nature, la biodiversité.
Mardi 3 mars 2015
Chapitre III : La lutte pour l’existence, Malthus, La démographie,
Chapitre III suite : L’écologie, place dans l’économie de la nature, niche habitat.
Chapitre IV : La sélection naturelle, Mode d’action, processus lent et cumulatif,
pouvoir de la sélection, la sélection sexuelle.
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Chapitre IV suite : La divergence, la dynamique le diagramme, la biodiversité
revisitée.
Mercredi 4 mars 2015
Chapitre V : Les lois de la variation l’hérédité, Lamarck/Darwin, diversité et niveau
systématique.
Chapitre VI : Difficultés de la théorie, perfection, imperfections, changements…
Chapitre VII : L’instinct, les insectes sociaux, l’altruisme, la sélection de parentèle,
la sociobiologie.
Chapitre VIII : Hybridation et métissage, la spéciation, la consanguinité, l’hétérosis.
Jeudi 5 mars 2015
Chapitre IX : Les imperfections des registres géologiques, chainons manquants,
stases/ponctuations, collections.
Chapitre X : Paléontologie,
paléobiogéographie.
espèces
nouvelles,
extinctions,
ressemblances,
Chapitre XI : Biogéographie, dispersion, barrières, centres d’origine, ressemblances
locales.
Chapitre XII : Iles océaniques, Galapagos, colonisation, endémisme, particularités.
Vendredi 6 mars 2015
Chapitre XIII : Systématique, règles de classification, classification naturelle,
phylogénétique, généalogie.
Chapitre XIII suite : Morphologie, embryologie, homologie.
Récapitulation et conclusion, le projet de recherche (dérive des continents,
génétique), ce qui changera quand tout le monde aura compris, le rivage luxuriant
Discussion générale, le darwinisme dans ses rapports avec la biologie, la
philosophie, la religion, la politique, la société…
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R : Initiation
Du 2 au 4 mars 2015
Responsable : Jérôme SUEUR (Maître de Conférences, MNHN)
UMR 7205 « Origine Structure et Évolution de la Biodiversité »
Département : « Systématique et Évolution »
Adresse : 45 rue Buffon, 75005 Paris
Intervenant :
Loïc PONGER (Maître de Conférences, MNHN) UMR 7196 « Régulation et Dynamique des Génomes »
Inscription : 20 places, inscription en ligne obligatoire : http://rug.mnhn.fr/semin-r/cours.html
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R est un environnement pour l'analyse de données majoritairement utilisé par la communauté scientifique. Il est
disponible gratuitement sur toutes les plates-formes. Accompagné de plus de 3 000 librairies annexes, il permet des
analyses dans presque tous les domaines scientifiques. Extrêmement puissant mais peu convivial, son utilisation peut
demander un petit temps d'adaptation. Cette formation est donc destinée aux personnes n'ayant jamais utilisé R. Ce
module inclut la prise en main de R, la gestion des données, la production de graphiques et la réalisation des tests
statistiques classiques. Cette formation devrait permettre aux participants d'être autonomes et d'analyser leurs propres
données. Ils pourront alors suivre les modules de niveau plus élevé : « R : approfondissements » et « R : applications ».
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Lundi 2 mars 2015
9h30 à 12h30 : Jérôme SUEUR
Gestion des données : installation de la base, installation des packages, structure,
fonctionnement, fenêtres, classes et modes des objets, arguments des fonctions,
indexation des objets
Gestion des données (suite) : comment trouver de l'aide, import et export des
données, récurrence et conditions, écriture d'une fonction
Mardi 3 mars 2015
Visualisation des données : principe, librairies dédiées, fonctions graphiques de
base (nuages, profils, diagrammes en bâton, histogrammes, boîtes à moustaches,
camembert, ...), fonctions graphiques accessoires (axes, légendes, étiquettes,
polygones, ...)
Visualisation des données (suite) : fonctions paramétriques (couleurs, marges,
police, ...), mises en pages (superposition, division de la fenêtre), graphiques
animés, exportation, sauvegarde.
9h30 à 12h30 : Loïc PONGER
Tests statistiques : tests de normalité, tests de proportions, tests de comparaison de
moyennes
14h00 à 17h00 : Loïc PONGER
Tests statistiques (suite) : tests de comparaisons de médianes, tests de
comparaisons de variances, tests de corrélation, régression linéaire
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Taxonomie intégrative et expertise taxonomique dans le
contexte des projets code-barres ADN
Du 9 au 13 mars 2015
Responsables : Sarah SAMADI (PR MNHN), Line LEGALL (MC MNHN) & Nicolas
PUILLANDRE (MC MNHN)
Unité de recherche : UMR 7205 ISyEB
Département : Systématique & Evolution
Adresse : 43 rue Cuvier
Tél : 01 40 79 37 59 ; fax : 01 40 79 38 44 ; courriel : [email protected]; [email protected];
[email protected]
Lieu : Amphi Rouelle, Salle Claude Hélène et Salle TP informatique de Phanérogamie.
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Lundi 9 mars 2015 (Amphi Rouelle)
09h00 : Accueil
09h30 à 10h30 : Sarah SAMADI (MNHN)
Introduction au module
10h30 à 11h30 : Philippe BOUCHET (MNHN)
La magnitude de la biodiversité: 3, 30, 100 millions d’espèces ?
11h30 : Pot de bienvenue
14h00 à 15h00: Line LEGALL (MNHN)
L’organisation des projets « code-barres ADN » au niveau international.
15h05 à 18h00 : Sar ah SAMADI (MNHN)
Les concepts et méthodes sous-jacents aux projets de « code-barres ADN ».
Mardi 10 mars 2015
Matin : Amphi Rouelle
08h30 à 10h30 : Nicolas PUILLANDRE (MNHN)
Taxonomie intégrative, quelques exemples chez les gastéropodes marins.
10h45 à 13h00 : Jean-Yves RASPLUS & Astrid CRUAUD (INRA Montpelliers)
Taxonomie moléculaire et expertise: exemple chez les insectes.
Après-midi
Groupe 1 (salle TP informatique Phanérogamie)
14h30 à 18h00 : Line LEGALL (MNHN)
TP : Des données brutes aux premières analyses.
Groupe 2 (Amphi Rouelle):
14h30 à 16h00 : Frédéric AUSTERLITZ (CNRS MNHN)
Données code-barres ADN et méthodes d’analyses.
16
Questions sur l’échantillonnage, le choix des marqueurs et les méthodes d’analyse
phylogénétique.
Groupe 1 (salle Claude Hélène):
9h00 à 10h30 : Sarah SAMADI (MNHN)
Avant l’analyse: questions sur l’échantillonnage & le choix des marqueurs.
Rudiments d’analyse des données moléculaires.
TP : Analyses des jeux de données.
9h00 à 12h30 : TP1: Nicolas PUILLANDRE (MNHN)
TP : Des données aux premières analyses.
Groupe 2 (salle Claude Hélène)
Visites du Service de Systématique Moléculaire et des collections (Herbier et
zoothèque).
Jeudi 12 mars 2015
Visites du Service de Systématique Moléculaire et des collections (Herbier et
zoothèque).
TP : Base de données BOLD.
TP : Délimitations d’espèces.
14h00 à 17h00 : Jawad ABDELKRIM, Régis DEBRUYNE & Eric PANTE (MNHN –
Univ. la Rochelle)
Introduction à la manipulation des données NGS.
Vendredi 13 mars 2015 – Amphi Rouelle
8h30 à 10h00 : Philippe BOUCHET (MNHN)
Espèces cryptiques, espèces nominales et types porte-noms: lier la taxonomie
moléculaire à la nomenclature.
17
10h00 à 11h00 : Joëlle DUPONT (MNHN)
Le code-barre ADN comme outil d’expertise taxonomique (Applications en
écologie des communautés ; expertise alimentaire, police judicaire, etc….).
11h15 à 12h30 : Nicolas PUILLANDRE et Régis DEBRUYNE (MNHN)
Gestion et valorisation des collections à l’ère de la génomique.
14h00 à 15h30 : Anouk BARBEROUSSE (Univ. Lille 1)
Projet exploratoire et idées nouvelles en science : cas du séquençage des
génomes complets.
15h30 à 16h30 : Régis DEBRUYNE & Eric PANTE (MNHN – Univ. La Rochelle)
L’apport des Nouvelles Technologies de Séquençage aux problématique de
taxonomie moléculaire et aux projets « barcode-ADN ».
16h30 : Discussion / table ronde
18
La phylogénie : support à l'analyse de l'évolution
Du 23 au 26 mars 2015
Responsable : Eric GUILBERT, MC MNHN
Unité de recherche : UMR7205 MNHN CNRS EPHE UPMC
Adresse : CP50, 45 rue Buffon
Tél : 01 40 79 34 11 ; fax : 01 40 79 56 79 ; e-mail : [email protected]
Lieu : Salle 3 bat. la Baleine CP27
Lundi 23 mars 2015
09h30 à 10h00 : Eric GUILBERT, MC, MNHN, Paris
Accueil, présentation du module
10h15 à 11h45 : Céline BROCHIER, PR, Université Lyon 1
De la phylogénie à la phylogénomique
13h00 à 14h30 : Olivier GASCUEL, DR CNRS, Montpellier 2
Modèles pour la reconstruction phylogénétique
14h45 à 16h15 : Olivier GASCUEL, DR CNRS, Montpellier 2
Méthodes et algorithmes pour la reconstruction phylogénétique
Mardi 24 mars 2015
09h30 à 11h00 : Cyrille D'HAESE, CR CNRS, MNHN, Paris
La phylogénie... et les avantages de l'optimisation directe.
11h15 à 12h45 : Agnès DETTAI, MC, MNHN, Paris
Phylogénomique et prise en compte des différents marqueurs en phylogénie
14h00 à 15h30 : Philippe GRANDCOLAS, DR CNRS, MNHN, Paris
Les caractères non orthodoxes, du comportement à la répartition géographique:
comment les analyser et selon quels principes généraux
15h45 à 17h15 : Frédéric LEGENDRE, MC, MNHN, Paris
Evolution du comportement social: intérêt de l'analyse des séquences
comportementales
09h30 à 11h00 : Violaine NICOLAS, MC, MNHN, Paris
Phylogéographie de quelques espèces de rongeurs en Afrique tropicale
19
11h15 à 12h45 : Marianne ELIAS, CR CNRS, MNHN, Paris
Phylogénie et structure des communautés: interaction entre espèces et adaptation
locale chez les papillons mimétiques
14h00 à 15h30 : Herve ISAMBERT, CR CNRS, Institut Curie, Paris
Duplication de génome, radiation des vertébrés et cancer
15h45 à 17h15 : Pierre DARLU, DR CNRS, MNHN, Paris
Approches phylogénétiques en linguistique
Jeudi 26 mars 2015
09h30 à 11h00 : Thierry WIRTH, DE2, EPHE-MNHN, Paris
Histoire évolutive de la tuberculose: origine, dispersion et démographie
11h15 à 12h45 : Thierry WIRTH, DE2, EPHE-MNHN, Paris
Sexe et virulence chez les bactéries: concepts et conséquences sur les
reconstructions phylogénétiques
14h00 à 15h30 : Sébastien STEYER, CR CNRS, MNHN, Paris
L'inclusion des données ontogénétiques dans l'analyse phylogénétique
15h45 à 17h15 : Malika AINOUCHE, PR, Université de Rennes 1
Spéciation polyploïde et évolution des génomes
20
Approches 3D pour recherche, conservation et
muséographie
Du 30 Mars au 3 Avril 2015
Responsables : Martin FRIESS, (MCM)
Unité de recherche : UMR 7206 « UMR 7206«Eco-anthropologie et Ethnobiologie »
Département : « HNS»
Adresse : 43, rue Buffon, 75005 Paris
Tél : 01 40 79 80 56 ; fax : 01 40 79 38 91 ; courriel : [email protected]
Lieu : Musée de l'Homme (en rénovation, sous réserve)
____________________________________________________________________________________________________________
Objectifs : L'objectif principal sera de donner aux étudiants-chercheurs une ouverture sur les
différentes techniques de numérisation existantes (digitaliseurs, microscopie, Scanner médical,
Micro-CT, Scanner surfacique), et de les familiariser avec les différentes méthodes d'analyse et
de visualisation (reconstitutions 3D, mensuration linéaires, surfaciques et volumétriques,
topométrie, réalité virtuelle)
____________________________________________________________________________________________________________
Lundi 30 Mars 2015
14h00 à 16h00 : Martin FRIESS (MNHN)
Introduction et aperçu technologique: L'intérêt de la 3D pour la recherche
et pour la muséologie
16h00 à 18h00 : Florent DETROIT (MNHN)
Evolution et migration des populations humaines en Asie du Sud-est
depuis le Pléistocène inférieur: Approches morphométriques
tridimensionnelles
Mardi 01 Avril 2015
14h00 à 15h30 : Martin FRIESS (MC – MNHN)
Utilisation du scanner surfacique et de la photogrammétrie en
paléoanthropologie et anthropologie du vivant
15h45 à 18h00 : Laurent PUYMERAIL, Clément ZANOLLI, Roberto
MACCHIARELLI (MNHN)
Caractérisation non-invasive des tissus osseux et dentaires en
paléobiologie et paléoanthropologie
Mercredi 02 Avril 2015
14h00 à 16h30 : Markus BASTIR (museo nacional de cencia naturales, Madrid)
Geometric morphometric approaches to hominin evolution
16h45 à 18h00 : Manon GALLAND (MNHN)
Le premier peuplement de l'Amérique: Une approche 3D
Jeudi 03 Avril 2015
14h00 à 15h00 : Roman KHONSARI (Pitié-Salpétrière, Paris)
Analyse de crânes déformés par imagerie médicale
21
15h00 à 16h30 : Marc GEZE (MNHN)
Imagerie 3D et microscopie
16h30 à 18h00 : Martin FRIESS (MNHN)
Bases de données 3D : l'enjeu pour la recherche et la conservation
Vendredi 04 Avril 2015
14h00 à 18h00 : Divers
Séances pratiques, démonstrations: Scanner surfacique, photogrammétrie
22
Mécanismes de l’Evolution
Du 30 mars au 3 avril 2015
Responsables : Sarah SAMADI (PR, MNHN) & Patrice DAVID (DR CNRS, Montpellier)
Unité de recherche : UMR 7205, ISyEB
Adresse : MNHN, 43 rue Cuvier, 75005 Paris
Tél : 01 40 79 37 59, courriel : [email protected]
Lieu : Salle Claude Hélène
______________________________________________________________________________________
Objectifs : Ce module est organisé en demi-journée centré sur un seul thème. Chaque demijournée comprendra un exposé formel de la thématique abordée par un intervenant (1h30), puis
une présentation par les étudiants inscrits au module de travaux récents choisis par le ou les
intervenants de cette thématique (1h30) et s’achèvera par une discussion générale selon un axe
prédéfini (30min). Les étudiants inscrits au module recevront en avance la liste des articles par
thème. Chaque étudiant inscrit devra choisir un thème et présenter un ou plusieurs des articles qui
y seront attachés. La liste des articles qui avaient été retenus pour le module en 2014 est
consultable sur le site web : https://sites.google.com/site/mecanismesdelevolution/documents.
