UM63 CNRS 7278 - IRD 198 INSERM U1095 Virus émergents et

Transcription

Annuaire de la Recherche 2013 / 2014
UM63
CNRS 7278 - IRD 198
INSERM U1095
Virus émergents
et pathologies humaines
Pr. Didier Raoult
Aix-Marseille Université – Faculté de Pharmacie – 27 bd Jean Moulin – CS 30064 - 13385 Marseille
Cedex 05 - France - Tél. : +33 (0)4 91 83 55 00 - Fax : +33 (0)4 91 80 26 12
1 / IDENTIFIANTS DE VOTRE UNITE/EQUIPE DE RECHERCHE
A partir du 1er Janvier 2013
Intitulé de l’Unité :
URMITE CNRS UMR 7278 – IRD 198 – INSERM U1095
IHU Méditerranée Infection
http://www.mediterranee-infection.com/article.php?laref=1
Localisation :
Marseille – UFR Médecine et de Pharmacie
Responsable :
Pr D. Raoult
Intitulé de l’Equipe : Responsable d’équipe « Mucoviscidose, microbiote et prise en
charge thérapeutique »
Localisation :
UFR PHARMACIE – URMITE – IHU Méditerranée Infection
(10ème étage Aile A & C)
Responsable :
Pr J-M. Rolain
Téléphone :
04 86 13 68 28
Adresse électronique :
[email protected]
2 / EFFECTIFS
Enseignants - Chercheurs :
5
Chercheurs :
Praticiens hospitaliers :
4
Ingénieurs (INSERM, CNRS, autres) :
Personnel Administratif et Technique Universitaire :
1
Personnel Administratif et Technique (INSERM,
CNRS, autre) :
Post-doc :
2
Etudiants en Thèse :
9
Etudiants en Master :
5
IDENTIFICATION DES PERSONNES
IMPLIQUEES DANS LA RECHERCHE
Nom
Rolain
Dubus
Reynaud
Andrieu
Roux
Prénom
Jean-Marc
JC
Martine
Véronique
Véronique
Fonction
PU-PH
PU-PH
PU-PH
MCF
MCU-PH
HDR
oui
oui
oui
Oui
oui
Téléphone
04 86 13 68 28
04 91 32 43 00
04 91 38 43 06
04 91 83 56 39
04 91 83 55 60
e-mail
3 / THEMES DE RECHERCHE
(Résumé de votre projet de recherche AERES)
Projet 1 : Evaluation de la sensibilité et de la résistance aux agents anti-infectieux –
Mécanismes moléculaires de la résistance aux antibiotiques - Veille épidémiologique
•Identification génétique et étude des mécanismes moléculaires de résistance aux antiinfectieux des pathogènes émergents et multirésistants au cours de la mucoviscidose
•Etude des transferts latéraux de gènes et de la résistance aux antibiotiques au cours de la
mucoviscidose.
•Analyse génomique de souches bactériennes épidémiques et/ou multirésistantes par
pyroséquençage à haut débit.
•Identification et biotypage des souches bactériennes par MALDI-TOF – Typage moléculaire
•Surveillance épidémiologique des bactéries multirésistantes – Mise au point de technique
moléculaire de détection des gènes de résistance aux antibiotiques
Projet 2 : Détection et Identification de nouveaux agents responsables d’infections
pulmonaires – Caractérisation du microbiote respiratoire des patients atteints de
mucoviscidose
•Identification moléculaire et taxonomie bactérienne de nouveaux agents pathogènes
•Réalisation d’études de métagénomique virale et bactérienne sur les prélèvements
pulmonaires de patients atteints de mucoviscidose – Caractérisation du microbiote au cours de
la mucoviscidose.
•Recherche exhaustive, par prélèvements systématiques essentiellement des expectorations,
d’agents infectieux émergents et/ou multirésistants responsables de colonisations et
d’infections des voies respiratoires chez les patients atteints de mucoviscidose.
•Utilisation de techniques originales d’isolement et de culture, de détection et d’identification
moléculaire des agents infectieux au cours des infections pulmonaires.
Projet 3 : Nouvelles approches thérapeutiques et développement de nouvelles formes
galéniques d’administration des antibiotiques
•Développement de nouvelles formes galéniques vectrices de médicaments pour la voie
pulmonaire et optimisation des formes existantes (agents anti-infectieux et antiinflammatoires)
4 / PUBLICATIONS 2013-2014
Précisez les articles avec comité de lecture répertoriés par l’AERES ou dans les bases de
données internationales (ISI Web of Knowledge, Pub Med…) en séparant les publications
nationales, internationales et les brevets
1.
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S. Biswas, JM. Rolain. Use of MALDI-TOF mass spectrometry for identification of bacteria that are
difficult to culture. J. Microbiol. Methods. 2013, 92(1)14-24.
E. Angelakis, M. Million, F. D’Amato, L. Rouli, H. Richet, A. Stein, JM. Rolain, D. Raoult. Q fever
and pregnancy: disease, prevention, and strain specificity. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect Dis. 2013.
32(3):361-8.
SM. Diene, B. Fall, M. Kempt, F. Fenollar, K. Sow, B. Niang, B. Wade, D. Raoult, JM Rolain.
Emergence of OXA-23 carbapenemase encoding gene in multidrug resistant Acinetobacter baumannii
clinical isolates from principal hospital of Dakar, Senegal. Int. J. Infect. Dis. 2013, 17(3):e209-10.
M. Kempf, JM Rolain, S. Azza, S. Diene, ML. Joly-Guillou, G. Dubourg, P. Colson, L. Papazian, H.
Richet , PE. Fournier, A. Ribeiro, D. Raoult. Investigation of Acinetobacter baumannii:resistance to
carbapenems in Marseille hospitals, south of France : a transition from an epidemic to an endemic
situation. Acta Pathol. Microbiol. Immunol. Scand. 2013, 121(1):64-71.
JM. Rolain, S. M. Diene, M. Kempf, G. Gimenez, C. Robert, D. Raoult. Real time sequencing to
decipher the molecular mechanism of resistance of a clinical pan-drug resistant Acinetobacter
baumannii, Marseille, France. Antimicrob. Agents Chemother. 2013, 57(1):592-6.
