Construction d`index de synthèse IBOVAL Synthèse des travaux
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Construction d`index de synthèse IBOVAL Synthèse des travaux
Août 2005 Compte rendu n°010579102 Département Génétique Service Sélection Thierry PABIOU Construction d’index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes Synthèse des travaux 1995-2005 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes Table des matières Introduction ........................................................................................................................... 3 1-Définitions et méthodes de détermination des objectifs de sélection .................................. 4 11- Une claire distinction entre « objectif » et « indice » de sélection ............................... 4 12- Deux types d’objectif de sélection................................................................................. 4 121- Objectifs techniques .................................................................................................. 4 122- Objectifs économiques ............................................................................................... 4 13- Bibliographie................................................................................................................. 5 2- Bilan actuel et objectifs de sélection appliqués en races bovines allaitantes...................... 6 21- Etudes bio-économiques réalisées de 1995 à 2001 ....................................................... 6 22- Les études économiques : Méthode............................................................................... 7 23- Actualisation des indices synthétiques de sélection : 2000-2005 .................................. 8 231 Historique.................................................................................................................. 8 232- Méthode d’optimisation des coefficients des indices synthétiques (IS) ............................... 8 232- Graphique récapitulatif de la démarche d’optimisation ...................................................11 233- Les races sans études économiques ............................................................................12 24- Bibliographie............................................................................................................... 13 3- Prise en compte des conditions de naissance ................................................................... 14 31- Déterminisme génétique ............................................................................................. 14 32- Les classes de conditions de naissance ....................................................................... 14 33- Estimations des paramètres génétiques...................................................................... 15 34- Bibliographie............................................................................................................... 16 4- Construction des index relatifs à la mise bas.................................................................... 17 41- Construction de la composante raciale de naissance................................................... 17 411- Méthode..................................................................................................................17 412- Application aux races allaitantes .................................................................................17 42- Construction de la composante raciale de vêlage ........................................................ 18 421- Méthode..................................................................................................................18 422- Application aux races allaitantes .................................................................................19 5- Inclusion des composantes de la mise bas dans les index au sevrage.............................. 20 51- IFNAIS et ISEVR ......................................................................................................... 20 52- CVEL et IVMAT ............................................................................................................ 20 53- Publication des index .................................................................................................. 21 6- Optimisation des pondérations ISEVR & IVMAT : Matériels .............................................. 22 6-1) Composition générale des 7 fichiers source............................................................... 22 6-2) Composition des fichiers de travail ............................................................................ 22 7-1) Race Charolaise ......................................................................................................... 23 7-11 Le fichier.................................................................................................................23 7-12 Optimisation des pondérations de ISEVR......................................................................23 7-13 Les réponses observées après sélection sur ISEVR ........................................................24 7-14 Optimisation des pondérations de IVMAT .....................................................................25 7-15 Les réponses observées après sélection sur IVMAT ........................................................26 7-2) Race Limousine.......................................................................................................... 27 7-21 Le fichier.................................................................................................................27 7-22 Optimisation des pondérations de ISEVR......................................................................27 7-23 Les réponses observées après sélection sur ISEVR ........................................................28 7-24 Optimisation des pondérations de IVMAT .....................................................................29 7-25 Les réponses observées après sélection sur IVMAT ........................................................30 7-3) Race Blonde d’Aquitaine ............................................................................................... 31 7-31 Le fichier.................................................................................................................31 7-32 Optimisation des pondérations de ISEVR......................................................................31 7-33 Les réponses observées après sélection sur ISEVR ........................................................32 7-34 Optimisation des pondérations de IVMAT .....................................................................33 7-35 Les réponses observées après sélection sur IVMAT ........................................................34 7-4) Race Salers ................................................................................................................ 35 7-41 Le fichier.................................................................................................................35 7-42 Optimisation des pondérations de ISEVR......................................................................35 7-43 Les réponses observées après sélection sur ISEVR ........................................................36 7-44 Optimisation des pondérations de IVMAT .....................................................................37 7-45 Les réponses observées après sélection sur IVMAT ........................................................38 Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 1 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-5) Race Aubrac............................................................................................................... 39 7-51 Le fichier.................................................................................................................39 7-52 Optimisation des pondérations de ISEVR......................................................................39 7-53 Les réponses observées après sélection sur ISEVR ........................................................40 7-54 Optimisation des pondérations de IVMAT .....................................................................41 7-55 Les réponses observées après sélection sur IVMAT ........................................................42 7-6) Race Gasconne .......................................................................................................... 43 7-61 Le fichier.................................................................................................................43 7-62 Optimisation des pondérations de ISEVR......................................................................43 7-63 Les réponses observées après sélection sur ISEVR ........................................................44 7-64 Optimisation des pondérations de IVMAT .....................................................................45 7-65 Les réponses observées après sélection sur IVMAT ........................................................46 7-7) Race Rouge des Prés ................................................................................................. 47 7-71 Le fichier.................................................................................................................47 7-72 Optimisation des pondérations de ISEVR......................................................................47 7-73 Les réponses observées après sélection sur ISEVR ........................................................48 7-74 Optimisation des pondérations de IVMAT .....................................................................49 7-75 Les réponses observées après sélection sur IVMAT ........................................................50 7-8) Race Parthenaise ....................................................................................................... 51 7-81 Le fichier.................................................................................................................51 7-82 Optimisation des pondérations de ISEVR......................................................................51 7-83 Les réponses observées après sélection sur ISEVR ........................................................52 7-84 Optimisation des pondérations de IVMAT .....................................................................53 7-85 Les réponses observées après sélection sur IVMAT ........................................................54 7-9) Race Bazadaise.......................................................................................................... 55 7-21 Le fichier.................................................................................................................55 7-22 Optimisation des pondérations de ISEVR......................................................................55 7-93 Les réponses observées après sélection sur ISEVR ........................................................56 7-94 Optimisation des pondérations de IVMAT .....................................................................57 7-95 Les réponses observées après sélection sur IVMAT ........................................................58 Bibliographies....................................................................................................................... 59 Annexe 1 : Des caractéristiques des systèmes de production … ........................................... 60 Annexe 2 : Race sans étude économique : Calcul des poids à partir d’une race proche........ 61 Annexe 3 : Programme itératif d’optimisation des pondérations des index de synthèse....... 62 Annexe 4 : Programme de calcul des réponses à la sélection sur un index de synthèse ....... 65 Annexe 5 : Récapitulatif sur la construction des index élémentaires et de synthèse ............ 67 En race Charolaise ...........................................................................................................67 En race Limousine............................................................................................................68 En race Blonde d’Aquitaine ................................................................................................69 En race Salers .................................................................................................................70 En race Aubrac ................................................................................................................71 En race Gasconne ............................................................................................................72 En race Rouge des Prés ....................................................................................................73 En race Parthenaise .........................................................................................................74 En race Bazadaise............................................................................................................75 Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 2 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes Introduction Le but de la sélection animale est d’améliorer les caractéristiques génétiques des populations sur un ensemble de caractères héritables, socialement ou économiquement intéressants pour les générations à venir. C’est cet ensemble de caractères ou aptitudes que les généticiens cherchent à résumer dans une fonction - dite « objectif de sélection » - qui vise à donner une valeur de synthèse des reproducteurs ou des races. L’intérêt de définir une telle fonction est de maximiser l’efficacité économique du programme de sélection. Chez les ruminants allaitants, la détermination d’un objectif de sélection nécessite d’intégrer la diversité des systèmes de production et des caractères d’intérêt économique, mais aussi des caractéristiques difficiles à quantifier d’un point de vue économique et biologique. Ceci est d’autant plus indispensable que leur contexte d’exploitation évolue considérablement (systèmes d’élevage plus extensifs, exigences de qualité du produit, respect du bienêtre animal et de l’environnement). L’objet de ce rapport est pour les bovins allaitants (1) de préciser la signification et les méthodes de détermination des objectifs de sélection, (2) d’établir un bilan actuel des objectifs de sélection appliqués et (3) d’envisager les perspectives d’évolution de ces objectifs. Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 3 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 1-Définitions et méthodes de détermination des objectifs de sélection 11- Une claire distinction entre « objectif » et « indice » de sélection L’objectif de sélection est une fonction des valeurs génétiques « vraies » (mais inconnues) des caractères à améliorer pour accroître le profit de l’éleveur, de la filière ou de tout autre niveau d’organisation. En théorie, la détermination de l’objectif de sélection doit précéder la mise en oeuvre de tout programme de sélection. L’indice de sélection est le critère sur lequel seront classés les candidats à la reproduction. L’établissement de l’indice de sélection correspond donc à la première étape du programme de sélection. L’indice de sélection (qualifié souvent de ‘‘synthétique’’ ou ‘‘global’’) est une fonction des valeurs génétiques « prédites » (« index élémentaires ») des caractères à sélectionner pour maximiser la réponse sur l’objectif de sélection, en intégrant éventuellement des contraintes liées au coût de réalisation ou à l’impossibilité de mesurer directement certains caractères à améliorer. Les caractères inclus dans l’indice de sélection ne sont donc pas nécessairement les mêmes que ceux constituant l’objectif de sélection, mais ils doivent au moins être génétiquement liés avec eux. 12- Deux types d’objectif de sélection Il faut distinguer deux catégories d’objectif de sélection, c’est-à-dire deux raisonnements fondamentalement différents pour déterminer une fonction des caractères importants à améliorer d’un point de vue économique (Phocas et al, 1997). 121- Objectifs techniques Les objectifs techniques consistent à fixer des niveaux de réponse souhaités sur les caractères. Un tel choix d’objectif reflète généralement une connaissance insuffisante du bénéfice économique espéré de la sélection, liée soit à la difficulté de chiffrer les coûts et recettes imputables à certains caractères (aptitudes fonctionnelles, comportement), soit à une grande diversité d’objectifs entre utilisateurs ou de systèmes de production. Le choix d’un objectif technique peut également traduire des phénomènes économiques non linéaires (existence d’un optimum économique déjà atteint ou d’un seuil de rejet de la part des utilisateurs de la population sélectionnée, par exemple). 