Liste non exhaustive des intervenants potentiels: Frédéric Austerlitz (CNRS, MNHN Paris), Anouk
Barberousse (Université Lille1), Patrice David (CNRS, Montpellier), Vincent Debat (MNHN, Paris),
Marianne Elias (CNRS, MNHN Paris), Mathieu Joron (CNRS, MNHN Paris), Violaine LLaurens (CNRS,
MNHN Paris), Manuela Lopez-Villavincencio (MNHN, Paris), Nicolas Puillandre (MNHN, Paris), Sarah
Samadi ( MNHN, Paris), Céline Teplisky (CNRS, MNHN Paris).
______________________________________________________________________________
Lundi 30 mars 2015
08h30 à 12h30 : Introduction historique
De Darwin à la biologie évolutive du 21ième siècle en passant par la théorie
synthétique.
Axe de la Discussion : décrire vs expliquer l’histoire du vivant ;
Lundi 30 mars 2015
14h00 à 18h00 : Origine des variations
Axe de la Discussion : origine moléculaires des « innovations »
Mardi 31 mars 2015
08h30 à 12h30 : Dérive génétique ou le tri aléatoire des variants par les processus
démographiques (la « mécanique » de la dérive, théorie de la coalescence,
horloge moléculaire.)
Axe de la Discussion : peut-on reconstruire l’histoire démographique des
populations ?
Mardi 31 mars 2015
14h00 à 18h00 : Sélection Naturelle ou « quand les dés sont pipés » (les différents modes de
la SN, la difficulté à la mettre en évidence, interaction entre dérive et sélection
…)
Axe de la Discussion : la notion de fonction en biologie
Mercredi 1 avril 2015
08h30 à 12h30 : l’individu et ses gènes, un gène n’évolue pas seul (les interactions entre les
gènes, background sélection, …)
Axe de la Discussion : qu’est-ce qu’un organisme ?
23
14h00 à 18h00 : des gènes aux caractères (génétique quantitative, évo-dévo à l’échelle
micro et macro évolutive).
Axe de la Discussion : fardeau historique et contingence
Jeudi 2 avril 2015
08h30 à 12h30 : Quand les règles du jeu changent (effet de la variabilité spatiale et
temporelle de l’environnement physique et biotique sur l’évolution des
organismes)
Axe de la Discussion : explication évolutive de la plasticité phénotypique…
Jeudi 2 avril 2015
14h00 à 18h00 : Evolution du sexe (recombinaison vs reproduction, diversité des modalités
du sexe, diversité des mécanismes qui expliquent le maintien du sexe, …)
Axe de la Discussion : rôle d’une sélection d’espèces dans l’évolution du sexe
Vendredi 3 avril 2015
08h30 à 12h30 : Spéciation : diversité des processus expliquant la cladogenèse.
Axe de la Discussion : qu’est-ce qu’une espèce du point de vue de la Théorie de
l’évolution ?
14h00 à 18h00 : En quoi la théorie de l’évolution est-elle bien une théorie ?
Axe de la Discussion : bilan général de la semaine
24
Morphométrie et analyses des formes
Du 20 au 24 avril 2015
Responsable : Michel BAYLAC
UMR 7205 : ISYEB ; Plate-forme Morphométrie UMS 2700 ; MNHN Département « Systématique et
Evolution »
Intervenants : Raphaël CORNETTE (MNHN, UMR 7205 et UMS 2700) ; BAYLAC (MNHN), Adrien
PERRARD (post-doct. AMNH, New-York), Leo BOTTON-DIVET (doct. MNHN)
Lieu : Salle informatique de Phanérogamie
Inscription obligatoire sur : http://rug.mnhn.fr/seminr/inscription.html
____________________________________________________________________________________________________________
Objectifs : L'objectif de cette formation est de présenter un large éventail des concepts et des
méthodes de la morphométrie classique et géométrique (2D et 3D) appliquées à la systématique et
à l'évolution. Les différentes séances comprennent des cours, des séminaires et des travaux
dirigés. L'ensemble vise à permettre aux doctorants d'utiliser au mieux les approches
morphométriques actuelles tout en leur fournissant les éléments d'une lecture critique des
publications. Le module comprend également une visite de la plate-forme de Morphométrie de
l'UMS 2700. La dernière journée sera consacrée à une introduction à l'acquisition et aux
traitements des données surfaciques (points homologues + contours + surfaces) et la journée de
jeudi comprendra une introduction aux interactions entre morphométrie et phylogénie.
______________________________________________________________________________
Lundi 20 avril 2015
09h30 à 12h00 : Michel BAYLAC (MNHN)
Introduction au module. Morphométrie et Biométrie : définitions ; types de
données ; acquisition des données ; logiciels et systèmes d'acquisition ;
présentation des articles à lire et commenter..
Séminaire : Analyses statistiques des données morphométriques : exemple des
Lestodiplosis
Numérisation et acquisition de données 2D. Etude de cas, définition et acquisition
de points-repères 2D. Biais de numérisation – mesure, effet opérateur. Acquisition
de points de contours 2D.
16h30 à 17h30 : Michel BAYLAC (MNHN) et Raphaël CORNETTE (MNHN)
Visite de la plate-forme Morphométrie (UMS 2700, Systématique Intégrative).
Systèmes de numérisation 2D et 3D, démonstrations ; fonctionnement de la plateforme.
Mardi 21 avril 2015
Morphométrie classique (Morphométrie multivariée) I : distances, allométrie
bivariée. Généralisation multivariée de la relation allométrique. Taille
allométrique. Comparaison des directions allométriques, angles et tests.
Allométrie multigroupe.
25
Morphométrie multivariée II : ratios, log-shape ratios et conformations :
approches de Mosimann. Equivalences et relations avec les approches de la
morphométrie géométrique. Tailles, formes et conformations. Comparaison ratios
et résidus hors taille allométrique. Log-shape ratios et composantes de
conformations, allométrie
17h00 à 17h30 : Michel BAYLAC(MNHN)
Séminaire : Evolution phénotypique au sein des Lekanosphaera
Article commenté
09h30 à 12h00 : Adrien PERRARD (AMNH)
Morphométrie Géométrique I : Superpositions et espaces des conformation.
Analyses de coordonnées de points-repères homologues 2D et 3D: superpositions
Procustes. Résultats. Paramètres de nuisance. Visualisations ; symétrisation.
Modélisations par les plaques minces (Thin-Plate Splines, TPS) : introduction.
Mise en oeuvre des plaques minces 2D : logiciels de la série tps (F.J. Rohlf).
Application au traitement des données numérisées le lundi. Shape spaces,
différences entre shape space et tangent space (tpsSmall).
Allométries et morphométrie géométrique : calculs et visualisations
Morphométrie et phylogénie : une brève introduction
Jeudi 23 avril 2015
Morphométrie Géométrique II : contours et sliding landmarks. Contours et
représentations des contours. Différentes méthodes d'analyses : analyses de
Fourier, EFA, plaques minces (sliding landmarks). Exemples.
Sliding landmarks 2D : introduction.
Mise en oeuvre des sliding landmarks. Application. Comparaison des approches
EFA - sliding landmarks. Conclusions.
Articles commentés
26
09h30 à 12h30 : Raphaël CORNETTE, Leo BOTTON-DIVET et Michel BAYLAC
Morphométrie Géométrique III : Surfacique 3D. Données : types, caractéristiques,
acquisition et traitements préparatoires. Des surfaces aux points-repères 3D :
sliding landmarks 3D.
14h00 à 16h30 : Raphaël CORNETTE, Leo BOTTON-DIVET, Adrien PERRARD, et
Michel BAYLAC
Mise en œuvre des données surfaciques 3D, traitements statistiques.
16h45 à 17h00 : Adrien PERRARD et Michel BAYLAC
Articles commentés : Mitteroecker et Gunz ; Adams et al.
17h00 à 17h30 : Michel BAYLAC, Raphaël CORNETTE, Leo BOTTON-DIVET et
Adrien PERRARD
Synthèse et conclusions au module
27
R : Approfondissements
Du 4 au 6 mai 2015
Responsable et intervenant : Jérôme SUEUR (Maître de Conférences, MNHN)
UMR 7205 « Origine Structure et Évolution de la Biodiversité »
Département : « Systématique et Évolution »
Intervenants :
Michel BAYLAC (Maître de Conférences des Universités, MNHN) UMR 7205 « Origine Structure et
Évolution de la Biodiversité »
Christophe POUZAT (CR CNRS, Université Paris 5) UMR 8145 « Mathématiques Appliquées »
Inscription : obligatoire sur : http://rug.mnhn.fr/semin-r/cours.html
____________________________________________________________________________________________________________
R est un environnement pour l'analyse de données majoritairement utilisé par la communauté
scientifique. Il est disponible gratuitement sur toutes les plateformes et comprend à ce jour plus
de 3 000 librairies spécialisées abordant presque tous les domaines scientifiques. Ce module
s'adresse uniquement à des utilisateurs de R ayant un niveau de connaissance équivalent à celui
fourni par le module « R : initiation ».
Après de brefs rappels, il aborde la programmation du langage R : exécutions conditionnelles,
boucles, écriture de fonctions, classes, vectorisation et utilisation de calcul matriciel. R est
également un puissant langage graphique comportant plusieurs bibliothèques spécialisées. Une
journée est ainsi consacrée à une utilisation avancée des graphiques sous R.
____________________________________________________________________________________________________________
Lundi 4 mai 2015
09h30 à 12h30 : Christophe POUZAT
Tests et exécutions conditionnelles, boucles, fonctions de boucles implicites.
Traitement des chaînes de caractères.
Entrées et sorties, manipulations de fichiers sous R.
Mardi 5 mai 2015
Approfondissement des graphiques sous R : graphiques et mises en pages,
formats de sorties graphiques, fonctions paramétriques complexes (expression,
marges, police, ...), graphiques animés
Introduction à ggplot2.
Mercredi 6 mai 2015
09h30 à 12h30 : Michel BAYLAC
Écriture de fonctions, classes. Accélération des calculs : vectorisation.
13h30 à 17h30 : Michel BAYLAC
Utilisation du calcul matriciel : introduction, intérêts, exemples pratiques
et applications statistiques, limites.
28
Dynamique des populations et évolution des traits
d’histoire de vie - applications de modèles matriciels
Du 04 au 07 mai 2015
Responsables : Samuel Pavard (1) (Maître de conférences, MNHN) et Alexandre Robert (2) (Maître de
conférences, MNHN)
(1)
Unité de recherche : UMR 7206 Eco-anthropologie
Département : Hommes, Natures, Sociétés
Adresse : CP 139, 57 rue Cuvier, 75231 Paris Cedex 05
Tél : 01 40 79 81 62 ; Fax 01 40 79 38 91 ; Courriel : pavard @mnhn.fr
(2)
Unité de recherche : USM 0305 - Conservation des espèces
Département : Ecologie et gestion de la biodiversité
Tél : 01 40 79 57 27 ; Fax : 01 40 79 38 35 ; Courriel : [email protected]
Lieu : Salle Baleine 2
______________________________________________________________________________
_
Objectifs : L’objectif de cette école doctorale est de donner des bases aux étudiants en
biodémographie, dynamique des populations, théorie des traits d’histoire de vie et démographie
évolutive ; ainsi que de montrer l’importance de ces disciplines en évolution, en anthropologie et
en conservation des espèces. Il s’agira également de les amener à appliquer en TD des modèles
simples permettant d’illustrer le contenu des cours et de leur donner des outils qu’ils pourront
utiliser lors de leurs travaux de recherche personnels.
