evolutionary genomics genomique evolutive

EVOLUTIONARY GENOMICS
GENOMIQUE EVOLUTIVE
President : Michel VEUILLE
Muséum National d'Histoire Naturelle, Département Systématique et Evolution
Paris, France
Vice-President : Laurent EXCOFFIER
Institute of Zoology, Computational and Molecular Population Genetics Laboratory,
Bern, Switzerland
Roscoff (Brittany), France
2-6 mai 2007 - May 2-6, 2007
Wednesday, May 2nd
CNRS – Hotel Gulf Stream
15:30-20:00
Arrival and Registration
19:00-19:30
Welcome drinks
19:30-20:45
Dinner
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CNRS – Yves Delage Building
(15 mn walk from Hotel Gulf Stream)
Opening general session
21:00-21:15
Michel VEUILLE (Paris, France)
Welcome and opening
Accueil et ouverture
21:15-21:45
Patrick WINCKER (Evry, France)
Insights into chordate genome evolution from the genome sequence of the
tunicate Oikopleura dioica
Apports du séquençage du génome du tunicier Oikopleura dioica à la génomique
évolutive des cordés
21:45-22:15
Axel MEYER (Konstanz, Germany)
Evidence of selection in the evolution of color genes and reproductive isolation
in cichlid fish
Preuves de la sélection sur l'évolution des gènes de coloration et isolement reproductif
chez les cichlidés
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Thursday, May 3rd
Session I
Diversity resulting from mutation, recombination, and their interaction
Diversité résultant de la mutation, recombinaison et leurs interactions
Chair: Erick Denamur and Olivier Tenaillon
09:00-09:30
Gil McVEAN (Oxford, United Kingdom)
The evolution of recombination hotspots in humans
L'évolution des points-chauds de recombinaison chez l'humain
09:30-10:00
Vincent DAUBIN (Villeurbanne, France)
Thousands of gene trees to reconstruct the history of life
Des milliers d'arbres génétiques pour reconstruire l'histoire de la vie
10:00-10:30
Laurent DURET (Villeurbanne, France)
The evolutionary impact of whole-genome duplications: insights from
Paramecium tetraurelia
L'impact évolutif des duplications de l'ensemble du génome : l'apport de
Paramecium tetraurelia
10:30-10:45
Sébastien LECLERCQ (Montpellier, France)
Distributions of very short microsatellites are not consistent with a neutral model
of appearance by substitution
La distribution des microsatellites très courts n'est pas compatible avec un modèle neutre
d'apparition par substitution
10:45-11:15
Coffee break – Pause café
11:15-11:45
Montgomery SLATKIN (Berkeley, USA)
Concordance and discordance of gene trees of linked sites in closely related
Species
Concordance et discordance des arbres génétiques des sites liés dans les espèces
étroitement apparentées
11:45-12:15
Peter D. KEIGHTLEY (Edinburgh, United Kingdom)
Inferring rates and properties of new mutations in Drosophila
Inférence des propriétés et taux des nouvelles mutations chez Drosophila
12:15-12:30
Gabriel MARAIS (Villeurbanne, France)
Consequences of absences of recombination in Y genes from dioecious plants
Conséquences de l'absence de recombinaison des gènes de l'Y chez les plantes dioïques
13:00-14:30
Lunch - Déjeuner
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Session II
Constraints and adaptation of gene expression
Contraintes et adaptation au niveau de l'expression des gènes
Chair: Gabriel Marais
15:00-15:30
Erick DENAMUR (Paris, France)
Transcriptome polymorphism in the Escherichia coli/Shigella species
Polymorphisme du transcriptome dans l'espèce Escherichia/Shigella
15:30-16:00
Marc ROBINSON-RECHAVI (Lausanne, Switzerland)
Organising transcriptome data to study vertebrate evolution of development
Organisation des données du transcriptome pour l'étude de l'évolution du développement
des vertébrés
16:00-16:15
Lino OMETTO (Lausanne, Switzerland)
Evolution of gene expression across castes in fire ants
Evolution de l'expression des gènes entre les diffèrentes castes de fire ants
16:15-16:30
Hélène QUACH (Paris, France)
A microRNA view on the evolution of human gene regulation in nature
L'évolution de la régulation des gènes humains vue à travers les microARNs
16:30-17:00
Coffee break – Pause café
17:00-17:15
Deena SCHMIDT (Ithaca, USA)
Rapid turnover of transcription factor binding sites in organisms with large
effective population size
Turnover rapide des sites de fixation aux facteurs de transcription dans les organismes à