122- Objectifs économiques Un tel objectif de sélection est élaboré à partir des recettes et coûts associés à l’amélioration génétique des caractères. Cette fonction peut être très complexe à établir, notamment s’il faut intégrer les intérêts des divers acteurs de la filière concernée ou appréhender l’évolution technico-économique future. Un raisonnement dynamique est pourtant nécessaire car l’impact de la sélection des reproducteurs s’opère au niveau de leur descendance, donc plusieurs années après. L’objectif de sélection est généralement décrit par une fonction linéaire des valeurs génétiques des caractères d’intérêt économique. Les coefficients de l’objectif sont appelés « pondérations économiques ». La pondération économique d’un caractère est définie comme le gain marginal réalisé par l’amélioration d’une unité physique du caractère. Ce gain se mesure généralement par la différence entre recettes et coûts, c’est-à-dire par le calcul d’une marge économique. La linéarité de la fonction est souhaitable car les méthodes et outils statistiques nécessaires à l’évaluation génétique des reproducteurs ont généralement été développés pour des modèles linéaires. Cependant, cette linéarité ne traduit pas forcément une réalité biologique ou économique. Des objectifs économiques non linéaires peuvent être envisagés, notamment pour des caractères (poids à la naissance par exemple) dont des répercussions biologiques et/ou économiques défavorables (augmentation des difficultés de naissance) ne s’expriment qu’au delà d’un certain seuil. Une « linéarisation » de l’objectif, en se plaçant au voisinage des performances moyennes de la population, est alors généralement efficace et donc souhaitable, à condition de réactualiser les coefficients de l’objectif pour prendre en compte l’évolution des performances moyennes de la population et du contexte technico-économique. Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 4 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes Les méthodes de calcul des pondérations économiques attribuées aux caractères composant l’objectif de sélection à partir d’une fonction de profit d’un élevage, sont très diverses (Elsen et al, 1986). Ces pondérations peuvent être établies à partir d’une modélisation bio-économique du profit ou encore par sondage et analyse statistique du profit. L’approche bio-économique, si la modélisation est pertinente, a l’avantage de permettre d’envisager des scénarios plausibles d’évolution du contexte technicoéconomique, point crucial dans la détermination d’un objectif de sélection. 13- Bibliographie Elsen JM, Bibé B, Landais E, Ricordeau G, (1986). 3nd World Congr. Genet. Appl. Livest. Prod., Lincoln USA, vol 12, 321-327. Phocas F, Hanocq E, Bouix J, Renand G, Poivey JP, Elsen JM, Bibé B, Ménissier F (1997). Détermination des objectifs de sélection chez les ruminants allaitants : situation actuelle et perspectives d’évolution. 4èmes Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, 4-5 décembre 1997, Paris, 171-178 Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 5 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 2- Bilan actuel et objectifs de sélection appliqués en races bovines allaitantes Dans la plupart des situations antérieures à 2000, les objectifs de sélection des races bovines allaitantes étaient définis sur un plan technique de manière à obtenir des niveaux de réponses génétiques souhaitées au niveau des organisations raciales et non pour obtenir une réponse économique maximale au niveau des élevages. Un important travail de réflexion et de modélisation a été réalisé de 1996 à 2000 par F. Phocas (INRA) en collaboration avec l’Institut de l’Elevage, afin de redéfinir les objectifs de sélection sur des bases économiques et les adapter au contexte actuel de l’élevage bovin allaitant. 21- Etudes bio-économiques réalisées de 1995 à 2001 Suite à une demande de l'UPRA «France Limousin Sélection » et au travail de thèse de F. Phocas qui montrait l’importance économique à accorder aux effets maternels dans l’amélioration de la croissance pré-sevrage des veaux limousins, F. Phocas a élaboré un premier modèle permettant de déterminer les pondérations économiques de la majeure partie des caractères d’intérêt économique (Phocas et al, 1998) dans les systèmes de production bovins allaitants. Une étude visant à déterminer par ce modèle l’objectif de sélection de la race Limousine fut menée de septembre 1995 à septembre 1996 en collaboration avec l’UPRA, l'Institut de l’Elevage et les ingénieurs des Chambres d'Agriculture qui assurent le suivi technico-économique d’un réseau d'élevages de la région Limousine. Cette étude intéressa l’ensemble des UPRA des races bovines allaitantes qui furent demandeur de tels calculs pour leur race respective. A partir du printemps 1997, des études ou projets d’étude ont été amorcées tour à tour en races rustiques Aubrac, Gasconne et Salers, en race Blonde d’Aquitaine, en race Charolaise et en race Maine-Anjou. A l’été 1998, des pondérations économiques ont été proposées aux UPRA des races rustiques pour les aider à définir leurs objectifs de sélection (Dodelin et al, 1998). Des premières études visant essentiellement à recueillir les données technico-économiques nécessaires au paramétrage du modèle ont été effectuées en 1997 et 1998 par des élèves ingénieurs (N. Ferré, 1999 et X. Berhault, 1998 respectivement encadrés par l’unité de sélection Midatest en race Blonde d’Aquitaine et par l’UPRA en race Rouge des Prés). V. Dodelin (Institut de l’Elevage) a finalisé l’étude par le calcul de pondérations économiques pour la race Blonde d’Aquitaine en 1999. Une telle étude a été engagée en 1999 pour la race Charolaise avec successivement le stage de fin d’étude d’O. Guillaume en 1999 et une étude de N. Ferré en 2001. D’après l’expertise de Jean Devun (Institut de l’Elevage) sur les systèmes de production de la race Charolaise, F. Phocas a développé en 2000 une nouvelle modélisation pour la gestion d’un élevage Charolais incluant des volants de sécurité de femelles pour assurer un nombre constant de vaches vêlées dans le troupeau. Ce modèle intégrant des contraintes supplémentaires en terme de gestion de la reproduction a montré la grande sensibilité des pondérations économiques des qualités d’élevage à des contraintes de reproduction et de coûts de production (travaux de V. Dodelin et F. Phocas). F. Phocas a alors conseillé de prendre aussi en compte dans la modélisation les contraintes de coûts de production. En effet, celles-ci contre-balançaient les effets liés aux contraintes mises sur la gestion de la reproduction et maintenaient une importance forte aux qualités d’élevage versus les caractères de production dans l’objectif de sélection charolais. Mais, l’explicitation de ces contraintes auprès des éleveurs semblaient trop complexes aux ingénieurs de l’Institut de l’Elevage. L’UPRA Charolaise a décidé d’adopter en 2001 les pondérations du modèle avec seulement les contraintes de reproduction. Le tableau 1 rassemble les études réalisées. Tableau 1 : les études économiques réalisées par race Race Année de réalisation Limousine 1996 Aubrac 1998 Gasconne 1998 Salers 1998 Rouge des Prés 1998 Blonde d’Aquitaine 1999 Charolaise 2001 Auteurs Phocas F. et Bloch C. Dodelin V. et Phocas F. Dodelin V. et Phocas F. Dodelin V. et Phocas F. Berhault X. Ferre N. et Dodelin V. Dodelin V. et Phocas F. Toutes les études économiques ont été validées par les UPRa concernées et ont servies, sauf en race Rouge des Prés, de base aux calculs des poids économiques des caractères. Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 6 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 22- Les études économiques : Méthode Les études économiques sont des travaux réalisés par l’INRA et l’Institut de l’Elevage à la demande des UPRa. Elles sont basées d’une part sur les cas-types décrits dans les réseaux d’élevages suivis par l’Institut de l’Elevage et les chambres d’Agriculture, d’autre part sur des équations mathématiques établies par l’INRA pour représenter toutes les grandes fonctions biologiques (expression des coûts alimentaires en fonction des besoins énergétiques des animaux variables selon le poids, le niveau de croissance et le statut physiologique des animaux…), zootechniques (modélisation de la politique de renouvellement et réforme de l’élevage…) et économiques (équation du prix du produit selon la quantité et la qualité du produit commercialisé…) sous-jacentes au profit réalisable dans un élevage. Le travail s’articule en quatre parties : i) la description des grands systèmes de production de la race Choix des systèmes de production et description des modes de conduite (renouvellement, reproduction, alimentation…) ii) la modélisation de la fonction « profit » de chaque système retenu Expression des fonctions « Recette » et « Coûts » (alimentation, santé, reproduction) puis expression de la fonction « Profit » établit comme la différence entre les « recettes » et les « Coûts » Choix de la valeur des paramètres du modèle (taux de renouvellement, de productivité…, répartition des contions de vêlage, fréquence des classement des animaux à la vente, interactions possibles poids x prix…, prix des aliments…) iii) la détermination de l’objectif de sélection racial : calcul des pondérations économiques des caractères. Linéarisation et dérivation de la fonction « Profit » par système de production Construction de l’objectif racial comme moyenne des objectifs déterminés par système de production pondérés par les proportions de vaches correspondantes. Le poids économique de chaque caractère est défini comme le gain marginal (c’est à dire la variation de marge brute) dû à la variation d’une unité physique de caractère (les autres caractères étant maintenus à leur valeur moyenne). Ainsi l’ensemble des systèmes décrits est caractérisé par un jeu de pondérations économiques donné pour les caractère étudiés. Pour autoriser les comparaisons entre importance relative des caractères et être en accord avec les règles d’expression des valeurs génétiques prédites, ces poids sont donnés pour un écart type génétique des caractères. iv) les tests de robustesse Comparaison des « Profits » à des données de terrain (Réseaux d’Elevage), Variation des pondérations calculées selon les valeurs des paramètres technico-économiques et influence des changements de contexte socio-économique. Ces travaux ont conduit à des évolutions majeures des pondérations relatives des différents caractères dans les indices de synthèse, notamment une forte diminution du poids relatif des caractères « de production » au profit des qualités d’élevage, dans les objectifs de sélection. L’intérêt et les conséquences d’une diversification des objectifs de sélection dans un contexte de diversification des conditions de production ont été étudiés (Phocas et al, 1998). Une trop grande diversification ne semble pas justifiée compte tenu de la grande robustesse des pondérations économiques relatifs des différents caractères aux variations, même importantes, de ces facteurs, et des effets potentiellement défavorables d’une trop grande dispersion des plans de sélection. Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 7 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 23- Actualisation des indices synthétiques de sélection : 2000-2005 231 Historique Une fois les objectifs de sélection actualisés, une phase de redéfinition de l’ensemble des indices synthétiques associés à toutes les étapes de sélection d’une race est nécessaire pour assurer l’adéquation de la sélection aux orientations définies. La redéfinition des indices de sélection doit bien sûr s’effectuer pour toutes les races au fur et à mesure de l’obtention des pondérations économiques et de leur validation par les UPRA ou de l’émergence d’évaluation de nouveaux caractères. Ainsi après un premier round effectué entre 1998 et 2000 par Valérie Dodelin (Institut de l’Elevage) pour l’établissement des indices ISEVR et IVMAT de l’évaluation en ferme, il fut nécessaire en 2003-2004 de remettre à jour les pondérations des indices de synthèse pour l’ensemble des races suite à la nouvelle évaluation IBOVAL sur les conditions de naissance des veaux et de vêlage des vaches (Phocas et al, 2003). Ce travail fut effectué par Thierry Pabiou (Institut de l’Elevage) avec l’appui méthodologique de F. Phocas. Cet aspect sera développé en partie 3. Cette phase implique un travail commun à l’INRA et l’Institut de l’Elevage en concertation avec les UPRA. Elle passe par l’étude des réponses observées à la sélection afin de faire valider par les UPRA les évolutions génétiques attendues de la sélection sur les indices synthétiques proposés. Ainsi, après une première phase de calcul des coefficients d’indice pour optimiser la réponse attendue sur l’objectif économique de sélection, il s’agit d’adapter, sans trop perdre sur le plan économique, les coefficients d’indices proposés pour obtenir les réponses spécifiques souhaitées au niveau racial sur certains caractères. 232- Méthode d’optimisation des coefficients des indices synthétiques (IS) Un programme SAS-IML écrit par F. Phocas (INRA SGQA) en 1998 (Annexe 3 et 4) permet de déterminer par optimisation stochastique les coefficients de l’indice synthétique de sélection maximisant la réponse observée sur l’objectif de sélection et d’étudier les réponses élémentaires sur chacune des composantes de l’objectif ou sur des caractères corrélés suite à une sélection par seuil sur tout indice synthétique de sélection. a) Des pondérations de l’objectif à celles de l’indice synthétique L’objectif racial est construit avec les pondérations économiques calculées. Il se présente sous la forme : H = a 1 A 1 + a 2 A 2 + a 3 A 3 + … a nA n Où H représente l’objectif de sélection, A1→n représente la valeur génétique vraie (donc inconnue) du caractère élémentaire a1→n représente la pondération économique du caractère élémentaire Si tous les caractères qui composent l’index de synthèse sont considérés simultanément par une évaluation multi-caractères, les coefficients de l’index de synthèse optimaux (en terme de réponse sur l’objectif) sont directement les pondérations économiques attribuées aux caractères dans l’objectif de sélection. En effet, les corrélations génétiques et les précisions relatives des index élémentaires sont alors directement prises en compte dans l’évaluation de chaque caractère. L’IS optimal est alors : ISe = a1Â1 + a2Â2 + a3Â3 + … anÂn Où ISe est appelé l’Indice de Synthèse économique, Â1→n représente la valeur génétique prédite (ou index élémentaire) du caractère élémentaire, a1→n représente la pondération économique du caractère élémentaire Dans l’évaluation IBOVAL, les caractères évalués sont le poids à la naissance, les conditions de naissance, la croissance au sevrage, le développement musculaire et squelettique au sevrage. Chaque caractère est évalué séparément, c’est-à-dire par un modèle uni-caractère, sauf le poids naissance et les conditions de naissance ainsi que le développement musculaire et le développement squelettique qui sont évalués avec des modèles bi-caractères. Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 8 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes L’index ISe n’est alors plus a priori l’index de synthèse optimal sur le plan de la réponse sur H. Afin de considérer les précisions et corrélations entre index élémentaires, il faut alors passer par une phase d’optimisation des coefficients de l’index de synthèse (programme SAS-IML de F. Phocas). b) IBOVAL : La phase d’optimisation des coefficients Pour ce travail d’optimisation, il est nécessaire de travailler sur une population représentative de la race considérée (voir « Optimisation des pondérations ISEVR & IVMAT : Matériels »). En général, la population étudiée est séparée en sous-groupes (taureaux, génisses, primipares, vaches en 2ème vêlage, vaches en vêlage 3 et plus), définis par des quantités d’informations variables d’une catégorie à l’autre. Les données nécessaires à ce travail sont donc les index élémentaires pour tout animal, ainsi que les éléments (sexe, âge, parité) permettant de constituer des sous-populations relativement homogènes en terme de quantité d’information prise en compte dans les index. Ce travail se déroule en 2 phases : • Une phase de calcul des coefficients à utiliser dans l’index de synthèse pour maximiser la réponse économique observée • Une phase de calcul des réponses à la sélection sur les composantes de l’objectif et de l’index de synthèse Dans un 1er temps, après sélection des x% supérieurs sur un indice IS initial (par exemple ISe), on calcule la réponse attendue sur H (REPH) de cette sélection : la réponse à la sélection prédite sur H correspond à l’écart entre la moyenne des animaux retenus sur la combinaison (a1Â1 + a2Â2 + a3Â3 + … anÂn) et la moyenne de cette même combinaison pour la population sur laquelle on a opéré la sélection sur IS. On note en particulier REPIA la réponse sur H attendue d’une sélection sur ISe. En effet, REPIA correspond à la réponse maximale sur H en cas d’évaluation multi-caractère de tous les index. En situation d’évaluations uni-caractères, ISe n’est pas forcément l’index de synthèse optimal et donc REPIA n’est pas la réponse maximale, mais reste souvent proche du maximum possible. Dans un 2ème temps, on cherche les coefficients de l’index de synthèse IS qui permettent d’obtenir la réponse maximale sur H. IS = b1Â1 + b2Â2 + b3Â3 + … bnÂn Où IS est l’Index de Synthèse, Â1→n représente la valeur génétique prédite (ou index élémentaire) du caractère élémentaire, b1→n représente la pondération économique du caractère élémentaire Cette optimisation se fait de manière itérative et aléatoire ; le nombre d’itérations étant défini par l’utilisateur. On tire à chaque itération n valeurs de coefficients « bi » des caractères qui composent IS au hasard dans une loi Normale. On calcule ensuite, la réponse REPH engendrée par cette sélection sur IS. A chaque itération, cette réponse est comparée à la réponse observée à l’itération précédente. A chaque itération, est retenu pour l’itération suivante le jeu de coefficients bi qui donne la plus grande réponse REPH. Au bout de N itérations (N suffisamment grand pour être sur d’avoir exploré l’espace des combinaisons possibles pour les coefficients b), on conserve le jeu de pondérations b qui a donné, après sélection, la meilleure réponse sur H. Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 9 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes Illustration du principe suivi : Exemple du calcul d’une réponse après sélection sur un indice IS Sélection des animaux sur IS (50%) Répartition sur H de la population totale IS H dans population totale Répartition sur H des sélectionnées sur IS H dans population des sélectionnés sur IS REPH Ecart sur H entre les moyennes des populations candidates et sélectionnées sur IS Après les N itérations, on compare la réponse attendue sur H des sélectionnés sur IS (REPH) à la réponse sur H due à une sélection sur l’index économique ISe (REPIA). Si REPH < REPIA, cela signifie que l’optimum n’a pas été trouvé en N itérations puisque la réponse sur H maximale (REPHmax) ne peut être inférieure à REPIA. Il faut alors relancer le calcul avec un nombre d’itérations plus grand. En outre, deux calculs à même nombre N d’itérations permettent de s’assurer de la stabilité des coefficients de l’IS déterminé comme optimal. c) La phase de modifications des coefficients par rapport à l’IS optimal A partir des pondérations des IS établis par sous-populations, on recherche (1) par souci de simplification des procédures de publication, diffusion et valorisation des index de synthèse, si un jeu de coefficients unique pour toutes les catégories d’animaux ne permettrait pas de rester à une réponse sur H très proche de l’optimum obtenu à l’étape b) pour chaque catégorie. (2) pour respecter les souhaits de la race, à donner plus ou moins d’importance, après étude des réponses observées à la sélection, à une composante particulière de l’index. Le nouvel index proposé est alors noté : IS = c1Â1 + c2Â2 + c3Â3 + … cnÂn Où IS est l’Index de Synthèse, Â1→n représente la valeur génétique prédite (ou index élémentaire) du caractère élémentaire, c1→n représente la pondération économique du caractère élémentaire Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 10 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes Suite à une sélection des x% supérieurs sur ce nouvel IS, on calcule les réponses à la sélection observées sur l’ensemble des caractères ainsi que la réponse sur H des sélectionnés sur IS (REPHc) à la réponse optimale sur H (REPHmax) obtenue dans la phase b pour une sélection des x% sur l’IS avec le jeu de coefficients b optimaux. En pratique, les pondérations de l’index de synthèse IS sont dites optimisées si REPHc ≥ 90% REPHmax. 232- Graphique récapitulatif de la démarche d’optimisation Choix du nombre T d’itérations à effectuer. Calcul de la réponse attendue sur H REPHt après sélection sur IS à chaque itération. Le jeu de pondérations retenu de IS : meilleure réponse REPHmax sur H t1 t t-1 ISt | REPHt IS1 | REPH1 t2 IS2 | REPH2 ISt-1 | REPHt-1 t3 IS3 | REPH3 Calcul de la réponse économique H | REPIA ti REPHmax | ISmax REPH(max) ≥ REPIA ISmax Pondération de l’index ISr optimisées sur des bases économiques ISretenu REPHr ≥ 90% REPH(max) Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 A partir de ISmax , ajustements des pondérations : création de ISretenu en tenant compte des souhaits raciaux ISr | REPHr page 11 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 233- Les races sans études économiques En 2003, il co-existait encore deux types de raisonnement en matière d’objectif et indice synthétique de sélection selon les étapes des programmes de sélection : soit l’objectif racial est raisonné sur des bases seulement techniques, soit il est raisonné simultanément sur des bases techniques et économiques. Pour des questions soit de taille de population, de manque de références… les races Rouge des Prés, Parthenaise et Bazadaise ne disposent pas d’étude économique spécifique pouvant donner lieu aux calculs des pondérations économiques. En race Rouge des Prés, l’étude de X. Berhault présentait des imprécisions en regard de ces calculs ; cette étude a servie de validation à l’étude support principale présentée ci-après. T. Pabiou s’est donc attaché à harmoniser entre races l’approche objectif de sélection en proposant aux races qui n’en disposaient pas un objectif de sélection basé sur une approche économique. Dans ce cas, l’objectif économique de la race est assimilé à celui d’une race proche d’un point de vue aptitudes biologiques, conduites et systèmes de production. Ainsi les pondérations économiques des races Parthenaise et Bazadaise peuvent être assimilés à celles de la race Limousine ; et celles de la race Rouge des Prés à celles de la race Charolaise. Une transformation mathématique est cependant à effectuer pour chacune des races : il faut exprimer les pondérations en écart type génétique de la race concernée ; pour cela il convient de ramener les pondération calculées pour un écart type génétique des races Limousine et Charolaise en pondérations calculées pour un écart type génétique des races Parthenaise, Rouge des Prés et Bazadaise (Voir Annexe 2 : Calcul des pondération de l’objectif économique en race Rouge des Prés). Le tableau 2 rassemble la représentativité des systèmes retenus pour le calcul des poids relatifs dans l’objectif de sélection H Tableau 2 : Les systèmes retenus pour le calcul des poids relatifs dans H Naisseur Naisseur Naisseur Naisseur Vente de Engraisseur Engraisseur strict reproducteurs « classique » « lourd » Limousine 45% 35% Aubrac 47% 15% 38% Salers 70% 20% 10% Gasconne 95% 5% Blonde d’Aquitaine 80% 15% Charolaise 100% Bazadaise Rouge des Prés 100% (Ch) Parthenaise 5% (Li) 95% (Li) Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 Veau sous la mère 20% 5% 100% (Li) page 12 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 24- Bibliographie Phocas F (1995). Modélisation et optimisation de programmes de sélection sur la croissance en races bovines allaitantes. Thèse de doctorat, INA PG. 188 p. Phocas F, Bloch C, Chapelle P, Bécherel F, Renand G, Ménissier F (1998). Developing a breeding objective for a French purebred beef cattle selection programme. Livestock Production Science 57, pages 49-65. Dodelin V, Phocas F, Havy A, Renand G (1998). Importance économique des qualités d’élevage dans les objectifs de sélection des races rustiques Aubrac, Gasconne et Salers. 5èmes Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, 2-3 décembre 1998,Paris, pages 145-148. Boulesteix P, Journaux L, Phocas F, Chapelle H, Ménissier F, Longy G, Bonnet JN (1998). Prise en compte des besoins des filières viande dans l’orientation de la race bovine Limousine. 5èmes Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, 2-3 décembre 1998, Paris, pages 149-152. Devun J., Ferre N., Chopard L., Holleville P., Phocas F., 2000. Influence du poids de carcasse et de la conformation dans l’élaboration du prix du kg de carcasse des bovins Charolais. 7èmes Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, 6-7 décembre 2000, Paris, pages 43-46. Berhault X. (1998), Proposition d’objectifs économiques de sélection pour la race bovine Maine Anjou, Mémoire de fin d’étude, 133 pages. Dodelin V.(1998), Caractérisation des systèmes d’élevage es races rustiques Aubrac, Gasconne et Salers, et détermination d’un objectif de sélection racial, Mémoire de fin d’étude, 43 pages. Ferre (1) N. (1999), Détermination de l’objectif de sélection en race Blonde d’Aquitaine, Mémoire de fin d’étude, 57 pages. Ferre (2) N.(2001), Devun J., Chopard L ., Phocas F., Holleville P., Etablissement d’un index de sélection reposant sur des bases économiques en race Charolaise, non paginé. Guillaume O.(1999), Un indice de sélection à base économique en race Charolaise : éléments de réflexion et premiers résultats, Mémoire de fin d’étude, 29 pages. Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 13 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 3- Prise en compte des conditions de naissance 31- Déterminisme génétique Phénotypiquement, la condition dans laquelle se déroule le vêlage est une résultante à la fois de la taille du veau et de la capacité qu’a sa mère à vêler. Génétiquement, on retrouve bien sûr un effet « père » et un effet « mère » : Principales causes de dystocies (Ménissier, 1975 in Philipsson et al, 1978) Gènes de la mère Gènes du père Taille et musculature Gènes du veau Préparation de la mère à la mise bas Ouverture pelvienne Taille du veau (poids et morphologie à la naissance) Difficultés de mise bas Composante maternelle ou effets liés à la mère Mortinatalité Mortalité des mères Coûts d’intervention Troubles de fertilité … Composante paternelle ou effets liés au père 32- Les classes de conditions de naissance La description des conditions de naissance se fait par l’attribution d’une note de difficulté de naissance. Cette note peut être ventilée selon 5 notes répondant aux définitions suivantes (Philipsson et al, 1978). Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 14 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes • Note 1 ‘Sans aide’ : • Note 2 ‘Avec aide facile’ : • Note 3 ‘Avec aide difficile’ : Sans assistance Assistance d’une seule personne, sans aide mécanique Assistance de plus d’une personne ou recours à des moyens mécaniques • Note 4 : Césarienne • Note 5 : Embryotomie • Tout vêlage assisté par un vétérinaire doit être codifié dans les classes 3 à 5. • Un veau mal présenté, remis en place par une personne sans qualification particulière (agent non vétérinaire) donne lieu à une classification en 2 à moins que la mise bas ne nécessite l’assistance de plusieurs personnes (ou l’usage de moyens mécaniques). 33- Estimations des paramètres génétiques Les paramètres génétiques poids à la naissance (PN) et note de conditions de naissance (CN) ont été évalués dans les races allaitantes Aubrac, Bazadaise, Blonde d’Aquitaine, Charolaise, Gasconne, Limousine, Rouge des Prés, Parthenaise et Salers par F.Phocas. Ces paramètres (héritabilités et corrélations génétiques) ont été évalués par un modèle linéaire en considérant le poids et les conditions de naissance comme des variables continues (voir Tableau 3). Corrélations génétiques CN Parthenaise Rouge des Prés Limousine Blonde d’Aquitaine Bazadaise Charolaise Gasconne Salers Paramètres PN Aubrac Tableau 3 : Les paramètres génétiques estimés (Phocas et al, 2003) hd2 0,39 0,47 0,24 0,35 0,19 0,39 0,39 0,29 0,34 hm2 0,08 0,24 0,05 0,11 0,04 0,11 0,11 0,08 0,07 σ dm -0,47 -0,54 -0,45 -0,43 0,09 -0,49 -0,59 -0,37 -0,49 hd2 0,11 0,21 0,12 0,15 0,08 0,09 0,11 0,11 0,16 hm2 0,05 0,08 0,06 0,14 0,09 0,08 0,08 0,11 0,10 σ dm -0,81 -0,86 -0,88 -0,35 -0,72 -0,46 -0,69 -0,40 -0,39 0,30 0,04 0,14 0,66 0,48 0,72 0,40 0,78 0,74 0,04 0,03 -0,29 0,44 -0,10 0,52 0,35 0,52 0,35 -0,14 -0,00 -0,05 -0,29 -0,22 -0,33 -0,22 -0,36 -0,44 -0,28 -0,03 -0,06 -0,50 -0,37 -0,61 -0,34 -0,60 -0,69 σ (Pnd , Cn d ) σ (Pnm , Cn m ) σ (Pnd , Cn m ) σ (Pnm , Cn d ) Une corrélation génétique de 0,98 a été estimée entre l’effet direct poids de naissance (utilisé pour produire l’index FNais) évalué par un modèle mono-caractère et l’effet génétique direct du PN estimé dans le cadre d’un modèle bi caractère PN et CN. Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 15 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes A noter que les corrélations entre effets génétiques directs du PN et de CN sont très variables suivant les races : elles sont très faibles en races rustiques et en particulier en Salers (~0,00) et elles se situent entre 0,65 et 0,75 en races Charolaise, Blonde, Parthenaise et Rouge des Prés. Ces corrélations sont plus faibles que celles que l’on a trouvé dans le cadre des programmes agréés pour le calcul des index FNtest. F Phocas précise que cette différence est certainement liée à la prise en compte notamment des effets maternels. Il faut ajouter qu’une autre différence fondamentale entre les 2 systèmes d’évaluation est la prise en compte (IBOVAL) ou pas (Testage) des effets de l’élevage d’origine. Il faut enfin préciser que les estimées en ferme sont cohérentes avec celles réalisées sur les filles et petits produits des stations qualités maternelles (Phocas et Sapa, 2004). 34- Bibliographie Phocas F, Sapa J (2004). Genetic parameters for growth, reproductive performance, calving ease and suckling performance in beef cattle heifers. Animal Science 79, pages 41-48. Phocas F, Laloë D (2004). Genetic parameters for birth and weaning traits in French specialized beef cattle breeds. Livestock Production Science 89, pages 121-128 Phocas F, Laloë D (2003). Model of evaluation and genetic parameters for calving difficulty in beef cattle. Journal of Animal Science 81, pages 933-938 Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 16 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 4- Construction des index relatifs à la mise bas Quatre composantes peuvent être utilisées pour décrire la mise bas : Ad(Cn) Am(Cn) Ad(Pn) Am(Pn) Effets Effets Effets Effets directs sur les notes de conditions de naissance maternels sur les notes de conditions de naissance directs sur le poids de naissance maternels sur le poids de naissance 41- Construction de la composante raciale de naissance 411- Méthode L’objectif dans la construction de l’indice synthétique est d’améliorer les facilités de naissance en effets directs au niveau racial. L’objectif racial est H= -1*Ad(Cn) • L’indice synthétique économiquement optimal IFNAIS(H) : IFNAIS(H)= - Âd(Cn) • L’indice synthétique sub-optimal sur le plan économique à court terme IFNAIS qui inclut l’index Âd(Pn) de façon à éviter un reclassement trop drastique des reproducteurs entre l’ancien indice FNais et le nouvel indice IFNAIS et surtout conserver une contrainte sur l’évolution des PN afin d’éviter à long-terme une augmentation des difficultés de naissance (prise en compte de l’effet seuil). IFNAIS = -x* Âd(Pn) + (1-x)*[- Âd(Cn)] La recherche de la contrainte sur le poids à la naissance n’a pas été réalisée en terme de réponse à la sélection mais en terme de corrélation à l’ancien index FNais: la valeur de x étant choisie de façon à avoir une corrélation d’au moins 0,80 (seuil pouvant être débattu par race) entre FNais et IFNAIS, 412- Application aux races allaitantes Au cours de l’année 2003, chacune des races allaitantes a étudié la construction de cette composante de naissance. Le tableau 4 rassemble les différents choix : Tableau 4 : Construction de IFNAIS suivant les races Race Aubrac Bazadaise Blonde d’Aquitaine Charolaise Gasconne Limousine Parthenaise Rouge des Prés Salers IFNAIS % Âd(Cn) % =(1-x) 30 25 60 20 30 10 20 30 20 Âd(Pn) =x 70 75 40 80 70 90 80 70 80 Où Âd(Pn) et Âd(Cn) sont standardisés par écart type génétique. Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 17 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 42- Construction de la composante raciale de vêlage 421- Méthode L’objectif dans la construction de l’indice synthétique est d’améliorer les facilités de mise bas en effets directs (aptitude à la naissance) et en effets maternels (aptitude à vêler) au niveau racial. L’objectif racial est H =-1*[ a1*Ad(Cn) + a2*Am(Cn) ] Il n’y a pas de raison économique objective pour que les pondérations a1 et a2 de l’objectif racial soient différentes (il n’est pas plus intéressant économiquement d’améliorer les aptitudes de naissance/vêlage par la voie directe ou maternelle). On a donc : H= a1*Ad(Cn) + a2*Am(Cn) Où a1 = -0,50* a2 = -0,50* (h (h 2 Cnd 2 Cnm ) *σ ) *σ P P est la pondération de Ad(Cn) standardisé en écart type génétique est la pondération de Am(Cn) standardisé en écart type génétique L’indice synthétique économiquement optimal CVEL(H) est donc : CVEL(H)= b1*Âd(Cn) + b2*Âm(Cn) Où b1 = -0,50* b2 = -0,50* (h (h 2 Cnd 2 Cnm ) *σ ) *σ P P est la pondération de Âd(Cn) standardisé en écart type génétique est la pondération de Âm(Cn) standardisé en écart type génétique Il faut noter que l’information Pn est utilisée dans la prédiction de Âd(Cn) et Âm(Cn) puisque les deux caractères sont évalués conjointement en utilisant les corrélations génétiques et environnementales estimées par F. Phocas. La relation entre poids à la naissance et note de conditions de naissance est une relation évoluant par seuils. S’il n’y a aucune prise en compte des effets du poids à la naissance, la population risque de dériver, lors d’une sélection sur le potentiel de croissance post natal, vers des veaux de plus en plus lourds à la naissance entraînant subitement des difficultés de naissance. C’est pourquoi il est proposé de conseiller l’emploi d’un indice synthétique sub-optimal sur le plan économique à court terme (CVEL) qui inclut l’index Âd(Pn) à deux fins : i. éviter un reclassement trop drastique des reproducteurs entre l’ancien indice FNais et le nouvel indice CVEL. ii. conserver une contrainte sur l’évolution des PN afin d’éviter au long-terme une augmentation des difficultés de naissance (prise en compte de l’effet seuil). CVEL = -x*[Âd(Pn)] + (1-x)*[b1* Âd(Cn) + b2* Âm(Cn)] Où b1 = -0,50* b2 = -0,50* (h (h 2 Cnd 2 Cnm ) *σ ) *σ P P est la pondération de Âd(Cn) standardisé en écart type génétique est la pondération de Âm(Cn) standardisé en écart type génétique La recherche de la contrainte sur le poids à la naissance a été réalisée en terme de réponse à la sélection sur les composantes de CVEL après une sélection sur IVMAT (voir plus loin). Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 18 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 422- Application aux races allaitantes Au cours de l’année 2003, chacune des races allaitantes a étudié la construction de cette composante de vêlage. Le tableau 5 rassemble les différents choix : Tableau 5 : Construction de CVEL suivant les races Race Aubrac Bazadaise Blonde d’Aquitaine Charolaise Gasconne Limousine Parthenaise Rouge des Prés Salers CVEL % [b1* Âd(Cn) + b2* Âm(Cn)] =(1-x) 60 50 80 50 60 50 90 70 40 % Âd(Pn) =x 40 50 20 50 40 50 10 30 60 Où Âd(Pn), Âd(Cn) et Âm(Cn) sont standardisés par écart type génétique. Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 19 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 5- Inclusion des composantes de la mise bas dans les index au sevrage 51- IFNAIS et ISEVR L’objectif dans la construction de l’index synthétique est d’améliorer la croissance au sevrage en effets directs au niveau racial. L’objectif racial est donc H = c1* IFNAIS(H) + c2*CRsev + c4*DMsev + c5*DSsev Avec IFNAIS(H)= -Âd(Cn) L’index synthétique de croissance au sevrage optimal sur le plan économique ISEVR(H) = c1* IFNAIS(H) + c2*CRsev + c4*DMsev + c5*DSsev Avec IFNAIS(H)= -Âd(Cn) L’index synthétique de croissance au sevrage sub-optimal sur le plan économique à court terme inclut la contrainte retenue sur le poids à la naissance dans IFNAIS ISEVR = d1*IFNAIS+ d2*CRsev +d4*DMsev+ d5*DSsev Avec IFNAIS= -x*[Âd(Pn)] + (1-x)*[-Âd(Cn)] 52- CVEL et IVMAT L’objectif dans la construction de l’index synthétique est d’améliorer les valeurs maternelles (allaitement et vêlage) au sevrage en effets directs et maternelles au niveau racial. L’objectif racial est donc H = e1*CVEL(H) + e2*CRsev + e3*ALait + e4*DMsev + e5*DSsev Avec CVEL(H)= b1*Âd(Cn) + b2*Âm(Cn) L’index synthétique de valeur maternelle au sevrage optimal sur le plan économique IVMAT(H) = e1*CVEL(H) + e2*CRsev + e3*ALait + e4*DMsev + e5*DSsev Avec CVEL(H)= b1*Âd(Cn) + b2*Âm(Cn) L’index synthétique de valeur maternelle au sevrage sub-optimal sur le plan économique à court terme inclut la contrainte retenue sur le poids à la naissance dans IFNAIS IVMAT = f1*CVEL + f2*CRsev + f3*ALait + f4*DMsev + f5*DSsev Avec CVEL = -x*[Âd(Pn)] + (1-x)*[b1* Âd(Cn) + b2* Âm(Cn)] Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 20 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 53- Publication des index les valeurs génétiques élémentaires estimées sont : • IFNAIS facilités de naissance (synthèse d’une aptitude) • CRsev • DMsev développement musculaire au sevrage (effets directs du DMUS) • DSsev développement squelettique au sevrage (effets directs du DSQU) • AVel aptitude au vêlage (effets maternels sur les conditions de naissance) • ALait aptitude maternelle à l’allaitement (effets maternels sur le P210) potentiel de croissance au sevrage (effets directs sur le P210) les index synthétiques sont : • ISEVR • IVMAT Depuis 2004, l’index IFNAIS est publié en complément de CRsev, DMsev, DSsev, ALait, ISEVR et IVMAT. Après analyse par les différentes familles professionnelles avec l’appui de l’INRA et de l’Institut de l’Elevage, l’index le plus pertinent pour décrire l’aptitude au vêlage est l’opposé de l’effet maternel sur les conditions de mise bas. Ce nouvel index appel « Aptitude au Vêlage » a pour abréviation AVel. AVel se compose exclusivement de l’effet maternel des conditions de vêlage et traduit bien l’aptitude des femelles à vêler (surface d’ouverture pelvienne, préparation à la mise bas, capacité de la mère à nourrir son veau intra-utéro). De plus, son utilisation en complément de IFNAIS, dans des plans d’accouplement, est facile. En effet, ces deux index (IFNAIS et AVel) décrivent bien des aptitudes complémentaires distinctes. En effet, si les index de synthèse doivent servir au choix du renouvellement et de la réforme, pour planifier un accouplement, il est indispensable de se référer aux index élémentaires. Dans ces conditions, et compte tenu de la publication d’un IFNAIS combinant des effets directs sur le poids et les conditions de naissance, l’index Avel composé uniquement de conditions de naissance maternelles est plus approprié qu’un deuxième index d’aptitude combinant, sans que l’on connaisse les composantes, des conditions de naissance directes (déjà présentes dans IFNAIS) et des conditions de naissance maternelles. Enfin, la simplicité d’interprétation d’un index se rapportant à une seule aptitude est une demande des partenaires. Après consultation de l’ensemble des races allaitantes (réunion GEMIBA le 30/09/2004, réunions intra races par la suite), la décision de publier AVel a été retenue dans toutes les races allaitantes à l’exception de la race Limousine. En effet, cette dernière race ne souhaite pas diffuser l’index élémentaire AVel tant qu’une sensibilisation raciale n’a pas été menée pour s’assurer de la bonne qualité de l’enregistrement des conditions de naissance. Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 21 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 6- Optimisation des pondérations ISEVR & IVMAT : Matériels Un fichier de travail est créé à partir de 7 fichiers de performances brutes fournis par D. Laloë (INRA SGQA). Il rassemble pour une race donnée la liste des animaux et leurs performances prises en compte dans la dernière évaluation IBOVAL. 6-1) Composition générale des 7 fichiers source • Les facilités de naissance ANIM (numero d’animal) -p0d (FNais effet direct) -p0m () • Les poids de naissance ANIM (numero d’animal) pnd (poids de naissance effet direct) pnm (poids de naissance effet maternel) • Les conditions de naissance ANIM (numero d’animal) cnd (conditions naissance effet direct) cnm (conditions naissance effet maternel) • Les poids au sevrage ANIM (numero d’animal) psd (poids au sevrage effet direct) psm (poids au sevrage effet maternel) • Les notes de pointage ANIM (numero d’animal) dmd (note de DM effet direct) dsd (note de DS effet maternel) • L’identification du veau ANIM (numero d’animal) pere (numero du père) mere (numero de la mère) datn (date de naissance ou à défaut année de naissance) cheptel (numero de cheptel) sexe rvelm (rang de vêlage de la mère) • Les cheptels connectés cheptel (numero de cheptel) Ces 7 fichiers sont rassemblés en un seul qui comprend pour chaque race étudiée : ANIM (numero d’animal) -p0d (FNais effet direct) p0m pnd (poids de naissance effet direct) pnm (poids de naissance effet maternel) cnd (conditions naissance effet direct) cnm (conditions naissance effet maternel) psd (poids au sevrage effet direct) psm (poids au sevrage effet maternel) dmd (note de DM effet direct) dsd (note de DS effet maternel) pere (numero du père) mere (numero de la mère) datn (date de naissance ou à défaut année de naissance) cheptel (numero de cheptel) sexe rvelm (rang de vêlage de la mère) Ce fichier de travail ne contient que les résultats d’animaux issus de troupeaux connectés. 6-2) Composition des fichiers de travail A partir de ces données, 3 sous fichiers au moins sont créés : i. un fichier rassemblant les pères, ii. un fichiers rassemblant les mères iii. un fichiers rassemblant les génisses. Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 22 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7- Optimisation des pondérations ISEVR & IVMAT : Applications aux races allaitantes 7-1) Race Charolaise L’étude économique qui a conduit à la création d’un objectif de sélection à bases économiques a été validée par l’UPRa en 2001. 7-11 Le fichier Le fichier pour le travail d’optimisation a été extrait de la population IBOVAL 2003. Le fichier pour la création des listes d’animaux a été extrait de IBOVAL 2004. Taureaux 21 891 Effectif Génisses 337 613 Primipares 196 184 Vaches R2 51 112 Vaches R3+ 79 231 7-12 Optimisation des pondérations de ISEVR Index Synthèse = ISEVR -CNd CRsev DMsev 0,23 0,56 0,21 Poids éco. (H) Coefficient des IS Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ Itérations 50 000 110 000 102 000 100 000 50 000 Coeff. IS optimum Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ Coeff. IS retenu Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ DSsev 0 -CNd CRsev DMsev DSsev REPH max REPH ISéco % 0,229 0,213 0,232 0,216 0,221 0,528 0,593 0,566 0,594 0,611 0,231 0,190 0,202 0,189 0,163 0,011 0,003 0,001 0,001 0,005 3,697 3,689 100,2 2,887 2,886 100,0 3,073 3,071 100,0 3,060 3,056 100,1 2,937 2,923 100,4 -CNd CRsev 0,57 DMsev 0,20 DSsev 0,01 REPH max REPH ISoptim % 3,697 3,684 99,6 2,887 2,885 99,9 3,073 3,070 99,9 3,060 3,055 99,8 2,937 2,926 99,6 REPH max REPH ISretenu % 3,697 3,637 98,3 2,887 2,781 96,3 3,073 2,996 97,4 3,060 2,968 96,9 2,937 2,783 94,7 0,22 IFNAIS 0,22 CRsev 0,46 DMsev 0,27 DSsev 0,05 IFNAIS = -x* Âd(Pn) + (1-x)*[- Âd(Cn)] Héritabilité (h²) Ecart-type phénotypique PNd 0,35 4,483 CNd 0,15 0,694 CRsev DMsev 0,26 0,32 32,461 10,436 DSsev 0,32 8,471 Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 23 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-13 Les réponses observées après sélection sur ISEVR Les réponses présentées sont celles obtenues après sélection sur l’ISEVR retenu par la race. Génisses Charolaise Réponses après sélection sur ISEVR 6 en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Taureaux Charolais Réponses après sélection sur ISEVR 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd 6 5 4 3 2 1 0 -1 IFNAIS C Rsev DMsev DSsev PNd 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev IFNAIS C Rsev DMsev DSsev Vaches R2 Charolaise Réponses après sélection sur ISEVR en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Primipares Charolaise Réponses après sélection sur ISEVR C Nd 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Vaches R3 Charolaise Réponses après sélection sur ISEVR 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 24 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-14 Optimisation des pondérations de IVMAT Index Synthèse = IVMAT CRsev DMsev DSsev 0,17 0,41 0,15 0 αCNd + βCNm Poids éco. (H) Coeff. des IS Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ Itérations αCNd + βCNm CRsev DMsev DSsev ALait REPH max REPH ISéco % 150 000 0,147 0,186 0,160 0,196 0,158 0,405 0,427 0,429 0,405 0,483 0,160 0,105 0,145 0,151 0,116 0,014 0,008 0,001 0,004 0,002 0,274 0,275 0,265 0,243 0,241 2,783 2,781 100,0 2,380 2,378 100,0 2,627 2,626 100,0 2,623 2,620 100,0 2,617 2,614 100,0 αCNd + βCNm CRsev 0,41 DMsev 0,15 DSsev 0,01 ALait 0,26 REPH max REPH ISoptim % 2,783 2,780 99,8 2,380 2,376 99,8 2,627 2,626 99,9 2,623 2,620 99,8 2,617 2,614 99,8 REPH max REPH ISretenu % 2,783 2,666 95,7 2,380 2,242 94,2 2,627 2,538 96,6 2,623 2,536 96,6 2,617 2,515 96,1 80 000 102 000 150 000 150 000 Coeff. IS opt. Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ 0,17 CVEL 0,17 Coeff. IS retenu Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ (h α = -0,50* (h β = -0,50* ALait 0,27 2 Cnd *σ P 2 Cnm *σ P CRsev 0,33 DMsev 0,23 DSsev 0,01 ALait 0,26 ) est la pondération de Âd(Cn) standardisé en écart type génétique ) est la pondération de Âm(Cn) standardisé en écart type génétique CVEL = -x*[Âd(Pn)] + (1-x)*[ α* Âd(Cn) + β* Âm(Cn)] Héritabilité (h²) Ecart-type phénotypique PNd 0,35 4,483 CNd 0,15 0,694 CNm 0.14 0.694 CRsev DMsev 0,26 0,32 32,461 10,436 Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 DSsev 0,32 8,471 ALait 0,13 32,461 page 25 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-15 Les réponses observées après sélection sur IVMAT AL ai t ev D Ss se v M D ev CR s 2 1 0 AL ai t ev D Ss se v M D CR s ev -1 m AL ai t ev D Ss se v M D ev CR s CV EL CN m -1 3 CN 0 4 d 1 5 CN 2 Vaches R2 Charolais Réponses après sélection sur IVMAT PN d 3 en unité ETG d'index (10pts=1ETG) 4 d -1 CV EL AL ai t ev Ss 5 CN 0 D v se v M D se CR CV EL m CN CN Primipares Charolaise Réponses après sélection sur IVMAT PN d Vaches R3+ Charolais Réponses après sélection sur IVMAT 5 4 3 2 1 0 AL ai t ev D Ss se v M D ev CR s CV EL m CN d PN d -1 CN en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) d -1 1 CV EL 0 2 m 1 3 CN 2 4 d 3 5 CN 4 Génisses Charolaise Réponses après sélection sur IVMAT PN d 5 en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Taureaux Charolais Réponses après sélection sur IVMAT PN d en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Les réponses présentées sont celles obtenues après sélection sur l’IVMAT retenu par la race. Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 26 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-2) Race Limousine L’étude économique qui a conduit à la création d’un objectif de sélection à bases économiques a été validée par l’UPRa en 1998. 7-21 Le fichier Le fichier pour le travail d’optimisation a été extrait de la population IBOVAL 2003. Le fichier pour la création des listes d’animaux a été extrait de IBOVAL 2004. Taureaux 12 971 Effectif Génisses 157 797 Primipares 88 548 Vaches R2 25 321 Vaches R3+ 49 030 7-22 Optimisation des pondérations de ISEVR Index Synthèse = ISEVR -CNd CRsev DMsev 0,24 0,32 0,44 Poids éco. (H) Coefficient des IS Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ Itérations 100 000 77 000 150 000 150 000 150 000 Coeff. IS optimum Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ Coeff. IS retenu Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ DSsev 0 -CNd CRsev DMsev DSsev REPH max REPH ISéco % 0,234 0,235 0,209 0,194 0,249 0,320 0,324 0,367 0,389 0,342 0,440 0,439 0,424 0,412 0,409 0,003 0,002 0,000 0,005 0,001 3,783 3,776 100,1 3,129 3,129 100,0 3,111 3,101 100,3 3,097 3,084 100,4 2,937 2,927 100,3 -CNd CRsev 0,35 DMsev 0,42 DSsev 0,01 REPH max REPH ISoptim % 3,783 3,771 99,8 3,129 3,119 99,6 3,111 3,109 99,9 3,097 3,089 99,7 2,937 2,930 99,7 REPH max REPH ISretenu % 3,783 3,564 94,2 3,129 3,079 98,4 3,111 2,972 95,5 3,097 2,958 95,5 2,937 2,801 95,3 0,22 IFNAIS 0,24 CRsev 0,35 DMsev 0,34 DSsev 0,07 IFNAIS = -x* Âd(Pn) + (1-x)*[- Âd(Cn)] Héritabilité (h²) Ecart-type phénotypique PNd 0,39 2,975 CNd 0,11 0,281 CRsev 0,26 25,404 DMsev 0,32 8,553 DSsev 0,32 7,869 Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 27 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-23 Les réponses observées après sélection sur ISEVR Les réponses présentées sont celles obtenues après sélection sur l’ISEVR retenu par la race. 6 Génisses Limousine Réponses après sélection sur ISEVR en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Taureaux Limousin Réponses après sélection sur ISEVR 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev IFNAIS C Rsev DMsev DSsev Vaches R2 Limousine Réponses après sélection sur ISEVR en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Primipares Limousine Réponses après sélection sur ISEVR C Nd 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Vaches R3+ Limousine Réponses après sélection sur ISEVR 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 28 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-24 Optimisation des pondérations de IVMAT Index Synthèse = IVMAT CRsev DMsev DSsev 0,15 0,2 0,28 0 ALait 0,37 αCNd + βCNm Poids éco. (H) Coeff. des IS Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ Itérations αCNd + βCNm CRsev DMsev DSsev ALait REPH max REPH ISéco % 100 000 0,168 0,153 0,106 0,063 0,178 0,177 0,192 0,234 0,248 0,197 0,286 0,288 0,29 0,307 0,278 0,012 0,003 0,003 0,011 0,005 0,357 0,364 0,367 0,371 0,342 2,807 2,802 100,1 2,348 2,350 99,9 2,720 2,713 100,2 2,715 2,699 100,5 2,669 2,668 100,0 αCNd + βCNm CRsev 0,21 DMsev 0,30 DSsev 0,01 ALait 0,36 REPH max REPH ISoptim % 2,807 2,800 99,7 2,348 2,347 99,9 2,720 2,718 99,9 2,715 2,702 99,5 2,669 2,665 99,8 REPH max REPH ISretenu % 2,807 2,737 97,5 2,348 2,366 100,0 2,720 2,692 98,9 2,715 2,687 98,9 2,669 2,641 98,9 77 000 100 000 150 000 100 000 Coeff. IS opt. Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ 0,12 CVEL 0,12 Coeff. IS retenu Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ (h α = -0,50* (h β = -0,50* 2 Cnd *σ P 2 Cnm *σ P CRsev 0,29 DMsev 0,22 DSsev 0,01 ALait 0,36 ) est la pondération de Âd(Cn) standardisé en écart type génétique ) est la pondération de Âm(Cn) standardisé en écart type génétique CVEL = -x*[Âd(Pn)] + (1-x)*[ α* Âd(Cn) + β* Âm(Cn)] Héritabilité (h²) Ecart-type phénotypique PNd 0,39 2,975 CNd 0,11 0,281 CNm 0,08 0,281 CRsev 0,26 25,404 DMsev 0,32 8,553 Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 DSsev 0,32 7,869 ALait 0,13 25,404 page 29 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-25 Les réponses observées après sélection sur IVMAT AL ai t ev Ss D se v D M v se CR CV EL m CN 1 0 AL ai t D Ss ev -1 se v AL ai t ev 2 D Ss se v M D v se CR CV EL m CN CN d -1 3 M 0 4 D 1 5 v 2 6 se 3 Vaches R2 Limousine Réponses après sélection sur IVMAT CR 4 -1 CV EL 5 0 m 6 en unité ETG d'index (10pts=1ETG) AL ai t ev D Ss se v M D ev CR s CV EL m CN CN Primipares Limousine Réponses après sélection sur IVMAT PN d Vaches R3+ Limousine Réponses après sélection sur IVMAT 6 5 4 3 2 1 0 AL ai t ev Ss D se v M D v se CR CV EL m CN d -1 CN en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) d -1 1 CN 0 2 d 1 3 CN 2 4 d 3 5 CN 4 6 PN d 5 Génisses Limousine Réponses après sélection sur IVMAT PN d 6 en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Taureaux Limousin Réponses après sélection sur IVMAT PN d en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Les réponses présentées sont celles obtenues après sélection sur l’IVMAT retenu par la race. Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 30 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-3) Race Blonde d’Aquitaine L’étude économique qui a conduit à la création d’un objectif de sélection à bases économiques a été validée par l’UPRa en 1999. 7-31 Le fichier Le fichier pour le travail d’optimisation a été extrait de la population IBOVAL 2003. Le fichier pour la création des listes d’animaux a été extrait de IBOVAL 2004. Taureaux 3 399 Effectif Génisses 76 887 Primipares 33 735 Vaches R2 13 640 Vaches R3+ 22 511 7-32 Optimisation des pondérations de ISEVR Index Synthèse = ISEVR -CNd CRsev DMsev 0,35 0,30 0,35 Poids éco. (H) Coefficient des IS Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ Itérations 250 000 200 000 250 000 250 000 250 000 Coeff. IS optimum Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ Coeff. IS retenu Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ DSsev 0 -CNd CRsev DMsev DSsev REPH max REPH ISéco % 0,305 0,348 0,348 0,364 0,355 0,311 0,290 0,318 0,308 0,302 0,370 0,360 0,326 0,315 0,304 0,014 0,003 0,007 0,013 0,039 3,145 3,115 100,9 2,564 2,562 100,0 2,394 2,386 100,3 2,265 2,246 100,8 2,100 2,083 100,8 -CNd CRsev 0,31 DMsev 0,35 DSsev 0,02 REPH max REPH ISoptim % 3,145 3,113 99,0 2,564 2,553 99,6 2,394 2,383 99,5 2,265 2,239 98,9 2,100 2,079 99,0 REPH max REPH ISretenu % 3,145 2,874 91,4 2,564 2,262 88,2 2,394 2,161 90,3 2,265 2,034 89,8 2,100 1,886 89,8 0,32 IFNAIS 0,26 CRsev 0,42 DMsev 0,20 DSsev 0,12 IFNAIS = -x* Âd(Pn) + (1-x)*[- Âd(Cn)] Héritabilité (h²) Ecart-type phénotypique PNd 0,39 4,337 CNd 0,11 0,530 CRsev 0,23 31,106 DMsev 0,32 9,225 DSsev 0,32 7,246 Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 31 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-33 Les réponses observées après sélection sur ISEVR Les réponses présentées sont celles obtenues après sélection sur l’ISEVR retenu par la race. 6 Génisses Blonde d'Aquitaine Réponses après sélection sur ISEVR en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Taureaux Blond d'Aquitaine Réponses après sélection sur ISEVR 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev IFNAIS C Rsev DMsev DSsev Vaches R2 Blonde d'Aquitaine Réponses après sélection sur ISEVR en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Primipares Blonde d'Aquitaine Réponses après sélection sur ISEVR C Nd 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Vaches R3+ Blonde d'Aquitaine Réponses après sélection sur ISEVR 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 32 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-34 Optimisation des pondérations de IVMAT Index Synthèse = IVMAT CRsev DMsev DSsev 0,27 0,23 0,28 0 ALait 0,22 αCNd + βCNm Poids éco. (H) Coeff. des IS Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ Itérations αCNd + βCNm CRsev DMsev DSsev ALait REPH max REPH ISéco % 200 000 0,262 0,267 0,252 0,246 0,270 0,216 0,239 0,236 0,242 0,220 0,294 0,275 0,273 0,274 0,262 0,041 0,001 0,005 0,021 0,021 0,188 0,217 0,234 0,217 0,226 2,598 2,562 101,4 2,198 2,197 100,0 2,210 2,210 100,0 2,142 2,136 100,2 2,080 2,077 100,1 αCNd + βCNm CRsev 0,23 DMsev 0,28 DSsev 0,02 ALait 0,22 REPH max REPH ISoptim % 2,598 2,558 98,5 2,198 2,193 99,8 2,210 2,207 99,9 2,142 2,137 99,8 2,080 2,071 99,6 REPH max REPH ISretenu % 2,598 2,329 89,6 2,198 1,958 89,1 2,210 2,021 91,4 2,142 1,986 92,7 2,080 1,947 93,6 250 000 200 000 200 000 250 000 Coeff. IS opt. Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ 0,25 CVEL 0,20 Coeff. IS retenu Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ (h α = -0,50* (h β = -0,50* 2 Cnd *σ P 2 Cnm *σ P CRsev 0,20 DMsev 0,15 DSsev 0,15 ALait 0,30 ) est la pondération de Âd(Cn) standardisé en écart type génétique ) est la pondération de Âm(Cn) standardisé en écart type génétique CVEL = -x*[Âd(Pn)] + (1-x)*[ α* Âd(Cn) + β* Âm(Cn)] Héritabilité (h²) Ecart-type phénotypique PNd 0,39 4,337 CNd 0,11 0,530 CNm 0,09 0,530 CRsev 0,23 31,106 DMsev 0,32 9,225 Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 DSsev 0,32 7,246 ALait 0,07 31,106 page 33 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-35 Les réponses observées après sélection sur IVMAT AL ai t ev Ss D v se v M D se CR CV EL m CN 2 1 0 AL ai t ev -1 D Ss AL ai t ev D Ss se v M D ev CR s CV EL m CN CN d -1 3 se v 0 4 M 1 5 D 2 6 ev 3 Vaches R2 Blonde d'Aquitaine Réponses après sélection sur IVMAT CR s 4 -1 CV EL 5 0 m 6 en unité ETG d'index (10pts=1ETG) AL ai t ev D Ss se v M D ev CR s CV EL m CN CN Primipares Blonde d'Aquitaine Réponses après sélection sur IVMAT PN d Vaches R3+ Blonde d'Aquitaine Réponses après sélection sur IVMAT 6 5 4 3 2 1 0 AL ai t ev D Ss se v M D ev CR s CV EL m CN d PN d -1 CN en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) d -1 1 CN 0 2 d 1 3 CN 2 4 d 3 5 CN 4 6 PN d 5 Génisses Blonde d'Aquitaine Réponses après sélection sur IVMAT PN d 6 en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Taureaux Blond d'Aquitaine Réponses après sélection sur IVMAT PN d en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Les réponses présentées sont celles obtenues après sélection sur l’IVMAT retenu par la race. Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 34 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-4) Race Salers L’étude économique qui a conduit à la création d’un objectif de sélection à bases économiques a été validée par l’UPRa en 1998. 7-41 Le fichier Le fichier pour le travail d’optimisation a été extrait de la population IBOVAL 2003. Le fichier pour la création des listes d’animaux a été extrait de IBOVAL 2004. Taureaux 6 601 Effectif Génisses 57 377 Primipares 5 076 Vaches R2 8 233 Vaches R3+ 49 176 7-42 Optimisation des pondérations de ISEVR Index Synthèse = ISEVR -CNd CRsev DMsev 0,30 0,40 0,30 Poids éco. (H) Coefficient des IS Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ Itérations 300 000 250 000 300 000 300 000 200 000 Coeff. IS optimum Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ Coeff. IS retenu Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ DSsev 0 -CNd CRsev DMsev DSsev REPH max REPH ISéco % 0,268 0,303 0,358 0,278 0,281 0,403 0,383 0,377 0,383 0,409 0,324 0,310 0,257 0,303 0,300 0,005 0,004 0,008 0,036 0,010 3,624 3,601 100,6 2,957 2,954 100,1 2,797 2,770 100,9 2,769 2,759 100,3 2,584 2,583 100,0 -CNd CRsev 0,40 DMsev 0,32 DSsev 0,02 REPH max REPH ISoptim % 3,624 3,605 99,5 2,957 2,951 99,8 2,797 2,753 98,4 2,769 2,760 99,7 2,584 2,575 99,7 REPH max REPH ISretenu % 3,624 3,129 86,3 2,957 2,663 90,1 2,797 2,475 88,5 2,769 2,501 90,3 2,584 2,370 91,7 0,26 IFNAIS 0,26 CRsev 0,4 DMsev 0,35 DSsev 0,02 IFNAIS = -x* Âd(Pn) + (1-x)*[- Âd(Cn)] Héritabilité (h²) Ecart-type phénotypique PNd 0,47 3,054 CNd 0,21 0,.153 CRsev 0,23 24,771 DMsev 0,32 8,306 DSsev 0,32 6,802 Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 35 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-43 Les réponses observées après sélection sur ISEVR Les réponses présentées sont celles obtenues après sélection sur l’ISEVR retenu par la race. 6 Génisses Salers Réponses après sélection sur ISEVR en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Taureaux Salers Réponses après sélection sur ISEVR 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev IFNAIS C Rsev DMsev DSsev Vaches R2 Salers Réponses après sélection sur ISEVR en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Primipares Salers Réponses après sélection sur ISEVR C Nd 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Vaches R3+ Salers Réponses après sélection sur ISEVR 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 36 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-44 Optimisation des pondérations de IVMAT Index Synthèse = IVMAT CRsev DMsev DSsev 0,23 0,32 0,20 0 ALait 0,25 αCNd + βCNm Poids éco. (H) Coeff. des IS Itérations Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ 500 000 250 000 300 000 300 000 300 000 Coeff. IS opt. Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ CRsev DMsev DSsev ALait REPH max REPH ISéco % 0,178 0,226 0,215 0,276 0,198 0,317 0,323 0,310 0,281 0,338 0,272 0,204 0,239 0,170 0,230 0,013 0,003 0,021 0,027 0,024 0,22 0,245 0,215 0,246 0,220 2,588 2,560 101,0 2,265 2,264 100,0 2,235 2,216 100,8 2,303 2,295 100,3 2,287 2,280 100,3 αCNd + βCNm CRsev 0,25 DMsev 0,18 DSsev 0,02 ALait 0,31 REPH max REPH ISoptim % 2,588 2,509 96,9 2,265 2,235 98,7 2,235 2,166 96,9 2,303 2,260 98,1 2,287 2,249 98,3 REPH max REPH ISretenu % 2,588 2,231 86,2 2,265 2,050 90,5 2,235 2,011 90,0 2,303 2,093 90,9 2,287 2,142 93,7 0,24 CVEL 0,24 Coeff. IS retenu Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ (h α = -0,50* (h β = -0,50* αCNd + βCNm 2 Cnd *σ P 2 Cnm *σ P CRsev 0,25 DMsev 0,14 DSsev 0,02 ALait 0,35 ) est la pondération de Âd(Cn) standardisé en écart type génétique ) est la pondération de Âm(Cn) standardisé en écart type génétique CVEL = -x*[Âd(Pn)] + (1-x)*[ α* Âd(Cn) + β* Âm(Cn)] Héritabilité (h²) Ecart-type phénotypique PNd 0,47 3,054 CNd 0,21 0,.153 CNm 0,08 0,153 CRsev 0,23 24,771 DMsev 0,32 8,306 Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 DSsev 0,32 6,802 ALait 0,07 24,771 page 37 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-45 Les réponses observées après sélection sur IVMAT AL ai t ev Ss D v se v M D se CR CV EL m CN 1 0 AL ai t ev -1 Ss AL ai t ev 2 D D D Ss se v M v se CR CV EL m CN CN d -1 3 se v 0 4 M 1 5 D 2 6 v 3 Vaches R2 Salers Réponses après sélection sur IVMAT se 4 -1 CR 5 0 CV EL 6 en unité ETG d'index (10pts=1ETG) AL ai t ev D Ss se v M D ev CR s CV EL m CN CN Primipares Salers Réponses après sélection sur IVMAT PN d Vaches R3+ Salers Réponses après sélection sur IVMAT 6 5 4 3 2 1 0 AL ai t ev Ss D se v M D v se CR CV EL m CN d PN d -1 CN en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) d -1 1 d 0 2 CN 1 3 m 2 4 CN 3 5 PN d 4 6 d 5 Génisses Salers Réponses après sélection sur IVMAT CN 6 en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Taureaux Salers Réponses après sélection sur IVMAT PN d en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Les réponses présentées sont celles obtenues après sélection sur l’IVMAT retenu par la race. Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 38 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-5) Race Aubrac L’étude économique qui a conduit à la création d’un objectif de sélection à bases économiques a été validée par l’UPRa en 1998. 7-51 Le fichier Le fichier pour le travail d’optimisation a été extrait de la population IBOVAL 2003. Le fichier pour la création des listes d’animaux a été extrait de IBOVAL 2004. Taureaux 2 841 Effectif Génisses 29 566 Primipares 1 678 Vaches R2 2 668 Vaches R3+ 21 028 7-52 Optimisation des pondérations de ISEVR Index Synthèse = ISEVR -CNd CRsev DMsev 0,38 0,40 0,22 Poids éco. (H) Coefficient des IS Itérations Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ 250 000 150 000 150 000 300 000 300 000 Coeff. IS optimum Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ Coeff. IS retenu Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ DSsev 0 -CNd CRsev DMsev DSsev REPH max REPH ISéco % 0,357 0,366 0,398 0,375 0,385 0,382 0,402 0,399 0,416 0,374 0,208 0,223 0,200 0,198 0,238 0,053 0,009 0,003 0,010 0,003 3,210 3,183 100,8 2,627 2,622 100,2 2,624 2,588 101,3 2,519 2,494 101,0 2,498 2,490 100,3 -CNd CRsev 0,37 DMsev 0,27 DSsev 0,04 REPH max REPH ISoptim % 3,210 3,162 98,5 2,627 2,597 98,9 2,624 2,529 96,4 2,519 2,436 96,7 2,498 2,472 99,0 0,32 IFNAIS 0,41 CRsev 0,30 DMsev 0,24 DSsev 0,05 REPH REPH max ISretenu % 3,210 2,692 83,9 2,627 2,239 85,2 2,624 2,280 86,9 2,519 2,188 86,9 2,498 2,157 86,3 IFNAIS = -x* Âd(Pn) + (1-x)*[- Âd(Cn)] Héritabilité (h²) Ecart-type phénotypique PNd 0,40 3,291 CNd 0,11 0,246 CRsev 0,23 22,622 DMsev 0,32 8,624 DSsev 0,32 6,917 Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 39 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-53 Les réponses observées après sélection sur ISEVR Les réponses présentées sont celles obtenues après sélection sur l’ISEVR retenu par la race. 6 Génisses Aubrac Réponses après sélection sur ISEVR en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Taureaux Aubrac Réponses après sélection sur ISEVR 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev IFNAIS C Rsev DMsev DSsev Vaches R2 Aubrac Réponses après sélection sur ISEVR en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Primipares Aubrac Réponses après sélection sur ISEVR C Nd 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Vaches R3+ Aubrac Réponses après sélection sur ISEVR 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 40 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-54 Optimisation des pondérations de IVMAT Index Synthèse = IVMAT CRsev DMsev DSsev 0,33 0,35 0,19 0 ALait 0,13 αCNd + βCNm Poids éco. (H) Coeff. des IS Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ Itérations αCNd + βCNm CRsev DMsev DSsev ALait REPH max REPH ISéco % 150 000 0,354 0,353 0,316 0,345 0,258 0,307 0,331 0,302 0,316 0,409 0,178 0,174 0,190 0,163 0,211 0,012 0,004 0,003 0,002 0,011 0,149 0,138 0,190 0,176 0,111 2,659 2,635 100,9 2,246 2,242 100,2 2,235 2,218 100,8 2,235 2,211 101,1 2,351 2,340 100,5 αCNd + βCNm CRsev 0,30 DMsev 0,18 DSsev 0,05 ALait 0,23 REPH REPH max ISoptim % 2,659 2,595 97,6 2,246 2,213 98,5 2,235 2,154 96,4 2,235 2,169 97,0 2,351 2,272 96,6 250 000 250 000 400 000 200 000 Coeff. IS opt. Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ 0,24 CVEL 0,44 Coeff. IS retenu Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ (h α = -0,50* (h β = -0,50* 2 Cnd *σ P 2 Cnm *σ P CRsev 0,19 DMsev 0,09 DSsev 0,05 ALait 0,23 REPH REPH max ISretenu % 2,659 1,863 70,1 2,246 1,715 76,4 2,235 1,771 79,2 2,235 1,773 79,3 2,351 1,907 81,1 ) est la pondération de Âd(Cn) standardisé en écart type génétique ) est la pondération de Âm(Cn) standardisé en écart type génétique CVEL = -x*[Âd(Pn)] + (1-x)*[ α* Âd(Cn) + β* Âm(Cn)] Héritabilité (h²) Ecart-type phénotypique PNd 0,40 3,291 CNd 0,11 0,246 CNm 0,05 0,246 CRsev 0,23 22,622 DMsev 0,32 8,624 Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 DSsev 0,32 6,917 ALait 0,07 22,622 page 41 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-55 Les réponses observées après sélection sur IVMAT AL ai t ev Ss D se v D M v se CR 0 AL ai t Ss ev -1 D D CV EL m CN 1 se v AL ai t ev 2 D Ss se v M v se CR CV EL m CN CN d -1 3 M 0 4 D 1 5 v 2 6 se 3 Vaches R2 Aubrac Réponses après sélection sur IVMAT CR 4 -1 CV EL 5 0 m 6 en unité ETG d'index (10pts=1ETG) AL ai t ev D Ss se v M D ev CR s CV EL m CN CN Primipares Aubrac Réponses après sélection sur IVMAT PN d Vaches R3+ Aubrac Réponses après sélection sur IVMAT 6 5 4 3 2 1 0 AL ai t ev Ss D se v M D v se CR CV EL m CN d PN d -1 CN en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) d -1 1 CN 0 2 d 1 3 CN 2 4 d 3 5 CN 4 6 PN d 5 Génisses Aubrac Réponses après sélection sur IVMAT PN d 6 en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Taureaux Aubrac Réponses après sélection sur IVMAT PN d en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Les réponses présentées sont celles obtenues après sélection sur l’IVMAT retenu par la race. Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 42 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-6) Race Gasconne L’étude économique qui a conduit à la création d’un objectif de sélection à bases économiques a été validée par l’UPRa en 1998. 