______________________________________________________________________________
_
Lundi 04 mai 2015
09h30 à 12h30 : Samuel Pavard et Alexandre Robert (Salle Baleine 2)
La diversité des cycles de vies : Evolution et enjeux en conservation des espèces
Malthus, Verhulst, et Euler-Lotka /TD – Approche intuitive de la dynamique des
populations
Mardi 05 mai 2015
Dynamique des populations et théorie des populations stables
Matrices de projection de population
Valeurs propres et vecteurs propres
Sensitivité et élasticité
TD - Dynamique des populations et théorie des populations stables
Mercredi 06 mai 2015
Lorsque l’environnement fluctue : Modèles périodique et stochastique
TD - Dynamique et évolution dans un contexte périodique ou stochastique
29
Jeudi 07 mai 2015
Lorsque les ressources manquent : dynamique et évolution dans un environnement
fini
TD - Dynamique et évolution dans un environnement fini
30
Génomes et transcriptomes : approches NGS
Du 11 au 13 Mai 2015
Responsables : Nicolas BUISINE, (MCMu) et Laurent SACHS, (DR2 CNRS)
Unité de recherche : UMR 7221 «Evolution des Régulations Endocriniennes»
Département : RDDM «Régulation, Développement et Diversité Moléculaire»
Adresse : CP32, 7 rue Cuvier 75231 PARIS cedex 05
Tél : 01 40 79 57 44 (36 04)
; fax : 01 40 79 36 18
; courriel : [email protected],
[email protected]
Lieu : Bibliothèque UMR 7221, 7 rue Cuvier 75231 PARIS cedex 05 / Salle informatique du
bâtiment de Phanérogamie
______________________________________________________________________________
Pré-requis : Notions de biologie moléculaire (gène, transcrit, génome). Pas de compétence
technique sous UNIX requises (bien qu'elles soient abordées).
Objectifs : Initiation théorique et pratique aux différentes étapes liées aux traitements et à
l'analyse des résultats issus des nouvelles technologies de séquençage : traitement des données
brutes, contrôles qualité, filtrage, transformation des données brutes en résultats bruts. Nous
aborderons l'interprétation biologique des résultats (analyse).
Effectifs : 12 personnes max.
______________________________________________________________________________
Lundi 11 Mai 2015
09h00 à 09h30 : Introduction / Présentation générale / Tour de table (Bibliothèque UMR
7221)
09h30 à 10h30 : Vincent JONCHERE (Bibliothèque UMR 7221)
Les différentes technologies de séquençage 1
11h00 à 12h30 : Vincent JONCHERE (Bibliothèque UMR 7221)
Les différentes technologies de séquençage 2
14h00 à 15h30 : Gwenneg KERDIVEL et Nicolas BUISINE (Salle informatique du
bâtiment de Phanérogamie)
Travaux pratique (prise en mains de l'outil informatique sous UNIX)
Travaux pratique (contrôle qualité des séquences)
Mardi 12 Mai 2015
09h00 à 10h00 : Nicolas BUISINE (Bibliothèque UMR 7221)
Assemblage de génome
10h00 à 11h00 : Gwenneg KERDIVEL (Bibliothèque UMR 7221)
Assemblage de transcriptome
11h30 à 12h30 : Nicolas BUISINE (Bibliothèque UMR 7221)
Annotation de génome (transcriptome 1)
Travaux pratique (cartographie 1 et artéfacts)
31
Travaux pratique (cartographie 2)
Mercredi 13 Mai 2015
09h00 à 10h30 : Gwenneg KERDIVEL (Bibliothèque UMR 7221)
Mesure de l'expression des gènes (Transcriptome 2)
11h00 à 12h30 : Laurent SACHS (Bibliothèque UMR 7221)
Le génome en 3D
Travaux pratiques (analyse différentielle et visualisation)
16h30 à 17h30 : Table ronde (Salle informatique du bâtiment de Phanérogamie)
32
Imagerie scientifique
du 11 au 14 mai 2015
Responsable : Patricia WILS (IR UMS 2700 labex BCDiv)
Unité de recherche : UMS 2700 Outils et Méthodes de la Systématique Intégrative
Département : Systématique et Évolution
Adresse : 43 rue Buffon 75005 Paris
Lieux : Salle Claude Hélène (ex-Baleine 4) (max 25 personnes) pour les cours
Salle informatique Phanérogamie (max 20 personnes) pour les TP
____________________________________________________________________________________________________________
Objectifs : Apprendre à manipuler, analyser et valoriser des images scientifiques quelque soit
leur source d'acquisition : photographie numérique, numérisation surfacique, cinéradiographie,
microscopie électronique à balayage, tomographie RX, synchrotron et spectrométrie NanoSIMS.
Le module propose de présenter un échantillon des principales méthodes et applications
d'imagerie utilisées dans le monde des sciences naturelles et dans un large spectre de domaines de
recherche des muséums.
Trois demi-journées de TP permettront aux étudiants de prendre en main différents logiciels pour
le traitement d'images 2D et 3D et la photogrammétrie. Une visite de plateformes du Muséum est
également prévue pour présenter les équipements accessibles sur site.
______________________________________________________________________________
Lundi 11 mai 2015
09h30 à 10h30 : Gaël CLEMENT (MNHN) - Patricia WILS (MNHN)
Présentation du module - Applications de la tomographie RX conventionnelle et
par lumière - synchrotron en paléontologie
10h30 à 11h30 : Florent GOUSSARD (MNHN)
Entre forme et fonction, l'analyse en éléments finis : principe et applications
11h30 à 12h30 : Damien GERMAIN (MNHN)
La complémentarité 2D/3D en paléohistologie
14h00 à 15h00 : Violaine LLAURENS (MNHN)
Quantification des variations de motifs colorés pour l'étude de l'évolution du
mimétisme chez les papillons
15h00 à 17h00 : Lilian CAZES (MNHN) – Patricia WILS (MNHN)
Photogrammétrie : principes de la technique et travaux pratiques d'acquisition
des données photographiques
Mardi 12 mai 2015
09h30 à 12h30 : Patricia WILS (MNHN)
TP « 2D » : Visualisation et analyse d'images numériques avec ImageJ –
Techniques de dessin vectoriel et de vectorisation (Inkscape, Illustrator) pour la
préparation de communications (posters, publications, présentations)
14h00 à 15h00 : Marc HERBIN (MNHN)
Vidéoradiographie à grande vitesse appliquée à l'anatomie fonctionnelle
15h00 à 16h00 : Lilian CAZES (MNHN) – Patricia WILS (MNHN)
Photogrammétrie : traitement des données, réalisation de modèles surfaciques
avec Meshlab
33
09h30 à 12h30 : Patricia WILS (MNHN)
TP « 3D » première partie : Présentation des logiciels de traitement
disponibles au Muséum – Visualisation et analyse d'images numériques
3D avec ImageJ – Manipulation de données surfaciques avec Meshlab
14h00 à 15h00: Sylvain PONT (MNHN)
Texture et chimie élémentaire à l'échelle du micron : ce que nous donne à voir
le MEB-EDS
15h00 à 16h00 : Laurent REMUSAT (MNHN)
Imagerie isotopique par NanoSIMS: de la formation du système solaire à la
fabrication des squelettes carbonatés
16h00 à 17h00 : visites des plateaux techniques
Sylvain PONT (MNHN) :
Service MEB-EDS de la Direction des Collections
Laurent REMUSAT (MNHN) :
Plateforme NanoSIMS
Miguel GARCIA SANZ (MNHN) :
Plateforme AST-RX
Jeudi 14 mai 2015
09h30 à 12h00 : Florent GOUSSARD (MNHN)
TP « 3D » seconde partie : Segmentation d'images 3D –Création de fichiers
pdf3D
14h00 à 17h00 : visite du synchrotron SOLEIL
34
R : Applications
Du 18 au 20 mai 2015
Responsables : Michel BAYLAC (1) et Alain PARIS (2)
(1)
UMR 7205 : ISYEB ; Plate-forme Morphométrie UMS 2700 ; MNHN Département « Systématique et
Evolution »
(2)
UMR 7245 « Molécules de Communication et Adaptation des Microorganismes (MCAM) »
Département : «Département Régulations, développement, diversité moléculaire»
Intervenants : Michel BAYLAC (MNHN), Alain PARIS (MNHN), Séverine ZIRAH (MNHN), Adrien
PERRARD (post-doct. AMNH, New-York), Leo BOTTON-DIVET (doct. MNHN)
Intervenant invité : Paul BENTON (Scripps Center for Metabolomics and Mass Spectrometry, La Jolla,
CA, USA)
Lieu : Salle informatique de Phanérogamie
Inscription obligatoire sur : http://rug.mnhn.fr/seminr/inscription.html
____________________________________________________________________________________________________________
Objectifs : Ce module présente deux applications de R pour l’analyse de données multivariées : Rmorph
pour l’analyse de données morphométriques et XCMS pour l’analyse de profils chimiques.
______________________________________________________________________________________
Lundi 18 mai 2015
Pourquoi traiter ses données morphométriques sous R ? Bibliothèques
morphométriques sous R, applications, spécificités, limites et (in)compatibilités.
Séminaires : M. BAYLAC, L. BOTTON-DIVET, A. PERRARD
Rmorph : fonctionnement, classes
et utilisation ; plot() et summary(),
bibliothèques complémentaires. Transformations et surcharges des objets de base.
Superpositions : OPA, GPA, Bookstein's ou Galton's Shape Coordinates ; rotations
post-superpositions; gestion des répétitions. Exemples 2D et 3D ; graphiques et
visualisations ; symétries et symétrisations. Visualisations. Intérêt des
symétrisations. Séminaires : M. BAYLAC, L. BOTTON-DIVET
Mardi 19 mai 2015
Traitements statistiques des données de morphométrie géométrique : ACP,
Analyses discriminantes, NJ (ape) ; 2B-Partial-least-squares, interprétations et
visualisations.
Allométries : régression multivariée, allométries multi-groupes ; Size-shapes
analyses.
Séminaires : M. BAYLAC, A. PERRARD.
Morphométrie multivariée : allométrie bivariée et multivariée, Log-shape ratios,
séminaire
35
Morphométrie et phylogénie : méthodes d'analyses comparatives (contrastes
indépendants, phylomorphospace, phylogenetic PCA, etc...), séminaire
09h30 à 12h30 : Alain PARIS et Séverine ZIRAH (MNHN)
Analyse de profils chimiques sous R : analyse de données de chromatographie
liquide / spectrométrie de masse (LCMS) et applications en métabolomique. Visite
de la plateforme de spectrométrie de masse et de RMN du MNHN.
Introduction à la bibliothèque XCMS. Bases de données pour l’identification de
composés.
Jeudi 21 mai 2015
Analyse de profils chimiques sous R : analyse de données de RMN du proton et
applications en métabolomique. Discrétisation des profils RMN et sélection des
variables informatives.
14h00 à 17h30 : Paul BENTON (Scripps Center for Metabolomics and Mass Spectrometry,
La Jolla, CA, USA)
The XCMS package. Other packages for the analysis of LCMS data: CAMERA and
pcaMethods.
Vendredi 22 mai 2015
Analyses multivariées non supervisées et supervisées sous R : ACP, les méthodes
PLS, analyses par classification hiérarchique, analyses de positionnement
multidimensionnel (MDS), analyses discriminantes (AFD, PLS-DA, sPLS-DA,
SDA). Description des bibliothèques R ad hoc.
Analyses multi-tableaux (PLS2, analyses de corrélations canoniques) et
représentation en réseau des variables informatives.
36
BIODIVERSITÉ ACTUELLE ET FOSSILE
37
Préservation de la biodiversité
Du 01 au 5 décembre 2014
Responsable : Nathalie MACHON, Pr MNHN
Unité de recherche : UMR 7204 « Conservation des espèces, Restauration et Suivi des Populations »
Département : Ecologie et Gestion de la Biodiversité
Adresse : 55-61 rue Buffon, 75005 Paris
Lieu : Amphi Rouelle ou amphi de paléontologie
______________________________________________________________________________
Objectifs : Connaître les principes et les méthodes de la préservation de la biodiversité.
______________________________________________________________________________
Lundi 1er décembre 2014 Amphi Paléontologie
9h30 à 10h00 : Nathalie MACHON (MNHN)
Introduction à la préservation de la biodiversité
10h15 à 12h30 : Denis COUVET (MNHN)
Que souhaite-t-on conserver : des gènes, des espèces, ou des écosystèmes ?
13h45 à 15h15 : Fanny GUILLET (MNHN)
Les acteurs de la conservation
15h30 à 17h : Isabelle LEVIOL (MNHN)
Les indicateurs de biodiversité
Mardi 2 décembre 2014 Amphi Géologie
09h30 à 12h30 : François SARRAZIN (UPMC)
Les réintroductions comme outil de restauration de la biodiversité
14h00 à 17h00 Philippe CLERGEAU (MNHN)
Niveaux fonctionnels et échelles en gestion des espèces et des espaces
Jeudi 4 décembre 2014 Amphi Rouelle
9h00 à 10h30 : Zina SKANDRANI (MNHN)
Gouvernance de la biodiversité en milieu urbain
10h45 à 12h15 : Colin FONTAINE (MNHN)
Les réseaux d’interaction dans les problématiques de conservation
38
13h45 à 15h15 : Alexandre ROBERT (MNHN)
Les apports de la modélisation en biologie de la conservation
Vendredi 5 décembre 2014 Amphi Géologie
9h00 à 10h30 : Gabrielle MARTIN (MNHN)
Vigie-Nature et ses programmes flore
10h45 à 12h15 : Frédéric JIGUET (MNHN)
Vigie-plume et ses programmes oiseaux
13h45 à 15h15 : Rose-Line PREUD’HOMME (MNHN)
L’observatoire du milieu agricole
15h30 à 17h : Benoit FONTAINE (MNHN)
Les observatoires des jardins
39
Microbiodiversité, entre Écosystèmes, Évolution et Société
Du 30 mars au 1er avril 2015
Responsables : Laurent PALKA(1) et Bruno de REVIERS (2)
(1) Maître de Conférences du Muséum, Département d'Ecologie et Gestion de la Biodiversité,
Tél. 0140795688 ; [email protected]
(2) Professeur du Muséum, UMR 7205, Origine, structure et Evolution de la Biodiversité,
Département Systématique et évolution, 12-16 rue Buffon 75005 Paris
Tél. 0140793198 ; [email protected]
Lieu : Jardin des plantes (amphi Rouelle)
________________________________________________________________________
Lundi 30 mars 2015 :
09h00 à 10h30: Laurent PALKA (MNHN)
Qu'est-ce que la microbiodiversité?