grande taille de population
17:15-17:30
Juliette de MEAUX (Köln, Germany)
Evolution of seed dormancy in Arabidopsis thaliana
Evolution de la dormance de la graine chez Arabidopsis thaliana
17:30-17:45
Darren OBBARD (Edinburgh, United Kingdom)
Arms-race selection on an antiviral gene : effects on genomic diversity
Sélection type "course à l'armement" sur un gène antiviral: effets sur la diversité
génomique
17:45-18:00
Jean-François GOUT (Villeurbanne, France)
Translational control of splicing in eukaryotes : Lessons from the Paramecium
genome
Contrôle traductionnel de l'épissage chez les eucaryotes: leçons issues du génome de la
paramécie
18:45-20:15
Dinner – Dîner
20:30-22:30
Poster session I
Session de communications affichées I
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Friday, May 4th
Session III
Inferring demography from DNA diversity
Inférences sur la démographie à partir de la diversité de l'ADN
Chair: Evelyne Heyer and Frédéric Austerlitz
08:30-09:00
Laurent EXCOFFIER (Berne, Switzerland)
Building better human demographic models to detect selection at the molecular level
Construire de meilleurs modèles démographiques humains pour détecter la sélection à
l'échelle moléculaire
09:00-09:30
Rasmus NIELSEN (Copenhagen, Denmark)
Demography and selection affecting human genomic variation
Démographie et sélection affectant la variation génomique humaine
09:30-10:00
Evelyne HEYER (Paris, France)
Social behaviour and genetic diversity in human populations
Comportement social et diversité génétique des populations humaines
10:00-10:15
Thierry WIRTH (Paris, France)
Out of Mesopotamia : origin and spread of the Mycobacterium tuberculosis complex
Out of Mesopotamia : origine et dispersion du complexe Mycobacterium tuberculosis
10:15-10:30
Myriam HEUERTZ (Brussels, Belgium)
Nucleotide diversity and demographic history of African lowland rain forest tree
species
Diversité nucléotidique et histoire démographique des arbres de la forêt pluviale africaine
10:30-11:00
Coffee break – Pause café
11:00-11:30
Noah A. ROSENBERG (Ann Arbor, USA)
A genome-wide analysis of population genetic variation in Latin America
Analyse de la variation génétique des populations d'Amérique latine à l'échelle du génome
entier
11:30-12:00
John WAKELEY (Cambridge, USA)
Inferences about the structure and history of populations
Inférences sur la structure et l'histoire des populations
12:00-12:30
Montserrat AGUADE (Barcelona, Spain)
Effects of selection, demography and recombination on nucleotide variation
Effets de la sélection, de la démographie et de la recombination sur la variation
nucléotidique
12:30-12:45
John E. POOL (Copenhagen, Denmark)
Population size changes reshape genomic patterns of diversity
Les changements de taille de population restructurent les profils de diversité
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13:00-14:15
Lunch - Déjeuner
Free afternoon : boat trip to Batz Island
Après-midi libre: voyage en bateau à l’île de Batz
Dinner in local restaurants
Dîner libre dans les restaurants locaux
21:00-22:30
Poster session II
Session de communications affichées II
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Saturday, May 5th
Session IV
Evidencing the consequences of gene interactions
Mise en évidence et conséquences des interactions géniques
Chair: Catherine Montchamp-Moreau
09:00-09:30
Andrew G. CLARK (Ithaca, USA)
Exploring the evolution of gene regulatory networks
Exploration de l'évolution des réseaux de régulation génétique
09:30-10:00
Csaba PÁL (Oxford, United Kingdom)
Evolution of metabolic networks
Evolution des réseaux métaboliques
10:00-10:30
Dominique SCHNEIDER (Grenoble, France)
Phenotyptic and genetic evolution during a long-term experiment with
Escherichia coli : involvement of different gene regulation levels
Evolution phénotypique et génétique au cours d'une expérience d'évolution à long terme
chez /Escherichia coli/: implication de différents niveaux de régulation génétique
10:30-10:45
Maria ANISIMOVA (London, United Kingdom)
Phylogenomic analysis of natural selection pressure in Streptococcus
Analyse phylogénomique de la pression de sélection naturelle chez Streptococcus
10:45-11:15
Coffee break – Pause café
11:15-11:45
