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Fiche ImageJ/Fiji
Dans ce guide, nous verrons comment installer les plugins imageJ/Fiji pour ouvrir les
images sur le serveur Omero avec ImageJ/Fiji.
Sous Windows:
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Télécharger ImageJ ou Fiji si ce n’est pas déjà fait et installez-le en suivant les instructions.
Lien de téléchargement: http://imagej.nih.gov/ij/download.html
Mettez à jour votre version d’imageJ en allant dans la section Help -> update imageJ du
logiciel afin d’être sûr qu’imageJ prenne en charge les plugins que nous allons installer.
Télécharger les plugins Omero.inisght-ij (fichier à dézipper)
(http://downloads.openmicroscopy.org/omero/?C=M;O=D ) et Bioformats Package (
http://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats/?C=M;O=D ). Attention, veillez bien à
choisir le dossier correspondant à la version d’Omero que nous utilisons (actuellement
version 5.0.5).
Il faut maintenant glisser ces plugins dans le dossier plugins de votre programme imageJ:
Chemin pour accéder au dossier plugin de imageJ
Plugin omero.insight-ij ici dézipé, en effet il est au format zip lorsque vous le télécharger.
Sous Mac:
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Télécharger les mêmes plugins que sous windows, de la même façon.
Pour les intégrer à votre programme Fiji, il y’aura 2 étapes:
- Pour placer omero.insight-ij (fichier à dézipper)dans le dossier plugin, clic droit sur
l’application Fiji puis:
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Pour installer le plugin Bioformats: dans Fiji->Help-> Update Fiji->Manage update
sites puis:
Cochez
Bioformats
Puis
Et enfin
Comment accéder au plugin une fois qu’il a été installé:
Ouvrez imageJ/Fiji puis dans le menu plugin -> Omero -> Connect to omero.
L’ écran de connexion habituel d’omero va alors s’ouvrir, rentrez vos identifiants et connectezvous. Une fois connecté, faites clic droit sur l’image que vous voulez ouvrir sous imageJ et une
option view in imageJ devrait être disponible.
Pour le moment, pas de
sauvegarde directement sur Omero
des images travaillées avec imageJ.
Cela sera possible dans la mise à
jour début 2015.