10h45 à 12h15 : Marc-André SELOSSE (MNHN)
De l'animal au végétal: les microorganismes aux commandes
14h00 à 15h30: Lucie BITTNER (Université Paris 6)
Exploration de la diversité microbienne avec l'expédition Tara Océans
15h45 à 17h15: David MOREIRA (Université Paris Sud)
Diversité microbienne en conditions extrêmes
Mardi 31 mars 2015:
09h00 à 10h30 : Bruno DE REVIERS (MNHN)
La microbiodiversité dans le vivant, évolution par associations
10h45 à 12h15 : Thomas HEAMS (AgroParisTech)
Evolution dirigée et design rationnel : compétition ou synergie ?
14h00 à 15h30 : Olivier TENAILLON (INSERM)
Quel potentiel évolutif chez les microorganismes?
15h45 à 17h15: Bernard BODO (MNHN)
Microbiodiversité et substances naturelles: quand les microbes se font chimistes
Mercredi 1er avril 2015:
09h00 à 10h30 : Olivier VALLON (CNRS, Université Paris 6)
Microalgues et biocarburants: du milieu naturel à l'industrie, en passant par le
laboratoire
10h45 à 12h15 : Jacques LIVAGE (Collège de France)
Microbiodiversité et matériaux bioinspirés
14h00 à 15h30 : Philippe LANGELLA (INRA)
Les probiotiques et le microbiome humain
15h45 à 17h15 : Patrick FORTERRE (Institut Pasteur)
La place des virus dans l’évolution
40
HISTOIRE NATURELLE
DES MÉCANISMES DU VIVANT
41
Animaux venimeux et vénéneux Venimologie générale
Du 19 au 25 JANVIER 2015
Responsables :
Max GOYFFON (1) (Professeur, attaché honoraire du MNHN) et Christine ROLLARD (2) (Maître de
Conférences du MNHN)
(1)
Unité de recherche : UMR 7245 « Molécules de communication et adaptation des micro-organismes »
Département : Régulation, développement et diversité moléculaire
Adresse : 63 rue Buffon – CP 39B - 75005 PARIS
Tél : 01 40 79 31; courriel : [email protected]
(2)
Unité de recherche : UMR 7205 « ISYEB - Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité»
Adresse : 61 rue Buffon – CP 53 – 75005 PARIS
Lieu : salle de conférences du bâtiment de Géologie et salle de Chimie
____________________________________________________________________________________________________________
_
Objectifs : Offrir aux participants la possibilité de découvrir et/ou d’approfondir leurs
connaissances dans les domaines de la systématique, la biologie et la toxicologie sur des groupes
zoologiques susceptibles d’être en contact avec l’homme.
______________________________________________________________________________
Lundi 19 janvier 2015
09h00 à 9h15 : Accueil
09h15 à 11h15 : Christine ROLLARD (MNHN Paris)
Animaux venimeux – Appareils venimeux
11h30 à 12h30 : Max GOYFFON (MNHN Paris)
La fonction venimeuse dans l’évolution
14h00 à 15h30 : Sophie ZINN-JUSTIN (CEA Saclay)
Structure des toxines protéiques
15h45 à 17h15 : Reto STÖCKLIN (Atheris Genève)
Génomique, protéomique et bio-informatique
Mardi 20 janvier 2015
09h00 à 11h00 : Frédéric DUCANCEL (CEA Saclay)
Transcriptomique des venins
Immunothérapie passive : historique et principes
14h00 à 16h00 : Denis SERVENT (CEA Saclay)
Toxines, Récepteurs et canaux ioniques
Mercredi 21 janvier 2015
09h30 à 11h30 : Christian LEGROS (Université Angers)
Utilisation de la spectrométrie dans l’étude des venins
14h00 à 17h00 : Visite des collections de la zoothèque et du bâtiment Arthropodes
42
Jeudi 22 janvier 2015
09h00 à 11h00 : Jean-Pierre GASC (MNHN Paris)
Anatomie de l’appareil venimeux des serpents
Risques sanitaires liés aux animaux venimeux
14h00 à 15h00 : Grazyna FAURE (Institut Pasteur Paris)
Résistance naturelle aux venins chez les serpents
15h15 à 17h15 : Grazyna FAURE (Institut Pasteur Paris)
Les phospholipidases A2 et leurs cibles biologiques
Vendredi 23 janvier 2015
09h00 à 11h00 : César MATTEI (Université Angers)
L’électrophysiologie comme méthode d’étude des biotoxines
11h15 à 12h15 : Philippe BILLIALD (MNHN Paris et Université Tours)
Anticorps recombinants
14h00 à 16h00 : Jean LESCURE (MNHN Paris)
Amphibiens venimeux
16h15 à 17h15 : Ali LADRAM (UPMC Paris 6)
La peau des amphibiens, une véritable pharmacopée naturelle
43
Animaux venimeux et vénéneux Vertébrés terrestres
du 26 au 30 janvier 2015
Responsables :
Max GOYFFON (Professeur, attaché honoraire du MNHN)
Michel THIREAU (Professeur du MNHN, retraité)
Lieu : salle de conférences du bâtiment de Géologie et salle de Chimie
______________________________________________________________________________
______________________________________________________________________________
09h15 à 10h15 : Patrick BOUSSES (MNHN Paris)
Mammifères venimeux et oiseaux vénéneux
10h30 à 12h30 : Visite du vivarium de la ménagerie
14h00 à 17h00 : Daniel HEUCLIN (Photographe Vaux-en-Couhé)
09h30 à 12h30 : Xavier BONNET (CNRS Chizé)
Biologie et comportement des serpents
14h00 à 15h15 : Jean-Philippe CHIPPAUX (IRD Cotonou)
Les serpents : classification systématique
Méthodes épidémiologiques appliquées aux envenimations
Venins : mesure de la toxicité
Neutralisation des venins : études expérimentales et cliniques
14h00 à 17h00 : Frédéric DORANDEU (CSSR Grenoble)
Composition et mode d’action des Viperidae
10h00 à 12h00 : David BOELS (CAP Angers)
Immunothérapie passive des envenimations ophidiennes
44
Epidémiologie et clinique des envenimations ophidiennes
ATraitements d’urgence des envenimations ophidiennes
09h00 à 10h15 : Nicolas VIDAL (MNHN Paris)
Systématique moléculaire des squamates
10h30 à 12h15 : Frédéric DUCANCEL (CEA Saclay)
Les Atractaspidae
14h00 à 15h15 : Rémi KSAS (Latoxan Valence)
Les nouveaux animaux de compagnie : législation et développement
actuel
Utilisation des venins en thérapeutique envenimations ophidiennes
45
Animaux venimeux et vénéneux
Arthropodes terrestres - parasites
Du 16 au 20 MARS 2015
Responsables : Christine ROLLARD (1) (Maître de Conférences du MNHN) et Max GOYFFON
(Professeur, attaché honoraire du MNHN)
(1)
(2)
(2)
Lieu : salle de conférences du bâtiment de Géologie
____________________________________________________________________________________________________________
Objectifs : Offrir aux participants la possibilité de découvrir et/ou d’approfondir leurs connaissances dans
les domaines de la systématique, la biologie et la toxicologie sur des groupes zoologiques susceptibles
d’être en contact avec l’homme.
________________________________________________________________________
Lundi 16 mars 2015
Fonction venimeuse et les venins
Présentation des arthropodes
14h00 à 17h00 : Claire VILLEMANT (MNHN Paris)
Hyménoptères aculéates
Mardi 17 mars 2015
09h00 à 12h00 : Jean-Jacques GEOFFROY (MNHN Paris)
Myriapodes : systématique, biologie et fonction venimeuse
Venins d’hyménoptères
15h15 à 17h15 : Valérie CHOUMET (Institut Pasteur Paris)
Composition et activités biologiques de la salive des arthropodes
09h00 à 12h00 : René CHERMETTE (ENV Maisons-Alfort)
Les acariens : systématique, biologie et fonction venimeuse
14h00 à 16h00 : Patrick BOURDEAU (ENV Nantes)
Insectes piqueurs non-hyménoptères. Insectes vésicants. Protistes, vers
parasites
16h15 à 17h00 : Visite des collections non insectes
46
Jeudi 19 mars 2015
09h00 à 12h30 : Marie-Louise CELERIER & Christine ROLLARD (Jussieu et MNHN
Paris)
Les araignées : systématique, biologie, répartition
14h00 à 15h30 : Sylvie DIOCHOT (CNRS Sophia Antipolis)
Venins d’araignées et canaux ioniques
15h45 à 18h00 : Roland STOCKMANN (Jussieu Paris)
Les scorpions : systématique et biologie
09h00 à 12h00 : Christian LEGROS (Université Angers)
Les venins de scorpions
13h30 à 14h45 : Wilson LOURENCO (MNHN Paris)
Biogéographie des scorpions
Aranéisme - Scorpionisme
47
Animaux venimeux et vénéneux
Faune marine
Du 23 au 27 MARS 2015
Responsables :
Nadia AMEZIANE (1) (Professeure MNHN) et Christine ROLLARD (2) (Maître de Conférences du
MNHN)
(1)
Unité de recherche : UMR 7208 « Biologie des organismes et écosystèmes aquatiques »
Département : Milieux et peuplements aquatiques
Adresse : Station de Biologie Marine de Concarneau, BP 225 – 29182 CONCARNEAU cedex
(2)
Lieu : salle de conférences du bâtiment de Géologie
____________________________________________________________________________________________________________
Lundi 23 mars 2015
09h15 à 12h00 : Mireille GUILLAUME (MNHN Paris)
Les cnidaires venimeux
14h00 à 15h30 : Philippe FAVREAU (Service Toxico. Genève)
Les mollusques venimeux
15h45 à 17h30 : Jordi MOLGO (CNRS Gif-sur-Yvette)
Venins de cônes : diversité de leurs peptides et cibles moléculaires
Mardi 24 mars 2015
09h00 à 10h45 : Stephen BAGHDIGUIAN (Université Montpellier)
Panorama de la faune venimeuse de la Méditerranée
11h00 à 13h00 : César MATTEI (Université Angers)
Toxines marines : une source d’outils pharmacologiques et thérapeutiques
14h30 à 16h15 : Patrick LASSUS (IFREMER Nantes)
Les mollusques bivalves toxiques
16h30 à 17h30 : Tarik MEZIANE (MNHN Paris)
Les annélides
09h00 à 12h00 : Françoise GOUDEY-PERRIERE (UFR Pharmacie Châtenay-Malabry)
Les poissons venimeux
14h00 à 15h00 : Jean LESCURE (MNHN Paris)
Intoxications par consommation de tortues marines
48
15h15 à 17h00 : Nadia AMEZIANE & Jean-Loup D’HONDT (MNHN Paris)
Les bryozoaires
Jeudi 26 mars 2015
09h00 à 11h00 : Marie-Lise BOURGUET (MNHN Paris)
Les éponges et les ascidies
11h15 à 12h45 : Nadia AMEZIANE (MNHN Paris)
Les échinodermes
14h00 à 17h00 : Patrick BOURDEAU (ENV Nantes)
Ichtyotoxines, toxines ciguatériques et ciguatera
10h00 à 12h00 : Ivan INEICH (MNHN Paris)
Les serpents marins
14h00 à 16h30 : Régis BEDRY (Centre Anti-Poisons Bordeaux)
Prise en charge et traitement des envenimations marines
Conclusions générales
49
Interfaces microorganismes-minéraux dans l’histoire de
la biogéosphère
Du 30 mars au 3 avril 2015
Responsables : Jennyfer MIOT, (Maitre de conférences Muséum) et François Guyot (Professeur
Muséum)
Unité de recherche : UMR 7590 IMPMC
Département : Histoire de la Terre
Adresse : 61 rue Buffon, 75 005 Paris
Tél : 01 40 79 48 39 ; fax : 01 40 79 38 76; courriel : [email protected]
Lieu : Salle des Elèves, 61 rue Buffon. Paris
____________________________________________________________________________________________________________
Objectifs : Ce module a pour objectifs de replacer les mécanismes de biominéralisation
microbienne dans le contexte de l’évolution de la biogéosphère et en particulier de la diversité
microbienne au cours des temps géologiques. Il s’appuiera sur des exemples emblématiques de la
géomicrobiologie et présentera des méthodologies de pointe spécifiques à la caractérisation des
interfaces minéral-microorganismes.