SM. Diene, V. Merhej, M. Henry, A. El Filali, V. Roux, C. Robert, S. Azza, F. Gavory, V. Barbe, B. La
Scola, D. Raoult, and JM Rolain; The rhizome of the multidrug-resistant Enterobacter aerogenes
genome reveals how new “killer bugs” are created because of a sympatric lifestyle. Mol. Biol. Evol..
2013, 30(2):369-83.
JC. Galán, F. González-Candelas, JM. Rolain and R. Cantón. Antibiotics as selectors and accelerators
of diversity in the mechanisms of resistance: From the resistome to genetic plasticity in the b-lactamases
world. Front. Microbiol. 2013. 4:9.
SM. Diene and JM. Rolain. Investigation of antibiotic resistance in the genomic era of multidrugresistant Gram-negative bacilli, especially Enterobacteriaceae, Pseudomonas and Acinetobacter. Expert
Review of Anti-infective. 2013. 11(3):277-96.
R. Drali, A. Boutellis, D. Raoult Didier, JM. Rolain and P. Brouqui. Distinguishing Body Lice from
Head Lice by Multiplex Real-time PCR Analysis of the Phum_PHUM540560 Gene. PLOS One. 2013,
8(2):e58088.
10.
11.
12.
13.
14.
15.
16.
17.
18.
19.
20.
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22.
23.
24.
25.
26.
27.
28.
M. Touati, S. M Diene, M. Dekhil, A. Djahoudi, A. Racherache, JM. Rolain. Dissemination of class I
integron carrying VIM-2 carbapenemase gene in Pseudomonas aeruginosa clinical isolates from
intensive care unit of University Hospital of Annaba, Algeria.. Antimicrob. Agents Chemother. 2013,
575(5):2426-7.
A.O. Olaitan, M. Berrazeg, O.E. Fagade, O.O. Adelowo, J.A. Alli, JM. Rolain. Emergence of
multidrug-resistant Acinetobacter baumannii producing OXA-23 carbapenemase, Nigeria. Int. J.
Infect. Dis. 2013, 4:9.
F. Fenollar, J.C. Lagier, JM. Rolain, M. Célard, O. Bouchot, J.C. Eicher, H. Lepidi, D. Raoult.
Tropheryma whipplei endocarditis relapses after treatment with trimethoprim/sulfamethoxazole. Int. J.
Antimicrob Agents. 2013, 41(6):592-4.
JM. Rolain, M. Vayssier-Taussat, W. Saisongkorh, V. Merhej, G. Gimenez, C. Robert, D. Le Rhun, C.
Dehio, D. Raoult. Partial disruption of translational and post-translational machinery reshapes growth
rates of Bartonella birtlesii. mBIO. 2013, 23;(4):e00115-13.
M. Berrazeg, S. M. Diene, M. Drissi, M. Kempf, H. Richet, L. Landraud, JM Rolain. Biotyping of
multidrug-resistant Klebsiella pneuponiae clinical isolates from France and Algeria using MALDI-TOF
MS. PLOS One. 2013, 8(4):e61428.
S. Biswas, J.C. Dubus, M. Reynaud-Gaubert, N. Stremler, J.M. Rolain. Evaluation of colistin
susceptibility in multi-drug resitant clinical isolates from cystic fibrosis, France.Eur. J. Clin.
Microbiol. Infect. Dis. 2013, 32(11):1461-4.
T. Jiyipong, S. Morand, S. Jittapalapong, D. Raoult, JM. Rolain. Bordetella hinzii in rodents. Southeast
Asia. Emerg. Infect. Dis. 2013, 19(3) :502-3.
M. Berrazeg, M. Drissi, L. Medjahed, JM Rolain. Hierarchical clustering as a rapid tool for
surveillance of emerging antibiotic resistance phenotypes in Klebsiella pneumoniae strains. J. Med.
Microbiol. 2013, 62(6):864-74.
E. Mesli, M. Berrazeg, M. Drissi, SN. Bekhoucha, JM Rolain. Prevalence of carbapenemase encoding
genes including New Delhi Metallo- -lactamase in Acinetobacter species, Algeria. Int. J. Infect. Dis.
2013, 17(9):e739-43.
T. Atieh, G. Audoly, S. Hraiech, H. Lepidi, A. Roch, JM. Rolain, D. Raoult, L. Papazian, F. Bregeon.
Evaluation of the diagnostic value of fluorescent in situ hybridization in a rat model of bacterial
pneumonia. Microb. Infect. Dis. 2013, 76(4):425-31.
P. Sharma, SM. Diene, S. Thibeaut, F. Bittar, V. Roux, C. Gomez, M. Reynaud-Gaubert and JM.
Rolain. Phenotypic and genotypic properties of Microbacterium yannicii, a recently described
multidrug resistant bacterium isolated from a lung transplanted patient with cystic fibrosis in France.
BMC Microbiology Feb. 2013, 13(1):97.
S. M. Diene, T. L’homme, S. Bellulo, N. Stremler, JC. Dubus, L. Mely, N. Degand, S. Leroy, JM.
Rolain. ISPa46, a novel insertion sequence in OprD porin gene of an imipenem-resistant Pseudomonas
aeruginosa isolate from a Cystic Fibrosis patient in Marseille, France. Int. J. Antimicrob. Agents.
2013, 42(3):268-71.
S. Bakour, A. Touati, F. Sahli, AA. Ameur, D. Haouchine, JM. Rolain. Antibiotic resistance
determinants of multidrug-resistant Acinetobacter baumannii clinical isolates in Algeria.Diag.
Microbiol. Infect. Dis. 2013, 76(4):529-31.
S. Hraiech, A. Roch, H. Lepidi, T. Atieh, G. Audoly, JM Rolain, D. Raoult, JM. Brunel, L. Papazian,
F. Brégeon. Impaired virulence and fitness of a colistin-resistant clinical isolated of Acinetobacter
baumannii in the rat model of pneumonia. PLOS One, 2013, 57(10):5120-21.
S. Edouard, M. Million, H. lepidi, JM. Rolain, PE. Fournier, B. La Scola, D. Grisoli, D. Raoult.
Persistence of DNA in cured patient and positive culture in cases with low antibody levels bring into
question diagnosis of Q fever endocarditis. 2013, J. Clin. Microbiol. 2013, 51(9):3012-17.
AS. Le Floch, N. Cassir, S. Hraiech, C. Guervilly, L. Papazian, JM Rolain. Haemophilus
parahaemolyticus Septic Shock after Aspiration Pneumonia, France. Emerg Infect Dis. 2013
Oct;19(10):1694-5.