7-61 Le fichier Le fichier pour le travail d’optimisation a été extrait de la population IBOVAL 2003. Le fichier pour la création des listes d’animaux a été extrait de IBOVAL 2004. Taureaux 517 Effectif Génisses 5 288 Primipares 441 Vaches R2 698 Vaches R3+ 5 241 7-62 Optimisation des pondérations de ISEVR Index Synthèse = ISEVR -CNd CRsev DMsev 0,40 0,38 0,22 Poids éco. (H) Coefficient des IS Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ Itérations 700 000 300 000 700 000 600 000 400 000 Coeff. IS optimum Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ Coeff. IS retenu Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ DSsev 0 -CNd CRsev DMsev DSsev REPH max REPH ISéco % 0,313 0,462 0,420 0,503 0,474 0,450 0,346 0,351 0,361 0,344 0,218 0,192 0,211 0,108 0,170 0,020 0,000 0,018 0,027 0,011 3,410 3,288 103,7 2,427 2,416 100,5 2,289 2,250 101,7 2,256 2,102 107,3 1,963 1,951 100,6 -CNd CRsev 0,35 DMsev 0,26 DSsev 0,06 REPH max REPH ISoptim % 3,410 3,284 96,3 2,427 2,371 97,7 2,289 2,153 94,1 2,256 2,079 92,2 1,963 1,939 98,8 REPH max REPH ISretenu % 3,410 2,761 81,0 2,427 1,959 80,7 2,289 1,917 83,7 2,256 1,778 78,8 1,963 1,607 81,9 0,33 IFNAIS 0,22 CRsev 0,24 DMsev 0,35 DSsev 0,19 IFNAIS = -x* Âd(Pn) + (1-x)*[- Âd(Cn)] Héritabilité (h²) Ecart-type phénotypique PNd 0,25 3,642 CNd 0,13 0,287 CRsev 0,23 23,132 DMsev 0,32 9,763 DSsev 0,32 7,217 Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 43 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-63 Les réponses observées après sélection sur ISEVR Les réponses présentées sont celles obtenues après sélection sur l’ISEVR retenu par la race. 6 Génisses Gasconne Réponses après sélection sur ISEVR en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Taureaux Gascon Réponses après sélection sur ISEVR 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev IFNAIS C Rsev DMsev DSsev Vaches R2 Gasconne Réponses après sélection sur ISEVR en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Primipares Gasconne Réponses après sélection sur ISEVR C Nd 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Vaches R3+ Gasconne Réponses après sélection sur ISEVR 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 44 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-64 Optimisation des pondérations de IVMAT Index Synthèse = IVMAT CRsev DMsev DSsev 0,29 0,27 0,28 0 ALait 0,16 αCNd + βCNm Poids éco. (H) Coeff. des IS Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ Itérations αCNd + βCNm CRsev DMsev DSsev ALait REPH max REPH ISéco % 600 000 0,214 0,278 0,391 0,078 0,287 0,336 0,247 0,267 0,405 0,296 0,236 0,286 0,275 0,292 0,287 0,023 0,002 0,001 0,036 0,003 0,191 0,187 0,066 0,188 0,127 2,248 2,123 105,9 1,958 1,948 100,5 2,017 1,961 102,9 1,834 1,783 102,9 1,874 1,860 100,8 αCNd + βCNm CRsev 0,30 DMsev 0,26 DSsev 0,01 ALait 0,18 REPH max REPH ISoptim % 2,248 2,159 96,0 1,958 1,932 98,7 2,017 1,890 93,7 1,834 1,805 98,4 1,874 1,852 98,8 REPH max REPH ISretenu % 2,248 1,784 79,4 1,958 1,678 85,7 2,017 1,635 81,1 1,834 1,561 85,1 1,874 1,659 88,5 600 000 500 000 300 000 500 000 Coeff. IS opt. Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ 0,25 CVEL 0,30 Coeff. IS retenu Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ (h α = -0,50* (h β = -0,50* 2 Cnd *σ P 2 Cnm *σ P CRsev 0,15 DMsev 0,16 DSsev 0,05 ALait 0,34 ) est la pondération de Âd(Cn) standardisé en écart type génétique ) est la pondération de Âm(Cn) standardisé en écart type génétique CVEL = -x*[Âd(Pn)] + (1-x)*[ α* Âd(Cn) + β* Âm(Cn)] Héritabilité (h²) Ecart-type phénotypique PNd 0,25 3,642 CNd 0,13 0,287 CNm 0,09 0,287 CRsev 0,23 23,132 DMsev 0,32 9,763 Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 DSsev 0,32 7,217 ALait 0,07 23,132 page 45 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-65 Les réponses observées après sélection sur IVMAT AL ai t ev Ss M D D se v v se CR CV EL m CN 2 1 0 AL ai t D Ss ev -1 se v AL ai t ev D Ss se v M D ev CR s CV EL CN m -1 3 M 0 4 D 1 5 ev 2 6 CR s 3 Vaches R2 Gasconne Réponses après sélection sur IVMAT CV EL 4 d -1 PN d 5 en unité ETG d'index (10pts=1ETG) 6 CN 0 AL ai t ev D Ss se v D M ev CR s CV EL m CN CN Primipares Gasconne Réponses après sélection sur IVMAT PN d Vaches R3+ Gasconne Réponses après sélection sur IVMAT 6 5 4 3 2 1 0 AL ai t ev D Ss se v M D ev CR s CV EL m CN d PN d -1 CN en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) d -1 1 m 0 2 d 1 3 CN 2 4 CN 3 5 d 4 6 CN 5 Génisses Gasconne Réponses après sélection sur IVMAT PN d 6 en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Taureaux Gascon Réponses après sélection sur IVMAT PN d en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Les réponses présentées sont celles obtenues après sélection sur l’IVMAT retenu par la race. Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 46 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-7) Race Rouge des Prés L’étude économique qui a conduit à la création d’un objectif de sélection à bases économiques a été validée par l’UPRa en 2005. 7-71 Le fichier Le fichier pour le travail d’optimisation a été extrait de la population IBOVAL 2003. Le fichier pour la création des listes d’animaux a été extrait de IBOVAL 2004. Taureaux 713 Effectif Génisses 13 133 Primipares 6 655 Vaches R2 2 039 Vaches R3+ 2 186 7-72 Optimisation des pondérations de ISEVR Index Synthèse = ISEVR -CNd CRsev DMsev 0,25 0,54 0,21 Poids éco. (H) Coefficient des IS Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ Itérations 500 000 100 000 400 000 600 000 600 000 Coeff. IS optimum Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ Coeff. IS retenu Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ DSsev 0 -CNd CRsev DMsev DSsev REPH max REPH ISéco % 0,284 0,248 0,206 0,247 0,238 0,462 0,544 0,581 0,573 0,524 0,146 0,203 0,209 0,154 0,210 0,107 0,004 0,004 0,026 0,028 3,210 3,092 103,8 2,488 2,481 100,3 2,386 2,368 100,8 2,376 2,338 101,6 2,294 2,253 101,8 -CNd CRsev 0,54 DMsev 0,18 DSsev 0,03 REPH max REPH ISoptim % 3,210 3,120 97,2 2,488 2,461 98,9 2,386 2,364 99,1 2,376 2,314 97,4 2,294 2,180 95,0 REPH max REPH ISretenu % 3,210 3,131 97,5 2,488 2,458 98,8 2,386 2,359 98,9 2,376 2,310 97,2 2,294 2,170 94,6 0,25 IFNAIS 0,25 CRsev 0,52 DMsev 0,20 DSsev 0,03 IFNAIS = -x* Âd(Pn) + (1-x)*[- Âd(Cn)] Héritabilité (h²) Ecart-type phénotypique PNd 0,29 4,830 CNd 0,11 0,780 CRsev DMsev 0,26 0,32 32,800 11,110 DSsev 0,32 9,560 Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 47 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-73 Les réponses observées après sélection sur ISEVR Les réponses présentées sont celles obtenues après sélection sur l’ISEVR retenu par la race. 6 Génisses Rouge des Prés Réponses après sélection sur ISEVR en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Taureaux Rouge des Prés Réponses après sélection sur ISEVR 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev IFNAIS C Rsev DMsev DSsev Vaches R2 Rouge des Prés Réponses après sélection sur ISEVR en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Primipares Rouge des Prés Réponses après sélection sur ISEVR C Nd 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Vaches R3+ Rouge des Prés Réponses après sélection sur ISEVR 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 48 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-74 Optimisation des pondérations de IVMAT Index Synthèse = IVMAT CRsev DMsev DSsev 0,17 0,41 0,15 0 αCNd + βCNm Poids éco. (H) Coeff. des IS Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ Itérations αCNd + βCNm CRsev DMsev DSsev ALait REPH max REPH ISéco % 200 000 0,194 0,180 0,153 0,197 0,186 0,488 0,412 0,371 0,345 0,393 0,072 0,135 0,168 0,131 0,132 0,008 0,001 0,013 0,097 0,051 0,238 0,273 0,296 0,229 0,237 2,333 2,246 96,3 1,944 1,938 99,7 2,089 2,072 99,2 2,125 2,113 99,4 2,118 2,099 99,1 αCNd + βCNm CRsev 0,4 DMsev 0,14 DSsev 0,03 ALait 0,25 REPH max REPH ISoptim % 2,333 2,258 96,8 1,944 1,930 99,3 2,089 2,070 99,1 2,125 2,097 98,7 2,118 2,070 97,7 REPH max REPH ISretenu % 2,333 2,056 88,1 1,944 1,826 93,9 2,089 1,981 94,8 2,125 2,064 97,1 2,118 1,982 93,6 500 000 600 000 500 000 600 000 Coeff. IS opt. Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ 0,18 CVEL 0,25 Coeff. IS retenu Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ (h α = -0,50* (h β = -0,50* ALait 0,27 2 Cnd *σ P 2 Cnm *σ P CRsev 0,27 DMsev 0,17 DSsev 0,06 ALait 0,25 ) est la pondération de Âd(Cn) standardisé en écart type génétique ) est la pondération de Âm(Cn) standardisé en écart type génétique CVEL = -x*[Âd(Pn)] + (1-x)*[ α* Âd(Cn) + β* Âm(Cn)] Héritabilité (h²) Ecart-type phénotypique PNd 0,29 4,830 CNd 0,11 0,780 CNm 0,11 0,780 CRsev DMsev 0,26 0,32 32,800 11,110 Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 DSsev 0,32 9,560 ALait 0,13 32,800 page 49 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-75 Les réponses observées après sélection sur IVMAT AL ai t ev Ss D se v D M v se CR 0 AL ai t Ss ev -1 D D CV EL m CN 1 se v AL ai t ev 2 D Ss se v M v se CR CV EL m CN CN d -1 3 M 0 4 D 1 5 v 2 6 se 3 Vaches R2 Rouge des Prés Réponses après sélection sur IVMAT CR 4 -1 CV EL 5 0 m 6 en unité ETG d'index (10pts=1ETG) AL ai t ev D Ss se v M D ev CR s CV EL m CN CN Primipares Rouge des Prés Réponses après sélection sur IVMAT PN d Vaches R3+ Rouge des Prés Réponses après sélection sur IVMAT 6 5 4 3 2 1 0 AL ai t ev Ss D se v M D v se CR CV EL m CN d PN d -1 CN en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) d -1 1 CN 0 2 d 1 3 CN 2 4 d 3 5 CN 4 6 PN d 5 Génisses Rouge des Prés Réponses après sélection sur IVMAT PN d 6 en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Taureaux Rouge des Prés Réponses après sélection sur IVMAT PN d en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Les réponses présentées sont celles obtenues après sélection sur l’IVMAT retenu par la race. Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 50 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-8) Race Parthenaise L’étude économique qui a conduit à la création d’un objectif de sélection à bases économiques a été validée par l’UPRa en 2005. 7-81 Le fichier Le fichier pour le travail d’optimisation a été extrait de la population IBOVAL 2003. Le fichier pour la création des listes d’animaux a été extrait de IBOVAL 2004. Taureaux 918 Effectif Génisses 13 434 Primipares 7 476 Vaches R2 1 758 Vaches R3+ 2 201 7-82 Optimisation des pondérations de ISEVR Index Synthèse = ISEVR -CNd CRsev DMsev 0,40 0,30 0,30 Poids éco. (H) Coefficient des IS Itérations Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ 500 000 500 000 500 000 500 000 500 000 Coeff. IS optimum Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ Coeff. IS retenu Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ DSsev 0 -CNd CRsev DMsev DSsev REPH max REPH ISéco % 0,349 0,383 0,394 0,399 0,422 0,290 0,319 0,287 0,294 0,300 0,345 0,297 0,297 0,306 0,271 0,016 0,000 0,022 0,001 0,006 3,140 3,107 101,0 2,334 2,331 100,1 2,369 2,359 100,4 2,422 2,414 100,3 2,410 2,382 101,1 -CNd CRsev 0,30 DMsev 0,31 DSsev 0,01 REPH max REPH ISoptim % 3,140 3,098 98,7 2,334 2,322 99,5 2,369 2,357 99,5 2,422 2,407 99,4 2,410 2,384 98,9 REPH max REPH ISretenu % 3,140 2,718 86,6 2,334 1,951 83,6 2,369 1,881 79,4 2,422 1,972 81,4 2,410 1,954 81,1 0,38 IFNAIS 0,24 CRsev 0,32 DMsev 0,32 DSsev 0,12 IFNAIS = -x* Âd(Pn) + (1-x)*[- Âd(Cn)] Héritabilité (h²) Ecart-type phénotypique PNd 0,37 4,164 CNd 0,18 0,688 CRsev DMsev 0,26 0,32 30,561 10,875 DSsev 0,32 8,763 Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 51 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-83 Les réponses observées après sélection sur ISEVR Les réponses présentées sont celles obtenues après sélection sur l’ISEVR retenu par la race. 6 Génisses Parthenaise Réponses après sélection sur ISEVR en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Taureaux Parthenais Réponses après sélection sur ISEVR 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev IFNAIS C Rsev DMsev DSsev Vaches R2 Parthenaise Réponses après sélection sur ISEVR en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Primipares Parthenaise Réponses après sélection sur ISEVR C Nd 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Vaches R3+ Parthenaise Réponses après sélection sur ISEVR 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 52 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-84 Optimisation des pondérations de IVMAT Index Synthèse = IVMAT CRsev DMsev DSsev 0,42 0,13 0,22 0 αCNd + βCNm Poids éco. (H) Coeff. des IS Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ Itérations αCNd + βCNm CRsev DMsev DSsev ALait REPH max REPH ISéco % 500 000 0,340 0,370 0,410 0,350 0,360 0,159 0,143 0,110 0,173 0,115 0,244 0,223 0,232 0,216 0,243 0,051 0,008 0,010 0,013 0,002 0,206 0,253 0,239 0,244 0,283 1,844 1,747 105,5 1,528 1,520 100,5 1,711 1,709 100,1 1,773 1,755 101,0 1,873 1,849 101,2 αCNd + βCNm CRsev 0,14 DMsev 0,25 DSsev 0,23 ALait 0,02 REPH max REPH ISoptim % 1,844 1,796 97,4 1,528 1,518 99,3 1,711 1,697 99,2 1,773 1,749 98,6 1,873 1,853 98,9 REPH max REPH ISretenu % 1,844 1,676 90,9 1,528 1,436 94,0 1,711 1,608 94,0 1,773 1,664 93,9 1,873 1,757 93,8 600 000 500 000 400 000 500 000 Coeff. IS opt. Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ 0,36 CVEL 0,24 Coeff. IS retenu Taureaux Génisses Primipares Vaches R2 Vaches R3+ (h α = -0,50* (h β = -0,50* ALait 0,23 2 Cnd *σ P 2 Cnm *σ P CRsev 0,24 DMsev 0,25 DSsev 0,02 ALait 0,25 ) est la pondération de Âd(Cn) standardisé en écart type génétique ) est la pondération de Âm(Cn) standardisé en écart type génétique CVEL = -x*[Âd(Pn)] + (1-x)*[ α* Âd(Cn) + β* Âm(Cn)] Héritabilité (h²) Ecart-type phénotypique PNd 0,37 4,164 CNd 0,18 0,688 CNm 0,08 0,688 CRsev DMsev 0,26 0,32 30,561 10,875 Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 DSsev 0,32 8,763 ALait 0,13 30,561 page 53 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-85 Les réponses observées après sélection sur IVMAT AL ai t ev Ss M D D se v v se CR CV EL m CN 2 1 0 AL ai t D Ss ev -1 se v AL ai t ev D Ss se v M D ev CR s CV EL CN m -1 3 M 0 4 D 1 5 ev 2 6 CR s 3 Vaches R2 Parthenaise Réponses après sélection sur IVMAT CV EL 4 d -1 PN d 5 en unité ETG d'index (10pts=1ETG) 6 CN 0 AL ai t ev D Ss se v D M ev CR s CV EL m CN CN Primipares Parthenaise Réponses après sélection sur IVMAT PN d Vaches R3+ Parthenaise Réponses après sélection sur IVMAT 6 5 4 3 2 1 0 AL ai t ev D Ss se v M D ev CR s CV EL m CN d PN d -1 CN en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) d -1 1 m 0 2 d 1 3 CN 2 4 CN 3 5 d 4 6 CN 5 Génisses Parthenaise Réponses après sélection sur IVMAT PN d 6 en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Taureaux Parthenais Réponses après sélection sur IVMAT PN d en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Les réponses présentées sont celles obtenues après sélection sur l’IVMAT retenu par la race. Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 54 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-9) Race Bazadaise L’étude économique qui a conduit à la création d’un objectif de sélection à bases économiques a été validée par l’UPRa en 2005. 