______________________________________________________________________________
Lundi 30 mars 2015
09h30 à 10h30 : Jennyfer MIOT (IMPMC)
Introduction (Notion de biominéralisation microbienne, biosignatures, premières
formes de vie dans le registre fossile)
10h30 à 12h30 : François GUYOT (IMPMC, MNHN)
Cycle du carbone dans la biogéosphère actuelle et passée
14h00 à 15h30 : Karim BENZERARA (IMPMC, MNHN)
Méthodes « omiques » pour la biominéralisation
Thermodynamique de la biominéralisation
Mardi 31 mars 2015
09h00 à 11h00 : Laurent REMUSAT (IMPMC, MNHN)
La géochimie isotopique pour tracer les interactions minéral/microorganismes
(incluant la visite de la NanoSIMS)
11h00 à 12h30 : Isabelle DOMART-COULON (MCAM, MNHN)
Biominéralisation et symbioses, exemple des coraux
14h00 à 15h30 : Jennyfer MIOT (IMPMC, MNHN)
Cycle du fer dans la biogéosphère actuelle et passée
15h30 à 17h00 : François GUYOT ou N. MENGUY (IMPMC, MNHN)
Les bactéries magnétotactiques, un exemple de biominéralisation contrôlée
génétiquement et ses applications
50
09h30 à 12h00 : Jennyfer MIOT, Sylvain PONT (IMPMC, MNHN)
Méthodes micro/spectroscopiques pour caractériser les interfaces minéralmicroorganismes.
14h00 à 15h30 : Stéphanie AUZOUX-BORDENAVE (Station Concarneau, MNHN)
Interactions protéines-minéraux dans les processus de biominéralisation
15h30 à 17h00 : Pascal Jean LOPEZ (BOREA, MNHN)
Biominéralisation siliceuse
Jeudi 2 avril 2015
09h30 à 11h00 : Adrienne KISH (MCAM, MNHN)
Métabolismes de la bioremédiation.
11h00 à 12h30 : Cédric HUBAS (BOREA, MNHN)
Biofilms microbiens dans l’environnement
14h30 à 17h00 : Karim BENZERARA (IMPMC)
Les stromatolites : un exemple actuel et passé d’interactions entre le minéral et
une communauté microbienne complexe
09h30 à 12h00 : Sylvain BERNARD (IMPMC, MNHN)
Evolution de la matière organique et fossilisation expérimentale (incluant la visite
du laboratoire de taphonomie epérimentale)
Biominéralisation et environnements hydrothermaux
15h30 à 17h00 : Jennyfer MIOT (IMPMC, MNHN)
Transferts électroniques aux interfaces minéral / biofilm: applications à la
production d’énergie
51
Epigénétique et programmation cellulaire
Du 07 au 09 avril 2015
Responsables : Marie-Noëlle LOMBARD (Dr ès Sciences) et Jean-Baptiste FINI (Dr MNHN).
Unité de Recherche : UMR 7221 « Evolution des régulations endocriniennes »
Département : Régulation, Développement et Diversité Moléculaire.
Adresse : 7 rue Cuvier 75231 - Paris Cedex.
Tel : 0140793601 ; 0140793828; Fax : 0140793618 courriel : [email protected] ; [email protected]
Lieu : Bibliothèque de Physiologie, 7 rue Cuvier, 1er étage.
____________________________________________________________________________________________________________
Mardi 07 avril 2015
10h15 à 11h15 : Dr Pierre-Antoine DEFOSSEZ, Université Paris 7, CNRS UMR 7216,
Paris.
Méthylation de l' ADN, prolifération et différenciation cellulaire.
11h15 à 11h30 : Discussion
11h30 à 12h30 : Pr Ana SOTO, Tufts University, Boston, USA
Waddington’s epigenetics and shape determination (morphogenesis).
14h30 à 15h30 : Dr Laurent SACHS, MNHN, CNRS UMR 7221, Paris.
Modifications de la chromatine et signalisation thyroïdienne.
15h45 à 16h45 : Dr Christophe LAVELLE, MNHN
Introduction à l’épigénétique physique
16h45 à 17h: Discussion
10h15 à 11h15 : Dr Slimane AIT-SI-ALI, Université Paris 7, CNRS UMR7216
Rôle des lysines méthyltranférases d’histones dans la différenciation et la
programmation cellulaires.
11h30 à 12h30 : Dr Philippe BASTIN, Institut Pasteur, Paris.
Micro ARNs : petites causes, grands effets.
14h30 à 15h30 : Dr Jean-Baptiste FINI, MNHN, CNRS UMR7221 Paris
Perturbation endocrinienne et modifications métaboliques : implication de
mécanismes épigénétiques ?
15h45 à 16h45 : Intervenant à confirmer
Titre à confirmer
16h45 à 17h: Discussion
Jeudi 09 avril 2015
10h15 à 11h15 : Dr Sophie POLO (Université Paris 7 Diderot)
Maintien de l’intégrité épigénomique en réponse aux dommages de l’ADN.
52
11h30 à 12h30 : Dr Anne GABORY, INRA Jouÿ-en-Josas
Trajectoire pondérale maternelle et impacts sur la descendance chez la souris
14h30 à 15h30 : Dr Flavien DEVUN, DNA therapeutics
Dbait : histoire d’un oligonucléotide thérapeutique
15h45 à 16h45 : Dr Claire FRANCASTEL, INSERM- UMR 7216, Univ Paris 7
DNA metylation meets new players. Lessons from immunodeficiency centromere
instability in facial anomalies syndroms
16h45 à 17h : Table ronde et discussion finale
53
HISTOIRE NATURELLE DE L’HOMME
54
Rôle des galeries d’anatomie comparée et de
paléontologie dans l’histoire des sciences et des arts
Du 18 septembre 2014 au 11 juin 2015
Responsables : Luc VIVES et Christine ARGOT, MNHN, Département des Galeries & Département
Histoire de la Terre, 2-8 rue Buffon, 75005 Paris
Tel : 01 40 79 32 13 ; courriel: [email protected]
Tel : 01 40 79 30 60 ; courriel: [email protected]
Lieu : Amphithéâtre des galeries d’anatomie comparée et de paléontologie, 2 rue Buffon,
75005 Paris
Horaire : de 17h à 19h une à 2 fois par mois
______________________________________________________________________________
__
Objectifs : Ces conférences ont pour but de sensibiliser le public aux rôles multiples des collections
exposées dans les galeries d’anatomie comparée et de paléontologie du MNHN. Les objets eux-mêmes, les
théories qu’ils ont illustrées, les productions scientifiques, littéraires et artistiques auxquelles ils ont donné
lieu, les collecteurs qui ont permis leur présence en ces lieux et les concepteurs mêmes des galeries seront
tour à tour évoqués
Jeudi 18 Septembre 2014 – La Ménagerie de pierre
Luc VIVES et Christine ARGOT, (MNHN)
Une déambulation autour des sculptures animalières ornant le bâtiment – un cas
particulier : l'orang-outan d’Emmanuel Fremiet
Jeudi 16 Octobre 2014 – Fondateurs et Concepteurs des Galeries
L’art d’exposer la nature, la vie et l’évolution selon Georges Louis Leclerc de
Buffon, Georges Cuvier, Albert Gaudry et Georges Pouchet
Jeudi 13 Novembre 2014 – La (dé)monstration anthropologique
Luc VIVES et Christine ARGOT, (MNHN))
La galerie d’Ernest-Théodore Hamy et de Marcellin Boule – deux cas particuliers
: l’écorché de Bouchardon et le Premier Artiste de Paul Richer
Jeudi 11 Décembre 2014 – Pères et Abbés
Le rôle d'ecclésiastiques fameux dans la constitution des collections d'anatomie
comparée et de paléontologie : Armand David, Pierre Heude, Pierre Teilhard de
Chardin, Henri Breuil, etc
Jeudi 15 Janvier 2015 – Des Reptiles et des Mers
Nathalie BARDET, (CNRS-MNHN)
De « l’inconnu de Maëstricht » aux reconstitutions du Crystal Palace : bref
historique des premières découvertes de reptiles marins mésozoïques et leur
importance dans l’histoire du développement de la paléontologie des vertébrés
Jeudi 12 Février 2015 – Célèbres, incongrus ou maudits : Collecturi te salutant!
Itinéraires des voyageurs-naturalistes au destin parfois tragique dont les
découvertes ont fondé la compréhension du vivant et sa classification
55
Jeudi 19 Mars 2015 – Les Expéditions d’Egypte
Un panorama des spécimens rapportés ou expédiés d’Egypte, des savants qui leur
furent associés et des querelles qui s’ensuivirent parfois
Jeudi 16 Avril 2015 – Histoire naturelle et mythologies
Recension de certains animaux exposés et des légendes qui les caractérisent :
sirènes, licornes, cyclopes, géants…
Jeudi 21 Mai 2015 – Métamorphoses et péripéties d’un lieu unique au monde
Cécile COLIN-FROMONT, Luc VIVES et Christine ARGOT, (MNHN)
Vers un renouveau des espaces d’exposition issus de l’Art Nouveau
Jeudi 11 Juin 2015 – A la recherche des temps perdus
Une approche proustienne de l’art de retrouver musicalement en galeries les
mondes perdus
56
Le Muséum national d’histoire naturelle, objet
d’histoireRecherches, hommes, institutions, patrimoine,
enseignement
D’octobre 2014 à mai 2015/
Responsables : Claude BLANCKAERT (1) et Arnaud HUREL (2)
(1)
UMR 8560, Centre Alexandre Koyré Histoire des Sciences et des techniques,
Département « Hommes, Natures, Sociétés » ; Tél : 01 45 65 97 42 ; courriel : [email protected]
(2)
UMR 7194, « Histoire naturelle de l’Homme préhistorique », département « Préhistoire » ;
Adresse : Institut de paléontologie humaine - 1 rue René Panhard - 75013 Paris
tel. 01.43.31.62.91 ; [email protected]
Fréquence : une fois par mois du 16 octobre 2014 au 21 mai 2015 de 17h30 à 19h30
Lieu : Salle Claude Hélène (baleine 4)
________________________________________________________________________
Des informations complémentaires sont disponibles à l'adresse http://objethistoire.hypotheses.org
Les étudiants souhaitant suivre les séances de ce séminaire sont invités à prendre contact avec
Arnaud HUREL
______________________________________________________________________________
Jeudi 16 octobre 2014
17h30 à 19h30 : Madame Alice CONKLIN (Ohio State University)
Les conceptions anthropologiques de la race au Musée de l’homme : de l’affaire
Dreyfus à la fin de la Seconde Guerre mondiale
Jeudi 20 novembre 2014
17h30 à 19h30 : Monsieur Nicolas WANLIN (Université d’Artois)
Des poètes au Jardin des Plantes
Jeudi 18 décembre 2014
17h30 à 19h30 : Monsieur Pietro CORSI (Université d’Oxford, EHESS-Centre Alexandre
Koyré)
La postérité de Lamarck au Muséum et hors les murs
17h30 à 19h30 : Monsieur Fabrice GROGNET (Muséum national d’histoire naturelle)
Du Trocadéro au Jardin des Plantes, de 1878 à 1938 : le Musée d’ethnographie
du Trocadéro et le Musée de l’Homme face ou dans le Muséum ? Entre ruptures
et ajustements
Jeudi 19 févier 2015
17h30 à 19h30 : Madame Vanessa FERREY (CERLIS Paris 3 - CELAT Université du
Québec, Montréal)
Regards sur la muséologie de la collection nord-américaine d’objets
ethnographiques du Cabinet de Sérent, l’histoire d’une entreprise scientifique
d’Amérique française acquise par le Musée de l’Homme
Jeudi 19 mars 2015
17h30 à 19h30 : Madame Silvia SEBASTIANI (EHESS)
Réceptions de Buffon dans les Lumières écossaises
57
Jeudi 16 avril 2015
17h30 à 19h30 : Monsieur Brice GERARD (Labex Hastec-Centre Alexandre Koyré)
L’ethnomusicologie au Musée de l’Homme. Autonomisation et spécificités
épistémologiques
Jeudi 21 mai 2015
17h30 à 19h30 : Madame Jehanne-Emmanuelle MONNIER (CRESOI-centre de
recherche sur les sociétés de l’Océan indien, université de La Réunion)
Alfred Grandidier (1836-1921) et le Muséum national d’histoire naturelle.