PE. Fournier , M. Drancourt, P. Colson P, JM Rolain, B. La Scola, D. Raoult. Modern clinical
microbiology: new challenges and solutions. Nat Rev Microbiol. 2013 Aug;11(8):574-85.
JM Rolain. Food and human gut as reservoirs of transferable antibiotic resistance encoding genes.
Front Microbiol. 2013, 4:173.
P. Seng, C.Abat, JM Rolain, P. Colson, JC. Lagier, F. Gouriet, PE. Fournier , M. Drancourt, B. La
Scola, D. Raoult. Identification of rare pathogenic bacteria in a clinical microbiology laboratory: impact
29.
30.
31.
32.
33.
34.
35.
36.
37.
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39.
40.
41.
42.
43.
44.
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JL. Burns, JM Rolain. Culture-based diagnostic microbiology in cystic fibrosis: Can we simplify the
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L. Djouhri-Bouktab, JM Rolain, J.M. Brunel. Polyamines metabolism, toxicity and potent therapeutical
use. Anti-infective Agents Med. Chem. 2014, 12:95-103.
SK. Gupta, BR. Padmanabhan, SM. Diene, R. Lopez-Rojas, M. Kempf, L. Landraud, JM Rolain.
ARG-ANNOT (Antibiotic Resistance Gene-ANNOTation), a new bioinformatic tool to discover
antibiotic resistance genes in bacterial genomes. Antimicrob Agents Chemother. 2014,
58(1):212-20.
T. Kernif, H. Leulmi, C. Socolovschi, JM. Berenger, H. Lepidi, I. Bitam, JM. Rolain, D. Raoult, P.
Parola. Acquisition and Excretion of Bartonella quintana by the Cat Flea, Ctenocephalides felis felis.
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Z. Ouchenane, A. Agabou, F. Smati, JM. Rolain , D. Raoult. Staphylococcal cassette chromosome mec
characterization of methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains isolated at the military hospital of
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P. Sharma, SP. Gupta, JM. Rolain. Whole genome sequencing of bacteria in cystic fibrosis as a model
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S. Muhammed Ameen, JM. Rolain, MN. Le Poullain, V. Roux, D. Raoult, M. Drancourt. Serum
concentration of co-trimoxazole during a high-dosage regimen. J Antimicrob Chemother. 2014,
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M. Berrazeg, S. M. Diene, L. Medjahed, P. Parola, M. drissi, D. Raoult and JM Rolain. New Delhi
metallo-ß-lactamase the world : An eReview using Google Maps. 2002. Eurosurveillance, 2014, in
press
I. Sefraoui, M. Berrazeg, M. Drissi, JM. Rolain. Molecular epidemiology of carbapenenem-resistant
pseudomonas aeruginosa clinical strains isolated from western Algeria between 2009 and 2012.
Microbial Drug Resistance. 2014, in press
R. Rafei, M. Eveillard, M. Hamze, F. Dabboussii, F. Mokadem, H. Mallat, JM. Rolain, ML. JolyGuillou, M. Kempf. First report of blaNDM-1 producing Acinetobacter baumannii isolated in Lebanon
civilians wounded during the Syrian war. 2014. Int. J. Infec. Dis. 2014, in press
Z. Belbel, H. Chettibi, M. Dekhil, A. Ladjama, S. Nedjai, JM Rolain. Outbreak of an armA
Methyltransferase-Producing ST39 Klebsiella pneumoniae Clone in a Pediatric Algerian Hospital.
Microb. Drug Resist. 2014, in press
A. Labid, D. Gacemi-Kirane, M. Timinouni, K. Amoura and JM Rolain. High prevalence of extended
spectrum beta-lactamase (ESBL) producers in fatal cases of pediatric septicemia among the
Enterobacteriaceae in the pediatric hospital of Annaba, Algeria. Af. J. Microb. Res. 2014, in press
S. Kokcha, F. Bittar, M. Reynaud-Gaubert, L. Mely, C. Gomez, JY. Gaubert, P. Thomas and JM.
Rolain. Pandoraea pulmonicola chronic colonization in a cystic fibrosis patient, France New Microb
New Infect. 2014, in press
S. M. Diene, F. Fenollar, B. Fall, K. Sow, B. Niang, P. Samba Ba, B. Wade, D. Raoult and JM. Rolain.
CTX-M-15-producing Morganella morganii from Hôpital Principal de Dakar, Senegal. New Microb
New Infect. 2014, in press
T. Jiyipong, S. Jittapalapong, S. Morand, JM Rolain. Bartonella species in small mammals and their
potential vectors in Asia. Asian Pacific Journal of Tropical Biomedicine 2014, in press
R. López-Rojas, SM Diene, M. Enrique Jiménez-Mejías, J. Pachón, and JM Rolain. Acquired
resistance to colistin alters the antibiotic resistance profile of Acinetobacter baumannii: a genomic
perspective. J. Antimicrob. Chemother. En revue
L. Loucif, E. Bendjama, D. Gacemi-Kirane and JM Rolain. Rapid identification of Streptomyces
isolates by MALDI-TOF MS. Microb. Research En revue
P. Sharma, S. Kumar Gupta, SM Diene, and JM Rolain. Whole-genome sequence of Chryseobacterium
oranimense, a new multidrug-resistant bacterium from a cystic fibrosis patient in France. J.
Antimicrob. Chemother. En revue
F. Brégeon, G. Brioude, F. De Dominicis, T. Atieh, X. Benoit D'journo, C. Flaudrops, JM Rolain, D.
Raoult, PA Thomas. MALDI-ToF mass spectrometry for the rapid diagnostic of cancerous lung
nodules. PLOS One revision
48.
S. Bakour, A. Touati, T. Bachiri, F. Sahli, D. Tiouit, M. Naim, M. Azouaou, JM Rolain. Emergence of
NDM-1 and 16S rRNA methylase armA producing Acinetobacter baumannii in Algeria. Eur. J. Clin.