7-21 Le fichier Le fichier pour le travail d’optimisation a été extrait de la population IBOVAL 2003. Le fichier pour la création des listes d’animaux a été extrait de IBOVAL 2004. Taureaux 169 Effectif Génisses 2 017 Vaches R1+R2 51 Vaches R3+ 1 157 7-22 Optimisation des pondérations de ISEVR Index Synthèse = ISEVR -CNd CRsev DMsev 0,38 0,31 0,31 Poids éco. (H) Coefficient des IS Population Itérations 250 000 Coeff. IS optimum Population Coeff. IS retenu Taureaux Génisses Vaches R1+R2 Vaches R3+ DSsev 0 -CNd CRsev DMsev DSsev REPH max REPH ISéco % 0,39 0,30 0,28 0,03 2,197 2,190 100,3 -CNd CRsev DMsev DSsev REPH REPH max ISoptim % 2,188 99,6 0,38 0,31 0,27 0,04 2,197 IFNAIS 0,38 CRsev 0,33 DMsev 0,25 DSsev 0,04 REPH REPH max ISretenu % 2,501 2,193 87,7 2,184 1,876 85,9 2,080 1,801 86,6 1,882 1,553 82,5 IFNAIS = -x* Âd(Pn) + (1-x)*[- Âd(Cn)] Héritabilité (h²) Ecart-type phénotypique PNd 0,21 3,672 CNd 0,09 0,375 CRsev 0,23 25,375 DMsev 0,32 9,549 DSsev 0,32 8,491 Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 55 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-93 Les réponses observées après sélection sur ISEVR Les réponses présentées sont celles obtenues après sélection sur l’ISEVR retenu par la race. 6 Génisses Bazadaise Réponses après sélection sur ISEVR en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Taureaux Bazadais Réponses après sélection sur ISEVR 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd IFNAIS C Rsev DMsev DSsev IFNAIS C Rsev DMsev DSsev Vaches R3+ Bazadaise Réponses après sélection sur ISEVR en unité ETG d'index (10pts=1ETG) en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Vaches R1+R2 Bazadaise Réponses après sélection sur ISEVR C Nd 6 5 4 3 2 1 0 -1 PNd C Nd Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 IFNAIS C Rsev DMsev DSsev page 56 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-94 Optimisation des pondérations de IVMAT Index Synthèse = IVMAT CRsev DMsev DSsev 0,29 0,24 0,23 0 ALait 0,24 αCNd + βCNm Poids éco. (H) Coeff. des IS Population Itérations αCNd + βCNm CRsev DMsev DSsev ALait REPH max REPH ISéco % 400 000 0,375 0,218 0,197 0,001 0,209 1,985 1,952 101,6 αCNd + βCNm CRsev 0,24 DMsev 0,20 DSsev 0,02 ALait 0,24 REPH max REPH ISoptim % 1,985 1,950 98,2 REPH max REPH ISretenu % 2,064 1,890 91,6 1,939 1,798 92,7 2,194 2,283 104,1 1,974 1,807 91,5 Coeff. IS opt. Population 0,30 CVEL 0.30 Coeff. IS retenu Taureaux Génisses Vaches R1+R2 Vaches R3+ (h (h β = -0,50* α = -0,50* 2 Cnd *σ P 2 Cnm *σ P CRsev 0.20 DMsev 0.16 DSsev 0.02 ALait 0.32 ) est la pondération de Âd(Cn) standardisé en écart type génétique ) est la pondération de Âm(Cn) standardisé en écart type génétique CVEL = -x*[Âd(Pn)] + (1-x)*[ α* Âd(Cn) + β* Âm(Cn)] Héritabilité (h²) Ecart-type phénotypique PNd 0,21 3,672 CNd 0,09 0,375 CNm 0,10 0,375 CRsev 0,23 25,375 DMsev 0,32 9,549 Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 DSsev 0,32 8,491 ALait 0,07 25,549 page 57 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes 7-95 Les réponses observées après sélection sur IVMAT AL ai t ev Ss D v se v M D se CR CV EL m CN 2 1 0 Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 AL ai t ev -1 D Ss AL ai t ev D Ss se v M D ev CR s CV EL m CN CN d -1 3 se v 0 4 M 1 5 D 2 6 ev 3 Génisses Bazadaise Réponses après sélection sur IVMAT CR s 4 -1 CV EL 5 0 m 6 en unité ETG d'index (10pts=1ETG) AL ai t ev D Ss se v D M ev CR s CV EL m CN CN Génisses Bazadaise Réponses après sélection sur IVMAT PN d en unité ETG d'index (10pts=1ETG) d -1 1 CN 0 2 d 1 3 CN 2 4 d 3 5 CN 4 6 PN d 5 Génisses Bazadaise Réponses après sélection sur IVMAT PN d 6 en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Taureaux Bazadais Réponses après sélection sur IVMAT PN d en unité ETG d'index (10pts=1ETG) Les réponses présentées sont celles obtenues après sélection sur l’IVMAT retenu par la race. page 58 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes Bibliographies Berhault X., Proposition d’objectifs économiques de sélection pour la race bovine Maine Anjou, Mémoire de fin d’étude, 1998, 133 pages. Dodelin V., Caractérisation des systèmes d’élevage es races rustiques Aubrac, Gasconne et Salers, et détermination d’un objectif de sélection racial, Mémoire de fin d’étude, 1998, 43 pages. Ferre (1) N., Détermination de l’objectif de sélection en race Blonde d’Aquitaine, Mémoire de fin d’étude, 1999, 57 pages. Ferre (2) N., Devun J., Chopard L ., Phocas F., Holleville P., Etablissement d’un index de sélection reposant sur des bases économiques en race Charolaise, 2001, non paginé. Guillaume O., Un indice de sélection à base économique en race Charolaise : éléments de réflexion et premiers résultats, Mémoire de fin d’étude, 1999, 29 pages. Ménissier, Figure 1 – Principales causes de dystocies, 1975, page 86 in PHILIPSSON et al, Normes de qualification des taureaux et stratégies de sélection en vue de limiter les difficultés de vêlage et la mortinatalité, INRA Bulletin Technique du Département de Génétique Animale, 1978, n°27, pages 78 – 104. Philipsson et al, Normes de qualification des taureaux et stratégies de sélection en vue de limiter les difficultés de vêlage et la mortinatalité, INRA Bulletin Technique du Département de Génétique Animale, 1978, n°27, pages 78 –104. Phocas (1) F., Laloë D., Evaluation models and genetic parameters for calving difficulty in beef cattle », JAS, 2003, 81:933-938. Phocas (2) F., Modélisation et Optimisation de programmes de sélection sur la croissance en races bovines allaitantes, Thèse, 1995, 188 pages. Bloch C., Détermination de l’objectif de sélection en race Limousine, Mémoire de fin d’étude, 1996, 49 pages. Phocas (3) F., Laloë D., 2003, Paramètres génétiques poids et conditions de naissance dans les données en ferme, Document de travail. Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 59 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes Annexe 1 : Des caractéristiques des systèmes de production … SYSTEME DE PROD 1 Gain marginal Pondération éco ai=(dMB/dYi)*ETGi (€/unité) Caractères Effet maternel/poids sev (psm) Effet direct/poids au sev (psd) Condition de mise bas (cn) Survie du veau (sv) Nonbre de veaux (nv) Poids de naissance (pn) Conformation des broutards (cb) Poids de la vache (pv) Conformation des réformes (cr) Rdt en carcasse des réf (rc) GMQ engraisset des réf (gmq) SYSTEME DE PROD 2 Gain marginal Pondération éco ai=(dMB/dYi)*ETGi (€/unité) dMB/dYi dMB/dYi dMB1/dYpsm1 dMB1/dYpsd1 dMB1/dYcn1 dMB1/dYsv1 dMB1/dYnv1 dMB1/dYpn1 dMB1/dYcb1 dMB1/dYpv1 dMB1/dYcr1 dMB1/dYrc1 dMB1/dYgmq1 Remarque : Le poids économique de la variable sous jacente aux difficultés de vêlage (variable discrète) a été converti en poids économique pour la note de difficultés de vêlage (variable considérée comme continue dans l’évaluation IBOVAL). apsm1 apsd1 acn1 dMB2/dYpsm2 dMB2/dYpsd2 dMB2/dYcn1 dMB2/dYsv2 dMB2/dYnv2 dMB2/dYpn2 dMB2/dYcb2 dMB2/dYpv2 dMB2/dYcr2 dMB2/dYrc2 dMB2/dYgmq2 acb1 Représentativité du système de production 1 X% Représentativité du système de production 2 apsm2 apsd2 acn2 acb2 (100-X)% SYSTEME DE PROD GLOBAL Pondération éco ai=(dMB/dYi)*ETGi Caractères Effet maternel/poids sev (psm) Effet direct/poids au sev (psd) Condition de mise bas (cn) Conformation des broutards (cb) apsm apsd acn acb … Aux pondérations de l’objectif économique racial % acn H = a 1 A 1 + a 2 A 2 + a 3 A 3 + … a nA n % acb % apsd % apsm Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 60 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes Annexe 2 : Race sans étude économique : Calcul des poids à partir d’une race proche Exemple de calcul des pondération de l’objectif économique en race Rouge des Prés (41) avec utilisation des pondérations calculées en race Charolaise (38) avec 2 caractères. Gain marginal (€/unité) des caractères i Race Charolaise ai1-38 = dMB/dYi1 ai2-38 = dMB/dYi2 Race Rouge des Prés ai1-41 = dMB/dYi1 ai2-41 = dMB/dYi2 *ETG = Ecart Type Génétique Pondération ETG* éco.en Poids économique des caractères i ai1-38 x ETGi1-38 ai2-38 x ETGi2-38 Y 1-Y ai1-41 x ETGi1-41 ai2-41 x ETGi2-41 Y’ (inconnu) 1-Y’ (inconnu) d’où l’on tire ai1-38 = Y / ETGi1-38 et ai2-38 = 1-Y / ETGi2-38 De la même manière, on a ai1-41 = Y’ / ETGi1-41 et ai2-41 = 1-Y’ / ETGi2-41 Comme les gains marginaux des caractères en race Rouge des Prés peuvent être assimilés à ceux de la race Charolaise, on a donc : ai1 = ai1-38 = ai1-41 ai2 = ai2-38 = ai2-41 Au final, on établit donc que Y’ = ( Y x ETGi1-41 ) / ETGi1-38 et 1-Y’ = [(1-Y) x ETGi2-41 )] / ETGi2-38 Une fois ramenés en base 100, ces poids deviennent bien les pondération de l’objectif économique de la race Rouge des Prés. Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 61 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes Annexe 3 : Programme itératif d’optimisation des pondérations des index de synthèse *********************************************************************; * PROGRAMME PERMETTANT DE CALCULER LES COEFFICIENTS A UTILISER DANS *; * UN INDEX SYNTHETIQUE POUR MAXIMISER LA REPONSE ECONOMIQUE OBSERVEE*; * FLORENCE PHOCAS SEPTEMBRE 1998 ; **********************************************************************; **********************************************************************; * FICHIER DES INDICES ELEMENTAIRES STANDARDISES (ECART TYPE GENET.) *; * A FOURNIR EN ENTREE CI-DESSOUS *; **********************************************************************; FILENAME IN '/uixx/uibvtpa/obj_selection/gascon/indstdpere72' ; options pagesize=71; **********************************************************************; * LECTURE DU FICHIER DES INDICES ELEMENTAIRES STANDARDISES *; **********************************************************************; data DONNEE; infile in ; input @1 ANIM $14. @16 FNAIS0 8.4 @25 FMVEL0 8.4 @34 PND 8.4 @43 PNM 8.4 @52 CND 8.4 @61 CNM 8.4 @70 CRSEV 8.4 @79 ALAIT 8.4 @88 DMSEV 8.4 @97 DSSEV 8.4 ; * @106 rvel 2. ; *Transformation et construction de variables ; CND=-CND ; CNM=-CNM ; CVEL=(0.59*CND+0.41*CNM); *APPEL à la procédure IML de SAS; PROC IML; use DONNEE; READ ALL VAR {CVEL CRSEV ALAIT DMSEV DSSEV PND CND CNM} INTO IND ; PRINT "*****************************************************", "POPULATION GASCONNE : taureaux 700000 itérations IVMAT", "*****************************************************"; **********************************************************************; * PARAMETRAGE EXTERNE DU CALCUL *; **********************************************************************; *NOMBRE ET NOMS DES CARACTERES DANS INDICE SYNTHETIQUE IS; NCAR = 5 ; NOMCAR ={CVEL CRSEV ALAIT DMSEV DSSEV }; *NOMBRE ET NOMS DES CARACTERES EVALUES + OBJECTIF ; NCART = NCAR+4 ; NOMTOT =NOMCAR || {PND CND CNM OBJECTIF}; *VECTEUR A PONDERATIONS ECONOMIQUES DES CARACTERES (ordre de NOMCAR) ; A={0.29, 0.27, 0.16, 0.28, 0}; * NOMBRE MAXIMAL ITERATIONS ; NIT= 700000 ; * * * * * * * * * SEUIL DE SELECTION DES CANDIDATS (EN ECART TYPE IS); exemples de correspondance avec des taux de sélection; SEUIL=-1.0 CORRESPOND A SELECTIONNER ENVIRON 84% DES ANIMAUX; SEUIL=-0.5 CORRESPOND A SELECTIONNER ENVIRON 69% DES ANIMAUX; SEUIL=0.0 CORRESPOND A SELECTIONNER ENVIRON 50% DES ANIMAUX; SEUIL=0.5 CORRESPOND A SELECTIONNER ENVIRON 31% DES ANIMAUX; SEUIL=1.0 CORRESPOND A SELECTIONNER ENVIRON 16% DES ANIMAUX; SEUIL=1.5 CORRESPOND A SELECTIONNER ENVIRON 7% DES ANIMAUX; SEUIL=2.0 CORRESPOND A SELECTIONNER ENVIRON 2% DES ANIMAUX; SEUIL= 0.0 ; **********************************************************************; * FIN DU PARAMETRAGE EXTERNE DU CALCUL *; **********************************************************************; Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 62 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes **********************************************************************; * PARAMETRAGE INTERNE DU PROGRAMME *; *********************************************************************; *MATRICES DES INDICES ELEMENTAIRES ; NOBS=NROW(IND); IND=IND-J(NOBS,1,1.)*(J(1,NOBS,1.)*IND)/NOBS; *indices recentrés sur leur moyenne ; INDICE=IND(|1:NOBS,1:NCAR|) ; RH=INDICE*A; *indice économique ; ELEM=IND || RH; *TAILLE DES VECTEURS DE REPONSES ET DERIVEES; REP=J(NIT+1,NCAR+1,0.); REPH=J(NIT,NCAR+1,0.); G=J(NCAR,1,1.); H=J(NCAR,NCAR,1.); **********************************************************************; * CALCUL INDICE SYNTHETIQUE *; **********************************************************************; * phase d'initialisation; B=A; IA=INDICE*A; VARIA=(TRANSP(IA)*IA-TRANSP(SUM(IA))*SUM(IA)/NOBS)/(NOBS-1); IA=IA/SQRT(VARIA(|1,1|)); SEL=IA > SEUIL ; NBSEL=SUM(SEL); REPIA=TRANSP(SEL)*RH/NBSEL ; REPmax=0; DO IT=1 TO NIT; DO J=1 to NCAR; B(|J,1|)=UNIFORM(0); *B(|J,1|)=NORMAL(0); end; B=B/sum(ABS(B)); IS=INDICE*B; VARIS=(TRANSP(IS)*IS-TRANSP(SUM(IS))*SUM(IS)/NOBS)/(NOBS-1); IS=IS/SQRT(VARIS(|1,1|)); SEL=IS > SEUIL ; NBSEL=SUM(SEL); REP(|IT,NCAR+1|)=TRANSP(SEL)*RH/NBSEL ; IF REP(|IT,NCAR+1|)>REPmax then do; REPmax=REP(|IT,NCAR+1|); Bmax=B; end; REPH(|IT,1|)=REP(|IT,NCAR+1|); REPH(|IT,2:NCAR+1|)=TRANSP(B); END; * calcul final des réponses ; B=Bmax; IS=INDICE*B; VARIS=(TRANSP(IS)*IS-TRANSP(SUM(IS))*SUM(IS)/NOBS)/(NOBS-1); IS=IS/SQRT(VARIS(|1,1|)); SEL=IS > SEUIL ; NBSEL=SUM(SEL); SI=sqrt(VARIS(|1,1|)); REPELEM=TRANSP(SEL)*ELEM/NBSEL; REPIS=TRANSP(SEL)*IS/NBSEL; Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 63 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes **********************************************************************; * EDITION DES RESULTATS *; **********************************************************************; PRINT "__________________________________________________________________", " CALCUL EMPIRIQUE DE L'INDICE DE SYNTHESE CORRESPONDANT ", " A L'OBJECTIF ECONOMIQUE ", " __________________________________________________________________"; PRINT "*****************************************************", "RESULTATS FINAUX", "*****************************************************"; AT=transp(A); BT=transp(Bmax); PRINT "POIDS ECONOMIQUES DES CARACTERES", AT (| COLNAME=NOMCAR |), "VECTEUR DES COEFFICIENTS DE L'INDEX SYNTHETIQUE ", BT (| COLNAME=NOMCAR |)[format=10.3], "ECART TYPE DE L'INDEX SYNTHETIQUE", SI [format=10.3], "SEUIL DE SELECTION,NOMBRE DE CANDIDATS ET DE SELECTIONNES", SEUIL,NOBS,NBSEL, "REPONSE SUR INDEX SYNTHETIQUE", REPIS [format=10.3], "REPONSE SUR INDEX ECONOMIQUE", REPIA [format=10.3], "REPONSES SUR LES DIVERS CARACTERES ", REPELEM(| COLNAME=NOMTOT |) [format=10.3]; PRINT "*****************************************************", "VERIFICATION DE LA CONVERGENCE ", "*****************************************************"; PRINT "REPONSE SUR OBJECTIF ET COEFFICIENTS IS AU COURS DES ITERATIONS ", REPH [format=10.3], "________________________ FIN DU TRAITEMENT ______________________"; RUN; quit ; Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 64 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes Annexe 4 : Programme de calcul des réponses à la sélection sur un index de synthèse **********************************************************************; * PROGRAMME PERMETTANT DE CALCULER LES REPONSES A LA SELECTION *; * SUR UN INDEX SYNTHETIQUE CHOISI AU PREALABLE *; * FLORENCE PHOCAS SEPTEMBRE 1998 * ; **********************************************************************; * FICHIER DES INDICES ELEMENTAIRES STANDARDISES (ECART TYPE GENETIQUE) *; * A FOURNIR EN ENTREE CI-DESSOUS *; FILENAME IN '/uixx/uibvtpa/obj_selection/gascon/indstdpere72'; options pagesize=70 linesize=110; **********************************************************************; * LECTURE DU FICHIER DES INDICES ELEMENTAIRES STANDARDISES *; **********************************************************************; data DONNEE; infile in ; INPUT @1 ANIM $14. @16 FNAIS0 8.4 @25 FMVEL0 8.4 @34 PND 8.4 @43 PNM 8.4 @52 CND 8.4 @61 CNM 8.4 @70 CRSEV 8.4 @79 ALAIT 8.4 @88 DMSEV 8.4 @97 DSSEV 8.4 ; *Transformation et construction de variables ; CND=-CND ; CNM=-CNM ; PND=-PND ; PNM=-PNM ; CVEL=(0.59*CND+0.41*CNM); CVEL4=0.4*PND+0.6*CVEL; *APPEL à la procédure IML de SAS; PROC IML; use DONNEE; READ ALL VAR {CVEL CVEL4 CRSEV ALAIT DMSEV DSSEV PND CND CNM} INTO IND ; PRINT "-----------------------------------------------------", "POPULATION GASCONNE : taureaux nouvel IVMAT ", **********************************************************************; * PARAMETRAGE EXTERNE DU CALCUL *; **********************************************************************; *NOMBRE ET NOMS DES CARACTERES DANS INDICE SYNTHETIQUE IS; NCAR = 6 ; NOMCAR ={CVEL CVEL4 CRSEV ALAIT DMSEV DSSEV }; *NOMBRE ET NOMS DES CARACTERES EVALUES + OBJECTIF ; NCART = NCAR+ 4 ; NOMTOT =NOMCAR || {PND CND CNM OBJECTIF}; *VECTEUR DES RACINES CARREES DES h² DES CARACTERES EVALUES + OBJECTIF (h² fictif pour les syntheses = 1); VH2={1 1 0.23 0.07 0.32 0.32 0.24 0.12 0.06 1}; RACH2=DIAG(sqrt(VH2)); *VECTEUR A PONDERATIONS ECONOMIQUES DES CARACTERES (ordre de NOMCAR) ; A={0.29, 0, 0.27, 0.16, 0.28, 0}; *VECTEUR B DES PONDERATIONS DE IS; B={0, 0.30, 0.15, 0.34, 0.16, 0.05}; * SEUIL DE SELECTION DES CANDIDATS (EN ECART TYPE IS); * exemples de correspondance avec des taux de sélection; * SEUIL=-1.0 CORRESPOND A SELECTIONNER ENVIRON 84% DES ANIMAUX; * SEUIL=-0.5 CORRESPOND A SELECTIONNER ENVIRON 69% DES ANIMAUX; * SEUIL=0.0 CORRESPOND A SELECTIONNER ENVIRON 50% DES ANIMAUX; * SEUIL=0.5 CORRESPOND A SELECTIONNER ENVIRON 31% DES ANIMAUX; * SEUIL=1.0 CORRESPOND A SELECTIONNER ENVIRON 16% DES ANIMAUX; * SEUIL=1.5 CORRESPOND A SELECTIONNER ENVIRON 7% DES ANIMAUX; * SEUIL=2.0 CORRESPOND A SELECTIONNER ENVIRON 2% DES ANIMAUX; SEUIL= 0.0 ; **********************************************************************; * FIN DU PARAMETRAGE EXTERNE DU CALCUL *; **********************************************************************; Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 65 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes **********************************************************************; * PARAMETRAGE INTERNE DU PROGRAMME *; **********************************************************************; *MATRICES DES INDICES ELEMENTAIRES ; NOBS=NROW(IND); IND=IND-J(NOBS,1,1.)*(J(1,NOBS,1.)