Diagnostic par la biologie moléculaire

AIDE AU DIAGNOSTIC PAR LA BIOLOGIE MOLECULAIRE
1. Introduction
le développement des techniques de biologie moléculaire et l’apparition de trousses
commerciales permettant la recherche simultanée de différents organismes
(bactéries, virus et parasites) responsables de pathologies diverses, ouvrent la voie à
une nouvelle approche du diagnostic.
Cela permet de mettre en évidence des pathogènes insoupçonnés ou de détecter des
co-infections.
Tout l’enjeu réside donc dans l’élimination rapide de l’hypothèse d’infection et dans
l’identification du type de germe en cas d’infection avérée, pour une meilleure prise en
charge du patient mais aussi pour une meilleure efficience médico-économique.
Si le résultat s’avère négatif, et il le sera encore dans 90% des cas, cela permettra de
statuer rapidement pour le patient. La PCR revêt un énorme intérêt quand elle est
négative, puisqu’elle permet de dégager des dossiers, d’éliminer d’autres tests et
d’aller vite (Dr Gibaud, CHU de Nantes 2015).
2. Technique utilisée
Le système FilmArray® utilisé dans notre laboratoire est un système multiplexe en PCR
(Polymérase Chain Reaction), certifié, intégrant en circuit fermé, en évitant ainsi des
contaminations, la préparation de l’échantillon, l’amplification, la détection et l’analyse.
Il est possible par ce moyen de détecter simultanément des virus, des parasites, et des
bactéries.
L’avantage principal est l’obtention de résultats fiables dans un délai très court,
permettant au médecin de pouvoir décider rapidement d’un traitement si nécessaire.
Un autre avantage est d’avoir deux profils principaux à disposition : le profil gastrointestinal et le profil respiratoire.
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3. Profil gastro-intestinal
L’OMS définit la diarrhée aiguë par l’occurrence d’au moins trois selles molles à
liquides par jour, datant de moins de deux semaines.
La majorité des cas est liée aux salmonelles et aux campylobacters.
Organismes recherchés dans le profil gastro-intestinal PCR :
Campylobacter
Clostridium difficile
Plesiomonas shigelloides
Salmonella
Cryptosporidium
Yersinia enterolitica
40/41Astrovirus
Norovirus GI/ GII
Vibrio parahaemolyticus
Vibrio cholerae
Shigelle/ enteroinvasive
Shiga-like-toxin producing
Cyclospora cayetanensis
Entamoeba hystolytica
Rotavirus
Enteroaggregative E. Coli
Enteropathogenic E. Coli
Enterotoxigenic E. Coli
E. Coli O157
Gardia lamblia
Adenovirus F
Sapovirus (I, II, IV et V)
Une étude parue dans le journal "Clinical Microbiology and Infection" en 2015 montre
que la technique FilmArray® de Biofire, que nous utilisons dans notre laboratoire,
détecte au moins un organisme dans 54% des échantillons proposés, comparé à au
moins un organisme dans 18,1% des échantillons utilisant des protocoles traditionnels
de laboratoires.
En résumé, cette technique offre la capacité d’identifier un nombre plus grand
d’organismes pathogènes associés à des maladies gastro-intestinales, tout en étant
plus rapide, plus sensible, plus spécifique et plus simple à effectuer que les méthodes
standards.
4. Profil respiratoire
Organismes recherchés dans le profil respiratoire PCR :
Adenovirus
Coronavirus HKU1
Coronavirus OC43
Influenza A/H1
Parainfluenza 1
Influenza B
Coronavirus NL63
Human Metapneumovirus
Influenza A/H1-2009
Parainfluenza 2
2
Respiratory Syncitial Virus
Coronavirus 229E
Influenza A
Influenza A /H3
Parainfluenza 3
Parainfluenza 4
Mycoplasma pneumoniae
Bordetella pertussis
Chlamydophila pneumon.
Human Rhinovirus/Enterovirus
Le diagnostic moléculaire des maladies infectieuses est de plus en plus important dans le
cadre de la clinique, pour le traitement de la maladie et pour le contrôle de l’infection.
Des tests récents, hautement sensibles et spécifiques, deviennent facilement disponibles,
grâce au changement de tendance du test individuel au test multiplexe, ainsi qu’au passage
de la centralisation à la décentralisation (Point-Of-Impact Testing, ou POIT).
Le profil respiratoire que l’on propose chez TEST SA aide à prévenir l’usage inutile
d’antibiotiques et offre un traitement plus opportun et efficace.
Une surveillance active des voies respiratoires avec un test PCR peut aider à prédire des
épidémies saisonnières respiratoires.
5. Positions tarifaires
- profil respiratoire PCR : Frs 375.- profil gastro-intestinal PCR : Frs 451.-
6. Bibliographie
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• ARTICLES
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• POSTERS
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Point-of-Impact Testing in the Emergency Department: Diagnostics for Respiratory Viral Infections.
Poelman R., van der Meer J., van Leer-Buter C., Riezebos-Brilman A., Friedrich A., Niesters B.CLINICAL
VIROLOGY SYMPOSIUM – 2015 – Poster #1126
Utilization and Impact of Rapid Respiratory Virus Panel Testing on Evaluation 12and Management of
Children seen in a Pediatric Emergency Department.
Fowler S.L., Nolte F.S.PEDIATRIC ACADEMIC SOCIETY ANNUAL MEETING – 2013
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