Microb. Infect. Dis. En revue
S. Bakour, SA Alsharapy, A. Touati, JM Rolain. Characterization of Acinetobacter baumannii clinical
isolates 1 carrying OXA-23 carbapenemase and 16S rRNA methylase armA in Yemen. Microb. Drug
Resist. Révision
A. Sassi, L. Loucif, SK Gupta, M. Dekhil, H. Chettibi, JM Rolain. NDM-5 carbapenemase-encoding
gene in multidrug-resistant clinical isolates of Escherichia coli, Algeria. Antimicrob. Agents
Chemother. En revue
C. Al Bayssari, SM Diene, L. Loucif, SK. Gupta, F. Dabboussi, H. Mallat, M. Hamze, and JM Rolain.
Emergence of VIM-2 and IMP-15 carbapenemases and inactivation of oprD gene in carbapenemresistant Pseudomonas aeruginosa clinical isolates from Lebanon. Antimicrob. Agents Chemother.
Révision
AO Olaitan, SM Diene, M. Kempf, M. Berrazeg, S. Bakour, SKumar Gupta, B. Thongmalayvong, K.
Akkhavong, S. Somphavong, P. Paboriboune, K. Chaisiri, C. Komalamisra, OO Adelowo, OE Fagade,
OA Banjo, AJ Oke, A. Adler, MV Assous, S. Morand, D. Raoult, and JM Rolain. Worldwide
emergence of colistin resistance in Klebsiella pneumoniae from healthy humans and patients in Lao
PDR, Thailand, Israel, Nigeria, and France due to inactivation of the PhoP/PhoQ mgrB regulator : an
epidemiological and molecular study. J. Antimicrob. Chemother. En revue
E. Bendjama, L. Loucif, SM Diene, C. Michelle, D. Gacemi-Kirane, JM Rolain. Non-contiguous
finished genome sequence and description of Paucisalibacillus massilioalgeriensis sp. nov. Stand.
Genomic Sci. En revue
E. Bendjama, L. Loucif, SM Diene, C. Michelle, D. Gacemi-Kirane, JM Rolain. Non-contiguous
finished genome sequence and description of Bacillus massilioalgeriensis sp. nov. Stand. Genomic Sci.
En revue
S. Hraiech, J. Hiblot, J. Lafleur, L. Papazian, JM Rolain, D. Raoult, M. Silby, F. Bregeon, E.
Chabriere, M. Elias. Quorum quenching lactonase inhibits Pseudomonas aeruginosa virulence and
reduces lethality. PLOS Pathogens En revue
C. Abat, G. Desboves, AO Olaitan, H. Chaudet, N. Roattino, PE Fournier, P. Colson, D. Raoult, JM
Rolain. Increasing burden of infections due to intrinsic colistin-resistant bacteria linked to increased
colistin consumption in hospitals in Marseille, France. J. Antimicrob. Chemother. En revue
49.
50.
51.
52.
53.
54.
55.
56.
Brevets
1.
D. Raoult, M. Maurin and JM Rolain. Méthode de détermination de l’activité bactériostatique ou
bactéricide des agents antibiotiques par PCR quantitative. 12.03.02 – n° Brevet 01.13573
2. J.M. Brunel, JM Rolain, D. Raoult. Composés aminostéroïdiens pour une application topique locale
pour la décolonisation cutanéo-muqueuse de Staphylococcus aureus. 2/12/2009 – n° Brevet 09.58575.
Brevet licencié par la société Virbac avec un contrat de collaboration de 250 k€ sur 3 ans.
3. J.M. Brunel, J.M. Rolain, D. Raoult. Utilisation de squalamine ou analogue comme agent desinfectant.
12/01/2012. n° Brevet 12.50312.
4. F. Bregeon, D. Raoult, J.M. Rolain, X.B. D’journo, C. Flaudrops. : Méthode de détermination de la
nature tumorale ou non tumorale ou du type de tumeur d’un fragment d'organe solide humain ou animal.
Brevet déposé le 03/04/2012.
5 / THESES D’UNIVERSITE et HDR 2013-2014
Liste des thèses
Nom – Prénom
du Doctorant
Tawisa
Jiyipong
Meryem
Berrazeg
Poonam
Sharma
Sami Hraiech
Rezak Drali
Date
Titre de la thèse
Inscription
Infections à Bartonella en Asie
Epidémiologie et mécanisme
moléculaires de la résistance aux
antibiotiques de Klebsiella
pneumoniae, Algérie et France
Pathogènes émergents et
mucoviscidose
Evaluation de stratégies
thérapeutiques dans des modèles de
pneumopathies infectieuses chez
l'animal
Etude phénotypique des poux
Mise en place d’outils informatiques
pour la surveillance en temps réel
Cedric Abat
des évènements basés sur des
données de laboratoires
Etude phénotypique et moléculaire
Abiola Olaitan des bactéries multirésistantes en
Asie
Etude des mécanismes moléculaires
Charbel Al
de la résistance aux antibiotiques
Bayssari
dans le bassin méditerranéen
Caractérisation des souches
d’Escherichia coli résistantes aux
Asma Sassi
antibiotiques isolées au CHU
d’Annaba - Algérie
Epidémiologie et mécanisme
Meriem
moléculaires de la résistance aux
antibiotiques de Pseudomonas
Touati
aeruginosa, Algérie
Prevalence of ESBL-producers in
fatal cases of pediatric septicemia
among the Enterobacteriaceae in the
Asma Labib
pediatric hospital of Annaba,
Algeria
ETUDE PHENOTYPIQUE ET
GENOMIQUE DU PORTAGE
Thomgpan
DIGESTIF DE BACTERIES
Leangapichart MULTI-RESISTANTES CHEZ
LES VOYAGEURS
Soutenance
Devenir du
Doctorant
2011
En cours
Collaboration
avec S. Morand
2011
2013
Cotutelle
AVERROES
2010
2013
2010
En cours
2011
En cours
2012
En cours
2012
En cours
2012
En cours
2013
En cours
Cotutelle
2011
2013
Cotutelle
2011
En cours
Cotutelle
2014
En cours
Collaboration
avec S. Morand
6 / Liste des contrats 2010-2014
JM Rolain
Intitulé
Organisme
de financement
(ANR, ANRS, PHRC,
Fondation, associations
caritatives, privé…)
Date
de
début
Date
de
fin
JM Rolain
Responsable de la plateforme
robotisation des isolements et cultures
bactériennes : 1.5 M€
2010
Infectiologie
(investigateur associé)
CPER / FEDER
2013
JM Rolain
Fondation de Coopération
scientifique “Infectiopole Sud » –
2011-2012.