Daniel M. WEINREICH (Providence, USA)
Intragenic epistasis and natural selection in theory and practice
Epistasie intragénique et sélection naturelle en théorie et en pratique
11:45-12:15
Thomas BATAILLON (Aarhus, Denmark)
Molecular evolution of plant genes involved in the recognition of symbiotic
bacterial and fungal partners
Evolution moléculaire des gènes de plantes impliqués dans la reconnaissance de leurs
partenaires symbiotiques, bactéries et champignons
12:15-12:30
Dominique DE VIENNE (Gif-sur-Yvette, France)
The role of selection in evolution of enzyme concentrations in metabolic systems
Rôle de la sélection dans l'évolution des concentrations d'enzymes dans les systèmes
métaboliques
13:00-14:30
Lunch - Déjeuner
-9-
Session V
Genomic signature of selection
Signatures génomiques de la sélection
Chair: Xavier Vekemans
15:00-15:30
Wolfgang STEPHAN (Planegg-Martinsried)
Population genetics of adaptation
Génétique des populations et adaptation
15:30-16:00
Catherine MONTCHAMP-MOREAU (Gif-sur-Yvette, France)
Dynamics of the sex-ratio trait in Drosophila simulans: a case of non adaptative
and two-locus selection
Dynamique du trait sex-ratio chez Drosophila simulans : exemple de sélection nonadaptative et de sélection à deux locus.
16:00-16:30
Michel VEUILLE (Paris, France)
Comparative population genomics of Drosophila sibling species
Génomique comparative des populations d'espèces sœurs de Drosophile
16:30-16:45
Jeffrey JENSEN (La Jolla, USA)
Identifying adaptively important loci in non-equilibrium populations
Identification de locus responsables de l'adaptation dans des population hors équilibre
16:45-17:00
Elodie GAZAVE (Barcelona, Spain)
Patterns and rates of intron divergence between humans and chimpanzees : the
hallmark of selection
Patrons et dynamique de divergence d'introns entre l'homme et le chimpanzée: signature
de la sélection
17:00-17:30
Coffee break – Pause café
17:30-18:00
Lluis QUINTANA-MURCI (Paris, France)
The impact of natural selection in human population differentiation
L'impact de la sélection naturelle sur la différenciation entre populations humaines
18:00-18:30
Maud TENAILLON (Gif-sur-Yvette, France)
Patterns of selection associated with maize domestication
Profils de sélection associés à la domestication du maïs
18:30-18:45
Meike THOMAS (Köln, Germany)
An estimate of the frequency of positive selection in natural populations of the
house mouse
Estimation de la fréquence de sélection positive en populations naturelles de souris
domestique
19:30
Drinks - Apéritif
20:00
Conference dinner – Dîner de clotûre
- 10 -
Sunday, May 6th
Session VI
Divergence between populations and speciation
Divergence des populations et spéciation
Chair: Maud Tenaillon
08:45-09:15
Jody HEY (Piscataway, USA)
Improving population genetic models of divergence
Amélioration des modèles de génétique des populations de divergence
09:15-09:45
Pierre BOURSOT (Montpellier, France)
Towards a genomic view of subspecies differentiation, reticulation and
hybridization in the house mouse
Vers une approche génomique de la différentiation entre sous-espèces,de la reticulation et
de l'hybridation chez la souris domestique
09:45-10:15
Xavier VEKEMANS (Villeneuve d’Ascq, France)
Population structure and interspecific differentiation in a genomic region subject
to strong balancing selection in the genus Arabidopsis
Structure de population et différenciation interspécifique dans une région génomique
soumise à une forte sélection balancée dans le genre Arabidopsis
10:15-10:30
Caroline SCOTTI-SAINTAGNE (Kourou, Guyane)
Effect of natural selection and chromosomal rearrangements in the maintenance of
closely related species
Effet de la sélection naturelle et de réarrangements chromosomiques dans le
maintien d'espèces soeurs
10:30-10:45
Nicolas BIERNE (Sète, France)
Genomic contrasts in hybrid zones
Contrastes génomiques dans les zones hybrides
10:45-11:00
Conclusions
11:00
Coffee break – Pause café
Bus to Morlaix railway station
11:10 Departure from CNRS-Hotel Gulf Stream
11:20 Departure from CNRS-Hotel de France
No stop at the other hotels
Bus to Brest airport
11:20 Departure from CNRS-Hotel Gulf Stream
11:30 Departure from CNRS-Hotel de France
No stop at the other hotels
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