*IND)/NOBS; *indices recentrés sur leur moyenne ; INDICE=IND(|1:NOBS,1:NCAR|) ; RH=INDICE*A; *indice économique ; ELEM=IND || RH; *TAILLE DES VECTEURS DE REPONSES ET DERIVEES; G=J(NCAR,1,1.); H=J(NCAR,NCAR,1.); **********************************************************************; * CALCUL INDICE SYNTHETIQUE *; **********************************************************************; * calcul des réponses pour A; IA=INDICE*A; VARIA=(TRANSP(IA)*IA-TRANSP(SUM(IA))*SUM(IA)/NOBS)/(NOBS-1); IA=IA/SQRT(VARIA(|1,1|)); SEL=IA > SEUIL ; NBSEL=SUM(SEL); REPIA=TRANSP(SEL)*RH/NBSEL ; * calcul des réponses pour B; IS=INDICE*B; VARIS=(TRANSP(IS)*IS-TRANSP(SUM(IS))*SUM(IS)/NOBS)/(NOBS-1); IS=IS/SQRT(VARIS(|1,1|)); SEL=IS > SEUIL ; NBSEL=SUM(SEL); SI=sqrt(VARIS(|1,1|)); REPELEM=TRANSP(SEL)*ELEM/NBSEL; REPHENO=REPELEM*RACH2/10; REPIS=TRANSP(SEL)*IS/NBSEL; **********************************************************************; * EDITION DES RESULTATS *; **********************************************************************; PRINT "------------------------------------------------------------------", " REPONSES POUR L'INDICE DE SYNTHESE CHOISI ", " ", "RESULTATS FINAUX", "------------------------------------------------------------------"; *PRINT " "; AT=transp(A); BT=transp(B); PRINT "POIDS ECONOMIQUES DES CARACTERES", AT (| COLNAME=NOMCAR |), "VECTEUR DES COEFFICIENTS DE L'INDEX SYNTHETIQUE ", BT (| COLNAME=NOMCAR |)[format=10.3], "ECART TYPE DE L'INDEX SYNTHETIQUE", SI [format=10.3], "SEUIL DE SELECTION,NOMBRE DE CANDIDATS ET DE SELECTIONNES ET REPONSE SUR INDEX DE SELECTION", SEUIL,NOBS,NBSEL, REPIS [format=10.3], "REPONSE SUR INDEX ECONOMIQUE", REPIA [format=10.3], "REPONSES (EN UNITE ECART TYPE GENETIQUE 10 POINTS) SUR LES DIVERS CARACTERES ", REPELEM(| COLNAME=NOMTOT |) [format=10.3], "REPONSES (EN UNITE ECART TYPE PHENOTYPIQUE hors indices de synthèse ) SUR LES DIVERS CARACTERES ", REPHENO(| COLNAME=NOMTOT |) [format=10.3]; RUN; quit ; Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 66 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes Annexe 5 : Récapitulatif sur la construction des index élémentaires et de synthèse En race Charolaise 1) Publication des index élémentaires Valeurs Génétiques Brutes Moyennes VGB (IBOVAL 2004) h² σp σg = h2 *σ P -PNd(b) -CNd(b) -CNm(b) CRsev(b) DMsev(b) DSsev(b) ALait(b) 1,4814 0,0464 -0,0204 13,8737 2,1843 3,5861 0,5890 0,35 4,483 0,15 0,694 0.14 0.694 0,26 32,461 0,32 10,436 0,32 8,471 0,13 32,461 2,652 0,269 0,260 16,552 5,903 4,792 11,704 DSsev ALait Standardisation des index élémentaires 100 + [10 x (VGB-moyenneVGB) / (racine(h²) x σp) ] Les index élémentaires publiés AVel = -CNm CRsev DMsev 2) Publication de l’index IFNAIS Création de IFNAIS avec % PNd variable selon souhait de la race IFNAIS = -0.8 x PNd - 0.2 x CNd cf 41- Construction de la composante raciale de naissance 3) Publication de l’index ISEVR Création de ISEVR(b) non standardisé ISEVR(b) = 0.22*IFNAIS + 0.46*CRsev + 0.27*DMsev + 0.05*DSsev cf 71- Race Charolaise Standardisation ISEVR sur la base de référence en cours ISEVR = 100 + (ISEVR(b)-100) x 8 / σISEVR(b) | CH.SF.xx 4) Publication de l’index IVMAT Création de CVEL avec % PNd variable selon souhait de la race (0,50 x σg(CNd) ) x CNd + (0,50 x σg(CNm) ) x CNm CVEL= -0.5 x PNd - 0.5 x (0,50 x σg(CNd) ) + (0,50 x σg(CNm) ) cf 42- Construction de la composante raciale de vêlage Création de IVMAT(b) non standardisé IVMAT(b) = 0.17*CVEL + 0.33*CRsev + 0.23*DMsev + 0.01*DSsev + 0.26*ALait cf 71- Race Charolaise Standardisation IVMAT sur la base de référence en cours IVMAT = 100 + (IVMAT(b)-100) x8 / σIVMAT(b) | CH.SF.xx Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 67 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes En race Limousine 1) Publication des index élémentaires Valeurs Génétiques Brutes Moyennes VGB (IBOVAL 2004) h² σp σg = h2 *σ P -PNd(b) -CNd(b) -CNm(b) CRsev(b) DMsev(b) DSsev(b) ALait(b) 0,5492 0,0324 0,0158 10,1505 1,3950 3,7309 0,9156 0,39 2,9755 0,11 0,2818 0,08 0,2818 0,26 25,4044 0,32 8,5533 0,32 7,8698 0,13 25,4044 1,8582 0,0935 0,0797 12,9538 4,8385 4,4518 9,1597 Standardisation des index élémentaires 100 + [10 x (VGB-moyenneVGB) / (racine(h²) x σp) ] Les index élémentaires publiés AVel = -CNm CRsev DMsev DSsev ALait 2) Publication de l’index IFNAIS Création de IFNAIS avec % PNd variable selon souhait de la race IFNAIS = -0.9 x PNd - 0.1 x CNd cf 41- Construction de la composante raciale de naissance 3) Publication de l’index ISEVR Création de ISEVR(b) non standardisé ISEVR(b) = 0.24*IFNAIS + 0.35*CRsev + 0.34*DMsev + 0.07*DSsev cf 72- Race Limousine Standardisation ISEVR sur la base de référence en cours ISEVR = 100 + (ISEVR(b)-100) x 8 / σISEVR(b) | LI.SF.xx 4) Publication de l’index IVMAT Création de CVEL avec % PNd variable selon souhait de la race (0,50 x σg(CNd) ) x CNd + (0,50 x σg(CNm) ) x CNm CVEL= -0.5 x PNd - 0.5 x (0,50 x σg(CNd) ) + (0,50 x σg(CNm) ) cf 42- Construction de la composante raciale de vêlage Création de IVMAT(b) non standardisé IVMAT(b) = 0.12*CVEL + 0.29*CRsev + 0.22*DMsev + 0.01*DSsev + 0.36*ALait cf 72- Race Limousine Standardisation IVMAT sur la base de référence en cours IVMAT = 100 + (IVMAT(b)-100) x8 / σIVMAT(b) | LI.SF.xx Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 68 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes En race Blonde d’Aquitaine 1) Publication des index élémentaires Valeurs Génétiques Brutes Moyennes VGB (IBOVAL 2004) h² σp σg = h2 *σ P -PNd(b) -CNd(b) -CNm(b) CRsev(b) DMsev(b) DSsev(b) ALait(b) 0,7963 0,0334 -0,0358 6,8126 0,8744 1,9963 0,5708 0,39 4,3373 0,11 0,5309 0,09 0,5309 0,23 31,1064 0,32 9,2257 0,32 7,2464 0,07 31,1064 2,7086 0,1761 0,1593 14,9181 5,2188 4,0992 8,2300 Standardisation des index élémentaires 100 + [10 x (VGB-moyenneVGB) / (racine(h²) x σp) ] Les index élémentaires publiés AVel = -CNm CRsev DMsev DSsev ALait 2) Publication de l’index IFNAIS Création de IFNAIS avec % PNd variable selon souhait de la race IFNAIS = -0.60 x PNd - 0.40 x CNd cf 41- Construction de la composante raciale de naissance 3) Publication de l’index ISEVR Création de ISEVR(b) non standardisé ISEVR(b) = 0.26*IFNAIS + 0.42*CRsev + 0.20*DMsev + 0.12*DSsev cf 73- Race Blonde d’Aquitaine Standardisation ISEVR sur la base de référence en cours ISEVR = 100 + (ISEVR(b)-100) x 8 / σISEVR(b) | BL.SF.xx 4) Publication de l’index IVMAT Création de CVEL avec % PNd variable selon souhait de la race (0,50 x σg(CNd) ) x CNd + (0,50 x σg(CNm) ) x CNm CVEL= -0.20 x PNd - 0.80 x (0,50 x σg(CNd) ) + (0,50 x σg(CNm) ) cf 42- Construction de la composante raciale de vêlage Création de IVMAT(b) non standardisé IVMAT(b) = 0.20*CVEL + 0.20*CRsev + 0.15*DMsev + 0.15*DSsev + 0.30*ALait cf 73- Race Blonde d’Aquitaine Standardisation IVMAT sur la base de référence en cours IVMAT = 100 + (IVMAT(b)-100) x8 / σIVMAT(b) | BL.SF.xx Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 69 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes En race Salers 1) Publication des index élémentaires Valeurs Génétiques Brutes Moyennes VGB (IBOVAL 2004) h² σp σg = h2 *σ P -PNd(b) -CNd(b) -CNm(b) CRsev(b) DMsev(b) DSsev(b) ALait(b) 0,2432 0,0030 -0,0007 1,8500 1,2924 0,8348 -0,5119 0,47 3,0540 0,21 0,1530 0,08 0,1530 0,23 24,7713 0,32 8,3062 0,32 6,8020 0,07 24,7713 2,0937 0,0701 0,0433 11,8799 4,6987 3,8478 6,5539 Standardisation des index élémentaires 100 + [10 x (VGB-moyenneVGB) / (racine(h²) x σp) ] Les index élémentaires publiés AVel = -CNm CRsev DMsev DSsev ALait 2) Publication de l’index IFNAIS Création de IFNAIS avec % PNd variable selon souhait de la race IFNAIS = -0.80 x PNd - 0.20 x CNd cf 41- Construction de la composante raciale de naissance 3) Publication de l’index ISEVR Création de ISEVR(b) non standardisé ISEVR(b) = 0.26*IFNAIS + 0.40*CRsev + 0.35*DMsev + 0.02*DSsev cf 74- Race Salers Standardisation ISEVR sur la base de référence en cours ISEVR = 100 + (ISEVR(b)-100) x 8 / σISEVR(b) | SA.SF.xx 4) Publication de l’index IVMAT Création de CVEL avec % PNd variable selon souhait de la race (0,50 x σg(CNd) ) x CNd + (0,50 x σg(CNm) ) x CNm CVEL= -0.60 x PNd - 0.40 x (0,50 x σg(CNd) ) + (0,50 x σg(CNm) ) cf 42- Construction de la composante raciale de vêlage Création de IVMAT(b) non standardisé IVMAT(b) = 0.24*CVEL + 0.25*CRsev + 0.14*DMsev + 0.02*DSsev + 0.35*ALait cf 74- Race Salers Standardisation IVMAT sur la base de référence en cours IVMAT = 100 + (IVMAT(b)-100) x8 / σIVMAT(b) | SA.SF.xx Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 70 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes En race Aubrac 1) Publication des index élémentaires Valeurs Génétiques Brutes Moyennes VGB (IBOVAL 2004) h² σp σg = h2 *σ P -PNd(b) -CNd(b) -CNm(b) CRsev(b) DMsev(b) DSsev(b) ALait(b) 0,3647 0,0005 0,0008 6,3504 2,4223 1,2140 0,8093 0,40 3,2913 0,11 0,2460 0,05 0,2460 0,23 22,6224 0,32 8,6243 0,32 6,9170 0,07 22,6224 2,0816 0,0816 0,0550 10,8493 4,8786 3,9128 5,9853 Standardisation des index élémentaires 100 + [10 x (VGB-moyenneVGB) / (racine(h²) x σp) ] Les index élémentaires publiés AVel = -CNm CRsev DMsev DSsev ALait 2) Publication de l’index IFNAIS Création de IFNAIS avec % PNd variable selon souhait de la race IFNAIS = -0.70 x PNd - 0.30 x CNd cf 41- Construction de la composante raciale de naissance 3) Publication de l’index ISEVR Création de ISEVR(b) non standardisé ISEVR(b) = 0.41*IFNAIS + 0.30*CRsev + 0.24*DMsev + 0.05*DSsev cf 75- Race Aubrac Standardisation ISEVR sur la base de référence en cours ISEVR = 100 + (ISEVR(b)-100) x 8 / σISEVR(b) | AU.SF.xx 4) Publication de l’index IVMAT Création de CVEL avec % PNd variable selon souhait de la race (0,50 x σg(CNd) ) x CNd + (0,50 x σg(CNm) ) x CNm CVEL= -0.40 x PNd - 0.60 x (0,50 x σg(CNd) ) + (0,50 x σg(CNm) ) cf 42- Construction de la composante raciale de vêlage Création de IVMAT(b) non standardisé IVMAT(b) = 0.44*CVEL + 0.19*CRsev + 0.09*DMsev + 0.05*DSsev + 0.23*ALait cf 75- Race Aubrac Standardisation IVMAT sur la base de référence en cours IVMAT = 100 + (IVMAT(b)-100) x8 / σIVMAT(b) | AU.SF.xx Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 71 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes En race Gasconne 1) Publication des index élémentaires Valeurs Génétiques Brutes Moyennes VGB (IBOVAL 2004) h² σp σg = h2 *σ P -PNd(b) -CNd(b) -CNm(b) CRsev(b) DMsev(b) DSsev(b) ALait(b) -0,0224 0,01098 -0,0116 3,7092 -0,2414 1,1453 0,6059 0,25 3,6420 0,13 0,2874 0,09 0,2874 0,23 23,1328 0,32 9,7630 0,32 7,2174 0,07 23,1328 1,8210 0,1036 0,0862 11,0941 5,5228 4,0828 6,1204 Standardisation des index élémentaires 100 + [10 x (VGB-moyenneVGB) / (racine(h²) x σp) ] Les index élémentaires publiés AVel = -CNm CRsev DMsev DSsev ALait 2) Publication de l’index IFNAIS Création de IFNAIS avec % PNd variable selon souhait de la race IFNAIS = -0.70 x PNd - 0.30 x CNd cf 41- Construction de la composante raciale de naissance 3) Publication de l’index ISEVR Création de ISEVR(b) non standardisé ISEVR(b) = 0.22*IFNAIS + 0.24*CRsev + 0.35*DMsev + 0.19*DSsev cf 76- Race Gasconne Standardisation ISEVR sur la base de référence en cours ISEVR = 100 + (ISEVR(b)-100) x 8 / σISEVR(b) | GA.SF.xx 4) Publication de l’index IVMAT Création de CVEL avec % PNd variable selon souhait de la race (0,50 x σg(CNd) ) x CNd + (0,50 x σg(CNm) ) x CNm CVEL= -0.40 x PNd - 0.60 x (0,50 x σg(CNd) ) + (0,50 x σg(CNm) ) cf 42- Construction de la composante raciale de vêlage Création de IVMAT(b) non standardisé IVMAT(b) = 0.30*CVEL + 0.15*CRsev + 0.16*DMsev + 0.05*DSsev + 0.34*ALait cf 76- Race Gasconne Standardisation IVMAT sur la base de référence en cours IVMAT = 100 + (IVMAT(b)-100) x8 / σIVMAT(b) | GA.SF.xx Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 72 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes En race Rouge des Prés 1) Publication des index élémentaires Valeurs Génétiques Brutes Moyennes VGB (IBOVAL 2004) h² σp σg = h2 *σ P -PNd(b) -CNd(b) -CNm(b) CRsev(b) DMsev(b) DSsev(b) ALait(b) 0,9740 0,0320 -0,0420 5,1450 1,4030 1,7200 0,1190 0,29 4,830 0,11 0,780 0,11 0,780 0,26 32,800 0,32 11,110 0,32 9,560 0,13 32,800 2,6010 0,2587 0,2587 16,7248 6,2848 5,4080 11,8262 Standardisation des index élémentaires 100 + [10 x (VGB-moyenneVGB) / (racine(h²) x σp) ] Les index élémentaires publiés AVel = -CNm CRsev DMsev DSsev ALait 2) Publication de l’index IFNAIS Création de IFNAIS avec % PNd variable selon souhait de la race IFNAIS = -0.70 x PNd - 0.30 x CNd cf 41- Construction de la composante raciale de naissance 3) Publication de l’index ISEVR Création de ISEVR(b) non standardisé ISEVR(b) = 0.25*IFNAIS + 0.52*CRsev + 0.20*DMsev + 0.03*DSsev cf 77- Race Rouge des Prés Standardisation ISEVR sur la base de référence en cours ISEVR = 100 + (ISEVR(b)-100) x 8 / σISEVR(b) | RO.SF.xx 4) Publication de l’index IVMAT Création de CVEL avec % PNd variable selon souhait de la race (0,50 x σg(CNd) ) x CNd + (0,50 x σg(CNm) ) x CNm CVEL= -0.30 x PNd - 0.70 x (0,50 x σg(CNd) ) + (0,50 x σg(CNm) ) cf 42- Construction de la composante raciale de vêlage Création de IVMAT(b) non standardisé IVMAT(b) = 0.25*CVEL + 0.27*CRsev + 0.17*DMsev + 0.06*DSsev + 0.25*ALait cf 77- Race Rouge des Prés Standardisation IVMAT sur la base de référence en cours IVMAT = 100 + (IVMAT(b)-100) x8 / σIVMAT(b) | RO.SF.xx Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 73 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes En race Parthenaise 1) Publication des index élémentaires Valeurs Génétiques Brutes Moyennes VGB (IBOVAL 2004) h² σp σg = h2 *σ P -PNd(b) -CNd(b) -CNm(b) CRsev(b) DMsev(b) DSsev(b) ALait(b) 0,4097 0,0239 -0,0362 5,5572 3,2792 1,6831 -2,3997 0,37 4,1649 0,18 0,6881 0,08 0,6881 0,26 30,5614 0,32 10,8758 0,32 8,7633 0,13 30,5614 2,5334 0,2919 0,1946 15,5833 6,1523 4,9573 11,0191 Standardisation des index élémentaires 100 + [10 x (VGB-moyenneVGB) / (racine(h²) x σp) ] Les index élémentaires publiés AVel = -CNm CRsev DMsev DSsev ALait 2) Publication de l’index IFNAIS Création de IFNAIS avec % PNd variable selon souhait de la race IFNAIS = -0.80 x PNd - 0.20 x CNd cf 41- Construction de la composante raciale de naissance 3) Publication de l’index ISEVR Création de ISEVR(b) non standardisé ISEVR(b) = 0.24*IFNAIS + 0.32*CRsev + 0.32*DMsev + 0.12*DSsev cf 78- Race Parthenaise Standardisation ISEVR sur la base de référence en cours ISEVR = 100 + (ISEVR(b)-100) x 8 / σISEVR(b) | PA.SF.xx 4) Publication de l’index IVMAT Création de CVEL avec % PNd variable selon souhait de la race (0,50 x σg(CNd) ) x CNd + (0,50 x σg(CNm) ) x CNm CVEL= -0.10 x PNd - 0.90 x (0,50 x σg(CNd) ) + (0,50 x σg(CNm) ) cf 42- Construction de la composante raciale de vêlage Création de IVMAT(b) non standardisé IVMAT(b) = 0.24*CVEL + 0.24*CRsev + 0.25*DMsev + 0.02*DSsev + 0.25*ALait cf 78- Race Parthenaise Standardisation IVMAT sur la base de référence en cours IVMAT = 100 + (IVMAT(b)-100) x8 / σIVMAT(b) | PA.SF.xx Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 74 Construction des index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes En race Bazadaise 1) Publication des index élémentaires Valeurs Génétiques Brutes Moyennes VGB (IBOVAL 2004) h² σp σg = h2 *σ P -PNd(b) -CNd(b) -CNm(b) CRsev(b) DMsev(b) DSsev(b) ALait(b) 0,4438 0,0071 0,0003 1,2771 -0,4522 0,3371 -0,1721 0,21 3,6720 0,09 0,3750 0,10 0,3750 0,23 25,3750 0,32 9,5490 0,32 8,4910 0,07 25,5490 1,6827 0,1125 0,1186 12,1694 5,4017 4,8032 6,7596 Standardisation des index élémentaires 100 + [10 x (VGB-moyenneVGB) / (racine(h²) x σp) ] Les index élémentaires publiés AVel = -CNm CRsev DMsev DSsev ALait 2) Publication de l’index IFNAIS Création de IFNAIS avec % PNd variable selon souhait de la race IFNAIS = -0.75 x PNd - 0.25 x CNd cf 41- Construction de la composante raciale de naissance 3) Publication de l’index ISEVR Création de ISEVR(b) non standardisé ISEVR(b) = 0.38*IFNAIS + 0.33*CRsev + 0.25*DMsev + 0.04*DSsev cf 79- Race Bazadaise Standardisation ISEVR sur la base de référence en cours ISEVR = 100 + (ISEVR(b)-100) x 8 / σISEVR(b) | BA.SF.xx 4) Publication de l’index IVMAT Création de CVEL avec % PNd variable selon souhait de la race (0,50 x σg(CNd) ) x CNd + (0,50 x σg(CNm) ) x CNm CVEL= -0.50 x PNd - 0.50 x (0,50 x σg(CNd) ) + (0,50 x σg(CNm) ) cf 42- Construction de la composante raciale de vêlage Création de IVMAT(b) non standardisé IVMAT(b) = 0.30*CVEL + 0.20*CRsev + 0.16*DMsev + 0.02*DSsev + 0.32*ALait cf 78- Race Parthenaise Standardisation IVMAT sur la base de référence en cours IVMAT = 100 + (IVMAT(b)-100) x8 / σIVMAT(b) | PA.SF.xx Institut de l’Elevage(TP) – INRA SGQA (FP) Août 2005 page 75 Août 2005 Compte rendu n°010579102 Département Génétique Service Sélection Thierry PABIOU Construction d’index de synthèse IBOVAL sur des bases économiques en races allaitantes Synthèse des travaux 1995-2005 Le but de la sélection animale est d’améliorer les caractéristiques génétiques des populations sur un ensemble de caractères héritables, socialement ou économiquement intéressants pour les générations à venir. C’est cet ensemble de caractères ou aptitudes peut se résumer en une fonction - dite « objectif de sélection » - qui vise à donner une valeur de synthèse des reproducteurs ou des races. L’intérêt de définir une telle fonction est de maximiser l’efficacité économique du programme de sélection. La construction d’index synthétiques de sélection permet l’amélioration génétique sur l’objectif défini.Un important travail de réflexion et de modélisation a été réalisé de 1995 à 2000 par F. Phocas (INRA) en collaboration avec l’Institut de l’Elevage, afin de redéfinir les objectifs de sélection sur des bases économiques et les adapter au contexte actuel de l’élevage bovin allaitant. Suite à ce travail, les index synthétiques de sélection ont été construits. A partir de 2003, l’évaluation de nouveaux caractères (poids et conditions de naissance des veaux) a amené une nouvelle définition de la composition des index de synthèse au sevrage ISEVR et IVMAT. Pour les races Limousine, Blonde d’Aquitaine, Aubrac, Gasconne, Salers et Charolaise, cette évolution s’est effectuée au fur et à mesure de leur validation par les UPRA. Pour chacune des races Parthenaise, Rouge des Prés et Bazadaise, l’introduction de ces nouveaux caractères a été l’occasion d’établir un objectif de sélection racial sur des bases économiques. Institut National de la Recherche Agronomique Station de Génétique Quantitative et Appliquée Domaine de Vilvert 78352 Jouy-en-Josas cedex www-sgqa.jouy.inra.fr Institut de l’Élevage 149, rue de Bercy 75595 Paris CEDEX 12 www.inst-elevage.asso.fr