(Coinvestigateur avec le Dr
Landraud, Nice)
Obtention d’une bourse postdoctorale
de deux ans : 36 K€
2012
Fondation de
Coopération
scientifique
“Infectiopole
Sud »
(Coinvestigateur avec
le Dr Landraud, Nice)
2014
Porteur de
projet : Pr
Martine
ReynaudGaubert
Porteur de
projet : Dr
Xavier
Benoît
D’JOURNO
« Evolution clinique et modifications
du microbiote respiratoire en fonction
du traitement antibiotique chez les
patients atteints de mucoviscidose » :
150 K€
« Intérêt de la décontamination oropharyngée et du naso-pharynx par
Chlorhexidine Glu-conate contre
placebo dans la prévention des infections nosocomia-les en chirurgie
d’exé-rèse pulmonaire: étude
multicentrique, prospec-tive et
randomisée » 280 K€
PHRC Inter Régional 2012
– 2011 (Investigateur
associé)
2014
PHRC National –
(Investigateur
associé)
2012
2014
IHU – Méditerranée Infection,
72.300.000 €
Investigateur associé
Pr JM Rolain
2011
2021
2012
2015
2012
2014
2013
2014
En collaboration avec 2014
A. Sotto - Nimes
2016
Porteur de
projet : Didier
Raoult
Fondation Méditerranée Infection
36 K€ Bourse doctorale –
Collaboration avec S. Morand –
Montpellier
Contrat de collaboration - 250
K€ Licence Brevet 09.58575 –
Société Virbac
Projet PathoDivSEA
Bio Asie – 40 K€
Porteur du Projet : Dr Serge Morand
(Montpellier
Fondation de Coopé-ration
scientifique « Infectiopole Sud »
36 K€
Bourse doctorale – 3 ans
Investigateur
Associé : JM Rolain
Fondation de Coopé-ration
scientifique « Infectiopole Sud »
36 K€
Bourse Post-doctorale - 2 ans
27 K€
12 K€
IHU Méditerranée Infection –
2014 - 36 K€
En collaboration avec 2014
E. Delaporte Montpellier
Financement
ingénieur 6 mois
sur projet
d’excellence
Financement
technicien 4 mois
sur projet
d’excellence
Bourse doctorale
36 mois sur projet
d’excellence
2015
2014
2014
2014
1 / IDENTIFIANTS DE VOTRE UNITE/EQUIPE DE RECHERCHE
au 1er Janvier 2013
Intitulé de l’Unité : URMITE CNRS-IRD-INSERM UMR 7278
Localisation :
Facultés de Médecine et de Pharmacie
Responsable :
Professeur Didier RAOULT
Intitulé de l’Equipe : Equipe 4 : Virus émergents de l’environnement et de
l’immunodéprimé
Localisation :
Facultés de Médecine et de Pharmacie
Responsable :
Professeur Bernard LA SCOLA
Téléphone :
+33491 32 43 75
Adresse électronique :
[email protected]
2 / EFFECTIFS 2013-2014
Enseignants - Chercheurs :
3
Etudiants en Thèse :
13
IDENTIFICATION DES PERSONNES
IMPLIQUEES DANS LA RECHERCHE 2013-2014
Nom
COLSON
Prénom
Philippe
Fonction
PU-PH
HDR
oui
Téléphone
0491835560
PAGNIER
Isabelle
MCH
non
0491835560
BITTAR
Fadi
MCU Chair
IRD
non
0491835560
e-mail
[email protected]
[email protected]
[email protected]
3 / THEMES DE RECHERCHE
Philippe COLSON :
- Génomique des virus géants associés aux amibes
- Rôle en pathologie humaine des virus des plantes
- Epidémiologie, diversité, variabilité, et résistance aux antiviraux des virus des hépatites et
virus émergents
Isabelle PAGNIER :
Le travail de cette équipe se concentre sur l’analyse de nouveaux virus géants dans
l’environnement, et les produits alimentaires, de leur écologie à leur étude génétique et leur
implication potentielle en pathologie humaine. En marge de ce travail, l’équipe travaille
également sur la recherche et l’analyse de nouveaux agents viraux chez des personnes
immunodéprimées.
Les analyses sont faites selon 4 axes de recherche principaux: rechercher des virus géants et
des bactéries intracellulaires, analyser leurs génomes, leur implication potentielle en
pathologie humaine, et enfin rechercher des virus émergents en pathologie humaine chez des
patients immunodéprimés.
Fadi BITTAR : Pathogènes émergents dans les pays du Sud
4 / PUBLICATIONS 2013-2014
PUBLICATIONS INTERNATIONALES
In press:
Aherfi S, Boughalmi M, Pagnier I, Fournous G, La Scola B, Raoult D, Colson P. Complete
genome sequence of Tunis virus, a new member of the proposed family Marseilleviridae.
Accepted in Archiv Virol.
Yoosuf N, Pagnier I, Fournous G, Robert C, Raoult D, La Scola B, Colson P. Draft genome
sequences of Terra1 and Terra2 viruses, new members of the family Mimiviridae isolated
from soil. Accepted in Virology.
Dans PubMed:
1: Moal V, Ferretti A, Devichi P, Colson P. Genome sequence of a hepatitis e
virus of genotype 3e from a chronically infected kidney transplant recipient.
Genome Announc. 2014 Jan 30;2(1). pii: e01156-13. doi: 10.1128/genomeA.01156-13.
PubMed PMID: 24482510; PubMed Central PMCID: PMC3907725.
2: Doudier B, Vencatassin H, Aherfi S, Colson P. Fatal fulminant hepatitis E
associated with autoimmune hepatitis and excessive paracetamol intake,
southeastern France. J Clin Microbiol. 2014 Jan 29. [Epub ahead of print] PubMed
PMID: 24478416.
3: Aherfi S, Borentain P, Raissouni F, Le Goffic A, Guisset M, Renou C, Grimaud
JC, Hardwigsen J, Garcia S, Botta-Fridlund D, Nafati C, Motte A, Le Treut YP,
Colson P, Gerolami R. Liver transplantation for acute liver failure related to
autochthonous genotype 3 hepatitis E virus infection. Clin Res Hepatol
Gastroenterol. 2014 Feb;38(1):24-31. doi: 10.1016/j.clinre.2013.05.013. Epub 2014
Jan 23. PubMed PMID: 24462173.