Science, explorations et collections naturalistes du Second Empire à la Belle
époque, de l’Océan indien au Jardin des Plantes
58
Anthropologie de l’alimentation
Responsables : Françoise AUBAILE-SALLENAVE (1) (CNRS-MNHN) et Marylène PATOUMATHIS (2) (CNRS-MNHN)
(1)
Unités de recherche : UMR 7206
Départements : Hommes Natures Sociétés et Préhistoire
Adresses : MNHN, 57 rue Cuvier, CP 135 Paris 75005 ;
tél 01 40 79 36 77; fax : 01 40 79 38 91 ; courriel : [email protected]
(2)
Unités de recherche : UMR 7194 « Histoire naturelle de l’Homme préhistorique »
Départements : Préhistoire
Adresses : IPH, 1 rue Panhard, Paris 75013 ;
tél. 01 55 43 27 ; courriel : [email protected]
Lieux : MNHN (amphi Rouelle, baleine 4 (= salle Claude Hélène) ;
Salle Chevalier et Muséologie : 43 rue Buffon)
______________________________________________________________________________
I– PRÉHISTOIRE ET ARCHÉOLOGIE
Lundi 12 janvier 2015 (Géologie)
10h00 à 12h00 : Marylène PATOU-MATHIS (DR, CNRS-MNHN)
Perception de l’alimentation : des premiers Hommes à Néanderthal
14h00 à 17h00 : Jean-Denis VIGNE (DR, CNRS-MNHN):
L’histoire néolithique de la viande et du lait
Mardi 13 janvier 2015 (amphi Rouelle)
09h30 à 12h00 : Marie-Pierre RUAS (CR, CNRS-MNHN)
L'histoire des plantes alimentaires en France du Néolithique à la période
moderne d'après l'archéobotanique
14h00 à 17h00 : Stéphane PEAN (MC, MNHN)
L'alimentation au Paléolithique supérieur
Mercredi 14 janvier 2015 (Géologie)
10h00 à 12h30 : Estelle HERRSCHER (CR, CNRS)
Apport de l'analyse des squelettes humains pour la restitution des comportements
alimentaires
II – MONDE CONTEMPORAIN
Jeudi 15 janvier 2015 : Journée du goût (Baleine 4)
09h30 à 12h30 : Marie-Odile MONNEUSE (CR, CNRS-MNHN)
Goûts et comportements
14h00 à 17h00 : Claude-Marcel HLADIK (DR émérite CNRS- MNHN)
La perception des saveurs
Vendredi 16 janvier 2015 (Baleine 4)
09h30 à 12h30 : Anne-Elène DELAVIGNE (chercheur MNHN)
La viande, entre biologie et social
14h00 à 18h00 : Jane COBBI (CR, CNRS-MNHN)
Système alimentaire et structure du repas : le cas japonais
59
Lundi 19 janvier 2015 (amphi Rouelle)
10h00 à 12h30 : Dominique FOURNIER (CR, CNRS-MNHN)
Le boire et les boissons
14h00 à 17h00 : Alain FROMENT (DR, IRD), Patrick PASQUET (DR, CNRS- Muséum) :
Alimentation et pathologies
Mardi 20 janvier 2015 (amphi Rouelle)
09h30 à 12h30 : Cécile RAUZY (Directrice Alimentation-Santé, Association Nationale des
Industries
Alimentaires) : Les industries agro-alimentaires
14h à 17h : Laurence BERARD (CR, CNRS-MNHN)
Habitudes alimentaires et productions locales
Mercredi 21 janvier 2015 (Géologie)
14h à 17h : Bernadette ROBBE (I. E. CNRS-MNHN)
Ecologie
et alimentation d’une société de l’Arctique, les Inuit
Jeudi 22 janvier 2015 (amphi Rouelle)
09h30 à 12h30 : Nathalie ALAIN (chercheur associée Muséum)
Fabrication du fromage d’estive : des Alpes aux Pyrénées
14h00 à 17h00 : Françoise AUBAILE (CR, CNRS-MNHN) (Salle Baleine 4)
Alimentation et environnement
Claire KIEFFER (Agrisud International)
Sécurité alimentaire : les actions de développement et les habitudes alimentaires
des populations ciblées (Laos)
Vendredi 23 janvier 2014 (amphi Rouelle)
14h00 à 17h00 : Examen
60
Histoire, vie et avenir des collections d’histoire naturelle
Du 30 Mars au 2 Avril 2015
Responsable : Dr Josette RIVALLAIN, Maître de Conférences, MNHN
Unité de recherche : UMR 208 « Patrimoines locaux »
Département : Homme, Nature et Société
Adresse : Musée de l’Homme, 17 Place du Trocadéro, 75116 PARIS
Lieu : Laboratoire d’Entomologie, Muséum national d’histoire naturelle
45 rue Buffon, 75005 PARIS
______________________________________________________________________________
Lundi 30 Mars 2014
09h00 à 10h30 : Josette RIVALLAIN, MNHN
Histoire des collections d’ethnologie
11h00 à 12h30 : Jocelyne GUGLIEMI, MNHN
Constitution des collections dans une bibliothèque du Muséum
14h00 à 15h30 : Jean-Dominique WAHICHE, MNHN
Le droit des collections d’histoire naturelle en France
16h00 à 17h30 : Brigitte SENUT, MNHN
De la collection à la quête de nos origines
Mardi 31 Mars 2014
09h00 à 10h30 :
Jacques PIERRE, MNHN
Les collections d’entomologie
11h00 à 12h30 :
Jacques CUISIN, MNHN
De l’usage à l’usure des collections des mammifères et oisea
14h00 à 15h30 :
Cécile AUPIC, MNHN
Les collections de l’herbier du Muséum
16h00 à 17h30 :
Pierre-Jacques CHIAPPERO, MNHN
Du cristal à la carotte de sondage
Mercredi 1 Avril
09h00 à 10h30 :
2014
M. DOUINEAU, MNHN
Les collections de plantes vivantes : rôle du temps et de l’espace
11h00 à 12h30 :
Laure CORBARI, MNHN
Le monde des crustacés
14h00 à 15h30 : Alexis LECU, MNHN
De l’acclimatation des espèces vivantes aux collections
16h00 à 17h30 :
Alexis LECU, MNHN
Les parcs zoologiques, nouvelles perspectives
61
Jeudi 2 Avril 2014
09h00 à 10h30 :
Régine VIGNES-LEBBE, Université de Paris VI
Projets européens sur l’informatisation des collections
11h00 à 12h30 :
Cécile COLIN, MNHN
Exposer en gardant l’esprit du l
14h00 à 17h30 : Josette RIVALLAIN, MNHN ; Bernard DUPAIGNE, MNHN ; Michèle
LEMAIRE, MHN Bourges, Gérard FERRIERE, MNH Dijon ;
Lionel
FRANCOIS, MHN Besançon ; Adeline ROUILLY, MHN Nîmes, Michel Van
PRAET, MNHN,
Débats avec les intervenants
62
Pensées symboliques et actes créateurs chez les
Hominidés
Du 26 au 28 mai 2015
Responsable : Anne DAMBRICOURT MALASSÉ
Unité de recherche UMR 7194 CNRS –Muséum national d’Histoire naturelle
Département de Préhistoire
Adresse : Institut de Paléontologie Humaine, 1 rue René Panhard, 75013 Paris
Tél : 01 43 31 62 91, fax : 01 43 31 22 79, Courriel : [email protected]
Lieu : amphithéâtre de l’Institut de Paléontologie Humaine
Objectifs : La thématique des séminaires est l’émergence de l’identité humaine. Cette
identification suit l’acquisition de la verticalité du système nerveux dans le registre
fossile, en particulier celle du cervelet et ses connexions avec le cerveau. Si le corollaire
classique est la «libération de la main », il reste à s’interroger sur les conséquences de la
construction de l’image mentale du corps, du soi, de son environnement et des
événements (naissance, santé, mort). Cette approche permet d’aborder le développement
de pensées symboliques et d’actes créateurs dans les différentes lignées humaines de
manière pluridisciplinaire.
Mardi 26 Mai
09h30 à 10h30 : Yves COPPENS (Professeur honoraire, Collège de France)
Les premières manifestations tangibles d’une pensée symbolique
10h30 à 11h30 : Anne DAMBRICOURT MALASSÉ (Chargé de Recherche HDR, UMR
7194)
L’émergence des symboles et le redressement du système nerveux dans la lignée
humaine, quelles relations.
11h30 à 12h30 : Marc-Williams DEBONO (Neurobiologiste, D et R Sanofi, France)
Représentation cérébrale et fonctions cognitives associées à l’image du corps et du
soi chez Homo sapiens
14h00 à 15h00 : Erik GONTHIER (Maître de Conférences au MNHN, UMR 7194)
Des codifications instrumentales au Paléolithique et au Néolithique, peuvent-elles
avoir influencé les comportements de l'Homme ?
15h00à16h00: Anne DAMBRICOURT MALASSÉ ET Jean Pierre MOHEN
(Conservateur général du patrimoine)
La découverte du site rupestre de Shizhucun, témoin de danses chamaniques en
Chine du Sud
16h00 à 17h00 : Odile ROMAIN (Ingénieur de recherche MNHN, UMR 7194)
L’art pariétal de Madagascar (800 avant J.C.), un art divinatoire
17h00 à 18h00 : Débat autour de
La verticalité du système nerveux et des codifications de la gestuelle
63
Mercredi 27 Mai
10h00 à 11h00 : Marylène PATOU-MATHIS (Directrice de Recherche au CNRS, UMR
7194)
Les différentes expressions symboliques chez les populations néandertaliennes
11h00 à 12h00 : Carole VERCOUTERE (Maître de conférences MNHN, UMR 7194)
La dent humaine percée de l’Abri Pataud, de nouvelles questions sur le
comportement symbolique des Homo sapiens du Gravettien
12h00 à 13h00 : Anne DAMBRICOURT MALASSÉ et Sandra JOFFROY (Maitre de
conférences Université Paul Sabatier, Toulouse III)
La reconstitution du développement psychomoteur d’Homo neanderthalensis : une
nécessité pluridisciplinaire
14h00 à 15h00 : Jean-Jacques MILLET (Université Joseph Fourier, Grenoble)
Des vivants et des morts, évolution des pratiques funéraires dans le nord des Alpes.
15h00 à 16h00 : Amélie VIALET (Maitre de conférences MNHN, UMR 7194)
La sépulture néolithique d’Asselar (l'Adrar des Ifoghas, Mali), des questions sur les
circonstances de l’inhumation
Jeudi 28 Mai
09h00 à 10h00 : Patricia SOTO-HEIM (Paléoanthropologue, UMR 7194)
Le peuple des Chinchorros, des momies chiliennes de 7000 ans parmi les vivants
10h00 à 11h00 : Aïcha BACHIR BACHA et Oscar Daniel LLANOS JACINTO (EHESS,
Centre de Recherche Préhispanique d’Amérique du Sud)
Animas Altas/Animas Bajas, un centre politico-cérémoniel Paracas, Ica, Pérou
11h00 à 12h00 : François GENDRON (Ingénieur d'Etudes MNHN, UMR 7194)
Emergence de la Mésoamérique : des rites et des divinités aux racines diffuses
12h00 à 13h00 : Agueda VILHENA VIALOU (Professeur, UMR 7194) et Denis VIALOU
(Professeur MNHN, UMR 7194)
Les sites rupestres de la Cidade de Pedra (Mato Grosso, Brésil), occupations et
symbolismes
14h30 à 15h30 : Jean-Pierre MOHEN (Conservateur général du Patrimoine, membre de
l’Académie des Technologies)
L'art pariétal du Tassili et les fluctuations climatiques
15h30 à 17h30 : Djillali HADJOUIS (Directeur de recherche au CNRPAH, Alger) et
Colette ROUBET (Professeur émérite du MNHN, UMR 7194)
Le symbolisme dans les pratiques funéraires: exemple des Mechtoïdes (Algérie) et
des Franciliens au Moyen Age
17h30 à 18h00 : Débat des intervenants
64
GÉODIVERSITÉ ET CHIMIODIVERSITÉ
65
Géodiversité et patrimoine
Responsable : François FARGES (Professeur Muséum)
Unité de recherche : UMR 7202 Institut de minéralogie, de physique des matériaux et cosmochimie
(IMPMC) – site Buffon (Musuém national d’Histoire naturelle)
Département : « Histoire de la Terre »
Adresse : CP 52, 61 rue Buffon, 75005 Paris
Tél : 01 40 79 35 29; courriel : [email protected]
Lieu : IMPMC-site Buffon, MNHN, Salle des Elèves, 2e étage, 61 rue Buffon, 75005 Paris
____________________________________________________________________________________________________________
Objectifs : L’objectif de ce cours est d’illustrer le concept de géodiversité à travers une série de
cours fondamentaux et appliqués ayant trait aux approches patrimoniales et environnementales de
la minéralogie et des sciences de la Terre en général. Les cours développeront les connaissances
des minéraux, les gemmes, leurs classifications, identifications, conditions de formation ainsi que
divers aspects environnementaux et sociétaux : géotopes français, histoire des collections et leurs
influences culturelles.
____________________________________________________________________________________________________________
9h30 à 10h00 : François FARGES (MNHN)
Introduction à la géodiversité
10h15 à 12h30 : François GUYOT (MNHN)
Histoire de la Terre et évolution minéralogique
14h00 à 17h15 : Cristiano FERRARIS (MNHN)
Systématique et classification des minéraux
09h30 à 12h45 : Cristiano FERRARIS (MNHN)
Cristallographie et méthodes d’identification (microscopies, diffractions)
14h00 à 17h15 : Sylvain BERNARD (CNRS)
Diagenèse et fossilisation
Cristallographie des surfaces, des apériodiques et minéralogie
environnementale
14h00 à 17h15 : Pierre-Jacques CHIAPPERO (MNHN)
Les géotopes, la gitologie et le patrimoine géologique français
Jeudi 16 janvier 2015 (lieu / salle à confirmer)
09h30 à 12h45 : Jennifer MIOT (MNHN)
Interactions minéral-vivant
Spectroscopies appliquées à la minéralogie
66
15h45 à 17h15 : Sylvain PONT (MNHN)
Apports des techniques SEM-EDS et XRD à la caractérisation de la matière
minérale.
09h30 à 12h45 : Pierre-Jacques CHIAPPERO (MNHN)
Histoire des collections de minéralogie
Gemmologie et patrimoine culturel
67
Etre ou ne pas être primitif, les ambiguïtés de la matière
extraterrestre
Du 19 janvier 2015 au 23 janvier 2015
Responsables: Matthieu GOUNELLE (Professeur du Muséum) & Emmanuel JACQUET (Maître de
Conférences du Muséum)
Unité de recherche : UMR7590 « Institut de minéralogie, de physique des matériaux et de cosmochimie »
Département : « Histoire de la Terre »
Adresse : IMPMC, MNHN, CP52, 57 rue Cuvier, 75005 Paris.
Tél : 01 40 79 35 21; fax : 01 40 79 57 72; courriel : [email protected]
Lieu : Salle des élèves, IMPMC, 61 rue Buffon, Paris 5ème.
____________________________________________________________________________________________________________
_
Objectifs : Certaines météorites sont des échantillons primitifs remontant aux premiers temps de
notre système solaire. Mais ces échantillons ont une histoire complexe, à la fois dans le disque
protoplanétaire et sur leurs corps-parents. Une large partie du travail du cosmochimiste est de
distinguer ce qui est le plus primitif de ce qu’il l’est moins. Mais la notion de primitivité n’est pas
aussi univoque qu’on pourrait le croire. Le but de ce cours est double. Son premier objectif est de
donner aux étudiants en thèse, aux post-doctorants et aux chercheurs de disciplines connexes des
bases en cosmochimie. Son second objectif est d’explorer les différents sens de la notion de
primitivité et ses frontières de plus en plus mouvantes dans l’enregistrement météoritique.
______________________________________________________________________________
10h30 à 12h30: Matthieu GOUNELLE (MNHN)
Accueil des participants et introduction générale
14h00 à 15h30 : Brigitte ZANDA (MNHN)
Les chondrites
15h45 à 17h15: Jean-Alix BARRAT (Université de Brest)
Les achondrites différenciées
09h30 à 12h30: Sylvain PONT & Emmanuel JACQUET (MNHN)
Observations des météorites
14h00 à 15h30 : Jérôme ALEON (MNHN)
Les achondrites primitives
09h30 à 12h45: Emmanuel JACQUET (MNHN)
Formation des chondres : une origine planétaire ?
14h30 à 16h00: Yves MARROCCHI (CRPG)
L’altération hydrothermale des chondrites
09h30 à 11h00 : Pierre VERNAZZA (Observatoire de Marseille)
La mission ROSETTA et le continuum astéroïdes-comètes
11h15 à 12h45 : Marc CHAUSSIDON (IPGP)
Le jeune âge des météorites de fer
68
14h30 à 16h00 : Alessandro MORBIDELLI (Observatoire de Nice)
Dynamique de la formation planétaire
09h30 à 11h00 : Jérôme GATTACCECA (CEREGE)
Magnétisme des météorites
11h15 à 12h45 : Hugues LEROUX (Université de Lille)
Échantillons cométaires au laboratoire
69
AUTRES ACTIVITÉS VALIDABLES
70
Formation à l’insertion professionnelle
Organisateur : Institut de formation doctorale de l’UPMC
Site : http://ifd.upmc.fr/fr/formation.html
Tel. : 01 44 27 81 97
______________________________________________________________________________
Chaque doctorant doit :
-
établir un plan individuel de Formation (à
http://www.ifd.upmc.fr/fr/formation/inscriptions.html
télécharger)
sur
le
site :
-
le faire valider par son directeur de thèse et le directeur de l'Ecole doctorale ;
-
choisir ses formations ;
-
finaliser l’inscription après consultation du calendrier et téléchargement du formulaire
d'inscription
puis le transmettre à Marc DUFAUR DESSUS ([email protected]) Le site dispose du maximum d'information, notamment un
guide plus complet pour toutes ces procédures.
Cette formation ou une formation équivalente est obligatoire et doit être suivie au cours
de la première ou deuxième année.
71
2nd Young Natural History scientists Meeting
Responsable : Bureau des Doctorants et Etudiants du Muséum (BDEM)
[email protected]
Lieu: Grand Amphithéâtre du Muséum
_____________________________________________________________________________
Conditions de validation:
- Assister à la totalité du congrès et présenter un oral ou un poster ou bien
- Assister à la totalité du congrès et participer à l'organisation
Informations et inscription : http://ynhm.sciencesconf.org/
______________________________________________________________________________
Le YNHM (Young Natural History scientists' Meeting) est un congrès international et gratuit sur
les sciences naturelles organisé par les jeunes chercheurs pour les jeunes chercheurs (doctorant,
post-doctorant, master).
Désireux de mettre à l'honneur l’Histoire naturelle, si chère à notre établissement, le BDEM
organise
du 4 au 6 février 2015
la deuxième édition du Young Natural History scientists Meeting (YNHM), et invite les
jeunes chercheurs (masters, doctorants et post-doctorants) des divers domaines de l'Histoire
naturelle et de toutes institutions, à venir présenter leurs travaux de recherche.
Ce congrès est une occasion unique -dans un lieu unique- de présenter ses travaux en
anglais, apprendre et échanger avec des collègues de sa discipline.
Deux jours / Quatre sessions :
- Biodiversity, Dynamics and Conservation
- Earth and Planetary Sciences
- Mankind, Prehistory, Nature and Societies
- Systematics, Evolution and Comparative Anatomy
- Biodiversity, Dynamics and Conservation: Sujets concernant l'écologie et la conservation de
la diversité biologique de la Terre, comprenant les études des écosystèmes, la diversité
moléculaire, la distribution, l'abondance et la dynamique des organismes micro à
macroscopiques, leurs interactions avec à la fois d'autres êtres vivants et/ou leur environnement
physique et la biologie de la conservation.
- Earth and Planetary Sciences: Toute thématique liée aux sciences atmosphériques, la
biogéochimie, la cosmochimie et la cosmologie, la géochimie, la géologie, la géomorphologie, la
glaciologie, l'hydrologie et la limnologie, la minéralogie, l'océanographie, la paléoécologie, la
biostratigraphie, la paléobiogéographie, les reconstructions paléoenvironnementales, la
taphonomie, la pétrologie, la tectonique et la volcanologie.
- Mankind, Prehistory, Nature and Societies: Tout travail sur l'anthropologie biologique, la
génétique, la préhistoire, l'anthropologie sociale et culturelle, l'ethnologie, l'ethno-biologie,
l'ethno-musicologie, la géographie et l'histoire et la philosophie des sciences et des techniques.
- Systematics, Evolution and Comparative Anatomy: Tout aspect de l'anatomie et de la
morphologie comparative, l'évo-dévo, l'écologie évolutive et le comportement, l'évolution
expérimentale, la paléobiologie, la taxonomie, la phylogénétique et la phylogéographie, les
théories et les modèles.
Un conférencier invité ouvrira chacune de ces thèmes multidisciplinaires avec une présentation
sur un sujet pertinent.
72
Accompagnement scientifique du Muséum
Année 2014-2015
Responsable : Eric GUILBERT, MC MNHN
Unité de recherche : UMR7205
Adresse : CP50, 45 rue Buffon
Tél : 01 40 79 34 11 ; fax : 01 40 79 56 79 ; e-mail : [email protected]
Lieux : Muséum national d'Histoire naturelle et différentes écoles de Paris
Depuis 10 ans, à partir du dispositif "La main à la pâte" (Fondation LAMAP) reconnu par le
Ministère de l'Education Nationale, ce module d'accompagnement scientifique s'intègre dans la
formation proposée aux doctorants par l'Ecole Doctorale du MNHN (ED 227). Ce module
propose, en collaboration avec LAMAP un accompagnement en sciences et techniques à l’école
primaire (ASTEP). Il est effectué en étroite collaboration avec l’ASTEP sur l’académie de Paris
(Mme Danièle Perruchon). Il est validé comme tel pour l'autorisation de soutenance du doctorat.
Les enseignants du primaire ayant en majorité une formation non scientifique, le doctorant aide
l'enseignant à cerner et à développer son projet de sciences expérimentales en classe. Il aide à en
assurer la cohérence et la faisabilité et à y identifier les enjeux et les objectifs. Ensemble, ils se
mettent d'accord sur le déroulement et le rythme des activités que les élèves mèneront et les
acquisitions qu'ils en retireront.
En aucun cas le doctorant ne se substitue à l'enseignant. Il lui apporte ses connaissances et sa
vigilance scientifiques. Il lui fournit des idées et des outils pour mettre en place une démarche
scientifique au cours des activités. En retour, il apprend à organiser et à reformuler des notions
scientifiques complexes de façon pédagogique et abordable pour un public non spécialiste, ce qui
constitue d'ailleurs une compétence fondamentale pour la suite de sa carrière d'enseignantchercheur.
En bref, l'engagement dans le dispositif comprend :
-
Un accompagnement d'enseignant sur l'Académie de Paris , c'est à dire la proposition d'un
sujet/projet en adéquation avec l'enseignant, la préparation et le suivi de 8 à 12 séances en
classe primaires (cycle 1, 2 ou 3) d’une heure à une heure et demie chacune, en collaboration
avec l'enseignant.
-
deux réunions réparties sur l'année :
-
-
Une réunion de présentation de l’accompagnement et une mise en contact avec les
enseignants;
-
Un entretient de synthèse et d'évaluation de l'accompagnement à mi-parcours.
la remise d'un rapport de synthèse (20-30 pages) au plus tard le 30 juin, ouvrant à validation
du module.
Le succès de l'accompagnement ouvrira à la validation de deux modules!
73
INFORMATIONS UTILES
74
Quelques rappels
Chaque doctorant doit avoir signé, avec son directeur de thèse, la charte des thèses qui énonce
les droits et devoirs de chacune des parties.
Il doit aussi avoir signé la charte de dépôt électronique des thèses.
Il doit avoir constitué son plan individuel de formation lequel doit comprendre au moins une
formation à l’insertion professionnelle.
Il existe un conseiller doctoral* qui écoute, sert de médiateur afin qu'une solution soit trouvée
en cas de :
manquement aux devoirs de l'une des parties (par exemple, absence d'encadrement,
absentéisme du doctorant) ;
conflit ;
changement de directeur de thèse.
Tout doctorant doit avoir constitué, avec son encadrant, un comité de thèse, composé d'un
petit groupe de personnes compétentes, de préférence choisies en dehors de l'unité de
recherche, lequel se réunit une fois par an en présence d’un membre du Conseil de l’ED pour
échanger des idées et faire le point sur l'état d'avancement de la thèse .
Toute unité de recherche doit fournir au doctorant un bureau où travailler et un ordinateur. En
cas de problème ponctuel, il faut savoir qu'il existe des accès libres à la toile à la bibliothèque
centrale du MNHN.
Toute interruption d'inscription en cours de thèse est considérée, administrativement, comme
un abandon de thèse. La seule exception est l'interruption pour motif médical ou congé de
maternité/paternité. Cette interruption ne doit pas excéder douze mois et suppose la
production d’un arrêt de travail d’au moins quatre mois consécutifs pour donner droit à une
prolongation d’inscription en thèse équivalente.
Le nombre maximal de doctorants qu'un HDR peut raisonnablement encadrer est de 2,5. Il
peut aller jusqu'à trois si, en fin d'année universitaire, le début d'une nouvelle thèse se
superpose à la fin d'une autre. Au delà de ce chiffre, le directeur de thèse est considéré en
surencadrement et ne peut prétendre à un contrat doctoral.
Toute demande d'inscription en première année de candidats non bénéficiaires d’un contrat
doctoral doit être examinée par le conseil de l'école doctorale. Les candidats effectuant une
thèse à l’étranger (en co-tutelle ou non) doivent justifier d’un financement leur permettant de
vivre dans leur pays ainsi que d’un financement minimal de 1200 euros net par mois durant
leurs séjours en France. Ce même conseil examine aussi les demandes relatives à des
étudiants possédant un diplôme de master ou de DEA autre que d’un pays de l’UE. Le conseil
peut-être amené à demander que l’étudiant fasse d’abord un M2 de l’UE avant d’être inscrit
en thèse.
L’inscription administrative est renouvelée chaque année en septembre-octobre pour la durée
de préparation de la thèse fixée à trois années consécutives.
La mise en place de ces dispositions vise à améliorer la qualité de la vie doctorale en limitant
la durée des thèses et le nombre de doctorants en situation précaire et/ou mal encadrés. Enfin,
il faut savoir que sur ces paramètres, le ministère laisse aux écoles doctorales de moins en
moins de latitude et conditionne l'attribution des allocations aux succès de leur contrôle.
Cinq représentants des doctorants ou leurs suppléants siègent au Conseil de l’école doctorale.
Ils sont élus par leurs pairs lors de l’assemblée générale de l’école doctorale qui se tient
généralement en début de chaque année après la clôture des inscriptions.
*Dominique GRIMAUD-HERVÉ : [email protected]
75
Présentation de l’école doctorale
Intitulé de l’ED : Sciences de la Nature et de l’Homme : évolution et écologie
Intitulé de l’ED en anglais : Natural and Human Sciences : evolution and ecology
Numéro de l’ED : 227
Année de création : 1995
Etablissement support : Muséum national d’histoire naturelle
Bâtiment de la Baleine - CP 27 - 57 rue Cuvier
75231 Paris cedex 05 ; Téléphone : 01 40 79 54 07 ; Fax : 01 40 79 54 22
Adresse(s) électronique(s) : [email protected]
Adresse du site web ou de la page de l'ED : http://www.mnhn.fr/ecoledoctorale
Etablissement(s) co-accrédité(s) : Université Pierre et Marie Curie
Etablissement(s) associé(s) : intégration dans le collège doctoral de la ComUe Sorbonne
Universités
Domaines et sous domaines AERES :
Principal : DS 10,
Secondaire(s) : DS 3, DS 5, DS 6 et DS 7
Equipe de direction
Directeur de la direction transversale de l’enseignement, de la pédagogie et des formations
Directeur-adjoint de la direction transversale de l’enseignement, de la pédagogie et des
formations
Directeur de l’école doctorale
Directeur adjoint de l’école doctorale
Cette équipe est élargie à :
Coordinateur de l’école doctorale
Conseiller doctoral
Professeur en charge du suivi des missions doctorales
Fonction
Equipe
Directeur
Directeur
adjoint
Directeur
ED
Directeur
adjoint
de l’ED
Coordinateur
ED
François
Semah
AnneLaure
Guieysse
Bruno de
Reviers
David
Laloi
Madiha
Abada
Conseiller
doctoral
Personnes en
charge des
missions
doctorales
Dominique Hervé Tostivint
Grimaudet
Hervé
Madiha Abada
Personnel
Mahjouba Fassa, gestionnaire des dossiers de soutenance et des inscriptions administratives des
doctorants du MNHN ;
Jocelyne Moro, gestionnaire des dossiers de soutenance et des inscriptions administratives des
doctorants de l’UPMC
Pierre Simoni, responsable administratif et financier à la Direction de l’Enseignement, de la
Pédagogie et des formations assure, entre autre, la gestion financière de l’école doctorale.