4: Yoosuf N, Pagnier I, Fournous G, Robert C, La Scola B, Raoult D, Colson P.
Complete genome sequence of Courdo11 virus, a member of the family Mimiviridae.
Virus Genes. 2013 Dec 1. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 24293219.
5: Boughalmi M, Pagnier I, Aherfi S, Colson P, Raoult D, La Scola B. First
isolation of a giant virus from wild Hirudo medicinalis leech: Mimiviridae
isolation in Hirudo medicinalis. Viruses. 2013 Nov 27;5(12):2920-30. doi:
10.3390/v5122920. PubMed PMID: 24287596.
6: Abat C, Chaudet H, Raoult D, Colson P. Increasing trend of invasive group B
streptococcal infections, marseille, france. Clin Infect Dis. 2014
Mar;58(5):750-1. doi: 10.1093/cid/cit777. Epub 2013 Nov 26. PubMed PMID:
24280092.
7: Motte A, Franques J, Weitten T, Colson P. Hepatitis E-associated
Parsonage-Turner syndrome, France. Clin Res Hepatol Gastroenterol. 2014
Feb;38(1):e11-4. doi: 10.1016/j.clinre.2013.08.011. Epub 2013 Nov 15. PubMed
PMID: 24246798.
8: Lagier JC, Dubourg G, Cassir N, Fournier PE, Colson P, Richet H, Brouqui P,
Raoult D. Clostridium difficile 027 emerging outbreak in Marseille, France.
Infect Control Hosp Epidemiol. 2013 Dec;34(12):1339-41. doi: 10.1086/673995.
PubMed PMID: 24225631.
9: Popgeorgiev N, Colson P, Thuret I, Chiarioni J, Gallian P, Raoult D, Desnues
C. Marseillevirus prevalence in multitransfused patients suggests blood
transmission. J Clin Virol. 2013 Dec;58(4):722-5. doi: 10.1016/j.jcv.2013.10.001.
Epub 2013 Oct 15. PubMed PMID: 24183312.
10: Haldeda M, Baume J, Tamalet C, Bizhga M, Colson P. Hepatitis C virus
genotypes in Tirana, Albania. Int J Infect Dis. 2014 Jan;18:90-3. doi:
10.1016/j.ijid.2013.08.015. Epub 2013 Oct 2. PubMed PMID: 24169401.
11: Saadi H, Reteno DG, Colson P, Aherfi S, Minodier P, Pagnier I, Raoult D, La
Scola B. Shan virus: a new mimivirus isolated from the stool of a Tunisian
patient with pneumonia. Intervirology. 2013;56(6):424-9. doi: 10.1159/000354564.
Epub 2013 Oct 17. PubMed PMID: 24157888.
12: Ngounga T, Pagnier I, Reteno DG, Raoult D, La Scola B, Colson P. Real-time
PCR systems targeting giant viruses of amoebae and their virophages.
Intervirology. 2013;56(6):413-23. doi: 10.1159/000354563. Epub 2013 Oct 17.
13: Boughalmi M, Pagnier I, Aherfi S, Colson P, Raoult D, La Scola B. First
isolation of a Marseillevirus in the Diptera Syrphidae Eristalis tenax.
Intervirology. 2013;56(6):386-94. doi: 10.1159/000354560. Epub 2013 Oct 17.
14: Colson P, La Scola B, Raoult D. Giant viruses of amoebae as potential human
pathogens. Intervirology. 2013;56(6):376-85. doi: 10.1159/000354558. Epub 2013
Oct 17. PubMed PMID: 24157884.
15: Colson P, Fournous G, Diene SM, Raoult D. Codon usage, amino acid usage,
transfer RNA and amino-acyl-tRNA synthetases in Mimiviruses. Intervirology.
2013;56(6):364-75. doi: 10.1159/000354557. Epub 2013 Oct 17. PubMed PMID:
24157883.
16: Pagnier I, Reteno DG, Saadi H, Boughalmi M, Gaia M, Slimani M, Ngounga T,
Bekliz M, Colson P, Raoult D, La Scola B. A decade of improvements in Mimiviridae
and Marseilleviridae isolation from amoeba. Intervirology. 2013;56(6):354-63.
doi: 10.1159/000354556. Epub 2013 Oct 17. PubMed PMID: 24157882.
17: Bouamra Y, Gérolami R, Arzouni JP, Grimaud JC, Lafforgue P, Nelli M, Tivoli
N, Ferretti A, Motte A, Colson P. Emergence of autochthonous infections with
hepatitis E virus of genotype 4 in Europe. Intervirology. 2014;57(1):43-8. doi:
10.1159/000354801. Epub 2013 Oct 22. PubMed PMID: 24157452.
18: Fournier PE, Drancourt M, Colson P, Rolain JM, La Scola B, Raoult D. Modern
clinical microbiology: new challenges and solutions. Nat Rev Microbiol. 2013
Aug;11(8):574-85. Review. PubMed PMID: 24020074.
19: Vernier M, Rossi-Tamisier M, Richet H, Brouqui P, Parola P, Bouamri Y, Colson
P, Gautret P. Anti-hepatitis E virus antibody prevalence in French expatriate
workers. Int J Infect Dis. 2013 Nov;17(11):e1082-4. doi:
10.1016/j.ijid.2013.06.013. Epub 2013 Aug 14. PubMed PMID: 23953700.
20: Aherfi S, Pagnier I, Fournous G, Raoult D, La Scola B, Colson P. Complete
genome sequence of Cannes 8 virus, a new member of the proposed family
"Marseilleviridae". Virus Genes. 2013 Dec;47(3):550-5. doi:
10.1007/s11262-013-0965-4. Epub 2013 Aug 4. PubMed PMID: 23912978.
21: Colson P, De Lamballerie X, Yutin N, Asgari S, Bigot Y, Bideshi DK, Cheng XW,
Federici BA, Van Etten JL, Koonin EV, La Scola B, Raoult D. "Megavirales", a
proposed new order for eukaryotic nucleocytoplasmic large DNA viruses. Arch
Virol. 2013 Dec;158(12):2517-21. doi: 10.1007/s00705-013-1768-6. Epub 2013 Jun
29. PubMed PMID: 23812617.
22: Colson P, Bregigeon S, Tourres C, Solas C, Poizot-Martin I, Tamalet C.