76
Affiche des modules de l’école doctorale
MUSÉUM NATIONAL D’HISTOIRE NATURELLE
ÉCOLE DOCTORALE 227
SCIENCES DE LA NATURE ET DE L’HOMME :
EVOLUTION ET ECOLOGIE
ANNÉE UNIVERSITAIRE 2014 – 2015
Chaque module comprend une série de conférences d’une heure trente chacune
VALORISATION/MÉTHODOLOGIES/CONCEPTS
ATELIER ANGLAIS SCIENTIFIQUE
Du 06 octobre 2014 au 30 juin 2015
Responsable : Philip HINDLEY ; [email protected]
VALORISATION DES TRAVAUX DE RECHERCHE ET TECHNOLOGIES DU VIVANT
15,16, 17 et 18 décembre 2014
Responsables : Hélène SALIN ; [email protected]
FORMALISATION DES CONNAISSANCES EN BIODIVERSITÉ TAXIQUE :
ANALYSE A TROIS ÉLÉMENTS
26, 27, 28, 29 et 30 janvier 2015
Responsable : René ZARAGÜETA ; [email protected]
INTRODUCTION À L'ANALYSE DES DONNÉES
2, 3, 4, 5 et 6 février 2015
Responsable : Michel BAYLAC ; [email protected]
ÉLÉMENTS D'ÉPISTÉMOLOGIE DES SCIENCES DE LA VIE
9, 10 et 11 février 2015
Responsables : Donato BERGANDI et René ZARAGÜETA i BAGILS, [email protected]
INITIATION À LATEX COMMENT RÉDIGER SES DOCUMENTS (SA THÈSE) EN
LATEX
9, 10, 11 et 12 février 2015
Responsables : Loïc PONGER et Jérôme SUEUR ; [email protected]
L’ORIGINE DES ESPÈCES
2, 3, 4, 5 et 6 mars 2015
Responsables : Pierre-Henri GOUYON et Sylvia De CESARE ; [email protected]
R : INITIATION
2, 3 et 4 mars 2015
Responsable : Jérôme SUEUR ; [email protected]
TAXONOMIE INTÉGRATIVE ET EXPERTISE TAXONOMIQUE DANS LE CONTEXTE
DES PROJETS CODE-BARRES ADN
9, 10, 11, 12 et 13 mars 2015
Responsables : Sarah SAMADI, Line LEGALL et Nicolas PUILLANDRE ; [email protected]
LA PHYLOGÉNIE : SUPPORT À L'ANALYSE DE L'EVOLUTION
23, 24, 25 et 26 mars 2015
Responsable : Eric GUILBERT ; [email protected]
APPROCHES 3D POUR RECHERCHE, CONSERVATION ET MUSÉOGRAPHIE
30 et 31 mars, 1er, 2 et 3 avril 2015
Responsable : Martin FRIESS ; [email protected]
MÉCANISMES DE L’ÉVOLUTION
30 et 31 mars, 1er, 2 et 3 avril 2015
Responsables : Sarah SAMADI et Patrice DAVID ; [email protected]
MORPHOMÉTRIE ET ANALYSES DES FORMES
20, 21, 22, 23 et 24 avril 2015
Responsable : Michel BAYLAC ; [email protected]
77
R : APPROFONDISSEMENTS
4, 5 et 6 mai 2015
Responsable : Jérôme SUEUR ; [email protected]
DYNAMIQUE DES POPULATIONS ET ÉVOLUTION DES TRAITS D’HISTOIRE DE VIE
– APPLICATIONS DE MODÈLES MATRICIELS
4, 5, 6 et mai 2015
Responsables : Samuel Pavard et Alexandre Robert ; [email protected]
GÉNOMES ET TRANSCRIPTOMES : APPROCHES NGS
11,12 et 13 mai 2015
Responsables : Nicolas BUISINE et Laurent SACHS ; [email protected]
IMAGERIE SCIENTIFIQUE
11, 12, 13 et 14 mai 2015
Responsable : Patricia WILS ; [email protected]
R : APPLICATIONS
18, 19, 20, 21 et 22 mai
Responsable : Michel BAYLAC ; baylac @mnhn.fr
BIODIVERSITÉ ACTUELLE ET FOSSILE
LA PRÉSERVATION DE LA BIODIVERSITÉ
1, 2, 3, 4 et 5 décembre 2014
Responsable : Nathalie MACHON ; [email protected]
MICROBIODIVERSITÉ, ENTRE ÉCOSYSTÈME, ÉVOLUTION ET SOCIÉTÉ
30 et 31 mars, 1er avril 2015
Responsables : Laurent PALKA et Bruno DE REVIERS ; [email protected]
HISTOIRE NATURELLE DES MÉCANISMES DU VIVANT
ANIMAUX VENIMEUX ET VÉNÉNEUX : VENIMOLOGIE GÉNÉRALE
19, 20, 21, 22, 23, 24 et 25 janvier 2015
Responsables : Max GOYFFON et Christine ROLLARD ; [email protected]
ANIMAUX VENIMEUX ET VÉNÉNEUX : VERTÉBRÉS TERRESTRES
26, 27, 28, 29 et 30 janvier 2015
Responsable : Max GOYFFON ; [email protected]
ANIMAUX VENIMEUX ET VÉNÉNEUX : ARTHROPODES TERRESTRES - PARASITES
16, 17, 18, 19 et 20 MARS 2015
Responsables : Christine ROLLARD et Max GOYFFON ; [email protected]
ANIMAUX VENIMEUX ET VÉNÉNEUX : FAUNE MARINE
23, 24, 25, 26 et 27 mars 2015
Responsables : Nadia AMEZIANE et Christine ROLLARD ; [email protected]
INTERFACES MICROORGANISMES-MINÉRAUX DANS L’HISTOIRE DE LA
BIOGÉOSPHÈRE
30 et 31 mars, 1, 2 et 3 avril 2015
Responsables : Jennyfer MIOT et François GUYOT ; [email protected]
ÉPIGÉNÉTIQUE ET PROGRAMMATION CELLULAIRE
7, 8 et 9 avril 2014
Responsables : Marie-Noëlle LOMBARD et Jean-Baptiste FINI ; [email protected]
HISTOIRE NATURELLE DE L’HOMME
RÔLE DES GALERIES D’ANATOMIE COMPARÉE ET DE PALÉONTOLOGIE DANS
L’HISTOIRE DES SCIENCES ET DES ARTS
Du 18 septembre 2013 au 11 juin 2015 : une à deux fois par mois de 17h à 19h
Responsables : Luc VIVES et Christine ARGOT ; courriel: [email protected]
LE MUSÉUM NATIONAL D’HISTOIRE NATURELLE, OBJET D’HISTOIRE.
RECHERCHES, HOMMES, INSTITUTIONS, PATRIMOINE, ENSEIGNEMENT
Du 16 octobre 2014 au 21 mai 2015 : une fois par mois de 17h30 à 19h30
Responsables : Arnaud HUREL et Claude BLANCKAERT ; [email protected] et
[email protected]
78
ANTHROPOLOGIE DE L’ALIMENTATION
12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22 et 23 janvier 2015
Responsables : Françoise AUBAILE-SALLENAVE et Marylène PATOU-MATHIS ;
[email protected]
HISTOIRE, VIE ET AVENIR DES COLLECTIONS D’HISTOIRE NATURELLE
30 et 31 mars, 1 et 2 avril 2015
Responsable : Josette RIVALLAIN ; [email protected]
PENSÉES SYMBOLIQUES ET ACTES CRÉATEURS CHEZ LES HOMINIDÉS
26, 27 et 28 mai 2015
Responsable : Anne DAMBRICOURT MALASSÉ ; [email protected]
GÉODIVERSITÉ ET CHIMIODIVERSITÉ
GÉODIVERSITÉ ET PATRIMOINE
13, 14, 15, 16 et 17 janvier 2014
Responsable : François FARGES ; [email protected]
ÊTRE OU NE PAS ÊTRE PRIMITIF, LES AMBIGUÏTÉS DE LA MATIÊRE
EXTRATERRESTRE
19, 20, 21, 22 et 23 janvier 2015
Responsables: Matthieu GOUNELLE et Emmanuel JACQUET ; [email protected]
AUTRES ACTIVITÉS VALIDABLES
FORMATION À L’INSERTION PROFESSIONNELLE
Organisateur : Institut de formation doctorale de l’UPMC
Site : http://ifd.upmc.fr/fr/formation.html
2nd YOUNG NATURAL HISTORY SCIENTISTS MEETING
4, 5 et 6 février 2015
Organisateur : Bureau des Doctorants et Etudiants du Muséum (BDEM) ; [email protected]
ACCOMPAGNEMENT SCIENTIFIQUE DU MUSÉUM
Organisateur : Eric GUILBERT ; [email protected]
COORDINATION
Madiha ABADA
Ecole doctorale 227 « Sciences de la nature et de l’Homme : évolution et écologie »
Direction de l’Enseignement, de la Pédagogie et des Formations, MNHN,
CP 27, 57 rue Cuvier 75231 Paris cedex 05 ;
courriel : [email protected] ; Tél. 01 40 79 54 07 ; fax : 01 40 79 54 22
79
Table des matières
Préambule ...............................................................................................................................2
VALORISATION, MÉTHODOLOGIE ET CONCEPTS.....................................................4
Atelier Anglais scientifique ....................................................................................................5
Valorisation des travaux de recherche et technologies du vivant.........................................6
Formalisation des connaissances en biodiversité taxique : Analyse à trois éléments .........8
Introduction à l'analyse des données et aux statistiques multivariées .................................9
Éléments d'épistémologie des sciences de la vie..................................................................11
Initiation à LaTeX Comment rédiger ses documents (sa thèse) en LaTeX........................12
L’Origine des Espèces ..........................................................................................................13
R : Initiation..........................................................................................................................15
Taxonomie intégrative et expertise taxonomique dans le contexte des projets code-barres
ADN.......................................................................................................................................16
La phylogénie : support à l'analyse de l'évolution ..............................................................19
Approches 3D pour recherche, conservation et muséographie ..........................................21
Mécanismes de l’Evolution ..................................................................................................23
Morphométrie et analyses des formes..................................................................................25
R : Approfondissements........................................................................................................28
Dynamique des populations et évolution des traits d’histoire de vie - applications de
modèles matriciels.................................................................................................................29
Génomes et transcriptomes : approches NGS .....................................................................31
Imagerie scientifique ............................................................................................................33
R : Applications ....................................................................................................................35
BIODIVERSITÉ ACTUELLE ET FOSSILE .....................................................................37
Préservation de la biodiversité .............................................................................................38
Microbiodiversité, entre Écosystèmes, Évolution et Société ...............................................40
HISTOIRE NATURELLE DES MÉCANISMES DU VIVANT ........................................41
Animaux venimeux et vénéneux Venimologie générale .....................................................42
Animaux venimeux et vénéneux Vertébrés terrestres .........................................................44
Animaux venimeux et vénéneux Arthropodes terrestres - parasites ..................................46
Animaux venimeux et vénéneux Faune marine..................................................................48
Interfaces microorganismes-minéraux dans l’histoire de la biogéosphère .......................50
Epigénétique et programmation cellulaire ..........................................................................52
HISTOIRE NATURELLE DE L’HOMME ........................................................................54
Rôle des galeries d’anatomie comparée et de paléontologie dans l’histoire des sciences et
des arts...................................................................................................................................55
Le Muséum national d’histoire naturelle, objet d’histoire Recherches, hommes,
institutions, patrimoine, enseignement ................................................................................57
Anthropologie de l’alimentation ..........................................................................................59
Histoire, vie et avenir des collections d’histoire naturelle ..................................................61
Pensées symboliques et actes créateurs chez les Hominidés...............................................63
GÉODIVERSITÉ ET CHIMIODIVERSITÉ......................................................................65
Géodiversité et patrimoine....................................................................................................66
Etre ou ne pas être primitif, les ambiguïtés de la matière extraterrestre............................68
AUTRES ACTIVITÉS VALIDABLES................................................................................70
Formation à l’insertion professionnelle ..............................................................................71
2nd Young Natural History scientists Meeting .....................................................................72
Accompagnement scientifique du Muséum.........................................................................73
INFORMATIONS UTILES .................................................................................................74
80
Quelques rappels...................................................................................................................75
Présentation de l’école doctorale .........................................................................................76
Affiche des modules de l’école doctorale.............................................................................77
Table des matières ................................................................................................................80
81

ÉVOLUTION ET ÉCOLOGIE Année 2014-2015

Transcription

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