Relapse of hepatitis C virus after 14 months of sustained virological response
following pegylated-interferon alpha plus ribavirin therapy in a human
immunodeficiency virus type 1 infected patient. J Clin Virol. 2013
Sep;58(1):309-14. doi: 10.1016/j.jcv.2013.05.009. Epub 2013 Jun 28. PubMed PMID:
23810614.
23: Saadi H, Pagnier I, Colson P, Cherif JK, Beji M, Boughalmi M, Azza S,
Armstrong N, Robert C, Fournous G, La Scola B, Raoult D. First isolation of
Mimivirus in a patient with pneumonia. Clin Infect Dis. 2013 Aug;57(4):e127-34.
doi: 10.1093/cid/cit354. Epub 2013 May 24. PubMed PMID: 23709652.
24: Colson P, Fancello L, Gimenez G, Armougom F, Desnues C, Fournous G, Yoosuf N,
Million M, La Scola B, Raoult D. Evidence of the megavirome in humans. J Clin
Virol. 2013 Jul;57(3):191-200. doi: 10.1016/j.jcv.2013.03.018. Epub 2013 May 8.
25: Seng P, Abat C, Rolain JM, Colson P, Lagier JC, Gouriet F, Fournier PE,
Drancourt M, La Scola B, Raoult D. Identification of rare pathogenic bacteria in
a clinical microbiology laboratory: impact of matrix-assisted laser desorption
ionization-time of flight mass spectrometry. J Clin Microbiol. 2013
Jul;51(7):2182-94. doi: 10.1128/JCM.00492-13. Epub 2013 May 1. PubMed PMID:
23637301; PubMed Central PMCID: PMC3697718.
26: Moal V, Motte A, Kaba M, Gerolami R, Berland Y, Colson P. Hepatitis E virus
serological testing in kidney transplant recipients with elevated liver enzymes
in 2007-2011 in southeastern France. Diagn Microbiol Infect Dis. 2013
May;76(1):116-8. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2013.02.017. PubMed PMID: 23608351.
27: Yutin N, Colson P, Raoult D, Koonin EV. Mimiviridae: clusters of orthologous
genes, reconstruction of gene repertoire evolution and proposed expansion of the
giant virus family. Virol J. 2013 Apr 4;10:106. doi: 10.1186/1743-422X-10-106.
PubMed PMID: 23557328; PubMed Central PMCID: PMC3620924.
28: Hajji H, Gérolami R, Solas C, Moreau J, Colson P. Chronic hepatitis E
resolution in a human immunodeficiency virus (HIV)-infected patient treated with
ribavirin. Int J Antimicrob Agents. 2013 Jun;41(6):595-7. doi:
10.1016/j.ijantimicag.2013.02.005. Epub 2013 Mar 15. PubMed PMID: 23507411.
29: Thibault V, Gaudy-Graffin C, Colson P, Gozlan J, Schnepf N, Trimoulet P,
Pallier C, Saune K, Branger M, Coste M, Thoraval FR; ANRS Multivir-HBV group.
Epidemiological, virological and clinical characteristics of HBV infection in 223
HIV co-infected patients: a French multi-centre collaborative study. Virol J.
2013 Mar 15;10:87. doi: 10.1186/1743-422X-10-87. PubMed PMID: 23497042; PubMed
Central PMCID: PMC3602101.
30: Colson P, Gouriet F, Badiaga S, Tamalet C, Stein A, Raoult D. Real-time
laboratory surveillance of sexually-transmissible infections in Marseille
University hospitals reveals rise of gonorrhoea, syphilis and human
immunodeficiency virus seroconversions in 2012. Euro Surveill. 2013 Feb
14;18(7):4. PubMed PMID: 23449184.
31: Vallet S, Larrat S, Laperche S, Le Guillou-Guillemette H, Legrand-Abravanel
F, Bouchardeau F, Pivert A, Henquell C, Mirand A, André-Garnier E, Giordanengo V,
Lagathu G, Thibault V, Scholtes C, Schvoerer E, Gaudy-Graffin C, Maylin S,
Trimoulet P, Brochot E, Hantz S, Gozlan J, Roque-Afonso AM, Soussan P, Plantier
JC, Charpentier C, Chevaliez S, Colson P, Mackiewicz V, Aguilera L, Rosec S,
Gouriou S, Magnat N, Lunel-Fabiani F, Izopet J, Morand P, Payan C, Pawlotsky JM.
Multicenter quality control of hepatitis C virus protease inhibitor resistance
genotyping. J Clin Microbiol. 2013 May;51(5):1428-33. doi: 10.1128/JCM.03032-12.
Epub 2013 Feb 20. PubMed PMID: 23426922; PubMed Central PMCID: PMC3647889.
32: Balique F, Colson P, Barry AO, Nappez C, Ferretti A, Moussawi KA, Ngounga T,
Lepidi H, Ghigo E, Mege JL, Lecoq H, Raoult D. Tobacco mosaic virus in the lungs
of mice following intra-tracheal inoculation. PLoS One. 2013;8(1):e54993. doi:
10.1371/journal.pone.0054993. Epub 2013 Jan 30. PubMed PMID: 23383021; PubMed
Central PMCID: PMC3559775.
33: Kaba M, Moal V, Gérolami R, Colson P. Epidemiology of mammalian hepatitis E
virus infection. Intervirology. 2013;56(2):67-83. doi: 10.1159/000342301. Epub
2013 Jan 22. Review. PubMed PMID: 23343760.
34: Bouamra Y, Benali S, Tissot-Dupont H, Tamalet C, Colson P. Hepatitis B and E
co-primary infections in an HIV-1-infected patient. J Clin Microbiol. 2013
Mar;51(3):1052-6. doi: 10.1128/JCM.02630-12. Epub 2013 Jan 9. PubMed PMID:
23303497; PubMed Central PMCID: PMC3592074.
35: Boughalmi M, Saadi H, Pagnier I, Colson P, Fournous G, Raoult D, La Scola B.
High-throughput isolation of giant viruses of the Mimiviridae and
Marseilleviridae families in the Tunisian environment. Environ Microbiol. 2013
Jul;15(7):2000-7. doi: 10.1111/1462-2920.12068. Epub 2013 Jan 9. PubMed PMID:
23298151.
36: Moal V, Legris T, Burtey S, Morange S, Purgus R, Dussol B, Garcia S, Motte A,
Gérolami R, Berland Y, Colson P. Infection with hepatitis E virus in kidney
transplant recipients in southeastern France. J Med Virol. 2013 Mar;85(3):462-71.
doi: 10.1002/jmv.23469. Epub 2012 Dec 12. PubMed PMID: 23239466.
37: Colson P, Pagnier I, Yoosuf N, Fournous G, La Scola B, Raoult D.
"Marseilleviridae", a new family of giant viruses infecting amoebae. Arch Virol.
2013 Apr;158(4):915-20. doi: 10.1007/s00705-012-1537-y. Epub 2012 Nov 29. PubMed
PMID: 23188494.
38: Moal V, Zandotti C, Colson P. Emerging viral diseases in kidney transplant
recipients. Rev Med Virol. 2013 Jan;23(1):50-69. doi: 10.1002/rmv.1732. Epub 2012
Nov 7. Review. PubMed PMID: 23132728.
39: Rossi-Tamisier M, Moal V, Gerolami R, Colson P. Discrepancy between
anti-hepatitis E virus immunoglobulin G prevalence assessed by two assays in
kidney and liver transplant recipients. J Clin Virol. 2013 Jan;56(1):62-4. doi:
10.1016/j.jcv.2012.09.010. Epub 2012 Oct 23. PubMed PMID: 23089569.
40: Moal V, Textoris J, Ben Amara A, Mehraj V, Berland Y, Colson P, Mege JL.
Chronic hepatitis E virus infection is specifically associated with an
interferon-related transcriptional program. J Infect Dis. 2013 Jan
1;207(1):125-32. doi: 10.1093/infdis/jis632. Epub 2012 Oct 16. PubMed PMID:
23072754.
41: Kempf M, Rolain JM, Azza S, Diene S, Joly-Guillou ML, Dubourg G, Colson P,
Papazian L, Richet H, Fournier PE, Ribeiro A, Raoult D. Investigation of
Acinetobacter baumannii resistance to carbapenems in Marseille hospitals, south
of France: a transition from an epidemic to an endemic situation. APMIS. 2013
Jan;121(1):64-71. doi: 10.1111/j.1600-0463.2012.02935.x. Epub 2012 Jun 28. PubMed
PMID: 23030740.
42: Keita MB, Diene SM, Robert C, Raoult D, Fournier PE, Bittar F. Non-contiguous
finished genome sequence and description of Bacillus massiliogorillae sp. nov. Stand
Genomic Sci. 2013.
43: Sharma P, Diene SM, Thibeaut S, Bittar F, Roux V, Gomez C, Reynaud-Gaubert M,
Rolain JM. Phenotypic and genotypic properties of Microbacterium yannicii, a recently
described multidrug resistant bacterium isolated from a lung transplanted patient with cystic
fibrosis in France.. BMC Microbiol. 2013.
44: F. Bittar, M. Reynaud-Gaubert, L. Mely, C. Gomez, J.-Y. Gaubert, P. Thomas and J.-M.
Rolain. Pandoraea pulmonicola chronic colonization in a cystic ﬁbrosis patient, France. S.
Kokcha, NMNI. 2013.
45: Pagnier, I; Croce, O; Robert, C ; Raoult, D ; La Scola, B Non-contiguous finished genome
sequence and description of Anaerococcus pacaensis sp nov., a new species of anaerobic bacterium.
Standards In Genomic Sciences. 8(3) 548-560. IF: 2.01046 :
Slimani M, Pagnier I, Boughalmi M, Raoult D, La Scola B. Alcohol disinfection procedure for
isolating giant viruses from contaminated samples. Intervirology. 2013;56(6):434-40. IF: 1.889
Suárez C, Welsch S, Chlanda P, Hagen W, Hoppe S, Kolovou A, Pagnier I, Raoult D, Locker JK.
OPEN membrane-intermediates are the precursors for assembly of large DNA viruses. Cell Microbiol.
2013 Jun 11. IF : 4.811
47 :Barreau M, Pagnier I, La Scola B. Improving the identification of anaerobes in the clinical
microbiology laboratory through MALDI-TOF mass spectrometry. Anaerobe. 2013 Apr 29. IF : 2,327
Gaia M, Pagnier I, Campocasso A, Fournous G, Raoult D, La Scola B. Broad spectrum of
mimiviridae virophage allows its isolation using a mimivirus reporter. PLoS One. 2013 Apr
15;8(4):e61912. IF : 3.730
48 :Slimani M, Pagnier I, Raoult D, La Scola B. Amoebae as battlefields for bacteria, giant viruses,
and virophages. J Virol. 2013 Apr;87(8):4783-5. IF : 5,076
5 / THESES D’UNIVERSITE et HDR 2013-2014
Liste des thèses
Date
Nom – Prénom
du Doctorant
Niyaz
YOOSUF
Inscription
Genomes of mimiviruses of amoeba 2010
Fanny
BALIQUE
Tatsiana
NGOUNGA
Haitham
SOBHY
Cédric ABAT
Devenir du
Doctorant
Titre de la thèse
Détection et impact potentiel des
tobamovirus chez l’homme
Detection and identification of giant
viruses of amoeba in clinical
specimens
Bioinformatics analysis and
characterization of proteins
associated to fibrils among giant
viruses of amoebae
Development of epidemiological
tools for the real-time surveillance
of abnormal events based on clinical
microbiology laboratory data
Soutenance
Dec 2013
Post-doc, Institut
Gustave Roussy,
Paris, France
Institut Pasteur
Dakar, Sénégal
2010
Juillet 2013
2011
2014
En cours
2011
2014
En cours
2012
2015
En cours
Liste des HDR
Nom – Prénom
Valérie MOAL
Date de
soutenance
Titre de l’HDR
Mars 2014
-
6 / LISTE DES CONTRATS 2013-2014
(Nationaux, européens et ou internationaux en cours ou nouvellement obtenus)
Responsable
Scientifique
Pr Bernard LA
SCOLA
Intitulé
Etude des infections par les
virus géants
associés aux amibes chez les
enfants présentant une gastroentérite
Organisme
de financement
(ANR, ANRS, PHRC,
Fondation, Associations
caritatives, privé…)
PHRC
Date de
début
2011
Date de
fin
2013

UM63 CNRS 7278 - IRD 198 INSERM U1095 Virus émergents et

Transcription

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